source: sasmodels/sasmodels/convert.py @ a69d8cd

core_shell_microgelsmagnetic_modelticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since a69d8cd was a69d8cd, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 19 months ago

add support for pytest and use it on travis/appveyor

  • Property mode set to 100644
File size: 24.0 KB
Line 
1"""
2Convert models to and from sasview.
3"""
4from __future__ import print_function, division
5
6import math
7import warnings
8
9import numpy as np
10
11from .conversion_table import CONVERSION_TABLE
12from .core import load_model_info
13
14# List of models which SasView versions don't contain the explicit 'scale' argument.
15# When converting such a model, please update this list.
16MODELS_WITHOUT_SCALE = [
17    'teubner_strey',
18    'broad_peak',
19    'two_lorentzian',
20    "two_power_law",
21    'gauss_lorentz_gel',
22    'be_polyelectrolyte',
23    'correlation_length',
24    'fractal_core_shell',
25    'binary_hard_sphere',
26    'raspberry'
27]
28
29# List of models which SasView versions don't contain the explicit 'background' argument.
30# When converting such a model, please update this list.
31MODELS_WITHOUT_BACKGROUND = [
32    'guinier',
33]
34
35MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION = [
36    'fractal',
37    'vesicle',
38    'multilayer_vesicle',
39]
40
41MAGNETIC_SASVIEW_MODELS = [
42    'core_shell',
43    'core_multi_shell',
44    'cylinder',
45    'parallelepiped',
46    'sphere',
47]
48
49
50# Convert new style names for polydispersity info to old style names
51PD_DOT = [
52    ("_pd", ".width"),
53    ("_pd_n", ".npts"),
54    ("_pd_nsigma", ".nsigmas"),
55    ("_pd_type", ".type"),
56    (".lower", ".lower"),
57    (".upper", ".upper"),
58    (".fittable", ".fittable"),
59    (".std", ".std"),
60    (".units", ".units"),
61    ("", "")
62    ]
63
64def _rescale(par, scale):
65    return [pk*scale for pk in par] if isinstance(par, list) else par*scale
66
67def _is_sld(model_info, par):
68    """
69    Return True if parameter is a magnetic magnitude or SLD parameter.
70    """
71    if par.startswith('M0:'):
72        return True
73    if '_pd' in par or '.' in par:
74        return False
75    for p in model_info.parameters.call_parameters:
76        if p.id == par:
77            return p.type == 'sld'
78    # check through kernel parameters in case it is a named as a vector
79    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
80        if p.id == par:
81            return p.type == 'sld'
82    return False
83
84def _rescale_sld(model_info, pars, scale):
85    """
86    rescale all sld parameters in the new model definition by *scale* so the
87    numbers are nicer.  Relies on the fact that all sld parameters in the
88    new model definition end with sld.  For backward conversion use
89    *scale=1e-6*.  For forward conversion use *scale=1e6*.
90    """
91    return dict((par, (_rescale(v, scale) if _is_sld(model_info, par) else v))
92                for par, v in pars.items())
93
94
95def _get_translation_table(model_info, version=(3, 1, 2)):
96    conv_param = CONVERSION_TABLE.get(version, {}).get(model_info.id, [None, {}])
97    translation = conv_param[1].copy()
98    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
99        if p.length > 1:
100            newid = p.id
101            oldid = translation.get(p.id, p.id)
102            translation.pop(newid, None)
103            for k in range(1, p.length+1):
104                if newid+str(k) not in translation:
105                    translation[newid+str(k)] = oldid+str(k)
106    # Remove control parameter from the result
107    if model_info.control:
108        translation[model_info.control] = "CONTROL"
109    return translation
110
111# ========= FORWARD CONVERSION sasview 3.x => sasmodels ===========
112def _dot_pd_to_underscore_pd(par):
113    if par.endswith(".width"):
114        return par[:-6]+"_pd"
115    elif par.endswith(".type"):
116        return par[:-5]+"_pd_type"
117    elif par.endswith(".nsigmas"):
118        return par[:-8]+"_pd_nsigma"
119    elif par.endswith(".npts"):
120        return par[:-5]+"_pd_n"
121    else:
122        return par
123
124def _pd_to_underscores(pars):
125    return dict((_dot_pd_to_underscore_pd(k), v) for k, v in pars.items())
126
127def _convert_pars(pars, mapping):
128    """
