source: sasview/sansmodels/src/python_wrapper/classTemplate.txt @ 0cb3d13

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 0cb3d13 was 5da3cc5, checked in by Kieran Campbell <kieranrcampbell@…>, 12 years ago

Implemented erf(x) in libfunc.c and added pass down to C++ of multfactor
  • Property mode set to 100644
File size: 15.5 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** [PYTHONCLASS]
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY [INCLUDE_FILE]
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35[C_INCLUDE_FILE]
36}
37
38[CPP_INCLUDE_FILE]
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * [PYTHONCLASS]Error = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    [CMODEL] * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} [PYTHONCLASS];
57
58
59static void
60[PYTHONCLASS]_dealloc([PYTHONCLASS]* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67    [NUMERICAL_DEALLOC]
68}
69
70static PyObject *
71[PYTHONCLASS]_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
72{
73    [PYTHONCLASS] *self;
74   
75    self = ([PYTHONCLASS] *)type->tp_alloc(type, 0);
76   
77    return (PyObject *)self;
78}
79
80static int
81[PYTHONCLASS]_init([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
82{
83    if (self != NULL) {
84       
85        // Create parameters
86        self->params = PyDict_New();
87        self->dispersion = PyDict_New();
88
89        [INITIALIZE_MODEL]
90
91        [INITDICTIONARY]
92         
93        // Create empty log
94        self->log = PyDict_New();
95       
96        [NUMERICAL_INIT]
97    }
98    return 0;
99}
100
101static char name_params[] = "params";
102static char def_params[] = "Parameters";
103static char name_dispersion[] = "dispersion";
104static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
105static char name_log[] = "log";
106static char def_log[] = "Log";
107
108static PyMemberDef [PYTHONCLASS]_members[] = {
109    {name_params, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], params), 0, def_params},
110        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], dispersion), 0, def_dispersion},     
111    {name_log, T_OBJECT, offsetof([PYTHONCLASS], log), 0, def_log},
112    {NULL}  /* Sentinel */
113};
114
115/** Read double from PyObject
116    @param p PyObject
117    @return double
118*/
119double [PYTHONCLASS]_readDouble(PyObject *p) {
120    if (PyFloat_Check(p)==1) {
121        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
122    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
123        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
124    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
125        return (double)PyLong_AsLong(p);
126    } else {
127        return 0.0;
128    }
129}
130/**
131 * Function to call to evaluate model
132 * @param args: input numpy array q[]
133 * @return: numpy array object
134 */
135 
136static PyObject *evaluateOneDim([CMODEL]* model, PyArrayObject *q){
137    PyArrayObject *result;
138   
139    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
140    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
141    {
142        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
143        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
144        return NULL;
145    }
146    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE);
147        if (result == NULL) {
148        const char * message= "Could not create result ";
149        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
150                return NULL;
151        }
152#pragma omp parallel for
153         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
154      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
155      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
156      *result_value =(*model)(q_value);
157        }
158    return PyArray_Return(result);
159 }
160
161 /**
162 * Function to call to evaluate model
163 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
164 * @return: numpy array object
165 */
166 static PyObject * evaluateTwoDimXY( [CMODEL]* model,
167                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
168 {
169    PyArrayObject *result;
170    int x_len, y_len, dims[1];
171    //check validity of input vectors
172    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
173        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
174        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
175        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
176        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
177        return NULL;
178    }
179   
180        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
181               
182            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
183        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
184           
185            // Make a new double matrix of same dims
186        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
187        if (result == NULL){
188            const char * message= "Could not create result ";
189        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
190            return NULL;
191            }
192       
193        /* Do the calculation. */
194#pragma omp parallel for
195        for (int i=0; i< x_len; i++) {
196            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
197                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
198                        double *result_value = (double *)(result->data +
199                              i*result->strides[0]);
200                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
201        }           
202        return PyArray_Return(result);
203       
204        }else{
205                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
206                   "[PYTHONCLASS].evaluateTwoDimXY couldn't run.");
207                return NULL;
208                }       
209}
