source: sasmodels/sasmodels/convert.py @ 21c93c3

core_shell_microgelsmagnetic_modelticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since 21c93c3 was 21c93c3, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 8 months ago

fix translation of 3.x models with control parameters to 4.2

  • Property mode set to 100644
File size: 24.7 KB
Line 
1"""
2Convert models to and from sasview.
3"""
4from __future__ import print_function, division
5
6import math
7import warnings
8
9import numpy as np
10
11from .conversion_table import CONVERSION_TABLE
12from .core import load_model_info
13
14# List of models which SasView versions don't contain the explicit 'scale' argument.
15# When converting such a model, please update this list.
16MODELS_WITHOUT_SCALE = [
17    'teubner_strey',
18    'broad_peak',
19    'two_lorentzian',
20    "two_power_law",
21    'gauss_lorentz_gel',
22    'be_polyelectrolyte',
23    'correlation_length',
24    'fractal_core_shell',
25    'binary_hard_sphere',
26    'raspberry'
27]
28
29# List of models which SasView versions don't contain the explicit 'background' argument.
30# When converting such a model, please update this list.
31MODELS_WITHOUT_BACKGROUND = [
32    'guinier',
33]
34
35MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION = [
36    'fractal',
37    'vesicle',
38    'multilayer_vesicle',
39]
40
41MAGNETIC_SASVIEW_MODELS = [
42    'core_shell',
43    'core_multi_shell',
44    'cylinder',
45    'parallelepiped',
46    'sphere',
47]
48
49
50# Convert new style names for polydispersity info to old style names
51PD_DOT = [
52    ("_pd", ".width"),
53    ("_pd_n", ".npts"),
54    ("_pd_nsigma", ".nsigmas"),
55    ("_pd_type", ".type"),
56    (".lower", ".lower"),
57    (".upper", ".upper"),
58    (".fittable", ".fittable"),
59    (".std", ".std"),
60    (".units", ".units"),
61    ("", "")
62    ]
63
64def _rescale(par, scale):
65    return [pk*scale for pk in par] if isinstance(par, list) else par*scale
66
67def _is_sld(model_info, par):
68    """
69    Return True if parameter is a magnetic magnitude or SLD parameter.
70    """
71    if par.startswith('M0:'):
72        return True
73    if '_pd' in par or '.' in par:
74        return False
75    for p in model_info.parameters.call_parameters:
76        if p.id == par:
77            return p.type == 'sld'
78    # check through kernel parameters in case it is a named as a vector
79    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
80        if p.id == par:
81            return p.type == 'sld'
82    return False
83
84def _rescale_sld(model_info, pars, scale):
85    """
86    rescale all sld parameters in the new model definition by *scale* so the
87    numbers are nicer.  Relies on the fact that all sld parameters in the
88    new model definition end with sld.  For backward conversion use
89    *scale=1e-6*.  For forward conversion use *scale=1e6*.
90    """
91    return dict((par, (_rescale(v, scale) if _is_sld(model_info, par) else v))
92                for par, v in pars.items())
93
94
95def _get_translation_table(model_info, version=(3, 1, 2)):
96    conv_param = CONVERSION_TABLE.get(version, {}).get(model_info.id, [None, {}])
97    translation = conv_param[1].copy()
98    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
99        if p.length > 1:
100            newid = p.id
101            oldid = translation.get(p.id, p.id)
102            translation.pop(newid, None)
103            for k in range(1, p.length+1):
104                if newid+str(k) not in translation:
105                    translation[newid+str(k)] = oldid+str(k)
106    # Remove control parameter from the result
107    control_pars = [p.id for p in model_info.parameters.kernel_parameters
108                    if p.is_control]
109    if control_pars:
110        control_id = control_pars[0]
111        translation[control_id] = "CONTROL"
112    return translation
113
114# ========= FORWARD CONVERSION sasview 3.x => sasmodels ===========
115def _dot_pd_to_underscore_pd(par):
116    if par.endswith(".width"):
117        return par[:-6]+"_pd"
118    elif par.endswith(".type"):
119        return par[:-5]+"_pd_type"
120    elif par.endswith(".nsigmas"):
121        return par[:-8]+"_pd_nsigma"
122    elif par.endswith(".npts"):
123        return par[:-5]+"_pd_n"
124    else:
125        return par
126
127def _pd_to_underscores(pars):
128    return dict((_dot_pd_to_underscore_pd(k), v) for k, v in pars.items())
129
130def _convert_pars(pars, mapping):
131    """
