source: sasview/sansview/perspectives/fitting/fitting.py @ 10c43a5

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 10c43a5 was 4af20b4, checked in by Jae Cho <jhjcho@…>, 16 years ago

Add xmax and xmin to 2d fit function in addition to qmax and qmin for 2d fitting range

  • Property mode set to 100644
File size: 34.2 KB
RevLine 
[d89f09b]1import os,os.path, re
2import sys, wx, logging
[0550752]3import string, numpy, math
[d89f09b]4
[3b19ac9]5from copy import deepcopy
[dc317d1]6from danse.common.plottools.plottables import Data1D, Theory1D,Data2D
[6f73a08]7from danse.common.plottools.PlotPanel import PlotPanel
[d89f09b]8from sans.guicomm.events import NewPlotEvent, StatusEvent 
[32d802f]9from sans.guicomm.events import EVT_SLICER_PANEL,EVT_MODEL2D_PANEL
[568e1a5]10
[6f73a08]11from sans.fit.AbstractFitEngine import Model,Data,FitData1D,FitData2D
[d89f09b]12from fitproblem import FitProblem
13from fitpanel import FitPanel
[e9b4cc4]14from fit_thread import FitThread
[2dbb681]15import models,modelpage
[e1a310f]16import fitpage1D,fitpage2D
[dabb633]17import park
[d250f7d]18DEFAULT_BEAM = 0.005
[cfc68540]19DEFAULT_QMIN = 0.0
20DEFAULT_QMAX = 0.15
21DEFAULT_NPTS = 40
[e9b4cc4]22import time
23import thread
24print "main",thread.get_ident()
25
[d89f09b]26class Plugin:
27    """
[dabb633]28        Fitting plugin is used to perform fit
[d89f09b]29    """
30    def __init__(self):
31        ## Plug-in name
32        self.sub_menu = "Fitting"
33       
34        ## Reference to the parent window
35        self.parent = None
36        self.menu_mng = models.ModelManager()
37        ## List of panels for the simulation perspective (names)
38        self.perspective = []
[568e1a5]39        self.mypanels=[]
[e9b4cc4]40        self.calc_thread = None
41        self.done = False
[d89f09b]42        # Start with a good default
43        self.elapsed = 0.022
44        self.fitter  = None
45       
46        #Flag to let the plug-in know that it is running standalone
47        self.standalone=True
48        ## Fit engine
[3b19ac9]49        self._fit_engine = 'scipy'
[b2c3225]50        self.enable_model2D=False
[d89f09b]51        # Log startup
52        logging.info("Fitting plug-in started")   
[32d802f]53        # model 2D view
54        self.model2D_id=None
[d89f09b]55
56    def populate_menu(self, id, owner):
57        """
58            Create a menu for the Fitting plug-in
59            @param id: id to create a menu
60            @param owner: owner of menu
61            @ return : list of information to populate the main menu
62        """
[32d802f]63        self.parent.Bind(EVT_MODEL2D_PANEL, self._on_model2D_show)
[d89f09b]64        #Menu for fitting
65        self.menu1 = wx.Menu()
66        id1 = wx.NewId()
67        self.menu1.Append(id1, '&Show fit panel')
68        wx.EVT_MENU(owner, id1, self.on_perspective)
[3b19ac9]69        id3 = wx.NewId()
[442895f]70        self.menu1.AppendCheckItem(id3, "park") 
[e5af88b]71   
[3b19ac9]72        wx.EVT_MENU(owner, id3, self._onset_engine)
[d89f09b]73       
74        #menu for model
75        menu2 = wx.Menu()
[f39511b]76   
[d89f09b]77        self.menu_mng.populate_menu(menu2, owner)
78        id2 = wx.NewId()
79        owner.Bind(models.EVT_MODEL,self._on_model_menu)
[2dbb681]80        #owner.Bind(modelpage.EVT_MODEL,self._on_model_menu)
[d89f09b]81        self.fit_panel.set_owner(owner)
82        self.fit_panel.set_model_list(self.menu_mng.get_model_list())
[bcd6d51]83        owner.Bind(fitpage1D.EVT_MODEL_BOX,self._on_model_panel)
[e1a310f]84        owner.Bind(fitpage2D.EVT_MODEL_BOX,self._on_model_panel)
[3b19ac9]85        #create  menubar items
[d89f09b]86        return [(id, self.menu1, "Fitting"),(id2, menu2, "Model")]
87   
88   
89    def help(self, evt):
90        """
