source: sasview/sansmodels/src/sans/models/c_models/classTemplate.txt @ b1a65b6

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since b1a65b6 was 3080527, checked in by Jae Cho <jhjcho@…>, 15 years ago

changed classtemplate for 2d evaluation from matrix form to 1d array form
  • Property mode set to 100644
File size: 14.9 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** [PYTHONCLASS]
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY [INCLUDE_FILE]
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35#include "[INCLUDE_FILE]"
36}
37
38#include "models.hh"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * [PYTHONCLASS]Error = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    [CMODEL] * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} [PYTHONCLASS];
57
58
59static void
60[PYTHONCLASS]_dealloc([PYTHONCLASS]* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67    [NUMERICAL_DEALLOC]
68}
69
70static PyObject *
71[PYTHONCLASS]_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
72{
73    [PYTHONCLASS] *self;
74   
75    self = ([PYTHONCLASS] *)type->tp_alloc(type, 0);
76   
77    return (PyObject *)self;
78}
79
80static int
81[PYTHONCLASS]_init([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
82{
83    if (self != NULL) {
84       
85        // Create parameters
86        self->params = PyDict_New();
87        self->dispersion = PyDict_New();
88        self->model = new [CMODEL]();
89       
90        [INITDICTIONARY]
91         
92        // Create empty log
93        self->log = PyDict_New();
94       
95        [NUMERICAL_INIT]
96    }
97    return 0;
98}
99
100static PyMemberDef [PYTHONCLASS]_members[] = {
101    {"params", T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], params), 0,
102     "Parameters"},
103        {"dispersion", T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], dispersion), 0,
104          "Dispersion parameters"},     
105    {"log", T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], log), 0,
106     "Log"},
107    {NULL}  /* Sentinel */
108};
109
110/** Read double from PyObject
111    @param p PyObject
112    @return double
113*/
114double [PYTHONCLASS]_readDouble(PyObject *p) {
115    if (PyFloat_Check(p)==1) {
116        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
117    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
118        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
119    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
120        return (double)PyLong_AsLong(p);
121    } else {
122        return 0.0;
123    }
124}
125/**
126 * Function to call to evaluate model
127 * @param args: input numpy array q[]
128 * @return: numpy array object
129 */
130 
131static PyObject *evaluateOneDim([CMODEL]* model, PyArrayObject *q){
132    PyArrayObject *result;
133   
134    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
135    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
136    {
137        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
138        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
139        return NULL;
140    }
141    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions),
142                                                                                  PyArray_DOUBLE);
143        if (result == NULL) {
144        const char * message= "Could not create result ";
145        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
146                return NULL;
147        }
148         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
149      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
150      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
151      *result_value =(*model)(q_value);
152        }
153    return PyArray_Return(result);
154 }
155
156 /**
157 * Function to call to evaluate model
158 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
159 * @return: numpy array object
160 */
161 static PyObject * evaluateTwoDimXY( [CMODEL]* model,
162                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
163 {
164    PyArrayObject *result;
165    int i,j, x_len, y_len, dims[1];
166    //check validity of input vectors
167    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
168        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
169        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
170        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
171        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
172        return NULL;
173    }
174   
175        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
176               
177            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
178        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
179           
180            // Make a new double matrix of same dims
181        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
182        if (result == NULL){
183            const char * message= "Could not create result ";
184        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
185            return NULL;
186            }
187       
188        /* Do the calculation. */
189        for ( i=0; i< x_len; i++) {
190            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
191                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
192                        double *result_value = (double *)(result->data +
193                              i*result->strides[0]);
194                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
195        }           
196        return PyArray_Return(result);
197       
198        }else{
199                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
200                   "[PYTHONCLASS].evaluateTwoDimXY couldn't run.");
201                return NULL;
202                }       
203}
204/**
205 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
206 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
207 *
208 */
209static PyObject * evalDistribution([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args){
210        PyObject *qx, *qy;
211        PyArrayObject * pars;
212        int npars ,mpars;
213       
214        // Get parameters
215       
216        [READDICTIONARY]
217       
218        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
219        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
220            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
221                "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a q value.");
222                return NULL;
223        }
224    // Check params
225       
226    if(PyArray_Check(pars)==1) {
227               
228            // Length of list should 1 or 2
229            npars = pars->nd;
230            if(npars==1) {
231                // input is a numpy array
232                if (PyArray_Check(pars)) {
233                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);
234                    }
235                }else{
236                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
237                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
238                return NULL;
239                }
240    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
241        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
242            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);
243            if(mpars!=2) {
244                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
245                        "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a list of dimension 2.");
246                return NULL;
247            }
248             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
249             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
250             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
251                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
252                           (PyArrayObject*)qy);
253                 }else{
254                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
255                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
256                return NULL;
257             }
258        }
259        PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
260                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution couln't be run.");
261        return NULL;
262       
263}
264
265/**
266 * Function to call to evaluate model
267 * @param args: input q or [q,phi]
268 * @return: function value
269 */
270static PyObject * run([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
271        double q_value, phi_value;
272        PyObject* pars;
273        int npars;
274       
