source: sasview/src/sas/dataloader/readers/sesans_reader.py @ c95a1a5

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since c95a1a5 was edfc8ac, checked in by jhbakker, 10 years ago

Changed Sesans x-axis title to from A to nm
  • Property mode set to 100644
File size: 9.9 KB
RevLine 
[5e326a6]1"""
[edfc8ac]2    SESANS reader (based on ASCII reader)
3   
4    Reader for .ses or .sesans file format
5   
6    Jurrian Bakker
[5e326a6]7"""
8import numpy
9import os
10from sas.dataloader.data_info import SESANSData1D
11
12# Check whether we have a converter available
13has_converter = True
14try:
15    from sas.data_util.nxsunit import Converter
16except:
17    has_converter = False
18_ZERO = 1e-16
19
20class Reader:
21    """
22    Class to load sesans files (6 columns).
23    """
24    ## File type
25    type_name = "SESANS"
26   
27    ## Wildcards
28    type = ["SESANS files (*.ses)|*.ses",
29            "SESANS files (*..sesans)|*.sesans"]
30    ## List of allowed extensions
31    ext = ['.ses', '.SES', '.sesans', '.SESANS']
32   
33    ## Flag to bypass extension check
34    allow_all = True
35   
36    def read(self, path):
37       
38#        print "reader triggered"
39       
40        """
41        Load data file
42       
43        :param path: file path
44       
45        :return: SESANSData1D object, or None
46       
47        :raise RuntimeError: when the file can't be opened
48        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
49        """
50        if os.path.isfile(path):
51            basename = os.path.basename(path)
52            _, extension = os.path.splitext(basename)
53            if self.allow_all or extension.lower() in self.ext:
54                try:
55                    # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii
56                    # characters that brakes the open operation
57                    input_f = open(path,'rb')
58                except:
59                    raise  RuntimeError, "sesans_reader: cannot open %s" % path
60                buff = input_f.read()
61#                print buff
62                lines = buff.splitlines()
63#                print lines
64                #Jae could not find python universal line spliter:
65                #keep the below for now
66                # some ascii data has \r line separator,
67                # try it when the data is on only one long line
68#                if len(lines) < 2 :
69#                    lines = buff.split('\r')
70                 
71                x  = numpy.zeros(0)
72                y  = numpy.zeros(0)
73                dy = numpy.zeros(0)
74                lam  = numpy.zeros(0)
75                dlam = numpy.zeros(0)
76                dx = numpy.zeros(0)
77               
78               #temp. space to sort data
79                tx  = numpy.zeros(0)
80                ty  = numpy.zeros(0)
81                tdy = numpy.zeros(0)
82                tlam  = numpy.zeros(0)
83                tdlam = numpy.zeros(0)
84                tdx = numpy.zeros(0)
85#                print "all good"
86                output = SESANSData1D(x=x, y=y, lam=lam, dy=dy, dx=dx, dlam=dlam)
87#                print output               
88                self.filename = output.filename = basename
89               
90               
91                data_conv_z = None
92                data_conv_P = None
93#                print "passing"
94                if has_converter == True and output.x_unit != 'A':
95                    data_conv_z = Converter('nm')
96                    # Test it
97                    data_conv_z(1.0, output.x_unit)
98#                    print data_conv_z
99#                    print data_conv_z(1.0, output.x_unit)
100                if has_converter == True and output.y_unit != ' ':
101                    data_conv_P = Converter('a.u.')
102                    # Test it
103                    data_conv_P(1.0, output.y_unit)
104#                    print data_conv_P
105#                    print data_conv_P(1.0, output.y_unit)
106                # The first good line of data will define whether
107                # we have 2-column or 3-column ascii
108#                print output.x_unit
109#                print output.y_unit
110               
111#                print "past output"
112               
113#                has_error_dx = None
114#                has_error_dy = None
115               
116#                #Initialize counters for data lines and header lines.
117#                is_data = False  # Has more than 5 lines
118#                # More than "5" lines of data is considered as actual
119#                # data unless that is the only data
120#                mum_data_lines = 5
121#                # To count # of current data candidate lines
122#                i = -1
123#                # To count total # of previous data candidate lines
124#                i1 = -1
125#                # To count # of header lines
126#                j = -1
127#                # Helps to count # of header lines
128#                j1 = -1
129#                #minimum required number of columns of data; ( <= 4).
