source: sasview/DataLoader/readers/cansas_reader.py @ 14d05ba

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 14d05ba was e390933, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 16 years ago

Added unit conversion tests for data loader.
  • Property mode set to 100644
File size: 32.5 KB
Line 
1"""
2This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4project funded by the US National Science Foundation.
5
6See the license text in license.txt
7
8copyright 2008, University of Tennessee
9"""
10# Known issue: reader not compatible with multiple SASdata entries
11# within a single SASentry. Will raise a runtime error.
12
13#TODO: check that all vectors are written only if they have at least one non-empty value
14#TODO: Writing only allows one SASentry per file. Would be best to allow multiple entries.
15#TODO: Store error list
16#TODO: Allow for additional meta data for each section
17#TODO: Notes need to be implemented. They can be any XML structure in version 1.0
18#      Process notes have the same problem.
19#TODO: Unit conversion is not complete (temperature units are missing)
20
21
22import logging
23import numpy
24import os, sys
25from DataLoader.data_info import Data1D, Collimation, Detector, Process, Aperture
26from xml import xpath
27import xml.dom.minidom 
28
29
30has_converter = True
31try:
32    from data_util.nxsunit import Converter
33except:
34    has_converter = False
35
36def write_node(doc, parent, name, value, attr={}):
37    """
38        @param doc: document DOM
39        @param parent: parent node
40        @param name: tag of the element
41        @param value: value of the child text node
42        @param attr: attribute dictionary
43        @return: True if something was appended, otherwise False
44    """
45    if value is not None:
46        node = doc.createElement(name)
47        node.appendChild(doc.createTextNode(str(value)))
48        for item in attr:
49            node.setAttribute(item, attr[item])
50        parent.appendChild(node)
51        return True
52    return False
53
54def get_node_text(node):
55    """
56        Get the text context of a node
57       
58        @param node: node to read from
59        @return: content, attribute list
60    """
61    content = None
62    attr    = {}
63    for item in node.childNodes:
64        if item.nodeName.find('text')>=0 \
65            and len(item.nodeValue.strip())>0:
66            content = item.nodeValue.strip()
67            break
68       
69    if node.hasAttributes():
70        for i in range(node.attributes.length):
71            attr[node.attributes.item(i).nodeName] \
72                = node.attributes.item(i).nodeValue
73
74    return content, attr
75
76def get_content(location, node):
77    """
78        Get the first instance of the content of a xpath location
79       
80        @param location: xpath location
81        @param node: node to start at
82    """
83    value = None
84    attr  = {}
85    nodes = xpath.Evaluate(location, node)
86    if len(nodes)>0:
87        try:
88            # Skip comments and empty lines
89            for item in nodes[0].childNodes:
90                if item.nodeName.find('text')>=0 \
91                    and len(item.nodeValue.strip())>0:
92                    value = item.nodeValue.strip()
93                    break
94               
95            if nodes[0].hasAttributes():
96                for i in range(nodes[0].attributes.length):
97                    attr[nodes[0].attributes.item(i).nodeName] \
98                        = nodes[0].attributes.item(i).nodeValue
99        except:
100            # problem reading the node. Skip it and return that
101            # nothing was found
102            logging.error("cansas_reader.get_content: %s\n  %s" % (location, sys.exc_value))
103       
104    return value, attr
105
106def get_float(location, node):
107    """
108        Get the content of a node as a float
109       
110        @param location: xpath location
111        @param node: node to start at
112    """
113    value = None
114    attr = {}
115    content, attr = get_content(location, node)
116    if content is not None:
117        try:
118            value = float(content)   
119        except:
120            # Could not pass, skip and return None
121            logging.error("cansas_reader.get_float: could not convert '%s' to float" % content)
122       
123    return value, attr
124
125def _store_float(location, node, variable, storage):
126    """
127        Get the content of a xpath location and store
128        the result. Check that the units are compatible
129        with the destination. The value is expected to
130        be a float.
