source: sasview/DataLoader/readers/abs_reader.py @ f72333f

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since f72333f was fe78c7b, checked in by Mathieu Doucet <doucetm@…>, 15 years ago

DataLoader?: exception no longer raised when units are wrong for an entry; the entry is not loaded and an error is logged instead. Loader info is now stored.
  • Property mode set to 100644
File size: 10.2 KB
Line 
1"""
2This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4project funded by the US National Science Foundation.
5
6See the license text in license.txt
7
8copyright 2008, University of Tennessee
9"""
10
11import numpy
12import os
13from DataLoader.data_info import Data1D, Detector
14
15has_converter = True
16try:
17    from data_util.nxsunit import Converter
18except:
19    has_converter = False
20   
21class Reader:
22    """
23        Class to load IGOR reduced .ABS files
24    """
25    ## File type
26    type_name = "IGOR 1D"   
27    ## Wildcards
28    type = ["IGOR 1D files (*.abs)|*.abs"]
29    ## List of allowed extensions
30    ext=['.abs', '.ABS'] 
31   
32    def read(self, path):
33        """
34            Load data file
35           
36            @param path: file path
37            @return: Data1D object, or None
38            @raise RuntimeError: when the file can't be opened
39            @raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent
40        """
41        if os.path.isfile(path):
42            basename  = os.path.basename(path)
43            root, extension = os.path.splitext(basename)
44            if extension.lower() in self.ext:
45                try:
46                    input_f =  open(path,'r')
47                except :
48                    raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
49                buff = input_f.read()
50                lines = buff.split('\n')
51                x  = numpy.zeros(0)
52                y  = numpy.zeros(0)
53                dy = numpy.zeros(0)
54                dx = numpy.zeros(0)
55                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx)
56                detector = Detector()
57                output.detector.append(detector)
58                output.filename = basename
59               
60                is_info = False
61                is_center = False
62                is_data_started = False
63               
64                data_conv_q = None
65                data_conv_i = None
66               
67                if has_converter == True and output.x_unit != '1/A':
68                    data_conv_q = Converter('1/A')
69                    # Test it
70                    data_conv_q(1.0, output.x_unit)
71                   
72                if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm':
73                    data_conv_i = Converter('1/cm')
74                    # Test it
75                    data_conv_i(1.0, output.y_unit)
76               
77                for line in lines:
78                   
79                    # Information line 1
80                    if is_info==True:
81                        is_info = False
82                        line_toks = line.split()
83                       
84                        # Wavelength in Angstrom
85                        try:
86                            value = float(line_toks[1])
87                            if has_converter==True and output.source.wavelength_unit != 'A':
88                                conv = Converter('A')
89                                output.source.wavelength = conv(value, units=output.source.wavelength_unit)
90                            else:
91                                output.source.wavelength = value
92                        except:
93                            #goes to ASC reader
94                            raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
95                            #raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing wavelength"
96                       
97                        # Distance in meters
98                        try:
99                            value = float(line_toks[3])
100                            if has_converter==True and detector.distance_unit != 'm':
101                                conv = Converter('m')
102                                detector.distance = conv(value, units=detector.distance_unit)
103                            else:
104                                detector.distance = value
105                        except:
106                            #goes to ASC reader
107                            raise  RuntimeError, "abs_reader: cannot open %s" % path
108                       
109                        # Transmission
110                        try:
111                            output.sample.transmission = float(line_toks[4])
112                        except:
113                            # Transmission is not a mandatory entry
114                            pass
115                   
116                        # Thickness in mm
117                        try:
118                            value = float(line_toks[5])
119                            if has_converter==True and output.sample.thickness_unit != 'cm':
120                                conv = Converter('cm')
121                                output.sample.thickness = conv(value, units=output.sample.thickness_unit)
122                            else:
123                                output.sample.thickness = value
124                        except:
125                            # Thickness is not a mandatory entry
126                            pass
127                   
128                    #MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK   AVE   STEP
129                    if line.count("LAMBDA")>0:
130                        is_info = True
131                       
132                    # Find center info line
133                    if is_center==True:
134                        is_center = False               
135                        line_toks = line.split()
136                        # Center in bin number
137                        center_x = float(line_toks[0])
138                        center_y = float(line_toks[1])
139                       
140                        # Bin size
141                        if has_converter==True and detector.pixel_size_unit != 'mm':
142                            conv = Converter('mm')
143                            detector.pixel_size.x = conv(5.0, units=detector.pixel_size_unit)
144                            detector.pixel_size.y = conv(5.0, units=detector.pixel_size_unit)
145                        else:
146                            detector.pixel_size.x = 5.0
147                            detector.pixel_size.y = 5.0
148                       
149                        # Store beam center in distance units
150                        # Det 640 x 640 mm
151                        if has_converter==True and detector.beam_center_unit != 'mm':
152                            conv = Converter('mm')
153                            detector.beam_center.x = conv(center_x*5.0, units=detector.beam_center_unit)
154                            detector.beam_center.y = conv(center_y*5.0, units=detector.beam_center_unit)
155                        else:
156                            detector.beam_center.x = center_x*5.0
157                            detector.beam_center.y = center_y*5.0
158                       
159                        # Detector type
160                        try:
161                            detector.name = line_toks[7]
162                        except:
163                            # Detector name is not a mandatory entry
164                            pass
165                   
166                    #BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L   BSTOP(mm)   DET_TYP
167                    if line.count("BCENT")>0:
168                        is_center = True
169                       
170                    # Parse the data
171                    if is_data_started==True:
172                        toks = line.split()
173
174                        try: 
175                            _x  = float(toks[0])
176                            _y  = float(toks[1]) 
177                            _dy = float(toks[2])
178                            _dx = float(toks[3])
179                           
180                            if data_conv_q is not None:
181                                _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit)
182                                _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit)
183                               
184                            if data_conv_i is not None:
185                                _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit)
186                                _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit)
187                           
188                            x  = numpy.append(x,   _x) 
189                            y  = numpy.append(y,   _y)
190                            dy = numpy.append(dy, _dy)
191                            dx  = numpy.append(dx, _dx)
192                           
193                        except:
194                            # Could not read this data line. If we are here
195                            # it is because we are in the data section. Just
196                            # skip it.
197                            pass
198                           
199                    #The 6 columns are | Q (1/A) | I(Q) (1/cm) | std. dev. I(Q) (1/cm) | sigmaQ | meanQ | ShadowFactor|
200                    if line.count("The 6 columns")>0:
201                        is_data_started = True
202           
203                # Sanity check
204                if not len(y) == len(dy):
205                    raise ValueError, "abs_reader: y and dy have different length"
206
207                # If the data length is zero, consider this as
208                # though we were not able to read the file.
209                if len(x)==0:
210                    raise ValueError, "ascii_reader: could not load file"
211               
212                output.x = x
213                output.y = y
214                output.dy = dy
215                output.dx = dx
216                if data_conv_q is not None:
217                    output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit)
218                else:
219                    output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}')
220                if data_conv_i is not None:
221                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit)
222                else:
223                    output.yaxis("\\rm{Intensity}","cm^{-1}")
224                   
225                # Store loading process information
226                output.meta_data['loader'] = self.type_name                       
227                return output
228        else:
229            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path
230        return None
231   
232if __name__ == "__main__": 
233    reader = Reader()
234    print reader.read("../test/jan08002.ABS")
235   
236   
237           
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.