source: sasmodels/example/fit.py @ 1ee5ac6

core_shell_microgelsmagnetic_modelticket-1257-vesicle-productticket_1156ticket_1265_superballticket_822_more_unit_tests
Last change on this file since 1ee5ac6 was 1ee5ac6, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 5 years ago

example/fit.py: py3 compatibility

  • Property mode set to 100644
File size: 6.4 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3
4import sys
5from bumps.names import *
6from sasmodels.core import load_model
7from sasmodels.bumps_model import Model, Experiment
8from sasmodels.data import load_data, set_beam_stop, set_top
9
10""" IMPORT THE DATA USED """
11radial_data = load_data('DEC07267.DAT')
12set_beam_stop(radial_data, 0.00669, outer=0.025)
13set_top(radial_data, -.0185)
14
15tan_data = load_data('DEC07266.DAT')
16set_beam_stop(tan_data, 0.00669, outer=0.025)
17set_top(tan_data, -.0185)
18#sas.set_half(tan_data, 'right')
19
20name = "ellipsoid" if len(sys.argv) < 2 else sys.argv[1]
21section = "radial" if len(sys.argv) < 3 else sys.argv[2]
22if section not in ("radial","tangential","both"):
23    raise ValueError("section %r should be 'radial', 'tangential' or 'both'"
24            % section)
25data = radial_data if section != "tangential" else tan_data
26theta = 89.9 if section != "tangential" else 0
27phi = 90
28kernel = load_model(name, dtype="single")
29cutoff = 1e-3
30
31if name == "ellipsoid":
32    model = Model(kernel,
33        scale=0.08, background=35,
34        radius_polar=15, radius_equatorial=800,
35        sld=.291, sld_solvent=7.105,
36        theta=theta, phi=phi,
37        theta_pd=0, theta_pd_n=0, theta_pd_nsigma=3,
38        phi_pd=0, phi_pd_n=20, phi_pd_nsigma=3,
39        radius_polar_pd=0.222296, radius_polar_pd_n=1, radius_polar_pd_nsigma=0,
40        radius_equatorial_pd=.000128, radius_equatorial_pd_n=1, radius_equatorial_pd_nsigma=0,
41        )
42
43    # SET THE FITTING PARAMETERS
44    model.radius_polar.range(15, 1000)
45    model.radius_equatorial.range(15, 1000)
46    #model.theta.range(0, 90)
47    #model.theta_pd.range(0,10)
48    model.phi_pd.range(0,20)
49    model.phi.range(0, 180)
50    model.background.range(0,1000)
51    model.scale.range(0, 10)
52
53
54elif name == "lamellar":
55    model = Model(kernel,
56        scale=0.08, background=0.003,
57        thickness=19.2946,
58        sld=5.38,sld_sol=7.105,
59        thickness_pd= 0.37765, thickness_pd_n=10, thickness_pd_nsigma=3,
60        )
61
62    # SET THE FITTING PARAMETERS
63    #model.thickness.range(0, 1000)
64    #model.scale.range(0, 1)
65    #model.thickness_pd.range(0, 1000)
66    #model.background.range(0, 1000)
67    model.sld.range(0, 1)
68
69
70elif name == "cylinder":
71    """
72    pars = dict(scale=0.0023, radius=92.5, length=798.3,
73        sld=.29, solvent_sld=7.105, background=5,
74        theta=0, phi=phi,
75        theta_pd=22.11, theta_pd_n=5, theta_pd_nsigma=3,
76        radius_pd=.0084, radius_pd_n=10, radius_pd_nsigma=3,
77        length_pd=0.493, length_pd_n=10, length_pd_nsigma=3,
78        phi_pd=0, phi_pd_n=5 phi_pd_nsigma=3,)
79        """
80    pars = dict(
81        scale=.01, background=35,
82        sld=.291, sld_solvent=5.77,
83        radius=250, length=178,
84        radius_pd=0.1, radius_pd_n=5, radius_pd_nsigma=3,
85        length_pd=0.1,length_pd_n=5, length_pd_nsigma=3,
86        theta=theta, phi=phi,
87        theta_pd=0, theta_pd_n=0, theta_pd_nsigma=3,
88        phi_pd=10, phi_pd_n=20, phi_pd_nsigma=3)
89    model = Model(kernel, **pars)
90
91    # SET THE FITTING PARAMETERS
92    model.radius.range(1, 500)
93    model.length.range(1, 5000)
94    #model.theta.range(0, 90)
95    model.phi.range(0, 180)