131       
132        The xpath location might or might not exist.
133        If it does not exist, nothing is done
134       
135        @param location: xpath location to fetch
136        @param node: node to read the data from
137        @param variable: name of the data member to store it in [string]
138        @param storage: data object that has the 'variable' data member
139       
140        @raise ValueError: raised when the units are not recognized
141    """
142    value, attr = get_float(location, node)
143    if value is not None:
144        # If the entry has units, check to see that they are
145        # compatible with what we currently have in the data object
146        if attr.has_key('unit'):
147            toks = variable.split('.')
148            exec "local_unit = storage.%s_unit" % toks[0]
149            if attr['unit'].lower()!=local_unit.lower():
150                if has_converter==True:
151                    try:
152                        conv = Converter(attr['unit'])
153                        exec "storage.%s = %g" % (variable, conv(value, units=local_unit))
154                    except:
155                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert %s unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
156                        % (variable, attr['unit'], local_unit, sys.exc_value)
157                else:
158                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized %s unit [%s]; expecting [%s]" \
159                        % (variable, attr['unit'], local_unit)
160            else:
161                exec "storage.%s = value" % variable
162        else:
163            exec "storage.%s = value" % variable
164           
165
166def _store_content(location, node, variable, storage):
167    """
168        Get the content of a xpath location and store
169        the result. The value is treated as a string.
170       
171        The xpath location might or might not exist.
172        If it does not exist, nothing is done
173       
174        @param location: xpath location to fetch
175        @param node: node to read the data from
176        @param variable: name of the data member to store it in [string]
177        @param storage: data object that has the 'variable' data member
178    """
179    value, attr = get_content(location, node)
180    if value is not None:
181        exec "storage.%s = value" % variable
182
183
184class Reader:
185    """
186        Class to load cansas 1D XML files
187       
188        Dependencies:
189            The CanSas reader requires PyXML 0.8.4 or later.
190    """
191    ## CanSAS version
192    version = '1.0'
193    ## File type
194    type = ["CanSAS 1D files (*.xml)|*.xml"]
195    ## List of allowed extensions
196    ext=['.xml', '.XML'] 
197   
198    def read(self, path):
199        """
200            Load data file
201           
202            @param path: file path
203            @return: Data1D object if a single SASentry was found,
204                        or a list of Data1D objects if multiple entries were found,
205                        or None of nothing was found
206            @raise RuntimeError: when the file can't be opened
207            @raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
208        """
209        from xml.dom.minidom import parse
210       
211        output = []
212       
213        if os.path.isfile(path):
214            basename  = os.path.basename(path)
215            root, extension = os.path.splitext(basename)
216            if extension.lower() in self.ext:
217               
218                dom = parse(path)
219               
220                # Check the format version number
221                nodes = xpath.Evaluate('SASroot', dom)
222                if nodes[0].hasAttributes():
223                    for i in range(nodes[0].attributes.length):
224                        if nodes[0].attributes.item(i).nodeName=='version':
225                            if nodes[0].attributes.item(i).nodeValue != self.version:
226                                raise ValueError, "cansas_reader: unrecognized version number %s" % \
227                                    nodes[0].attributes.item(i).nodeValue
228               
229                entry_list = xpath.Evaluate('SASroot/SASentry', dom)
230                for entry in entry_list:
231                    sas_entry = self._parse_entry(entry)
232                    sas_entry.filename = basename
233                    output.append(sas_entry)
234               
235        else:
236            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
237       
238        # Return output consistent with the loader's api
239        if len(output)==0:
240            return None
241        elif len(output)==1:
242            return output[0]
243        else:
244            return output               
245               
246    def _parse_entry(self, dom):
247        """
248            Parse a SASentry
249           
250            @param node: SASentry node