132    Rename the parameters and any associated polydispersity attributes.
133    """
134    newpars = pars.copy()
135    for new, old in mapping.items():
136        if old == new:
137            continue
138        if old is None:
139            continue
140        for _, dot in PD_DOT:
141            source = old+dot
142            if source in newpars:
143                if new is not None:
144                    target = new+dot
145                else:
146                    target = None
147                if source != target:
148                    if target:
149                        newpars[target] = pars[old+dot]
150                    del newpars[source]
151    return newpars
152
153def _conversion_target(model_name, version=(3, 1, 2)):
154    """
155    Find the sasmodel name which translates into the sasview name.
156
157    Note: *CoreShellEllipsoidModel* translates into *core_shell_ellipsoid:1*.
158    This is necessary since there is only one variant in sasmodels for the
159    two variants in sasview.
160    """
161    for sasmodels_name, sasview_dict in \
162            CONVERSION_TABLE.get(version, {}).items():
163        if sasview_dict[0] == model_name:
164            return sasmodels_name
165    return None
166
167def _hand_convert(name, oldpars, version=(3, 1, 2)):
168    if version == (3, 1, 2):
169        oldpars = _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars)
170    if version < (4, 2, 0):
171        oldpars = _rename_magnetic_pars(oldpars)
172    return oldpars
173
174def _rename_magnetic_pars(pars):
175    """
176    Change from M0:par to par_M0, etc.
177    """
178    keys = list(pars.items())
179    for k in keys:
180        if k.startswith('M0:'):
181            pars[k[3:]+'_M0'] = pars.pop(k)
182        elif k.startswith('mtheta:'):
183            pars[k[7:]+'_mtheta'] = pars.pop(k)
184        elif k.startswith('mphi:'):
185            pars[k[5:]+'_mphi'] = pars.pop(k)
186        elif k.startswith('up:'):
187            pars['up_'+k[3:]] = pars.pop(k)
188    return pars
189
190def _hand_convert_3_1_2_to_4_1(name, oldpars):
191    if name == 'core_shell_parallelepiped':
192        # Make sure pd on rim parameters defaults to zero
193        # ... probably not necessary.
194        oldpars['rimA.width'] = 0.0
195        oldpars['rimB.width'] = 0.0
196        oldpars['rimC.width'] = 0.0
197    elif name == 'core_shell_ellipsoid:1':
198        # Reverse translation (from new to old), from core_shell_ellipsoid.c
199        #    equat_shell = equat_core + thick_shell
200        #    polar_core = equat_core * x_core
201        #    polar_shell = equat_core * x_core + thick_shell*x_polar_shell
202        # Forward translation (from old to new), inverting reverse translation:
203        #    thick_shell = equat_shell - equat_core
204        #    x_core = polar_core / equat_core
205        #    x_polar_shell = (polar_shell - polar_core)/(equat_shell - equat_core)
206        # Auto translation (old <=> new) happens after hand_convert
207        #    equat_shell <=> thick_shell
208        #    polar_core <=> x_core
209        #    polar_shell <=> x_polar_shell
210        # So...
