source: sasview/sansview/perspectives/fitting/fitting.py @ 888e62c

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 888e62c was 888e62c, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 15 years ago

sansview print remove

  • Property mode set to 100644
File size: 33.8 KB
RevLine 
[d89f09b]1import os,os.path, re
2import sys, wx, logging
[0550752]3import string, numpy, math
[d89f09b]4
[3b19ac9]5from copy import deepcopy
[dc317d1]6from danse.common.plottools.plottables import Data1D, Theory1D,Data2D
[6f73a08]7from danse.common.plottools.PlotPanel import PlotPanel
[d89f09b]8from sans.guicomm.events import NewPlotEvent, StatusEvent 
[32d802f]9from sans.guicomm.events import EVT_SLICER_PANEL,EVT_MODEL2D_PANEL
[568e1a5]10
[6f73a08]11from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,Data,FitData1D,FitData2D
[d89f09b]12from fitproblem import FitProblem
13from fitpanel import FitPanel
[e9b4cc4]14from fit_thread import FitThread
[2dbb681]15import models,modelpage
[e1a310f]16import fitpage1D,fitpage2D
[dabb633]17import park
[d250f7d]18DEFAULT_BEAM = 0.005
[cfc68540]19DEFAULT_QMIN = 0.0
20DEFAULT_QMAX = 0.15
21DEFAULT_NPTS = 40
[e9b4cc4]22import time
23import thread
24print "main",thread.get_ident()
25
[d89f09b]26class Plugin:
27    """
[dabb633]28        Fitting plugin is used to perform fit
[d89f09b]29    """
30    def __init__(self):
31        ## Plug-in name
32        self.sub_menu = "Fitting"
33       
34        ## Reference to the parent window
35        self.parent = None
36        self.menu_mng = models.ModelManager()
37        ## List of panels for the simulation perspective (names)
38        self.perspective = []
[568e1a5]39        self.mypanels=[]
[e9b4cc4]40        self.calc_thread = None
41        self.done = False
[d89f09b]42        # Start with a good default
43        self.elapsed = 0.022
44        self.fitter  = None
45       
46        #Flag to let the plug-in know that it is running standalone
47        self.standalone=True
48        ## Fit engine
[3b19ac9]49        self._fit_engine = 'scipy'
[b2c3225]50        self.enable_model2D=False
[d89f09b]51        # Log startup
52        logging.info("Fitting plug-in started")   
[32d802f]53        # model 2D view
54        self.model2D_id=None
[d89f09b]55
56    def populate_menu(self, id, owner):
57        """
58            Create a menu for the Fitting plug-in
59            @param id: id to create a menu
60            @param owner: owner of menu
61            @ return : list of information to populate the main menu
62        """
[32d802f]63        self.parent.Bind(EVT_MODEL2D_PANEL, self._on_model2D_show)
[d89f09b]64        #Menu for fitting
65        self.menu1 = wx.Menu()
66        id1 = wx.NewId()
67        self.menu1.Append(id1, '&Show fit panel')
68        wx.EVT_MENU(owner, id1, self.on_perspective)
[3b19ac9]69        id3 = wx.NewId()
[442895f]70        self.menu1.AppendCheckItem(id3, "park") 
[e5af88b]71   
[3b19ac9]72        wx.EVT_MENU(owner, id3, self._onset_engine)
[d89f09b]73       
74        #menu for model
75        menu2 = wx.Menu()
[f39511b]76   
[d89f09b]77        self.menu_mng.populate_menu(menu2, owner)
78        id2 = wx.NewId()
79        owner.Bind(models.EVT_MODEL,self._on_model_menu)
[2dbb681]80        #owner.Bind(modelpage.EVT_MODEL,self._on_model_menu)
[d89f09b]81        self.fit_panel.set_owner(owner)
82        self.fit_panel.set_model_list(self.menu_mng.get_model_list())
[bcd6d51]83        owner.Bind(fitpage1D.EVT_MODEL_BOX,self._on_model_panel)
[e1a310f]84        owner.Bind(fitpage2D.EVT_MODEL_BOX,self._on_model_panel)
[3b19ac9]85        #create  menubar items
[d89f09b]86        return [(id, self.menu1, "Fitting"),(id2, menu2, "Model")]
87   
88   
89    def help(self, evt):
90        """