251            @return: Data1D object
252        """
253        x = numpy.zeros(0)
254        y = numpy.zeros(0)
255       
256        data_info = Data1D(x, y)
257       
258        # Look up title
259        _store_content('Title', dom, 'title', data_info)
260        # Look up run number   
261        nodes = xpath.Evaluate('Run', dom)
262        for item in nodes:   
263            value, attr = get_node_text(item)
264            if value is not None:
265                data_info.run.append(value)
266                if attr.has_key('name'):
267                    data_info.run_name[value] = attr['name']         
268                           
269        # Look up instrument name             
270        _store_content('SASinstrument/name', dom, 'instrument', data_info)
271        #value, attr = get_content('SASinstrument', dom)
272        #if attr.has_key('name'):
273        #    data_info.instrument = attr['name']
274
275        note_list = xpath.Evaluate('SASnote', dom)
276        for note in note_list:
277            try:
278                note_value, note_attr = get_node_text(note)
279                if note_value is not None:
280                    data_info.notes.append(note_value)
281            except:
282                logging.error("cansas_reader.read: error processing entry notes\n  %s" % sys.exc_value)
283
284       
285        # Sample info ###################
286        value, attr = get_content('SASsample', dom)
287        if attr.has_key('name'):
288            data_info.sample.name = attr['name']
289           
290        _store_content('SASsample/ID', 
291                     dom, 'ID', data_info.sample)                   
292        _store_float('SASsample/thickness', 
293                     dom, 'thickness', data_info.sample)
294        _store_float('SASsample/transmission', 
295                     dom, 'transmission', data_info.sample)
296        _store_float('SASsample/temperature', 
297                     dom, 'temperature', data_info.sample)
298        nodes = xpath.Evaluate('SASsample/details', dom)
299        for item in nodes:
300            try:
301                detail_value, detail_attr = get_node_text(item)
302                if detail_value is not None:
303                    data_info.sample.details.append(detail_value)
304            except:
305                logging.error("cansas_reader.read: error processing sample details\n  %s" % sys.exc_value)
306       
307        # Position (as a vector)
308        _store_float('SASsample/position/x', 
309                     dom, 'position.x', data_info.sample)         
310        _store_float('SASsample/position/y', 
311                     dom, 'position.y', data_info.sample)         
312        _store_float('SASsample/position/z', 
313                     dom, 'position.z', data_info.sample)         
314       
315        # Orientation (as a vector)
316        _store_float('SASsample/orientation/roll', 
317                     dom, 'orientation.x', data_info.sample)         
318        _store_float('SASsample/orientation/pitch', 
319                     dom, 'orientation.y', data_info.sample)         
320        _store_float('SASsample/orientation/yaw', 
321                     dom, 'orientation.z', data_info.sample)         
322       
323        # Source info ###################
324        value, attr = get_content('SASinstrument/SASsource', dom)
325        if attr.has_key('name'):
326            data_info.source.name = attr['name']
327       
328        _store_content('SASinstrument/SASsource/radiation', 
329                     dom, 'radiation', data_info.source)                   
330        _store_content('SASinstrument/SASsource/beam_shape', 
331                     dom, 'beam_shape', data_info.source)                   
332        _store_float('SASinstrument/SASsource/wavelength', 
333                     dom, 'wavelength', data_info.source)         
334        _store_float('SASinstrument/SASsource/wavelength_min', 
335                     dom, 'wavelength_min', data_info.source)         
336        _store_float('SASinstrument/SASsource/wavelength_max', 
337                     dom, 'wavelength_max', data_info.source)         
338        _store_float('SASinstrument/SASsource/wavelength_spread', 
339                     dom, 'wavelength_spread', data_info.source)   
340       
341        # Beam size (as a vector)   
342        value, attr = get_content('SASinstrument/SASsource/beam_size', dom)
343        if attr.has_key('name'):
344            data_info.source.beam_size_name = attr['name']
345           
346        _store_float('SASinstrument/SASsource/beam_size/x', 
347                     dom, 'beam_size.x', data_info.source)   
348        _store_float('SASinstrument/SASsource/beam_size/y', 
349                     dom, 'beam_size.y', data_info.source)   
350        _store_float('SASinstrument/SASsource/beam_size/z', 
351                     dom, 'beam_size.z', data_info.source)   
352       
353        # Collimation info ###################
