source: sasview/DataLoader/test/utest_abs_reader.py @ 7a07864

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
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RevLine 
[b99ac227]1"""
2    Unit tests for data manipulations
3"""
4
5import unittest
6import numpy, math
7from DataLoader.loader import  Loader
8from DataLoader.data_info import Data1D
9 
10import os.path
11
12class abs_reader(unittest.TestCase):
13   
14    def setUp(self):
[fe78c7b]15        from DataLoader.readers.abs_reader import Reader
16        self.data = Reader().read("jan08002.ABS")
[b99ac227]17       
18    def test_checkdata(self):
19        """
20            Check the data content to see whether
21            it matches the specific file we loaded.
22            Check the units too to see whether the
23            Data1D defaults changed. Otherwise the
24            tests won't pass
25        """
26        self.assertEqual(self.data.filename, "jan08002.ABS")
[fe78c7b]27        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "IGOR 1D")
[b99ac227]28       
29        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
30        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6.0)
31       
32        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
33        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 1000.0)
34       
35        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.5667)
36       
37        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
38        center_x = 114.58*5.0
39        center_y = 64.22*5.0
40        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
41        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
42       
43        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
44        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.002618)
45        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.007854)
46        self.assertEqual(self.data.x[2], 0.01309)
47        self.assertEqual(self.data.x[126], 0.5828)
48       
49        self.assertEqual(self.data.y[0], 0.02198)
50        self.assertEqual(self.data.y[1], 0.02201)
51        self.assertEqual(self.data.y[2], 0.02695)
52        self.assertEqual(self.data.y[126], 0.2958)
53       
54        self.assertEqual(self.data.dy[0], 0.002704)
55        self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.001643)
56        self.assertEqual(self.data.dy[2], 0.002452)
57        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
58       
59    def test_checkdata2(self):
60        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
[bee885e]61       
62class hfir_reader(unittest.TestCase):
63   
64    def setUp(self):
65        self.data = Loader().load("S2-30dq.d1d")
66       
67    def test_checkdata(self):
68        """
69            Check the data content to see whether
70            it matches the specific file we loaded.
71        """
72        self.assertEqual(self.data.filename, "S2-30dq.d1d")
[fe78c7b]73        # THIS FILE FORMAT IS CURRENTLY READ BY THE ASCII READER
74        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "ASCII")
[76e2369]75        self.assertEqual(len(self.data.x), 134)
76        self.assertEqual(len(self.data.y), 134)
[bee885e]77        #          Q           I               dI          dQ 
78        # Point 1: 0.003014    0.003010        0.000315    0.008249
79        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.003014)
80        self.assertEqual(self.data.y[1], 0.003010)
81        self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.000315)
82        self.assertEqual(self.data.dx[1], 0.008249)
83       
[b99ac227]84
85class igor_reader(unittest.TestCase):
86   
87    def setUp(self):
88        self.data = Loader().load("MAR07232_rest.ASC")
89       
90    def test_checkdata(self):
91        """
92            Check the data content to see whether
93            it matches the specific file we loaded.
94            Check the units too to see whether the
95            Data1D defaults changed. Otherwise the
96            tests won't pass
97        """
98        self.assertEqual(self.data.filename, "MAR07232_rest.ASC")
[fe78c7b]99        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "IGOR 2D")
[b99ac227]100       
101        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
102        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 8.4)
103       
104        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
105        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 13705)
106       
107        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.84357)
108       
109        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
[afab469]110        center_x = (68.76-1)*5.0
111        center_y = (62.47-1)*5.0
[b99ac227]112        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
113        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
114       
115        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm')
[afab469]116        self.assertEqual(self.data.data[0], 0.279783)
117        self.assertEqual(self.data.data[1], 0.28951)
118        self.assertEqual(self.data.data[2], 0.167634)
[b99ac227]119       
120class danse_reader(unittest.TestCase):
121   
122    def setUp(self):
123        self.data = Loader().load("MP_New.sans")
124
125    def test_checkdata(self):
126        """
127            Check the data content to see whether
128            it matches the specific file we loaded.