91            Show a general help dialog.
92            TODO: replace the text with a nice image
93        """
[d7d143b0]94        from helpDialog import  HelpWindow
95        dialog = HelpWindow(None, -1, 'HelpWindow')
96        if dialog.ShowModal() == wx.ID_OK:
97            pass
98        dialog.Destroy()
99       
[d89f09b]100   
101    def get_context_menu(self, graph=None):
102        """
103            Get the context menu items available for P(r)
104            @param graph: the Graph object to which we attach the context menu
105            @return: a list of menu items with call-back function
106        """
107        self.graph=graph
108        for item in graph.plottables:
[693ab78]109            if item.__class__.__name__ is "Data2D":
[2dbb681]110                return [["Select data  for Fitting",\
111                          "Dialog with fitting parameters ", self._onSelect]] 
[6f73a08]112            else:
[693ab78]113                if item.name==graph.selected_plottable and\
114                 item.__class__.__name__ is  "Data1D":
[2dbb681]115                    return [["Select data  for Fitting", \
116                             "Dialog with fitting parameters ", self._onSelect]] 
[d89f09b]117        return []   
118
119
120    def get_panels(self, parent):
121        """
122            Create and return a list of panel objects
123        """
124        self.parent = parent
125        # Creation of the fit panel
126        self.fit_panel = FitPanel(self.parent, -1)
127        #Set the manager forthe main panel
128        self.fit_panel.set_manager(self)
129        # List of windows used for the perspective
130        self.perspective = []
131        self.perspective.append(self.fit_panel.window_name)
132        # take care of saving  data, model and page associated with each other
[3b19ac9]133        self.page_finder = {}
134        #index number to create random model name
135        self.index_model = 0
[32673ac]136        self.parent.Bind(EVT_SLICER_PANEL, self._on_slicer_event)
[888e62c]137       
[32d802f]138       
[3b19ac9]139        #create the fitting panel
[568e1a5]140        #return [self.fit_panel]
[32673ac]141       
[568e1a5]142        self.mypanels.append(self.fit_panel)
143        return self.mypanels
[888e62c]144   
145   
[32d802f]146    def _on_model2D_show(self, event ):
147        print "model2D get the id ", event.id
[888e62c]148       
149       
[568e1a5]150    def _on_slicer_event(self, event):
[32673ac]151        print "fitting:slicer event ", event.panel
[888e62c]152        if event.panel!=None:
153            new_panel = event.panel
154            # Set group ID if available
155            event_id = self.parent.popup_panel(new_panel)
156            self.menu1.Append(event_id, new_panel.window_caption, 
157                             "Show %s plot panel" % new_panel.window_caption)
158            # Set UID to allow us to reference the panel later
159            new_panel.uid = event_id
160            new_panel
161            self.mypanels.append(new_panel) 
[568e1a5]162        return       
[d23544dc]163    def _on_show_panel(self, event):
164        print "_on_show_panel: fitting"
[d89f09b]165     
166    def get_perspective(self):
167        """
168            Get the list of panel names for this perspective
169        """
170        return self.perspective
171   
172   
173    def on_perspective(self, event):
174        """
175            Call back function for the perspective menu item.
176            We notify the parent window that the perspective
177            has changed.
178        """
179        self.parent.set_perspective(self.perspective)
180   
181   
182    def post_init(self):
183        """
184            Post initialization call back to close the loose ends
185            [Somehow openGL needs this call]
186        """
187        self.parent.set_perspective(self.perspective)
188       
189       
190    def _onSelect(self,event):
191        """
192            when Select data to fit a new page is created .Its reference is
193            added to self.page_finder
194        """
195        self.panel = event.GetEventObject()
196        for item in self.panel.graph.plottables:
[693ab78]197            if item.name == self.panel.graph.selected_plottable or\
198                 item.__class__.__name__ is "Data2D":
[3b19ac9]199                #find a name for the page created for notebook
[d89f09b]200                try:
[6bcdad1]201                    page, model_name = self.fit_panel.add_fit_page(item)
[3b19ac9]202                    # add data associated to the page created
[bcd6d51]203                   
[6f73a08]204                    if page !=None:   
205                        #create a fitproblem storing all link to data,model,page creation
206                        self.page_finder[page]= FitProblem()
[6bcdad1]207                        self.page_finder[page].save_model_name(model_name) 
[bcd6d51]208                        self.page_finder[page].add_data(item)
[d89f09b]209                except:
[68dada4]210                    raise
[6f73a08]211                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Creating Fit page: %s"\
212                    %sys.exc_value))
[948add7]213    def schedule_for_fit(self,value=0,fitproblem =None): 
214        """
215       
216        """   
217        if fitproblem !=None:
218            fitproblem.schedule_tofit(value)
219        else:
220            current_pg=self.fit_panel.get_current_page() 
221            for page, val in self.page_finder.iteritems():
222                if page ==current_pg :
223                    val.schedule_tofit(value)
224                    break
225                     
[d89f09b]226                   
227    def get_page_finder(self):
228        """ @return self.page_finder used also by simfitpage.py""" 
229        return self.page_finder
230   
231   
[3b19ac9]232    def set_page_finder(self,modelname,names,values):
[d89f09b]233        """