211        equat_core, equat_shell = oldpars['equat_core'], oldpars['equat_shell']
212        polar_core, polar_shell = oldpars['polar_core'], oldpars['polar_shell']
213        oldpars['equat_shell'] = equat_shell - equat_core
214        oldpars['polar_core'] = polar_core / equat_core
215        oldpars['polar_shell'] = (polar_shell-polar_core)/(equat_shell-equat_core)
216    elif name == 'hollow_cylinder':
217        # now uses radius and thickness
218        thickness = oldpars['radius'] - oldpars['core_radius']
219        oldpars['radius'] = thickness
220        if 'radius.width' in oldpars:
221            pd = oldpars['radius.width']*oldpars['radius']/thickness
222            oldpars['radius.width'] = pd
223    elif name == 'multilayer_vesicle':
224        if 'scale' in oldpars:
225            oldpars['volfraction'] = oldpars['scale']
226            oldpars['scale'] = 1.0
227        if 'scale.lower' in oldpars:
228            oldpars['volfraction.lower'] = oldpars['scale.lower']
229        if 'scale.upper' in oldpars:
230            oldpars['volfraction.upper'] = oldpars['scale.upper']
231        if 'scale.fittable' in oldpars:
232            oldpars['volfraction.fittable'] = oldpars['scale.fittable']
233        if 'scale.std' in oldpars:
234            oldpars['volfraction.std'] = oldpars['scale.std']
235        if 'scale.units' in oldpars:
236            oldpars['volfraction.units'] = oldpars['scale.units']
237    elif name == 'pearl_necklace':
238        pass
239        #_remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name)
240        #_remove_pd(oldpars, 'thick_string', name)
241    elif name == 'polymer_micelle':
242        if 'ndensity' in oldpars:
243            oldpars['ndensity'] /= 1e15
244        if 'ndensity.lower' in oldpars:
245            oldpars['ndensity.lower'] /= 1e15
246        if 'ndensity.upper' in oldpars:
247            oldpars['ndensity.upper'] /= 1e15
248    elif name == 'rpa':
249        # convert scattering lengths from femtometers to centimeters
250        for p in "L1", "L2", "L3", "L4":
251            if p in oldpars:
252                oldpars[p] /= 1e-13
253            if p + ".lower" in oldpars:
254                oldpars[p + ".lower"] /= 1e-13
255            if p + ".upper" in oldpars:
256                oldpars[p + ".upper"] /= 1e-13
257    elif name == 'spherical_sld':
258        j = 0
259        while "func_inter" + str(j) in oldpars:
260            name = "func_inter" + str(j)
261            new_name = "shape" + str(j + 1)
262            if oldpars[name] == 'Erf(|nu|*z)':
263                oldpars[new_name] = int(0)
264            elif oldpars[name] == 'RPower(z^|nu|)':
265                oldpars[new_name] = int(1)
266            elif oldpars[name] == 'LPower(z^|nu|)':
267                oldpars[new_name] = int(2)
268            elif oldpars[name] == 'RExp(-|nu|*z)':
269                oldpars[new_name] = int(3)
270            elif oldpars[name] == 'LExp(-|nu|*z)':
271                oldpars[new_name] = int(4)
272            else:
273                oldpars[new_name] = int(0)
274            oldpars.pop(name)
275            oldpars['n_shells'] = str(j + 1)
276            j += 1
277    elif name == 'teubner_strey':
278        # basically undoing the entire Teubner-Strey calculations here.
279        #    drho = (sld_a - sld_b)
280        #    k = 2.0*math.pi*xi/d
281        #    a2 = (1.0 + k**2)**2
282        #    c1 = 2.0 * xi**2 * (1.0 - k**2)
283        #    c2 = xi**4
284        #    prefactor = 8.0*math.pi*phi*(1.0-phi)*drho**2*c2/xi
285        #    scale = 1e-4*prefactor
286        #    oldpars['scale'] = a2/scale
287        #    oldpars['c1'] = c1/scale
288        #    oldpars['c2'] = c2/scale
289
290        # need xi, d, sld_a, sld_b, phi=volfraction_a
291        # assume contrast is 1.0e-6, scale=1, background=0
292        sld_a, sld_b = 1.0, 0.
