[503a972] | 1 | #if !defined(o_h) |
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| 2 | #define onion_h |
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| 3 | #include "parameters.hh" |
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| 4 | |
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| 5 | /** |
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| 6 | * Structure definition for sphere parameters |
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| 7 | */ |
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| 8 | //[PYTHONCLASS] = OnionModel |
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| 9 | //[DISP_PARAMS] = rad_core0, thick_shell1,thick_shell2,thick_shell3,thick_shell4, thick_shell5,thick_shell6,thick_shell7,thick_shell8,thick_shell9,thick_shell10 |
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| 10 | //[DESCRIPTION] =<text>Form factor of mutishells normalized by the volume. Here each shell is described |
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| 11 | // by an exponential function; |
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| 12 | // I) |
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| 13 | // For A_shell != 0, |
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| 14 | // f(r) = B*exp(A_shell*(r-r_in)/thick_shell)+C |
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| 15 | // where |
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| 16 | // B=(sld_out-sld_in)/(exp(A_shell)-1) |
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| 17 | // C=sld_in-B. |
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| 18 | // Note that in the above case, |
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| 19 | // the function becomes a linear function |
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| 20 | // as A_shell --> 0+ or 0-. |
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| 21 | // II) |
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| 22 | // For the exact point of A_shell == 0, |
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| 23 | // f(r) = sld_in ,i.e., it crosses over flat function |
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| 24 | // Note that the 'sld_out' becaomes NULL in this case. |
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| 25 | // |
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| 26 | // background:background, |
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| 27 | // rad_core0: radius of sphere(core) |
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| 28 | // thick_shell#:the thickness of the shell# |
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| 29 | // sld_core0: the SLD of the sphere |
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| 30 | // sld_solv: the SLD of the solvent |
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| 31 | // sld_shell: the SLD of the shell# |
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| 32 | // A_shell#: the coefficient in the exponential function |
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| 33 | // </text> |
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| 34 | //[FIXED]= <text>rad_core0.width;thick_shell1.width;thick_shell2.width;thick_shell3.width;thick_shell4.width;thick_shell5.width;thick_shell6.width;thick_shell7.width;thick_shell8.width;thick_shell9.width;thick_shell10.width</text> |
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| 35 | //[ORIENTATION_PARAMS]= <text> </text> |
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| 36 | |
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| 37 | class OnionModel{ |
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| 38 | public: |
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| 39 | // Model parameters |
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| 40 | /// number of shells |
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| 41 | // [DEFAULT]=n_shells=1 |
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| 42 | Parameter n_shells; |
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| 43 | /// Scale factor |
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| 44 | // [DEFAULT]=scale= 1.0 |
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| 45 | Parameter scale; |
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| 46 | /// Radius of sphere [A] |
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| 47 | // [DEFAULT]=rad_core0=200.0 [A] |
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| 48 | Parameter rad_core0; |
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| 49 | /// sld_core [1/A^(2)] |
---|
| 50 | // [DEFAULT]=sld_core0= 1.0e-6 [1/A^(2)] |
---|
| 51 | Parameter sld_core0; |
---|
| 52 | /// sld_solv [1/A^(2)] |
---|
| 53 | // [DEFAULT]=sld_solv= 6.4e-6 [1/A^(2)] |
---|
| 54 | Parameter sld_solv; |
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| 55 | /// Incoherent Background [1/cm] |
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| 56 | // [DEFAULT]=background=0 [1/cm] |
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| 57 | Parameter background; |
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| 58 | |
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| 59 | // [DEFAULT]=sld_out_shell1=2.0e-06 [1/A^(2)] |
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| 60 | Parameter sld_out_shell1; |
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| 61 | // [DEFAULT]=sld_out_shell2=2.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 62 | Parameter sld_out_shell2; |
