source: sasview/src/sas/qtgui/Perspectives/Fitting/FittingUtilities.py @ c972e3a

ESS_GUIESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalc
Last change on this file since c972e3a was 04972ea, checked in by Piotr Rozyczko <rozyczko@…>, 6 years ago

Merge branch 'ESS_GUI' of ​https://github.com/SasView/sasview into ESS_GUI
  • Property mode set to 100644
File size: 21.5 KB
Line 
1import copy
2
3from PyQt5 import QtCore
4from PyQt5 import QtGui
5
6import numpy
7
8from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D
9from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data2D
10
11model_header_captions = ['Parameter', 'Value', 'Min', 'Max', 'Units']
12
13model_header_tooltips = ['Select parameter for fitting',
14                         'Enter parameter value',
15                         'Enter minimum value for parameter',
16                         'Enter maximum value for parameter',
17                         'Unit of the parameter']
18
19poly_header_captions = ['Parameter', 'PD[ratio]', 'Min', 'Max', 'Npts', 'Nsigs',
20                        'Function', 'Filename']
21
22poly_header_tooltips = ['Select parameter for fitting',
23                        'Enter polydispersity ratio (STD/mean). '
24                        'STD: standard deviation from the mean value',
25                        'Enter minimum value for parameter',
26                        'Enter maximum value for parameter',
27                        'Enter number of points for parameter',
28                        'Enter number of sigmas parameter',
29                        'Select distribution function',
30                        'Select filename with user-definable distribution']
31
32error_tooltip = 'Error value for fitted parameter'
33header_error_caption = 'Error'
34
35def replaceShellName(param_name, value):
36    """
37    Updates parameter name from <param_name>[n_shell] to <param_name>value
38    """
39    assert '[' in param_name
40    return param_name[:param_name.index('[')]+str(value)
41
42def getIterParams(model):
43    """
44    Returns a list of all multi-shell parameters in 'model'
45    """
46    return list([par for par in model.iq_parameters if "[" in par.name])
47
48def getMultiplicity(model):
49    """
50    Finds out if 'model' has multishell parameters.
51    If so, returns the name of the counter parameter and the number of shells
52    """
53    iter_params = getIterParams(model)
54    param_name = ""
55    param_length = 0
56    if iter_params:
57        param_length = iter_params[0].length
58        param_name = iter_params[0].length_control
59        if param_name is None and '[' in iter_params[0].name:
60            param_name = iter_params[0].name[:iter_params[0].name.index('[')]
61    return (param_name, param_length)
62
63def addParametersToModel(parameters, kernel_module, is2D):
64    """
65    Update local ModelModel with sasmodel parameters
66    """
67    multishell_parameters = getIterParams(parameters)
68    multishell_param_name, _ = getMultiplicity(parameters)
69
70    if is2D:
71        params = [p for p in parameters.kernel_parameters if p.type != 'magnetic']
72    else:
73        params = parameters.iq_parameters
74    item = []
75    for param in params:
76        # don't include shell parameters
77        if param.name == multishell_param_name:
78            continue
79        # Modify parameter name from <param>[n] to <param>1
80        item_name = param.name
81        if param in multishell_parameters:
82            continue
83        #    item_name = replaceShellName(param.name, 1)
84
85        item1 = QtGui.QStandardItem(item_name)
86        item1.setCheckable(True)
87        item1.setEditable(False)
88        # item_err = QtGui.QStandardItem()
89        # check for polydisp params
90        if param.polydisperse:
91            poly_item = QtGui.QStandardItem("Polydispersity")
92            poly_item.setEditable(False)
93            item1_1 = QtGui.QStandardItem("Distribution")
94            item1_1.setEditable(False)
95            # Find param in volume_params
96            for p in parameters.form_volume_parameters:
97                if p.name != param.name:
98                    continue
99                width = kernel_module.getParam(p.name+'.width')
100                ptype = kernel_module.getParam(p.name+'.type')
101
102                item1_2 = QtGui.QStandardItem(str(width))
103                item1_2.setEditable(False)
104                item1_3 = QtGui.QStandardItem()
105                item1_3.setEditable(False)
106                item1_4 = QtGui.QStandardItem()
107                item1_4.setEditable(False)
108                item1_5 = QtGui.QStandardItem(ptype)
109                item1_5.setEditable(False)
110                poly_item.appendRow([item1_1, item1_2, item1_3, item1_4, item1_5])
111                break
112            # Add the polydisp item as a child
113            item1.appendRow([poly_item])
114        # Param values
115        item2 = QtGui.QStandardItem(str(param.default))
116        # TODO: the error column.
