source: sasview/sansmodels/src/sans/models/c_models/classTemplate.txt @ 00c2141

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 00c2141 was 00c2141, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 12 years ago

Re #4 Fixing a few more warnings
  • Property mode set to 100644
File size: 15.1 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** [PYTHONCLASS]
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY [INCLUDE_FILE]
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35#include "[INCLUDE_FILE]"
36}
37
38#include "models.hh"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * [PYTHONCLASS]Error = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    [CMODEL] * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} [PYTHONCLASS];
57
58
59static void
60[PYTHONCLASS]_dealloc([PYTHONCLASS]* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67    [NUMERICAL_DEALLOC]
68}
69
70static PyObject *
71[PYTHONCLASS]_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
72{
73    [PYTHONCLASS] *self;
74   
75    self = ([PYTHONCLASS] *)type->tp_alloc(type, 0);
76   
77    return (PyObject *)self;
78}
79
80static int
81[PYTHONCLASS]_init([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
82{
83    if (self != NULL) {
84       
85        // Create parameters
86        self->params = PyDict_New();
87        self->dispersion = PyDict_New();
88        self->model = new [CMODEL]();
89       
90        [INITDICTIONARY]
91         
92        // Create empty log
93        self->log = PyDict_New();
94       
95        [NUMERICAL_INIT]
96    }
97    return 0;
98}
99
100static char name_params[] = "params";
101static char def_params[] = "Parameters";
102static char name_dispersion[] = "dispersion";
103static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
104static char name_log[] = "log";
105static char def_log[] = "Log";
106
107static PyMemberDef [PYTHONCLASS]_members[] = {
108    {name_params, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], params), 0, def_params},
109        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], dispersion), 0, def_dispersion},     
110    {name_log, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], log), 0, def_log},
111    {NULL}  /* Sentinel */
112};
113
114/** Read double from PyObject
115    @param p PyObject
116    @return double
117*/
118double [PYTHONCLASS]_readDouble(PyObject *p) {
119    if (PyFloat_Check(p)==1) {
120        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
121    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
122        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
123    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
124        return (double)PyLong_AsLong(p);
125    } else {
126        return 0.0;
127    }
128}
129/**
130 * Function to call to evaluate model
131 * @param args: input numpy array q[]
132 * @return: numpy array object
133 */
134 
135static PyObject *evaluateOneDim([CMODEL]* model, PyArrayObject *q){
136    PyArrayObject *result;
137   
138    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
139    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
140    {
141        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
142        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
143        return NULL;
144    }
145    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions),
146                                                                                  PyArray_DOUBLE);
147        if (result == NULL) {
148        const char * message= "Could not create result ";
149        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
150                return NULL;
151        }
152         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
153      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
154      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
155      *result_value =(*model)(q_value);
156        }
157    return PyArray_Return(result);
158 }
159
160 /**
161 * Function to call to evaluate model
162 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
163 * @return: numpy array object
164 */
165 static PyObject * evaluateTwoDimXY( [CMODEL]* model,
166                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
167 {
168    PyArrayObject *result;
169    int i, x_len, y_len, dims[1];
170    //check validity of input vectors
171    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
172        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
173        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
174        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
175        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
176        return NULL;
177    }
178   
179        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
180               
181            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
182        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
183           
184            // Make a new double matrix of same dims
185        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
186        if (result == NULL){
187            const char * message= "Could not create result ";
188        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
189            return NULL;
190            }
191       
192        /* Do the calculation. */
193        for ( i=0; i< x_len; i++) {
194            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
195                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
196                        double *result_value = (double *)(result->data +
197                              i*result->strides[0]);
198                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
199        }           
200        return PyArray_Return(result);
201       
202        }else{
203                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
204                   "[PYTHONCLASS].evaluateTwoDimXY couldn't run.");
205                return NULL;
206                }       
207}
208/**
209 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
210 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
211 *
212 */
213static PyObject * evalDistribution([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args){
214        PyObject *qx, *qy;
215        PyArrayObject * pars;
216        int npars ,mpars;
217       
218        // Get parameters
219       
220        [READDICTIONARY]
221       
222        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
223        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
224            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
225                "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a q value.");
226                return NULL;
227        }
228    // Check params
229       
230    if(PyArray_Check(pars)==1) {
231               
232            // Length of list should 1 or 2
233            npars = pars->nd;
234            if(npars==1) {
235                // input is a numpy array
236                if (PyArray_Check(pars)) {
237                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);
238                    }
239                }else{
240                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
241                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
242                return NULL;
243                }
244    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
245        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
246            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);
247            if(mpars!=2) {
248                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
249                        "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a list of dimension 2.");
250                return NULL;
251            }
252             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
253             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
254             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
255                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
256                           (PyArrayObject*)qy);
257                 }else{
258                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
259                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
260                return NULL;
261             }
262        }
263        PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
264                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution couln't be run.");
265        return NULL;
266       
267}
268
269/**
270 * Function to call to evaluate model
271 * @param args: input q or [q,phi]
272 * @return: function value
273 */
274static PyObject * run([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
