source: sasview/src/sas/models/BEPolyelectrolyte.py @ 7a04dbb

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 7a04dbb was 79492222, checked in by krzywon, 10 years ago

Changed the file and folder names to remove all SANS references.
  • Property mode set to 100644
File size: 4.9 KB
Line 
1"""   
2 Provide F(x) = K*1/(4*pi*Lb*(alpha)^(2))*(q^(2)+k2)/(1+(r02)^(2))*(q^(2)+k2)\
3                       *(q^(2)-(12*h*C/b^(2)))
4 BEPolyelectrolyte as a BaseComponent model
5"""
6
7from sas.models.BaseComponent import BaseComponent
8import math
9
10class BEPolyelectrolyte(BaseComponent):
11    """
12        Class that evaluates a BEPolyelectrolyte.
13       
14        F(x) = K*1/(4*pi*Lb*(alpha)^(2))*(q^(2)+k2)/(1+(r02)^(2))*(q^(2)+k2)\
15                       *(q^(2)-(12*h*C/b^(2)))
16       
17        The model has Eight parameters:
18            K        =  Constrast factor of the polymer
19            Lb       =  Bjerrum length
20            H        =  virial parameter
21            B        =  monomer length
22            Cs       =  Concentration of monovalent salt
23            alpha    =  ionazation degree
24            C        = polymer molar concentration
25            bkd      = background
26    """
27       
28    def __init__(self):
29        """ Initialization """
30       
31        # Initialize BaseComponent first, then sphere
32        BaseComponent.__init__(self)
33       
34        ## Name of the model
35        self.name = "BEPolyelectrolyte"
36        self.description = """
37        F(x) = K*1/(4*pi*Lb*(alpha)^(2))*(q^(2)+k^(2))/(1+(r02)^(2))
38            *(q^(2)+k^(2))*(q^(2)-(12*h*C/b^(2)))+bkd
39               
40        The model has Eight parameters:
41        K        =  Constrast factor of the polymer
42        Lb       =  Bjerrum length
43        H        =  virial parameter
44        B        =  monomer length
45        Cs       =  Concentration of monovalent salt
46        alpha    =  ionazation degree
47        C        = polymer molar concentration
48        bkd      = background
49        """
50        ## Define parameters
51        self.params = {}
52        self.params['k']     = 10
53        self.params['lb']    = 7.1
54        self.params['h']     = 12
55        self.params['b']     = 10
56        self.params['cs']    = 0.0
57        self.params['alpha'] = 0.05
58        self.params['c']     = 0.7
59        self.params['background']  = 0.0
60
61        ## Parameter details [units, min, max]
62        self.details = {}
63        self.details['k']     = ['[barns]', None, None]
64        self.details['lb']    = ['[A]', None, None]
65        self.details['h']     = ['[1/A^(2)]', None, None]
66        self.details['b']     = ['[A]', None, None]
67        self.details['cs']    = ['[mol/L]', None, None]
68        self.details['alpha'] = ['', None, None]
69        self.details['c']     = ['[mol/L]', None, None]
70        self.details['background'] = ['[1/cm]', None, None]
71        #list of parameter that cannot be fitted
72        self.fixed = []
73               
74    def _BEPoly(self, x):
75        """
76            Evaluate 
77            F(x) = K*1/(4*pi*Lb*(alpha)^(2))*(q^(2)+k2)/(1+(r02)^(2))
78                *(q^(2)+k2)*(q^(2)-(12*h*C/b^(2)))
79       
80            has 3 internal parameters :
81                   The inverse Debye Length: K2 = 4*pi*Lb*(2*Cs+alpha*C)
82                   r02 =1/alpha/Ca^(0.5)*(B/(48*pi*Lb)^(0.5))
83                   Ca = C*6.022136e-4
84        """
85        Ca = self.params['c'] * 6.022136e-4
86        #remove singulars
87        if self.params['alpha']<=0 or self.params['c']<=0\
88            or self.params['b']==0 or self.params['lb']<=0:
89            return 0
90        else:
91           
92            K2 = 4.0 * math.pi * self.params['lb'] * (2*self.params['cs'] + \
93                     self.params['alpha'] * Ca)
94           
95            r02 = 1.0/self.params['alpha']/math.sqrt(Ca) * \
96                    (self.params['b']/\
97                     math.sqrt((48.0*math.pi*self.params['lb'])))
98           
99            return self.params['k']/( 4.0 * math.pi * self.params['lb'] \
100                                      * self.params['alpha']**2 ) \
101                   * ( x**2 + K2 ) / ( 1.0 + r02**2 * ( x**2 + K2 ) \
102                        * (x**2 - ( 12.0 * self.params['h'] \
103                        * Ca/(self.params['b']**2) ))) \
104                        + self.params['background']
105   
106    def run(self, x = 0.0):
107        """ Evaluate the model
108            @param x: input q-value (float or [float, float] as [r, theta])
109            @return: (debye value)
110        """
111        if x.__class__.__name__ == 'list':
112            return self._BEPoly(x[0])
113        elif x.__class__.__name__ == 'tuple':
114            raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models"
115        else:
116            return self._BEPoly(x)
117   
118    def runXY(self, x = 0.0):
119        """ Evaluate the model
120            @param x: input q-value (float or [float, float] as [qx, qy])
121            @return: debye value
122        """
123        if x.__class__.__name__ == 'list':
124            q = math.sqrt(x[0]**2 + x[1]**2)
125            return self._BEPoly(q)
126        elif x.__class__.__name__ == 'tuple':
127            raise ValueError, "Tuples are not allowed as input to BaseComponent models"
128        else:
129            return self._BEPoly(x)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.