source: sasview/src/sas/dataloader/readers/cansas_reader.py @ c76bdc3

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since c76bdc3 was 9dedf40, checked in by Doucet, Mathieu <doucetm@…>, 10 years ago

Fix issue do to misleading use of exec
  • Property mode set to 100644
File size: 50.2 KB
Line 
1"""
2    CanSAS data reader - new recursive cansas_version.
3"""
4############################################################################
5#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
6#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
7#project funded by the US National Science Foundation.
8#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
9#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
10#following sentence:
11#This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547.
12#copyright 2008,2009 University of Tennessee
13#############################################################################
14
15import logging
16import numpy
17import os
18import sys
19import datetime
20import inspect
21# For saving individual sections of data
22from sas.dataloader.data_info import Data1D
23from sas.dataloader.data_info import Collimation
24from sas.dataloader.data_info import TransmissionSpectrum
25from sas.dataloader.data_info import Detector
26from sas.dataloader.data_info import Process
27from sas.dataloader.data_info import Aperture
28# Both imports used. Do not remove either.
29from xml.dom.minidom import parseString
30import sas.dataloader.readers.xml_reader as xml_reader
31from sas.dataloader.readers.xml_reader import XMLreader
32from sas.dataloader.readers.cansas_constants import CansasConstants
33
34_ZERO = 1e-16
35PREPROCESS = "xmlpreprocess"
36ENCODING = "encoding"
37RUN_NAME_DEFAULT = "None"
38HAS_CONVERTER = True
39try:
40    from sas.data_util.nxsunit import Converter
41except ImportError:
42    HAS_CONVERTER = False
43
44CONSTANTS = CansasConstants()
45CANSAS_FORMAT = CONSTANTS.format
46CANSAS_NS = CONSTANTS.names
47ALLOW_ALL = True
48
49# DO NOT REMOVE
50# Called by outside packages:
51#    sas.perspectives.invariant.invariant_state
52#    sas.perspectives.fitting.pagestate
53def get_content(location, node):
54    """
55    Get the first instance of the content of a xpath location.
56
57    :param location: xpath location
58    :param node: node to start at
59
60    :return: Element, or None
61    """
62    nodes = node.xpath(location,
63                       namespaces={'ns': CANSAS_NS.get("1.0").get("ns")})
64
65    if len(nodes) > 0:
66        return nodes[0]
67    else:
68        return None
69
70
71# DO NOT REMOVE
72# Called by outside packages:
73#    sas.perspectives.fitting.pagestate
74def write_node(doc, parent, name, value, attr=None):
75    """
76    :param doc: document DOM
77    :param parent: parent node
78    :param name: tag of the element
79    :param value: value of the child text node
80    :param attr: attribute dictionary
81
82    :return: True if something was appended, otherwise False
83    """
84    if attr is None:
85        attr = {}
86    if value is not None:
87        node = doc.createElement(name)
88        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value)))
89        for item in attr:
90            node.setAttribute(item, attr[item])
91        parent.appendChild(node)
92        return True
93    return False
94
95
96class Reader(XMLreader):
97    """
98    Class to load cansas 1D XML files
99
100    :Dependencies:
101        The CanSAS reader requires PyXML 0.8.4 or later.
102    """
103    ##CanSAS version - defaults to version 1.0
104    cansas_version = "1.0"
105    base_ns = "{cansas1d/1.0}"
106
107    logging = []
108    errors = []
109
110    type_name = "canSAS"
111    ## Wildcards
112    type = ["XML files (*.xml)|*.xml", "SasView Save Files (*.svs)|*.svs"]
113    ## List of allowed extensions
114    ext = ['.xml', '.XML', '.svs', '.SVS']
115
116    ## Flag to bypass extension check
117    allow_all = True
118
119
120    def __init__(self):
121        ## List of errors
122        self.errors = []
123        self.encoding = None
124
125
126    def is_cansas(self, ext="xml"):
127        """
128        Checks to see if the xml file is a CanSAS file
129
130        :param ext: The file extension of the data file
131        """
132        if self.validate_xml():
133            name = "{http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance}schemaLocation"
134            value = self.xmlroot.get(name)
135            if CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns") == \
136                    value.rsplit(" ")[0]:
137                return True
138        if ext == "svs":
139            return True
140        return False
141
142
143    def load_file_and_schema(self, xml_file):
144        """
145        Loads the file and associates a schema, if a known schema exists
146
147        :param xml_file: The xml file path sent to Reader.read
148        """
149        base_name = xml_reader.__file__
150        base_name = base_name.replace("\\", "/")
151        base = base_name.split("/sas/")[0]
152
153        # Load in xml file and get the cansas version from the header
154        self.set_xml_file(xml_file)
155        self.cansas_version = self.xmlroot.get("version", "1.0")
156
157        # Generic values for the cansas file based on the version
158        cansas_defaults = CANSAS_NS.get(self.cansas_version, "1.0")
159        schema_path = "{0}/sas/dataloader/readers/schema/{1}".format\
160                (base, cansas_defaults.get("schema")).replace("\\", "/")
161
162        # Link a schema to the XML file.