293        drho = sld_a - sld_b
294
295        # find xi
296        p_scale = oldpars['scale']
297        p_c1 = oldpars['c1']
298        p_c2 = oldpars['c2']
299        i_1 = 0.5*p_c1/p_c2
300        i_2 = math.sqrt(math.fabs(p_scale/p_c2))
301        i_3 = 2/(i_1 + i_2)
302        xi = math.sqrt(math.fabs(i_3))
303
304        # find d from xi
305        k = math.sqrt(math.fabs(1 - 0.5*p_c1/p_c2*xi**2))
306        d = 2*math.pi*xi/k
307
308        # solve quadratic phi (1-phi) = xi/(1e-4 8 pi drho^2 c2)
309        # favour volume fraction in [0, 0.5]
310        c = xi / (1e-4 * 8.0 * math.pi * drho**2 * p_c2)
311        phi = 0.5 - math.sqrt(0.25 - c)
312
313        # scale sld_a by 1e-6 because the translator will scale it back
314        oldpars.update(volfraction_a=phi, xi=xi, d=d, sld_a=sld_a*1e-6,
315                       sld_b=sld_b, scale=1.0)
316        oldpars.pop('c1')
317        oldpars.pop('c2')
318
319    return oldpars
320
321def convert_model(name, pars, use_underscore=False, model_version=(3, 1, 2)):
322    """
323    Convert model from old style parameter names to new style.
324    """
325    newpars = pars
326    keys = sorted(CONVERSION_TABLE.keys())
327    for i, version in enumerate(keys):
328        # Don't allow indices outside list
329        next_i = i + 1
330        if next_i == len(keys):
331            next_i = i
332        # If the save state is from a later version, skip the check
333        if model_version <= keys[next_i]:
334            newname = _conversion_target(name, version)
335        else:
336            newname = None
337        # If no conversion is found, move on
338        if newname is None:
339            newname = name
340            continue
341        if ':' in newname:   # core_shell_ellipsoid:1
342            model_info = load_model_info(newname[:-2])
343            # Know the table exists and isn't multiplicity so grab it directly
344            # Can't use _get_translation_table since that will return the 'bare'
345            # version.
346            translation = CONVERSION_TABLE.get(version, {})[newname][1]
347        else:
348            model_info = load_model_info(newname)
349            translation = _get_translation_table(model_info, version)
350        newpars = _hand_convert(newname, newpars, version)
351        newpars = _convert_pars(newpars, translation)
352        # TODO: Still not convinced this is the best check
353        if not model_info.structure_factor and version == (3, 1, 2):
354            newpars = _rescale_sld(model_info, newpars, 1e6)
355        newpars.setdefault('scale', 1.0)
356        newpars.setdefault('background', 0.0)
357        if use_underscore:
358            newpars = _pd_to_underscores(newpars)
359        name = newname
360    return newname, newpars
361
362# ========= BACKWARD CONVERSION sasmodels => sasview 3.x ===========
363
364def _revert_pars(pars, mapping):
365    """
366    Rename the parameters and any associated polydispersity attributes.
367    """
368    newpars = pars.copy()
369
370    for new, old in mapping.items():
371        for underscore, dot in PD_DOT:
372            if old and old+underscore == new+dot:
373                continue
374            if new+underscore in newpars:
375                if old is not None:
376                    newpars[old+dot] = pars[new+underscore]
377                del newpars[new+underscore]
378    for k in list(newpars.keys()):
379        for underscore, dot in PD_DOT[1:]:  # skip "" => ""
380            if k.endswith(underscore):
381                newpars[k[:-len(underscore)]+dot] = newpars[k]
382                del newpars[k]
383    return newpars
384
385def revert_name(model_info):
386    oldname, _ = CONVERSION_TABLE.get(model_info.id, [None, {}])
387    return oldname
388
389def _remove_pd(pars, key, name):
390    """