---|
| 63 | // [DEFAULT]=sld_out_shell3=3.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 64 | Parameter sld_out_shell3; |
---|
| 65 | // [DEFAULT]=sld_out_shell4=3.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 66 | Parameter sld_out_shell4; |
---|
| 67 | // [DEFAULT]=sld_out_shell5=4.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 68 | Parameter sld_out_shell5; |
---|
| 69 | // [DEFAULT]=sld_out_shell6=4.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 70 | Parameter sld_out_shell6; |
---|
| 71 | // [DEFAULT]=sld_out_shell7=5.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 72 | Parameter sld_out_shell7; |
---|
| 73 | // [DEFAULT]=sld_out_shell8=5.5e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 74 | Parameter sld_out_shell8; |
---|
| 75 | // [DEFAULT]=sld_out_shell9=6.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 76 | Parameter sld_out_shell9; |
---|
| 77 | // [DEFAULT]=sld_out_shell10=6.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 78 | Parameter sld_out_shell10; |
---|
| 79 | |
---|
| 80 | // [DEFAULT]=sld_in_shell1=1.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 81 | Parameter sld_in_shell1; |
---|
| 82 | // [DEFAULT]=sld_in_shell2=2.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 83 | Parameter sld_in_shell2; |
---|
| 84 | // [DEFAULT]=sld_in_shell3=2.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 85 | Parameter sld_in_shell3; |
---|
| 86 | // [DEFAULT]=sld_in_shell4=3.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 87 | Parameter sld_in_shell4; |
---|
| 88 | // [DEFAULT]=sld_in_shell5=3.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 89 | Parameter sld_in_shell5; |
---|
| 90 | // [DEFAULT]=sld_in_shell6=4.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 91 | Parameter sld_in_shell6; |
---|
| 92 | // [DEFAULT]=sld_in_shell7=4.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 93 | Parameter sld_in_shell7; |
---|
| 94 | // [DEFAULT]=sld_in_shell8=5.2e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 95 | Parameter sld_in_shell8; |
---|
| 96 | // [DEFAULT]=sld_in_shell9=5.7e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 97 | Parameter sld_in_shell9; |
---|
| 98 | // [DEFAULT]=sld_in_shell10=6.0e-06 [1/A^(2)] |
---|
| 99 | Parameter sld_in_shell10; |
---|
| 100 | |
---|
| 101 | // [DEFAULT]=A_shell1=1.0 |
---|
| 102 | Parameter A_shell1; |
---|
| 103 | // [DEFAULT]=A_shell2=1.0 |
---|
| 104 | Parameter A_shell2; |
---|
| 105 | // [DEFAULT]=A_shell3=1.0 |
---|
| 106 | Parameter A_shell3; |
---|
| 107 | // [DEFAULT]=A_shell4=1.0 |
---|
| 108 | Parameter A_shell4; |
---|
| 109 | // [DEFAULT]=A_shell5=1.0 |
---|
| 110 | Parameter A_shell5; |
---|
| 111 | // [DEFAULT]=A_shell6=1.0 |
---|
| 112 | Parameter A_shell6; |
---|
| 113 | // [DEFAULT]=A_shell7=1.0 |
---|
| 114 | Parameter A_shell7; |
---|
| 115 | // [DEFAULT]=A_shell8=1.0 |
---|
| 116 | Parameter A_shell8; |
---|
| 117 | // [DEFAULT]=A_shell9=1.0 |
---|
| 118 | Parameter A_shell9; |
---|
| 119 | // [DEFAULT]=A_shell10=1.0 |
---|
| 120 | Parameter A_shell10; |
---|
| 121 | |
---|
| 122 | // [DEFAULT]=thick_shell1=50.0 [A] |
---|
| 123 | Parameter thick_shell1; |
---|
| 124 | // [DEFAULT]=thick_shell2=50.0 [A] |
---|
| 125 | Parameter thick_shell2; |
---|
| 126 | // [DEFAULT]=thick_shell3=50.0 [A] |
---|
| 127 | Parameter thick_shell3; |
---|
| 128 | // [DEFAULT]=thick_shell4=50.0 [A] |
---|
| 129 | Parameter thick_shell4; |
---|
| 130 | // [DEFAULT]=thick_shell5=50.0 [A] |
---|
| 131 | Parameter thick_shell5; |
---|
| 132 | // [DEFAULT]=thick_shell6=50.0 [A] |
---|
| 133 | Parameter thick_shell6; |
---|
| 134 | // [DEFAULT]=thick_shell7=50.0 [A] |
---|
| 135 | Parameter thick_shell7; |
---|
| 136 | // [DEFAULT]=thick_shell8=50.0 [A] |
---|
| 137 | Parameter thick_shell8; |
---|
| 138 | // [DEFAULT]=thick_shell9=50.0 [A] |
---|
| 139 | Parameter thick_shell9; |
---|
| 140 | // [DEFAULT]=thick_shell10=50.0 [A] |
---|
| 141 | Parameter thick_shell10; |
---|
| 142 | |
---|
| 143 | // [DEFAULT]=func_shell1=2 |
---|
| 144 | Parameter func_shell1; |
---|
| 145 | // [DEFAULT]=func_shell2=2 |
---|
| 146 | Parameter func_shell2; |
---|
| 147 | // [DEFAULT]=func_shell3=2 |
---|
| 148 | Parameter func_shell3; |
---|
| 149 | // [DEFAULT]=func_shell4=2 |
---|
| 150 | Parameter func_shell4; |
---|
| 151 | // [DEFAULT]=func_shell5=2 |
---|
| 152 | Parameter func_shell5; |
---|
| 153 | // [DEFAULT]=func_shell6=2 |
---|
| 154 | Parameter func_shell6; |
---|
| 155 | // [DEFAULT]=func_shell7=2 |
---|
| 156 | Parameter func_shell7; |
---|
| 157 | // [DEFAULT]=func_shell8=2 |
---|
| 158 | Parameter func_shell8; |
---|
| 159 | // [DEFAULT]=func_shell9=2 |
---|
| 160 | Parameter func_shell9; |
---|
| 161 | // [DEFAULT]=func_shell10=2 |
---|
| 162 | Parameter func_shell10; |
---|
| 163 | |
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| 164 | // Constructor |
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| 165 | OnionModel(); |
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| 166 | |
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| 167 | // Operators to get I(Q) |
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| 168 | double operator()(double q); |
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| 169 | double operator()(double qx, double qy); |
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| 170 | double calculate_ER(); |
---|
| 171 | double evaluate_rphi(double q, double phi); |
---|
| 172 | }; |
---|
| 173 | |
---|
| 174 | #endif |
---|