source: sasview/DataLoader/readers/danse_reader.py @ feb21d8

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since feb21d8 was c125e0c, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

unit test added
  • Property mode set to 100644
File size: 6.5 KB
Line 
1"""
2    Test plug-in
3"""
4
5import math
6import pylab
7import copy
8import numpy
9class ReaderInfo:
10    """
11    """
12    ## Wavelength [A]
13    wavelength = 0.0
14    ## Number of x bins
15    xbins = 128
16    ## Number of y bins
17    ybins = 128
18    ## Beam center X [pixel number]
19    center_x = 65
20    ## Beam center Y [pixel number]
21    center_y = 65
22    ## Distance from sample to detector [m]
23    distance = 11.0
24    ## Qx values [A-1]
25    x_vals = []
26    ## Qy xalues [A-1]
27    y_vals = []
28    ## Qx min
29    xmin = 0.0
30    ## Qx max
31    xmax = 1.0
32    ## Qy min
33    ymin = 0.0
34    ## Qy max
35    ymax = 1.0
36    ## Image
37    image = None
38    ## Pixel size
39    pixel_size = 0.5
40    ## Error on each pixel
41    error = None
42class Reader:
43    """
44        Example data manipulation
45    """
46    ## File type
47    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"]
48    ## Extension
49    ext  = ['.sans']   
50       
51    def read(self, filename=None):
52        """
53            Open and read the data in a file
54            @param file: path of the file
55        """
56       
57        read_it = False
58        for item in self.ext:
59            if filename.lower().find(item)>=0:
60                read_it = True
61               
62        if read_it:
63           
64            datafile = open(filename, 'r')
65           
66            # defaults
67            # wavelength in Angstrom
68            wavelength = 10.0
69            # Distance in meter
70            distance   = 11.0
71            # Pixel number of center in x
72            center_x   = 65
73            # Pixel number of center in y
74            center_y   = 65
75            # Pixel size [mm]
76            pixel      = 5.0
77            # Size in x, in pixels
78            size_x     = 128
79            # Size in y, in pixels
80            size_y     = 128
81            # Format version
82            fversion   = 1.0
83           
84            read_on = True
85            while read_on:
86                line = datafile.readline()
87                if line.find("DATA:")>=0:
88                    read_on = False
89                    break
90                toks = line.split(':')
91                if toks[0]=="FORMATVERSION":
92                    fversion = float(toks[1])
93                if toks[0]=="WAVELENGTH":
94                    wavelength = float(toks[1])
95                elif toks[0]=="DISTANCE":
96                    distance = float(toks[1])
97                elif toks[0]=="CENTER_X":
98                    center_x = float(toks[1])
99                elif toks[0]=="CENTER_Y":
100                    center_y = float(toks[1])
101                elif toks[0]=="PIXELSIZE":
102                    pixel = float(toks[1])
103                elif toks[0]=="SIZE_X":
104                    size_x = int(toks[1])
105                elif toks[0]=="SIZE_Y":
106                    size_y = int(toks[1])
107           
108            # Read the data
109            data = []
110            error = []
111            if fversion==1.0:
112                data_str = datafile.readline()
113                data = data_str.split(' ')
114            else:
115                read_on = True
116                while read_on:
117                    data_str = datafile.readline()
118                    if len(data_str)==0:
119                        read_on = False
120                    else:
121                        toks = data_str.split()
122                        try:
123                            val = float(toks[0])
124                            err = float(toks[1])
125                            data.append(val)
126                            error.append(err)
127                        except:
128                            print "Skipping line:%s" % data_str
129                            print sys.exc_value
130           
131            # Initialize
132            x_vals = []
133            y_vals = [] 
134            ymin = None
135            ymax = None
136            xmin = None
137            xmax = None
138            Z = None
139       
140           
141            x = numpy.zeros(size_x)
142            y = numpy.zeros(size_y)
143            X, Y = pylab.meshgrid(x, y)
144            Z = copy.deepcopy(X)
145            E = copy.deepcopy(X)
146            itot = 0
147            i_x = 0
148            i_y = 0
149           
150            # Qx and Qy vectors
151            for i_x in range(size_x):
152                theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0
153                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
154                x_vals.append(qx)
155                if xmin==None or qx<xmin:
156                    xmin = qx
157                if xmax==None or qx>xmax:
158                    xmax = qx
159           
160            ymin = None
161            ymax = None
162            for i_y in range(size_y):
163                theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0
164                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
165                y_vals.append(qy)
166                if ymin==None or qy<ymin:
167                    ymin = qy
168                if ymax==None or qy>ymax:
169                    ymax = qy
170           
171            for i_pt in range(len(data)):
172                val = data[i_pt]
173                try:
174                    value = float(val)
175                except:
176                    continue
177               
178                # Get bin number
179                if math.fmod(itot, size_x)==0:
180                    i_x = 0
181                    i_y += 1
182                else:
183                    i_x += 1
184                   
185                Z[size_y-1-i_y][i_x] = value
186                if fversion>1.0:
187                    E[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt]
188               
189                itot += 1
190               
191            output = ReaderInfo()
192            output.wavelength = wavelength
193            output.xbins      = size_x
194            output.ybins      = size_y
195            output.center_x   = center_x
196            output.center_y   = center_y
197            # Store the distance in [mm]
198            output.distance   = distance*1000.0
199            output.x_vals     = x_vals
200            output.y_vals     = y_vals
201            output.xmin       = xmin
202            output.xmax       = xmax
203            output.ymin       = ymin
204            output.ymax       = ymax
205            output.pixel_size = pixel
206            output.image      = Z
207            if not fversion==1.1:
208                #output.error  = E
209                raise ValueError,"Danse_reader can't read this file %s"%filename
210            else:
211                print "Danse_reader Reading %s \n"%filename
212                return output
213       
214        return None
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.