source: sasview/fittingview/src/sans/perspectives/fitting/model_thread.py @ 08dc9e87

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 08dc9e87 was e3f6ef5, checked in by Jae Cho <jhjcho@…>, 13 years ago

fixed updating on compute for batch plot
  • Property mode set to 100644
File size: 8.1 KB
Line 
1
2
3import time
4import sys
5import numpy
6import math
7from sans.models.smearing_2d import Smearer2D
8from data_util.calcthread import CalcThread
9
10class Calc2D(CalcThread):
11    """
12    Compute 2D model
13    This calculation assumes a 2-fold symmetry of the model
14    where points are computed for one half of the detector
15    and I(qx, qy) = I(-qx, -qy) is assumed.
16    """
17    def __init__(self, data, model, smearer, qmin, qmax,  page_id,
18                 state=None,
19                 weight=None,
20                 fid=None,
21                 toggle_mode_on=False,
22                 completefn=None,
23                 updatefn=None,
24                 update_chisqr=True,
25                 source='model',
26                 yieldtime=0.04,
27                 worktime=0.04
28                 ):
29        CalcThread.__init__(self,completefn,
30                 updatefn,
31                 yieldtime,
32                 worktime)
33        self.qmin = qmin
34        self.qmax = qmax
35        self.weight = weight
36        self.fid = fid
37        #self.qstep = qstep
38        self.toggle_mode_on = toggle_mode_on
39        self.data = data
40        self.page_id = page_id
41        self.state = None
42        # the model on to calculate
43        self.model = model
44        self.smearer = smearer
45        self.starttime = 0 
46        self.update_chisqr = update_chisqr
47        self.source = source
48       
49    def compute(self):
50        """
51        Compute the data given a model function
52        """
53        self.starttime = time.time()
54        # Determine appropriate q range
55        if self.qmin == None:
56            self.qmin = 0
57        if self.qmax == None:
58            if self.data != None:
59                newx = math.pow(max(math.fabs(self.data.xmax),
60                                   math.fabs(self.data.xmin)), 2)
61                newy = math.pow(max(math.fabs(self.data.ymax),
62                                   math.fabs(self.data.ymin)), 2)
63                self.qmax = math.sqrt(newx + newy)
64       
65        if self.data is None:
66            msg = "Compute Calc2D receive data = %s.\n" % str(self.data)   
67            raise ValueError, msg
68           
69        # Define matrix where data will be plotted
70        radius= numpy.sqrt((self.data.qx_data * self.data.qx_data) + \
71                    (self.data.qy_data * self.data.qy_data))
72        index_data = (self.qmin <= radius) & self.data.mask
73
74        # For theory, qmax is based on 1d qmax
75        # so that must be mulitified by sqrt(2) to get actual max for 2d
76        index_model = (self.qmin <= radius) & (radius <= self.qmax)
77        index_model = index_model & self.data.mask
78        index_model = index_model & numpy.isfinite(self.data.data)
79     
80        if self.smearer is not None:
81            # Set smearer w/ data, model and index.
82            fn = self.smearer
83            fn.set_model(self.model)
84            fn.set_index(index_model)
85            # Get necessary data from self.data and set the data for smearing
86            fn.get_data()
87            # Calculate smeared Intensity
88            #(by Gaussian averaging): DataLoader/smearing2d/Smearer2D()
89            value = fn.get_value()
90        else:   
91            # calculation w/o smearing
92            value =  self.model.evalDistribution([self.data.qx_data[index_model],
93                                                self.data.qy_data[index_model]])
94        output = numpy.zeros(len(self.data.qx_data))
95        # output default is None
96        # This method is to distinguish between masked
97        #point(nan) and data point = 0.