91            Show a general help dialog.
92            TODO: replace the text with a nice image
93        """
[d7d143b0]94        from helpDialog import  HelpWindow
95        dialog = HelpWindow(None, -1, 'HelpWindow')
96        if dialog.ShowModal() == wx.ID_OK:
97            pass
98        dialog.Destroy()
99       
[d89f09b]100   
101    def get_context_menu(self, graph=None):
102        """
103            Get the context menu items available for P(r)
104            @param graph: the Graph object to which we attach the context menu
105            @return: a list of menu items with call-back function
106        """
107        self.graph=graph
108        for item in graph.plottables:
[693ab78]109            if item.__class__.__name__ is "Data2D":
[2dbb681]110                return [["Select data  for Fitting",\
111                          "Dialog with fitting parameters ", self._onSelect]] 
[6f73a08]112            else:
[693ab78]113                if item.name==graph.selected_plottable and\
114                 item.__class__.__name__ is  "Data1D":
[2dbb681]115                    return [["Select data  for Fitting", \
116                             "Dialog with fitting parameters ", self._onSelect]] 
[d89f09b]117        return []   
118
119
120    def get_panels(self, parent):
121        """
122            Create and return a list of panel objects
123        """
124        self.parent = parent
125        # Creation of the fit panel
126        self.fit_panel = FitPanel(self.parent, -1)
127        #Set the manager forthe main panel
128        self.fit_panel.set_manager(self)
129        # List of windows used for the perspective
130        self.perspective = []
131        self.perspective.append(self.fit_panel.window_name)
132        # take care of saving  data, model and page associated with each other
[3b19ac9]133        self.page_finder = {}
134        #index number to create random model name
135        self.index_model = 0
[32673ac]136        self.parent.Bind(EVT_SLICER_PANEL, self._on_slicer_event)
[888e62c]137       
[32d802f]138       
[3b19ac9]139        #create the fitting panel
[568e1a5]140        #return [self.fit_panel]
[32673ac]141       
[568e1a5]142        self.mypanels.append(self.fit_panel)
143        return self.mypanels
[888e62c]144   
145   
[32d802f]146    def _on_model2D_show(self, event ):
147        print "model2D get the id ", event.id
[888e62c]148       
149       
[568e1a5]150    def _on_slicer_event(self, event):
[32673ac]151        print "fitting:slicer event ", event.panel
[888e62c]152        if event.panel!=None:
153            new_panel = event.panel
154            # Set group ID if available
155            event_id = self.parent.popup_panel(new_panel)
156            self.menu1.Append(event_id, new_panel.window_caption, 
157                             "Show %s plot panel" % new_panel.window_caption)
158            # Set UID to allow us to reference the panel later
159            new_panel.uid = event_id
160            new_panel
161            self.mypanels.append(new_panel) 
[568e1a5]162        return       
[d23544dc]163    def _on_show_panel(self, event):
164        print "_on_show_panel: fitting"
[d89f09b]165     
166    def get_perspective(self):
167        """
168            Get the list of panel names for this perspective
169        """
170        return self.perspective
171   
172   
173    def on_perspective(self, event):
174        """
175            Call back function for the perspective menu item.
176            We notify the parent window that the perspective
177            has changed.
178        """
179        self.parent.set_perspective(self.perspective)
180   
181   
182    def post_init(self):
183        """
184            Post initialization call back to close the loose ends
185            [Somehow openGL needs this call]
186        """
187        self.parent.set_perspective(self.perspective)
188       
189       
190    def _onSelect(self,event):
191        """
192            when Select data to fit a new page is created .Its reference is
193            added to self.page_finder
194        """
195        self.panel = event.GetEventObject()
196        for item in self.panel.graph.plottables:
[693ab78]197            if item.name == self.panel.graph.selected_plottable or\
198                 item.__class__.__name__ is "Data2D":
[3b19ac9]199                #find a name for the page created for notebook
[d89f09b]200                try:
[6bcdad1]201                    page, model_name = self.fit_panel.add_fit_page(item)
[3b19ac9]202                    # add data associated to the page created
[bcd6d51]203                   
[6f73a08]204                    if page !=None:   
205                        #create a fitproblem storing all link to data,model,page creation
206                        self.page_finder[page]= FitProblem()
[6bcdad1]207                        self.page_finder[page].save_model_name(model_name) 
[bcd6d51]208                        self.page_finder[page].add_data(item)
[d89f09b]209                except:
[68dada4]210                    raise
[6f73a08]211                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Creating Fit page: %s"\
212                    %sys.exc_value))
[948add7]213    def schedule_for_fit(self,value=0,fitproblem =None): 
214        """
215       
216        """   
217        if fitproblem !=None:
218            fitproblem.schedule_tofit(value)
219        else:
220            current_pg=self.fit_panel.get_current_page() 
221            for page, val in self.page_finder.iteritems():
222                if page ==current_pg :
223                    val.schedule_tofit(value)
224                    break
225                     
[d89f09b]226                   
227    def get_page_finder(self):
228        """ @return self.page_finder used also by simfitpage.py""" 
229        return self.page_finder
230   
231   
[3b19ac9]232    def set_page_finder(self,modelname,names,values):
[d89f09b]233        """
