source: sasview/sansguiframe/src/sans/guiframe/dataFitting.py @ 7a7dbf4

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 7a7dbf4 was b21d32b, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 13 years ago

edit check data
  • Property mode set to 100644
File size: 9.4 KB
Line 
1"""
2Adapters for fitting module
3"""
4import copy
5import numpy
6import math
7from data_util.uncertainty import Uncertainty
8from danse.common.plottools.plottables import Data1D as PlotData1D
9from danse.common.plottools.plottables import Data2D as PlotData2D
10from danse.common.plottools.plottables import Theory1D as PlotTheory1D
11
12from sans.dataloader.data_info import Data1D as LoadData1D
13from sans.dataloader.data_info import Data2D as LoadData2D
14
15
16class Data1D(PlotData1D, LoadData1D):
17    """
18    """
19    def __init__(self, x=None, y=None, dx=None, dy=None):
20        """
21        """
22        if x is None:
23            x = []
24        if y is None:
25            y = []
26        PlotData1D.__init__(self, x, y, dx, dy)
27        LoadData1D.__init__(self, x, y, dx, dy)
28        self.id = None
29        self.list_group_id = []
30        self.group_id = None
31        self.is_data = True
32        self.path = None
33        self.xtransform = None
34        self.ytransform = None
35        self.title = ""
36        self.scale = None
37       
38    def copy_from_datainfo(self, data1d):
39        """
40        copy values of Data1D of type DataLaoder.Data_info
41        """
42        self.x  = copy.deepcopy(data1d.x)
43        self.y  = copy.deepcopy(data1d.y)
44        self.dy = copy.deepcopy(data1d.dy)
45       
46        if hasattr(data1d, "dx"):
47            self.dx = copy.deepcopy(data1d.dx)   
48        if hasattr(data1d, "dxl"):
49            self.dxl = copy.deepcopy(data1d.dxl)
50        if hasattr(data1d, "dxw"):
51            self.dxw = copy.deepcopy(data1d.dxw)
52   
53        self.xaxis(data1d._xaxis, data1d._xunit)
54        self.yaxis(data1d._yaxis, data1d._yunit)
55        self.title = data1d.title
56       
57    def __str__(self):
58        """
59        print data
60        """
61        _str = "%s\n" % LoadData1D.__str__(self)
62     
63        return _str
64   
65    def _perform_operation(self, other, operation):
66        """
67        """
68        # First, check the data compatibility
69        dy, dy_other = self._validity_check(other)
70        result = Data1D(x=[], y=[], dx=None, dy=None)
71        result.clone_without_data(clone=self)
72        result.copy_from_datainfo(data1d=self)
73        for i in range(len(self.x)):
74            result.x[i] = self.x[i]
75            if self.dx is not None and len(self.x) == len(self.dx):
76                result.dx[i] = self.dx[i]
77           
78            a = Uncertainty(self.y[i], dy[i]**2)
79            if isinstance(other, Data1D):
80                b = Uncertainty(other.y[i], dy_other[i]**2)
81            else:
82                b = other
83           
84            output = operation(a, b)
85            result.y[i] = output.x
86            if result.dy is None: result.dy = numpy.zeros(len(self.x))
87            result.dy[i] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
88        return result
89   
90 
91   
92class Theory1D(PlotTheory1D, LoadData1D):
93    """
94    """
95    def __init__(self, x=None, y=None, dy=None):
96        """
97        """
98        if x is None:
99            x = []
100        if y is None:
101            y = []
102        PlotTheory1D.__init__(self, x, y, dy)
103        LoadData1D.__init__(self, x, y, dy)
104        self.id = None
105        self.list_group_id = []
106        self.group_id = None
107        self.is_data = True
108        self.path = None
109        self.xtransform = None
110        self.ytransform = None
111        self.title = ""
112        self.scale = None
113   
114    def copy_from_datainfo(self, data1d):
115        """
116        copy values of Data1D of type DataLaoder.Data_info
117        """
118        self.x  = copy.deepcopy(data1d.x)
119        self.y  = copy.deepcopy(data1d.y)
120        self.dy = copy.deepcopy(data1d.dy)
121        if hasattr(data1d, "dx"):
122            self.dx = copy.deepcopy(data1d.dx) 
123        if hasattr(data1d, "dxl"):
124            self.dxl = copy.deepcopy(data1d.dxl)
125        if hasattr(data1d, "dxw"):
126            self.dxw = copy.deepcopy(data1d.dxw)   
127        self.xaxis(data1d._xaxis, data1d._xunit)
128        self.yaxis(data1d._yaxis, data1d._yunit)
129        self.title = data1d.title
130       
131    def __str__(self):
132        """
133        print data
134        """
135        _str = "%s\n" % LoadData1D.__str__(self)
136     
137        return _str
138   
139    def _perform_operation(self, other, operation):
140        """
141        """
142        # First, check the data compatibility
143        dy, dy_other = self._validity_check(other)
144        result = Theory1D(x=[], y=[], dy=None)
145        result.clone_without_data(clone=self)
146        result.copy_from_datainfo(data1d=self)
147        for i in range(len(self.x)):
148            result.x[i] = self.x[i]
149           
150            a = Uncertainty(self.y[i], dy[i]**2)
