source: sasmodels/explore/precision.py @ 7e11c3a

core_shell_microgelscostrafo411magnetic_modelticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since 7e11c3a was 487e695, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 7 years ago

add precision test functions for sticky hard sphere
  • Property mode set to 100755
File size: 18.5 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2r"""
3Show numerical precision of $2 J_1(x)/x$.
4"""
5from __future__ import division, print_function
6
7import sys
8import os
9sys.path.insert(0, os.path.abspath(os.path.join(os.path.dirname(__file__), '..')))
10
11import numpy as np
12from numpy import pi, inf
13import scipy.special
14try:
15    from mpmath import mp
16except ImportError:
17    # CRUFT: mpmath split out into its own package
18    from sympy.mpmath import mp
19#import matplotlib; matplotlib.use('TkAgg')
20import pylab
21
22from sasmodels import core, data, direct_model, modelinfo
23
24class Comparator(object):
25    def __init__(self, name, mp_function, np_function, ocl_function, xaxis, limits):
26        self.name = name
27        self.mp_function = mp_function
28        self.np_function = np_function
29        self.ocl_function = ocl_function
30        self.xaxis = xaxis
31        self.limits = limits
32
33    def __repr__(self):
34        return "Comparator(%s)"%self.name
35
36    def call_mpmath(self, vec, bits=500):
37        """
38        Direct calculation using mpmath extended precision library.
39        """
40        with mp.workprec(bits):
41            return [self.mp_function(mp.mpf(x)) for x in vec]
42
43    def call_numpy(self, x, dtype):
44        """
45        Direct calculation using numpy/scipy.
46        """
47        x = np.asarray(x, dtype)
48        return self.np_function(x)
49
50    def call_ocl(self, x, dtype, platform='ocl'):
51        """
52        Calculation using sasmodels ocl libraries.
53        """
54        x = np.asarray(x, dtype)
55        model = core.build_model(self.ocl_function, dtype=dtype)
56        calculator = direct_model.DirectModel(data.empty_data1D(x), model)
57        return calculator(background=0)
58
59    def run(self, xrange="log", diff="relative"):
60        r"""
61        Compare accuracy of different methods for computing f.
62
63        *xrange* is::
64
65            log:    [10^-3,10^5]
66            logq:   [10^-4, 10^1]
67            linear: [1,1000]
68            zoom:   [1000,1010]
69            neg:    [-100,100]
70
71        *diff* is "relative", "absolute" or "none"
72
73        *x_bits* is the precision with which the x values are specified.  The
74        default 23 should reproduce the equivalent of a single precisio
75        """
76        linear = not xrange.startswith("log")
77        if xrange == "zoom":
78            lin_min, lin_max, lin_steps = 1000, 1010, 2000
79        elif xrange == "neg":
80            lin_min, lin_max, lin_steps = -100.1, 100.1, 2000
81        elif xrange == "linear":
82            lin_min, lin_max, lin_steps = 1, 1000, 2000
83        elif xrange == "log":
84            log_min, log_max, log_steps = -3, 5, 400
85        elif xrange == "logq":
86            log_min, log_max, log_steps = -4, 1, 400
87        else:
88            raise ValueError("unknown range "+xrange)
89        with mp.workprec(500):
90            # Note: we make sure that we are comparing apples to apples...
91            # The x points are set using single precision so that we are
92            # examining the accuracy of the transformation from x to f(x)
93            # rather than x to f(nearest(x)) where nearest(x) is the nearest
94            # value to x in the given precision.