163        self.set_schema(schema_path)
164        return cansas_defaults
165
166
167    def read(self, xml_file):
168        """
169        Validate and read in an xml_file file in the canSAS format.
170
171        :param xml_file: A canSAS file path in proper XML format
172        """
173
174        # output - Final list of Data1D objects
175        output = []
176        # ns - Namespace hierarchy for current xml_file object
177        ns_list = []
178
179        # Check that the file exists
180        if os.path.isfile(xml_file):
181            basename = os.path.basename(xml_file)
182            _, extension = os.path.splitext(basename)
183            # If the file type is not allowed, return nothing
184            if extension in self.ext or self.allow_all:
185                # Get the file location of
186                cansas_defaults = self.load_file_and_schema(xml_file)
187
188                # Try to load the file, but raise an error if unable to.
189                # Check the file matches the XML schema
190                try:
191                    if self.is_cansas(extension):
192                        # Get each SASentry from XML file and add it to a list.
193                        entry_list = self.xmlroot.xpath(
194                                '/ns:SASroot/ns:SASentry',
195                                namespaces={'ns': cansas_defaults.get("ns")})
196                        ns_list.append("SASentry")
197
198                        # If multiple files, modify the name for each is unique
199                        increment = 0
200                        # Parse each SASentry item
201                        for entry in entry_list:
202                            # Define a new Data1D object with zeroes for
203                            # x_vals and y_vals
204                            data1d = Data1D(numpy.empty(0), numpy.empty(0),
205                                            numpy.empty(0), numpy.empty(0))
206                            data1d.dxl = numpy.empty(0)
207                            data1d.dxw = numpy.empty(0)
208
209                            # If more than one SASentry, increment each in order
210                            name = basename
211                            if len(entry_list) - 1 > 0:
212                                name += "_{0}".format(increment)
213                                increment += 1
214
215                            # Set the Data1D name and then parse the entry.
216                            # The entry is appended to a list of entry values
217                            data1d.filename = name
218                            data1d.meta_data["loader"] = "CanSAS 1D"
219
220                            # Get all preprocessing events and encoding
221                            self.set_processing_instructions()
222                            data1d.meta_data[PREPROCESS] = \
223                                    self.processing_instructions
224
225                            # Parse the XML file
226                            return_value, extras = \
227                                self._parse_entry(entry, ns_list, data1d)
228                            del extras[:]
229
230                            return_value = self._final_cleanup(return_value)
231                            output.append(return_value)
232                    else:
233                        output.append("Invalid XML at: {0}".format(\
234                                                    self.find_invalid_xml()))
235                except:
236                    # If the file does not match the schema, raise this error
237                    raise RuntimeError, "%s cannot be read" % xml_file
238                return output
239        # Return a list of parsed entries that dataloader can manage
240        return None
241
242
243    def _final_cleanup(self, data1d):
244        """
245        Final cleanup of the Data1D object to be sure it has all the
246        appropriate information needed for perspectives
247
248        :param data1d: Data1D object that has been populated
249        """
250        # Final cleanup
251        # Remove empty nodes, verify array sizes are correct
252        for error in self.errors:
253            data1d.errors.append(error)
254        del self.errors[:]
255        numpy.trim_zeros(data1d.x)
256        numpy.trim_zeros(data1d.y)
257        numpy.trim_zeros(data1d.dy)
258        size_dx = data1d.dx.size
259        size_dxl = data1d.dxl.size
260        size_dxw = data1d.dxw.size
261        if size_dxl == 0 and size_dxw == 0:
262            data1d.dxl = None
263            data1d.dxw = None
264            numpy.trim_zeros(data1d.dx)
265        elif size_dx == 0:
266            data1d.dx = None
267            size_dx = size_dxl
268            numpy.trim_zeros(data1d.dxl)
269            numpy.trim_zeros(data1d.dxw)
270        return data1d
271
272    def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0):
273        """
