source: sasmodels/example/fit.py @ 6ce1a29

core_shell_microgelscostrafo411magnetic_modelrelease_v0.94release_v0.95ticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since 6ce1a29 was 6ce1a29, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 6 years ago

include data for example

  • Property mode set to 100644
File size: 5.2 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3
4import sys
5from bumps.names import *
6from sasmodels import bumps_model as sas
7
8""" IMPORT THE DATA USED """
9radial_data = sas.load_data('DEC07267.DAT')
10sas.set_beam_stop(radial_data, 0.00669, outer=0.025)
11sas.set_top(radial_data, -.0185)
12
13tan_data = sas.load_data('DEC07266.DAT')
14sas.set_beam_stop(tan_data, 0.00669, outer=0.025)
15sas.set_top(tan_data, -.0185)
16#sas.set_half(tan_data, 'right')
17
18name = "ellipsoid" if len(sys.argv) < 2 else sys.argv[1]
19section = "radial" if len(sys.argv) < 3 else sys.argv[2]
20data = radial_data if section is not "tangent" else tan_data
21kernel = sas.load_model(name, dtype="single")
22cutoff = 1e-3
23
24if name == "ellipsoid":
25    model = sas.BumpsModel(data, kernel,
26    scale=0.08,
27    rpolar=15, requatorial=800,
28    sld=.291, solvent_sld=7.105,
29    background=0,
30    theta=90, phi=0,
31    theta_pd=15, theta_pd_n=40, theta_pd_nsigma=3,
32    rpolar_pd=0.222296, rpolar_pd_n=1, rpolar_pd_nsigma=0,
33    requatorial_pd=.000128, requatorial_pd_n=1, requatorial_pd_nsigma=0,
34    phi_pd=0, phi_pd_n=20, phi_pd_nsigma=3,
35    )
36
37
38    # SET THE FITTING PARAMETERS
39    #model.rpolar.range(15, 1000)
40    #model.requatorial.range(15, 1000)
41    #model.theta_pd.range(0, 360)
42    #model.background.range(0,1000)
43    model.scale.range(0, 10)
44
45
46elif name == "lamellar":
47    model = sas.BumpsModel(data, kernel,
48    scale=0.08,
49    thickness=19.2946,
50    sld=5.38,sld_sol=7.105,
51    background=0.003,
52    thickness_pd= 0.37765, thickness_pd_n=10, thickness_pd_nsigma=3,
53    )
54
55    # SET THE FITTING PARAMETERS
56    #model.thickness.range(0, 1000)
57    #model.scale.range(0, 1)
58    #model.thickness_pd.range(0, 1000)
59    #model.background.range(0, 1000)
60    model.sld.range(0, 1)
61
62
63elif name == "cylinder":
64    """
65    pars = dict(scale=0.0023, radius=92.5, length=798.3,
66        sld=.29, solvent_sld=7.105, background=5,
67        theta=0, phi=0,
68        theta_pd=22.11, theta_pd_n=5, theta_pd_nsigma=3,
69        radius_pd=.0084, radius_pd_n=10, radius_pd_nsigma=3,
70        length_pd=0.493, length_pd_n=10, length_pd_nsigma=3,
71        phi_pd=0, phi_pd_n=5, phi_pd_nsigma=3,)
72        """
73    pars = dict(
74        scale=.01, background=35,
75        sld=.291, solvent_sld=5.77, 
76        radius=250, length=178, 
77        theta=90, phi=0,
78        radius_pd=0.1, radius_pd_n=5, radius_pd_nsigma=3,
79        length_pd=0.1,length_pd_n=5, length_pd_nsigma=3,
80        theta_pd=10, theta_pd_n=50, theta_pd_nsigma=3,
81        phi_pd=0, phi_pd_n=10, phi_pd_nsigma=3)
82    model = sas.BumpsModel(data, kernel, **pars)
83
84    # SET THE FITTING PARAMETERS
