source: sasview/sansmodels/src/sans/models/c_models/CDiamCylFunc.cpp @ 839f7e28

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 839f7e28 was 2605da22, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 13 years ago

Re #4 Still a few more warnings
  • Property mode set to 100644
File size: 18.6 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** CDiamCylFunc
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY DiamCyl.h
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35#include "DiamCyl.h"
36}
37
38#include "models.hh"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * CDiamCylFuncError = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    DiamCylFunc * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} CDiamCylFunc;
57
58
59static void
60CDiamCylFunc_dealloc(CDiamCylFunc* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67   
68
69}
70
71static PyObject *
72CDiamCylFunc_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
73{
74    CDiamCylFunc *self;
75   
76    self = (CDiamCylFunc *)type->tp_alloc(type, 0);
77   
78    return (PyObject *)self;
79}
80
81static int
82CDiamCylFunc_init(CDiamCylFunc *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
83{
84    if (self != NULL) {
85       
86        // Create parameters
87        self->params = PyDict_New();
88        self->dispersion = PyDict_New();
89        self->model = new DiamCylFunc();
90       
91        // Initialize parameter dictionary
92        PyDict_SetItemString(self->params,"length",Py_BuildValue("d",400.000000000000));
93        PyDict_SetItemString(self->params,"radius",Py_BuildValue("d",20.000000000000));
94        // Initialize dispersion / averaging parameter dict
95        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
96        PyObject * disp_dict;
97        disp_dict = PyDict_New();
98        self->model->radius.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
99        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "radius", disp_dict);
100        disp_dict = PyDict_New();
101        self->model->length.dispersion->accept_as_source(visitor, self->model->length.dispersion, disp_dict);
102        PyDict_SetItemString(self->dispersion, "length", disp_dict);
103
104
105         
106        // Create empty log
107        self->log = PyDict_New();
108       
109       
110
111    }
112    return 0;
113}
114
115static char name_params[] = "params";
116static char def_params[] = "Parameters";
117static char name_dispersion[] = "dispersion";
118static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
119static char name_log[] = "log";
120static char def_log[] = "Log";
121
122static PyMemberDef CDiamCylFunc_members[] = {
123    {name_params, T_OBJECT, offsetof(CDiamCylFunc, params), 0, def_params},
124        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof(CDiamCylFunc, dispersion), 0, def_dispersion},     
125    {name_log, T_OBJECT, offsetof(CDiamCylFunc, log), 0, def_log},
126    {NULL}  /* Sentinel */
127};
128
129/** Read double from PyObject
130    @param p PyObject
131    @return double
132*/
133double CDiamCylFunc_readDouble(PyObject *p) {
134    if (PyFloat_Check(p)==1) {
135        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
136    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
137        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
138    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
139        return (double)PyLong_AsLong(p);
140    } else {
141        return 0.0;
142    }
143}
144/**
145 * Function to call to evaluate model
146 * @param args: input numpy array q[]
147 * @return: numpy array object
148 */
149 
150static PyObject *evaluateOneDim(DiamCylFunc* model, PyArrayObject *q){
151    PyArrayObject *result;
152   
153    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
154    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
155    {
156        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
157        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
158        return NULL;
159    }
160    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions), 
161                                                                                  PyArray_DOUBLE);
162        if (result == NULL) {
163        const char * message= "Could not create result ";
164        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
165                return NULL;
166        }
167         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
168      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
169      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
170      *result_value =(*model)(q_value);
171        }
172    return PyArray_Return(result); 
173 }
174
175 /**
176 * Function to call to evaluate model
177 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
178 * @return: numpy array object
179 */
180 static PyObject * evaluateTwoDimXY( DiamCylFunc* model, 
181                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
182 {
183    PyArrayObject *result;
184    int i, x_len, y_len, dims[1];
185    //check validity of input vectors
186    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
187        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
188        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
189        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
190        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
191        return NULL;
192    }
193   
194        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
195               
196            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
197        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
198           
199            // Make a new double matrix of same dims
200        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
201        if (result == NULL){
202            const char * message= "Could not create result ";
203        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
204            return NULL;
205            }
206       
207        /* Do the calculation. */
208        for ( i=0; i< x_len; i++) {
209            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
210                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
211                        double *result_value = (double *)(result->data +
212                              i*result->strides[0]);
213                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
214        }           
215        return PyArray_Return(result); 
216       
217        }else{
218                    PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
219                   "CDiamCylFunc.evaluateTwoDimXY couldn't run.");
220                return NULL;
221                }       
222}
223/**
224 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
225 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
226 *
227 */ 
228static PyObject * evalDistribution(CDiamCylFunc *self, PyObject *args){
