source: sasview/park_integration/test/test_fit_cylinder.py @ bffc2ad

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since bffc2ad was 5fcfca4, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

smearing added
  • Property mode set to 100644
File size: 5.7 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for fitting module
3"""
4import unittest
5#from sans.guitools.plottables import Theory1D
6#from sans.guitools.plottables import Data1D
7from danse.common.plottools.plottables import Data1D,Theory1D
8from sans.fit.AbstractFitEngine import Data, Model,FitData1D
9import math
10from sans.fit.Fitting import Fit
11from DataLoader.loader import Loader
12
13class testFitModule(unittest.TestCase):
14    """ test fitting """
15   
16    def test_scipy(self):
17        """ Simple cylinder model fit (scipy)  """
18       
19        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
20        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
21       
22        fitter = Fit('scipy')
23        # Receives the type of model for the fitting
24        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
25        model1  = CylinderModel()
26        model1.setParam('contrast', 1)
27        #data = Data(sans_data=data1)
28        data = FitData1D(data1)
29        model = Model(model1)
30       
31        pars1 =['length','radius','scale']
32        fitter.set_data(data,1)
33        model.set(scale=1e-10)
34        fitter.set_model(model,1,pars1)
35        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
36        result1 = fitter.fit()
37       
38        self.assert_(result1)
39        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
40        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
41       
42        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
43        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
44        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-9.0e-12)/3.0   < result1.stderr[2] )
45        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
46       
47    def test_park(self):
48        """ Simple cylinder model fit (park)  """
49       
50        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
51        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
52       
53        fitter = Fit('park')
54        # Receives the type of model for the fitting
55        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
56        model1  = CylinderModel()
57       
58        #data = Data(sans_data=data1)
59        data = FitData1D(data1)
60        model = Model(model1)
61       
62        pars1 =['length','radius','scale']
63        fitter.set_data(data,1)
64        model.set(contrast= 1)
65        model.set(scale=1e-10)
66        fitter.set_model(model,1,pars1)
67        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
68        result1 = fitter.fit()
69       
70        self.assert_(result1)
71        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
72        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
73       
74        print result1.pvec[0]-400.0, result1.pvec[0]
75        print math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0
76        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
77        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
78        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-9.0e-12)/3.0   < result1.stderr[2] )
79        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
80       
81    def test_park2(self):
82        """ Simultaneous cylinder model fit (park)  """
83       
84        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
85        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
86       
87        out2=Loader().load("cyl_400_40.txt")
88        data2 = Data1D(x=out2.x, y=out2.y, dx=out2.dx, dy=out2.y)
89       
90        fitter = Fit('park')
91        # Receives the type of model for the fitting
92        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
93        cyl1  = CylinderModel()
94        cyl1.name = "C1"
95       
96        #data1 = Data(sans_data=data1)
97        data1 = FitData1D(data1)
98        model1 = Model(cyl1)
99        model1.set(contrast=1)
100        model1.set(scale= 1e-10)
101        fitter.set_data(data1,1)
102        fitter.set_model(model1, 1, ['length','radius','scale'])
103       
104        cyl2  = CylinderModel()
105        cyl2.name = "C2"
106       
107        #data2 = Data(sans_data=data2)
108        data2 = FitData1D(data2)
109        # This is wrong. We should not store string as
110        # parameter values
111        # Why not inherit our AbstracFitEngine.Model from Park.Model?
112       
113        #cyl2.setParam('length', 'C1.length')
114        #print "read back:", cyl2.getParam('length')
115       
116        model2 = Model(cyl2)
117        model2.set(length='C1.length')
118        model2.set(contrast=1)
119        model2.set(scale= 1e-10)
120        fitter.set_data(data2,2)
121        fitter.set_model(model2, 2, ['radius','scale'])
122        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
123        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
124        result1 = fitter.fit()
125       
126        self.assert_(result1)
127        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
128        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
129       
130        for par in result1.parameters:
131            if par.name=='C1.length':
132                print par.name, par.value
133                self.assertTrue( math.fabs(par.value-400.0)/3.0 < par.stderr )
134            elif par.name=='C1.radius':
135                print par.name, par.value
136                self.assertTrue( math.fabs(par.value-20.0)/3.0 < par.stderr )
137            elif par.name=='C2.radius':
138                print par.name, par.value
139                self.assertTrue( math.fabs(par.value-40.0)/3.0 < par.stderr )
140            elif par.name=='C1.scale':
141                print par.name, par.value
142                self.assertTrue( math.fabs(par.value-9.0e-12)/3.0 < par.stderr )
143            elif par.name=='C2.scale':
144                print par.name, par.value
145                self.assertTrue( math.fabs(par.value-9.0e-12)/3.0 < par.stderr )
146           
147       
148       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.