129            Check the units too to see whether the
130            Data1D defaults changed. Otherwise the
131            tests won't pass
132        """
133        self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans")
[fe78c7b]134        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE")
[b99ac227]135       
136        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
137        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 7.5)
138       
139        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
140        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].distance, 5414.99, 3)
141       
142        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
143        center_x = 68.74*5.0
144        center_y = 64.77*5.0
145        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
146        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
147       
148        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm')
[afab469]149        self.assertEqual(self.data.data[0], 1.57831)
150        self.assertEqual(self.data.data[1], 2.70983)
151        self.assertEqual(self.data.data[2], 3.83422)
[b99ac227]152
[afab469]153        self.assertEqual(self.data.err_data[0], 1.37607)
154        self.assertEqual(self.data.err_data[1], 1.77569)
155        self.assertEqual(self.data.err_data[2], 2.06313)
[b99ac227]156
157 
158class cansas_reader(unittest.TestCase):
159   
160    def setUp(self):
161        self.data = Loader().load("cansas1d.xml")
162 
[d6513cd]163    def test_checkdata(self):
[579ba85]164        self.assertEqual(self.data.filename, "cansas1d.xml")
165        self._checkdata()
166       
167    def _checkdata(self):
[d6513cd]168        """
169            Check the data content to see whether
170            it matches the specific file we loaded.
171            Check the units too to see whether the
172            Data1D defaults changed. Otherwise the
173            tests won't pass
174        """
[579ba85]175       
176        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
[fe78c7b]177        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS 1D")
178        self.assertEqual(len(self.data.errors), 0)
[579ba85]179       
180        # Data
181        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
182        self.assertEqual(self.data.x_unit, '1/A')
183        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
[adbb821]184        self.assertAlmostEqual(self.data.x[0], 0.02, 6)
185        self.assertAlmostEqual(self.data.y[0], 1000, 6)
186        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[0], 0.01, 6)
187        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[0], 3, 6)
188        self.assertAlmostEqual(self.data.x[1], 0.03, 6)
189        self.assertAlmostEqual(self.data.y[1], 1001.0)
190        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[1], 0.02, 6)
191        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[1], 4, 6)
[579ba85]192        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
193        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
[d6513cd]194       
195        # Sample info
196        self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long")
[579ba85]197        self.assertEqual(self.data.sample.name, "my sample")
[d6513cd]198        self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm')
199        self.assertEqual(self.data.sample.thickness, 1.03)
[b99ac227]200       
[d6513cd]201        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
202       
203        self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C')
204        self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0)
205
206        self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm')
207        self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10)
208        self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0)
209
210        self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree')
211        self.assertEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5)
212        self.assertEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02)
213
214        self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720") 
215        self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here") 
216       
217        # Instrument info
[579ba85]218        self.assertEqual(self.data.instrument, "canSAS instrument")
[d6513cd]219       
220        # Source
221        self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron")
222       
223        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm")
[579ba85]224        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_name, "bm")
[d6513cd]225        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12)
[579ba85]226        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 13)
[d6513cd]227       
228        self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc")
229       
230        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A")
231        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6)
232       
233        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm")
234        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0)
235        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm")
236        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22)
237        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent")
238        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3)
239       
240        # Collimation
241        _found1 = False
242        _found2 = False
243        self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.)
