source: sasview/src/sas/qtgui/MainWindow/DataManager.py @ 2a174d4

ESS_GUIESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalc
Last change on this file since 2a174d4 was 4e255d1, checked in by Torin Cooper-Bennun <torin.cooper-bennun@…>, 6 years ago

use BytesIO to load/save JSON; saving of numpy data fails otherwise
  • Property mode set to 100755
File size: 15.8 KB
Line 
1################################################################################
2#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4#project funded by the US National Science Foundation.
5#
6#See the license text in license.txt
7#
8#copyright 2010, University of Tennessee
9################################################################################
10"""
11This module manages all data loaded into the application. Data_manager makes
12available all data loaded  for the current perspective.
13
14All modules "creating Data" posts their data to data_manager .
15Data_manager  make these new data available for all other perspectives.
16"""
17#
18# REDUNDANT CLASS!!!
19# ALL THE FUNCTIONALITY IS BEING MOVED TO GuiManager.py
20#
21import os
22import copy
23import logging
24import json
25import time
26from io import BytesIO
27import numpy as np
28
29from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data1D
30from sas.qtgui.Plotting.PlotterData import Data2D
31from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Plottable
32from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableTheory1D
33from sas.qtgui.Plotting.Plottables import PlottableFit1D
34from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Text
35from sas.qtgui.Plotting.Plottables import Chisq
36from sas.qtgui.Plotting.Plottables import View
37
38from sas.qtgui.Utilities import GuiUtils
39from sas.qtgui.MainWindow.DataState import DataState
40import sas.sascalc.dataloader.data_info as DataInfo
41
42# used for import/export
43from sas.sascalc.dataloader.data_info import Sample, Source, Vector
44
45class DataManager(object):
46    """
47    Manage a list of data
48    """
49    def __init__(self):
50        """
51        Store opened path and data object created at the loading time
52        :param auto_plot: if True the datamanager sends data to plotting
53                            plugin.
54        :param auto_set_data: if True the datamanager sends to the current
55        perspective
56        """
57        self.stored_data = {}
58        self.message = ""
59        self.data_name_dict = {}
60        self.count = 0
61        self.list_of_id = []
62        self.time_stamp = time.time()
63
64    def __str__(self):
65        _str  = ""
66        _str += "No of states  is %s \n" % str(len(self.stored_data))
67        n_count = 0
68        for  value in list(self.stored_data.values()):
69            n_count += 1
70            _str += "State No %s \n"  % str(n_count)
71            _str += str(value) + "\n"
72        return _str
73
74    def create_gui_data(self, data, path=None):
75        """
76        Receive data from loader and create a data to use for guiframe
77        """
78
79        if issubclass(Data2D, data.__class__):
80            new_plot = Data2D(image=None, err_image=None)
81        else:
82            new_plot = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None)
83
84        new_plot.copy_from_datainfo(data)
85        data.clone_without_data(clone=new_plot)
86        #creating a name for data
87        title = ""
88        file_name = os.path.basename(path) if path is not None else os.path.basename(data.filename)
89        if file_name:
90            name = file_name
91        elif data.run:
92            name = data.run[0]
93        else:
94            name = "data"
95        name = self.rename(name)
96        #find title
97        if data.title.strip():
98            title = data.title
99        if title.strip() == "":
100            title = file_name
101
102        stripped_filename = new_plot.filename.strip()
103        if not stripped_filename:
104            new_plot.filename = file_name
105        if stripped_filename != os.path.basename(stripped_filename):
106            new_plot.filename = file_name
107
108        new_plot.name = name
109        new_plot.title = title
110        ## allow to highlight data when plotted
111        new_plot.interactive = True
112        ## when 2 data have the same id override the 1 st plotted
113        self.time_stamp += 1
114        new_plot.id = str(name) + str(self.time_stamp)
115        ##group_id specify on which panel to plot this data
116        new_plot.group_id = str(name) + str(self.time_stamp)
117        new_plot.is_data = True
118        new_plot.path = path
119        new_plot.list_group_id = []
120        ##post data to plot
121        # plot data
122        return new_plot
123
124    def rename(self, name):
125        """
126        rename data
127        """
128        # name of the data allow to differentiate data when plotted
129        try:
130            name = GuiUtils.parseName(name=name, expression="_")
131        except TypeError:
132            # bad name sent to rename
133            return None
134
135        max_char = name.find("[")
136        if max_char < 0:
137            max_char = len(name)
138        name = name[0:max_char]
139
140        if name not in self.data_name_dict:
141            self.data_name_dict[name] = 0
142        else:
143            self.data_name_dict[name] += 1
144            name = name + " [" + str(self.data_name_dict[name]) + "]"
145        return name
146
147
148    def add_data(self, data_list):
149        """
150        receive a list of
151        """
152        for id, data in data_list.items():
153            if id  in self.stored_data:
154                msg = "Data manager already stores %s" % str(data.name)
155                msg += ""
156                logging.info(msg)
157                data_state = self.stored_data[id]
158                data_state.data = data
