source: sasview/DataLoader/readers/IgorReader.py @ 79ac6f8

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 79ac6f8 was 0997158f, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 14 years ago

working on documentation
  • Property mode set to 100644
File size: 10.3 KB
Line 
1
2############################################################################
3#This software was developed by the University of Tennessee as part of the
4#Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
5#project funded by the US National Science Foundation.
6#If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7#publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8#following sentence:
9#This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547.
10#copyright 2008, University of Tennessee
11#############################################################################
12
13"""
14    IGOR 2D reduced file reader
15"""
16
17import os, sys
18import numpy
19import math, logging
20from DataLoader.data_info import Data2D, Detector
21from DataLoader.manipulations import reader2D_converter
22
23# Look for unit converter
24has_converter = True
25try:
26    from data_util.nxsunit import Converter
27except:
28    has_converter = False
29
30class Reader:
31    """ Simple data reader for Igor data files """
32    ## File type
33    type_name = "IGOR 2D"   
34    ## Wildcards
35    type = ["IGOR 2D files (*.ASC)|*.ASC"]
36    ## Extension
37    ext=['.ASC', '.asc']
38
39    def read(self,filename=None):
40        """ Read file """
41        if not os.path.isfile(filename):
42            raise ValueError, \
43            "Specified file %s is not a regular file" % filename
44       
45        # Read file
46        f = open(filename,'r')
47        buf = f.read()
48       
49        # Instantiate data object
50        output = Data2D()
51        output.filename = os.path.basename(filename)
52        detector = Detector()
53        if len(output.detector)>0: print str(output.detector[0])
54        output.detector.append(detector)
55               
56        # Get content
57        dataStarted = False
58       
59       
60        lines = buf.split('\n')
61        itot = 0
62        x = []
63        y = []
64       
65        ncounts = 0
66       
67        xmin = None
68        xmax = None
69        ymin = None
70        ymax = None
71       
72        i_x = 0
73        i_y = -1
74        i_tot_row = 0
75       
76        isInfo = False
77        isCenter = False
78       
79        data_conv_q = None
80        data_conv_i = None
81       
82        if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
83            data_conv_q = Converter('1/A')
84            # Test it
85            data_conv_q(1.0, output.Q_unit)
86           
87        if has_converter == True and output.I_unit != '1/cm':
88            data_conv_i = Converter('1/cm')
89            # Test it
90            data_conv_i(1.0, output.I_unit)           
91         
92        for line in lines:
93           
94            # Find setup info line
95            if isInfo:
96                isInfo = False
97                line_toks = line.split()
98                # Wavelength in Angstrom
99                try:
100                    wavelength = float(line_toks[1])
101                except:
102                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing wavelength"
103               
104            #Find # of bins in a row assuming the detector is square.
105            if dataStarted == True:
106                try:
107                    value = float(line)
108                except:
109                    # Found a non-float entry, skip it
110                    continue
111               
112                # Get total bin number
113               
114            i_tot_row += 1
115        i_tot_row=math.ceil(math.sqrt(i_tot_row))-1 
116        #print "i_tot", i_tot_row
117        size_x = i_tot_row#192#128
118        size_y = i_tot_row#192#128
119        output.data = numpy.zeros([size_x,size_y])
120        output.err_data = numpy.zeros([size_x,size_y])
121     
122        #Read Header and 2D data
123        for line in lines:
124            # Find setup info line
125            if isInfo:
126                isInfo = False
127                line_toks = line.split()
128                # Wavelength in Angstrom
129                try:
130                    wavelength = float(line_toks[1])
131                except:
132                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing wavelength"
133                # Distance in meters
134                try:
135                    distance = float(line_toks[3])
136                except:
137                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing distance"
138               
139                # Distance in meters
140                try:
141                    transmission = float(line_toks[4])
142                except:
143                    raise ValueError,"IgorReader: can't read this file, missing transmission"
144                                           
145            if line.count("LAMBDA")>0:
146                isInfo = True
147               
148            # Find center info line
149            if isCenter:
150                isCenter = False               
151                line_toks = line.split()
152               
153                # Center in bin number: Must substrate 1 because the index starts from 1
154                center_x = float(line_toks[0])-1
155                center_y = float(line_toks[1])-1
156
157            if line.count("BCENT")>0:
158                isCenter = True
159               
160       
161            # Find data start
162            if line.count("***")>0:
163                dataStarted = True
164               
165                # Check that we have all the info
166                if wavelength == None \
167                    or distance == None \
168                    or center_x == None \
169                    or center_y == None:
170                    raise ValueError, "IgorReader:Missing information in data file"
171               
172            if dataStarted == True:
173                try:
174                    value = float(line)
175                except:
176                    # Found a non-float entry, skip it
177                    continue
178               
179                # Get bin number
180                if math.fmod(itot, i_tot_row)==0:
181                    i_x = 0
182                    i_y += 1
183                else:
184                    i_x += 1
185                   
186                output.data[i_y][i_x] = value
187                ncounts += 1 
188               
189                # Det 640 x 640 mm
190                # Q = 4pi/lambda sin(theta/2)
191                # Bin size is 0.5 cm
192                #REmoved +1 from theta = (i_x-center_x+1)*0.5 / distance / 100.0 and
193                #REmoved +1 from theta = (i_y-center_y+1)*0.5 / distance / 100.0
194                #ToDo: Need  complete check if the following covert process is consistent with fitting.py.