85    model.radius.range(1, 500)
86    model.length.range(1, 5000)
87    model.theta.range(-90,100)
88    model.theta_pd.range(0, 30)
89    model.theta_pd_n = model.theta_pd + 5
90    model.radius_pd.range(0, 1)
91    model.length_pd.range(0, 2)
92    model.scale.range(0, 10)
93    model.background.range(0, 100)
94
95
96elif name == "core_shell_cylinder":
97    model = sas.BumpsModel(data, kernel,
98    scale= .031, radius=19.5, thickness=30, length=22,
99    core_sld=7.105, shell_sld=.291, solvent_sld=7.105,
100    background=0, theta=0, phi=0,
101
102    radius_pd=0.26, radius_pd_n=10, radius_pd_nsigma=3,
103    length_pd=0.26, length_pd_n=10, length_pd_nsigma=3,
104    thickness_pd=1, thickness_pd_n=1, thickness_pd_nsigma=1,
105    theta_pd=1, theta_pd_n=10, theta_pd_nsigma=3,
106    phi_pd=0.1, phi_pd_n=1, phi_pd_nsigma=1,
107    )
108
109    # SET THE FITTING PARAMETERS
110    #model.radius.range(115, 1000)
111    #model.length.range(0, 2500)
112    #model.thickness.range(18, 38)
113    #model.thickness_pd.range(0, 1)
114    #model.phi.range(0, 90)
115    #model.radius_pd.range(0, 1)
116    #model.length_pd.range(0, 1)
117    #model.theta_pd.range(0, 360)
118    #model.background.range(0,5)
119    model.scale.range(0, 1)
120
121
122
123elif name == "capped_cylinder":
124    model = sas.BumpsModel(data, kernel,
125    scale=.08, radius=20, cap_radius=40, length=400,
126    sld_capcyl=1, sld_solv=6.3,
127    background=0, theta=0, phi=0,
128    radius_pd=.1, radius_pd_n=5, radius_pd_nsigma=3,
129    cap_radius_pd=.1, cap_radius_pd_n=5, cap_radius_pd_nsigma=3,
130    length_pd=.1, length_pd_n=1, length_pd_nsigma=0,
131    theta_pd=.1, theta_pd_n=1, theta_pd_nsigma=0,
132    phi_pd=.1, phi_pd_n=1, phi_pd_nsigma=0,
133    dtype=dtype)
134
135    model.scale.range(0, 1)
136
137
138elif name == "triaxial_ellipsoid":
139    model = sas.BumpsModel(data, kernel,
140    scale=0.08, req_minor=15, req_major=20, rpolar=500,
141    sldEll=7.105, solvent_sld=.291,
142    background=5, theta=0, phi=0, psi=0,
143    theta_pd=20, theta_pd_n=40, theta_pd_nsigma=3,
144    phi_pd=.1, phi_pd_n=1, phi_pd_nsigma=0,
145    psi_pd=30, psi_pd_n=1, psi_pd_nsigma=0,
146    req_minor_pd=.1, req_minor_pd_n=1, req_minor_pd_nsigma=0,
147    req_major_pd=.1, req_major_pd_n=1, req_major_pd_nsigma=0,
148    rpolar_pd=.1, rpolar_pd_n=1, rpolar_pd_nsigma=0, dtype=dtype)
149
150    # SET THE FITTING PARAMETERS
151    model.req_minor.range(15, 1000)
152    model.req_major.range(15, 1000)
153    #model.rpolar.range(15, 1000)
154    #model.background.range(0,1000)
155    #model.theta_pd.range(0, 360)
156    #model.phi_pd.range(0, 360)
157    #model.psi_pd.range(0, 360)
158
159else:
160    print "No parameters for %s"%name
161    sys.exit(1)
162
163model.cutoff = cutoff
164if section is "both":
165   tan_model = sas.BumpsModel(tan_data, model.model, model.parameters())
166   tan_model.phi = model.phi - 90
167   problem = FitProblem([model, tan_model])
168else:
169   problem = FitProblem(model)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.