source: sasview/src/sas/dataloader/readers/abs_reader.py @ bf6b8d1

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since bf6b8d1 was 79492222, checked in by krzywon, 10 years ago

Changed the file and folder names to remove all SANS references.
  • Property mode set to 100644
File size: 10.8 KB
Line 
1"""
2"""
3#####################################################################
4#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
5#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
6#project funded by the US National Science Foundation.
7#See the license text in license.txt
8#copyright 2008, University of Tennessee
9######################################################################
10
11import numpy
12import os
13from sas.dataloader.data_info import Data1D
14from sas.dataloader.data_info import Detector
15
16has_converter = True
17try:
18    from sas.data_util.nxsunit import Converter
19except:
20    has_converter = False
21   
22   
23class Reader:
24    """
25    Class to load IGOR reduced .ABS files
26    """
27    ## File type
28    type_name = "IGOR 1D"
29    ## Wildcards
30    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"]
31    ## List of allowed extensions
32    ext = ['.abs', '.ABS']
33   
34    def read(self, path):
35        """
36        Load data file.
37       
38        :param path: file path
39       
40        :return: Data1D object, or None
41       
42        :raise RuntimeError: when the file can't be opened
43        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
44        """
45        if os.path.isfile(path):
46            basename = os.path.basename(path)
47            root, extension = os.path.splitext(basename)
48            if extension.lower() in self.ext:
49                try:
50                    input_f = open(path,'r')
51                except:
52                    raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
53                buff = input_f.read()
54                lines = buff.split('\n')
55                x  = numpy.zeros(0)
56                y  = numpy.zeros(0)
57                dy = numpy.zeros(0)
58                dx = numpy.zeros(0)
59                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx)
60                detector = Detector()
61                output.detector.append(detector)
62                output.filename = basename
63               
64                is_info = False
65                is_center = False
66                is_data_started = False
67               
68                data_conv_q = None
69                data_conv_i = None
70               
71                if has_converter == True and output.x_unit != '1/A':
72                    data_conv_q = Converter('1/A')
73                    # Test it
74                    data_conv_q(1.0, output.x_unit)
75                   
76                if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm':
77                    data_conv_i = Converter('1/cm')
78                    # Test it
79                    data_conv_i(1.0, output.y_unit)
80               
81                for line in lines:
82                   
83                    # Information line 1
84                    if is_info == True:
85                        is_info = False
86                        line_toks = line.split()
87                       
88                        # Wavelength in Angstrom
89                        try:
90                            value = float(line_toks[1])
91                            if has_converter == True and \
92                                output.source.wavelength_unit != 'A':
93                                conv = Converter('A')
94                                output.source.wavelength = conv(value,
95                                        units=output.source.wavelength_unit)
96                            else:
97                                output.source.wavelength = value
98                        except:
99                            #goes to ASC reader
100                            msg = "abs_reader: cannot open %s" % path
101                            raise  RuntimeError, msg
102                       
103                        # Distance in meters
104                        try:
105                            value = float(line_toks[3])
106                            if has_converter == True and \
107                                detector.distance_unit != 'm':
108                                conv = Converter('m')
109                                detector.distance = conv(value,
110                                                units=detector.distance_unit)
111                            else:
112                                detector.distance = value
113                        except:
114                            #goes to ASC reader
115                            msg = "abs_reader: cannot open %s" % path
116                            raise  RuntimeError, msg
117                        # Transmission
118                        try:
119                            output.sample.transmission = float(line_toks[4])
120                        except:
121                            # Transmission is not a mandatory entry
122                            pass
123                   
124                        # Thickness in mm
125                        try:
126                            value = float(line_toks[5])
127                            if has_converter == True and \
128                                output.sample.thickness_unit != 'cm':
129                                conv = Converter('cm')
130                                output.sample.thickness = conv(value,
131                                            units=output.sample.thickness_unit)
132                            else:
133                                output.sample.thickness = value
134                        except:
135                            # Thickness is not a mandatory entry
136                            pass
137                   
138                    #MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK
139                    #  AVE   STEP
140                    if line.count("LAMBDA") > 0:
141                        is_info = True
142                       
143                    # Find center info line
144                    if is_center == True:
145                        is_center = False
146                        line_toks = line.split()
147                        # Center in bin number
148                        center_x = float(line_toks[0])
149                        center_y = float(line_toks[1])
150                       
151                        # Bin size
152                        if has_converter == True and \
153                            detector.pixel_size_unit != 'mm':
154                            conv = Converter('mm')
155                            detector.pixel_size.x = conv(5.0,
156                                                units=detector.pixel_size_unit)
157                            detector.pixel_size.y = conv(5.0,
158                                                units=detector.pixel_size_unit)
159                        else:
160                            detector.pixel_size.x = 5.0
161                            detector.pixel_size.y = 5.0
162                       
163                        # Store beam center in distance units
164                        # Det 640 x 640 mm
165                        if has_converter == True and \
166                            detector.beam_center_unit != 'mm':
167                            conv = Converter('mm')
168                            detector.beam_center.x = conv(center_x * 5.0,
169                                             units=detector.beam_center_unit)
170                            detector.beam_center.y = conv(center_y * 5.0,
171                                            units=detector.beam_center_unit)
172                        else:
173                            detector.beam_center.x = center_x * 5.0
174                            detector.beam_center.y = center_y * 5.0
175                       
176                        # Detector type
177                        try:
178                            detector.name = line_toks[7]
179                        except:
180                            # Detector name is not a mandatory entry
181                            pass
182                   
183                    #BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L
184                    #  BSTOP(mm)   DET_TYP
185                    if line.count("BCENT") > 0:
186                        is_center = True
187                       
188                    # Parse the data
189                    if is_data_started == True:
190                        toks = line.split()
191
192                        try:
193                            _x  = float(toks[0])
194                            _y  = float(toks[1])
195                            _dy = float(toks[2])
196                            _dx = float(toks[3])
197                           
198                            if data_conv_q is not None:
199                                _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit)
200                                _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit)
201                               
202                            if data_conv_i is not None:
203                                _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit)
204                                _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit)
205                           
206                            x = numpy.append(x, _x)
207                            y = numpy.append(y, _y)
208                            dy = numpy.append(dy, _dy)
209                            dx = numpy.append(dx, _dx)
210                           
211                        except:
212                            # Could not read this data line. If we are here
213                            # it is because we are in the data section. Just
214                            # skip it.
215                            pass
216                           
217                    #The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev.
218                    # I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor|
219                    if line.count("The 6 columns") > 0:
220                        is_data_started = True
221           
222                # Sanity check
223                if not len(y) == len(dy):
224                    msg = "abs_reader: y and dy have different length"
225                    raise ValueError, msg
226                # If the data length is zero, consider this as
227                # though we were not able to read the file.
228                if len(x) == 0:
229                    raise ValueError, "ascii_reader: could not load file"
230               
231                output.x = x[x != 0]
232                output.y = y[x != 0]
233                output.dy = dy[x != 0]
234                output.dx = dx[x != 0]
235                if data_conv_q is not None:
236                    output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit)
237                else:
238                    output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
239                if data_conv_i is not None:
240                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit)
241                else:
242                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}")
243                   
244                # Store loading process information
245                output.meta_data['loader'] = self.type_name
246                return output
247        else:
248            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
249        return None
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.