129    Rename the parameters and any associated polydispersity attributes.
130    """
131    newpars = pars.copy()
132    for new, old in mapping.items():
133        if old == new:
134            continue
135        if old is None:
136            continue
137        for _, dot in PD_DOT:
138            source = old+dot
139            if source in newpars:
140                if new is not None:
141                    target = new+dot
142                else:
143                    target = None
144                if source != target:
145                    if target:
146                        newpars[target] = pars[old+dot]
147                    del newpars[source]
148    return newpars
149
150def _conversion_target(model_name, version=(3, 1, 2)):
151    """
152    Find the sasmodel name which translates into the sasview name.
153
154    Note: *CoreShellEllipsoidModel* translates into *core_shell_ellipsoid:1*.
155    This is necessary since there is only one variant in sasmodels for the
156    two variants in sasview.
157    """
158    for sasmodels_name, sasview_dict in \
159            CONVERSION_TABLE.get(version, {}).items():
160        if sasview_dict[0] == model_name:
161            return sasmodels_name
162    return None
163
164def _hand_convert(name, oldpars, version=(3, 1, 2)):
165    if version == (3, 1, 2):
166        oldpars = _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars)
167    return oldpars
168
169def _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars):
170    if name == 'core_shell_parallelepiped':
171        # Make sure pd on rim parameters defaults to zero
172        # ... probably not necessary.
173        oldpars['rimA.width'] = 0.0
174        oldpars['rimB.width'] = 0.0
175        oldpars['rimC.width'] = 0.0
176    elif name == 'core_shell_ellipsoid:1':
177        # Reverse translation (from new to old), from core_shell_ellipsoid.c
178        #    equat_shell = equat_core + thick_shell
179        #    polar_core = equat_core * x_core
180        #    polar_shell = equat_core * x_core + thick_shell*x_polar_shell
181        # Forward translation (from old to new), inverting reverse translation:
182        #    thick_shell = equat_shell - equat_core
183        #    x_core = polar_core / equat_core
184        #    x_polar_shell = (polar_shell - polar_core)/(equat_shell - equat_core)
185        # Auto translation (old <=> new) happens after hand_convert
186        #    equat_shell <=> thick_shell
187        #    polar_core <=> x_core
188        #    polar_shell <=> x_polar_shell
189        # So...
190        equat_core, equat_shell = oldpars['equat_core'], oldpars['equat_shell']
191        polar_core, polar_shell = oldpars['polar_core'], oldpars['polar_shell']
192        oldpars['equat_shell'] = equat_shell - equat_core
193        oldpars['polar_core'] = polar_core / equat_core
194        oldpars['polar_shell'] = (polar_shell-polar_core)/(equat_shell-equat_core)
195    elif name == 'hollow_cylinder':
196        # now uses radius and thickness
197        thickness = oldpars['radius'] - oldpars['core_radius']
198        oldpars['radius'] = thickness
199        if 'radius.width' in oldpars:
200            pd = oldpars['radius.width']*oldpars['radius']/thickness
201            oldpars['radius.width'] = pd
202    elif name == 'multilayer_vesicle':
203        if 'scale' in oldpars:
204            oldpars['volfraction'] = oldpars['scale']
205            oldpars['scale'] = 1.0
206        if 'scale.lower' in oldpars:
207            oldpars['volfraction.lower'] = oldpars['scale.lower']
208        if 'scale.upper' in oldpars:
209            oldpars['volfraction.upper'] = oldpars['scale.upper']
210        if 'scale.fittable' in oldpars:
211            oldpars['volfraction.fittable'] = oldpars['scale.fittable']
212        if 'scale.std' in oldpars:
213            oldpars['volfraction.std'] = oldpars['scale.std']
214        if 'scale.units' in oldpars:
215            oldpars['volfraction.units'] = oldpars['scale.units']
216    elif name == 'pearl_necklace':
217        pass
218        #_remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name)
219        #_remove_pd(oldpars, 'thick_string', name)
220    elif name == 'polymer_micelle':
221        if 'ndensity' in oldpars:
222            oldpars['ndensity'] /= 1e15
223        if 'ndensity.lower' in oldpars:
224            oldpars['ndensity.lower'] /= 1e15
225        if 'ndensity.upper' in oldpars:
226            oldpars['ndensity.upper'] /= 1e15
227    elif name == 'rpa':
228        # convert scattering lengths from femtometers to centimeters
229        for p in "L1", "L2", "L3", "L4":
230            if p in oldpars:
231                oldpars[p] /= 1e-13
232            if p + ".lower" in oldpars:
233                oldpars[p + ".lower"] /= 1e-13
234            if p + ".upper" in oldpars:
235                oldpars[p + ".upper"] /= 1e-13
236    elif name == 'spherical_sld':
237        j = 0
238        while "func_inter" + str(j) in oldpars:
239            name = "func_inter" + str(j)
240            new_name = "shape" + str(j + 1)
241            if oldpars[name] == 'Erf(|nu|*z)':
242                oldpars[new_name] = int(0)
243            elif oldpars[name] == 'RPower(z^|nu|)':
244                oldpars[new_name] = int(1)
245            elif oldpars[name] == 'LPower(z^|nu|)':
246                oldpars[new_name] = int(2)
247            elif oldpars[name] == 'RExp(-|nu|*z)':
248                oldpars[new_name] = int(3)
249            elif oldpars[name] == 'LExp(-|nu|*z)':
250                oldpars[new_name] = int(4)
251            else:
252                oldpars[new_name] = int(0)
253            oldpars.pop(name)
254            oldpars['n_shells'] = str(j + 1)
255            j += 1
256    elif name == 'teubner_strey':
257        # basically undoing the entire Teubner-Strey calculations here.