391    Remove polydispersity from the parameter list.
392
393    Note: operates in place
394    """
395    # Bumps style parameter names
396    width = pars.pop(key+".width", 0.0)
397    n_points = pars.pop(key+".npts", 0)
398    if width != 0.0 and n_points != 0:
399        warnings.warn("parameter %s not polydisperse in sasview %s"%(key, name))
400    pars.pop(key+".nsigmas", None)
401    pars.pop(key+".type", None)
402    return pars
403
404def _trim_vectors(model_info, pars, oldpars):
405    _, translation = CONVERSION_TABLE.get(model_info.id, [None, {}])
406    for p in model_info.parameters.kernel_parameters:
407        if p.length_control is not None:
408            n = int(pars[p.length_control])
409            oldname = translation.get(p.id, p.id)
410            for k in range(n+1, p.length+1):
411                for _, old in PD_DOT:
412                    oldpars.pop(oldname+str(k)+old, None)
413    return oldpars
414
415def revert_pars(model_info, pars):
416    """
417    Convert model from new style parameter names to old style.
418    """
419    if model_info.composition is not None:
420        composition_type, parts = model_info.composition
421        if composition_type == 'product':
422            translation = _get_translation_table(parts[0])
423            # structure factor models include scale:scale_factor mapping
424            translation.update(_get_translation_table(parts[1]))
425        else:
426            raise NotImplementedError("cannot convert to sasview sum")
427    else:
428        translation = _get_translation_table(model_info)
429    oldpars = _revert_pars(_rescale_sld(model_info, pars, 1e-6), translation)
430    oldpars = _trim_vectors(model_info, pars, oldpars)
431
432    # Make sure the control parameter is an integer
433    if "CONTROL" in oldpars:
434        oldpars["CONTROL"] = int(oldpars["CONTROL"])
435
436    # Note: update compare.constrain_pars to match
437    name = model_info.id
438    if name in MODELS_WITHOUT_SCALE or model_info.structure_factor:
439        if oldpars.pop('scale', 1.0) != 1.0:
440            warnings.warn("parameter scale not used in sasview %s"%name)
441    if name in MODELS_WITHOUT_BACKGROUND or model_info.structure_factor:
442        if oldpars.pop('background', 0.0) != 0.0:
443            warnings.warn("parameter background not used in sasview %s"%name)
444
445    # Remove magnetic parameters from non-magnetic sasview models
446    if name not in MAGNETIC_SASVIEW_MODELS:
447        oldpars = dict((k, v) for k, v in oldpars.items() if ':' not in k)
448
449    # If it is a product model P*S, then check the individual forms for special
450    # cases.  Note: despite the structure factor alone not having scale or
451    # background, the product model does, so this is below the test for
452    # models without scale or background.
453    namelist = name.split('*') if '*' in name else [name]
454    for name in namelist:
455        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION:
456            del oldpars['volfraction']
457        elif name == 'core_multi_shell':
458            # kill extra shells
459            for k in range(5, 11):
460                oldpars.pop('sld_shell'+str(k), 0)
461                oldpars.pop('thick_shell'+str(k), 0)
462                oldpars.pop('mtheta:sld'+str(k), 0)
463                oldpars.pop('mphi:sld'+str(k), 0)
464                oldpars.pop('M0:sld'+str(k), 0)
465                _remove_pd(oldpars, 'sld_shell'+str(k), 'sld')
466                _remove_pd(oldpars, 'thick_shell'+str(k), 'thickness')
467        elif name == 'core_shell_parallelepiped':
468            _remove_pd(oldpars, 'rimA', name)
469            _remove_pd(oldpars, 'rimB', name)
470            _remove_pd(oldpars, 'rimC', name)
471        elif name == 'hollow_cylinder':
472            # now uses radius and thickness
473            thickness = oldpars['core_radius']
474            oldpars['radius'] += thickness
475            oldpars['radius.width'] *= thickness/oldpars['radius']
476        #elif name in ['mono_gauss_coil', 'poly_gauss_coil']:
477        #    del oldpars['i_zero']
478        elif name == 'onion':
479            oldpars.pop('n_shells', None)
480        elif name == 'pearl_necklace':
481            _remove_pd(oldpars, 'num_pearls', name)
