source: sasview/park_integration/test/test_fit_line.py @ 1f8accb

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 1f8accb was ca6d914, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

some bugs fixed
  • Property mode set to 100644
File size: 9.2 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for fitting module
3"""
4import unittest
5from sans.guitools.plottables import Theory1D
6from sans.guitools.plottables import Data1D
7from sans.fit.AbstractFitEngine import Data, Model
8import math
9class testFitModule(unittest.TestCase):
10    """ test fitting """
11    def test1(self):
12        """ Fit 1 data (testdata_line.txt)and 1 model(lineModel)  """
13        #load data
14        from sans.fit.Loader import Load
15        load = Load()
16        load.set_filename("testdata_line.txt")
17        load.set_values()
18        data1 = Data1D(x=[], y=[],dx=None, dy=None)
19        load.load_data(data1)
20        #Importing the Fit module
21        from sans.fit.Fitting import Fit
22        fitter = Fit('scipy')
23        # Receives the type of model for the fitting
24        from sans.guitools.LineModel import LineModel
25        model1  = LineModel()
26        model1.name = "M1"
27        data = Data(sans_data=data1 )
28        model = Model(model1)
29        #fit with scipy test
30       
31        pars1= ['param1','param2']
32        fitter.set_data(data,1)
33        try:fitter.set_model(model,1,pars1)
34        except ValueError,msg:
35           assert str(msg)=="wrong paramter %s used to set model %s. Choose\
36                            parameter name within %s"%('param1', model.model.name,str(model.model.getParamList()))
37        else: raise AssertError,"No error raised for scipy fitting with wrong parameters name to fit"
38        pars1= ['A','B']
39        fitter.set_model(model,1,pars1)
40        result1 = fitter.fit()
41        self.assert_(result1)
42       
43        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 == result1.stderr[0] ) or 
44                         ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 < result1.stderr[0]) ) 
45       
46        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 == result1.stderr[1]) or
47                         ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 < result1.stderr[1] ) )
48        self.assertTrue( result1.fitness/49 < 2 )
49       
50        #fit with park test
51        fitter = Fit('park')
52        fitter.set_data(data,1)
53        fitter.set_model(model,1,pars1)
54        result2 = fitter.fit()
55       
56        self.assert_(result2)
57       
58        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
59                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
60       
61        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
62                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
63        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
64        # compare fit result result for scipy and park
65        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[0], result2.pvec[0] )
66        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[1],result2.pvec[1] )
67        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[0],result2.stderr[0] )
68        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[1],result2.stderr[1] )
69        self.assertAlmostEquals( result1.fitness,result2.fitness )
70       
71    def test2(self):
72        """ fit 2 data and 2 model with no constrainst"""
73        #load data
74        from DataLoader.loader import Loader
75        l = Loader()
76        out=l.load("testdata_line.txt")
77        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
78        out=l.load("testdata_line1.txt")
79        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
80        #Importing the Fit module
81        from sans.fit.Fitting import Fit
82        fitter = Fit('scipy')
83        # Receives the type of model for the fitting
84        from sans.guitools.LineModel import LineModel
85        model11  = LineModel()
86        model11.name= "M1"
87        model22  = LineModel()
88        model11.name= "M2"
89        data1 = Data(sans_data=data11 )
90        data2 = Data(sans_data=data22 )
91        model1 = Model(model11)
92        model2 = Model(model22)
93        #fit with scipy test
94        pars1= ['A','B']
95        fitter.set_data(data1,1)
96        fitter.set_model(model1,1,pars1)
97        fitter.set_data(data2,2)
98        fitter.set_model(model2,2,pars1)
99        try: result1 = fitter.fit()
100        except RuntimeError,msg:
101           assert str(msg)=="Scipy can't fit more than a single fit problem at a time."