234             Used by simfitpage.py to reset a parameter given the string constrainst.
235             @param modelname: the name ot the model for with the parameter has to reset
236             @param value: can be a string in this case.
[3b19ac9]237             @param names: the paramter name
[d89f09b]238             @note: expecting park used for fit.
239        """ 
[94999eb]240        sim_page=self.fit_panel.get_page(1)
[d89f09b]241        for page, value in self.page_finder.iteritems():
242            if page != sim_page:
243                list=value.get_model()
244                model=list[0]
[bcd6d51]245                #print "fitting",model.name,modelname
[d89f09b]246                if model.name== modelname:
[3b19ac9]247                    value.set_model_param(names,values)
[d89f09b]248                    break
249
250   
251                           
252    def split_string(self,item): 
253        """
[3b19ac9]254            receive a word containing dot and split it. used to split parameterset
255            name into model name and parameter name example:
256            paramaterset (item) = M1.A
257            @return model_name =M1 , parameter name =A
[d89f09b]258        """
259        if string.find(item,".")!=-1:
260            param_names= re.split("\.",item)
261            model_name=param_names[0]
262            param_name=param_names[1] 
263            return model_name,param_name
264       
[e9b4cc4]265   
[4af20b4]266    def _single_fit_completed(self,result,pars,cpage,qmin,qmax,elapsed,
267                              ymin=None, ymax=None, xmin=None, xmax=None):
[d89f09b]268        """
[3b19ac9]269            Display fit result on one page of the notebook.
270            @param result: result of fit
271            @param pars: list of names of parameters fitted
272            @param current_pg: the page where information will be displayed
273            @param qmin: the minimum value of x to replot the model
274            @param qmax: the maximum value of x to replot model
[d89f09b]275         
276        """
[89032bf]277        #print "single fit ", pars,result.pvec,result.stderr,result.fitness
[e9b4cc4]278        #self.done = True
279        #wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting Completed: %g" % elapsed))
[d89f09b]280        try:
281            for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]282                if page==cpage :
[6f73a08]283                    #fitdata = value.get_data()
[d89f09b]284                    list = value.get_model()
285                    model= list[0]
286                    break
287            i = 0
[89032bf]288            #print "fitting: single fit pars ", pars
[d89f09b]289            for name in pars:
290                if result.pvec.__class__==numpy.float64:
[1b07935d]291                    model.setParam(name,result.pvec)
[d89f09b]292                else:
[1b07935d]293                    model.setParam(name,result.pvec[i])
[442895f]294#                    print "fitting: single fit", name, result.pvec[i]
[d89f09b]295                    i += 1
[26bf293]296            print "fitting result : chisqr",result.fitness
297            print "fitting result : pvec",result.pvec
298            print "fitting result : stderr",result.stderr
[4af20b4]299            print "qmin qmax xmin xmax ymin , ymax",qmin, qmax,xmin, xmax ,ymin, ymax
[442895f]300           
[948add7]301            cpage.onsetValues(result.fitness, result.pvec,result.stderr)
[4af20b4]302            self.plot_helper(currpage=cpage,qmin=qmin,qmax=qmax,
303                             ymin=ymin, ymax=ymax,
304                             xmin=xmin, xmax=xmax,title="Fitted model 2D ")
[d89f09b]305        except:
[89032bf]306            #raise
[060b857]307            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
[d89f09b]308           
309       
[e9b4cc4]310    def _simul_fit_completed(self,result,qmin,qmax, elapsed,pars=None,cpage=None, ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]311        """
312            Parameter estimation completed,
313            display the results to the user
314            @param alpha: estimated best alpha
315            @param elapsed: computation time
316        """
[e9b4cc4]317        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting Completed: %g" % elapsed))
[d89f09b]318        try:
319            for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]320                if value.get_scheduled()==1:
[6f73a08]321                    #fitdata = value.get_data()
[3b19ac9]322                    list = value.get_model()
323                    model= list[0]
324                   
325                    small_out = []
326                    small_cov = []
327                    i = 0
328                    #Separate result in to data corresponding to each page
329                    for p in result.parameters:
330                        model_name,param_name = self.split_string(p.name) 
331                        if model.name == model_name:
332                            small_out.append(p.value )
[26bf293]333                            small_cov.append(p.stderr)
[3b19ac9]334                            model.setParam(param_name,p.value) 
335                    # Display result on each page
336                    page.onsetValues(result.fitness, small_out,small_cov)
337                    #Replot model