234             Used by simfitpage.py to reset a parameter given the string constrainst.
235             @param modelname: the name ot the model for with the parameter has to reset
236             @param value: can be a string in this case.
[3b19ac9]237             @param names: the paramter name
[d89f09b]238             @note: expecting park used for fit.
239        """ 
[94999eb]240        sim_page=self.fit_panel.get_page(1)
[d89f09b]241        for page, value in self.page_finder.iteritems():
242            if page != sim_page:
243                list=value.get_model()
244                model=list[0]
[bcd6d51]245                #print "fitting",model.name,modelname
[d89f09b]246                if model.name== modelname:
[3b19ac9]247                    value.set_model_param(names,values)
[d89f09b]248                    break
249
250   
251                           
252    def split_string(self,item): 
253        """
[3b19ac9]254            receive a word containing dot and split it. used to split parameterset
255            name into model name and parameter name example:
256            paramaterset (item) = M1.A
257            @return model_name =M1 , parameter name =A
[d89f09b]258        """
259        if string.find(item,".")!=-1:
260            param_names= re.split("\.",item)
261            model_name=param_names[0]
262            param_name=param_names[1] 
263            return model_name,param_name
264       
[e9b4cc4]265   
266    def _single_fit_completed(self,result,pars,cpage,qmin,qmax,elapsed,ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]267        """
[3b19ac9]268            Display fit result on one page of the notebook.
269            @param result: result of fit
270            @param pars: list of names of parameters fitted
271            @param current_pg: the page where information will be displayed
272            @param qmin: the minimum value of x to replot the model
273            @param qmax: the maximum value of x to replot model
[d89f09b]274         
275        """
[89032bf]276        #print "single fit ", pars,result.pvec,result.stderr,result.fitness
[e9b4cc4]277        #self.done = True
278        #wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting Completed: %g" % elapsed))
[d89f09b]279        try:
280            for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]281                if page==cpage :
[6f73a08]282                    #fitdata = value.get_data()
[d89f09b]283                    list = value.get_model()
284                    model= list[0]
285                    break
286            i = 0
[89032bf]287            #print "fitting: single fit pars ", pars
[d89f09b]288            for name in pars:
289                if result.pvec.__class__==numpy.float64:
[1b07935d]290                    model.setParam(name,result.pvec)
[d89f09b]291                else:
[1b07935d]292                    model.setParam(name,result.pvec[i])
[442895f]293#                    print "fitting: single fit", name, result.pvec[i]
[d89f09b]294                    i += 1
[26bf293]295            print "fitting result : chisqr",result.fitness
296            print "fitting result : pvec",result.pvec
297            print "fitting result : stderr",result.stderr
298            print "xmin xmax ymin , ymax",qmin, qmax, ymin, ymax
[442895f]299           
[948add7]300            cpage.onsetValues(result.fitness, result.pvec,result.stderr)
[89032bf]301            self.plot_helper(currpage=cpage,qmin=qmin,qmax=qmax,ymin=ymin, ymax=ymax, title="Fitted model 2D ")
[d89f09b]302        except:
[89032bf]303            #raise
[060b857]304            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
[d89f09b]305           
306       
[e9b4cc4]307    def _simul_fit_completed(self,result,qmin,qmax, elapsed,pars=None,cpage=None, ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]308        """
309            Parameter estimation completed,
310            display the results to the user
311            @param alpha: estimated best alpha
312            @param elapsed: computation time
313        """
[e9b4cc4]314        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting Completed: %g" % elapsed))
[d89f09b]315        try:
316            for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]317                if value.get_scheduled()==1:
[6f73a08]318                    #fitdata = value.get_data()
[3b19ac9]319                    list = value.get_model()
320                    model= list[0]
321                   
322                    small_out = []
323                    small_cov = []
324                    i = 0
325                    #Separate result in to data corresponding to each page
326                    for p in result.parameters:
327                        model_name,param_name = self.split_string(p.name) 
328                        if model.name == model_name:
329                            small_out.append(p.value )
[26bf293]330                            small_cov.append(p.stderr)
