source: sasview/DataLoader/plugins/tiff_reader.py @ 48882d1

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 48882d1 was 16d8e5f, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 16 years ago

ReadInfo? module added in readers….every reader should return a read info object

  • Property mode set to 100644
File size: 4.5 KB
Line 
1
2import Image
3import math
4class ReaderInfo:
5    """
6        This class is a container of data. It stores values read from files
7    """
8    ## Wavelength [A]
9    wavelength = 0.0
10    ## Number of x bins
11    xbins = 128
12    ## Number of y bins
13    ybins = 128
14    ## Beam center X [pixel number]
15    center_x = 65
16    ## Beam center Y [pixel number]
17    center_y = 65
18    ## Distance from sample to detector [m]
19    distance = 11.0
20    ## Qx values [A-1]
21    x_vals = []
22    ## Qy xalues [A-1]
23    y_vals = []
24    ## Qx min
25    xmin = 0.0
26    ## Qx max
27    xmax = 1.0
28    ## Qy min
29    ymin = 0.0
30    ## Qy max
31    ymax = 1.0
32    ## Image
33    image = None
34    ## Pixel size
35    pixel_size = 0.5
36    ## x coordinate
37    x=[]
38    ##y coordinate
39    y=[]
40    ##dx error on y
41    dx=None
42    ## dy error on y
43    dy=None
44    ## Error on each pixel
45    error = None
46    ##type of data
47    type=""
48    ##z
49    Z=None
50
51class Reader:
52    """
53        Example data manipulation
54    """
55    ## File type
56    type = []
57    ## Extension
58    ext  = ['tif', 'jpg', '.png', 'jpeg', '.tiff', 'gif', 'bmp']   
59       
60    def read(self, filename=None):
61        """
62            Open and read the data in a file
63            @param file: path of the file
64        """
65       
66        read_it = False
67        for item in self.ext:
68            if filename.lower().find(item)>=0:
69                read_it = True
70               
71        if read_it:
72            import Image
73            import pylab
74            import copy
75            import numpy
76           
77            wavelength, distance, center_x, center_y, pixel = 10.0, 11.0, 65, 65, 1.0
78           
79           
80           
81            # Initialize
82            x_vals = []
83            y_vals = [] 
84            ymin = None
85            ymax = None
86            xmin = None
87            xmax = None
88            Z = None
89       
90            try:
91                im = Image.open(filename)
92            except :
93                raise  RuntimeError,"cannot open %s"%(filename)
94            # Detector size should be 128x128, the file is 190x190
95            print "-> Image size:", im.size, im.format, im.mode
96            data = im.getdata()
97            x = numpy.zeros(im.size[0])
98            y = numpy.zeros(im.size[1])
99            X, Y = pylab.meshgrid(x, y)
100            Z = copy.deepcopy(X)
101            itot = 0
102            i_x = 0
103            i_y = 0
104           
105            # Qx and Qy vectors
106            for i_x in range(im.size[0]):
107                theta = (i_x-center_x+1)*pixel / distance / 100.0
108                qx = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
109                x_vals.append(qx)
110                if xmin==None or qx<xmin:
111                    xmin = qx
112                if xmax==None or qx>xmax:
113                    xmax = qx
114           
115            ymin = None
116            ymax = None
117            for i_y in range(im.size[1]):
118                theta = (i_y-center_y+1)*pixel / distance / 100.0
119                qy = 4.0*math.pi/wavelength * math.sin(theta/2.0)
120                y_vals.append(qy)
121                if ymin==None or qy<ymin:
122                    ymin = qy
123                if ymax==None or qy>ymax:
124                    ymax = qy
125           
126            for val in data:
127               
128                try:
129                    value = float(val)
130                except:
131                    continue
132               
133                # Get bin number
134                if math.fmod(itot, im.size[0])==0:
135                    i_x = 0
136                    i_y += 1
137                else:
138                    i_x += 1
139                   
140                Z[im.size[1]-1-i_y][i_x] = value
141               
142                itot += 1
143               
144            output = ReaderInfo()
145            output.wavelength = wavelength
146            output.xbins      = im.size[0]
147            output.ybins      = im.size[1]
148            output.center_x   = center_x
149            output.center_y   = center_y
150            output.distance   = distance
151            output.x_vals     = x_vals
152            output.y_vals     = y_vals
153            output.xmin       = xmin
154            output.xmax       = xmax
155            output.ymin       = ymin
156            output.ymax       = ymax
157            output.image      = Z
158            output.pixel_size = pixel
159            output.type       ="2D"
160             
161            return output
162       
163        return None
164
165
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.