274        Create a unique key value for any dictionary to prevent overwriting
275        Recurses until a unique key value is found.
276
277        :param dictionary: A dictionary with any number of entries
278        :param name: The index of the item to be added to dictionary
279        :param numb: The number to be appended to the name, starts at 0
280        """
281        if dictionary.get(name) is not None:
282            numb += 1
283            name = name.split("_")[0]
284            name += "_{0}".format(numb)
285            name = self._create_unique_key(dictionary, name, numb)
286        return name
287
288
289    def _unit_conversion(self, node, new_current_level, data1d, \
290                                                tagname, node_value):
291        """
292        A unit converter method used to convert the data included in the file
293        to the default units listed in data_info
294
295        :param new_current_level: cansas_constants level as returned by
296            iterate_namespace
297        :param attr: The attributes of the node
298        :param data1d: Where the values will be saved
299        :param node_value: The value of the current dom node
300        """
301        attr = node.attrib
302        value_unit = ''
303        if 'unit' in attr and new_current_level.get('unit') is not None:
304            try:
305                local_unit = attr['unit']
306                if isinstance(node_value, float) is False:
307                    exec("node_value = float({0})".format(node_value))
308                default_unit = None
309                unitname = new_current_level.get("unit")
310                exec "default_unit = data1d.{0}".format(unitname)
311                if local_unit is not None and default_unit is not None and \
312                        local_unit.lower() != default_unit.lower() \
313                        and local_unit.lower() != "none":
314                    if HAS_CONVERTER == True:
315                        ## Check local units - bad units raise KeyError
316                        data_conv_q = Converter(local_unit)
317                        value_unit = default_unit
318                        i_string = "node_value = data_conv_q"
319                        i_string += "(node_value, units=data1d.{0})"
320                        exec i_string.format(unitname)
321                    else:
322                        value_unit = local_unit
323                        err_msg = "Unit converter is not available.\n"
324                        self.errors.append(err_msg)
325                else:
326                    value_unit = local_unit
327            except KeyError:
328                err_msg = "CanSAS reader: unexpected "
329                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]; "
330                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
331                intermediate = "err_msg += " + \
332                            "\"expecting [{1}]\"" + \
333                            ".format(data1d.{0})"
334                exec intermediate.format(unitname, "{0}", "{1}")
335                self.errors.append(err_msg)
336                value_unit = local_unit
337            except:
338                print sys.exc_info()
339                err_msg = "CanSAS reader: unknown error converting "
340                err_msg += "\"{0}\" unit [{1}]"
341                err_msg = err_msg.format(tagname, local_unit)
342                self.errors.append(err_msg)
343                value_unit = local_unit
344        elif 'unit' in attr:
345            value_unit = attr['unit']
346        node_value = "float({0})".format(node_value)
347        return node_value, value_unit
348
349
350    def _check_for_empty_data(self, data1d):
351        """
352        Creates an empty data set if no data is passed to the reader
353
354        :param data1d: presumably a Data1D object
355        """
356        if data1d == None:
357            self.errors = []
358            x_vals = numpy.empty(0)
359            y_vals = numpy.empty(0)
360            dx_vals = numpy.empty(0)
361            dy_vals = numpy.empty(0)
362            dxl = numpy.empty(0)
363            dxw = numpy.empty(0)
364            data1d = Data1D(x_vals, y_vals, dx_vals, dy_vals)
365            data1d.dxl = dxl
366            data1d.dxw = dxw
367        return data1d
368
369    def _handle_special_cases(self, tagname, data1d, children):
370        """
371        Handle cases where the data type in Data1D is a dictionary or list
372
373        :param tagname: XML tagname in use
374        :param data1d: The original Data1D object
375        :param children: Child nodes of node
376        :param node: existing node with tag name 'tagname'
377        """
378        if tagname == "SASdetector":
379            data1d = Detector()
380        elif tagname == "SAScollimation":
381            data1d = Collimation()
382        elif tagname == "SAStransmission_spectrum":
383            data1d = TransmissionSpectrum()
384        elif tagname == "SASprocess":
385            data1d = Process()
386            for child in children:
387                if child.tag.replace(self.base_ns, "") == "term":
388                    term_attr = {}
389                    for attr in child.keys():
390                        term_attr[attr] = \
391                            ' '.join(child.get(attr).split())
392                    if child.text is not None:
393                        term_attr['value'] = \
394                            ' '.join(child.text.split())
395                    data1d.term.append(term_attr)
396        elif tagname == "aperture":
397            data1d = Aperture()
398        if tagname == "Idata" and children is not None:
399            data1d = self._check_for_empty_resolution(data1d, children)
400        return data1d
401
402    def _check_for_empty_resolution(self, data1d, children):
403        """
404        A method to check all resolution data sets are the same size as I and Q
405        """
406        dql_exists = False
407        dqw_exists = False
408        dq_exists = False
409        di_exists = False
410        for child in children:
411            tag = child.tag.replace(self.base_ns, "")
412            if tag == "dQl":
413                dql_exists = True
414            if tag == "dQw":
415                dqw_exists = True
416            if tag == "Qdev":
417                dq_exists = True
418            if tag == "Idev":
419                di_exists = True
420        if dqw_exists and dql_exists == False:
421            data1d.dxl = numpy.append(data1d.dxl, 0.0)
422        elif dql_exists and dqw_exists == False:
423            data1d.dxw = numpy.append(data1d.dxw, 0.0)
424        elif dql_exists == False and dqw_exists == False \
425                                            and dq_exists == False:
426            data1d.dx = numpy.append(data1d.dx, 0.0)
427        if di_exists == False:
428            data1d.dy = numpy.append(data1d.dy, 0.0)
429        return data1d
430
431    def _restore_original_case(self,
432                               tagname_original,
433                               tagname,
434                               save_data1d,
435                               data1d):
436        """
437        Save the special case data to the appropriate location and restore
438        the original Data1D object
439
440        :param tagname_original: Unmodified tagname for the node
441        :param tagname: modified tagname for the node
442        :param save_data1d: The original Data1D object
443        :param data1d: If a special case was handled, an object of that type
444        """
445        if tagname_original == "SASdetector":
446            save_data1d.detector.append(data1d)
447        elif tagname_original == "SAScollimation":
448            save_data1d.collimation.append(data1d)
449        elif tagname == "SAStransmission_spectrum":
450            save_data1d.trans_spectrum.append(data1d)
451        elif tagname_original == "SASprocess":
452            save_data1d.process.append(data1d)
453        elif tagname_original == "aperture":
454            save_data1d.aperture.append(data1d)
455        else:
456            save_data1d = data1d
457        return save_data1d
458
459    def _handle_attributes(self, node, data1d, cs_values, tagname):
460        """
461        Process all of the attributes for a node
462        """
463        attr = node.attrib
464        if attr is not None:
465            for key in node.keys():
466                try:
467                    node_value, unit = self._get_node_value(node, cs_values, \
468                                                   data1d, tagname)
469                    cansas_attrib = \
470                        cs_values.current_level.get("attributes").get(key)
471                    attrib_variable = cansas_attrib.get("variable")
472                    if key == 'unit' and unit != '':
473                        attrib_value = unit
474                    else:
475                        attrib_value = node.attrib[key]
476                    store_attr = attrib_variable.format("data1d", \
477                                                    attrib_value, key)
478                    exec store_attr
479                except AttributeError:
480                    pass
481        return data1d
482
483    def _get_node_value(self, node, cs_values, data1d, tagname):
484        """
485        Get the value of a node and any applicable units
486
487        :param node: The XML node to get the value of
488        :param cs_values: A CansasConstants.CurrentLevel object
489        :param attr: The node attributes
490        :param dataid: The working object to be modified
491        :param tagname: The tagname of the node
492        """
493        #Get the text from the node and convert all whitespace to spaces
494        units = ''
495        node_value = node.text
496        if node_value == "":
497            node_value = None
498        if node_value is not None:
499            node_value = ' '.join(node_value.split())
500
501        # If the value is a float, compile with units.
