source: sasview/DataLoader/readers/danse_reader.py @ 159db3b

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 159db3b was 16d8e5f, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

ReadInfo? module added in readers….every reader should return a read info object
  • Property mode set to 100644
File size: 6.1 KB
Line 
1"""
2    Test plug-in
3"""
4
5import math
6import pylab
7import copy
8import numpy
9import logging
10
11class Reader:
12    """
13        Example data manipulation
14    """
15    ## File type
16    type = ["DANSE files (*.sans)|*.sans"]
17    ## Extension
18    ext  = ['.sans']   
19       
20    def read(self, filename=None):
21        """
22            Open and read the data in a file
23            @param file: path of the file
24        """
25       
26        read_it = False
27        for item in self.ext:
28            if filename.lower().find(item)>=0:
29                read_it = True
30               
31        if read_it:
32            try:
33                 datafile = open(filename, 'r')
34            except :
35                raise  RuntimeError,"danse_reader cannot open %s"%(filename)
36           
37           
38            # defaults
39            # wavelength in Angstrom
40            wavelength = 10.0
41            # Distance in meter
42            distance   = 11.0
43            # Pixel number of center in x
44            center_x   = 65
45            # Pixel number of center in y
46            center_y   = 65
47            # Pixel size [mm]
48            pixel      = 5.0
49            # Size in x, in pixels
50            size_x     = 128
51            # Size in y, in pixels
52            size_y     = 128
53            # Format version
54            fversion   = 1.0
55           
56            read_on = True
57            while read_on:
58                line = datafile.readline()
59                if line.find("DATA:")>=0:
60                    read_on = False
61                    break
62                toks = line.split(':')
63                if toks[0]=="FORMATVERSION":
64                    fversion = float(toks[1])
65                if toks[0]=="WAVELENGTH":
66                    wavelength = float(toks[1])
67                elif toks[0]=="DISTANCE":
68                    distance = float(toks[1])
69                elif toks[0]=="CENTER_X":
70                    center_x = float(toks[1])
71                elif toks[0]=="CENTER_Y":
72                    center_y = float(toks[1])
73                elif toks[0]=="PIXELSIZE":
74                    pixel = float(toks[1])
75                elif toks[0]=="SIZE_X":
76                    size_x = int(toks[1])
77                elif toks[0]=="SIZE_Y":
78                    size_y = int(toks[1])
79           
80            # Read the data
81            data = []
82            error = []
83            if fversion==1.0:
84                data_str = datafile.readline()
85                data = data_str.split(' ')
86            else:
87                read_on = True
88                while read_on:
89                    data_str = datafile.readline()
90                    if len(data_str)==0:
91                        read_on = False
92                    else:
93                        toks = data_str.split()
94                        try:
95                            val = float(toks[0])
96                            err = float(toks[1])
97                            data.append(val)
98                            error.append(err)
99                        except:
100                            logging.info("Skipping line:%s,%s" %( data_str,sys.exc_value))
101                            #print "Skipping line:%s" % data_str
102                            #print sys.exc_value
103           
104            # Initialize
105            x_vals = []
106            y_vals = [] 
107            ymin = None
108            ymax = None
109            xmin = None
110            xmax = None
111            Z = None
112       
113           
114            x = numpy.zeros(size_x)
115            y = numpy.zeros(size_y)
116            X, Y = pylab.meshgrid(x, y)
117            Z = copy.deepcopy(X)
118            E = copy.deepcopy(X)
119            itot = 0
120            i_x = 0
121            i_y = 0
122           
123            # Qx and Qy vectors
124            for i_x in range(size_x):
125                theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0
126                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
127                x_vals.append(qx)
128                if xmin==None or qx<xmin:
129                    xmin = qx
130                if xmax==None or qx>xmax:
131                    xmax = qx
132           
133            ymin = None
134            ymax = None
135            for i_y in range(size_y):
136                theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0
137                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
138                y_vals.append(qy)
139                if ymin==None or qy<ymin:
140                    ymin = qy
141                if ymax==None or qy>ymax:
142                    ymax = qy
143           
144            for i_pt in range(len(data)):
145                val = data[i_pt]
146                try:
147                    value = float(val)
148                except:
149                    continue
150               
151                # Get bin number
152                if math.fmod(itot, size_x)==0:
153                    i_x = 0
154                    i_y += 1
155                else:
156                    i_x += 1
157                   
158                Z[size_y-1-i_y][i_x] = value
159                if fversion>1.0:
160                    E[size_y-1-i_y][i_x] = error[i_pt]
161               
162                itot += 1
163            from readInfo import ReaderInfo   
164            output = ReaderInfo()
165            output.wavelength = wavelength
166            output.xbins      = size_x
167            output.ybins      = size_y
168            output.center_x   = center_x
169            output.center_y   = center_y
170            # Store the distance in [mm]
171            output.distance   = distance*1000.0
172            output.x_vals     = x_vals
173            output.y_vals     = y_vals
174            output.xmin       = xmin
175            output.xmax       = xmax
176            output.ymin       = ymin
177            output.ymax       = ymax
178            output.pixel_size = pixel
179            output.image      = Z
180            output.type       = "2D "
181           
182            if not fversion>=1.0:
183                #output.error  = E
184                raise ValueError,"Danse_reader can't read this file %s"%filename
185            else:
186                logging.info("Danse_reader Reading %s \n"%filename)
187                return output
188       
189        return None
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.