source: sasview/sansmodels/src/sans/models/c_models/CVesicleModel.cpp @ 500be82

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 500be82 was 2605da22, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 13 years ago

Re #4 Still a few more warnings
  • Property mode set to 100644
File size: 20.6 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** CVesicleModel
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY vesicle.h
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35#include "vesicle.h"
36}
37
38#include "models.hh"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * CVesicleModelError = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    VesicleModel * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} CVesicleModel;
57
58
59static void
60CVesicleModel_dealloc(CVesicleModel* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67   
68
69}
70
71static PyObject *
72CVesicleModel_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
73{
74    CVesicleModel *self;
75   
76    self = (CVesicleModel *)type->tp_alloc(type, 0);
77   
78    return (PyObject *)self;
79}
80
81static int
82CVesicleModel_init(CVesicleModel *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
83{
84    if (self != NULL) {
85       
86        // Create parameters
87        self->params = PyDict_New();
88        self->dispersion = PyDict_New();
89        self->model = new VesicleModel();
90       
91        // Initialize parameter dictionary
92        PyDict_SetItemString(self->params,"core_sld",Py_BuildValue("d",0.000006360000));
93        PyDict_SetItemString(self->params,"thickness",Py_BuildValue("d",30.000000000000));
94        PyDict_SetItemString(self->params,"scale",Py_BuildValue("d",1.000000000000));
95        PyDict_SetItemString(self->params,"radius",Py_BuildValue("d",100.000000000000));
96        PyDict_SetItemString(self->params,"background",Py_BuildValue("d",0.000000000000));
97        PyDict_SetItemString(self->params,"shell_sld",Py_BuildValue("d",0.000000500000));
98        // Initialize dispersion / averaging parameter dict
99        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
100        PyObject * disp_dict;
101        disp_dict = PyDict_New();
102        self->model->radius.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
103        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "radius", disp_dict);
104        disp_dict = PyDict_New();
105        self->model->thickness.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict);
106        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "thickness", disp_dict);
107
108
109         
110        // Create empty log
111        self->log = PyDict_New();
112       
113       
114
115    }
116    return 0;
117}
118
119static char name_params[] = "params";
120static char def_params[] = "Parameters";
121static char name_dispersion[] = "dispersion";
122static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
123static char name_log[] = "log";
124static char def_log[] = "Log";
125
126static PyMemberDef CVesicleModel_members[] = {
127    {name_params, T_OBJECT, offsetof(CVesicleModel, params), 0, def_params},
128        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof(CVesicleModel, dispersion), 0, def_dispersion},     
129    {name_log, T_OBJECT, offsetof(CVesicleModel, log), 0, def_log},
130    {NULL}  /* Sentinel */
131};
132
133/** Read double from PyObject
134    @param p PyObject
135    @return double
136*/
137double CVesicleModel_readDouble(PyObject *p) {
138    if (PyFloat_Check(p)==1) {
139        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
140    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
141        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
142    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
143        return (double)PyLong_AsLong(p);
144    } else {
145        return 0.0;
146    }
147}
148/**
149 * Function to call to evaluate model
150 * @param args: input numpy array q[]
151 * @return: numpy array object
152 */
153 
154static PyObject *evaluateOneDim(VesicleModel* model, PyArrayObject *q){
155    PyArrayObject *result;
156   
157    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
158    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
159    {
160        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
161        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
162        return NULL;
163    }
164    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions), 
165                                                                                  PyArray_DOUBLE);
166        if (result == NULL) {
167        const char * message= "Could not create result ";
168        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
169                return NULL;
170        }
171         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
172      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
173      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
174      *result_value =(*model)(q_value);
175        }
176    return PyArray_Return(result); 
177 }
178
179 /**
180 * Function to call to evaluate model
181 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
182 * @return: numpy array object
183 */
184 static PyObject * evaluateTwoDimXY( VesicleModel* model, 
185                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
186 {
187    PyArrayObject *result;
188    int i, x_len, y_len, dims[1];
189    //check validity of input vectors
190    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
191        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
192        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
193        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
194        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
195        return NULL;
196    }
197   
198        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
199               
200            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
201        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
202           
203            // Make a new double matrix of same dims
204        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
205        if (result == NULL){
206            const char * message= "Could not create result ";
207        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
208            return NULL;
209            }
210       
211        /* Do the calculation. */
212        for ( i=0; i< x_len; i++) {
213            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
214                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
215                        double *result_value = (double *)(result->data +
216                              i*result->strides[0]);
217                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
218        }           
219        return PyArray_Return(result); 
220       
221        }else{
222                    PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
223                   "CVesicleModel.evaluateTwoDimXY couldn't run.");
224                return NULL;
225                }       
226}
227/**
228 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
229 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
230 *
231 */ 
232static PyObject * evalDistribution(CVesicleModel *self, PyObject *args){
233        PyObject *qx, *qy;
234        PyArrayObject * pars;
235        int npars ,mpars;
236       
237        // Get parameters