354        nodes = xpath.Evaluate('SASinstrument/SAScollimation', dom)
355        for item in nodes:
356            collim = Collimation()
357            value, attr = get_node_text(item)
358            if attr.has_key('name'):
359                collim.name = attr['name']
360            _store_float('length', item, 'length', collim) 
361           
362            # Look for apertures
363            apert_list = xpath.Evaluate('aperture', item)
364            for apert in apert_list:
365                aperture =  Aperture()
366               
367                # Get the name and type of the aperture
368                ap_value, ap_attr = get_node_text(apert)
369                if ap_attr.has_key('name'):
370                    aperture.name = ap_attr['name']
371                if ap_attr.has_key('type'):
372                    aperture.type = ap_attr['type']
373                   
374                _store_float('distance', apert, 'distance', aperture)   
375               
376                value, attr = get_content('size', apert)
377                if attr.has_key('name'):
378                    aperture.size_name = attr['name']
379               
380                _store_float('size/x', apert, 'size.x', aperture)   
381                _store_float('size/y', apert, 'size.y', aperture)   
382                _store_float('size/z', apert, 'size.z', aperture)
383               
384                collim.aperture.append(aperture)
385               
386            data_info.collimation.append(collim)
387       
388        # Detector info ######################
389        nodes = xpath.Evaluate('SASinstrument/SASdetector', dom)
390        for item in nodes:
391           
392            detector = Detector()
393           
394            _store_content('name', item, 'name', detector)
395            _store_float('SDD', item, 'distance', detector)   
396           
397            # Detector offset (as a vector)
398            _store_float('offset/x', item, 'offset.x', detector)   
399            _store_float('offset/y', item, 'offset.y', detector)   
400            _store_float('offset/z', item, 'offset.z', detector)   
401           
402            # Detector orientation (as a vector)
403            _store_float('orientation/roll',  item, 'orientation.x', detector)   
404            _store_float('orientation/pitch', item, 'orientation.y', detector)   
405            _store_float('orientation/yaw',   item, 'orientation.z', detector)   
406           
407            # Beam center (as a vector)
408            _store_float('beam_center/x', item, 'beam_center.x', detector)   
409            _store_float('beam_center/y', item, 'beam_center.y', detector)   
410            _store_float('beam_center/z', item, 'beam_center.z', detector)   
411           
412            # Pixel size (as a vector)
413            _store_float('pixel_size/x', item, 'pixel_size.x', detector)   
414            _store_float('pixel_size/y', item, 'pixel_size.y', detector)   
415            _store_float('pixel_size/z', item, 'pixel_size.z', detector)   
416           
417            _store_float('slit_length', item, 'slit_length', detector)
418           
419            data_info.detector.append(detector)   
420
421        # Processes info ######################
422        nodes = xpath.Evaluate('SASprocess', dom)
423        for item in nodes:
424            process = Process()
425            _store_content('name', item, 'name', process)
426            _store_content('date', item, 'date', process)
427            _store_content('description', item, 'description', process)
428           
429            term_list = xpath.Evaluate('term', item)
430            for term in term_list:
431                try:
432                    term_value, term_attr = get_node_text(term)
433                    term_attr['value'] = term_value
434                    if term_value is not None:
435                        process.term.append(term_attr)
436                except:
437                    logging.error("cansas_reader.read: error processing process term\n  %s" % sys.exc_value)
438           
439            note_list = xpath.Evaluate('SASprocessnote', item)
440            for note in note_list:
441                try:
442                    note_value, note_attr = get_node_text(note)
443                    if note_value is not None:
444                        process.notes.append(note_value)
445                except:
446                    logging.error("cansas_reader.read: error processing process notes\n  %s" % sys.exc_value)
447           
448           
449            data_info.process.append(process)
450           
451           
452        # Data info ######################
453        nodes = xpath.Evaluate('SASdata', dom)
454        if len(nodes)>1:
455            raise RuntimeError, "CanSAS reader is not compatible with multiple SASdata entries"
456       
457        nodes = xpath.Evaluate('SASdata/Idata', dom)
458        x  = numpy.zeros(0)
459        y  = numpy.zeros(0)
460        dx = numpy.zeros(0)
461        dy = numpy.zeros(0)