159            else:
160                data_state = DataState(data)
161                data_state.id = id
162                data_state.path = data.path
163                self.stored_data[id] = data_state
164
165    def update_data(self, prev_data, new_data):
166        """
167        """
168        if prev_data.id not in list(self.stored_data.keys()):
169            return None, {}
170        data_state = self.stored_data[prev_data.id]
171        self.stored_data[new_data.id]  = data_state.clone()
172        self.stored_data[new_data.id].data = new_data
173        if prev_data.id in list(self.stored_data.keys()):
174            del self.stored_data[prev_data.id]
175        return prev_data.id, {new_data.id: self.stored_data[new_data.id]}
176
177    def update_theory(self, theory, data_id=None, state=None):
178        """
179        """
180        uid = data_id
181        if data_id is None and theory is not None:
182            uid = theory.id
183        if uid in list(self.stored_data.keys()):
184             data_state = self.stored_data[uid]
185        else:
186            data_state = DataState()
187        data_state.uid = uid
188        data_state.set_theory(theory_data=theory, theory_state=state)
189        self.stored_data[uid] = data_state
190        return {uid: self.stored_data[uid]}
191
192
193    def get_message(self):
194        """
195        return message
196        """
197        return self.message
198
199    def get_by_id(self, id_list=None):
200        """
201        """
202        _selected_data = {}
203        _selected_theory_list = {}
204        if id_list is None:
205            return
206        for d_id in self.stored_data:
207            for search_id in id_list:
208                data_state = self.stored_data[d_id]
209                data = data_state.data
210                theory_list = data_state.get_theory()
211                if search_id == d_id:
212                    _selected_data[search_id] = data
213                if search_id in list(theory_list.keys()):
214                     _selected_theory_list[search_id] = theory_list[search_id]
215
216        return _selected_data, _selected_theory_list
217
218
219    def freeze(self, theory_id):
220        """
221        """
222        return self.freeze_theory(list(self.stored_data.keys()), theory_id)
223
224    def freeze_theory(self, data_id, theory_id):
225        """
226        """
227        selected_theory = {}
228        for d_id in data_id:
229            if d_id in self.stored_data:
230                data_state = self.stored_data[d_id]
231                theory_list = data_state.get_theory()
232                for t_id in theory_id:
233                    if t_id in list(theory_list.keys()):
234                        theory_data, theory_state = theory_list[t_id]
235                        new_theory = copy.deepcopy(theory_data)
236                        new_theory.id  = time.time()
237                        new_theory.is_data = True
238                        new_theory.name += '_@' + \
239                                    str(new_theory.id)[7:-1].replace('.', '')
240                        new_theory.title = new_theory.name
241                        new_theory.label = new_theory.name
242                        selected_theory[new_theory.id] = DataState(new_theory)
243                        self.stored_data[new_theory.id] = \
244                                    selected_theory[new_theory.id]
245
246        return selected_theory
247
248
249    def delete_data(self, data_id, theory_id=None, delete_all=False):
250        """
251        """
252        for d_id in data_id:
253            if d_id in list(self.stored_data.keys()):
254                data_state = self.stored_data[d_id]
255                if data_state.data.name in self.data_name_dict:
256                    del self.data_name_dict[data_state.data.name]
257                del self.stored_data[d_id]
258
259        self.delete_theory(data_id, theory_id)
260        if delete_all:
261            self.stored_data = {}
262            self.data_name_dict = {}
263
264    def delete_theory(self, data_id, theory_id):
265        """
266        """
267        for d_id in data_id:
268            if d_id in self.stored_data:
269                data_state = self.stored_data[d_id]
270                theory_list = data_state.get_theory()
271                if theory_id in list(theory_list.keys()):
272                    del theory_list[theory_id]
273        #del pure theory
274        self.delete_by_id(theory_id)
275
276    def delete_by_id(self, id_list=None):
277        """
278        save data and path
279        """
280        for id in id_list:
281            if id in self.stored_data:
282                del self.stored_data[id]
283
284    def get_by_name(self, name_list=None):
285        """
286        return a list of data given a list of data names
287        """
288        _selected_data = {}
289        for selected_name in name_list:
290            for id, data_state in self.stored_data.items():
291                if data_state.data.name == selected_name:
292                    _selected_data[id] = data_state.data
293        return _selected_data
294
295    def delete_by_name(self, name_list=None):
296        """
297        save data and path
298        """
299        for selected_name in name_list:
300            for id, data_state in self.stored_data.items():
301                if data_state.data.name == selected_name:
302                    del self.stored_data[id]
303
304    def update_stored_data(self, name_list=None):
305        """ update stored data after deleting files in Data Explorer """
306        for selected_name in name_list:
307            # Take the copy of current, possibly shorter stored_data dict
308            stored_data = copy.deepcopy(self.stored_data)
309            for idx in list(stored_data.keys()):
310                if str(selected_name) in str(idx):