98        output = output/output
99        # set value for self.mask==True, else still None to Plottools
100        output[index_model] = value
101        elapsed = time.time()-self.starttime
102        self.complete(image=output,
103                       data=self.data, 
104                       page_id=self.page_id,
105                       model=self.model,
106                       state=self.state,
107                       toggle_mode_on=self.toggle_mode_on,
108                       elapsed=elapsed,
109                       index=index_model,
110                       fid=self.fid,
111                       qmin=self.qmin,
112                       qmax=self.qmax,
113                       weight=self.weight,
114                       #qstep=self.qstep,
115                       update_chisqr = self.update_chisqr,
116                       source=self.source)
117       
118
119class Calc1D(CalcThread):
120    """
121    Compute 1D data
122    """
123    def __init__(self, model,
124                 page_id,
125                 data,
126                 fid=None,
127                 qmin=None,
128                 qmax=None,
129                 weight=None,
130                 smearer=None,
131                 toggle_mode_on=False,
132                 state=None,
133                 completefn = None,
134                 update_chisqr=True,
135                 source='model',
136                 updatefn=None,
137                 yieldtime=0.01,
138                 worktime=0.01
139                 ):
140        """
141        """
142        CalcThread.__init__(self,completefn,
143                 updatefn,
144                 yieldtime,
145                 worktime)
146        self.fid = fid
147        self.data = data
148        self.qmin = qmin
149        self.qmax = qmax
150        self.model = model
151        self.weight = weight
152        self.toggle_mode_on = toggle_mode_on
153        self.state = state
154        self.page_id = page_id
155        self.smearer = smearer
156        self.starttime = 0
157        self.update_chisqr = update_chisqr
158        self.source = source
159       
160    def compute(self):
161        """
162        Compute model 1d value given qmin , qmax , x value
163        """
164        self.starttime = time.time()
165        output = numpy.zeros((len(self.data.x)))
166        index= (self.qmin <= self.data.x)& (self.data.x <= self.qmax)
167     
168        ##smearer the ouput of the plot   
169        if self.smearer is not None:
170            first_bin, last_bin = self.smearer.get_bin_range(self.qmin, 
171                                                             self.qmax)
172            mask = self.data.x[first_bin:last_bin]
173            output[first_bin:last_bin] = self.model.evalDistribution(mask)
174            output = self.smearer(output, first_bin, last_bin) 
175        else:
176            output[index] = self.model.evalDistribution(self.data.x[index])
177         
178        elapsed = time.time() - self.starttime
179       
180        self.complete(x=self.data.x[index], y=output[index], 
181                      page_id=self.page_id,
182                      state=self.state,
183                      weight=self.weight,
184                      fid=self.fid,
185                      toggle_mode_on=self.toggle_mode_on,
186                      elapsed=elapsed,index=index, model=self.model,
187                      data=self.data, 
188                      update_chisqr = self.update_chisqr,
189                      source=self.source)
190       
191    def results(self):
192        """
193        Send resuts of the computation
194        """
195        return [self.out, self.index]
196
197"""
198Example: ::
199                     
200    class CalcCommandline:
201        def __init__(self, n=20000):
202            #print thread.get_ident()
203            from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
204           
205            model = CylinderModel()
206           
207             
208            print model.runXY([0.01, 0.02])
209           
210            qmax = 0.01
211            qstep = 0.0001
212            self.done = False
213           
214            x = numpy.arange(-qmax, qmax+qstep*0.01, qstep)
215            y = numpy.arange(-qmax, qmax+qstep*0.01, qstep)
216       
217       
218            calc_thread_2D = Calc2D(x, y, None, model.clone(),None,
219                                    -qmax, qmax,qstep,
220                                            completefn=self.complete,
221                                            updatefn=self.update ,
222                                            yieldtime=0.0)
223         
224            calc_thread_2D.queue()
225            calc_thread_2D.ready(2.5)
226           
227            while not self.done:
228                time.sleep(1)
229   
230        def update(self,output):
231            print "update"
232   
233        def complete(self, image, data, model, elapsed, qmin, qmax,index, qstep ):
234            print "complete"
235            self.done = True
236   
237    if __name__ == "__main__":
238        CalcCommandline()
239"""   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.