source: sasview/DataLoader/readers/danse_reader.py @ c958e30

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since c958e30 was a7a5886, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 14 years ago

working pylint
  • Property mode set to 100644
File size: 10.7 KB
Line 
1
2
3############################################################################
4#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
5#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
6#project funded by the US National Science Foundation.
7#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
8#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
9#following sentence:
10#This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547.
11#copyright 2008, University of Tennessee
12#############################################################################
13
14"""
15    DANSE/SANS file reader
16"""
17
18import math
19import os
20#import copy
21import numpy
22import logging
23from DataLoader.data_info import Data2D, Detector
24from DataLoader.manipulations import reader2D_converter
25
26# Look for unit converter
27has_converter = True
28try:
29    from data_util.nxsunit import Converter
30except:
31    has_converter = False
32
33class Reader:
34    """
35    Example data manipulation
36    """
37    ## File type
38    type_name = "DANSE"   
39    ## Wildcards
40    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"]
41    ## Extension
42    ext  = ['.sans', '.SANS']   
43       
44    def read(self, filename=None):
45        """
46        Open and read the data in a file
47        @param file: path of the file
48        """
49       
50        read_it = False
51        for item in self.ext:
52            if filename.lower().find(item) >= 0:
53                read_it = True
54               
55        if read_it:
56            try:
57                datafile = open(filename, 'r')
58            except :
59                raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s" % (filename)
60       
61            # defaults
62            # wavelength in Angstrom
63            wavelength = 10.0
64            # Distance in meter
65            distance   = 11.0
66            # Pixel number of center in x
67            center_x   = 65
68            # Pixel number of center in y
69            center_y   = 65
70            # Pixel size [mm]
71            pixel      = 5.0
72            # Size in x, in pixels
73            size_x     = 128
74            # Size in y, in pixels
75            size_y     = 128
76            # Format version
77            fversion   = 1.0
78           
79            output = Data2D()
80            output.filename = os.path.basename(filename)
81            detector = Detector()
82            output.detector.append(detector)
83           
84            output.data = numpy.zeros([size_x,size_y])
85            output.err_data = numpy.zeros([size_x, size_y])
86           
87            data_conv_q = None
88            data_conv_i = None
89           
90            if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
91                data_conv_q = Converter('1/A')
92                # Test it
93                data_conv_q(1.0, output.Q_unit)
94               
95            if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm':
96                data_conv_i = Converter('1/cm')
97                # Test it
98                data_conv_i(1.0, output.I_unit)           
99       
100            read_on = True
101            while read_on:
102                line = datafile.readline()
103                if line.find("DATA:") >= 0:
104                    read_on = False
105                    break
106                toks = line.split(':')
107                if toks[0] == "FORMATVERSION":
108                    fversion = float(toks[1])
109                if toks[0] == "WAVELENGTH":   
110                    wavelength = float(toks[1])               
111                elif toks[0] == "DISTANCE":
112                    distance = float(toks[1])
113                elif toks[0] == "CENTER_X":
114                    center_x = float(toks[1])
115                elif toks[0] == "CENTER_Y":
116                    center_y = float(toks[1])
117                elif toks[0] == "PIXELSIZE":
118                    pixel = float(toks[1])
119                elif toks[0] == "SIZE_X":
120                    size_x = int(toks[1])
121                elif toks[0] == "SIZE_Y":
122                    size_y = int(toks[1])
123           
124            # Read the data
125            data = []
126            error = []
127            if fversion == 1.0:
128                data_str = datafile.readline()
129                data = data_str.split(' ')
130            else:
131                read_on = True
132                while read_on:
133                    data_str = datafile.readline()
134                    if len(data_str) == 0:
135                        read_on = False
136                    else:
137                        toks = data_str.split()
138                        try:
139                            val = float(toks[0])
140                            err = float(toks[1])
141                            if data_conv_i is not None:
142                                val = data_conv_i(val, units=output.y_unit)
143                                err = data_conv_i(err, units=output.y_unit)
144                            data.append(val)
145                            error.append(err)
146                        except:
147                            logging.info("Skipping line:%s,%s" %( data_str,
148                                                                sys.exc_value))
149           
150            # Initialize
151            x_vals = []
152            y_vals = [] 
153            ymin = None
154            ymax = None
155            xmin = None
156            xmax = None
157           
158            # Qx and Qy vectors