502        if cs_values.ns_datatype == "float":
503            # If an empty value is given, set as zero.
504            if node_value is None or node_value.isspace() \
505                                    or node_value.lower() == "nan":
506                node_value = "0.0"
507            #Convert the value to the base units
508            node_value, units = self._unit_conversion(node, \
509                        cs_values.current_level, data1d, tagname, node_value)
510
511        # If the value is a timestamp, convert to a datetime object
512        elif cs_values.ns_datatype == "timestamp":
513            if node_value is None or node_value.isspace():
514                pass
515            else:
516                try:
517                    node_value = \
518                        datetime.datetime.fromtimestamp(node_value)
519                except ValueError:
520                    node_value = None
521        return node_value, units
522
523    def _parse_entry(self, dom, names=None, data1d=None, extras=None):
524        """
525        Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of
526            the CanSAS data format. This will allow multiple data files
527            and extra nodes to be read in simultaneously.
528
529        :param dom: dom object with a namespace base of names
530        :param names: A list of element names that lead up to the dom object
531        :param data1d: The data1d object that will be modified
532        :param extras: Any values that should go into meta_data when data1d
533            is not a Data1D object
534        """
535
536        if extras is None:
537            extras = []
538        if names is None or names == []:
539            names = ["SASentry"]
540
541        data1d = self._check_for_empty_data(data1d)
542
543        self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \
544                            CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}")
545        tagname = ''
546        tagname_original = ''
547
548        # Go through each child in the parent element
549        for node in dom:
550            try:
551                # Get the element name and set the current names level
552                tagname = node.tag.replace(self.base_ns, "")
553                tagname_original = tagname
554                if tagname == "fitting_plug_in" or tagname == "pr_inversion" or\
555                    tagname == "invariant":
556                    continue
557                names.append(tagname)
558                children = node.getchildren()
559                if len(children) == 0:
560                    children = None
561                save_data1d = data1d
562
563                # Look for special cases
564                data1d = self._handle_special_cases(tagname, data1d, children)
565
566                # Get where to store content
567                cs_values = CONSTANTS.iterate_namespace(names)
568                # If the element is a child element, recurse
569                if children is not None:
570                    # Returned value is new Data1D object with all previous and
571                    # new values in it.
572                    data1d, extras = self._parse_entry(node,
573                                                       names, data1d, extras)
574
575                #Get the information from the node
576                node_value, _ = self._get_node_value(node, cs_values, \
577                                                            data1d, tagname)
578
579                # If appending to a dictionary (meta_data | run_name)
580                # make sure the key is unique
581                if cs_values.ns_variable == "{0}.meta_data[\"{2}\"] = \"{1}\"":
582                    # If we are within a Process, Detector, Collimation or
583                    # Aperture instance, pull out old data1d
584                    tagname = self._create_unique_key(data1d.meta_data, \
585                                                      tagname, 0)
586                    if isinstance(data1d, Data1D) == False:
587                        store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \
588                                                            node_value, tagname)
589                        extras.append(store_me)
590                        cs_values.ns_variable = None
591                if cs_values.ns_variable == "{0}.run_name[\"{2}\"] = \"{1}\"":
592                    tagname = self._create_unique_key(data1d.run_name, \
593                                                      tagname, 0)
594
595                # Check for Data1D object and any extra commands to save
596                if isinstance(data1d, Data1D):
597                    for item in extras:
598                        exec item
599                # Don't bother saving empty information unless it is a float
600                if cs_values.ns_variable is not None and \
601                            node_value is not None and \
602                            node_value.isspace() == False:
603                    # Format a string and then execute it.