462       
463        for item in nodes:
464            _x, attr = get_float('Q', item)
465            _dx, attr_d = get_float('Qdev', item)
466            if _dx == None:
467                _dx = 0.0
468               
469            if attr.has_key('unit') and attr['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower():
470                if has_converter==True:
471                    try:
472                        data_conv_q = Converter(attr['unit'])
473                        _x = data_conv_q(_x, units=data_info.x_unit)
474                    except:
475                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert Q unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
476                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value)
477                else:
478                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized Q unit [%s]; expecting [%s]" \
479                        % (attr['unit'], data_info.x_unit)
480            if attr_d.has_key('unit') and attr_d['unit'].lower() != data_info.x_unit.lower():
481                if has_converter==True:
482                    try:
483                        data_conv_q = Converter(attr_d['unit'])
484                        _dx = data_conv_q(_dx, units=data_info.x_unit)
485                    except:
486                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dQ unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
487                        % (attr['unit'], data_info.x_unit, sys.exc_value)
488                else:
489                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dQ unit [%s]; expecting [%s]" \
490                        % (attr['unit'], data_info.x_unit)
491                   
492            _y, attr = get_float('I', item)
493            _dy, attr_d = get_float('Idev', item)
494            if _dy == None:
495                _dy = 0.0
496            if attr.has_key('unit') and attr['unit'].lower() != data_info.y_unit.lower():
497                if has_converter==True:
498                    try:
499                        data_conv_i = Converter(attr['unit'])
500                        _y = data_conv_i(_y, units=data_info.y_unit)
501                    except:
502                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert I(q) unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
503                        % (attr['unit'], data_info.y_unit, sys.exc_value)
504                else:
505                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized I(q) unit [%s]; expecting [%s]" \
506                        % (attr['unit'], data_info.y_unit)
507            if attr_d.has_key('unit') and attr_d['unit'].lower() != data_info.y_unit.lower():
508                if has_converter==True:
509                    try:
510                        data_conv_i = Converter(attr_d['unit'])
511                        _dy = data_conv_i(_dy, units=data_info.y_unit)
512                    except:
513                        raise ValueError, "CanSAS reader: could not convert dI(q) unit [%s]; expecting [%s]\n  %s" \
514                        % (attr_d['unit'], data_info.y_unit, sys.exc_value)
515                else:
516                    raise ValueError, "CanSAS reader: unrecognized dI(q) unit [%s]; expecting [%s]" \
517                        % (attr_d['unit'], data_info.y_unit)
518               
519            if _x is not None and _y is not None:
520                x  = numpy.append(x, _x)
521                y  = numpy.append(y, _y)
522                dx = numpy.append(dx, _dx)
523                dy = numpy.append(dy, _dy)
524           
525        data_info.x = x
526        data_info.y = y
527        data_info.dx = dx
528        data_info.dy = dy
529       
530        data_conv_q = None
531        data_conv_i = None
532       
533        if has_converter == True and data_info.x_unit != '1/A':
534            data_conv_q = Converter('1/A')
535            # Test it
536            data_conv_q(1.0, output.Q_unit)
537           
538        if has_converter == True and data_info.y_unit != '1/cm':
539            data_conv_i = Converter('1/cm')
540            # Test it
541            data_conv_i(1.0, output.I_unit)                   
542               
543        if data_conv_q is not None:
544            data_info.xaxis("\\rm{Q}", data_info.x_unit)
545        else:
546            data_info.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
547        if data_conv_i is not None:
548            data_info.yaxis("\\{I(Q)}", data_info.y_unit)
549        else:
550            data_info.yaxis("\\rm{I(Q)}","cm^{-1}")
551       
552        return data_info
553
554    def write(self, filename, datainfo):
555        """
556            Write the content of a Data1D as a CanSAS XML file
557           
558            @param filename: name of the file to write
559            @param datainfo: Data1D object
560        """
561       
562        if not datainfo.__class__ == Data1D: 
563            raise RuntimeError, "The cansas writer expects a Data1D instance"