258        #    drho = (sld_a - sld_b)
259        #    k = 2.0*math.pi*xi/d
260        #    a2 = (1.0 + k**2)**2
261        #    c1 = 2.0 * xi**2 * (1.0 - k**2)
262        #    c2 = xi**4
263        #    prefactor = 8.0*math.pi*phi*(1.0-phi)*drho**2*c2/xi
264        #    scale = 1e-4*prefactor
265        #    oldpars['scale'] = a2/scale
266        #    oldpars['c1'] = c1/scale
267        #    oldpars['c2'] = c2/scale
268
269        # need xi, d, sld_a, sld_b, phi=volfraction_a
270        # assume contrast is 1.0e-6, scale=1, background=0
271        sld_a, sld_b = 1.0, 0.
272        drho = sld_a - sld_b
273
274        # find xi
275        p_scale = oldpars['scale']
276        p_c1 = oldpars['c1']
277        p_c2 = oldpars['c2']
278        i_1 = 0.5*p_c1/p_c2
279        i_2 = math.sqrt(math.fabs(p_scale/p_c2))
280        i_3 = 2/(i_1 + i_2)
281        xi = math.sqrt(math.fabs(i_3))
282
283        # find d from xi
284        k = math.sqrt(math.fabs(1 - 0.5*p_c1/p_c2*xi**2))
285        d = 2*math.pi*xi/k
286
287        # solve quadratic phi (1-phi) = xi/(1e-4 8 pi drho^2 c2)
288        # favour volume fraction in [0, 0.5]
289        c = xi / (1e-4 * 8.0 * math.pi * drho**2 * p_c2)
290        phi = 0.5 - math.sqrt(0.25 - c)
291
292        # scale sld_a by 1e-6 because the translator will scale it back
293        oldpars.update(volfraction_a=phi, xi=xi, d=d, sld_a=sld_a*1e-6,
294                       sld_b=sld_b, scale=1.0)
295        oldpars.pop('c1')
296        oldpars.pop('c2')
297
298    return oldpars
299
300def convert_model(name, pars, use_underscore=False, model_version=(3, 1, 2)):
301    """
302    Convert model from old style parameter names to new style.
303    """
304    newpars = pars
305    keys = sorted(CONVERSION_TABLE.keys())
306    for i, version in enumerate(keys):
307        # Don't allow indices outside list
308        next_i = i + 1
309        if next_i == len(keys):
310            next_i = i
311        # If the save state is from a later version, skip the check
312        if model_version <= keys[next_i]:
313            newname = _conversion_target(name, version)
314        else:
315            newname = None
316        # If no conversion is found, move on
317        if newname is None:
318            newname = name
319            continue
320        if ':' in newname:   # core_shell_ellipsoid:1
321            model_info = load_model_info(newname[:-2])
322            # Know the table exists and isn't multiplicity so grab it directly
323            # Can't use _get_translation_table since that will return the 'bare'
324            # version.
