source: sasview/src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py @ c3eb858

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalc
Last change on this file since c3eb858 was 1efbc190, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 7 years ago

fix merge errors
  • Property mode set to 100644
File size: 8.6 KB
Line 
1"""
2    IGOR 1D data reader
3"""
4#####################################################################
5# This software was developed by the University of Tennessee as part of the
6# Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
7# project funded by the US National Science Foundation.
8# See the license text in license.txt
9# copyright 2008, University of Tennessee
10######################################################################
11
12import logging
13
14import numpy as np
15
16from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter
17from ..file_reader_base_class import FileReader
18from ..data_info import DataInfo, plottable_1D, Data1D, Detector
19from ..loader_exceptions import FileContentsException, DefaultReaderException
20
21logger = logging.getLogger(__name__)
22
23
24class Reader(FileReader):
25    """
26    Class to load IGOR reduced .ABS files
27    """
28    # File type
29    type_name = "IGOR 1D"
30    # Wildcards
31    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"]
32    # List of allowed extensions
33    ext = ['.abs']
34
35    def get_file_contents(self):
36        """
37        Get the contents of the file
38
39        :raise RuntimeError: when the file can't be opened
40        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
41        """
42        buff = self.readall()
43        filepath = self.f_open.name
44        lines = buff.splitlines()
45        self.output = []
46        self.current_datainfo = DataInfo()
47        self.current_datainfo.filename = filepath
48        self.reset_data_list(len(lines))
49        detector = Detector()
50        data_line = 0
51        self.reset_data_list(len(lines))
52        self.current_datainfo.detector.append(detector)
53        self.current_datainfo.filename = filepath
54
55        is_info = False
56        is_center = False
57        is_data_started = False
58
59        base_q_unit = '1/A'
60        base_i_unit = '1/cm'
61        data_conv_q = Converter(base_q_unit)
62        data_conv_i = Converter(base_i_unit)
63
64        for line in lines:
65            # Information line 1
66            if is_info:
67                is_info = False
68                line_toks = line.split()
69
70                # Wavelength in Angstrom
71                try:
72                    value = float(line_toks[1])
73                    if self.current_datainfo.source.wavelength_unit != 'A':
74                        conv = Converter('A')
75                        self.current_datainfo.source.wavelength = conv(value,
76                            units=self.current_datainfo.source.wavelength_unit)
77                    else:
78                        self.current_datainfo.source.wavelength = value
79                except KeyError:
80                    msg = "ABSReader cannot read wavelength from %s" % filepath
81                    self.current_datainfo.errors.append(msg)
82
83                # Detector distance in meters
84                try:
85                    value = float(line_toks[3])
86                    if detector.distance_unit != 'm':
87                        conv = Converter('m')
88                        detector.distance = conv(value,
89                                        units=detector.distance_unit)
90                    else:
91                        detector.distance = value
92                except Exception:
93                    msg = "ABSReader cannot read SDD from %s" % filepath
94                    self.current_datainfo.errors.append(msg)
95
96                # Transmission
97                try:
98                    self.current_datainfo.sample.transmission = \
99                        float(line_toks[4])
100                except ValueError:
101                    # Transmission isn't always in the header
102                    pass
103
104                # Sample thickness in mm
105                try:
106                    # ABS writer adds 'C' with no space to the end of the
107                    # thickness column.  Remove it if it is there before
108                    # converting the thickness.
109                    if line_toks[5][-1] not in '012345679.':
110                        value = float(line_toks[5][:-1])
111                    else:
112                        value = float(line_toks[5])
113                    if self.current_datainfo.sample.thickness_unit != 'cm':
114                        conv = Converter('cm')
115                        self.current_datainfo.sample.thickness = conv(value,
116                            units=self.current_datainfo.sample.thickness_unit)
117                    else:
118                        self.current_datainfo.sample.thickness = value
119                except ValueError:
120                    # Thickness is not a mandatory entry
121                    pass
122
123            # MON CNT  LAMBDA  DET ANG  DET DIST  TRANS  THICK  AVE   STEP
124            if line.count("LAMBDA") > 0:
125                is_info = True
126
127            # Find center info line
128            if is_center:
129                is_center = False
130                line_toks = line.split()
131                # Center in bin number
132                center_x = float(line_toks[0])
133                center_y = float(line_toks[1])
134
135                # Bin size
136                if detector.pixel_size_unit != 'mm':
137                    conv = Converter('mm')
138                    detector.pixel_size.x = conv(5.08,
139                                        units=detector.pixel_size_unit)
140                    detector.pixel_size.y = conv(5.08,
141                                        units=detector.pixel_size_unit)
142                else:
143                    detector.pixel_size.x = 5.08
144                    detector.pixel_size.y = 5.08
145
146                # Store beam center in distance units
147                # Det 640 x 640 mm
148                if detector.beam_center_unit != 'mm':
149                    conv = Converter('mm')
150                    detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.08,
151                                     units=detector.beam_center_unit)
152                    detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.08,
153                                     units=detector.beam_center_unit)
154                else:
155                    detector.beam_center.x = center_x * 5.08
156                    detector.beam_center.y = center_y * 5.08
157
158                # Detector type
159                try:
160                    detector.name = line_toks[7]
161                except:
162                    # Detector name is not a mandatory entry
163                    pass
164
165            # BCENT(X,Y)  A1(mm)  A2(mm)  A1A2DIST(m)  DL/L  BSTOP(mm)  DET_TYP
166            if line.count("BCENT") > 0:
167                is_center = True
168
169            # Parse the data
170            if is_data_started:
171                toks = line.split()
172
173                try:
174                    _x = float(toks[0])
175                    _y = float(toks[1])
176                    _dy = float(toks[2])
177                    _dx = float(toks[3])
178
179                    if data_conv_q is not None:
180                        _x = data_conv_q(_x, units=base_q_unit)
181                        _dx = data_conv_q(_dx, units=base_q_unit)
182
183                    if data_conv_i is not None:
184                        _y = data_conv_i(_y, units=base_i_unit)
185                        _dy = data_conv_i(_dy, units=base_i_unit)
186
187                    self.current_dataset.x[data_line] = _x
188                    self.current_dataset.y[data_line] = _y
189                    self.current_dataset.dy[data_line] = _dy
190                    self.current_dataset.dx[data_line] = _dx
191                    data_line += 1
192
193                except ValueError:
194                    # Could not read this data line. If we are here
195                    # it is because we are in the data section. Just
196                    # skip it.
197                    pass
198
199            # The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev.
200            # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor|
201            if line.count("The 6 columns") > 0:
202                is_data_started = True
203
204        self.remove_empty_q_values()
205
206        # Sanity check
207        if not len(self.current_dataset.y) == len(self.current_dataset.dy):
208            self.set_all_to_none()
209            msg = "abs_reader: y and dy have different length"
210            raise ValueError(msg)
211        # If the data length is zero, consider this as
212        # though we were not able to read the file.
213        if len(self.current_dataset.x) == 0:
214            self.set_all_to_none()
215            raise ValueError("ascii_reader: could not load file")
216
217        if data_conv_q is not None:
218            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", base_q_unit)
219        else:
220            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
221        if data_conv_i is not None:
222            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", base_i_unit)
223        else:
224            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}")
225
226        # Store loading process information
227        self.current_datainfo.meta_data['loader'] = self.type_name
228        self.send_to_output()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.