238       
239            // Reader parameter dictionary
240    self->model->core_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_sld") );
241    self->model->thickness = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "thickness") );
242    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
243    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
244    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
245    self->model->shell_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "shell_sld") );
246    // Read in dispersion parameters
247    PyObject* disp_dict;
248    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
249    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
250    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
251    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thickness");
252    self->model->thickness.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict);
253
254       
255        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
256        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
257            PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
258                "CVesicleModel.evalDistribution expects a q value.");
259                return NULL;
260        }
261    // Check params
262       
263    if(PyArray_Check(pars)==1) {
264               
265            // Length of list should 1 or 2
266            npars = pars->nd; 
267            if(npars==1) {
268                // input is a numpy array
269                if (PyArray_Check(pars)) {
270                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars); 
271                    }
272                }else{
273                    PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
274                   "CVesicleModel.evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
275                return NULL;
276                }
277    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
278        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
279            mpars = PyList_GET_SIZE(pars); 
280            if(mpars!=2) {
281                PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
282                        "CVesicleModel.evalDistribution expects a list of dimension 2.");
283                return NULL;
284            }
285             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
286             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
287             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
288                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
289                           (PyArrayObject*)qy);
290                 }else{
291                    PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
292                   "CVesicleModel.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
293                return NULL;
294             }
295        }
296        PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
297                   "CVesicleModel.evalDistribution couln't be run.");
298        return NULL;
299       
300}
301
302/**
303 * Function to call to evaluate model
304 * @param args: input q or [q,phi]
305 * @return: function value
306 */
307static PyObject * run(CVesicleModel *self, PyObject *args) {
308        double q_value, phi_value;
309        PyObject* pars;
310        int npars;
311       
312        // Get parameters
313       
314            // Reader parameter dictionary
315    self->model->core_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_sld") );
316    self->model->thickness = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "thickness") );
317    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
318    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
319    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
320    self->model->shell_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "shell_sld") );
321    // Read in dispersion parameters
322    PyObject* disp_dict;
323    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
324    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
325    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
326    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thickness");
327    self->model->thickness.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict);
328
329       
330        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
331        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
332            PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
333                "CVesicleModel.run expects a q value.");
334                return NULL;
335        }
336         
337        // Check params
338        if( PyList_Check(pars)==1) {
339               
340                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
341            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
342            if(npars!=2) {
343                PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
344                        "CVesicleModel.run expects a double or a list of dimension 2.");
345                return NULL;
346            }
347            // We have a vector q, get the q and phi values at which
348            // to evaluate I(q,phi)
349            q_value = CVesicleModel_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
350            phi_value = CVesicleModel_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
351            // Skip zero
352            if (q_value==0) {
353                return Py_BuildValue("d",0.0);
354            }
355                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
356
357        } else {
358
359                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
360                q_value = CVesicleModel_readDouble(pars);               
361               
362                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
363        }       
364}
365/**
366 * Function to call to calculate_ER
367 * @return: effective radius value
368 */
369static PyObject * calculate_ER(CVesicleModel *self) {
370
371        // Get parameters
372       
373            // Reader parameter dictionary
374    self->model->core_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_sld") );
375    self->model->thickness = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "thickness") );
376    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
377    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
378    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
379    self->model->shell_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "shell_sld") );
380    // Read in dispersion parameters
381    PyObject* disp_dict;
382    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
383    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
384    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
385    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thickness");
386    self->model->thickness.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict);
387
388               
389        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
390
391}
392/**
393 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
394 * @param args: input q or [qx, qy]]
395 * @return: function value
396 */
397static PyObject * runXY(CVesicleModel *self, PyObject *args) {
398        double qx_value, qy_value;
399        PyObject* pars;
400        int npars;
401       
402        // Get parameters
403       