604                    store_me = cs_values.ns_variable.format("data1d", \
605                                                            node_value, tagname)
606                    exec store_me
607                # Get attributes and process them
608                data1d = self._handle_attributes(node, data1d, cs_values, \
609                                                 tagname)
610
611            except TypeError:
612                pass
613            except Exception as excep:
614                exc_type, exc_obj, exc_tb = sys.exc_info()
615                fname = os.path.split(exc_tb.tb_frame.f_code.co_filename)[1]
616                print(excep, exc_type, fname, exc_tb.tb_lineno, \
617                      tagname, exc_obj)
618            finally:
619                # Save special cases in original data1d object
620                # then restore the data1d
621                save_data1d = self._restore_original_case(tagname_original, \
622                                                tagname, save_data1d, data1d)
623                if tagname_original == "fitting_plug_in" or \
624                    tagname_original == "invariant" or \
625                    tagname_original == "pr_inversion":
626                    pass
627                else:
628                    data1d = save_data1d
629                    # Remove tagname from names to restore original base
630                    names.remove(tagname_original)
631        return data1d, extras
632
633    def _get_pi_string(self):
634        """
635        Creates the processing instructions header for writing to file
636        """
637        pis = self.return_processing_instructions()
638        if len(pis) > 0:
639            pi_tree = self.create_tree(pis[0])
640            i = 1
641            for i in range(1, len(pis) - 1):
642                pi_tree = self.append(pis[i], pi_tree)
643            pi_string = self.to_string(pi_tree)
644        else:
645            pi_string = ""
646        return pi_string
647
648    def _create_main_node(self):
649        """
650        Creates the primary xml header used when writing to file
651        """
652        xsi = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
653        version = self.cansas_version
654        n_s = CANSAS_NS.get(version).get("ns")
655        if version == "1.1":
656            url = "http://www.cansas.org/formats/1.1/"
657        else:
658            url = "http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/"
659        schema_location = "{0} {1}cansas1d.xsd".format(n_s, url)
660        attrib = {"{" + xsi + "}schemaLocation" : schema_location,
661                  "version" : version}
662        nsmap = {'xsi' : xsi, None: n_s}
663
664        main_node = self.create_element("{" + n_s + "}SASroot",
665                                        attrib=attrib, nsmap=nsmap)
666        return main_node
667
668    def _write_run_names(self, datainfo, entry_node):
669        """
670        Writes the run names to the XML file
671
672        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
673        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
674        """
675        if datainfo.run == None or datainfo.run == []:
676            datainfo.run.append(RUN_NAME_DEFAULT)
677            datainfo.run_name[RUN_NAME_DEFAULT] = RUN_NAME_DEFAULT
678        for item in datainfo.run:
679            runname = {}
680            if item in datainfo.run_name and \
681            len(str(datainfo.run_name[item])) > 1:
682                runname = {'name': datainfo.run_name[item]}
683            self.write_node(entry_node, "Run", item, runname)
684
685    def _write_data(self, datainfo, entry_node):
686        """
687        Writes the I and Q data to the XML file
688
689        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
690        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
691        """
692        node = self.create_element("SASdata")
693        self.append(node, entry_node)
694
695        for i in range(len(datainfo.x)):
696            point = self.create_element("Idata")
697            node.append(point)
698            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i],
699                            {'unit': datainfo.x_unit})
700            if len(datainfo.y) >= i:
701                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i],
702                                {'unit': datainfo.y_unit})
703            if datainfo.dy != None and len(datainfo.dy) > i:
704                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i],
705                                {'unit': datainfo.y_unit})
706            if datainfo.dx != None and len(datainfo.dx) > i:
707                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i],
708                                {'unit': datainfo.x_unit})
709            if datainfo.dxw != None and len(datainfo.dxw) > i:
710                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i],
711                                {'unit': datainfo.x_unit})
712            if datainfo.dxl != None and len(datainfo.dxl) > i:
713                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i],
714                                {'unit': datainfo.x_unit})
715
716    def _write_trans_spectrum(self, datainfo, entry_node):
717        """
718        Writes the transmission spectrum data to the XML file
719
720        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
721        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
722        """
723        for i in range(len(datainfo.trans_spectrum)):
724            spectrum = datainfo.trans_spectrum[i]
725            node = self.create_element("SAStransmission_spectrum",
726                                       {"name" : spectrum.name})
727            self.append(node, entry_node)
728            if isinstance(spectrum.timestamp, datetime.datetime):
729                node.setAttribute("timestamp", spectrum.timestamp)
730            for i in range(len(spectrum.wavelength)):
731                point = self.create_element("Tdata")
732                node.append(point)
733                self.write_node(point, "Lambda", spectrum.wavelength[i],
734                                {'unit': spectrum.wavelength_unit})
735                self.write_node(point, "T", spectrum.transmission[i],
736                                {'unit': spectrum.transmission_unit})
737                if spectrum.transmission_deviation != None \
738                and len(spectrum.transmission_deviation) >= i:
739                    self.write_node(point, "Tdev",
740                                    spectrum.transmission_deviation[i],