210/**
211 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
212 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
213 *
214 */
215static PyObject * evalDistribution([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args){
216        PyObject *qx, *qy;
217        PyArrayObject * pars;
218        int npars ,mpars;
219       
220        // Get parameters
221       
222        [READDICTIONARY]
223       
224        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
225        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
226            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
227                "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a q value.");
228                return NULL;
229        }
230    // Check params
231       
232    if(PyArray_Check(pars)==1) {
233               
234            // Length of list should 1 or 2
235            npars = pars->nd;
236            if(npars==1) {
237                // input is a numpy array
238                if (PyArray_Check(pars)) {
239                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars);
240                    }
241                }else{
242                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
243                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
244                return NULL;
245                }
246    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
247        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
248            mpars = PyList_GET_SIZE(pars);
249            if(mpars!=2) {
250                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
251                        "[PYTHONCLASS].evalDistribution expects a list of dimension 2.");
252                return NULL;
253            }
254             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
255             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
256             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
257                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
258                           (PyArrayObject*)qy);
259                 }else{
260                    PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
261                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
262                return NULL;
263             }
264        }
265        PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
266                   "[PYTHONCLASS].evalDistribution couln't be run.");
267        return NULL;
268       
269}
270
271/**
272 * Function to call to evaluate model
273 * @param args: input q or [q,phi]
274 * @return: function value
275 */
276static PyObject * run([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
277        double q_value, phi_value;
278        PyObject* pars;
279        int npars;
280       
281        // Get parameters
282       
283        [READDICTIONARY]
284       
285        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
286        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
287            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
288                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
289                return NULL;
290        }
291         
292        // Check params
293        if( PyList_Check(pars)==1) {
294               
295                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
296            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
297            if(npars!=2) {
298                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
299                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
300                return NULL;
301            }
302            // We have a vector q, get the q and phi values at which
303            // to evaluate I(q,phi)
304            q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
305            phi_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
306            // Skip zero
307            if (q_value==0) {
308                return Py_BuildValue("d",0.0);
309            }
310                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
311
312        } else {
313
314                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
315                q_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);               
316               
317                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
318        }       
319}
320/**
321 * Function to call to calculate_ER
322 * @return: effective radius value
323 */
324static PyObject * calculate_ER([PYTHONCLASS] *self) {
325
326        // Get parameters
327       
328        [READDICTIONARY]
329               
330        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
331
332}
333/**
334 * Function to call to cal the ratio shell volume/ total volume
335 * @return: the ratio shell volume/ total volume
336 */
337static PyObject * calculate_VR([PYTHONCLASS] *self) {
338
339        // Get parameters
340       
341        [READDICTIONARY]
342               
343        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_VR());
344
345}
346/**
347 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
348 * @param args: input q or [qx, qy]]
349 * @return: function value
350 */
351static PyObject * runXY([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
352        double qx_value, qy_value;
353        PyObject* pars;
354        int npars;
355       
356        // Get parameters
357       
358        [READDICTIONARY]
359       
360        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
361        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
362            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
363                "[PYTHONCLASS].run expects a q value.");
364                return NULL;
365        }
366         
367        // Check params
368        if( PyList_Check(pars)==1) {
369               
