[e096270] | 1 | #if !defined(o_h) |
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| 2 | #define onion_h |
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| 3 | |
---|
| 4 | /** |
---|
| 5 | * Structure definition for sphere parameters |
---|
| 6 | */ |
---|
| 7 | //[PYTHONCLASS] = OnionModel |
---|
[339ce67] | 8 | //[DISP_PARAMS] = rad_core0, thick_shell1,thick_shell2,thick_shell3,thick_shell4, thick_shell5,thick_shell6,thick_shell7,thick_shell8,thick_shell9,thick_shell10 |
---|
[e096270] | 9 | //[DESCRIPTION] =<text>Form factor of mutishells normalized by the volume. Here each shell is described |
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| 10 | // by an exponential function; |
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| 11 | // I) |
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| 12 | // For A_shell != 0, |
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| 13 | // f(r) = B*exp(A_shell*(r-r_in)/thick_shell)+C |
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| 14 | // where |
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| 15 | // B=(sld_out-sld_in)/(exp(A_shell)-1) |
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| 16 | // C=sld_in-B. |
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| 17 | // Note that in the above case, |
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| 18 | // the function becomes a linear function |
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| 19 | // as A_shell --> 0+ or 0-. |
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| 20 | // II) |
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| 21 | // For the exact point of A_shell == 0, |
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| 22 | // f(r) = sld_in ,i.e., it crosses over flat function |
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| 23 | // Note that the 'sld_out' becaomes NULL in this case. |
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| 24 | // |
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| 25 | // background:background, |
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[339ce67] | 26 | // rad_core0: radius of sphere(core) |
---|
[e096270] | 27 | // thick_shell#:the thickness of the shell# |
---|
[339ce67] | 28 | // sld_core0: the SLD of the sphere |
---|
[e096270] | 29 | // sld_solv: the SLD of the solvent |
---|
| 30 | // sld_shell: the SLD of the shell# |
---|
| 31 | // A_shell#: the coefficient in the exponential function |
---|
| 32 | // </text> |
---|
[339ce67] | 33 | //[FIXED]= <text>rad_core0.width;thick_shell1.width;thick_shell2.width;thick_shell3.width;thick_shell4.width;thick_shell5.width;thick_shell6.width;thick_shell7.width;thick_shell8.width;thick_shell9.width;thick_shell10.width</text> |
---|
[e096270] | 34 | //[ORIENTATION_PARAMS]= <text> </text> |
---|
| 35 | |
---|
| 36 | typedef struct { |
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| 37 | /// number of shells |
---|
| 38 | // [DEFAULT]=n_shells=1 |
---|
| 39 | int n_shells; |
---|
| 40 | /// Scale factor |
---|
| 41 | // [DEFAULT]=scale= 1.0 |
---|
| 42 | double scale; |
---|
| 43 | /// Radius of sphere [A] |
---|
[339ce67] | 44 | // [DEFAULT]=rad_core0=200.0 [A] |
---|
| 45 | double rad_core0; |
---|
[e096270] | 46 | /// sld_core [1/A^(2)] |
---|
[339ce67] | 47 | // [DEFAULT]=sld_core0= 1.0e-6 [1/A^(2)] |
---|
| 48 | double sld_core0; |
---|
[e096270] | 49 | /// sld_solv [1/A^(2)] |
---|
| 50 | // [DEFAULT]=sld_solv= 6.4e-6 [1/A^(2)] |
---|
| 51 | double sld_solv; |
---|
| 52 | /// Incoherent Background [1/cm] |
---|
| 53 | // [DEFAULT]=background=0 [1/cm] |
---|
| 54 | double background; |
---|
| 55 | |
---|
[7381f34] | 56 | // [DEFAULT]=sld_out_shell1=2.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 57 | double sld_out_shell1; |
---|
[7381f34] | 58 | // [DEFAULT]=sld_out_shell2=2.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 59 | double sld_out_shell2; |
---|
[7381f34] | 60 | // [DEFAULT]=sld_out_shell3=3.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 61 | double sld_out_shell3; |
---|
[7381f34] | 62 | // [DEFAULT]=sld_out_shell4=3.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 63 | double sld_out_shell4; |
---|
[7381f34] | 64 | // [DEFAULT]=sld_out_shell5=4.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 65 | double sld_out_shell5; |
---|
[7381f34] | 66 | // [DEFAULT]=sld_out_shell6=4.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 67 | double sld_out_shell6; |
---|
[7381f34] | 68 | // [DEFAULT]=sld_out_shell7=5.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 69 | double sld_out_shell7; |
---|
[7381f34] | 70 | // [DEFAULT]=sld_out_shell8=5.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 71 | double sld_out_shell8; |
---|
[7381f34] | 72 | // [DEFAULT]=sld_out_shell9=6.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 73 | double sld_out_shell9; |
---|