[9d31a8b]338                    self.plot_helper(currpage= page,qmin= qmin,qmax= qmax,ymin=ymin, ymax=ymax) 
[d89f09b]339        except:
340             wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
341           
[e9b4cc4]342 
[4af20b4]343    def _on_single_fit(self,id=None,qmin=None, qmax=None,ymin=None, ymax=None,xmin=None,xmax=None):
[d89f09b]344        """
345            perform fit for the  current page  and return chisqr,out and cov
346            @param engineName: type of fit to be performed
347            @param id: unique id corresponding to a fit problem(model, set of data)
348            @param model: model to fit
349           
350        """
[948add7]351        #print "in single fitting"
[d89f09b]352        #set an engine to perform fit
353        from sans.fit.Fitting import Fit
354        self.fitter= Fit(self._fit_engine)
[3b19ac9]355        #Setting an id to store model and data in fit engine
[d89f09b]356        if id==None:
[17fc6f8]357            self.id=0
358        else:
359            self.id = id
[948add7]360        page_fitted=None
361        fit_problem=None
[3b19ac9]362        #Get information (model , data) related to the page on
363        #with the fit will be perform
[57f3320]364        #current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
365        #simul_pg=self.fit_panel.get_page(0)
[948add7]366           
[d89f09b]367        for page, value in self.page_finder.iteritems():
[948add7]368            if  value.get_scheduled() ==1 :
[9d31a8b]369                metadata = value.get_data()
[d89f09b]370                list=value.get_model()
371                model=list[0]
[08b9c6c8]372                smearer= value.get_smearer()
[26bf293]373                print "single fit", model, smearer
[3b19ac9]374                #Create list of parameters for fitting used
[d89f09b]375                pars=[]
376                templist=[]
377                try:
[948add7]378                    #templist=current_pg.get_param_list()
379                    templist=page.get_param_list()
380                    for element in templist:
381                        pars.append(str(element[0].GetLabelText()))
382                    pars.sort()
[89032bf]383                    #print "single fit start pars:", pars
[948add7]384                    #Do the single fit
[3b19ac9]385                    self.fitter.set_model(Model(model), self.id, pars) 
[888e62c]386                    #print "args...:",metadata,self.id,smearer,qmin,qmax,ymin,ymax
[17fc6f8]387                 
388                    self.fitter.set_data(data=metadata,Uid=self.id,
389                                         smearer=smearer,qmin= qmin,qmax=qmax,
390                                         ymin=ymin,ymax=ymax)
391                   
[948add7]392                    self.fitter.select_problem_for_fit(Uid=self.id,value=value.get_scheduled())
393                    page_fitted=page
394                    self.id+=1
395                    self.schedule_for_fit( 0,value) 
[d89f09b]396                except:
[26bf293]397                    raise 
398                    #wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
[d89f09b]399                    return
[948add7]400                # make sure to keep an alphabetic order
401                #of parameter names in the list     
402        try:
[e9b4cc4]403            # If a thread is already started, stop it
404            if self.calc_thread != None and self.calc_thread.isrunning():
405                self.calc_thread.stop()
406                   
407            self.calc_thread =FitThread(parent =self.parent,
408                                        fn= self.fitter,
409                                        pars= pars,
410                                        cpage= page_fitted,
411                                       qmin=qmin,
412                                       qmax=qmax,
[26bf293]413                                     
[e9b4cc4]414                                       completefn=self._single_fit_completed,
415                                       updatefn=None)
416            self.calc_thread.queue()
417            self.calc_thread.ready(2.5)
418            #while not self.done:
419                #print "when here"
420             #   time.sleep(1)
421           
422           
[948add7]423        except:
[26bf293]424            raise
[948add7]425            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Single Fit error: %s" % sys.exc_value))
426            return
[d89f09b]427         
[9d31a8b]428    def _on_simul_fit(self, id=None,qmin=None,qmax=None, ymin=None, ymax=None):
[d89f09b]429        """
430            perform fit for all the pages selected on simpage and return chisqr,out and cov
431            @param engineName: type of fit to be performed
432            @param id: unique id corresponding to a fit problem(model, set of data)
433             in park_integration
434            @param model: model to fit
435           
436        """
437        #set an engine to perform fit
438        from sans.fit.Fitting import Fit
439        self.fitter= Fit(self._fit_engine)
[3b19ac9]440       
[d89f09b]441        #Setting an id to store model and data
442        if id==None:
443             id = 0
444        self.id = id
[3b19ac9]445       
[d89f09b]446        for page, value in self.page_finder.iteritems():
447            try:
[948add7]448                if value.get_scheduled()==1:
[9d31a8b]449                    metadata = value.get_data()
[3b19ac9]450                    list = value.get_model()
451                    model= list[0]
[d89f09b]452                    #Create dictionary of parameters for fitting used
453                    pars = []
454                    templist = []
[3b19ac9]455                    templist = page.get_param_list()
[d89f09b]456                    for element in templist:
457                        try:
458                            name = str(element[0].GetLabelText())
459                            pars.append(name)
460                        except:
461                            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
462                            return
[c80c06f]463                    # need to check this print "new model "
[00561739]464                    new_model=Model(model)
[8e81af0]465                    param=value.get_model_param()
466                   
467                    if len(param)>0:
468                        for item in param:
469                            param_value = item[1]
470                            param_name = item[0]
471                            #print "fitting ", param,param_name, param_value
472                           
473                            #new_model.set( model.getParam(param_name[0])= param_value)
474                            #new_model.set( exec"%s=%s"%(param_name[0], param_value))
475                            #new_model.set( exec "%s"%(param_nam) = param_value)
476                            new_model.parameterset[ param_name].set( param_value )
[c80c06f]477                         
[948add7]478                    self.fitter.set_model(new_model, self.id, pars) 
[9d31a8b]479                    self.fitter.set_data(metadata,self.id,qmin,qmax,ymin,ymax)
[948add7]480                    self.fitter.select_problem_for_fit(Uid=self.id,value=value.get_scheduled())
[3b19ac9]481                    self.id += 1 
[d89f09b]482            except:
[89032bf]483                #raise
[3b19ac9]484                wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Fitting error: %s" % sys.exc_value))
485                return 
[dabb633]486        #Do the simultaneous fit
[d89f09b]487        try:
[e9b4cc4]488            # If a thread is already started, stop it
489            if self.calc_thread != None and self.calc_thread.isrunning():
490                self.calc_thread.stop()
491                   
492            self.calc_thread =FitThread(parent =self.parent,
493                                        fn= self.fitter,
494                                       qmin=qmin,
495                                       qmax=qmax,
496                                       ymin= ymin,
497                                       ymax= ymax,
498                                       completefn= self._simul_fit_completed,
499                                       updatefn=None)
500            self.calc_thread.queue()
501            self.calc_thread.ready(2.5)
502           
[d89f09b]503        except:
[89032bf]504            #raise
[d89f09b]505            wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Simultaneous Fitting error: %s" % sys.exc_value))
506            return
[3b19ac9]507       
508       
509    def _onset_engine(self,event):
510        """ set engine to scipy"""
511        if self._fit_engine== 'park':
512            self._on_change_engine('scipy')
513        else:
514            self._on_change_engine('park')
515        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Engine set to: %s" % self._fit_engine))
516 
517   
[d89f09b]518    def _on_change_engine(self, engine='park'):
519        """
520            Allow to select the type of engine to perform fit
521            @param engine: the key work of the engine
522        """
523        self._fit_engine = engine
524   
525   
526    def _on_model_panel(self, evt):
527        """
528            react to model selection on any combo box or model menu.plot the model 
529        """
[e1a310f]530       
[d89f09b]531        model = evt.model
532        name = evt.name
[32d802f]533       
[94999eb]534        sim_page=self.fit_panel.GetPage(1)
[d89f09b]535        current_pg = self.fit_panel.get_current_page() 
536        if current_pg != sim_page:
537            current_pg.set_panel(model)
[6bcdad1]538            model.name = self.page_finder[current_pg].get_name()
[d89f09b]539            try:
[bcd6d51]540                metadata=self.page_finder[current_pg].get_data()
[6bcdad1]541                M_name=model.name+"= "+name+"("+metadata.group_id+")"
[d89f09b]542            except:
[6bcdad1]543                M_name=model.name+"= "+name
544            #model.name="M"+str(self.index_model)
[d89f09b]545            self.index_model += 1 
[6bcdad1]546            # save model name
[442895f]547           
[6bcdad1]548            # save the name containing the data name with the appropriate model
[1b07935d]549            self.page_finder[current_pg].set_model(model,M_name)
[d89f09b]550            self.plot_helper(currpage= current_pg,qmin= None,qmax= None)
551            sim_page.add_model(self.page_finder)
552       
[08b9c6c8]553    def  set_smearer(self,smearer):     
554         current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
555         self.page_finder[current_pg].set_smearer(smearer)
556         
[d89f09b]557    def redraw_model(self,qmin= None,qmax= None):
558        """