229        PyObject *qx, *qy;
230        PyArrayObject * pars;
231        int npars ,mpars;
232       
233        // Get parameters
234       
235            // Reader parameter dictionary
236    self->model->length = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "length") );
237    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
238    // Read in dispersion parameters
239    PyObject* disp_dict;
240    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
241    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
242    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
243    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "length");
244    self->model->length.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->length.dispersion, disp_dict);
245
246       
247        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
248        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
249            PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
250                "CDiamCylFunc.evalDistribution expects a q value.");
251                return NULL;
252        }
253    // Check params
254       
255    if(PyArray_Check(pars)==1) {
256               
257            // Length of list should 1 or 2
258            npars = pars->nd; 
259            if(npars==1) {
260                // input is a numpy array
261                if (PyArray_Check(pars)) {
262                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars); 
263                    }
264                }else{
265                    PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
266                   "CDiamCylFunc.evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
267                return NULL;
268                }
269    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
270        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
271            mpars = PyList_GET_SIZE(pars); 
272            if(mpars!=2) {
273                PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
274                        "CDiamCylFunc.evalDistribution expects a list of dimension 2.");
275                return NULL;
276            }
277             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
278             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
279             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
280                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
281                           (PyArrayObject*)qy);
282                 }else{
283                    PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
284                   "CDiamCylFunc.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
285                return NULL;
286             }
287        }
288        PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
289                   "CDiamCylFunc.evalDistribution couln't be run.");
290        return NULL;
291       
292}
293
294/**
295 * Function to call to evaluate model
296 * @param args: input q or [q,phi]
297 * @return: function value
298 */
299static PyObject * run(CDiamCylFunc *self, PyObject *args) {
300        double q_value, phi_value;
301        PyObject* pars;
302        int npars;
303       
304        // Get parameters
305       
306            // Reader parameter dictionary
307    self->model->length = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "length") );
308    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
309    // Read in dispersion parameters
310    PyObject* disp_dict;
311    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
312    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
313    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
314    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "length");
315    self->model->length.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->length.dispersion, disp_dict);
316
317       
318        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
319        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
320            PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
321                "CDiamCylFunc.run expects a q value.");
322                return NULL;
323        }
324         
325        // Check params
326        if( PyList_Check(pars)==1) {
327               
328                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
329            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
330            if(npars!=2) {
331                PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
332                        "CDiamCylFunc.run expects a double or a list of dimension 2.");
333                return NULL;
334            }
335            // We have a vector q, get the q and phi values at which
336            // to evaluate I(q,phi)
337            q_value = CDiamCylFunc_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
338            phi_value = CDiamCylFunc_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
339            // Skip zero
340            if (q_value==0) {
341                return Py_BuildValue("d",0.0);
342            }
343                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
344
345        } else {
346
347                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
348                q_value = CDiamCylFunc_readDouble(pars);               
349               
350                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
351        }       
352}
353/**
354 * Function to call to calculate_ER
355 * @return: effective radius value
356 */
357static PyObject * calculate_ER(CDiamCylFunc *self) {
358
359        // Get parameters
360       
361            // Reader parameter dictionary
362    self->model->length = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "length") );
363    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
364    // Read in dispersion parameters
365    PyObject* disp_dict;
366    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
367    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
368    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
369    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "length");
370    self->model->length.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->length.dispersion, disp_dict);
371
372               
373        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
374
375}
376/**
377 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
378 * @param args: input q or [qx, qy]]
379 * @return: function value
380 */
381static PyObject * runXY(CDiamCylFunc *self, PyObject *args) {
382        double qx_value, qy_value;
383        PyObject* pars;
384        int npars;
385       
386        // Get parameters
387       
388            // Reader parameter dictionary
389    self->model->length = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "length") );
390    self->model->radius = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "radius") );