95            if linear:
96                lin_min = max(lin_min, self.limits[0])
97                lin_max = min(lin_max, self.limits[1])
98                qrf = np.linspace(lin_min, lin_max, lin_steps, dtype='single')
99                #qrf = np.linspace(lin_min, lin_max, lin_steps, dtype='double')
100                qr = [mp.mpf(float(v)) for v in qrf]
101                #qr = mp.linspace(lin_min, lin_max, lin_steps)
102            else:
103                log_min = np.log10(max(10**log_min, self.limits[0]))
104                log_max = np.log10(min(10**log_max, self.limits[1]))
105                qrf = np.logspace(log_min, log_max, log_steps, dtype='single')
106                #qrf = np.logspace(log_min, log_max, log_steps, dtype='double')
107                qr = [mp.mpf(float(v)) for v in qrf]
108                #qr = [10**v for v in mp.linspace(log_min, log_max, log_steps)]
109
110        target = self.call_mpmath(qr, bits=500)
111        pylab.subplot(121)
112        self.compare(qr, 'single', target, linear, diff)
113        pylab.legend(loc='best')
114        pylab.subplot(122)
115        self.compare(qr, 'double', target, linear, diff)
116        pylab.legend(loc='best')
117        pylab.suptitle(self.name + " compared to 500-bit mpmath")
118
119    def compare(self, x, precision, target, linear=False, diff="relative"):
120        r"""
121        Compare the different computation methods using the given precision.
122        """
123        if precision == 'single':
124            #n=11; plotdiff(x, target, self.call_mpmath(x, n), 'mp %d bits'%n, diff=diff)
125            #n=23; plotdiff(x, target, self.call_mpmath(x, n), 'mp %d bits'%n, diff=diff)
126            pass
127        elif precision == 'double':
128            #n=53; plotdiff(x, target, self.call_mpmath(x, n), 'mp %d bits'%n, diff=diff)
129            #n=83; plotdiff(x, target, self.call_mpmath(x, n), 'mp %d bits'%n, diff=diff)
130            pass
131        plotdiff(x, target, self.call_numpy(x, precision), 'numpy '+precision, diff=diff)
132        plotdiff(x, target, self.call_ocl(x, precision, 0), 'OpenCL '+precision, diff=diff)
133        pylab.xlabel(self.xaxis)
134        if diff == "relative":
135            pylab.ylabel("relative error")
136        elif diff == "absolute":
137            pylab.ylabel("absolute error")
138        else:
139            pylab.ylabel(self.name)
140            pylab.semilogx(x, target, '-', label="true value")
141        if linear:
142            pylab.xscale('linear')
143
144def plotdiff(x, target, actual, label, diff):
145    """
146    Plot the computed value.
147
148    Use relative error if SHOW_DIFF, otherwise just plot the value directly.
149    """
150    if diff == "relative":
151        err = np.array([abs((t-a)/t) for t, a in zip(target, actual)], 'd')
152        #err = np.clip(err, 0, 1)
153        pylab.loglog(x, err, '-', label=label)
154    elif diff == "absolute":
155        err = np.array([abs((t-a)) for t, a in zip(target, actual)], 'd')
156        pylab.loglog(x, err, '-', label=label)
157    else:
158        limits = np.min(target), np.max(target)
159        pylab.semilogx(x, np.clip(actual, *limits), '-', label=label)
160
161def make_ocl(function, name, source=[]):