741                                    {'unit':
742                                     spectrum.transmission_deviation_unit})
743
744    def _write_sample_info(self, datainfo, entry_node):
745        """
746        Writes the sample information to the XML file
747
748        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
749        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
750        """
751        sample = self.create_element("SASsample")
752        if datainfo.sample.name is not None:
753            self.write_attribute(sample, "name",
754                                 str(datainfo.sample.name))
755        self.append(sample, entry_node)
756        self.write_node(sample, "ID", str(datainfo.sample.ID))
757        self.write_node(sample, "thickness", datainfo.sample.thickness,
758                        {"unit": datainfo.sample.thickness_unit})
759        self.write_node(sample, "transmission", datainfo.sample.transmission)
760        self.write_node(sample, "temperature", datainfo.sample.temperature,
761                        {"unit": datainfo.sample.temperature_unit})
762
763        pos = self.create_element("position")
764        written = self.write_node(pos,
765                                  "x",
766                                  datainfo.sample.position.x,
767                                  {"unit": datainfo.sample.position_unit})
768        written = written | self.write_node( \
769            pos, "y", datainfo.sample.position.y,
770            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
771        written = written | self.write_node( \
772            pos, "z", datainfo.sample.position.z,
773            {"unit": datainfo.sample.position_unit})
774        if written == True:
775            self.append(pos, sample)
776
777        ori = self.create_element("orientation")
778        written = self.write_node(ori, "roll",
779                                  datainfo.sample.orientation.x,
780                                  {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
781        written = written | self.write_node( \
782            ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y,
783            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
784        written = written | self.write_node( \
785            ori, "yaw", datainfo.sample.orientation.z,
786            {"unit": datainfo.sample.orientation_unit})
787        if written == True:
788            self.append(ori, sample)
789
790        for item in datainfo.sample.details:
791            self.write_node(sample, "details", item)
792
793    def _write_instrument(self, datainfo, entry_node):
794        """
795        Writes the instrumental information to the XML file
796
797        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
798        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
799        """
800        instr = self.create_element("SASinstrument")
801        self.append(instr, entry_node)
802        self.write_node(instr, "name", datainfo.instrument)
803        return instr
804
805    def _write_source(self, datainfo, instr):
806        """
807        Writes the source information to the XML file
808
809        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
810        :param instr: instrument node  to be appended to
811        """
812        source = self.create_element("SASsource")
813        if datainfo.source.name is not None:
814            self.write_attribute(source, "name",
815                                 str(datainfo.source.name))
816        self.append(source, instr)
817        if datainfo.source.radiation == None or datainfo.source.radiation == '':
818            datainfo.source.radiation = "neutron"
819        self.write_node(source, "radiation", datainfo.source.radiation)
820
821        size = self.create_element("beam_size")
822        if datainfo.source.beam_size_name is not None:
823            self.write_attribute(size, "name",
824                                 str(datainfo.source.beam_size_name))
825        written = self.write_node( \
826            size, "x", datainfo.source.beam_size.x,
827            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
828        written = written | self.write_node( \
829            size, "y", datainfo.source.beam_size.y,
830            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
831        written = written | self.write_node( \
832            size, "z", datainfo.source.beam_size.z,
833            {"unit": datainfo.source.beam_size_unit})
834        if written == True:
835            self.append(size, source)
836
837        self.write_node(source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape)
838        self.write_node(source, "wavelength",
839                        datainfo.source.wavelength,
840                        {"unit": datainfo.source.wavelength_unit})
841        self.write_node(source, "wavelength_min",
842                        datainfo.source.wavelength_min,
843                        {"unit": datainfo.source.wavelength_min_unit})
844        self.write_node(source, "wavelength_max",
845                        datainfo.source.wavelength_max,
846                        {"unit": datainfo.source.wavelength_max_unit})
847        self.write_node(source, "wavelength_spread",
848                        datainfo.source.wavelength_spread,
849                        {"unit": datainfo.source.wavelength_spread_unit})
850
851    def _write_collimation(self, datainfo, instr):
852        """
853        Writes the collimation information to the XML file
854
855        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
856        :param instr: lxml node ElementTree object to be appended to
857        """
858        if datainfo.collimation == [] or datainfo.collimation == None:
859            coll = Collimation()
860            datainfo.collimation.append(coll)
861        for item in datainfo.collimation:
862            coll = self.create_element("SAScollimation")
863            if item.name is not None:
864                self.write_attribute(coll, "name", str(item.name))
865            self.append(coll, instr)
866
867            self.write_node(coll, "length", item.length,
868                            {"unit": item.length_unit})
869
870            for aperture in item.aperture:
871                apert = self.create_element("aperture")
872                if aperture.name is not None:
873                    self.write_attribute(apert, "name", str(aperture.name))
874                if aperture.type is not None:
875                    self.write_attribute(apert, "type", str(aperture.type))