195                theta = (i_x-center_x)*0.5 / distance / 100.0
196                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
197
198                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
199                    qx = data_conv_q(qx, units=output.Q_unit)
200
201                if xmin==None or qx<xmin:
202                    xmin = qx
203                if xmax==None or qx>xmax:
204                    xmax = qx
205               
206                theta = (i_y-center_y)*0.5 / distance / 100.0
207                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
208
209                if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
210                    qy = data_conv_q(qy, units=output.Q_unit)
211               
212                if ymin==None or qy<ymin:
213                    ymin = qy
214                if ymax==None or qy>ymax:
215                    ymax = qy
216               
217                if not qx in x:
218                    x.append(qx)
219                if not qy in y:
220                    y.append(qy)
221               
222                itot += 1
223                 
224                 
225        theta = 0.25 / distance / 100.0
226        xstep = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
227       
228        theta = 0.25 / distance / 100.0
229        ystep = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
230       
231        # Store all data ######################################
232        # Store wavelength
233        if has_converter==True and output.source.wavelength_unit != 'A':
234            conv = Converter('A')
235            wavelength = conv(wavelength, units=output.source.wavelength_unit)
236        output.source.wavelength = wavelength
237
238        # Store distance
239        if has_converter==True and detector.distance_unit != 'm':
240            conv = Converter('m')
241            distance = conv(distance, units=detector.distance_unit)
242        detector.distance = distance
243 
244        # Store transmission
245        output.sample.transmission = transmission
246       
247        # Store pixel size
248        pixel = 5.0
249        if has_converter==True and detector.pixel_size_unit != 'mm':
250            conv = Converter('mm')
251            pixel = conv(pixel, units=detector.pixel_size_unit)
252        detector.pixel_size.x = pixel
253        detector.pixel_size.y = pixel
254 
255        # Store beam center in distance units
256        detector.beam_center.x = center_x*pixel
257        detector.beam_center.y = center_y*pixel
258 
259       
260        # Store limits of the image (2D array)
261        xmin    =xmin-xstep/2.0
262        xmax    =xmax+xstep/2.0
263        ymin    =ymin-ystep/2.0
264        ymax    =ymax+ystep/2.0
265        if has_converter == True and output.Q_unit != '1/A':
266            xmin = data_conv_q(xmin, units=output.Q_unit)
267            xmax = data_conv_q(xmax, units=output.Q_unit)
268            ymin = data_conv_q(ymin, units=output.Q_unit)
269            ymax = data_conv_q(ymax, units=output.Q_unit)
270        output.xmin = xmin
271        output.xmax = xmax
272        output.ymin = ymin
273        output.ymax = ymax
274       
275        # Store x and y axis bin centers
276        output.x_bins     = x
277        output.y_bins     = y
278       
279        # Units
280        if data_conv_q is not None:
281            output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", output.Q_unit)
282            output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", output.Q_unit)
283        else:
284            output.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}')
285            output.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}')
286           
287        if data_conv_i is not None:
288            output.zaxis("\\rm{Intensity}", output.I_unit)
289        else:
290            output.zaxis("\\rm{Intensity}","cm^{-1}")
291   
292        # Store loading process information
293        output.meta_data['loader'] = self.type_name
294        output = reader2D_converter(output)
295
296        return output
297   
298if __name__ == "__main__": 
299    reader = Reader()
300    print reader.read("../test/MAR07232_rest.ASC") 
301   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.