162    class Kernel(object):
163        pass
164    Kernel.__file__ = name+".py"
165    Kernel.name = name
166    Kernel.parameters = []
167    Kernel.source = source
168    Kernel.Iq = function
169    model_info = modelinfo.make_model_info(Kernel)
170    return model_info
171
172
173# =============== FUNCTION DEFINITIONS ================
174
175FUNCTIONS = {}
176def add_function(name, mp_function, np_function, ocl_function,
177                 shortname=None, xaxis="x", limits=(-inf, inf)):
178    if shortname is None:
179        shortname = name.replace('(x)', '').replace(' ', '')
180    FUNCTIONS[shortname] = Comparator(name, mp_function, np_function, ocl_function, xaxis, limits)
181
182add_function(
183    name="J0(x)",
184    mp_function=mp.j0,
185    np_function=scipy.special.j0,
186    ocl_function=make_ocl("return sas_J0(q);", "sas_J0", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c"]),
187)
188add_function(
189    name="J1(x)",
190    mp_function=mp.j1,
191    np_function=scipy.special.j1,
192    ocl_function=make_ocl("return sas_J1(q);", "sas_J1", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
193)
194add_function(
195    name="JN(-3, x)",
196    mp_function=lambda x: mp.besselj(-3, x),
197    np_function=lambda x: scipy.special.jn(-3, x),
198    ocl_function=make_ocl("return sas_JN(-3, q);", "sas_JN",
199                          ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", "lib/sas_J1.c", "lib/sas_JN.c"]),
200    shortname="J-3",
201)
202add_function(
203    name="JN(3, x)",
204    mp_function=lambda x: mp.besselj(3, x),
205    np_function=lambda x: scipy.special.jn(3, x),
206    ocl_function=make_ocl("return sas_JN(3, q);", "sas_JN",
207                          ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", "lib/sas_J1.c", "lib/sas_JN.c"]),
208    shortname="J3",
209)
210add_function(
211    name="JN(2, x)",
212    mp_function=lambda x: mp.besselj(2, x),
213    np_function=lambda x: scipy.special.jn(2, x),
214    ocl_function=make_ocl("return sas_JN(2, q);", "sas_JN",
215                          ["lib/polevl.c", "lib/sas_J0.c", "lib/sas_J1.c", "lib/sas_JN.c"]),
216    shortname="J2",
217)
218add_function(
219    name="2 J1(x)/x",
220    mp_function=lambda x: 2*mp.j1(x)/x,
221    np_function=lambda x: 2*scipy.special.j1(x)/x,
222    ocl_function=make_ocl("return sas_2J1x_x(q);", "sas_2J1x_x", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
223)
224add_function(
225    name="J1(x)",
226    mp_function=mp.j1,
227    np_function=scipy.special.j1,
228    ocl_function=make_ocl("return sas_J1(q);", "sas_J1", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
229)
230add_function(
231    name="Si(x)",
232    mp_function=mp.si,
233    np_function=lambda x: scipy.special.sici(x)[0],
234    ocl_function=make_ocl("return sas_Si(q);", "sas_Si", ["lib/sas_Si.c"]),
235)
236#import fnlib
237#add_function(
238#    name="fnlibJ1",
239#    mp_function=mp.j1,
240#    np_function=fnlib.J1,
241#    ocl_function=make_ocl("return sas_J1(q);", "sas_J1", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
242#)
243add_function(
244    name="sin(x)",
245    mp_function=mp.sin,
246    np_function=np.sin,
247    #ocl_function=make_ocl("double sn, cn; SINCOS(q,sn,cn); return sn;", "sas_sin"),
