source: sasview/sansmodels/src/sans/models/c_models/CHardsphereStructure.cpp @ 500be82

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 500be82 was 2605da22, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 13 years ago

Re #4 Still a few more warnings
  • Property mode set to 100644
File size: 18.4 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** CHardsphereStructure
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY Hardsphere.h
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35#include "Hardsphere.h"
36}
37
38#include "models.hh"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * CHardsphereStructureError = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    HardsphereStructure * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} CHardsphereStructure;
57
58
59static void
60CHardsphereStructure_dealloc(CHardsphereStructure* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67   
68
69}
70
71static PyObject *
72CHardsphereStructure_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
73{
74    CHardsphereStructure *self;
75   
76    self = (CHardsphereStructure *)type->tp_alloc(type, 0);
77   
78    return (PyObject *)self;
79}
80
81static int
82CHardsphereStructure_init(CHardsphereStructure *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
83{
84    if (self != NULL) {
85       
86        // Create parameters
87        self->params = PyDict_New();
88        self->dispersion = PyDict_New();
89        self->model = new HardsphereStructure();
90       
91        // Initialize parameter dictionary
92        PyDict_SetItemString(self->params,"effect_radius",Py_BuildValue("d",50.000000000000));
93        PyDict_SetItemString(self->params,"volfraction",Py_BuildValue("d",0.200000000000));
94        // Initialize dispersion / averaging parameter dict
95        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
96        PyObject * disp_dict;
97        disp_dict = PyDict_New();
98        self->model->effect_radius.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->effect_radius.dispersion, disp_dict);
99        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "effect_radius", disp_dict);
100
101
102         
103        // Create empty log
104        self->log = PyDict_New();
105       
106       
107
108    }
109    return 0;
110}
111
112static char name_params[] = "params";
113static char def_params[] = "Parameters";
114static char name_dispersion[] = "dispersion";
115static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
116static char name_log[] = "log";
117static char def_log[] = "Log";
118
119static PyMemberDef CHardsphereStructure_members[] = {
120    {name_params, T_OBJECT, offsetof(CHardsphereStructure, params), 0, def_params},
121        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof(CHardsphereStructure, dispersion), 0, def_dispersion},     
122    {name_log, T_OBJECT, offsetof(CHardsphereStructure, log), 0, def_log},
123    {NULL}  /* Sentinel */
124};
125
126/** Read double from PyObject
127    @param p PyObject
128    @return double
129*/
130double CHardsphereStructure_readDouble(PyObject *p) {
131    if (PyFloat_Check(p)==1) {
132        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
133    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
134        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
135    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
136        return (double)PyLong_AsLong(p);
137    } else {
138        return 0.0;
139    }
140}
141/**
142 * Function to call to evaluate model
143 * @param args: input numpy array q[]
144 * @return: numpy array object
145 */
146 
147static PyObject *evaluateOneDim(HardsphereStructure* model, PyArrayObject *q){
148    PyArrayObject *result;
149   
150    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
151    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
152    {
153        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
154        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
155        return NULL;
156    }
157    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions), 
158                                                                                  PyArray_DOUBLE);
159        if (result == NULL) {
160        const char * message= "Could not create result ";
161        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
162                return NULL;
163        }
164         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
165      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
166      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
167      *result_value =(*model)(q_value);
168        }
169    return PyArray_Return(result); 
170 }
171
172 /**
173 * Function to call to evaluate model
174 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
175 * @return: numpy array object
176 */
177 static PyObject * evaluateTwoDimXY( HardsphereStructure* model, 
178                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
179 {
180    PyArrayObject *result;
181    int i, x_len, y_len, dims[1];
182    //check validity of input vectors
183    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
184        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
185        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
186        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
187        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
188        return NULL;
189    }
190   
191        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
192               
193            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
194        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
195           
196            // Make a new double matrix of same dims
197        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
198        if (result == NULL){
199            const char * message= "Could not create result ";
200        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
201            return NULL;
202            }
203       
204        /* Do the calculation. */
205        for ( i=0; i< x_len; i++) {
206            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
207                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
208                        double *result_value = (double *)(result->data +
209                              i*result->strides[0]);
210                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
211        }           
212        return PyArray_Return(result); 
213       
214        }else{
215                    PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
216                   "CHardsphereStructure.evaluateTwoDimXY couldn't run.");
217                return NULL;
218                }       
219}
220/**
221 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
222 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
223 *
224 */ 
225static PyObject * evalDistribution(CHardsphereStructure *self, PyObject *args){