151            if isinstance(other, Data1D):
152                b = Uncertainty(other.y[i], dy_other[i]**2)
153            else:
154                b = other
155            output = operation(a, b)
156            result.y[i] = output.x
157            if result.dy is None:
158                result.dy = numpy.zeros(len(self.x))
159            result.dy[i] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
160        return result
161   
162     
163class Data2D(PlotData2D, LoadData2D):
164    """
165    """
166    def __init__(self, image=None, err_image=None,
167                 xmin=None, xmax=None, ymin=None, ymax=None,
168                 zmin=None, zmax=None, qx_data=None, qy_data=None,
169                 q_data=None, mask=None, dqx_data=None, dqy_data=None):
170        """
171        """
172        PlotData2D.__init__(self, image=image, err_image=err_image,
173                            xmin=xmin, xmax=xmax, ymin=ymin, ymax=ymax,
174                            zmin=zmin, zmax=zmax, qx_data=qx_data, 
175                            qy_data=qy_data)
176       
177        LoadData2D.__init__(self, data=image, err_data=err_image,
178                            qx_data=qx_data, qy_data=qy_data,
179                            dqx_data=dqx_data, dqy_data=dqy_data,
180                            q_data=q_data, mask=mask)
181        self.id = None
182        self.list_group_id = []
183        self.group_id = None
184        self.is_data = True
185        self.path = None
186        self.xtransform = None
187        self.ytransform = None
188        self.title = ""
189        self.scale = None
190       
191    def copy_from_datainfo(self, data2d):
192        """
193        copy value of Data2D of type DataLoader.data_info
194        """
195        self.data = copy.deepcopy(data2d.data)
196        self.qx_data = copy.deepcopy(data2d.qx_data)
197        self.qy_data = copy.deepcopy(data2d.qy_data)
198        self.q_data = copy.deepcopy(data2d.q_data)
199        self.mask = copy.deepcopy(data2d.mask)
200        self.err_data = copy.deepcopy(data2d.err_data)
201        self.x_bins = copy.deepcopy(data2d.x_bins)
202        self.y_bins = copy.deepcopy(data2d.y_bins)
203        if data2d.dqx_data is not None:
204            self.dqx_data = copy.deepcopy(data2d.dqx_data)
205        if data2d.dqy_data is not None:
206            self.dqy_data = copy.deepcopy(data2d.dqy_data)
207        self.xmin = data2d.xmin
208        self.xmax = data2d.xmax
209        self.ymin = data2d.ymin
210        self.ymax = data2d.ymax
211        if hasattr(data2d, "zmin"):
212            self.zmin = data2d.zmin
213        if hasattr(data2d, "zmax"):
214            self.zmax = data2d.zmax
215        self.xaxis(data2d._xaxis, data2d._xunit)
216        self.yaxis(data2d._yaxis, data2d._yunit)
217        self.title = data2d.title
218       
219    def __str__(self):
220        """
221        print data
222        """
223        _str = "%s\n" % LoadData2D.__str__(self)
224        return _str
225   
226    def _perform_operation(self, other, operation):
227        """
228        Perform 2D operations between data sets
229       
230        :param other: other data set
231        :param operation: function defining the operation
232       
233        """
234        # First, check the data compatibility
235        dy, dy_other = self._validity_check(other)
236   
237        result = Data2D(image=None, qx_data=None, qy_data=None,
238                         err_image=None, xmin=None, xmax=None,
239                         ymin=None, ymax=None, zmin=None, zmax=None)
240       
241        result.clone_without_data(clone=self)
242        result.copy_from_datainfo(data2d=self)
243       
244        for i in range(numpy.size(self.data, 0)):
245            for j in range(numpy.size(self.data, 1)):
246                result.data[i][j] = self.data[i][j]
247                if self.err_data is not None and \
248                        numpy.size(self.data) == numpy.size(self.err_data):
249                    result.err_data[i][j] = self.err_data[i][j]
250               
251                a = Uncertainty(self.data[i][j], dy[i][j]**2)
252                if isinstance(other, Data2D):
253                    b = Uncertainty(other.data[i][j], dy_other[i][j]**2)
254                else:
255                    b = other
256                output = operation(a, b)
257                result.data[i][j] = output.x
258                result.err_data[i][j] = math.sqrt(math.fabs(output.variance))
259        return result
260       
261def check_data_validity(data):
262    """
263    Return True is data is valid enough to compute chisqr, else False
264    """
265    flag = True
266    if data is not None:
267        if issubclass(data.__class__, Data2D):
268            if (data.data is None) or (len(data.data) == 0)\
269            or (len(data.err_data) == 0):
270                flag = False
271        else:
272            if (data.y is None) or (len(data.y) == 0): 
273                flag = False
274        if not data.is_data:
275            flag = False
276    else:
277        flag = False
278    return flag
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.