[3b19ac9]331                            model.setParam(param_name,p.value) 
332                    # Display result on each page
333                    page.onsetValues(result.fitness, small_out,small_cov)
334                    #Replot model
[9d31a8b]335                    self.plot_helper(currpage= page,qmin= qmin,qmax= qmax,ymin=ymin, ymax=ymax) 
[d89f09b]336        except:
337             wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
338           
[e9b4cc4]339 
[17fc6f8]340    def _on_single_fit(self,id=None,qmin=None,qmax=None,ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]341        """
342            perform fit for the  current page  and return chisqr,out and cov
343            @param engineName: type of fit to be performed
344            @param id: unique id corresponding to a fit problem(model, set of data)
345            @param model: model to fit
346           
347        """
[948add7]348        #print "in single fitting"
[d89f09b]349        #set an engine to perform fit
350        from sans.fit.Fitting import Fit
351        self.fitter= Fit(self._fit_engine)
[3b19ac9]352        #Setting an id to store model and data in fit engine
[d89f09b]353        if id==None:
[17fc6f8]354            self.id=0
355        else:
356            self.id = id
[948add7]357        page_fitted=None
358        fit_problem=None
[3b19ac9]359        #Get information (model , data) related to the page on
360        #with the fit will be perform
[57f3320]361        #current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
362        #simul_pg=self.fit_panel.get_page(0)
[948add7]363           
[d89f09b]364        for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]365            if  value.get_scheduled() ==1 :
[9d31a8b]366                metadata = value.get_data()
[d89f09b]367                list=value.get_model()
368                model=list[0]
[08b9c6c8]369                smearer= value.get_smearer()
[26bf293]370                print "single fit", model, smearer
[3b19ac9]371                #Create list of parameters for fitting used
[d89f09b]372                pars=[]
373                templist=[]
374                try:
[948add7]375                    #templist=current_pg.get_param_list()
376                    templist=page.get_param_list()
377                    for element in templist:
378                        pars.append(str(element[0].GetLabelText()))
379                    pars.sort()
[89032bf]380                    #print "single fit start pars:", pars
[948add7]381                    #Do the single fit
[3b19ac9]382                    self.fitter.set_model(Model(model), self.id, pars) 
[888e62c]383                    #print "args...:",metadata,self.id,smearer,qmin,qmax,ymin,ymax
[17fc6f8]384                 
385                    self.fitter.set_data(data=metadata,Uid=self.id,
386                                         smearer=smearer,qmin= qmin,qmax=qmax,
387                                         ymin=ymin,ymax=ymax)
388                   
[948add7]389                    self.fitter.select_problem_for_fit(Uid=self.id,value=value.get_scheduled())
390                    page_fitted=page
391                    self.id+=1
392                    self.schedule_for_fit( 0,value) 
[d89f09b]393                except:
[26bf293]394                    raise 
395                    #wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
[d89f09b]396                    return
[948add7]397                # make sure to keep an alphabetic order
398                #of parameter names in the list     
399        try:
[e9b4cc4]400            # If a thread is already started, stop it
401            if self.calc_thread != None and self.calc_thread.isrunning():
402                self.calc_thread.stop()
403                   
404            self.calc_thread =FitThread(parent =self.parent,
405                                        fn= self.fitter,
406                                        pars= pars,
407                                        cpage= page_fitted,
408                                       qmin=qmin,
409                                       qmax=qmax,
[26bf293]410                                     
[e9b4cc4]411                                       completefn=self._single_fit_completed,
412                                       updatefn=None)
413            self.calc_thread.queue()
414            self.calc_thread.ready(2.5)
415            #while not self.done:
416                #print "when here"
417             #   time.sleep(1)
418           
419           
[948add7]420        except:
[26bf293]421            raise
[948add7]422            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Single Fit error: %s" % sys.exc_value))
423            return
[d89f09b]424         
[9d31a8b]425    def _on_simul_fit(self, id=None,qmin=None,qmax=None, ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]426        """
