source: sasview/DataLoader/readers/ascii_reader.py @ fee780b

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since fee780b was daa56d0, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 16 years ago

Mostly completed DataLoader?. Reimplemented using REFL registry as base class. Added writing capability and dynamic loading of readers (need zip file support for future py2exe use). All tests pass.

  • Property mode set to 100644
File size: 5.6 KB
Line 
1"""
2This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4project funded by the US National Science Foundation.
5
6See the license text in license.txt
7
8copyright 2008, University of Tennessee
9"""
10
11import numpy
12import os
13from DataLoader.data_info import Data1D
14
15# Check whether we have a converter available
16has_converter = True
17try:
18    from data_util.nxsunit import Converter
19except:
20    has_converter = False
21
22class Reader:
23    """
24        Class to load ascii files (2 or 3 columns)
25    """
26    ## File type
27    type = ["ASCII files (*.txt)|*.txt",
28            "ASCII files (*.dat)|*.dat"]
29    ## List of allowed extensions
30    ext=['.txt', '.TXT', '.dat', '.DAT'] 
31   
32    def read(self, path):
33        """
34            Load data file
35           
36            @param path: file path
37            @return: Data1D object, or None
38            @raise RuntimeError: when the file can't be opened
39            @raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
40        """
41        if os.path.isfile(path):
42            basename  = os.path.basename(path)
43            root, extension = os.path.splitext(basename)
44            if extension.lower() in self.ext:
45                try:
46                    input_f =  open(path,'r')
47                except :
48                    raise  RuntimeError, "ascii_reader: cannot open %s" % path
49                buff = input_f.read()
50                lines = buff.split('\n')
51                x  = numpy.zeros(0)
52                y  = numpy.zeros(0)
53                dy = numpy.zeros(0)
54                output = Data1D(x, y, dy=dy)
55                self.filename = output.filename = basename
56           
57                data_conv_q = None
58                data_conv_i = None
59               
60                if has_converter == True and output.x_unit != '1/A':
61                    data_conv_q = Converter('1/A')
62                    # Test it
63                    data_conv_q(1.0, output.x_unit)
64                   
65                if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm':
66                    data_conv_i = Converter('1/cm')
67                    # Test it
68                    data_conv_i(1.0, output.y_unit)
69           
70               
71                # The first good line of data will define whether
72                # we have 2-column or 3-column ascii
73                has_error = None
74               
75                for line in lines:
76                    toks = line.split()
77                    try:
78                        _x = float(toks[0])
79                        _y = float(toks[1])
80                       
81                        if data_conv_q is not None:
82                            _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit)
83                           
84                        if data_conv_i is not None:
85                            _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit)                       
86                       
87                        # If we have an extra token, check
88                        # whether it can be interpreted as a
89                        # third column.
90                        _dy = None
91                        if len(toks)>2:
92                            try:
93                                _dy = float(toks[2])
94                               
95                                if data_conv_i is not None:
96                                    _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit)
97                               
98                            except:
99                                # The third column is not a float, skip it.
100                                pass
101                           
102                        # If we haven't set the 3rd column
103                        # flag, set it now.
104                        if has_error == None:
105                            has_error = False if _dy == None else True
106
107                        x  = numpy.append(x,   _x) 
108                        y  = numpy.append(y,   _y)
109                        if has_error == True:
110                            dy = numpy.append(dy, _dy)
111                       
112                    except:
113                        # Couldn't parse this line, skip it
114                        pass
115                         
116                     
117                # Sanity check
118                if has_error == True and not len(y) == len(dy):
119                    raise RuntimeError, "ascii_reader: y and dy have different length"
120
121                # If the data length is zero, consider this as
122                # though we were not able to read the file.
123                if len(x)==0:
124                    raise RuntimeError, "ascii_reader: could not load file"
125               
126                output.x = x
127                output.y = y
128                output.dy = dy if has_error == True else None
129                if data_conv_q is not None:
130                    output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit)
131                else:
132                    output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
133                if data_conv_i is not None:
134                    output.yaxis("\\{I(Q)}", output.y_unit)
135                else:
136                    output.yaxis("\\rm{I(Q)}","cm^{-1}")
137               
138                return output
139        else:
140            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
141        return None
142   
143if __name__ == "__main__": 
144    reader = Reader()
145    #print reader.read("../test/test_3_columns.txt")
146    print reader.read("../test/empty.txt")
147   
148   
149                       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.