96    model.phi_pd.range(0, 30)
97    model.radius_pd.range(0, 1)
98    model.length_pd.range(0, 1)
99    model.scale.range(0, 10)
100    model.background.range(0, 100)
101
102
103elif name == "core_shell_cylinder":
104    model = Model(kernel,
105        scale= .031, background=0,
106        radius=19.5, thickness=30, length=22,
107        sld_core=7.105, sld_shell=.291, sld_solvent=7.105,
108        radius_pd=0.26, radius_pd_n=10, radius_pd_nsigma=3,
109        length_pd=0.26, length_pd_n=10, length_pd_nsigma=3,
110        thickness_pd=1, thickness_pd_n=1, thickness_pd_nsigma=1,
111        theta=theta, phi=phi,
112        theta_pd=1, theta_pd_n=1, theta_pd_nsigma=3,
113        phi_pd=0, phi_pd_n=20, phi_pd_nsigma=3,
114        )
115
116    # SET THE FITTING PARAMETERS
117    model.radius.range(115, 1000)
118    model.length.range(0, 2500)
119    #model.thickness.range(18, 38)
120    #model.thickness_pd.range(0, 1)
121    #model.phi.range(0, 90)
122    model.phi_pd.range(0,20)
123    #model.radius_pd.range(0, 1)
124    #model.length_pd.range(0, 1)
125    #model.theta_pd.range(0, 360)
126    #model.background.range(0,5)
127    model.scale.range(0, 1)
128
129
130
131elif name == "capped_cylinder":
132    model = Model(kernel,
133        scale=.08, background=35,
134        radius=20, cap_radius=40, length=400,
135        sld=1, sld_solvent=6.3,
136        radius_pd=.1, radius_pd_n=5, radius_pd_nsigma=3,
137        cap_radius_pd=.1, cap_radius_pd_n=5, cap_radius_pd_nsigma=3,
138        length_pd=.1, length_pd_n=1, length_pd_nsigma=0,
139        theta=theta, phi=phi,
140        theta_pd=0, theta_pd_n=1, theta_pd_nsigma=0,
141        phi_pd=10, phi_pd_n=20, phi_pd_nsigma=0,
142        )
143
144    model.radius.range(115, 1000)
145    model.length.range(0, 2500)
146    #model.thickness.range(18, 38)
147    #model.thickness_pd.range(0, 1)
148    #model.phi.range(0, 90)
149    model.phi_pd.range(0,20)
150    #model.radius_pd.range(0, 1)
151    #model.length_pd.range(0, 1)
152    #model.theta_pd.range(0, 360)
153    #model.background.range(0,5)
154    model.scale.range(0, 1)
155
156
157elif name == "triaxial_ellipsoid":
158    model = Model(kernel,
159        scale=0.08, background=35,
160        radius_equat_minor=15, radius_equat_major=20, radius_polar=500,
161        sld=7.105, solvent_sld=.291,
162        radius_equat_minor_pd=.1, radius_equat_minor_pd_n=1, radius_equat_minor_pd_nsigma=0,
163        radius_equat_major_pd=.1, radius_equat_major_pd_n=1, radius_equat_major_pd_nsigma=0,
164        radius_polar_pd=.1, radius_polar_pd_n=1, radius_polar_pd_nsigma=0,
165        theta=theta, phi=phi, psi=0,
166        theta_pd=20, theta_pd_n=40, theta_pd_nsigma=3,
167        phi_pd=.1, phi_pd_n=1, phi_pd_nsigma=0,
168        psi_pd=30, psi_pd_n=1, psi_pd_nsigma=0,
169        )
170
171    # SET THE FITTING PARAMETERS
172    model.radius_equat_minor.range(15, 1000)
173    model.radius_equat_major.range(15, 1000)
174    #model.radius_polar.range(15, 1000)
175    #model.background.range(0,1000)
176    #model.theta_pd.range(0, 360)
177    #model.phi_pd.range(0, 360)
178    #model.psi_pd.range(0, 360)
179
180else:
181    print("No parameters for %s"%name)
182    sys.exit(1)
183
184model.cutoff = cutoff
185M = Experiment(data=data, model=model)
186if section == "both":
187   tan_model = Model(model.sasmodel, **model.parameters())
188   tan_model.phi = model.phi - 90
189   tan_model.cutoff = cutoff
190   tan_M = Experiment(data=tan_data, model=tan_model)
191   problem = FitProblem([M, tan_M])
192else:
193   problem = FitProblem(M)
194
195if __name__ == "__main__":
196   problem.plot()
197   import pylab; pylab.show()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.