564       
565        doc = xml.dom.minidom.Document()
566        main_node = doc.createElement("SASroot")
567        main_node.setAttribute("version", "1.0")
568        doc.appendChild(main_node)
569       
570        entry_node = doc.createElement("SASentry")
571        main_node.appendChild(entry_node)
572       
573        write_node(doc, entry_node, "Title", datainfo.title)
574       
575        for item in datainfo.run:
576            runname = {}
577            if datainfo.run_name.has_key(item) and len(str(datainfo.run_name[item]))>1:
578                runname = {'name': datainfo.run_name[item] }
579            write_node(doc, entry_node, "Run", item, runname)
580       
581        # Data info
582        node = doc.createElement("SASdata")
583        entry_node.appendChild(node)
584       
585        for i in range(len(datainfo.x)):
586            pt = doc.createElement("Idata")
587            node.appendChild(pt)
588            write_node(doc, pt, "Q", datainfo.x[i], {'unit':datainfo.x_unit})
589            if len(datainfo.y)>=i:
590                write_node(doc, pt, "I", datainfo.y[i], {'unit':datainfo.y_unit})
591            if len(datainfo.dx)>=i:
592                write_node(doc, pt, "Qdev", datainfo.dx[i], {'unit':datainfo.x_unit})
593            if len(datainfo.dy)>=i:
594                write_node(doc, pt, "Idev", datainfo.dy[i], {'unit':datainfo.y_unit})
595
596       
597        # Sample info
598        sample = doc.createElement("SASsample")
599        if datainfo.sample.name is not None:
600            sample.setAttribute("name", str(datainfo.sample.name))
601        entry_node.appendChild(sample)
602        write_node(doc, sample, "ID", str(datainfo.sample.ID))
603        write_node(doc, sample, "thickness", datainfo.sample.thickness, {"unit":datainfo.sample.thickness_unit})
604        write_node(doc, sample, "transmission", datainfo.sample.transmission)
605        write_node(doc, sample, "temperature", datainfo.sample.temperature, {"unit":datainfo.sample.temperature_unit})
606       
607        for item in datainfo.sample.details:
608            write_node(doc, sample, "details", item)
609       
610        pos = doc.createElement("position")
611        written = write_node(doc, pos, "x", datainfo.sample.position.x, {"unit":datainfo.sample.position_unit})
612        written = written | write_node(doc, pos, "y", datainfo.sample.position.y, {"unit":datainfo.sample.position_unit})
613        written = written | write_node(doc, pos, "z", datainfo.sample.position.z, {"unit":datainfo.sample.position_unit})
614        if written == True:
615            sample.appendChild(pos)
616       
617        ori = doc.createElement("orientation")
618        written = write_node(doc, ori, "roll",  datainfo.sample.orientation.x, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit})
619        written = written | write_node(doc, ori, "pitch", datainfo.sample.orientation.y, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit})
620        written = written | write_node(doc, ori, "yaw",   datainfo.sample.orientation.z, {"unit":datainfo.sample.orientation_unit})
621        if written == True:
622            sample.appendChild(ori)
623       
624        # Instrument info
625        instr = doc.createElement("SASinstrument")
626        entry_node.appendChild(instr)
627       
628        write_node(doc, instr, "name", datainfo.instrument)
629       
630        #   Source
631        source = doc.createElement("SASsource")
632        if datainfo.source.name is not None:
633            source.setAttribute("name", str(datainfo.source.name))
634        instr.appendChild(source)
635       
636        write_node(doc, source, "radiation", datainfo.source.radiation)
637        write_node(doc, source, "beam_shape", datainfo.source.beam_shape)
638        size = doc.createElement("beam_size")
639        if datainfo.source.beam_size_name is not None:
640            size.setAttribute("name", str(datainfo.source.beam_size_name))
641        written = write_node(doc, size, "x", datainfo.source.beam_size.x, {"unit":datainfo.source.beam_size_unit})
642        written = written | write_node(doc, size, "y", datainfo.source.beam_size.y, {"unit":datainfo.source.beam_size_unit})
643        written = written | write_node(doc, size, "z", datainfo.source.beam_size.z, {"unit":datainfo.source.beam_size_unit})
644        if written == True:
645            source.appendChild(size)
646           
647        write_node(doc, source, "wavelength", datainfo.source.wavelength, {"unit":datainfo.source.wavelength_unit})
648        write_node(doc, source, "wavelength_min", datainfo.source.wavelength_min, {"unit":datainfo.source.wavelength_min_unit})
649        write_node(doc, source, "wavelength_max", datainfo.source.wavelength_max, {"unit":datainfo.source.wavelength_max_unit})
650        write_node(doc, source, "wavelength_spread", datainfo.source.wavelength_spread, {"unit":datainfo.source.wavelength_spread_unit})
651       
652        #   Collimation