117        # Either add a proxy model or a custom view delegate
118        #item_err = QtGui.QStandardItem()
119        item3 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[0]))
120        item4 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[1]))
121        item5 = QtGui.QStandardItem(param.units)
122        item5.setEditable(False)
123        item.append([item1, item2, item3, item4, item5])
124    return item
125
126def addSimpleParametersToModel(parameters, is2D):
127    """
128    Update local ModelModel with sasmodel parameters
129    """
130    if is2D:
131        params = [p for p in parameters.kernel_parameters if p.type != 'magnetic']
132    else:
133        params = parameters.iq_parameters
134    item = []
135    for param in params:
136        # Create the top level, checkable item
137        item_name = param.name
138        item1 = QtGui.QStandardItem(item_name)
139        item1.setCheckable(True)
140        item1.setEditable(False)
141        # Param values
142        # TODO: add delegate for validation of cells
143        item2 = QtGui.QStandardItem(str(param.default))
144        item4 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[0]))
145        item5 = QtGui.QStandardItem(str(param.limits[1]))
146        item6 = QtGui.QStandardItem(param.units)
147        item6.setEditable(False)
148        item.append([item1, item2, item4, item5, item6])
149    return item
150
151def markParameterDisabled(model, row):
152    """Given the QModel row number, format to show it is not available for fitting"""
153
154    # If an error column is present, there are a total of 6 columns.
155    items = [model.item(row, c) for c in range(6)]
156
157    model.blockSignals(True)
158
159    for item in items:
160        if item is None:
161            continue
162        item.setEditable(False)
163        item.setCheckable(False)
164
165    item = items[0]
166
167    font = QtGui.QFont()
168    font.setItalic(True)
169    item.setFont(font)
170    item.setForeground(QtGui.QBrush(QtGui.QColor(100, 100, 100)))
171    item.setToolTip("This parameter cannot be fitted.")
172
173    model.blockSignals(False)
174
175def addCheckedListToModel(model, param_list):
176    """
177    Add a QItem to model. Makes the QItem checkable
178    """
179    assert isinstance(model, QtGui.QStandardItemModel)
180    item_list = [QtGui.QStandardItem(item) for item in param_list]
181    item_list[0].setCheckable(True)
182    model.appendRow(item_list)
183
184def addHeadersToModel(model):
185    """
186    Adds predefined headers to the model
187    """
188    for i, item in enumerate(model_header_captions):
189        model.setHeaderData(i, QtCore.Qt.Horizontal, item)
190
191    model.header_tooltips = copy.copy(model_header_tooltips)
192
193def addErrorHeadersToModel(model):
194    """
195    Adds predefined headers to the model
196    """
197    model_header_error_captions = copy.copy(model_header_captions)
198    model_header_error_captions.insert(2, header_error_caption)
199    for i, item in enumerate(model_header_error_captions):
200        model.setHeaderData(i, QtCore.Qt.Horizontal, item)
201
202    model_header_error_tooltips = copy.copy(model_header_tooltips)
203    model_header_error_tooltips.insert(2, error_tooltip)
204    model.header_tooltips = copy.copy(model_header_error_tooltips)
205
206def addPolyHeadersToModel(model):
207    """
208    Adds predefined headers to the model
209    """
210    for i, item in enumerate(poly_header_captions):
211        model.setHeaderData(i, QtCore.Qt.Horizontal, item)
212
213    model.header_tooltips = copy.copy(poly_header_tooltips)
214
215
216def addErrorPolyHeadersToModel(model):
217    """
218    Adds predefined headers to the model
219    """
220    poly_header_error_captions = copy.copy(poly_header_captions)
221    poly_header_error_captions.insert(2, header_error_caption)
222    for i, item in enumerate(poly_header_error_captions):
223        model.setHeaderData(i, QtCore.Qt.Horizontal, item)
224
225    poly_header_error_tooltips = copy.copy(poly_header_tooltips)
226    poly_header_error_tooltips.insert(2, error_tooltip)
227    model.header_tooltips = copy.copy(poly_header_error_tooltips)
228
229def addShellsToModel(parameters, model, index):
230    """
231    Find out multishell parameters and update the model with the requested number of them
232    """
233    multishell_parameters = getIterParams(parameters)
234
235    for i in range(index):
236        for par in multishell_parameters:
237            # Create the name: <param>[<i>], e.g. "sld1" for parameter "sld[n]"
238            param_name = replaceShellName(par.name, i+1)
239            item1 = QtGui.QStandardItem(param_name)
240            item1.setCheckable(True)
241            # check for polydisp params
242            if par.polydisperse:
243                poly_item = QtGui.QStandardItem("Polydispersity")
244                item1_1 = QtGui.QStandardItem("Distribution")
245                # Find param in volume_params