482            _remove_pd(oldpars, 'thick_string', name)
483        elif name == 'polymer_micelle':
484            if 'ndensity' in oldpars:
485                oldpars['ndensity'] *= 1e15
486        elif name == 'rpa':
487            # convert scattering lengths from femtometers to centimeters
488            for p in "L1", "L2", "L3", "L4":
489                if p in oldpars: oldpars[p] *= 1e-13
490            if pars['case_num'] < 2:
491                for k in ("a", "b"):
492                    for p in ("L", "N", "Phi", "b", "v"):
493                        oldpars.pop(p+k, None)
494                for k in "Kab,Kac,Kad,Kbc,Kbd".split(','):
495                    oldpars.pop(k, None)
496            elif pars['case_num'] < 5:
497                for k in ("a",):
498                    for p in ("L", "N", "Phi", "b", "v"):
499                        oldpars.pop(p+k, None)
500                for k in "Kab,Kac,Kad".split(','):
501                    oldpars.pop(k, None)
502        elif name == 'spherical_sld':
503            oldpars["CONTROL"] -= 1
504            # remove polydispersity from shells
505            for k in range(1, 11):
506                _remove_pd(oldpars, 'thick_flat'+str(k), 'thickness')
507                _remove_pd(oldpars, 'thick_inter'+str(k), 'interface')
508            # remove extra shells
509            for k in range(int(pars['n_shells']), 11):
510                oldpars.pop('sld_flat'+str(k), 0)
511                oldpars.pop('thick_flat'+str(k), 0)
512                oldpars.pop('thick_inter'+str(k), 0)
513                oldpars.pop('func_inter'+str(k), 0)
514                oldpars.pop('nu_inter'+str(k), 0)
515        elif name == 'stacked_disks':
516            _remove_pd(oldpars, 'n_stacking', name)
517        elif name == 'teubner_strey':
518            # basically redoing the entire Teubner-Strey calculations here.
519            volfraction = oldpars.pop('volfraction_a')
520            xi = oldpars.pop('xi')
521            d = oldpars.pop('d')
522            sld_a = oldpars.pop('sld_a')
523            sld_b = oldpars.pop('sld_b')
524            drho = 1e6*(sld_a - sld_b)  # conversion autoscaled these
525            k = 2.0*math.pi*xi/d
526            a2 = (1.0 + k**2)**2
527            c1 = 2.0 * xi**2 * (1.0 - k**2)
528            c2 = xi**4
529            prefactor = 8.0*math.pi*volfraction*(1.0-volfraction)*drho**2*c2/xi
530            scale = 1e-4*prefactor
531            oldpars['scale'] = a2/scale
532            oldpars['c1'] = c1/scale
533            oldpars['c2'] = c2/scale
534
535    #print("convert from",list(sorted(pars)))
536    #print("convert to",list(sorted(oldpars.items())))
537    return oldpars
538
539def constrain_new_to_old(model_info, pars):
540    """
541    Restrict parameter values to those that will match sasview.
542    """
543    name = model_info.id
544    # Note: update convert.revert_model to match
545    if name in MODELS_WITHOUT_SCALE or model_info.structure_factor:
546        pars['scale'] = 1
547    if name in MODELS_WITHOUT_BACKGROUND or model_info.structure_factor:
548        pars['background'] = 0
549    # sasview multiplies background by structure factor
550    if '*' in name:
551        pars['background'] = 0
552
553    # Shut off magnetism when comparing non-magnetic sasview models
554    if name not in MAGNETIC_SASVIEW_MODELS:
555        suppress_magnetism = False
556        for key in pars.keys():
557            if key.startswith("M0:"):
558                suppress_magnetism = suppress_magnetism or (pars[key] != 0)
559                pars[key] = 0
560        if suppress_magnetism:
561            warnings.warn("suppressing magnetism for comparison with sasview")
562
563    # Shut off theta polydispersity since algorithm has changed
564    if 'theta_pd_n' in pars:
565        if pars['theta_pd_n'] != 0:
566            warnings.warn("suppressing theta polydispersity for comparison with sasview")
567        pars['theta_pd_n'] = 0
568
569    # If it is a product model P*S, then check the individual forms for special
570    # cases.  Note: despite the structure factor alone not having scale or
571    # background, the product model does, so this is below the test for
572    # models without scale or background.