876                self.append(apert, coll)
877
878                size = self.create_element("size")
879                if aperture.size_name is not None:
880                    self.write_attribute(size, "name",
881                                         str(aperture.size_name))
882                written = self.write_node(size, "x", aperture.size.x,
883                                          {"unit": aperture.size_unit})
884                written = written | self.write_node( \
885                    size, "y", aperture.size.y,
886                    {"unit": aperture.size_unit})
887                written = written | self.write_node( \
888                    size, "z", aperture.size.z,
889                    {"unit": aperture.size_unit})
890                if written == True:
891                    self.append(size, apert)
892
893                self.write_node(apert, "distance", aperture.distance,
894                                {"unit": aperture.distance_unit})
895
896
897    def _write_detectors(self, datainfo, instr):
898        """
899        Writes the detector information to the XML file
900
901        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
902        :param inst: lxml instrument node to be appended to
903        """
904        if datainfo.detector == None or datainfo.detector == []:
905            det = Detector()
906            det.name = ""
907            datainfo.detector.append(det)
908
909        for item in datainfo.detector:
910            det = self.create_element("SASdetector")
911            written = self.write_node(det, "name", item.name)
912            written = written | self.write_node(det, "SDD", item.distance,
913                                                {"unit": item.distance_unit})
914            if written == True:
915                self.append(det, instr)
916
917            off = self.create_element("offset")
918            written = self.write_node(off, "x", item.offset.x,
919                                      {"unit": item.offset_unit})
920            written = written | self.write_node(off, "y", item.offset.y,
921                                                {"unit": item.offset_unit})
922            written = written | self.write_node(off, "z", item.offset.z,
923                                                {"unit": item.offset_unit})
924            if written == True:
925                self.append(off, det)
926
927            ori = self.create_element("orientation")
928            written = self.write_node(ori, "roll", item.orientation.x,
929                                      {"unit": item.orientation_unit})
930            written = written | self.write_node(ori, "pitch",
931                                                item.orientation.y,
932                                                {"unit": item.orientation_unit})
933            written = written | self.write_node(ori, "yaw",
934                                                item.orientation.z,
935                                                {"unit": item.orientation_unit})
936            if written == True:
937                self.append(ori, det)
938
939            center = self.create_element("beam_center")
940            written = self.write_node(center, "x", item.beam_center.x,
941                                      {"unit": item.beam_center_unit})
942            written = written | self.write_node(center, "y",
943                                                item.beam_center.y,
944                                                {"unit": item.beam_center_unit})
945            written = written | self.write_node(center, "z",
946                                                item.beam_center.z,
947                                                {"unit": item.beam_center_unit})
948            if written == True:
949                self.append(center, det)
950
951            pix = self.create_element("pixel_size")
952            written = self.write_node(pix, "x", item.pixel_size.x,
953                                      {"unit": item.pixel_size_unit})
954            written = written | self.write_node(pix, "y", item.pixel_size.y,
955                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
956            written = written | self.write_node(pix, "z", item.pixel_size.z,
957                                                {"unit": item.pixel_size_unit})
958            written = written | self.write_node(det, "slit_length",
959                                                item.slit_length,
960                                                {"unit": item.slit_length_unit})
961            if written == True:
962                self.append(pix, det)
963
964    def _write_process_notes(self, datainfo, entry_node):
965        """
966        Writes the process notes to the XML file
967
968        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
969        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
970
971        """
972        for item in datainfo.process:
973            node = self.create_element("SASprocess")
974            self.append(node, entry_node)
975            self.write_node(node, "name", item.name)
976            self.write_node(node, "date", item.date)
977            self.write_node(node, "description", item.description)
978            for term in item.term:
979                value = term['value']
980                del term['value']
981                self.write_node(node, "term", value, term)
982            for note in item.notes:
983                self.write_node(node, "SASprocessnote", note)
984            if len(item.notes) == 0:
985                self.write_node(node, "SASprocessnote", "")
986
987    def _write_notes(self, datainfo, entry_node):
988        """
989        Writes the notes to the XML file and creates an empty note if none
990        exist
991
992        :param datainfo: The Data1D object the information is coming from
993        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
994
995        """
996        if len(datainfo.notes) == 0:
997            node = self.create_element("SASnote")
998            self.append(node, entry_node)
999        else:
1000            for item in datainfo.notes:
1001                node = self.create_element("SASnote")
1002                self.write_text(node, item)
1003                self.append(node, entry_node)
1004
1005    def _check_origin(self, entry_node, doc):
1006        """
1007        Return the document, and the SASentry node associated with
1008        the data we just wrote.
1009        If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
1010        object rather than an lxml object.