226        PyObject *qx, *qy;
227        PyArrayObject * pars;
228        int npars ,mpars;
229       
230        // Get parameters
231       
232            // Reader parameter dictionary
233    self->model->effect_radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "effect_radius") );
234    self->model->volfraction = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "volfraction") );
235    // Read in dispersion parameters
236    PyObject* disp_dict;
237    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
238    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "effect_radius");
239    self->model->effect_radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->effect_radius.dispersion, disp_dict);
240
241       
242        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
243        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
244            PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
245                "CHardsphereStructure.evalDistribution expects a q value.");
246                return NULL;
247        }
248    // Check params
249       
250    if(PyArray_Check(pars)==1) {
251               
252            // Length of list should 1 or 2
253            npars = pars->nd; 
254            if(npars==1) {
255                // input is a numpy array
256                if (PyArray_Check(pars)) {
257                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars); 
258                    }
259                }else{
260                    PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
261                   "CHardsphereStructure.evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
262                return NULL;
263                }
264    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
265        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
266            mpars = PyList_GET_SIZE(pars); 
267            if(mpars!=2) {
268                PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
269                        "CHardsphereStructure.evalDistribution expects a list of dimension 2.");
270                return NULL;
271            }
272             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
273             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
274             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
275                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
276                           (PyArrayObject*)qy);
277                 }else{
278                    PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
279                   "CHardsphereStructure.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
280                return NULL;
281             }
282        }
283        PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
284                   "CHardsphereStructure.evalDistribution couln't be run.");
285        return NULL;
286       
287}
288
289/**
290 * Function to call to evaluate model
291 * @param args: input q or [q,phi]
292 * @return: function value
293 */
294static PyObject * run(CHardsphereStructure *self, PyObject *args) {
295        double q_value, phi_value;
296        PyObject* pars;
297        int npars;
298       
299        // Get parameters
300       
301            // Reader parameter dictionary
302    self->model->effect_radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "effect_radius") );
303    self->model->volfraction = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "volfraction") );
304    // Read in dispersion parameters
305    PyObject* disp_dict;
306    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
307    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "effect_radius");
308    self->model->effect_radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->effect_radius.dispersion, disp_dict);
309
310       
311        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
312        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
313            PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
314                "CHardsphereStructure.run expects a q value.");
315                return NULL;
316        }
317         
318        // Check params
319        if( PyList_Check(pars)==1) {
320               
321                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
322            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
323            if(npars!=2) {
324                PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
325                        "CHardsphereStructure.run expects a double or a list of dimension 2.");
326                return NULL;
327            }
328            // We have a vector q, get the q and phi values at which
329            // to evaluate I(q,phi)
330            q_value = CHardsphereStructure_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
331            phi_value = CHardsphereStructure_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
332            // Skip zero
333            if (q_value==0) {
334                return Py_BuildValue("d",0.0);
335            }
336                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
337
338        } else {
339
340                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
341                q_value = CHardsphereStructure_readDouble(pars);               
342               
343                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
344        }       
345}
346/**
347 * Function to call to calculate_ER
348 * @return: effective radius value
349 */
350static PyObject * calculate_ER(CHardsphereStructure *self) {
351
352        // Get parameters
353       
354            // Reader parameter dictionary
355    self->model->effect_radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "effect_radius") );
356    self->model->volfraction = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "volfraction") );
357    // Read in dispersion parameters
358    PyObject* disp_dict;
359    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
360    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "effect_radius");
361    self->model->effect_radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->effect_radius.dispersion, disp_dict);
362
363               
364        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
365
366}
367/**
368 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
369 * @param args: input q or [qx, qy]]
370 * @return: function value
371 */
372static PyObject * runXY(CHardsphereStructure *self, PyObject *args) {
373        double qx_value, qy_value;
374        PyObject* pars;
375        int npars;
376       
377        // Get parameters
378       
379            // Reader parameter dictionary
380    self->model->effect_radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "effect_radius") );
381    self->model->volfraction = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "volfraction") );