246                for p in parameters.form_volume_parameters:
247                    if p.name != par.name:
248                        continue
249                    item1_2 = QtGui.QStandardItem(str(p.default))
250                    item1_3 = QtGui.QStandardItem(str(p.limits[0]))
251                    item1_4 = QtGui.QStandardItem(str(p.limits[1]))
252                    item1_5 = QtGui.QStandardItem(p.units)
253                    poly_item.appendRow([item1_1, item1_2, item1_3, item1_4, item1_5])
254                    break
255                item1.appendRow([poly_item])
256
257            item2 = QtGui.QStandardItem(str(par.default))
258            item3 = QtGui.QStandardItem(str(par.limits[0]))
259            item4 = QtGui.QStandardItem(str(par.limits[1]))
260            item5 = QtGui.QStandardItem(par.units)
261            model.appendRow([item1, item2, item3, item4, item5])
262
263def calculateChi2(reference_data, current_data):
264    """
265    Calculate Chi2 value between two sets of data
266    """
267
268    # WEIGHING INPUT
269    #from sas.sasgui.perspectives.fitting.utils import get_weight
270    #flag = self.get_weight_flag()
271    #weight = get_weight(data=self.data, is2d=self._is_2D(), flag=flag)
272    chisqr = None
273    if reference_data is None:
274        return chisqr
275
276    # temporary default values for index and weight
277    index = None
278    weight = None
279
280    # Get data: data I, theory I, and data dI in order
281    if isinstance(reference_data, Data2D):
282        if index is None:
283            index = numpy.ones(len(current_data.data), dtype=bool)
284        if weight is not None:
285            current_data.err_data = weight
286        # get rid of zero error points
287        index = index & (current_data.err_data != 0)
288        index = index & (numpy.isfinite(current_data.data))
289        fn = current_data.data[index]
290        gn = reference_data.data[index]
291        en = current_data.err_data[index]
292    else:
293        # 1 d theory from model_thread is only in the range of index
294        if index is None:
295            index = numpy.ones(len(current_data.y), dtype=bool)
296        if weight is not None:
297            current_data.dy = weight
298        if current_data.dy is None or current_data.dy == []:
299            dy = numpy.ones(len(current_data.y))
300        else:
301            ## Set consistently w/AbstractFitengine:
302            # But this should be corrected later.
303            dy = copy.deepcopy(current_data.dy)
304            dy[dy == 0] = 1
305        fn = current_data.y[index]
306        gn = reference_data.y
307        en = dy[index]
308    # Calculate the residual
309    try:
310        res = (fn - gn) / en
311    except ValueError:
312        #print "Chi2 calculations: Unmatched lengths %s, %s, %s" % (len(fn), len(gn), len(en))
313        return None
314
315    residuals = res[numpy.isfinite(res)]
316    chisqr = numpy.average(residuals * residuals)
317
318    return chisqr
319
320def residualsData1D(reference_data, current_data):
321    """
322    Calculate the residuals for difference of two Data1D sets
323    """
324    # temporary default values for index and weight
325    index = None
326    weight = None
327
328    # 1d theory from model_thread is only in the range of index
329    if current_data.dy is None or current_data.dy == []:
330        dy = numpy.ones(len(current_data.y))
331    else:
332        dy = weight if weight is not None else numpy.ones(len(current_data.y))
333        dy[dy == 0] = 1
334    fn = current_data.y[index][0]
335    gn = reference_data.y
336    en = dy[index][0]
337    # build residuals
338    residuals = Data1D()
339    if len(fn) == len(gn):
340        y = (fn - gn)/en
341        residuals.y = -y
342    else:
343        # TODO: fix case where applying new data from file on top of existing model data
344        try:
345            y = (fn - gn[index][0]) / en
346            residuals.y = y
347        except ValueError:
348            # value errors may show up every once in a while for malformed columns,
349            # just reuse what's there already
350            pass
351
352    residuals.x = current_data.x[index][0]
353    residuals.dy = numpy.ones(len(residuals.y))
354    residuals.dx = None
355    residuals.dxl = None
356    residuals.dxw = None
357    residuals.ytransform = 'y'
358    # For latter scale changes
359    residuals.xaxis('\\rm{Q} ', 'A^{-1}')
360    residuals.yaxis('\\rm{Residuals} ', 'normalized')
361
362    return residuals
363
364def residualsData2D(reference_data, current_data):
365    """
366    Calculate the residuals for difference of two Data2D sets
367    """
368    # temporary default values for index and weight
369    # index = None
370    weight = None
371
372    # build residuals
373    residuals = Data2D()
374    # Not for trunk the line below, instead use the line above
375    current_data.clone_without_data(len(current_data.data), residuals)
376    residuals.data = None
377    fn = current_data.data