391    // Read in dispersion parameters
392    PyObject* disp_dict;
393    DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
394    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "radius");
395    self->model->radius.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->radius.dispersion, disp_dict);
396    disp_dict = PyDict_GetItemString(self->dispersion, "length");
397    self->model->length.dispersion->accept_as_destination(visitor, self->model->length.dispersion, disp_dict);
398
399       
400        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
401        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
402            PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
403                "CDiamCylFunc.run expects a q value.");
404                return NULL;
405        }
406         
407        // Check params
408        if( PyList_Check(pars)==1) {
409               
410                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
411            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
412            if(npars!=2) {
413                PyErr_SetString(CDiamCylFuncError, 
414                        "CDiamCylFunc.run expects a double or a list of dimension 2.");
415                return NULL;
416            }
417            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
418            // to evaluate I(qx,qy)
419            qx_value = CDiamCylFunc_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
420            qy_value = CDiamCylFunc_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
421            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
422
423        } else {
424
425                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
426                qx_value = CDiamCylFunc_readDouble(pars);               
427               
428                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
429        }       
430}
431
432static PyObject * reset(CDiamCylFunc *self, PyObject *args) {
433   
434
435    return Py_BuildValue("d",0.0);
436}
437
438static PyObject * set_dispersion(CDiamCylFunc *self, PyObject *args) {
439        PyObject * disp;
440        const char * par_name;
441
442        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
443            PyErr_SetString(CDiamCylFuncError,
444                "CDiamCylFunc.set_dispersion expects a DispersionModel object.");
445                return NULL;
446        }
447        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
448        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
449
450
451        // Ugliness necessary to go from python to C
452            // TODO: refactor this
453    if (!strcmp(par_name, "radius")) {
454        self->model->radius.dispersion = dispersion;
455    } else    if (!strcmp(par_name, "length")) {
456        self->model->length.dispersion = dispersion;
457    } else {
458            PyErr_SetString(CDiamCylFuncError,
459                "CDiamCylFunc.set_dispersion expects a valid parameter name.");
460                return NULL;
461        }
462
463        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
464        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
465        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
466        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
467    return Py_BuildValue("i",1);
468}
469
470
471static PyMethodDef CDiamCylFunc_methods[] = {
472    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
473      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
474    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
475      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
476    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
477      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
478     
479    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
480      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
481    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
482      "Reset pair correlation"},
483    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
484      "Set the dispersion model for a given parameter"},
485   {NULL}
486};
487
488static PyTypeObject CDiamCylFuncType = {
489    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
490    0,                         /*ob_size*/
491    "CDiamCylFunc",             /*tp_name*/
492    sizeof(CDiamCylFunc),             /*tp_basicsize*/
493    0,                         /*tp_itemsize*/
494    (destructor)CDiamCylFunc_dealloc, /*tp_dealloc*/
495    0,                         /*tp_print*/
496    0,                         /*tp_getattr*/
497    0,                         /*tp_setattr*/
498    0,                         /*tp_compare*/
499    0,                         /*tp_repr*/
500    0,                         /*tp_as_number*/
501    0,                         /*tp_as_sequence*/
502    0,                         /*tp_as_mapping*/
503    0,                         /*tp_hash */
504    0,                         /*tp_call*/
505    0,                         /*tp_str*/
506    0,                         /*tp_getattro*/
507    0,                         /*tp_setattro*/
508    0,                         /*tp_as_buffer*/
509    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
510    "CDiamCylFunc objects",           /* tp_doc */
511    0,                         /* tp_traverse */
512    0,                         /* tp_clear */
513    0,                         /* tp_richcompare */
514    0,                         /* tp_weaklistoffset */
515    0,                         /* tp_iter */
516    0,                         /* tp_iternext */
517    CDiamCylFunc_methods,             /* tp_methods */
518    CDiamCylFunc_members,             /* tp_members */
519    0,                         /* tp_getset */
520    0,                         /* tp_base */
521    0,                         /* tp_dict */
522    0,                         /* tp_descr_get */
523    0,                         /* tp_descr_set */
524    0,                         /* tp_dictoffset */
525    (initproc)CDiamCylFunc_init,      /* tp_init */
526    0,                         /* tp_alloc */
527    CDiamCylFunc_new,                 /* tp_new */
528};
529
530
531//static PyMethodDef module_methods[] = {
532//    {NULL}
533//};
534
535/**
536 * Function used to add the model class to a module
537 * @param module: module to add the class to
538 */ 
539void addCDiamCylFunc(PyObject *module) {
540        PyObject *d;
541       
542    if (PyType_Ready(&CDiamCylFuncType) < 0)
543        return;
544
545    Py_INCREF(&CDiamCylFuncType);
546    PyModule_AddObject(module, "CDiamCylFunc", (PyObject *)&CDiamCylFuncType);
547   
548    d = PyModule_GetDict(module);
549    static char error_name[] = "CDiamCylFunc.error";
550    CDiamCylFuncError = PyErr_NewException(error_name, NULL, NULL);
551    PyDict_SetItemString(d, "CDiamCylFuncError", CDiamCylFuncError);
552}
553
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.