source: sasview/DataLoader/readers/danse_reader.py @ c7c5ef8

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since c7c5ef8 was eadf1f9, checked in by Jae Cho <jhjcho@…>, 14 years ago

added calling qmap converter
  • Property mode set to 100644
File size: 10.3 KB
Line 
1"""
2    DANSE/SANS file reader
3"""
4
5"""
6This software was developed by the University of Tennessee as part of the
7Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
8project funded by the US National Science Foundation.
9
10If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
11publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
12following sentence:
13
14"This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
15
16copyright 2008, University of Tennessee
17"""
18
19import math
20import os
21import copy
22import numpy
23import logging
24from DataLoader.data_info import Data2D, Detector
25from DataLoader.manipulations import reader2D_converter
26
27# Look for unit converter
28has_converter = True
29try:
30    from data_util.nxsunit import Converter
31except:
32    has_converter = False
33
34class Reader:
35    """
36        Example data manipulation
37    """
38    ## File type
39    type_name = "DANSE"   
40    ## Wildcards
41    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"]
42    ## Extension
43    ext  = ['.sans', '.SANS']   
44       
45    def read(self, filename=None):
46        """
47            Open and read the data in a file
48            @param file: path of the file
49        """
50       
51        read_it = False
52        for item in self.ext:
53            if filename.lower().find(item)>=0:
54                read_it = True
55               
56        if read_it:
57            try:
58                 datafile = open(filename, 'r')
59            except :
60                raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s"%(filename)
61           
62           
63            # defaults
64            # wavelength in Angstrom
65            wavelength = 10.0
66            # Distance in meter
67            distance   = 11.0
68            # Pixel number of center in x
69            center_x   = 65
70            # Pixel number of center in y
71            center_y   = 65
72            # Pixel size [mm]
73            pixel      = 5.0
74            # Size in x, in pixels
75            size_x     = 128
76            # Size in y, in pixels
77            size_y     = 128
78            # Format version
79            fversion   = 1.0
80           
81            output = Data2D()
82            output.filename = os.path.basename(filename)
83            detector = Detector()
84            output.detector.append(detector)
85           
86            output.data = numpy.zeros([size_x,size_y])
87            output.err_data = numpy.zeros([size_x,size_y])
88           
89            data_conv_q = None
90            data_conv_i = None
91           
92            if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
93                data_conv_q = Converter('1/A')
94                # Test it
95                data_conv_q(1.0, output.Q_unit)
96               
97            if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm':
98                data_conv_i = Converter('1/cm')
99                # Test it
100                data_conv_i(1.0, output.I_unit)           
101       
102            read_on = True
103            while read_on:
104                line = datafile.readline()
105                if line.find("DATA:")>=0:
106                    read_on = False
107                    break
108                toks = line.split(':')
109                if toks[0]=="FORMATVERSION":
110                    fversion = float(toks[1])
111                if toks[0]=="WAVELENGTH":   
112                    wavelength = float(toks[1])               
113                elif toks[0]=="DISTANCE":
114                    distance = float(toks[1])
115                elif toks[0]=="CENTER_X":
116                    center_x = float(toks[1])
117                elif toks[0]=="CENTER_Y":
118                    center_y = float(toks[1])
119                elif toks[0]=="PIXELSIZE":
120                    pixel = float(toks[1])
121                elif toks[0]=="SIZE_X":
122                    size_x = int(toks[1])
123                elif toks[0]=="SIZE_Y":
124                    size_y = int(toks[1])
125           
126            # Read the data
127            data = []
128            error = []
129            if fversion==1.0:
130                data_str = datafile.readline()
131                data = data_str.split(' ')
132            else:
133                read_on = True
134                while read_on:
135                    data_str = datafile.readline()
136                    if len(data_str)==0:
137                        read_on = False
138                    else:
139                        toks = data_str.split()
140                        try:
141                            val = float(toks[0])
142                            err = float(toks[1])
143                            if data_conv_i is not None:
144                                val = data_conv_i(val, units=output.y_unit)
145                                err = data_conv_i(err, units=output.y_unit)
146                            data.append(val)
147                            error.append(err)
148                        except:
149                            logging.info("Skipping line:%s,%s" %( data_str,sys.exc_value))
150           
151            # Initialize
152            x_vals = []
153            y_vals = [] 
154            ymin = None
155            ymax = None
156            xmin = None
157            xmax = None
158           
159            # Qx and Qy vectors
160            theta = pixel / distance / 100.0