404            // Reader parameter dictionary
405    self->model->core_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "core_sld") );
406    self->model->thickness = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "thickness") );
407    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
408    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
409    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
410    self->model->shell_sld = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "shell_sld") );
411    // Read in dispersion parameters
412    PyObject* disp_dict;
413    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
414    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
415    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
416    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "thickness");
417    self->model->thickness.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->thickness.dispersion, disp_dict);
418
419       
420        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
421        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
422            PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
423                "CVesicleModel.run expects a q value.");
424                return NULL;
425        }
426         
427        // Check params
428        if( PyList_Check(pars)==1) {
429               
430                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
431            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
432            if(npars!=2) {
433                PyErr_SetString(CVesicleModelError, 
434                        "CVesicleModel.run expects a double or a list of dimension 2.");
435                return NULL;
436            }
437            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
438            // to evaluate I(qx,qy)
439            qx_value = CVesicleModel_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
440            qy_value = CVesicleModel_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
441            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
442
443        } else {
444
445                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
446                qx_value = CVesicleModel_readDouble(pars);             
447               
448                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
449        }       
450}
451
452static PyObject * reset(CVesicleModel *self, PyObject *args) {
453   
454
455    return Py_BuildValue("d",0.0);
456}
457
458static PyObject * set_dispersion(CVesicleModel *self, PyObject *args) {
459        PyObject * disp;
460        const char * par_name;
461
462        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
463            PyErr_SetString(CVesicleModelError,
464                "CVesicleModel.set_dispersion expects a DispersionModel object.");
465                return NULL;
466        }
467        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
468        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
469
470
471        // Ugliness necessary to go from python to C
472            // TODO: refactor this
473    if (!strcmp(par_name, "radius")) {
474        self->model->radius.dispersion = dispersion;
475    } else    if (!strcmp(par_name, "thickness")) {
476        self->model->thickness.dispersion = dispersion;
477    } else {
478            PyErr_SetString(CVesicleModelError,
479                "CVesicleModel.set_dispersion expects a valid parameter name.");
480                return NULL;
481        }
482
483        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
484        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
485        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
486        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
487    return Py_BuildValue("i",1);
488}
489
490
491static PyMethodDef CVesicleModel_methods[] = {
492    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
493      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
494    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
495      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
496    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
497      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
498     
499    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
500      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
501    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
502      "Reset pair correlation"},
503    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
504      "Set the dispersion model for a given parameter"},
505   {NULL}
506};
507
508static PyTypeObject CVesicleModelType = {
509    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
510    0,                         /*ob_size*/
511    "CVesicleModel",             /*tp_name*/
512    sizeof(CVesicleModel),             /*tp_basicsize*/
513    0,                         /*tp_itemsize*/
514    (destructor)CVesicleModel_dealloc, /*tp_dealloc*/
515    0,                         /*tp_print*/
516    0,                         /*tp_getattr*/
517    0,                         /*tp_setattr*/
518    0,                         /*tp_compare*/
519    0,                         /*tp_repr*/
520    0,                         /*tp_as_number*/
521    0,                         /*tp_as_sequence*/
522    0,                         /*tp_as_mapping*/
523    0,                         /*tp_hash */
524    0,                         /*tp_call*/
525    0,                         /*tp_str*/
526    0,                         /*tp_getattro*/
527    0,                         /*tp_setattro*/
528    0,                         /*tp_as_buffer*/
529    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
530    "CVesicleModel objects",           /* tp_doc */
531    0,                         /* tp_traverse */
532    0,                         /* tp_clear */
533    0,                         /* tp_richcompare */
534    0,                         /* tp_weaklistoffset */
535    0,                         /* tp_iter */
536    0,                         /* tp_iternext */
537    CVesicleModel_methods,             /* tp_methods */
538    CVesicleModel_members,             /* tp_members */
539    0,                         /* tp_getset */
540    0,                         /* tp_base */
541    0,                         /* tp_dict */
542    0,                         /* tp_descr_get */
543    0,                         /* tp_descr_set */
544    0,                         /* tp_dictoffset */
545    (initproc)CVesicleModel_init,      /* tp_init */
546    0,                         /* tp_alloc */
547    CVesicleModel_new,                 /* tp_new */
548};
549
550
551//static PyMethodDef module_methods[] = {
552//    {NULL}
553//};
554
555/**
556 * Function used to add the model class to a module
557 * @param module: module to add the class to
558 */ 
559void addCVesicleModel(PyObject *module) {
560        PyObject *d;
561       
562    if (PyType_Ready(&CVesicleModelType) < 0)
563        return;
564
565    Py_INCREF(&CVesicleModelType);
566    PyModule_AddObject(module, "CVesicleModel", (PyObject *)&CVesicleModelType);
567   
568    d = PyModule_GetDict(module);
569    static char error_name[] = "CVesicleModel.error";
570    CVesicleModelError = PyErr_NewException(error_name, NULL, NULL);
571    PyDict_SetItemString(d, "CVesicleModelError", CVesicleModelError);
572}
573
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.