source: sasview/park_integration/test/test_fit_cylinder.py @ bcd6d51

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since bcd6d51 was 385d464, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

modified tests
  • Property mode set to 100644
File size: 5.6 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for fitting module
3"""
4import unittest
5from sans.guitools.plottables import Theory1D
6from sans.guitools.plottables import Data1D
7from sans.fit.AbstractFitEngine import Data, Model,FitData1D
8import math
9from sans.fit.Fitting import Fit
10from DataLoader.loader import Loader
11
12class testFitModule(unittest.TestCase):
13    """ test fitting """
14   
15    def test_scipy(self):
16        """ Simple cylinder model fit (scipy)  """
17       
18        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
19        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
20       
21        fitter = Fit('scipy')
22        # Receives the type of model for the fitting
23        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
24        model1  = CylinderModel()
25        model1.setParam('contrast', 1)
26        #data = Data(sans_data=data1)
27        data = FitData1D(data1)
28        model = Model(model1)
29       
30        pars1 =['length','radius','scale']
31        fitter.set_data(data,1)
32        model.set(scale=1e-10)
33        fitter.set_model(model,1,pars1)
34        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
35        result1 = fitter.fit()
36       
37        self.assert_(result1)
38        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
39        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
40       
41        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
42        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
43        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-9.0e-12)/3.0   < result1.stderr[2] )
44        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
45       
46    def test_park(self):
47        """ Simple cylinder model fit (park)  """
48       
49        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
50        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
51       
52        fitter = Fit('park')
53        # Receives the type of model for the fitting
54        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
55        model1  = CylinderModel()
56       
57        #data = Data(sans_data=data1)
58        data = FitData1D(data1)
59        model = Model(model1)
60       
61        pars1 =['length','radius','scale']
62        fitter.set_data(data,1)
63        model.set(contrast= 1)
64        model.set(scale=1e-10)
65        fitter.set_model(model,1,pars1)
66        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
67        result1 = fitter.fit()
68       
69        self.assert_(result1)
70        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
71        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
72       
73        print result1.pvec[0]-400.0, result1.pvec[0]
74        print math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0
75        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
76        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
77        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-9.0e-12)/3.0   < result1.stderr[2] )
78        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
79       
80    def test_park2(self):
81        """ Simultaneous cylinder model fit (park)  """
82       
83        out=Loader().load("cyl_400_20.txt")
84        data1 = Data1D(x=out.x, y=out.y, dx=out.dx, dy=out.y)
85       
86        out2=Loader().load("cyl_400_40.txt")
87        data2 = Data1D(x=out2.x, y=out2.y, dx=out2.dx, dy=out2.y)
88       
89        fitter = Fit('park')
90        # Receives the type of model for the fitting
91        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
92        cyl1  = CylinderModel()
93        cyl1.name = "C1"
94       
95        #data1 = Data(sans_data=data1)
96        data1 = FitData1D(data1)
97        model1 = Model(cyl1)
98        model1.set(contrast=1)
99        model1.set(scale= 1e-10)
100        fitter.set_data(data1,1)
101        fitter.set_model(model1, 1, ['length','radius','scale'])
102       
103        cyl2  = CylinderModel()
104        cyl2.name = "C2"
105       
106        #data2 = Data(sans_data=data2)
107        data2 = FitData1D(data2)
108        # This is wrong. We should not store string as
109        # parameter values
110        # Why not inherit our AbstracFitEngine.Model from Park.Model?
111       
112        #cyl2.setParam('length', 'C1.length')
113        #print "read back:", cyl2.getParam('length')
114       
115        model2 = Model(cyl2)
116        model2.set(length='C1.length')
117        model2.set(contrast=1)
118        model2.set(scale= 1e-10)
119        fitter.set_data(data2,2)
120        fitter.set_model(model2, 2, ['radius','scale'])
121        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
122        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
123        result1 = fitter.fit()
124       
125        self.assert_(result1)
126        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
127        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
128       
129        for par in result1.parameters:
130            if par.name=='C1.length':
131                print par.name, par.value
132                self.assertTrue( math.fabs(par.value-400.0)/3.0 < par.stderr )
133            elif par.name=='C1.radius':
134                print par.name, par.value
135                self.assertTrue( math.fabs(par.value-20.0)/3.0 < par.stderr )
136            elif par.name=='C2.radius':
137                print par.name, par.value
138                self.assertTrue( math.fabs(par.value-40.0)/3.0 < par.stderr )
139            elif par.name=='C1.scale':
140                print par.name, par.value
141                self.assertTrue( math.fabs(par.value-9.0e-12)/3.0 < par.stderr )
142            elif par.name=='C2.scale':
143                print par.name, par.value
144                self.assertTrue( math.fabs(par.value-9.0e-12)/3.0 < par.stderr )
145           
146       
147       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.