311                    del self.stored_data[idx]
312
313    def get_data_state(self, data_id):
314        """
315        Send list of selected data
316        """
317        _selected_data_state = {}
318        for id in data_id:
319            if id in list(self.stored_data.keys()):
320                _selected_data_state[id] = self.stored_data[id]
321        return _selected_data_state
322
323    def get_all_data(self):
324        """
325        return list of all available data
326        """
327        return self.stored_data
328
329    def assign(self, other):
330        self.stored_data = other.stored_data
331        self.message = other.message
332        self.data_name_dict = other.data_name_dict
333        self.count = other.count
334        self.list_of_id = other.list_of_id
335        self.time_stamp = other.time_stamp
336
337    def save_to_writable(self, fp):
338        """
339        save content of stored_data to fp (a .write()-supporting file-like object)
340        """
341
342        def add_type(dict, type):
343            dict['__type__'] = type.__name__
344            return dict
345
346        def jdefault(o):
347            """
348            objects that can't otherwise be serialized need to be converted
349            """
350            # tuples and sets (TODO: default JSONEncoder converts tuples to lists, create custom Encoder that preserves tuples)
351            if isinstance(o, (tuple, set)):
352                content = { 'data': list(o) }
353                return add_type(content, type(o))
354
355            # "simple" types
356            if isinstance(o, (Sample, Source, Vector)):
357                return add_type(o.__dict__, type(o))
358            if isinstance(o, (Plottable, View)):
359                return add_type(o.__dict__, type(o))
360
361            # DataState
362            if isinstance(o, DataState):
363                # don't store parent
364                content = o.__dict__.copy()
365                content.pop('parent')
366                return add_type(content, type(o))
367
368            # ndarray
369            if isinstance(o, np.ndarray):
370                buffer = BytesIO()
371                np.save(buffer, o)
372                buffer.seek(0)
373                content = { 'data': buffer.read().decode('latin-1') }
374                return add_type(content, type(o))
375
376            # not supported
377            logging.info("data cannot be serialized to json: %s" % type(o))
378            return None
379
380        json.dump(self.stored_data, fp, indent=2, sort_keys=True, default=jdefault)
381
382
383    def load_from_readable(self, fp):
384        """
385        load content from tp to stored_data (a .read()-supporting file-like object)
386        """
387
388        supported = [
389            tuple, set,
390            Sample, Source, Vector,
391            Plottable, Data1D, Data2D, PlottableTheory1D, PlottableFit1D, Text, Chisq, View,
392            DataState, np.ndarray]
393
394        lookup = dict((cls.__name__, cls) for cls in supported)
395
396        class TooComplexException(Exception):
397            pass
398
399        def simple_type(cls, data, level):
400            class Empty(object):
401                def __init__(self):
402                    for key, value in data.items():
403                        setattr(self, key, generate(value, level))
404
405            # create target object
406            o = Empty()
407            o.__class__ = cls
408
409            return o
410
411        def construct(type, data, level):
412            try:
413                cls = lookup[type]
414            except KeyError:
415                logging.info('unknown type: %s' % type)
416                return None
417
418            # tuples and sets
419            if cls in (tuple, set):
420                # convert list to tuple/set
421                return cls(generate(data['data'], level))
422
423            # "simple" types
424            if cls in (Sample, Source, Vector):
425                return simple_type(cls, data, level)
426            if issubclass(cls, Plottable) or (cls == View):
427                return simple_type(cls, data, level)
428
429            # DataState
430            if cls == DataState:
431                o = simple_type(cls, data, level)
432                o.parent = None # TODO: set to ???
433                return o
434
435            # ndarray
436            if cls == np.ndarray:
437                buffer = BytesIO()
438                buffer.write(data['data'].encode('latin-1'))
439                buffer.seek(0)
440                return np.load(buffer)
441
442            logging.info('not implemented: %s, %s' % (type, cls))
443            return None
444
445        def generate(data, level):
446            if level > 16: # recursion limit (arbitrary number)
447                raise TooComplexException()
448            else:
449                level += 1
450
451            if isinstance(data, dict):
452                try:
453                    type = data['__type__']
454                except KeyError:
455                    # if dictionary doesn't have __type__ then it is assumed to be just an ordinary dictionary
456                    o = {}
457                    for key, value in data.items():
458                        o[key] = generate(value, level)
459                    return o
460
461                return construct(type, data, level)
462
463            if isinstance(data, list):
464                return [generate(item, level) for item in data]
465
466            return data
467
468        new_stored_data = {}
469        for id, data in json.load(fp).items():
470            try:
471                new_stored_data[id] = generate(data, 0)
472            except TooComplexException:
473                logging.info('unable to load %s' % id)
474
475        self.stored_data = new_stored_data
476
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.