275        // Get parameters
276       
277        [READDICTIONARY]
278       
279        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
280        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
281            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
282                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
283                return NULL;
284        }
285         
286        // Check params
287        if( PyList_Check(pars)==1) {
288               
289                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
290            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
291            if(npars!=2) {
292                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
293                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
294                return NULL;
295            }
296            // We have a vector q, get the q and phi values at which
297            // to evaluate I(q,phi)
298            q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
299            phi_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
300            // Skip zero
301            if (q_value==0) {
302                return Py_BuildValue("d",0.0);
303            }
304                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
305
306        } else {
307
308                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
309                q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);               
310               
311                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
312        }       
313}
314/**
315 * Function to call to calculate_ER
316 * @return: effective radius value
317 */
318static PyObject * calculate_ER([PYTHONCLASS] *self) {
319
320        PyObject* pars;
321        int npars;
322       
323        // Get parameters
324       
325        [READDICTIONARY]
326               
327        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
328
329}
330/**
331 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
332 * @param args: input q or [qx, qy]]
333 * @return: function value
334 */
335static PyObject * runXY([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
336        double qx_value, qy_value;
337        PyObject* pars;
338        int npars;
339       
340        // Get parameters
341       
342        [READDICTIONARY]
343       
344        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
345        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
346            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
347                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
348                return NULL;
349        }
350         
351        // Check params
352        if( PyList_Check(pars)==1) {
353               
354                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
355            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
356            if(npars!=2) {
357                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
358                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
359                return NULL;
360            }
361            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
362            // to evaluate I(qx,qy)
363            qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
364            qy_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
365            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
366
367        } else {
368
369                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
370                qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);             
371               
372                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
373        }       
374}
375
376static PyObject * reset([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
377    [NUMERICAL_RESET]
378    return Py_BuildValue("d",0.0);
379}
380
381static PyObject * set_dispersion([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
382        PyObject * disp;
383        const char * par_name;
384
385        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
386            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
387                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a DispersionModel object.");
388                return NULL;
389        }
390        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
391        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
392
393
394        // Ugliness necessary to go from python to C
395        [SET_DISPERSION] {
396            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
397                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a valid parameter name.");
398                return NULL;
399        }
400
401        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
402        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
403        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
404        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
405    return Py_BuildValue("i",1);
406}
407
408
409static PyMethodDef [PYTHONCLASS]_methods[] = {
410    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
411      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
412    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
413      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
414    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
415      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
416     
417    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
418      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
419    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
420      "Reset pair correlation"},
421    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
422      "Set the dispersion model for a given parameter"},
423   {NULL}
424};
425
426static PyTypeObject [PYTHONCLASS]Type = {
427    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
428    0,                         /*ob_size*/
429    "[PYTHONCLASS]",             /*tp_name*/
430    sizeof([PYTHONCLASS]),             /*tp_basicsize*/
431    0,                         /*tp_itemsize*/
432    (destructor)[PYTHONCLASS]_dealloc, /*tp_dealloc*/
433    0,                         /*tp_print*/
434    0,                         /*tp_getattr*/
435    0,                         /*tp_setattr*/
436    0,                         /*tp_compare*/
437    0,                         /*tp_repr*/
438    0,                         /*tp_as_number*/
439    0,                         /*tp_as_sequence*/
440    0,                         /*tp_as_mapping*/
441    0,                         /*tp_hash */
442    0,                         /*tp_call*/
443    0,                         /*tp_str*/
444    0,                         /*tp_getattro*/
445    0,                         /*tp_setattro*/
446    0,                         /*tp_as_buffer*/
447    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
448    "[PYTHONCLASS] objects",           /* tp_doc */
449    0,                         /* tp_traverse */
450    0,                         /* tp_clear */
451    0,                         /* tp_richcompare */
452    0,                         /* tp_weaklistoffset */
453    0,                         /* tp_iter */
454    0,                         /* tp_iternext */
455    [PYTHONCLASS]_methods,             /* tp_methods */
456    [PYTHONCLASS]_members,             /* tp_members */
457    0,                         /* tp_getset */
458    0,                         /* tp_base */
459    0,                         /* tp_dict */
460    0,                         /* tp_descr_get */
461    0,                         /* tp_descr_set */
462    0,                         /* tp_dictoffset */
463    (initproc)[PYTHONCLASS]_init,      /* tp_init */
464    0,                         /* tp_alloc */
465    [PYTHONCLASS]_new,                 /* tp_new */
466};
467
468
469//static PyMethodDef module_methods[] = {
470//    {NULL}
471//};
472
473/**
474 * Function used to add the model class to a module
475 * @param module: module to add the class to
476 */
477void add[PYTHONCLASS](PyObject *module) {
478        PyObject *d;
479       
480    if (PyType_Ready(&[PYTHONCLASS]Type) < 0)
481        return;
482
483    Py_INCREF(&[PYTHONCLASS]Type);
484    PyModule_AddObject(module, "[PYTHONCLASS]", (PyObject *)&[PYTHONCLASS]Type);
485   
486    d = PyModule_GetDict(module);
487    [PYTHONCLASS]Error = PyErr_NewException("[PYTHONCLASS].error", NULL, NULL);
488    PyDict_SetItemString(d, "[PYTHONCLASS]Error", [PYTHONCLASS]Error);
489}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.