378    gn = reference_data.data
379    en = current_data.err_data if weight is None else weight
380    residuals.data = (fn - gn) / en
381    residuals.qx_data = current_data.qx_data
382    residuals.qy_data = current_data.qy_data
383    residuals.q_data = current_data.q_data
384    residuals.err_data = numpy.ones(len(residuals.data))
385    residuals.xmin = min(residuals.qx_data)
386    residuals.xmax = max(residuals.qx_data)
387    residuals.ymin = min(residuals.qy_data)
388    residuals.ymax = max(residuals.qy_data)
389    residuals.q_data = current_data.q_data
390    residuals.mask = current_data.mask
391    residuals.scale = 'linear'
392    # check the lengths
393    if len(residuals.data) != len(residuals.q_data):
394        return None
395    return residuals
396
397def plotResiduals(reference_data, current_data):
398    """
399    Create Data1D/Data2D with residuals, ready for plotting
400    """
401    data_copy = copy.deepcopy(current_data)
402    # Get data: data I, theory I, and data dI in order
403    method_name = current_data.__class__.__name__
404    residuals_dict = {"Data1D": residualsData1D,
405                      "Data2D": residualsData2D}
406
407    residuals = residuals_dict[method_name](reference_data, data_copy)
408
409    theory_name = str(current_data.name.split()[0])
410    residuals.name = "Residuals for " + str(theory_name) + "[" + \
411                    str(reference_data.filename) + "]"
412    residuals.title = residuals.name
413    residuals.ytransform = 'y'
414
415    # when 2 data have the same id override the 1 st plotted
416    # include the last part if keeping charts for separate models is required
417    residuals.id = "res" + str(reference_data.id) # + str(theory_name)
418    # group_id specify on which panel to plot this data
419    group_id = reference_data.group_id
420    residuals.group_id = "res" + str(group_id)
421
422    # Symbol
423    residuals.symbol = 0
424    residuals.hide_error = False
425
426    return residuals
427
428def binary_encode(i, digits):
429    return [i >> d & 1 for d in range(digits)]
430
431def getWeight(data, is2d, flag=None):
432    """
433    Received flag and compute error on data.
434    :param flag: flag to transform error of data.
435    """
436    weight = None
437    if is2d:
438        dy_data = data.err_data
439        data = data.data
440    else:
441        dy_data = data.dy
442        data = data.y
443
444    if flag == 0:
445        weight = numpy.ones_like(data)
446    elif flag == 1:
447        weight = dy_data
448    elif flag == 2:
449        weight = numpy.sqrt(numpy.abs(data))
450    elif flag == 3:
451        weight = numpy.abs(data)
452    return weight
453
454def updateKernelWithResults(kernel, results):
455    """
456    Takes model kernel and applies results dict to its parameters,
457    returning the modified (deep) copy of the kernel.
458    """
459    assert isinstance(results, dict)
460    local_kernel = copy.deepcopy(kernel)
461
462    for parameter in results.keys():
463        # Update the parameter value - note: this supports +/-inf as well
464        local_kernel.setParam(parameter, results[parameter][0])
465
466    return local_kernel
467
468
469def getStandardParam(model=None):
470    """
471    Returns a list with standard parameters for the current model
472    """
473    param = []
474    num_rows = model.rowCount()
475    if num_rows < 1:
476        return None
477
478    for row in range(num_rows):
479        param_name = model.item(row, 0).text()
480        checkbox_state = model.item(row, 0).checkState() == QtCore.Qt.Checked
481        value = model.item(row, 1).text()
482        column_shift = 0
483        if model.columnCount() == 5: # no error column
484            error_state = False
485            error_value = 0.0
486        else:
487            error_state = True
488            error_value = model.item(row, 2).text()
489            column_shift = 1
490        min_state = True
491        max_state = True
492        min_value = model.item(row, 2+column_shift).text()
493        max_value = model.item(row, 3+column_shift).text()
494        unit = ""
495        if model.item(row, 4+column_shift) is not None:
496            unit = model.item(row, 4+column_shift).text()
497
498        param.append([checkbox_state, param_name, value, "",
499                        [error_state, error_value],
500                        [min_state, min_value],
501                        [max_state, max_value], unit])
502
503    return param
504
505def getOrientationParam(kernel_module=None):
506    """
507    Get the dictionary with orientation parameters
508    """
509    param = []
510    if kernel_module is None:
511        return None
512    for param_name in list(kernel_module.params.keys()):
513        name = param_name
514        value = kernel_module.params[param_name]
515        min_state = True
516        max_state = True
517        error_state = False
518        error_value = 0.0
519        checkbox_state = True #??