102        else: raise AssertError,"No error raised for scipy fitting with more than 2 models"
103       
104        #fit with park test
105        fitter = Fit('park')
106        fitter.set_data(data1,1)
107        fitter.set_model(model1,1,pars1)
108        fitter.set_data(data2,2)
109        fitter.set_model(model2,2,pars1)
110        result2 = fitter.fit()
111       
112        self.assert_(result2)
113        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
114                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
115       
116        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
117                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
118        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
119       
120       
121    def test3(self):
122        """ fit 2 data and 2 model with 1 constrainst"""
123        #load data
124        from DataLoader.loader import Loader
125        l = Loader()
126        out=l.load("testdata_line.txt")
127        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
128        out=l.load("testdata_cst.txt")
129        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
130        #Importing the Fit module
131        from sans.fit.Fitting import Fit
132        fitter = Fit('park')
133        # Receives the type of model for the fitting
134        from sans.guitools.LineModel import LineModel
135        from sans.models.Constant import Constant
136        model11  = LineModel()
137        model11.name= "line"
138        model22  = Constant()
139        model22.name= "cst"
140        model22.setParam('value','line.A')
141       
142        data1 = Data(sans_data=data11 )
143        data2 = Data(sans_data=data22 )
144        model1 = Model(model11)
145        model2 = Model(model22)
146        #fit with scipy test
147        pars1= ['A','B']
148        pars2= ['value']
149       
150        fitter.set_data(data1,1)
151        fitter.set_model(model1,1,pars1)
152        fitter.set_data(data2,2)
153        fitter.set_model(model2,2,pars2)
154       
155        result2 = fitter.fit()
156        self.assert_(result2)
157        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
158                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
159       
160        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
161                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
162        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
163       
164       
165    def test4(self):
166        """ fit 2 data concatenates with limited range of x and  one model """
167            #load data
168        from DataLoader.loader import Loader
169        l = Loader()
170        out=l.load("testdata_line.txt")
171        data11 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
172        out=l.load("testdata_line1.txt")
173        data22 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
174        #Importing the Fit module
175        from sans.fit.Fitting import Fit
176        fitter = Fit('scipy')
177        # Receives the type of model for the fitting
178        from sans.guitools.LineModel import LineModel
179        model1  = LineModel()
180        model1.name= "M1"
181       
182        data1 = Data(sans_data=data11 )
183        data2 = Data(sans_data=data22 )
184        model = Model(model1)
185       
186        #fit with scipy test
187        pars1= ['A','B']
188        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7)
189        fitter.set_model(model,1,pars1)
190        fitter.set_data(data2,1,qmin=1,qmax=10)
191       
192        result1 = fitter.fit()
193        self.assert_(result1)
194       
195        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 == result1.stderr[0] ) or 
196                         ( math.fabs(result1.pvec[0]-4)/3 < result1.stderr[0]) ) 
197       
198        self.assertTrue( ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 == result1.stderr[1]) or
199                         ( math.fabs(result1.pvec[1]-2.5)/3 < result1.stderr[1] ) )
200        self.assertTrue( result1.fitness/49 < 2 )
201       
202       
203        #fit with park test
204        fitter = Fit('park')
205        fitter.set_data(data1,1,qmin=0, qmax=7)
206        fitter.set_model(model,1,pars1)
207        fitter.set_data(data2,1,qmin=1,qmax=10)
208       
209        result2 = fitter.fit()
210       
211        self.assert_(result2)
212        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 == result2.stderr[0] ) or 
213                         ( math.fabs(result2.pvec[0]-4)/3 < result2.stderr[0]) ) 
214       
215        self.assertTrue( ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 == result2.stderr[1] ) or
216                         ( math.fabs(result2.pvec[1]-2.5)/3 < result2.stderr[1]) )
217        self.assertTrue(result2.fitness/49 < 2)
218        # compare fit result result for scipy and park
219        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[0], result2.pvec[0] )
220        self.assertAlmostEquals( result1.pvec[1],result2.pvec[1] )
221        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[0],result2.stderr[0] )
222        self.assertAlmostEquals( result1.stderr[1],result2.stderr[1] )
223        self.assertAlmostEquals( result1.fitness,result2.fitness )
224   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.