248    ocl_function=make_ocl("return sin(q);", "sas_sin"),
249)
250add_function(
251    name="sin(x)/x",
252    mp_function=lambda x: mp.sin(x)/x if x != 0 else 1,
253    ## scipy sinc function is inaccurate and has an implied pi*x term
254    #np_function=lambda x: scipy.special.sinc(x/pi),
255    ## numpy sin(x)/x needs to check for x=0
256    np_function=lambda x: np.sin(x)/x,
257    ocl_function=make_ocl("return sas_sinx_x(q);", "sas_sinc"),
258)
259add_function(
260    name="cos(x)",
261    mp_function=mp.cos,
262    np_function=np.cos,
263    #ocl_function=make_ocl("double sn, cn; SINCOS(q,sn,cn); return cn;", "sas_cos"),
264    ocl_function=make_ocl("return cos(q);", "sas_cos"),
265)
266add_function(
267    name="gamma(x)",
268    mp_function=mp.gamma,
269    np_function=scipy.special.gamma,
270    ocl_function=make_ocl("return sas_gamma(q);", "sas_gamma", ["lib/sas_gamma.c"]),
271    limits=(-3.1, 10),
272)
273add_function(
274    name="erf(x)",
275    mp_function=mp.erf,
276    np_function=scipy.special.erf,
277    ocl_function=make_ocl("return sas_erf(q);", "sas_erf", ["lib/polevl.c", "lib/sas_erf.c"]),
278    limits=(-5., 5.),
279)
280add_function(
281    name="erfc(x)",
282    mp_function=mp.erfc,
283    np_function=scipy.special.erfc,
284    ocl_function=make_ocl("return sas_erfc(q);", "sas_erfc", ["lib/polevl.c", "lib/sas_erf.c"]),
285    limits=(-5., 5.),
286)
287add_function(
288    name="arctan(x)",
289    mp_function=mp.atan,
290    np_function=np.arctan,
291    ocl_function=make_ocl("return atan(q);", "sas_arctan"),
292)
293add_function(
294    name="3 j1(x)/x",
295    mp_function=lambda x: 3*(mp.sin(x)/x - mp.cos(x))/(x*x),
296    # Note: no taylor expansion near 0
297    np_function=lambda x: 3*(np.sin(x)/x - np.cos(x))/(x*x),
298    ocl_function=make_ocl("return sas_3j1x_x(q);", "sas_j1c", ["lib/sas_3j1x_x.c"]),
299)
300add_function(
301    name="(1-cos(x))/x^2",
302    mp_function=lambda x: (1 - mp.cos(x))/(x*x),
303    np_function=lambda x: (1 - np.cos(x))/(x*x),
304    ocl_function=make_ocl("return (1-cos(q))/q/q;", "sas_1mcosx_x2"),
305)
306add_function(
307    name="(1-sin(x)/x)/x",
308    mp_function=lambda x: 1/x - mp.sin(x)/(x*x),
309    np_function=lambda x: 1/x - np.sin(x)/(x*x),
310    ocl_function=make_ocl("return (1-sas_sinx_x(q))/q;", "sas_1msinx_x_x"),
311)
312add_function(
313    name="(1/2+(1-cos(x))/x^2-sin(x)/x)/x",
314    mp_function=lambda x: (0.5 - mp.sin(x)/x + (1-mp.cos(x))/(x*x))/x,
315    np_function=lambda x: (0.5 - np.sin(x)/x + (1-np.cos(x))/(x*x))/x,
316    ocl_function=make_ocl("return (0.5-sin(q)/q + (1-cos(q))/q/q)/q;", "sas_T2"),
317)
318add_function(
319    name="fmod_2pi",
320    mp_function=lambda x: mp.fmod(x, 2*mp.pi),
321    np_function=lambda x: np.fmod(x, 2*np.pi),
322    ocl_function=make_ocl("return fmod(q, 2*M_PI);", "sas_fmod"),
323)
324
325RADIUS=3000
326LENGTH=30
327THETA=45
328def mp_cyl(x):
329    f = mp.mpf
330    theta = f(THETA)*mp.pi/f(180)
331    qr = x * f(RADIUS)*mp.sin(theta)
332    qh = x * f(LENGTH)/f(2)*mp.cos(theta)
333    be = f(2)*mp.j1(qr)/qr
334    si = mp.sin(qh)/qh
335    background = f(0)
336    #background = f(1)/f(1000)
337    volume = mp.pi*f(RADIUS)**f(2)*f(LENGTH)