275        double q_value, phi_value;
276        PyObject* pars;
277        int npars;
278       
279        // Get parameters
280       
281        [READDICTIONARY]
282       
283        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
284        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
285            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
286                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
287                return NULL;
288        }
289         
290        // Check params
291        if( PyList_Check(pars)==1) {
292               
293                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
294            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
295            if(npars!=2) {
296                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
297                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
298                return NULL;
299            }
300            // We have a vector q, get the q and phi values at which
301            // to evaluate I(q,phi)
302            q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
303            phi_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
304            // Skip zero
305            if (q_value==0) {
306                return Py_BuildValue("d",0.0);
307            }
308                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
309
310        } else {
311
312                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
313                q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);               
314               
315                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
316        }       
317}
318/**
319 * Function to call to calculate_ER
320 * @return: effective radius value
321 */
322static PyObject * calculate_ER([PYTHONCLASS] *self) {
323
324        // Get parameters
325       
326        [READDICTIONARY]
327               
328        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
329
330}
331/**
332 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
333 * @param args: input q or [qx, qy]]
334 * @return: function value
335 */
336static PyObject * runXY([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
337        double qx_value, qy_value;
338        PyObject* pars;
339        int npars;
340       
341        // Get parameters
342       
343        [READDICTIONARY]
344       
345        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
346        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
347            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
348                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
349                return NULL;
350        }
351         
352        // Check params
353        if( PyList_Check(pars)==1) {
354               
355                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
356            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
357            if(npars!=2) {
358                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
359                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
360                return NULL;
361            }
362            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
363            // to evaluate I(qx,qy)
364            qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
365            qy_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
366            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
367
368        } else {
369
370                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
371                qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);             
372               
373                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
374        }       
375}
376
377static PyObject * reset([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
378    [NUMERICAL_RESET]
379    return Py_BuildValue("d",0.0);
380}
381
382static PyObject * set_dispersion([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
383        PyObject * disp;
384        const char * par_name;
385
386        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
387            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
388                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a DispersionModel object.");
389                return NULL;
390        }
391        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
392        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
393
394
395        // Ugliness necessary to go from python to C
396        [SET_DISPERSION] {
397            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
398                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a valid parameter name.");
399                return NULL;
400        }
401
402        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
403        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
404        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
405        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
406    return Py_BuildValue("i",1);
407}
408
409
410static PyMethodDef [PYTHONCLASS]_methods[] = {
411    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
412      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
413    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
414      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
415    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
416      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
417     
418    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
419      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
420    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
421      "Reset pair correlation"},
422    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
423      "Set the dispersion model for a given parameter"},
424   {NULL}
425};
426
427static PyTypeObject [PYTHONCLASS]Type = {
428    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
429    0,                         /*ob_size*/
430    "[PYTHONCLASS]",             /*tp_name*/
431    sizeof([PYTHONCLASS]),             /*tp_basicsize*/
432    0,                         /*tp_itemsize*/
433    (destructor)[PYTHONCLASS]_dealloc, /*tp_dealloc*/
434    0,                         /*tp_print*/
435    0,                         /*tp_getattr*/
436    0,                         /*tp_setattr*/
437    0,                         /*tp_compare*/
438    0,                         /*tp_repr*/
439    0,                         /*tp_as_number*/
440    0,                         /*tp_as_sequence*/
441    0,                         /*tp_as_mapping*/
442    0,                         /*tp_hash */
443    0,                         /*tp_call*/
444    0,                         /*tp_str*/
445    0,                         /*tp_getattro*/
446    0,                         /*tp_setattro*/
447    0,                         /*tp_as_buffer*/
448    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
449    "[PYTHONCLASS] objects",           /* tp_doc */
450    0,                         /* tp_traverse */
451    0,                         /* tp_clear */
452    0,                         /* tp_richcompare */
453    0,                         /* tp_weaklistoffset */
454    0,                         /* tp_iter */
455    0,                         /* tp_iternext */
456    [PYTHONCLASS]_methods,             /* tp_methods */
457    [PYTHONCLASS]_members,             /* tp_members */
458    0,                         /* tp_getset */
459    0,                         /* tp_base */
460    0,                         /* tp_dict */
461    0,                         /* tp_descr_get */
462    0,                         /* tp_descr_set */
463    0,                         /* tp_dictoffset */
464    (initproc)[PYTHONCLASS]_init,      /* tp_init */
465    0,                         /* tp_alloc */
466    [PYTHONCLASS]_new,                 /* tp_new */
467};
468
469
470//static PyMethodDef module_methods[] = {
471//    {NULL}
472//};
473
474/**
475 * Function used to add the model class to a module
476 * @param module: module to add the class to
477 */
478void add[PYTHONCLASS](PyObject *module) {
479        PyObject *d;
480       
481    if (PyType_Ready(&[PYTHONCLASS]Type) < 0)
482        return;
483
484    Py_INCREF(&[PYTHONCLASS]Type);
485    PyModule_AddObject(module, "[PYTHONCLASS]", (PyObject *)&[PYTHONCLASS]Type);
486   
487    d = PyModule_GetDict(module);
488    [PYTHONCLASS]Error = PyErr_NewException("[PYTHONCLASS].error", NULL, NULL);
489    PyDict_SetItemString(d, "[PYTHONCLASS]Error", [PYTHONCLASS]Error);
490}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.