427            perform fit for all the pages selected on simpage and return chisqr,out and cov
428            @param engineName: type of fit to be performed
429            @param id: unique id corresponding to a fit problem(model, set of data)
430             in park_integration
431            @param model: model to fit
432           
433        """
434        #set an engine to perform fit
435        from sans.fit.Fitting import Fit
436        self.fitter= Fit(self._fit_engine)
[3b19ac9]437       
[d89f09b]438        #Setting an id to store model and data
439        if id==None:
440             id = 0
441        self.id = id
[3b19ac9]442       
[d89f09b]443        for page, value in self.page_finder.iteritems():
444            try:
[948add7]445                if value.get_scheduled()==1:
[9d31a8b]446                    metadata = value.get_data()
[3b19ac9]447                    list = value.get_model()
448                    model= list[0]
[d89f09b]449                    #Create dictionary of parameters for fitting used
450                    pars = []
451                    templist = []
[3b19ac9]452                    templist = page.get_param_list()
[d89f09b]453                    for element in templist:
454                        try:
455                            name = str(element[0].GetLabelText())
456                            pars.append(name)
457                        except:
458                            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
459                            return
[c80c06f]460                    # need to check this print "new model "
[00561739]461                    new_model=Model(model)
[8e81af0]462                    param=value.get_model_param()
463                   
464                    if len(param)>0:
465                        for item in param:
466                            param_value = item[1]
467                            param_name = item[0]
468                            #print "fitting ", param,param_name, param_value
469                           
470                            #new_model.set( model.getParam(param_name[0])= param_value)
471                            #new_model.set( exec"%s=%s"%(param_name[0], param_value))
472                            #new_model.set( exec "%s"%(param_nam) = param_value)
473                            new_model.parameterset[ param_name].set( param_value )
[c80c06f]474                         
[948add7]475                    self.fitter.set_model(new_model, self.id, pars) 
[9d31a8b]476                    self.fitter.set_data(metadata,self.id,qmin,qmax,ymin,ymax)
[948add7]477                    self.fitter.select_problem_for_fit(Uid=self.id,value=value.get_scheduled())
[3b19ac9]478                    self.id += 1 
[d89f09b]479            except:
[89032bf]480                #raise
[3b19ac9]481                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
482                return 
[dabb633]483        #Do the simultaneous fit
[d89f09b]484        try:
[e9b4cc4]485            # If a thread is already started, stop it
486            if self.calc_thread != None and self.calc_thread.isrunning():
487                self.calc_thread.stop()
488                   
489            self.calc_thread =FitThread(parent =self.parent,
490                                        fn= self.fitter,
491                                       qmin=qmin,
492                                       qmax=qmax,
493                                       ymin= ymin,
494                                       ymax= ymax,
495                                       completefn= self._simul_fit_completed,
496                                       updatefn=None)
497            self.calc_thread.queue()
498            self.calc_thread.ready(2.5)
499           
[d89f09b]500        except:
[89032bf]501            #raise
[d89f09b]502            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Simultaneous Fitting error: %s" % sys.exc_value))
503            return
[3b19ac9]504       
505       
506    def _onset_engine(self,event):
507        """ set engine to scipy"""
508        if self._fit_engine== 'park':
509            self._on_change_engine('scipy')
510        else:
511            self._on_change_engine('park')
512        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Engine set to: %s" % self._fit_engine))
513 
514   
[d89f09b]515    def _on_change_engine(self, engine='park'):
516        """
517            Allow to select the type of engine to perform fit
518            @param engine: the key work of the engine
519        """
520        self._fit_engine = engine
521   
522   
523    def _on_model_panel(self, evt):
524        """
525            react to model selection on any combo box or model menu.plot the model 
526        """
[e1a310f]527       
[d89f09b]528        model = evt.model
529        name = evt.name
[32d802f]530       
[94999eb]531        sim_page=self.fit_panel.GetPage(1)
[d89f09b]532        current_pg = self.fit_panel.get_current_page() 