325            translation = CONVERSION_TABLE.get(version, {})[newname][1]
326        else:
327            model_info = load_model_info(newname)
328            translation = _get_translation_table(model_info, version)
329        newpars = _hand_convert(newname, newpars, version)
330        newpars = _convert_pars(newpars, translation)
331        # TODO: Still not convinced this is the best check
332        if not model_info.structure_factor and version == (3, 1, 2):
333            newpars = _rescale_sld(model_info, newpars, 1e6)
334        newpars.setdefault('scale', 1.0)
335        newpars.setdefault('background', 0.0)
336        if use_underscore:
337            newpars = _pd_to_underscores(newpars)
338        name = newname
339    return newname, newpars
340
341# ========= BACKWARD CONVERSION sasmodels => sasview 3.x ===========
342
343def _revert_pars(pars, mapping):
344    """
345    Rename the parameters and any associated polydispersity attributes.
346    """
347    newpars = pars.copy()
348
349    for new, old in mapping.items():
350        for underscore, dot in PD_DOT:
351            if old and old+underscore == new+dot:
352                continue
353            if new+underscore in newpars:
354                if old is not None:
355                    newpars[old+dot] = pars[new+underscore]
356                del newpars[new+underscore]
357    for k in list(newpars.keys()):
358        for underscore, dot in PD_DOT[1:]:  # skip "" => ""
359            if k.endswith(underscore):
360                newpars[k[:-len(underscore)]+dot] = newpars[k]
361                del newpars[k]
362    return newpars
363
364def revert_name(model_info):
365    oldname, _ = CONVERSION_TABLE.get(model_info.id, [None, {}])
366    return oldname
367
368def _remove_pd(pars, key, name):
369    """
370    Remove polydispersity from the parameter list.
371
372    Note: operates in place
373    """
374    # Bumps style parameter names
375    width = pars.pop(key+".width", 0.0)
376    n_points = pars.pop(key+".npts", 0)
377    if width != 0.0 and n_points != 0:
378        warnings.warn("parameter %s not polydisperse in sasview %s"%(key, name))
379    pars.pop(key+".nsigmas", None)
380    pars.pop(key+".type", None)
381    return pars
382
383def _trim_vectors(model_info, pars, oldpars):
384    _, translation = CONVERSION_TABLE.get(model_info.id, [None, {}])
385    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
386        if p.length_control is not None:
387            n = int(pars[p.length_control])
388            oldname = translation.get(p.id, p.id)
389            for k in range(n+1, p.length+1):
390                for _, old in PD_DOT:
391                    oldpars.pop(oldname+str(k)+old, None)
392    return oldpars
393
394def revert_pars(model_info, pars):
395    """
396    Convert model from new style parameter names to old style.
397    """
398    if model_info.composition is not None:
399        composition_type, parts = model_info.composition
400        if composition_type == 'product':
401            translation = _get_translation_table(parts[0])
402            # structure factor models include scale:scale_factor mapping
403            translation.update(_get_translation_table(parts[1]))
404        else:
405            raise NotImplementedError("cannot convert to sasview sum")
406    else:
407        translation = _get_translation_table(model_info)
408    oldpars = _revert_pars(_rescale_sld(model_info, pars, 1e-6), translation)
409    oldpars = _trim_vectors(model_info, pars, oldpars)
410
411    # Make sure the control parameter is an integer
412    if "CONTROL" in oldpars:
413        oldpars["CONTROL"] = int(oldpars["CONTROL"])
414
415    # Note: update compare.constrain_pars to match
416    name = model_info.id
417    if name in MODELS_WITHOUT_SCALE or model_info.structure_factor:
418        if oldpars.pop('scale', 1.0) != 1.0:
419            warnings.warn("parameter scale not used in sasview %s"%name)
420    if name in MODELS_WITHOUT_BACKGROUND or model_info.structure_factor:
421        if oldpars.pop('background', 0.0) != 0.0:
422            warnings.warn("parameter background not used in sasview %s"%name)
423
424    # Remove magnetic parameters from non-magnetic sasview models
425    if name not in MAGNETIC_SASVIEW_MODELS:
426        oldpars = dict((k, v) for k, v in oldpars.items() if ':' not in k)
427
428    # If it is a product model P*S, then check the individual forms for special
429    # cases.  Note: despite the structure factor alone not having scale or
430    # background, the product model does, so this is below the test for
431    # models without scale or background.
