source: sasview/DataLoader/readers/danse_reader.py @ 8d6440f

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 8d6440f was 8d6440f, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

readers printing in a log file text_log.txt now.testload modified
  • Property mode set to 100644
File size: 6.7 KB
Line 
1"""
2    Test plug-in
3"""
4
5import math
6import pylab
7import copy
8import numpy
9import logging
10class ReaderInfo:
11    """
12    """
13    ## Wavelength [A]
14    wavelength = 0.0
15    ## Number of x bins
16    xbins = 128
17    ## Number of y bins
18    ybins = 128
19    ## Beam center X [pixel number]
20    center_x = 65
21    ## Beam center Y [pixel number]
22    center_y = 65
23    ## Distance from sample to detector [m]
24    distance = 11.0
25    ## Qx values [A-1]
26    x_vals = []
27    ## Qy xalues [A-1]
28    y_vals = []
29    ## Qx min
30    xmin = 0.0
31    ## Qx max
32    xmax = 1.0
33    ## Qy min
34    ymin = 0.0
35    ## Qy max
36    ymax = 1.0
37    ## Image
38    image = None
39    ## Pixel size
40    pixel_size = 0.5
41    ## Error on each pixel
42    error = None
43class Reader:
44    """
45        Example data manipulation
46    """
47    ## File type
48    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"]
49    ## Extension
50    ext  = ['.sans']   
51       
52    def read(self, filename=None):
53        """
54            Open and read the data in a file
55            @param file: path of the file
56        """
57       
58        read_it = False
59        for item in self.ext:
60            if filename.lower().find(item)>=0:
61                read_it = True
62               
63        if read_it:
64            try:
65                 datafile = open(filename, 'r')
66            except :
67                raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s"%(filename)
68           
69           
70            # defaults
71            # wavelength in Angstrom
72            wavelength = 10.0
73            # Distance in meter
74            distance   = 11.0
75            # Pixel number of center in x
76            center_x   = 65
77            # Pixel number of center in y
78            center_y   = 65
79            # Pixel size [mm]
80            pixel      = 5.0
81            # Size in x, in pixels
82            size_x     = 128
83            # Size in y, in pixels
84            size_y     = 128
85            # Format version
86            fversion   = 1.0
87           
88            read_on = True
89            while read_on:
90                line = datafile.readline()
91                if line.find("DATA:")>=0:
92                    read_on = False
93                    break
94                toks = line.split(':')
95                if toks[0]=="FORMATVERSION":
96                    fversion = float(toks[1])
97                if toks[0]=="WAVELENGTH":
98                    wavelength = float(toks[1])
99                elif toks[0]=="DISTANCE":
100                    distance = float(toks[1])
101                elif toks[0]=="CENTER_X":
102                    center_x = float(toks[1])
103                elif toks[0]=="CENTER_Y":
104                    center_y = float(toks[1])
105                elif toks[0]=="PIXELSIZE":
106                    pixel = float(toks[1])
107                elif toks[0]=="SIZE_X":
108                    size_x = int(toks[1])
109                elif toks[0]=="SIZE_Y":
110                    size_y = int(toks[1])
111           
112            # Read the data
113            data = []
114            error = []
115            if fversion==1.0:
116                data_str = datafile.readline()
117                data = data_str.split(' ')
118            else:
119                read_on = True
120                while read_on:
121                    data_str = datafile.readline()
122                    if len(data_str)==0:
123                        read_on = False
124                    else:
125                        toks = data_str.split()
126                        try:
127                            val = float(toks[0])
128                            err = float(toks[1])
129                            data.append(val)
130                            error.append(err)
131                        except:
132                            logging.info("Skipping line:%s,%s" %( data_str,sys.exc_value))
133                            #print "Skipping line:%s" % data_str
134                            #print sys.exc_value
135           
136            # Initialize
137            x_vals = []
138            y_vals = [] 
139            ymin = None
140            ymax = None
141            xmin = None
142            xmax = None
143            Z = None
144       
145           
146            x = numpy.zeros(size_x)
147            y = numpy.zeros(size_y)
148            X, Y = pylab.meshgrid(x, y)
149            Z = copy.deepcopy(X)
150            E = copy.deepcopy(X)
151            itot = 0
152            i_x = 0
153            i_y = 0
154           
155            # Qx and Qy vectors
156            for i_x in range(size_x):
157                theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0
158                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
159                x_vals.append(qx)
160                if xmin==None or qx<xmin:
161                    xmin = qx
162                if xmax==None or qx>xmax:
163                    xmax = qx
164           
165            ymin = None
166            ymax = None
167            for i_y in range(size_y):
168                theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0
169                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
170                y_vals.append(qy)
171                if ymin==None or qy<ymin:
172                    ymin = qy
173                if ymax==None or qy>ymax:
174                    ymax = qy
175           
176            for i_pt in range(len(data)):
177                val = data[i_pt]
178                try:
179                    value = float(val)
180                except:
181                    continue
182               
183                # Get bin number
184                if math.fmod(itot, size_x)==0:
185                    i_x = 0
186                    i_y += 1
187                else:
188                    i_x += 1
189                   
190                Z[size_y-1-i_y][i_x] = value
191                if fversion>1.0:
192                    E[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt]
193               
194                itot += 1
195               
196            output = ReaderInfo()
197            output.wavelength = wavelength
198            output.xbins      = size_x
199            output.ybins      = size_y
200            output.center_x   = center_x
201            output.center_y   = center_y
202            # Store the distance in [mm]
203            output.distance   = distance*1000.0
204            output.x_vals     = x_vals
205            output.y_vals     = y_vals
206            output.xmin       = xmin
207            output.xmax       = xmax
208            output.ymin       = ymin
209            output.ymax       = ymax
210            output.pixel_size = pixel
211            output.image      = Z
212            if not fversion==1.1:
213                #output.error  = E
214                raise ValueError,"Danse_reader can't read this file %s"%filename
215            else:
216                logging.info("Danse_reader Reading %s \n"%filename)
217                return output
218       
219        return None
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.