653        for item in datainfo.collimation:
654            coll = doc.createElement("SAScollimation")
655            if item.name is not None:
656                coll.setAttribute("name", str(item.name))
657            instr.appendChild(coll)
658           
659            write_node(doc, coll, "length", item.length, {"unit":item.length_unit})
660           
661            for apert in item.aperture:
662                ap = doc.createElement("aperture")
663                if apert.name is not None:
664                    ap.setAttribute("name", str(apert.name))
665                if apert.type is not None:
666                    ap.setAttribute("type", str(apert.type))
667                coll.appendChild(ap)
668               
669                write_node(doc, ap, "distance", apert.distance, {"unit":apert.distance_unit})
670               
671                size = doc.createElement("size")
672                if apert.size_name is not None:
673                    size.setAttribute("name", str(apert.size_name))
674                written = write_node(doc, size, "x", apert.size.x, {"unit":apert.size_unit})
675                written = written | write_node(doc, size, "y", apert.size.y, {"unit":apert.size_unit})
676                written = written | write_node(doc, size, "z", apert.size.z, {"unit":apert.size_unit})
677                if written == True:
678                    ap.appendChild(size)
679
680        #   Detectors
681        for item in datainfo.detector:
682            det = doc.createElement("SASdetector")
683            written = write_node(doc, det, "name", item.name)
684            written = written | write_node(doc, det, "SDD", item.distance, {"unit":item.distance_unit})
685            written = written | write_node(doc, det, "slit_length", item.slit_length, {"unit":item.slit_length_unit})
686            if written == True:
687                instr.appendChild(det)
688           
689            off = doc.createElement("offset")
690            written = write_node(doc, off, "x", item.offset.x, {"unit":item.offset_unit})
691            written = written | write_node(doc, off, "y", item.offset.y, {"unit":item.offset_unit})
692            written = written | write_node(doc, off, "z", item.offset.z, {"unit":item.offset_unit})
693            if written == True:
694                det.appendChild(off)
695           
696            center = doc.createElement("beam_center")
697            written = write_node(doc, center, "x", item.beam_center.x, {"unit":item.beam_center_unit})
698            written = written | write_node(doc, center, "y", item.beam_center.y, {"unit":item.beam_center_unit})
699            written = written | write_node(doc, center, "z", item.beam_center.z, {"unit":item.beam_center_unit})
700            if written == True:
701                det.appendChild(center)
702               
703            pix = doc.createElement("pixel_size")
704            written = write_node(doc, pix, "x", item.pixel_size.x, {"unit":item.pixel_size_unit})
705            written = written | write_node(doc, pix, "y", item.pixel_size.y, {"unit":item.pixel_size_unit})
706            written = written | write_node(doc, pix, "z", item.pixel_size.z, {"unit":item.pixel_size_unit})
707            if written == True:
708                det.appendChild(pix)
709               
710            ori = doc.createElement("orientation")
711            written = write_node(doc, ori, "roll",  item.orientation.x, {"unit":item.orientation_unit})
712            written = written | write_node(doc, ori, "pitch", item.orientation.y, {"unit":item.orientation_unit})
713            written = written | write_node(doc, ori, "yaw",   item.orientation.z, {"unit":item.orientation_unit})
714            if written == True:
715                det.appendChild(ori)
716               
717       
718        # Processes info
719        for item in datainfo.process:
720            node = doc.createElement("SASprocess")
721            entry_node.appendChild(node)
722
723            write_node(doc, node, "name", item.name)
724            write_node(doc, node, "date", item.date)
725            write_node(doc, node, "description", item.description)
726            for term in item.term:
727                value = term['value']
728                del term['value']
729                write_node(doc, node, "term", value, term)
730            for note in item.notes:
731                write_node(doc, node, "SASprocessnote", note)
732           
733       
734        # Write the file
735        fd = open(filename, 'w')
736        fd.write(doc.toprettyxml())
737        fd.close()
738       
739       
740if __name__ == "__main__": 
741    logging.basicConfig(level=logging.ERROR,
742                        format='%(asctime)s %(levelname)s %(message)s',
743                        filename='cansas_reader.log',
744                        filemode='w')
745    reader = Reader()
746    print reader.read("../test/cansas1d.xml")
747   
748   
749                       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.