161            stepq = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0) 
162            for i_x in range(size_x):
163                theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0
164                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
165               
166                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
167                    qx = data_conv_q(qx, units=output.Q_unit)
168               
169                x_vals.append(qx)
170                if xmin==None or qx<xmin:
171                    xmin = qx
172                if xmax==None or qx>xmax:
173                    xmax = qx
174           
175            ymin = None
176            ymax = None
177            for i_y in range(size_y):
178                theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0
179                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
180               
181                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
182                    qy = data_conv_q(qy, units=output.Q_unit)
183               
184                y_vals.append(qy)
185                if ymin==None or qy<ymin:
186                    ymin = qy
187                if ymax==None or qy>ymax:
188                    ymax = qy
189           
190            # Store the data in the 2D array
191            itot = 0
192            i_x  = 0
193            i_y  = -1
194           
195            for i_pt in range(len(data)):
196                try:
197                    value = float(data[i_pt])
198                except:
199                    # For version 1.0, the data were still
200                    # stored as strings at this point.
201                    logging.info("Skipping entry (v1.0):%s,%s" %(str(data[i_pt]), sys.exc_value))
202               
203                # Get bin number
204                if math.fmod(i_pt, size_x)==0:
205                    i_x = 0
206                    i_y += 1
207                else:
208                    i_x += 1
209                   
210                output.data[i_y][i_x] = value       
211                #output.data[size_y-1-i_y][i_x] = value
212                if fversion>1.0:
213                    output.err_data[i_y][i_x] = error[i_pt]
214                    #output.err_data[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt]
215               
216               
217            # Store all data ######################################
218            # Store wavelength
219            if has_converter==True and output.source.wavelength_unit != 'A':
220                conv = Converter('A')
221                wavelength = conv(wavelength, units=output.source.wavelength_unit)
222            output.source.wavelength = wavelength
223               
224            # Store distance
225            if has_converter==True and detector.distance_unit != 'm':
226                conv = Converter('m')
227                distance = conv(distance, units=detector.distance_unit)
228            detector.distance = distance
229           
230            # Store pixel size
231            if has_converter==True and detector.pixel_size_unit != 'mm':
232                conv = Converter('mm')
233                pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit)
234            detector.pixel_size.x = pixel
235            detector.pixel_size.y = pixel
236
237            # Store beam center in distance units
238            detector.beam_center.x = center_x*pixel
239            detector.beam_center.y = center_y*pixel
240           
241            # Store limits of the image (2D array)
242            xmin    =xmin-stepq/2.0
243            xmax    =xmax+stepq/2.0
244            ymin    =ymin-stepq/2.0
245            ymax    =ymax+stepq/2.0
246           
247            if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
248                xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit)
249                xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit)
250                ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit)
251                ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit)
252            output.xmin = xmin
253            output.xmax = xmax
254            output.ymin = ymin
255            output.ymax = ymax
256           
257            # Store x and y axis bin centers
258            output.x_bins     = x_vals
259            output.y_bins     = y_vals
260           
261            # Units
262            if data_conv_q is not None:
263                output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", output.Q_unit)
264                output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", output.Q_unit)
265            else:
266                output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}')
267                output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}')
268               
269            if data_conv_i is not None:
270                output.zaxis("\\rm{Intensity}", output.I_unit)
271            else:
272                output.zaxis("\\rm{Intensity}","cm^{-1}")
273           
274            if not fversion>=1.0:
275                raise ValueError,"Danse_reader can't read this file %s"%filename
276            else:
277                logging.info("Danse_reader Reading %s \n"%filename)
278           
279            # Store loading process information
280            output.meta_data['loader'] = self.type_name   
281            output = reader2D_converter(output)
282            return output
283       
284        return None
285
286if __name__ == "__main__": 
287    reader = Reader()
288    print reader.read("../test/MP_New.sans")
289   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.