338    contrast = f(5)
339    units = f(1)/f(10000)
340    #return be
341    #return si
342    return units*(volume*contrast*be*si)**f(2)/volume + background
343def np_cyl(x):
344    f = np.float64 if x.dtype == np.float64 else np.float32
345    theta = f(THETA)*f(np.pi)/f(180)
346    qr = x * f(RADIUS)*np.sin(theta)
347    qh = x * f(LENGTH)/f(2)*np.cos(theta)
348    be = f(2)*scipy.special.j1(qr)/qr
349    si = np.sin(qh)/qh
350    background = f(0)
351    #background = f(1)/f(1000)
352    volume = f(np.pi)*f(RADIUS)**2*f(LENGTH)
353    contrast = f(5)
354    units = f(1)/f(10000)
355    #return be
356    #return si
357    return units*(volume*contrast*be*si)**f(2)/volume + background
358ocl_cyl = """\
359    double THETA = %(THETA).15e*M_PI_180;
360    double qr = q*%(RADIUS).15e*sin(THETA);
361    double qh = q*0.5*%(LENGTH).15e*cos(THETA);
362    double be = sas_2J1x_x(qr);
363    double si = sas_sinx_x(qh);
364    double background = 0;
365    //double background = 0.001;
366    double volume = M_PI*square(%(RADIUS).15e)*%(LENGTH).15e;
367    double contrast = 5.0;
368    double units = 1e-4;
369    //return be;
370    //return si;
371    return units*square(volume*contrast*be*si)/volume + background;
372"""%{"LENGTH":LENGTH, "RADIUS": RADIUS, "THETA": THETA}
373add_function(
374    name="cylinder(r=%g, l=%g, theta=%g)"%(RADIUS, LENGTH, THETA),
375    mp_function=mp_cyl,
376    np_function=np_cyl,
377    ocl_function=make_ocl(ocl_cyl, "ocl_cyl", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
378    shortname="cylinder",
379    xaxis="$q/A^{-1}$",
380)
381
382lanczos_gamma = """\
383    const double coeff[] = {
384            76.18009172947146,     -86.50532032941677,
385            24.01409824083091,     -1.231739572450155,
386            0.1208650973866179e-2,-0.5395239384953e-5
387            };
388    const double x = q;
389    double tmp  = x + 5.5;
390    tmp -= (x + 0.5)*log(tmp);
391    double ser = 1.000000000190015;
392    for (int k=0; k < 6; k++) ser += coeff[k]/(x + k+1);
393    return -tmp + log(2.5066282746310005*ser/x);
394"""
395add_function(
396    name="log gamma(x)",
397    mp_function=mp.loggamma,
398    np_function=scipy.special.gammaln,
399    ocl_function=make_ocl(lanczos_gamma, "lgamma"),
400)
401
402# Alternate versions of 3 j1(x)/x, for posterity
403def taylor_3j1x_x(x):
404    """
405    Calculation using taylor series.
406    """
407    # Generate coefficients using the precision of the target value.
408    n = 5
409    cinv = [3991680, -45360, 840, -30, 3]
410    three = x.dtype.type(3)
411    p = three/np.array(cinv, x.dtype)
412    return np.polyval(p[-n:], x*x)
413add_function(
414    name="3 j1(x)/x: taylor",
415    mp_function=lambda x: 3*(mp.sin(x)/x - mp.cos(x))/(x*x),
416    np_function=taylor_3j1x_x,
417    ocl_function=make_ocl("return sas_3j1x_x(q);", "sas_j1c", ["lib/sas_3j1x_x.c"]),
418)
419def trig_3j1x_x(x):
420    r"""
421    Direct calculation using linear combination of sin/cos.
422
423    Use the following trig identity:
424
425    .. math::
426
427        a \sin(x) + b \cos(x) = c \sin(x + \phi)
428
429    where $c = \surd(a^2+b^2)$ and $\phi = \tan^{-1}(b/a) to calculate the
430    numerator $\sin(x) - x\cos(x)$.