533        if current_pg != sim_page:
534            current_pg.set_panel(model)
[6bcdad1]535            model.name = self.page_finder[current_pg].get_name()
[d89f09b]536            try:
[bcd6d51]537                metadata=self.page_finder[current_pg].get_data()
[6bcdad1]538                M_name=model.name+"= "+name+"("+metadata.group_id+")"
[d89f09b]539            except:
[6bcdad1]540                M_name=model.name+"= "+name
541            #model.name="M"+str(self.index_model)
[d89f09b]542            self.index_model += 1 
[6bcdad1]543            # save model name
[442895f]544           
[6bcdad1]545            # save the name containing the data name with the appropriate model
[1b07935d]546            self.page_finder[current_pg].set_model(model,M_name)
[d89f09b]547            self.plot_helper(currpage= current_pg,qmin= None,qmax= None)
548            sim_page.add_model(self.page_finder)
549       
[08b9c6c8]550    def  set_smearer(self,smearer):     
551         current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
552         self.page_finder[current_pg].set_smearer(smearer)
553         
[d89f09b]554    def redraw_model(self,qmin= None,qmax= None):
555        """
556            Draw a theory according to model changes or data range.
557            @param qmin: the minimum value plotted for theory
558            @param qmax: the maximum value plotted for theory
559        """
560        current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
561        for page, value in self.page_finder.iteritems():
562            if page ==current_pg :
563                break 
564        self.plot_helper(currpage=page,qmin= qmin,qmax= qmax)
565       
[89032bf]566    def plot_helper(self,currpage, fitModel=None, qmin=None,qmax=None,
567                    ymin=None,ymax=None, title=None ):
[d89f09b]568        """
569            Plot a theory given a model and data
570            @param model: the model from where the theory is derived
571            @param currpage: page in a dictionary referring to some data
572        """
[26bf293]573        if self.fit_panel.GetPageCount() >1:
[d89f09b]574            for page in self.page_finder.iterkeys():
575                if  page==currpage : 
[bcd6d51]576                    data=self.page_finder[page].get_data()
577                    list=self.page_finder[page].get_model()
578                    model=list[0]
[d89f09b]579                    break 
[26bf293]580            print "model in fitting",model
[693ab78]581            if data!=None and data.__class__.__name__ != 'Data2D':
[d89f09b]582                theory = Theory1D(x=[], y=[])
[6bcdad1]583                theory.name = model.name
[d89f09b]584                theory.group_id = data.group_id
[6bcdad1]585                theory.id = "Model"
[d89f09b]586                x_name, x_units = data.get_xaxis() 
587                y_name, y_units = data.get_yaxis() 
588                theory.xaxis(x_name, x_units)
589                theory.yaxis(y_name, y_units)
590                if qmin == None :
591                   qmin = min(data.x)
592                if qmax == None :
593                    qmax = max(data.x)
594                try:
595                    tempx = qmin
[1b07935d]596                    tempy = model.run(qmin)
[d89f09b]597                    theory.x.append(tempx)
598                    theory.y.append(tempy)
599                except :
600                        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
601                        skipping point x %g %s" %(qmin, sys.exc_value)))
602                           
603                for i in range(len(data.x)):
604                    try:
605                        if data.x[i]> qmin and data.x[i]< qmax:
606                            tempx = data.x[i]
[1b07935d]607                            tempy = model.run(tempx)
[d89f09b]608                            theory.x.append(tempx) 
609                            theory.y.append(tempy)
[04edd0d]610                           
[d89f09b]611                    except:
612                        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
613                        skipping point x %g %s" %(data.x[i], sys.exc_value)))   
614                try:
615                    tempx = qmax
[1b07935d]616                    tempy = model.run(qmax)
[d89f09b]617                    theory.x.append(tempx)
618                    theory.y.append(tempy)
619                except:
[00561739]620                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
[32d802f]621                        skipping point x %g %s" %(qmin, sys.exc_value)) )
622                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
623                                                title=str(data.name)))
[6f73a08]624            else:
[89032bf]625               
[dc317d1]626                theory=Data2D(data.data, data.err_data)
[6bcdad1]627                theory.name= model.name