559            Draw a theory according to model changes or data range.
560            @param qmin: the minimum value plotted for theory
561            @param qmax: the maximum value plotted for theory
562        """
563        current_pg=self.fit_panel.get_current_page()
564        for page, value in self.page_finder.iteritems():
565            if page ==current_pg :
566                break 
567        self.plot_helper(currpage=page,qmin= qmin,qmax= qmax)
568       
[89032bf]569    def plot_helper(self,currpage, fitModel=None, qmin=None,qmax=None,
[4af20b4]570                    ymin=None,ymax=None, xmin=None, xmax=None,title=None ):
[d89f09b]571        """
572            Plot a theory given a model and data
573            @param model: the model from where the theory is derived
574            @param currpage: page in a dictionary referring to some data
575        """
[26bf293]576        if self.fit_panel.GetPageCount() >1:
[d89f09b]577            for page in self.page_finder.iterkeys():
578                if  page==currpage : 
[bcd6d51]579                    data=self.page_finder[page].get_data()
580                    list=self.page_finder[page].get_model()
581                    model=list[0]
[d89f09b]582                    break 
[26bf293]583            print "model in fitting",model
[693ab78]584            if data!=None and data.__class__.__name__ != 'Data2D':
[d89f09b]585                theory = Theory1D(x=[], y=[])
[6bcdad1]586                theory.name = model.name
[d89f09b]587                theory.group_id = data.group_id
[6bcdad1]588                theory.id = "Model"
[d89f09b]589                x_name, x_units = data.get_xaxis() 
590                y_name, y_units = data.get_yaxis() 
591                theory.xaxis(x_name, x_units)
592                theory.yaxis(y_name, y_units)
593                if qmin == None :
594                   qmin = min(data.x)
595                if qmax == None :
[4af20b4]596                   qmax = max(data.x)
[d89f09b]597                try:
598                    tempx = qmin
[1b07935d]599                    tempy = model.run(qmin)
[d89f09b]600                    theory.x.append(tempx)
601                    theory.y.append(tempy)
602                except :
603                        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
604                        skipping point x %g %s" %(qmin, sys.exc_value)))
605                           
606                for i in range(len(data.x)):
607                    try:
608                        if data.x[i]> qmin and data.x[i]< qmax:
609                            tempx = data.x[i]
[1b07935d]610                            tempy = model.run(tempx)
[d89f09b]611                            theory.x.append(tempx) 
612                            theory.y.append(tempy)
[04edd0d]613                           
[d89f09b]614                    except:
615                        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
616                        skipping point x %g %s" %(data.x[i], sys.exc_value)))   
617                try:
618                    tempx = qmax
[1b07935d]619                    tempy = model.run(qmax)
[d89f09b]620                    theory.x.append(tempx)
621                    theory.y.append(tempy)
622                except:
[00561739]623                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="fitting \
[32d802f]624                        skipping point x %g %s" %(qmin, sys.exc_value)) )
625                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
626                                                title=str(data.name)))
[6f73a08]627            else:
[89032bf]628               
[dc317d1]629                theory=Data2D(data.data, data.err_data)
[6bcdad1]630                theory.name= model.name
[89032bf]631                if title !=None:
632                    self.title = title
633                    theory.id= self.title
634                    theory.group_id= self.title+data.name
635                else:
636                    self.title= "Analytical model 2D "
637                    theory.id= "Model"
638                    theory.group_id= "Model"+data.name
[6f73a08]639                theory.x_bins= data.x_bins
640                theory.y_bins= data.y_bins
641                tempy=[]
[4af20b4]642                print "max x,y",max(data.xmax,data.xmin),max(data.ymax,data.ymin)
[17fc6f8]643                if qmin==None:
[4af20b4]644                    qmin=0#data.xmin
[17fc6f8]645                if qmax==None:
[4af20b4]646                    qmax=math.sqrt(math.pow(max(math.fabs(data.xmax),math.fabs(data.xmin)),2)/
647                                   +math.pow(max(math.fabs(data.ymax),math.fabs(data.ymin)),2))