432    namelist = name.split('*') if '*' in name else [name]
433    for name in namelist:
434        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION:
435            del oldpars['volfraction']
436        elif name == 'core_multi_shell':
437            # kill extra shells
438            for k in range(5, 11):
439                oldpars.pop('sld_shell'+str(k), 0)
440                oldpars.pop('thick_shell'+str(k), 0)
441                oldpars.pop('mtheta:sld'+str(k), 0)
442                oldpars.pop('mphi:sld'+str(k), 0)
443                oldpars.pop('M0:sld'+str(k), 0)
444                _remove_pd(oldpars, 'sld_shell'+str(k), 'sld')
445                _remove_pd(oldpars, 'thick_shell'+str(k), 'thickness')
446        elif name == 'core_shell_parallelepiped':
447            _remove_pd(oldpars, 'rimA', name)
448            _remove_pd(oldpars, 'rimB', name)
449            _remove_pd(oldpars, 'rimC', name)
450        elif name == 'hollow_cylinder':
451            # now uses radius and thickness
452            thickness = oldpars['core_radius']
453            oldpars['radius'] += thickness
454            oldpars['radius.width'] *= thickness/oldpars['radius']
455        #elif name in ['mono_gauss_coil', 'poly_gauss_coil']:
456        #    del oldpars['i_zero']
457        elif name == 'onion':
458            oldpars.pop('n_shells', None)
459        elif name == 'pearl_necklace':
460            _remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name)
461            _remove_pd(oldpars, 'thick_string', name)
462        elif name == 'polymer_micelle':
463            if 'ndensity' in oldpars:
464                oldpars['ndensity'] *= 1e15
465        elif name == 'rpa':
466            # convert scattering lengths from femtometers to centimeters
467            for p in "L1", "L2", "L3", "L4":
468                if p in oldpars: oldpars[p] *= 1e-13
469            if pars['case_num'] < 2:
470                for k in ("a", "b"):
471                    for p in ("L", "N", "Phi", "b", "v"):
472                        oldpars.pop(p+k, None)
473                for k in "Kab,Kac,Kad,Kbc,Kbd".split(','):
474                    oldpars.pop(k, None)
475            elif pars['case_num'] < 5:
476                for k in ("a",):
477                    for p in ("L", "N", "Phi", "b", "v"):
478                        oldpars.pop(p+k, None)
479                for k in "Kab,Kac,Kad".split(','):
480                    oldpars.pop(k, None)
481        elif name == 'spherical_sld':
482            oldpars["CONTROL"] -= 1
483            # remove polydispersity from shells
484            for k in range(1, 11):
485                _remove_pd(oldpars, 'thick_flat'+str(k), 'thickness')
486                _remove_pd(oldpars, 'thick_inter'+str(k), 'interface')
487            # remove extra shells
488            for k in range(int(pars['n_shells']), 11):
489                oldpars.pop('sld_flat'+str(k), 0)
490                oldpars.pop('thick_flat'+str(k), 0)
491                oldpars.pop('thick_inter'+str(k), 0)
492                oldpars.pop('func_inter'+str(k), 0)
493                oldpars.pop('nu_inter'+str(k), 0)
494        elif name == 'stacked_disks':
495            _remove_pd(oldpars, 'n_stacking', name)
496        elif name == 'teubner_strey':
497            # basically redoing the entire Teubner-Strey calculations here.
498            volfraction = oldpars.pop('volfraction_a')
499            xi = oldpars.pop('xi')
500            d = oldpars.pop('d')
501            sld_a = oldpars.pop('sld_a')
502            sld_b = oldpars.pop('sld_b')
503            drho = 1e6*(sld_a - sld_b)  # conversion autoscaled these
504            k = 2.0*math.pi*xi/d
505            a2 = (1.0 + k**2)**2
506            c1 = 2.0 * xi**2 * (1.0 - k**2)
507            c2 = xi**4
508            prefactor = 8.0*math.pi*volfraction*(1.0-volfraction)*drho**2*c2/xi
509            scale = 1e-4*prefactor
510            oldpars['scale'] = a2/scale
511            oldpars['c1'] = c1/scale
512            oldpars['c2'] = c2/scale
513
514    #print("convert from",list(sorted(pars)))
515    #print("convert to",list(sorted(oldpars.items())))
516    return oldpars
517
518def constrain_new_to_old(model_info, pars):
519    """