[89032bf]628                if title !=None:
629                    self.title = title
630                    theory.id= self.title
631                    theory.group_id= self.title+data.name
632                else:
633                    self.title= "Analytical model 2D "
634                    theory.id= "Model"
635                    theory.group_id= "Model"+data.name
[6f73a08]636                theory.x_bins= data.x_bins
637                theory.y_bins= data.y_bins
638                tempy=[]
[17fc6f8]639                if qmin==None:
640                    qmin=data.xmin
641                if qmax==None:
642                    qmax=data.xmax
643                if ymin==None:
644                    ymin=data.ymin
645                if ymax==None:
646                    ymax=data.ymax
647                xmin=data.xmin
648                xmax=data.xmax
[888e62c]649                #print " q range =",   
[57668f8]650                theory.data = numpy.zeros((len(data.y_bins),len(data.x_bins)))
[888e62c]651                for i in range(len(data.y_bins)):
652                    if data.y_bins[i]>= ymin and data.y_bins[i]<= ymax:
653                        for j in range(len(data.x_bins)):
[26bf293]654                            if data.x_bins[i]>= qmin and data.x_bins[i]<= qmax:
[17fc6f8]655                                theory.data[j][i]=model.runXY([data.y_bins[j],data.x_bins[i]])
656                            else:
657                                Inf=1e+5000
658                                Nan=Inf*0
659                                theory.data[j][i]=Nan
[26bf293]660               
[44bbf6a]661                #print "fitting : plot_helper:", theory.image
[6f73a08]662                #print data.image
[2dbb681]663                #print "fitting : plot_helper:",theory.image
[1f62278]664                theory.detector= data.detector
665                theory.source= data.source
[6f73a08]666                theory.zmin= data.zmin
667                theory.zmax= data.zmax
[17fc6f8]668                theory.xmin= xmin
669                theory.xmax= xmax
[4274c0e]670                theory.ymin= ymin
671                theory.ymax= ymax
[04edd0d]672       
[32d802f]673                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
[89032bf]674                                                title=self.title +str(data.name)))
[6f73a08]675       
676       
[d89f09b]677    def _on_model_menu(self, evt):
678        """
679            Plot a theory from a model selected from the menu
680        """
[86c1832]681        name = evt.model.__name__
682        if hasattr(evt.model, "name"):
683            name = evt.model.name
[32d802f]684        print "on model menu", name
[b2c3225]685        model=evt.model()
[2dbb681]686        description=model.description
[3dc83be]687       
688        # Create a model page. If a new page is created, the model
689        # will be plotted automatically. If a page already exists,
690        # the content will be updated and the plot refreshed
691        self.fit_panel.add_model_page(model,description,name,topmenu=True)
[1b07935d]692       
[26bf293]693    def draw_model(self,model,name ,data=None,description=None,enable1D=True, enable2D=False,
[cfc68540]694                   qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[3b19ac9]695        """
696             draw model with default data value
697        """
[26bf293]698        if data !=None:
699            print "qmin qmax",qmin, qmax
700            self.redraw_model(qmin,qmax)
701            return 
[d74d751]702        self._draw_model2D(model=model,
703                           description=model.description,
704                           enable2D= enable2D,
705                           qmin=qmin,
706                           qmax=qmax,
[c48a26a]707                           qstep=qstep)
[86c1832]708        self._draw_model1D(model,name,model.description, enable1D,qmin,qmax, qstep)
[cfc68540]709             
710    def _draw_model1D(self,model,name,description=None, enable1D=True,
711                      qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[e5a9e32]712       
[d250f7d]713        if enable1D:
[d15c0202]714            x=  numpy.linspace(start= qmin,
715                               stop= qmax,
716                               num= qstep,
717                               endpoint=True
718                               )     
[f39511b]719            xlen= len(x)
720            y = numpy.zeros(xlen)
[d250f7d]721            if not enable1D:
[f39511b]722                for i in range(xlen):
723                    y[i] = model.run(x[i])
[d15c0202]724               
[f39511b]725                try:
726                    new_plot = Theory1D(x, y)
[32d802f]727                   
[86c1832]728                    new_plot.name = name
[f39511b]729                    new_plot.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
730                    new_plot.yaxis("\\rm{Intensity} ","cm^{-1}")