520        details = kernel_module.details[param_name] #[unit, mix, max]
521        param.append([checkbox_state, name, value, "",
522                     [error_state, error_value],
523                     [min_state, details[1]],
524                     [max_state, details[2]], details[0]])
525
526    return param
527
528def formatParameters(parameters):
529    """
530    Prepare the parameter string in the standard SasView layout
531    """
532    assert parameters is not None
533    assert isinstance(parameters, list)
534    output_string = "sasview_parameter_values:"
535    for parameter in parameters:
536        output_string += ",".join([p for p in parameter if p is not None])
537        output_string += ":"
538    return output_string
539
540def formatParametersExcel(parameters):
541    """
542    Prepare the parameter string in the Excel format (tab delimited)
543    """
544    assert parameters is not None
545    assert isinstance(parameters, list)
546    crlf = chr(13) + chr(10)
547    tab = chr(9)
548
549    output_string = ""
550    # names
551    names = ""
552    values = ""
553    for parameter in parameters:
554        names += parameter[0]+tab
555        # Add the error column if fitted
556        if parameter[1] == "True" and parameter[3] is not None:
557            names += parameter[0]+"_err"+tab
558
559        values += parameter[2]+tab
560        if parameter[1] == "True" and parameter[3] is not None:
561            values += parameter[3]+tab
562        # add .npts and .nsigmas when necessary
563        if parameter[0][-6:] == ".width":
564            names += parameter[0].replace('.width', '.nsigmas') + tab
565            names += parameter[0].replace('.width', '.npts') + tab
566            values += parameter[5] + tab + parameter[4] + tab
567
568    output_string = names + crlf + values
569    return output_string
570
571def formatParametersLatex(parameters):
572    """
573    Prepare the parameter string in latex
574    """
575    assert parameters is not None
576    assert isinstance(parameters, list)
577    output_string = r'\begin{table}'
578    output_string += r'\begin{tabular}[h]'
579
580    crlf = chr(13) + chr(10)
581    output_string += '{|'
582    output_string += 'l|l|'*len(parameters)
583    output_string += r'}\hline'
584    output_string += crlf
585
586    for index, parameter in enumerate(parameters):
587        name = parameter[0] # Parameter name
588        output_string += name.replace('_', r'\_')  # Escape underscores
589        # Add the error column if fitted
590        if parameter[1] == "True" and parameter[3] is not None:
591            output_string += ' & '
592            output_string += parameter[0]+r'\_err'
593
594        if index < len(parameters) - 1:
595            output_string += ' & '
596
597        # add .npts and .nsigmas when necessary
598        if parameter[0][-6:] == ".width":
599            output_string += parameter[0].replace('.width', '.nsigmas') + ' & '
600            output_string += parameter[0].replace('.width', '.npts')
601
602            if index < len(parameters) - 1:
603                output_string += ' & '
604
605    output_string += r'\\ \hline'
606    output_string += crlf
607
608    # Construct row of values and errors
609    for index, parameter in enumerate(parameters):
610        output_string += parameter[2]
611        if parameter[1] == "True" and parameter[3] is not None:
612            output_string += ' & '
613            output_string += parameter[3]
614
615        if index < len(parameters) - 1:
616            output_string += ' & '
617
618        # add .npts and .nsigmas when necessary
619        if parameter[0][-6:] == ".width":
620            output_string += parameter[5] + ' & '
621            output_string += parameter[4]
622
623            if index < len(parameters) - 1:
624                output_string += ' & '
625
626    output_string += r'\\ \hline'
627    output_string += crlf
628    output_string += r'\end{tabular}'
629    output_string += r'\end{table}'
630
631    return output_string
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.