382    // Read in dispersion parameters
383    PyObject* disp_dict;
384    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
385    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "effect_radius");
386    self->model->effect_radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->effect_radius.dispersion, disp_dict);
387
388       
389        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
390        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
391            PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
392                "CHardsphereStructure.run expects a q value.");
393                return NULL;
394        }
395         
396        // Check params
397        if( PyList_Check(pars)==1) {
398               
399                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
400            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
401            if(npars!=2) {
402                PyErr_SetString(CHardsphereStructureError, 
403                        "CHardsphereStructure.run expects a double or a list of dimension 2.");
404                return NULL;
405            }
406            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
407            // to evaluate I(qx,qy)
408            qx_value = CHardsphereStructure_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
409            qy_value = CHardsphereStructure_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
410            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
411
412        } else {
413
414                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
415                qx_value = CHardsphereStructure_readDouble(pars);               
416               
417                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
418        }       
419}
420
421static PyObject * reset(CHardsphereStructure *self, PyObject *args) {
422   
423
424    return Py_BuildValue("d",0.0);
425}
426
427static PyObject * set_dispersion(CHardsphereStructure *self, PyObject *args) {
428        PyObject * disp;
429        const char * par_name;
430
431        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
432            PyErr_SetString(CHardsphereStructureError,
433                "CHardsphereStructure.set_dispersion expects a DispersionModel object.");
434                return NULL;
435        }
436        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
437        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
438
439
440        // Ugliness necessary to go from python to C
441            // TODO: refactor this
442    if (!strcmp(par_name, "effect_radius")) {
443        self->model->effect_radius.dispersion = dispersion;
444    } else {
445            PyErr_SetString(CHardsphereStructureError,
446                "CHardsphereStructure.set_dispersion expects a valid parameter name.");
447                return NULL;
448        }
449
450        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
451        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
452        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
453        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
454    return Py_BuildValue("i",1);
455}
456
457
458static PyMethodDef CHardsphereStructure_methods[] = {
459    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
460      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
461    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
462      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
463    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
464      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
465     
466    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
467      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
468    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
469      "Reset pair correlation"},
470    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
471      "Set the dispersion model for a given parameter"},
472   {NULL}
473};
474
475static PyTypeObject CHardsphereStructureType = {
476    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
477    0,                         /*ob_size*/
478    "CHardsphereStructure",             /*tp_name*/
479    sizeof(CHardsphereStructure),             /*tp_basicsize*/
480    0,                         /*tp_itemsize*/
481    (destructor)CHardsphereStructure_dealloc, /*tp_dealloc*/
482    0,                         /*tp_print*/
483    0,                         /*tp_getattr*/
484    0,                         /*tp_setattr*/
485    0,                         /*tp_compare*/
486    0,                         /*tp_repr*/
487    0,                         /*tp_as_number*/
488    0,                         /*tp_as_sequence*/
489    0,                         /*tp_as_mapping*/
490    0,                         /*tp_hash */
491    0,                         /*tp_call*/
492    0,                         /*tp_str*/
493    0,                         /*tp_getattro*/
494    0,                         /*tp_setattro*/
495    0,                         /*tp_as_buffer*/
496    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
497    "CHardsphereStructure objects",           /* tp_doc */
498    0,                         /* tp_traverse */
499    0,                         /* tp_clear */
500    0,                         /* tp_richcompare */
501    0,                         /* tp_weaklistoffset */
502    0,                         /* tp_iter */
503    0,                         /* tp_iternext */
504    CHardsphereStructure_methods,             /* tp_methods */
505    CHardsphereStructure_members,             /* tp_members */
506    0,                         /* tp_getset */
507    0,                         /* tp_base */
508    0,                         /* tp_dict */
509    0,                         /* tp_descr_get */
510    0,                         /* tp_descr_set */
511    0,                         /* tp_dictoffset */
512    (initproc)CHardsphereStructure_init,      /* tp_init */
513    0,                         /* tp_alloc */
514    CHardsphereStructure_new,                 /* tp_new */
515};
516
517
518//static PyMethodDef module_methods[] = {
519//    {NULL}
520//};
521
522/**
523 * Function used to add the model class to a module
524 * @param module: module to add the class to
525 */ 
526void addCHardsphereStructure(PyObject *module) {
527        PyObject *d;
528       
529    if (PyType_Ready(&CHardsphereStructureType) < 0)
530        return;
531
532    Py_INCREF(&CHardsphereStructureType);
533    PyModule_AddObject(module, "CHardsphereStructure", (PyObject *)&CHardsphereStructureType);
534   
535    d = PyModule_GetDict(module);
536    static char error_name[] = "CHardsphereStructure.error";
537    CHardsphereStructureError = PyErr_NewException(error_name, NULL, NULL);
538    PyDict_SetItemString(d, "CHardsphereStructureError", CHardsphereStructureError);
539}
540
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.