159            theta = pixel / distance / 100.0
160            stepq = 4.0 * math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
161            for i_x in range(size_x):
162                theta = (i_x - center_x + 1) * pixel / distance / 100.0
163                qx = 4.0 * math.pi / wavelength * math.sin(theta/2.0)
164               
165                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
166                    qx = data_conv_q(qx, units=output.Q_unit)
167               
168                x_vals.append(qx)
169                if xmin == None or qx < xmin:
170                    xmin = qx
171                if xmax == None or qx > xmax:
172                    xmax = qx
173           
174            ymin = None
175            ymax = None
176            for i_y in range(size_y):
177                theta = (i_y - center_y + 1) * pixel / distance / 100.0
178                qy = 4.0 * math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
179               
180                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
181                    qy = data_conv_q(qy, units=output.Q_unit)
182               
183                y_vals.append(qy)
184                if ymin == None or qy < ymin:
185                    ymin = qy
186                if ymax == None or qy > ymax:
187                    ymax = qy
188           
189            # Store the data in the 2D array
190            itot = 0
191            i_x  = 0
192            i_y  = -1
193           
194            for i_pt in range(len(data)):
195                try:
196                    value = float(data[i_pt])
197                except:
198                    # For version 1.0, the data were still
199                    # stored as strings at this point.
200                    msg = "Skipping entry (v1.0):%s,%s" %(str(data[i_pt]),
201                                                           sys.exc_value)
202                    logging.info(msg)
203               
204                # Get bin number
205                if math.fmod(i_pt, size_x) == 0:
206                    i_x = 0
207                    i_y += 1
208                else:
209                    i_x += 1
210                   
211                output.data[i_y][i_x] = value       
212                #output.data[size_y-1-i_y][i_x] = value
213                if fversion>1.0:
214                    output.err_data[i_y][i_x] = error[i_pt]
215                    #output.err_data[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt]
216               
217
218            # Store all data
219            # Store wavelength
220            if has_converter == True and output.source.wavelength_unit != 'A':
221                conv = Converter('A')
222                wavelength = conv(wavelength,
223                                  units=output.source.wavelength_unit)
224            output.source.wavelength = wavelength
225               
226            # Store distance
227            if has_converter == True and detector.distance_unit != 'm':
228                conv = Converter('m')
229                distance = conv(distance, units=detector.distance_unit)
230            detector.distance = distance
231           
232            # Store pixel size
233            if has_converter == True and detector.pixel_size_unit != 'mm':
234                conv = Converter('mm')
235                pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit)
236            detector.pixel_size.x = pixel
237            detector.pixel_size.y = pixel
238
239            # Store beam center in distance units
240            detector.beam_center.x = center_x*pixel
241            detector.beam_center.y = center_y*pixel
242           
243            # Store limits of the image (2D array)
244            xmin = xmin - stepq / 2.0
245            xmax = xmax + stepq / 2.0
246            ymin = ymin - stepq  /2.0
247            ymax = ymax + stepq / 2.0
248           
249            if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
250                xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit)
251                xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit)
252                ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit)
253                ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit)
254            output.xmin = xmin
255            output.xmax = xmax
256            output.ymin = ymin
257            output.ymax = ymax
258           
259            # Store x and y axis bin centers
260            output.x_bins     = x_vals
261            output.y_bins     = y_vals
262           
263            # Units
264            if data_conv_q is not None:
265                output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", output.Q_unit)
266                output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", output.Q_unit)
267            else:
268                output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}')
269                output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}')
270               
271            if data_conv_i is not None:
272                output.zaxis("\\rm{Intensity}", output.I_unit)
273            else:
274                output.zaxis("\\rm{Intensity}","cm^{-1}")
275           
276            if not fversion >= 1.0:
277                msg = "Danse_reader can't read this file %s" % filename
278                raise ValueError, msg
279            else:
280                logging.info("Danse_reader Reading %s \n" % filename)
281           
282            # Store loading process information
283            output.meta_data['loader'] = self.type_name   
284            output = reader2D_converter(output)
285            return output
286       
287        return None
288
289if __name__ == "__main__": 
290    reader = Reader()
291    print reader.read("../test/MP_New.sans")
292   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.