[17fc6f8]648                if ymin==None:
649                    ymin=data.ymin
650                if ymax==None:
651                    ymax=data.ymax
[4af20b4]652                if xmin ==None:
653                    xmin=data.xmin
654                if xmax==None:
655                    xmax=data.xmax                   
[888e62c]656                #print " q range =",   
[57668f8]657                theory.data = numpy.zeros((len(data.y_bins),len(data.x_bins)))
[4af20b4]658                for j in range(len(data.y_bins)):
659                    for i in range(len(data.x_bins)):
660                        tempqij=math.sqrt((math.pow(data.y_bins[j],2)+math.pow(data.x_bins[i],2)))
661                        if tempqij>= qmin: 
662                            if tempqij<= qmax:
[17fc6f8]663                                theory.data[j][i]=model.runXY([data.y_bins[j],data.x_bins[i]])
[4af20b4]664                        else:
665                            theory.data[j][i]=0
[26bf293]666               
[44bbf6a]667                #print "fitting : plot_helper:", theory.image
[6f73a08]668                #print data.image
[2dbb681]669                #print "fitting : plot_helper:",theory.image
[1f62278]670                theory.detector= data.detector
671                theory.source= data.source
[6f73a08]672                theory.zmin= data.zmin
673                theory.zmax= data.zmax
[17fc6f8]674                theory.xmin= xmin
675                theory.xmax= xmax
[4274c0e]676                theory.ymin= ymin
677                theory.ymax= ymax
[04edd0d]678       
[32d802f]679                wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
[89032bf]680                                                title=self.title +str(data.name)))
[6f73a08]681       
682       
[d89f09b]683    def _on_model_menu(self, evt):
684        """
685            Plot a theory from a model selected from the menu
686        """
[86c1832]687        name = evt.model.__name__
688        if hasattr(evt.model, "name"):
689            name = evt.model.name
[32d802f]690        print "on model menu", name
[b2c3225]691        model=evt.model()
[2dbb681]692        description=model.description
[3dc83be]693       
694        # Create a model page. If a new page is created, the model
695        # will be plotted automatically. If a page already exists,
696        # the content will be updated and the plot refreshed
697        self.fit_panel.add_model_page(model,description,name,topmenu=True)
[1b07935d]698       
[26bf293]699    def draw_model(self,model,name ,data=None,description=None,enable1D=True, enable2D=False,
[cfc68540]700                   qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[3b19ac9]701        """
702             draw model with default data value
703        """
[26bf293]704        if data !=None:
705            print "qmin qmax",qmin, qmax
706            self.redraw_model(qmin,qmax)
707            return 
[d74d751]708        self._draw_model2D(model=model,
709                           description=model.description,
710                           enable2D= enable2D,
711                           qmin=qmin,
712                           qmax=qmax,
[c48a26a]713                           qstep=qstep)
[86c1832]714        self._draw_model1D(model,name,model.description, enable1D,qmin,qmax, qstep)
[cfc68540]715             
716    def _draw_model1D(self,model,name,description=None, enable1D=True,
717                      qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[e5a9e32]718       
[d250f7d]719        if enable1D:
[d15c0202]720            x=  numpy.linspace(start= qmin,
721                               stop= qmax,
722                               num= qstep,
723                               endpoint=True
724                               )     
[f39511b]725            xlen= len(x)
726            y = numpy.zeros(xlen)
[d250f7d]727            if not enable1D:
[f39511b]728                for i in range(xlen):
729                    y[i] = model.run(x[i])
[d15c0202]730               
[f39511b]731                try:
732                    new_plot = Theory1D(x, y)
[32d802f]733                   
[86c1832]734                    new_plot.name = name
[f39511b]735                    new_plot.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
736                    new_plot.yaxis("\\rm{Intensity} ","cm^{-1}")
[6bcdad1]737                    new_plot.id = "Model"
738                    new_plot.group_id ="Model"
[f39511b]739                    wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot, title="Analytical model 1D"))
740                except:
[32d802f]741                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Draw model 1D error: %s" % sys.exc_value))
742                    #raise
[f39511b]743            else:
744                for i in range(xlen):
745                    y[i] = model.run(x[i])
[d15c0202]746                #print x, y   
[f39511b]747                try:
748                    new_plot = Theory1D(x, y)
[32d802f]749                    print "draw model 1D", name
[86c1832]750                    new_plot.name = name
[f39511b]751                    new_plot.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
752                    new_plot.yaxis("\\rm{Intensity} ","cm^{-1}")
[6bcdad1]753                    new_plot.id ="Model"
754                    new_plot.group_id ="Model"
[3dc83be]755                   
756                    # Pass the reset flag to let the plotting event handler
757                    # know that we are replacing the whole plot
[6bcdad1]758                    wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=new_plot,
[3dc83be]759                                     title="Analytical model 1D ", reset=True ))
[f39511b]760                   
761                except:
[32d802f]762                    #raise
763                    wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Draw model 1D error: %s" % sys.exc_value))
[e9b4cc4]764    def update(self, output,time):
765        pass
[20be946]766   
[b2c6d23]767    def complete(self, output, elapsed, model, qmin, qmax,qstep=DEFAULT_NPTS):
[26bf293]768       
[20be946]769        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status="Calc \
770        complete in %g sec" % elapsed))
[d15c0202]771        #print "complete",output, model,qmin, qmax
[20be946]772        data = output
773        theory= Data2D(data)
[d15c0202]774        #print data.detector
775        #theory.detector= data.detector
776        from DataLoader.data_info import Detector, Source
777       
778        detector = Detector()
779        theory.detector=[]
780        theory.detector.append(detector)
781           
[b2c6d23]782        theory.detector[0].pixel_size.x= qmax/(qstep/2-1)#5.0
783        theory.detector[0].pixel_size.y= qmax/(qstep/2-1)#5.0
784        theory.detector[0].beam_center.x= qmax
785        theory.detector[0].beam_center.y= qmax
786        theory.detector[0].distance= 1e+12#13705.0
[d15c0202]787        theory.source= Source()
[b2c6d23]788        theory.source.wavelength= 2*math.pi/1e+12#8.4
[d15c0202]789       
[20be946]790        theory.name= model.name
791        theory.group_id ="Model"
792        theory.id ="Model"
[d15c0202]793        theory.xmin= -qmax
[20be946]794        theory.xmax= qmax
[d15c0202]795        theory.ymin= -qmax
[20be946]796        theory.ymax= qmax
[b2c6d23]797       
[89032bf]798        print "model draw comptele xmax",theory.xmax,model.name
[20be946]799        wx.PostEvent(self.parent, NewPlotEvent(plot=theory,
[32d802f]800                         title="Analytical model 2D ", reset=True ))
[20be946]801         
802       
803         
[cfc68540]804    def _draw_model2D(self,model,description=None, enable2D=False,
805                      qmin=DEFAULT_QMIN, qmax=DEFAULT_QMAX, qstep=DEFAULT_NPTS):
[d15c0202]806       
807        x=  numpy.linspace(start= -1*qmax,
808                               stop= qmax,
809                               num= qstep,
810                               endpoint=True ) 
811        y = numpy.linspace(start= -1*qmax,
812                               stop= qmax,
813                               num= qstep,
814                               endpoint=True )
815       
[dc317d1]816        lx = len(x)
[1c5b068]817        #print x
[dc317d1]818        data=numpy.zeros([len(x),len(y)])
[20be946]819        self.model= model
[dc317d1]820        if enable2D:
[20be946]821            from model_thread import Calc2D
[d15c0202]822            self.calc_thread = Calc2D(parent =self.parent,x=x,
823                                       y=y,model= self.model, 
824                                       qmin=qmin,
825                                       qmax=qmax,
[b2c6d23]826                                       qstep=qstep,
[20be946]827                            completefn=self.complete,
[e9b4cc4]828                            updatefn=None)
[20be946]829            self.calc_thread.queue()
830            self.calc_thread.ready(2.5)
[89032bf]831           
832    def show_panel2D(self, id=None ):
[32d802f]833        self.parent.show_panel(self.model2D_id)
[20be946]834           
[db709e4]835   
[d89f09b]836if __name__ == "__main__":
837    i = Plugin()
838   
839   
840   
841   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.