370                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
371            npars = PyList_GET_SIZE(pars);
372            if(npars!=2) {
373                PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
374                        "[PYTHONCLASS].run expects a double or a list of dimension 2.");
375                return NULL;
376            }
377            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
378            // to evaluate I(qx,qy)
379            qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
380            qy_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
381            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
382
383        } else {
384
385                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
386                qx_value = [PYTHONCLASS]_readDouble(pars);             
387               
388                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
389        }       
390}
391
392static PyObject * reset([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
393    [NUMERICAL_RESET]
394    return Py_BuildValue("d",0.0);
395}
396
397static PyObject * set_dispersion([PYTHONCLASS] *self, PyObject *args) {
398        PyObject * disp;
399        const char * par_name;
400
401        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
402            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
403                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a DispersionModel object.");
404                return NULL;
405        }
406        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
407        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
408
409
410        // Ugliness necessary to go from python to C
411        [SET_DISPERSION] {
412            PyErr_SetString([PYTHONCLASS]Error,
413                "[PYTHONCLASS].set_dispersion expects a valid parameter name.");
414                return NULL;
415        }
416
417        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
418        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
419        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
420        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
421    return Py_BuildValue("i",1);
422}
423
424
425static PyMethodDef [PYTHONCLASS]_methods[] = {
426    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
427      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
428    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
429      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
430    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
431      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
432    {"calculate_VR",      (PyCFunction)calculate_VR     , METH_VARARGS,
433      "Evaluate VR"},   
434    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
435      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
436    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
437      "Reset pair correlation"},
438    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
439      "Set the dispersion model for a given parameter"},
440   {NULL}
441};
442
443static PyTypeObject [PYTHONCLASS]Type = {
444    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
445    0,                         /*ob_size*/
446    "[PYTHONCLASS]",             /*tp_name*/
447    sizeof([PYTHONCLASS]),             /*tp_basicsize*/
448    0,                         /*tp_itemsize*/
449    (destructor)[PYTHONCLASS]_dealloc, /*tp_dealloc*/
450    0,                         /*tp_print*/
451    0,                         /*tp_getattr*/
452    0,                         /*tp_setattr*/
453    0,                         /*tp_compare*/
454    0,                         /*tp_repr*/
455    0,                         /*tp_as_number*/
456    0,                         /*tp_as_sequence*/
457    0,                         /*tp_as_mapping*/
458    0,                         /*tp_hash */
459    0,                         /*tp_call*/
460    0,                         /*tp_str*/
461    0,                         /*tp_getattro*/
462    0,                         /*tp_setattro*/
463    0,                         /*tp_as_buffer*/
464    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
465    "[PYTHONCLASS] objects",           /* tp_doc */
466    0,                         /* tp_traverse */
467    0,                         /* tp_clear */
468    0,                         /* tp_richcompare */
469    0,                         /* tp_weaklistoffset */
470    0,                         /* tp_iter */
471    0,                         /* tp_iternext */
472    [PYTHONCLASS]_methods,             /* tp_methods */
473    [PYTHONCLASS]_members,             /* tp_members */
474    0,                         /* tp_getset */
475    0,                         /* tp_base */
476    0,                         /* tp_dict */
477    0,                         /* tp_descr_get */
478    0,                         /* tp_descr_set */
479    0,                         /* tp_dictoffset */
480    (initproc)[PYTHONCLASS]_init,      /* tp_init */
481    0,                         /* tp_alloc */
482    [PYTHONCLASS]_new,                 /* tp_new */
483};
484
485
486//static PyMethodDef module_methods[] = {
487//    {NULL}
488//};
489
490/**
491 * Function used to add the model class to a module
492 * @param module: module to add the class to
493 */
494void add[PYTHONCLASS](PyObject *module) {
495        PyObject *d;
496       
497    if (PyType_Ready(&[PYTHONCLASS]Type) < 0)
498        return;
499
500    Py_INCREF(&[PYTHONCLASS]Type);
501    PyModule_AddObject(module, "[PYTHONCLASS]", (PyObject *)&[PYTHONCLASS]Type);
502   
503    d = PyModule_GetDict(module);
504    static char error_name[] = "[PYTHONCLASS].error";
505    [PYTHONCLASS]Error = PyErr_NewException(error_name, NULL, NULL);
506    PyDict_SetItemString(d, "[PYTHONCLASS]Error", [PYTHONCLASS]Error);
507}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.