source: sasview/DataLoader/readers/abs_reader.py @ 0f5fe6b

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 0f5fe6b was 0e2aa40, checked in by Jae Cho <jhjcho@…>, 15 years ago

Made the letter of units in plots consistent for all
  • Property mode set to 100644
File size: 10.0 KB
Line 
1"""
2This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4project funded by the US National Science Foundation.
5
6See the license text in license.txt
7
8copyright 2008, University of Tennessee
9"""
10
11import numpy
12import os
13from DataLoader.data_info import Data1D, Detector
14
15has_converter = True
16try:
17    from data_util.nxsunit import Converter
18except:
19    has_converter = False
20   
21class Reader:
22    """
23        Class to load IGOR reduced .ABS files
24    """
25    ## File type
26    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"]
27    ## List of allowed extensions
28    ext=['.abs', '.ABS'] 
29   
30    def read(self, path):
31        """
32            Load data file
33           
34            @param path: file path
35            @return: Data1D object, or None
36            @raise RuntimeError: when the file can't be opened
37            @raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
38        """
39        if os.path.isfile(path):
40            basename  = os.path.basename(path)
41            root, extension = os.path.splitext(basename)
42            if extension.lower() in self.ext:
43                try:
44                    input_f =  open(path,'r')
45                except :
46                    raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
47                buff = input_f.read()
48                lines = buff.split('\n')
49                x  = numpy.zeros(0)
50                y  = numpy.zeros(0)
51                dy = numpy.zeros(0)
52                dx = numpy.zeros(0)
53                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx)
54                detector = Detector()
55                output.detector.append(detector)
56                output.filename = basename
57               
58                is_info = False
59                is_center = False
60                is_data_started = False
61               
62                data_conv_q = None
63                data_conv_i = None
64               
65                if has_converter == True and output.x_unit != '1/A':
66                    data_conv_q = Converter('1/A')
67                    # Test it
68                    data_conv_q(1.0, output.x_unit)
69                   
70                if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm':
71                    data_conv_i = Converter('1/cm')
72                    # Test it
73                    data_conv_i(1.0, output.y_unit)
74               
75                for line in lines:
76                   
77                    # Information line 1
78                    if is_info==True:
79                        is_info = False
80                        line_toks = line.split()
81                       
82                        # Wavelength in Angstrom
83                        try:
84                            value = float(line_toks[1])
85                            if has_converter==True and output.source.wavelength_unit != 'A':
86                                conv = Converter('A')
87                                output.source.wavelength = conv(value, units=output.source.wavelength_unit)
88                            else:
89                                output.source.wavelength = value
90                        except:
91                            #goes to ASC reader
92                            raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
93                            #raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing wavelength"
94                       
95                        # Distance in meters
96                        try:
97                            value = float(line_toks[3])
98                            if has_converter==True and detector.distance_unit != 'm':
99                                conv = Converter('m')
100                                detector.distance = conv(value, units=detector.distance_unit)
101                            else:
102                                detector.distance = value
103                        except:
104                            #goes to ASC reader
105                            raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
106                       
107                        # Transmission
108                        try:
109                            output.sample.transmission = float(line_toks[4])
110                        except:
111                            # Transmission is not a mandatory entry
112                            pass
113                   
114                        # Thickness in mm
115                        try:
116                            value = float(line_toks[5])
117                            if has_converter==True and output.sample.thickness_unit != 'cm':
118                                conv = Converter('cm')
119                                output.sample.thickness = conv(value, units=output.sample.thickness_unit)
120                            else:
121                                output.sample.thickness = value
122                        except:
123                            # Thickness is not a mandatory entry
124                            pass
125                   
126                    #MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK   AVE   STEP
127                    if line.count("LAMBDA")>0:
128                        is_info = True
129                       
130                    # Find center info line
131                    if is_center==True:
132                        is_center = False               
133                        line_toks = line.split()
134                        # Center in bin number
135                        center_x = float(line_toks[0])
136                        center_y = float(line_toks[1])
137                       
138                        # Bin size
139                        if has_converter==True and detector.pixel_size_unit != 'mm':
140                            conv = Converter('mm')
141                            detector.pixel_size.x = conv(5.0, units=detector.pixel_size_unit)
142                            detector.pixel_size.y = conv(5.0, units=detector.pixel_size_unit)
143                        else:
144                            detector.pixel_size.x = 5.0
145                            detector.pixel_size.y = 5.0
146                       
147                        # Store beam center in distance units
148                        # Det 640 x 640 mm
149                        if has_converter==True and detector.beam_center_unit != 'mm':
150                            conv = Converter('mm')
151                            detector.beam_center.x = conv(center_x*5.0, units=detector.beam_center_unit)
152                            detector.beam_center.y = conv(center_y*5.0, units=detector.beam_center_unit)
153                        else:
154                            detector.beam_center.x = center_x*5.0
155                            detector.beam_center.y = center_y*5.0
156                       
157                        # Detector type
158                        try:
159                            detector.name = line_toks[7]
160                        except:
161                            # Detector name is not a mandatory entry
162                            pass
163                   
164                    #BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L   BSTOP(mm)   DET_TYP
165                    if line.count("BCENT")>0:
166                        is_center = True
167                       
168                    # Parse the data
169                    if is_data_started==True:
170                        toks = line.split()
171
172                        try: 
173                            _x  = float(toks[0])
174                            _y  = float(toks[1]) 
175                            _dy = float(toks[2])
176                            _dx = float(toks[3])
177                           
178                            if data_conv_q is not None:
179                                _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit)
180                                _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit)
181                               
182                            if data_conv_i is not None:
183                                _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit)
184                                _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit)
185                           
186                            x  = numpy.append(x,   _x) 
187                            y  = numpy.append(y,   _y)
188                            dy = numpy.append(dy, _dy)
189                            dx  = numpy.append(dx, _dx)
190                           
191                        except:
192                            # Could not read this data line. If we are here
193                            # it is because we are in the data section. Just
194                            # skip it.
195                            pass
196                           
197                    #The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor|
198                    if line.count("The 6 columns")>0:
199                        is_data_started = True
200           
201                # Sanity check
202                if not len(y) == len(dy):
203                    raise ValueError, "abs_reader: y and dy have different length"
204
205                # If the data length is zero, consider this as
206                # though we were not able to read the file.
207                if len(x)==0:
208                    raise ValueError, "ascii_reader: could not load file"
209               
210                output.x = x
211                output.y = y
212                output.dy = dy
213                output.dx = dx
214                if data_conv_q is not None:
215                    output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit)
216                else:
217                    output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
218                if data_conv_i is not None:
219                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit)
220                else:
221                    output.yaxis("\\rm{Intensity}","cm^{-1}")
222                return output
223        else:
224            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
225        return None
226   
227if __name__ == "__main__": 
228    reader = Reader()
229    print reader.read("../test/jan08002.ABS")
230   
231   
232           
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.