573    namelist = name.split('*') if '*' in name else [name]
574    for name in namelist:
575        if name in MODELS_WITHOUT_VOLFRACTION:
576            pars['volfraction'] = 1
577        if name == 'core_multi_shell':
578            pars['n'] = min(math.ceil(pars['n']), 4)
579        elif name == 'gel_fit':
580            pars['scale'] = 1
581        elif name == 'line':
582            pars['scale'] = 1
583            pars['background'] = 0
584        elif name == 'mono_gauss_coil':
585            pars['scale'] = 1
586        elif name == 'onion':
587            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells'])
588        elif name == 'pearl_necklace':
589            pars['string_thickness_pd_n'] = 0
590            pars['number_of_pearls_pd_n'] = 0
591        elif name == 'poly_gauss_coil':
592            pars['scale'] = 1
593        elif name == 'rpa':
594            pars['case_num'] = int(pars['case_num'])
595        elif name == 'spherical_sld':
596            pars['n_shells'] = math.ceil(pars['n_shells'])
597            pars['n_steps'] = math.ceil(pars['n_steps'])
598            for k in range(1, 11):
599                pars['shape%d'%k] = math.trunc(pars['shape%d'%k]+0.5)
600            for k in range(2, 11):
601                pars['thickness%d_pd_n'%k] = 0
602                pars['interface%d_pd_n'%k] = 0
603        elif name == 'teubner_strey':
604            pars['scale'] = 1
605            if pars['volfraction_a'] > 0.5:
606                pars['volfraction_a'] = 1.0 - pars['volfraction_a']
607        elif name == 'unified_power_Rg':
608            pars['level'] = int(pars['level'])
609
610def _check_one(name, seed=None):
611    """
612    Generate a random set of parameters for *name*, and check that they can
613    be converted back to SasView 3.x and forward again to sasmodels.  Raises
614    an error if the parameters are changed.
615    """
616    from . import compare
617
618    model_info = load_model_info(name)
619
620    old_name = revert_name(model_info)
621    if old_name is None:
622        return
623
624    pars = compare.get_pars(model_info, use_demo=False)
625    if seed is not None:
626        np.random.seed(seed)
627    pars = compare.randomize_pars(model_info, pars)
628    if name == "teubner_strey":
629        # T-S model is underconstrained, so fix the assumptions.
630        pars['sld_a'], pars['sld_b'] = 1.0, 0.0
631    compare.constrain_pars(model_info, pars)
632    constrain_new_to_old(model_info, pars)
633    old_pars = revert_pars(model_info, pars)
634    new_name, new_pars = convert_model(old_name, old_pars, use_underscore=True)
635    if 1:
636        print("==== %s in ====="%name)
637        print(str(compare.parlist(model_info, pars, True)))
638        print("==== %s ====="%old_name)
639        for k, v in sorted(old_pars.items()):
640            print(k, v)
641        print("==== %s out ====="%new_name)
642        print(str(compare.parlist(model_info, new_pars, True)))
643    assert name == new_name, "%r != %r"%(name, new_name)
644    for k, v in new_pars.items():
645        assert k in pars, "%s: %r appeared from conversion"%(name, k)
646        if isinstance(v, float):
647            assert abs(v-pars[k]) <= abs(1e-12*v), \
648                "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k])
649        else:
650            assert v == pars[k], "%s: %r  %s != %s"%(name, k, v, pars[k])
651    for k, v in pars.items():
652        assert k in pars, "%s: %r not converted"%(name, k)
653
654def test_backward_forward():
655    from .core import list_models
656    L = lambda name: _check_one(name, seed=1)
657    for name in list_models('all'):
658        yield L, name
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.