[6bcdad1]731                    new_plot.id = "Model"
732                    new_plot.group_id ="Model"
[f39511b]733                    wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot, title="Analytical model 1D"))
734                except:
[32d802f]735                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Draw model 1D error: %s" % sys.exc_value))
736                    #raise
[f39511b]737            else:
738                for i in range(xlen):
739                    y[i] = model.run(x[i])
[d15c0202]740                #print x, y   
[f39511b]741                try:
742                    new_plot = Theory1D(x, y)
[32d802f]743                    print "draw model 1D", name
[86c1832]744                    new_plot.name = name
[f39511b]745                    new_plot.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
746                    new_plot.yaxis("\\rm{Intensity} ","cm^{-1}")
[6bcdad1]747                    new_plot.id ="Model"
748                    new_plot.group_id ="Model"
[3dc83be]749                   
750                    # Pass the reset flag to let the plotting event handler
751                    # know that we are replacing the whole plot
[6bcdad1]752                    wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot,
[3dc83be]753                                     title="Analytical model 1D ", reset=True ))
[f39511b]754                   
755                except:
[32d802f]756                    #raise
757                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Draw model 1D error: %s" % sys.exc_value))
[e9b4cc4]758    def update(self, output,time):
759        pass
[20be946]760   
[b2c6d23]761    def complete(self, output, elapsed, model, qmin, qmax,qstep=DEFAULT_NPTS):
[26bf293]762       
[20be946]763        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Calc \
764        complete in %g sec" % elapsed))
[d15c0202]765        #print "complete",output, model,qmin, qmax
[20be946]766        data = output
767        theory= Data2D(data)
[d15c0202]768        #print data.detector
769        #theory.detector= data.detector
770        from DataLoader.data_info import Detector, Source
771       
772        detector = Detector()
773        theory.detector=[]
774        theory.detector.append(detector)
775           
[b2c6d23]776        theory.detector[0].pixel_size.x= qmax/(qstep/2-1)#5.0
777        theory.detector[0].pixel_size.y= qmax/(qstep/2-1)#5.0
778        theory.detector[0].beam_center.x= qmax
779        theory.detector[0].beam_center.y= qmax
780        theory.detector[0].distance= 1e+12#13705.0
[d15c0202]781        theory.source= Source()
[b2c6d23]782        theory.source.wavelength= 2*math.pi/1e+12#8.4
[d15c0202]783       
[20be946]784        theory.name= model.name
785        theory.group_id ="Model"
786        theory.id ="Model"
[d15c0202]787        theory.xmin= -qmax
[20be946]788        theory.xmax= qmax
[d15c0202]789        theory.ymin= -qmax
[20be946]790        theory.ymax= qmax
[b2c6d23]791       
[89032bf]792        print "model draw comptele xmax",theory.xmax,model.name
[20be946]793        wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
[32d802f]794                         title="Analytical model 2D ", reset=True ))
[20be946]795         
796       
797         
[cfc68540]798    def _draw_model2D(self,model,description=None, enable2D=False,
799                      qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[d15c0202]800       
801        x=  numpy.linspace(start= -1*qmax,
802                               stop= qmax,
803                               num= qstep,
804                               endpoint=True ) 
805        y = numpy.linspace(start= -1*qmax,
806                               stop= qmax,
807                               num= qstep,
808                               endpoint=True )
809       
[dc317d1]810        lx = len(x)
[1c5b068]811        #print x
[dc317d1]812        data=numpy.zeros([len(x),len(y)])
[20be946]813        self.model= model
[dc317d1]814        if enable2D:
[20be946]815            from model_thread import Calc2D
[d15c0202]816            self.calc_thread = Calc2D(parent =self.parent,x=x,
817                                       y=y,model= self.model, 
818                                       qmin=qmin,
819                                       qmax=qmax,
[b2c6d23]820                                       qstep=qstep,
[20be946]821                            completefn=self.complete,
[e9b4cc4]822                            updatefn=None)
[20be946]823            self.calc_thread.queue()
824            self.calc_thread.ready(2.5)
[89032bf]825           
826    def show_panel2D(self, id=None ):
[32d802f]827        self.parent.show_panel(self.model2D_id)
[20be946]828           
[db709e4]829   
[d89f09b]830if __name__ == "__main__":
831    i = Plugin()
832   
833   
834   
835   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.