1011
1012        :param entry_node: lxml node ElementTree object to be appended to
1013        :param doc: entire xml tree
1014        """
1015        frm = inspect.stack()[1]
1016        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "")
1017        mod_name = mod_name.replace(".py", "")
1018        mod = mod_name.split("sas/")
1019        mod_name = mod[1]
1020        if mod_name != "dataloader/readers/cansas_reader":
1021            string = self.to_string(doc, pretty_print=False)
1022            doc = parseString(string)
1023            node_name = entry_node.tag
1024            node_list = doc.getElementsByTagName(node_name)
1025            entry_node = node_list.item(0)
1026        return entry_node
1027
1028    def _to_xml_doc(self, datainfo):
1029        """
1030        Create an XML document to contain the content of a Data1D
1031
1032        :param datainfo: Data1D object
1033        """
1034        if not issubclass(datainfo.__class__, Data1D):
1035            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance"
1036
1037        # Get PIs and create root element
1038        pi_string = self._get_pi_string()
1039
1040        # Define namespaces and create SASroot object
1041        main_node = self._create_main_node()
1042
1043        # Create ElementTree, append SASroot and apply processing instructions
1044        base_string = pi_string + self.to_string(main_node)
1045        base_element = self.create_element_from_string(base_string)
1046        doc = self.create_tree(base_element)
1047
1048        # Create SASentry Element
1049        entry_node = self.create_element("SASentry")
1050        root = doc.getroot()
1051        root.append(entry_node)
1052
1053        # Add Title to SASentry
1054        self.write_node(entry_node, "Title", datainfo.title)
1055
1056        # Add Run to SASentry
1057        self._write_run_names(datainfo, entry_node)
1058
1059        # Add Data info to SASEntry
1060        self._write_data(datainfo, entry_node)
1061
1062        # Transmission Spectrum Info
1063        self._write_trans_spectrum(datainfo, entry_node)
1064
1065        # Sample info
1066        self._write_sample_info(datainfo, entry_node)
1067
1068        # Instrument info
1069        instr = self._write_instrument(datainfo, entry_node)
1070
1071        #   Source
1072        self._write_source(datainfo, instr)
1073
1074        #   Collimation
1075        self._write_collimation(datainfo, instr)
1076
1077        #   Detectors
1078        self._write_detectors(datainfo, instr)
1079
1080        # Processes info
1081        self._write_process_notes(datainfo, entry_node)
1082
1083        # Note info
1084        self._write_notes(datainfo, entry_node)
1085
1086        # Return the document, and the SASentry node associated with
1087        #      the data we just wrote
1088        # If the calling function was not the cansas reader, return a minidom
1089        #      object rather than an lxml object.
1090        entry_node = self._check_origin(entry_node, doc)
1091
1092        return doc, entry_node
1093
1094    def write_node(self, parent, name, value, attr=None):
1095        """
1096        :param doc: document DOM
1097        :param parent: parent node
1098        :param name: tag of the element
1099        :param value: value of the child text node
1100        :param attr: attribute dictionary
1101
1102        :return: True if something was appended, otherwise False
1103        """
1104        if value is not None:
1105            parent = self.ebuilder(parent, name, value, attr)
1106            return True
1107        return False
1108
1109    def write(self, filename, datainfo):
1110        """
1111        Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file
1112
1113        :param filename: name of the file to write
1114        :param datainfo: Data1D object
1115        """
1116        # Create XML document
1117        doc, _ = self._to_xml_doc(datainfo)
1118        # Write the file
1119        file_ref = open(filename, 'w')
1120        if self.encoding == None:
1121            self.encoding = "UTF-8"
1122        doc.write(file_ref, encoding=self.encoding,
1123                  pretty_print=True, xml_declaration=True)
1124        file_ref.close()
1125
1126    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1127    def _store_float(self, location, node, variable, storage, optional=True):
1128        """
1129        Get the content of a xpath location and store
1130        the result. Check that the units are compatible
1131        with the destination. The value is expected to
1132        be a float.
1133
1134        The xpath location might or might not exist.
1135        If it does not exist, nothing is done
1136
1137        :param location: xpath location to fetch
1138        :param node: node to read the data from
1139        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1140        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1141        :param optional: if True, no exception will be raised
1142            if unit conversion can't be done
1143
1144        :raise ValueError: raised when the units are not recognized
1145        """
1146        entry = get_content(location, node)
1147        try:
1148            value = float(entry.text)
1149        except:
1150            value = None
1151
1152        if value is not None:
1153            # If the entry has units, check to see that they are
1154            # compatible with what we currently have in the data object
1155            units = entry.get('unit')
1156            if units is not None:
1157                toks = variable.split('.')
1158                local_unit = None
1159                exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]
1160                if local_unit != None and units.lower() != local_unit.lower():
1161                    if HAS_CONVERTER == True:
1162                        try:
1163                            conv = Converter(units)
1164                            exec "storage.%s = %g" % \
1165                                (variable, conv(value, units=local_unit))
1166                        except:
1167                            _, exc_value, _ = sys.exc_info()
1168                            err_mess = "CanSAS reader: could not convert"
1169                            err_mess += " %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
1170                                % (variable, units, local_unit, exc_value)
1171                            self.errors.append(err_mess)
1172                            if optional:
1173                                logging.info(err_mess)
1174                            else:
1175                                raise ValueError, err_mess
1176                    else:
1177                        err_mess = "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s];"\
1178                        % (variable, units)
1179                        err_mess += " expecting [%s]" % local_unit
1180                        self.errors.append(err_mess)
1181                        if optional:
1182                            logging.info(err_mess)
1183                        else:
1184                            raise ValueError, err_mess
1185                else:
1186                    exec "storage.%s = value" % variable
1187            else:
1188                exec "storage.%s = value" % variable
1189
1190    # DO NOT REMOVE - used in saving and loading panel states.
1191    def _store_content(self, location, node, variable, storage):
1192        """
1193        Get the content of a xpath location and store
1194        the result. The value is treated as a string.
1195
1196        The xpath location might or might not exist.
1197        If it does not exist, nothing is done
1198
1199        :param location: xpath location to fetch
1200        :param node: node to read the data from
1201        :param variable: name of the data member to store it in [string]
1202        :param storage: data object that has the 'variable' data member
1203
1204        :return: return a list of errors
1205        """
1206        entry = get_content(location, node)
1207        if entry is not None and entry.text is not None:
1208            exec "storage.%s = entry.text.strip()" % variable
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.