431    """
432    one = x.dtype.type(1)
433    three = x.dtype.type(3)
434    c = np.sqrt(one + x*x)
435    phi = np.arctan2(-x, one)
436    return three*(c*np.sin(x+phi))/(x*x*x)
437add_function(
438    name="3 j1(x)/x: trig",
439    mp_function=lambda x: 3*(mp.sin(x)/x - mp.cos(x))/(x*x),
440    np_function=trig_3j1x_x,
441    ocl_function=make_ocl("return sas_3j1x_x(q);", "sas_j1c", ["lib/sas_3j1x_x.c"]),
442)
443def np_2J1x_x(x):
444    """
445    numpy implementation of 2J1(x)/x using single precision algorithm
446    """
447    # pylint: disable=bad-continuation
448    f = x.dtype.type
449    ax = abs(x)
450    if ax < f(8.0):
451        y = x*x
452        ans1 = f(2)*(f(72362614232.0)
453                  + y*(f(-7895059235.0)
454                  + y*(f(242396853.1)
455                  + y*(f(-2972611.439)
456                  + y*(f(15704.48260)
457                  + y*(f(-30.16036606)))))))
458        ans2 = (f(144725228442.0)
459                  + y*(f(2300535178.0)
460                  + y*(f(18583304.74)
461                  + y*(f(99447.43394)
462                  + y*(f(376.9991397)
463                  + y)))))
464        return ans1/ans2
465    else:
466        y = f(64.0)/(ax*ax)
467        xx = ax - f(2.356194491)
468        ans1 = (f(1.0)
469                  + y*(f(0.183105e-2)
470                  + y*(f(-0.3516396496e-4)
471                  + y*(f(0.2457520174e-5)
472                  + y*f(-0.240337019e-6)))))
473        ans2 = (f(0.04687499995)
474                  + y*(f(-0.2002690873e-3)
475                  + y*(f(0.8449199096e-5)
476                  + y*(f(-0.88228987e-6)
477                  + y*f(0.105787412e-6)))))
478        sn, cn = np.sin(xx), np.cos(xx)
479        ans = np.sqrt(f(0.636619772)/ax) * (cn*ans1 - (f(8.0)/ax)*sn*ans2) * f(2)/x
480        return -ans if (x < f(0.0)) else ans
481add_function(
482    name="2 J1(x)/x:alt",
483    mp_function=lambda x: 2*mp.j1(x)/x,
484    np_function=lambda x: np.asarray([np_2J1x_x(v) for v in x], x.dtype),
485    ocl_function=make_ocl("return sas_2J1x_x(q);", "sas_2J1x_x", ["lib/polevl.c", "lib/sas_J1.c"]),
486)
487
488ALL_FUNCTIONS = set(FUNCTIONS.keys())
489ALL_FUNCTIONS.discard("loggamma")  # OCL version not ready yet
490ALL_FUNCTIONS.discard("3j1/x:taylor")
491ALL_FUNCTIONS.discard("3j1/x:trig")
492ALL_FUNCTIONS.discard("2J1/x:alt")
493
494# =============== MAIN PROGRAM ================
495
496def usage():
497    names = ", ".join(sorted(ALL_FUNCTIONS))
498    print("""\
499usage: precision.py [-f/a/r] [-x<range>] name...
500where
501    -f indicates that the function value should be plotted,
502    -a indicates that the absolute error should be plotted,
503    -r indicates that the relative error should be plotted (default),
504    -x<range> indicates the steps in x, where <range> is one of the following
505      log indicates log stepping in [10^-3, 10^5] (default)
506      logq indicates log stepping in [10^-4, 10^1]
507      linear indicates linear stepping in [1, 1000]
508      zoom indicates linear stepping in [1000, 1010]
509      neg indicates linear stepping in [-100.1, 100.1]
510and name is "all [first]" or one of:
511    """+names)
512    sys.exit(1)
513
514def main():
515    import sys
516    diff = "relative"
517    xrange = "log"
518    options = [v for v in sys.argv[1:] if v.startswith('-')]
519    for opt in options:
520        if opt == '-f':
521            diff = "none"
522        elif opt == '-r':
523            diff = "relative"
524        elif opt == '-a':
525            diff = "absolute"
526        elif opt.startswith('-x'):
527            xrange = opt[2:]
528        else:
529            usage()
530
531    names = [v for v in sys.argv[1:] if not v.startswith('-')]
532    if not names:
533        usage()
534
535    if names[0] == "all":
536        cutoff = names[1] if len(names) > 1 else ""
537        names = list(sorted(ALL_FUNCTIONS))
538        names = [k for k in names if k >= cutoff]
539    if any(k not in FUNCTIONS for k in names):
540        usage()
541    multiple = len(names) > 1
542    pylab.interactive(multiple)
543    for k in names:
544        pylab.clf()
545        comparator = FUNCTIONS[k]
546        comparator.run(xrange=xrange, diff=diff)
547        if multiple:
548            raw_input()
549    if not multiple:
550        pylab.show()
551
552if __name__ == "__main__":
553    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.