130#                lentoks = 2
131                paramnames=[]
132                paramvals=[]
133                zvals=[]
134                dzvals=[]
135                lamvals=[]
136                dlamvals=[]
137                Pvals=[]
138                dPvals=[]
139#                print x
140#                print zvals
141                for line in lines:
142                    # Initial try for CSV (split on ,)
143#                    print line
144                    line=line.strip()
145#                    print line
146                    toks = line.split('\t')
147#                    print toks
148                    if len(toks)==2:
149                        paramnames.append(toks[0])
150#                        print paramnames
151                        paramvals.append(toks[1])
152#                        print paramvals
153                    if len(toks)>5:
154                        zvals.append(toks[0])
155                        dzvals.append(toks[1])
156                        lamvals.append(toks[2])
157                        dlamvals.append(toks[3])
158                        Pvals.append(toks[4])
159                        dPvals.append(toks[5])
160                    else:
161                        continue
162#                print varheaders
163#                print paramnames
164#                print paramvals
165#                print zvals 
166#                print len(zvals)
167               
168                x=[]
169                y=[]
170                lam=[]
171                dx=[]
172                dy=[]
173                dlam=[]
174                varheader=[zvals[0],dzvals[0],lamvals[0],dlamvals[0],Pvals[0],dPvals[0]]
175#                print varheader
176                valrange=range(len(zvals)-1)
177#                print valrange
178                for i in valrange:
179                    x.append(float(zvals[i+1]))
180                    y.append(float(Pvals[i+1]))
181                    lam.append(float(lamvals[i+1]))
182                    dy.append(float(dPvals[i+1]))
183                    dx.append(float(dzvals[i+1]))
184                    dlam.append(float(dlamvals[i+1]))
185                   
186                x,y,lam,dy,dx,dlam = [
187                   numpy.asarray(v, 'double')
188                   for v in (x,y,lam,dy,dx,dlam)
189                ]
190
191#                print x
192#                print y
193#                print dx
194#                print dy
195#                print len(x)
196#                print len(y)
197#                print len(dx)
198#                print len(dy)
199               
200               
201                input_f.close()
202                # Sanity check
203#                if has_error_dy == True and not len(y) == len(dy):
204#                    msg = "sesans_reader: y and dy have different length"
205#                    raise RuntimeError, msg
206#                if has_error_dx == True and not len(x) == len(dx):
207#                    msg = "sesans_reader: y and dy have different length"
208#                    raise RuntimeError, msg
209#                # If the data length is zero, consider this as
210#                # though we were not able to read the file.
211#                if len(x) == 0:
212#                    raise RuntimeError, "sesans_reader: could not load file"
213#                print "alive"
214                #Let's re-order the data to make cal.
215                # curve look better some cases
216#                ind = numpy.lexsort((ty, tx))
217#                for i in ind:
218#                    x[i] = tx[ind[i]]
219#                    y[i] = ty[ind[i]]
220#                    if has_error_dy == True:
221#                        dy[i] = tdy[ind[i]]
222#                    if has_error_dx == True:
223#                        dx[i] = tdx[ind[i]]
224                # Zeros in dx, dy
225#                if has_error_dx:
226#                    dx[dx == 0] = _ZERO
227#                if has_error_dy:
228#                    dy[dy == 0] = _ZERO
229                #Data
230                output.x = x #[x != 0]
231#                print output.x
232                output.y = y #[x != 0]
233#                print output.y
234#                output.dy = dy[x != 0] if has_error_dy == True\
235#                    else numpy.zeros(len(output.y))
236#                output.dx = dx[x != 0] if has_error_dx == True\
237#                    else numpy.zeros(len(output.x))
238                output.dy = dy
239                output.dx = dx
240                output.lam = lam
241                output.dlam = dlam
242
243
244#                print "still alive"               
245#                if data_conv_z is not None:
246#                    output.xaxis("\\rm{z}", output.x_unit)
247#                else:
248#                    output.xaxis("\\rm{z}", 'nm')
249#                if data_conv_P is not None:
250#                    output.yaxis("\\rm{P/P0}", output.y_unit)
251#                else:
252#                    output.yaxis("\\rm{P/P0}", "a.u.")
[edfc8ac]253                output.xaxis("\\rm{z}", 'nm')   
[5e326a6]254                output.yaxis("\\rm{P/P0}", " ")
255                # Store loading process information
256                output.meta_data['loader'] = self.type_name
257                output.sample.thickness = float(paramvals[6])
258                output.sample.name = paramvals[1]
259                output.sample.ID = paramvals[0]
260                output.sample.zacceptance=float(paramvals[7])
[edfc8ac]261                output.vars=varheader
[5e326a6]262
263#                print "sesans_reader end"
264               
265                if len(output.x) < 1:
266                    raise RuntimeError, "%s is empty" % path
267#                print output
[edfc8ac]268#                print output.lam
[5e326a6]269                return output
270           
271        else:
272            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
273        return None
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.