[7381f34] | 74 | // [DEFAULT]=sld_out_shell10=6.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 75 | double sld_out_shell10; |
---|
| 76 | |
---|
[7381f34] | 77 | // [DEFAULT]=sld_in_shell1=1.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 78 | double sld_in_shell1; |
---|
[7381f34] | 79 | // [DEFAULT]=sld_in_shell2=2.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 80 | double sld_in_shell2; |
---|
[7381f34] | 81 | // [DEFAULT]=sld_in_shell3=2.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 82 | double sld_in_shell3; |
---|
[7381f34] | 83 | // [DEFAULT]=sld_in_shell4=3.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 84 | double sld_in_shell4; |
---|
[7381f34] | 85 | // [DEFAULT]=sld_in_shell5=3.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 86 | double sld_in_shell5; |
---|
[7381f34] | 87 | // [DEFAULT]=sld_in_shell6=4.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 88 | double sld_in_shell6; |
---|
[7381f34] | 89 | // [DEFAULT]=sld_in_shell7=4.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 90 | double sld_in_shell7; |
---|
[7381f34] | 91 | // [DEFAULT]=sld_in_shell8=5.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 92 | double sld_in_shell8; |
---|
[7381f34] | 93 | // [DEFAULT]=sld_in_shell9=5.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 94 | double sld_in_shell9; |
---|
[7381f34] | 95 | // [DEFAULT]=sld_in_shell10=6.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
[e096270] | 96 | double sld_in_shell10; |
---|
| 97 | |
---|
| 98 | // [DEFAULT]=A_shell1=1.0 |
---|
| 99 | double A_shell1; |
---|
| 100 | // [DEFAULT]=A_shell2=1.0 |
---|
| 101 | double A_shell2; |
---|
| 102 | // [DEFAULT]=A_shell3=1.0 |
---|
| 103 | double A_shell3; |
---|
| 104 | // [DEFAULT]=A_shell4=1.0 |
---|
| 105 | double A_shell4; |
---|
| 106 | // [DEFAULT]=A_shell5=1.0 |
---|
| 107 | double A_shell5; |
---|
| 108 | // [DEFAULT]=A_shell6=1.0 |
---|
| 109 | double A_shell6; |
---|
| 110 | // [DEFAULT]=A_shell7=1.0 |
---|
| 111 | double A_shell7; |
---|
| 112 | // [DEFAULT]=A_shell8=1.0 |
---|
| 113 | double A_shell8; |
---|
| 114 | // [DEFAULT]=A_shell9=1.0 |
---|
| 115 | double A_shell9; |
---|
| 116 | // [DEFAULT]=A_shell10=1.0 |
---|
| 117 | double A_shell10; |
---|
| 118 | |
---|
[7381f34] | 119 | // [DEFAULT]=thick_shell1=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 120 | double thick_shell1; |
---|
[7381f34] | 121 | // [DEFAULT]=thick_shell2=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 122 | double thick_shell2; |
---|
[7381f34] | 123 | // [DEFAULT]=thick_shell3=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 124 | double thick_shell3; |
---|
[7381f34] | 125 | // [DEFAULT]=thick_shell4=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 126 | double thick_shell4; |
---|
[7381f34] | 127 | // [DEFAULT]=thick_shell5=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 128 | double thick_shell5; |
---|
[7381f34] | 129 | // [DEFAULT]=thick_shell6=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 130 | double thick_shell6; |
---|
[7381f34] | 131 | // [DEFAULT]=thick_shell7=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 132 | double thick_shell7; |
---|
[7381f34] | 133 | // [DEFAULT]=thick_shell8=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 134 | double thick_shell8; |
---|
[7381f34] | 135 | // [DEFAULT]=thick_shell9=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 136 | double thick_shell9; |
---|
[7381f34] | 137 | // [DEFAULT]=thick_shell10=50.0 [A] |
---|
[e096270] | 138 | double thick_shell10; |
---|
| 139 | |
---|
| 140 | // [DEFAULT]=func_shell1=2 |
---|
| 141 | int func_shell1; |
---|
| 142 | // [DEFAULT]=func_shell2=2 |
---|
| 143 | int func_shell2; |
---|
| 144 | // [DEFAULT]=func_shell3=2 |
---|
| 145 | int func_shell3; |
---|
| 146 | // [DEFAULT]=func_shell4=2 |
---|
| 147 | int func_shell4; |
---|
| 148 | // [DEFAULT]=func_shell5=2 |
---|
| 149 | int func_shell5; |
---|
| 150 | // [DEFAULT]=func_shell6=2 |
---|
| 151 | int func_shell6; |
---|
| 152 | // [DEFAULT]=func_shell7=2 |
---|
| 153 | int func_shell7; |
---|
| 154 | // [DEFAULT]=func_shell8=2 |
---|
| 155 | int func_shell8; |
---|
| 156 | // [DEFAULT]=func_shell9=2 |
---|
| 157 | int func_shell9; |
---|
| 158 | // [DEFAULT]=func_shell10=2 |
---|
| 159 | int func_shell10; |
---|
| 160 | } OnionParameters; |
---|
| 161 | |
---|
| 162 | double so_kernel(double dq[], double q); |
---|
| 163 | |
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| 164 | /// 1D scattering function |
---|
| 165 | double onion_analytical_1D(OnionParameters *pars, double q); |
---|
| 166 | |
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| 167 | /// 2D scattering function |
---|
| 168 | double onion_analytical_2D(OnionParameters *pars, double q, double phi); |
---|
| 169 | double onion_analytical_2DXY(OnionParameters *pars, double qx, double qy); |
---|
| 170 | |
---|
| 171 | #endif |
---|