520    Restrict parameter values to those that will match sasview.
521    """
522    name = model_info.id
523    # Note: update convert.revert_model to match
524    if name in MODELS_WITHOUT_SCALE or model_info.structure_factor:
525        pars['scale'] = 1
526    if name in MODELS_WITHOUT_BACKGROUND or model_info.structure_factor:
527        pars['background'] = 0
528    # sasview multiplies background by structure factor
529    if '*' in name:
530        pars['background'] = 0
531
532    # Shut off magnetism when comparing non-magnetic sasview models
533    if name not in MAGNETIC_SASVIEW_MODELS:
534        suppress_magnetism = False
535        for key in pars.keys():
536            if key.startswith("M0:"):
537                suppress_magnetism = suppress_magnetism or (pars[key] != 0)
538                pars[key] = 0
539        if suppress_magnetism:
540            warnings.warn("suppressing magnetism for comparison with sasview")
541
542    # Shut off theta polydispersity since algorithm has changed
543    if 'theta_pd_n' in pars:
544        if pars['theta_pd_n'] != 0:
545            warnings.warn("suppressing theta polydispersity for comparison with sasview")
546        pars['theta_pd_n'] = 0
547
548    # If it is a product model P*S, then check the individual forms for special
549    # cases.  Note: despite the structure factor alone not having scale or
550    # background, the product model does, so this is below the test for
551    # models without scale or background.
552    namelist = name.split('*') if '*' in name else [name]
553    for name in namelist:
554        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION:
555            pars['volfraction'] = 1
556        if name == 'core_multi_shell':
557            pars['n'] = min(math.ceil(pars['n']), 4)
558        elif name == 'gel_fit':
559            pars['scale'] = 1
560        elif name == 'line':
561            pars['scale'] = 1
562            pars['background'] = 0
563        elif name == 'mono_gauss_coil':
564            pars['scale'] = 1
565        elif name == 'onion':
566            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells'])
567        elif name == 'pearl_necklace':
568            pars['string_thickness_pd_n'] = 0
569            pars['number_of_pearls_pd_n'] = 0
570        elif name == 'poly_gauss_coil':
571            pars['scale'] = 1
572        elif name == 'rpa':
573            pars['case_num'] = int(pars['case_num'])
574        elif name == 'spherical_sld':
575            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells'])
576            pars['n_steps'] = math.ceil(pars['n_steps'])
577            for k in range(1, 11):
578                pars['shape%d'%k] = math.trunc(pars['shape%d'%k]+0.5)
579            for k in range(2, 11):
580                pars['thickness%d_pd_n'%k] = 0
581                pars['interface%d_pd_n'%k] = 0
582        elif name == 'teubner_strey':
583            pars['scale'] = 1
584            if pars['volfraction_a'] > 0.5:
585                pars['volfraction_a'] = 1.0 - pars['volfraction_a']
586        elif name == 'unified_power_Rg':
587            pars['level'] = int(pars['level'])
588
589def _check_one(name, seed=None):
590    """
591    Generate a random set of parameters for *name*, and check that they can
592    be converted back to SasView 3.x and forward again to sasmodels.  Raises
593    an error if the parameters are changed.
594    """
595    from . import compare
596
597    model_info = load_model_info(name)
598
599    old_name = revert_name(model_info)
600    if old_name is None:
601        return
602
603    pars = compare.get_pars(model_info, use_demo=False)
604    if seed is not None:
605        np.random.seed(seed)
606    pars = compare.randomize_pars(model_info, pars)
607    if name == "teubner_strey":
608        # T-S model is underconstrained, so fix the assumptions.
609        pars['sld_a'], pars['sld_b'] = 1.0, 0.0
610    compare.constrain_pars(model_info, pars)
611    constrain_new_to_old(model_info, pars)
612    old_pars = revert_pars(model_info, pars)
613    new_name, new_pars = convert_model(old_name, old_pars, use_underscore=True)
614    if 1:
615        print("==== %s in ====="%name)
616        print(str(compare.parlist(model_info, pars, True)))
617        print("==== %s ====="%old_name)
618        for k, v in sorted(old_pars.items()):
619            print(k, v)
620        print("==== %s out ====="%new_name)
621        print(str(compare.parlist(model_info, new_pars, True)))
622    assert name == new_name, "%r != %r"%(name, new_name)
623    for k, v in new_pars.items():
624        assert k in pars, "%s: %r appeared from conversion"%(name, k)
625        if isinstance(v, float):
626            assert abs(v-pars[k]) <= abs(1e-12*v), \
627                "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k])
628        else:
629            assert v == pars[k], "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k])
630    for k, v in pars.items():
631        assert k in pars, "%s: %r not converted"%(name, k)
632
633def test_backward_forward():
634    from .core import list_models
635    L = lambda name: _check_one(name, seed=1)
636    for name in list_models('all'):
637        yield L, name
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.