[579ba85]244        self.assertEqual(self.data.collimation[0].name, 'test coll name')
[d6513cd]245       
246        for item in self.data.collimation[0].aperture:
247            self.assertEqual(item.size_unit,'mm')
248            self.assertEqual(item.distance_unit,'mm')
249           
250            if item.size.x==50 \
[579ba85]251                and item.distance==11000.0 \
252                and item.name=='source' \
253                and item.type=='radius':
[d6513cd]254                _found1 = True
[579ba85]255            elif item.size.x==1.0 \
256                and item.name=='sample' \
257                and item.type=='radius':
[d6513cd]258                _found2 = True
259               
260        if _found1==False or _found2==False:
261            print item.distance
262            raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2) 
263           
[4c00964]264        # Detector
265        self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid")
[579ba85]266        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "mm")
267        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4150)
[4c00964]268       
269        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree")
270        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0)
271        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0)
272        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0)
273       
274        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m")
[579ba85]275        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .001)
276        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .002)
[4c00964]277        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None)
278       
279        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm")
280        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64)
281        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68)
282        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None)
283       
284        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm")
285        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5)
286        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5)
287        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None)
288       
289        # Process
[579ba85]290        _found_term1 = False
291        _found_term2 = False
292        for item in self.data.process:
293            self.assertTrue(item.name in ['NCNR-IGOR', 'spol'])
294            self.assertTrue(item.date in ['04-Sep-2007 18:35:02',
295                                          '03-SEP-2006 11:42:47'])
296            for t in item.term:
297                if t['name']=="ABS:DSTAND" \
298                    and t['unit']=='mm' \
299                    and float(t['value'])==1.0:
300                    _found_term2 = True
301                elif t['name']=="radialstep" \
302                    and t['unit']=='mm' \
303                    and float(t['value'])==10.0:
304                    _found_term1 = True
305                   
306        if _found_term1==False or _found_term2==False:
307            raise RuntimeError, "Could not find all process terms %s %s" % (_found_term1, _found_term2) 
308           
[4c00964]309       
310       
311       
312    def test_writer(self):
313        from DataLoader.readers.cansas_reader import Reader
314        r = Reader()
315        x = numpy.ones(5)
316        y = numpy.ones(5)
317        dy = numpy.ones(5)
318       
[579ba85]319        filename = "write_test.xml"
320        r.write(filename, self.data)
321        self.data = Loader().load(filename)
322        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
323        self._checkdata()
324       
[e390933]325    def test_units(self):
326        """
327            Check units.
328            Note that not all units are available.
329        """
330        filename = "cansas1d_units.xml"
331        self.data = Loader().load(filename)
332        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
333        self._checkdata()
[4c00964]334       
[fe78c7b]335    def test_badunits(self):
336        """
337            Check units.
338            Note that not all units are available.
339        """
340        filename = "cansas1d_badunits.xml"
341        self.data = Loader().load(filename)
342        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
343        # The followed should not have been loaded
344        self.assertEqual(self.data.sample.thickness, None)
345        # This one should
346        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
347       
348        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS 1D")
349        self.assertEqual(len(self.data.errors), 1)
350       
[b99ac227]351       
[d00f8ff]352    def test_slits(self):
353        """
354            Check slit data
355        """
356        filename = "cansas1d_slit.xml"
357        self.data = Loader().load(filename)
358        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
359        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
[b99ac227]360       
[d00f8ff]361        # Data
362        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
363        self.assertEqual(self.data.x_unit, '1/A')
364        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
365        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.02)
366        self.assertEqual(self.data.y[0], 1000)
367        self.assertEqual(self.data.dxl[0], 0.005)
368        self.assertEqual(self.data.dxw[0], 0.001)
369        self.assertEqual(self.data.dy[0], 3)
370        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.03)
371        self.assertAlmostEquals(self.data.y[1], 1001.0)
372        self.assertEqual(self.data.dx[1], 0.0)
373        self.assertEqual(self.data.dxl[1], 0.005)
374        self.assertEqual(self.data.dxw[1], 0.001)
375        self.assertEqual(self.data.dy[1], 4)
376        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
377        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
378
[b99ac227]379           
380
381if __name__ == '__main__':
[fe78c7b]382    import logging
383    logging.basicConfig(level=logging.INFO,
384                        format='%(asctime)s %(levelname)s %(message)s',
385                        filename='utest_abs_reader.log',
386                        filemode='w')
[b99ac227]387    unittest.main()
388   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.