Changes in / [e61a9b1:d24e41d] in sasview


Ignore:
Files:
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • docs/sphinx-docs/build_sphinx.py

    r01f1e17 r4abc05d8  
    3838#/sasview-local-trunk/docs/sphinx-docs/build_sphinx.py 
    3939SASMODELS_SOURCE_PROLOG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc") 
    40 SASMODELS_SOURCE_GPU = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "gpu") 
    41 SASMODELS_SOURCE_SESANS = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "sesans") 
    42 SASMODELS_SOURCE_SESANSIMG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "sesans", "sesans_img") 
    43 SASMODELS_SOURCE_MAGNETISM = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "magnetism") 
    44 SASMODELS_SOURCE_MAGIMG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "magnetism", "mag_img") 
    45 SASMODELS_SOURCE_REF_MODELS = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "ref", "models") 
     40SASMODELS_SOURCE_GPU = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "gpu") 
     41SASMODELS_SOURCE_SESANS = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "sesans") 
     42SASMODELS_SOURCE_SESANSIMG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "sesans", "sesans_img") 
     43SASMODELS_SOURCE_MAGNETISM = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "magnetism") 
     44SASMODELS_SOURCE_MAGIMG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "magnetism", "mag_img") 
     45SASMODELS_SOURCE_REF_MODELS = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "guide", "models") 
    4646SASMODELS_SOURCE_MODELS = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "model") 
    4747SASMODELS_SOURCE_IMG = os.path.join(CURRENT_SCRIPT_DIR, "..", "..", "..", "sasmodels", "doc", "model", "img") 

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/Cinvertor.c

    r959eb01 rcb62bd5  
    294294} 
    295295 
    296 const char set_has_bck_doc[] = 
     296const char set_est_bck_doc[] = 
    297297        "Sets background flag\n"; 
    298298 
    … …  
    300300 * Sets the maximum distance 
    301301 */ 
    302 static PyObject * set_has_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
    303         int has_bck; 
    304  
    305         if (!PyArg_ParseTuple(args, "i", &has_bck)) return NULL; 
    306         self->params.has_bck = has_bck; 
    307         return Py_BuildValue("i", self->params.has_bck); 
    308 } 
    309  
    310 const char get_has_bck_doc[] = 
     302static PyObject * set_est_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
     303        int est_bck; 
     304 
     305        if (!PyArg_ParseTuple(args, "i", &est_bck)) return NULL; 
     306        self->params.est_bck = est_bck; 
     307        return Py_BuildValue("i", self->params.est_bck); 
     308} 
     309 
     310const char get_est_bck_doc[] = 
    311311        "Gets background flag\n"; 
    312312 
    … …  
    314314 * Gets the maximum distance 
    315315 */ 
    316 static PyObject * get_has_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
    317         return Py_BuildValue("i", self->params.has_bck); 
     316static PyObject * get_est_bck(Cinvertor *self, PyObject *args) { 
     317        return Py_BuildValue("i", self->params.est_bck); 
    318318} 
    319319 
    … …  
    882882        sqrt_alpha = sqrt(self->params.alpha); 
    883883        pi = acos(-1.0); 
    884         offset = (self->params.has_bck==1) ? 0 : 1; 
     884        offset = (self->params.est_bck==1) ? 0 : 1; 
    885885 
    886886    for (j=0; j<nfunc; j++) { 
    … …  
    892892            } 
    893893            if (accept_q(self, self->params.x[i])){ 
    894                 if (self->params.has_bck==1 && j==0) { 
     894                if (self->params.est_bck==1 && j==0) { 
    895895                    a[i*nfunc+j] = 1.0/self->params.err[i]; 
    896896                } else { 
    … …  
    906906        } 
    907907        for (i_r=0; i_r<nr; i_r++){ 
    908             if (self->params.has_bck==1 && j==0) { 
     908            if (self->params.est_bck==1 && j==0) { 
    909909                a[(i_r+self->params.npoints)*nfunc+j] = 0.0; 
    910910            } else { 
    … …  
    10291029                   {"set_slit_height", (PyCFunction)set_slit_height, METH_VARARGS, set_slit_height_doc}, 
    10301030                   {"get_slit_height", (PyCFunction)get_slit_height, METH_VARARGS, get_slit_height_doc}, 
    1031                    {"set_has_bck", (PyCFunction)set_has_bck, METH_VARARGS, set_has_bck_doc}, 
    1032                    {"get_has_bck", (PyCFunction)get_has_bck, METH_VARARGS, get_has_bck_doc}, 
     1031                   {"set_est_bck", (PyCFunction)set_est_bck, METH_VARARGS, set_est_bck_doc}, 
     1032                   {"get_est_bck", (PyCFunction)get_est_bck, METH_VARARGS, get_est_bck_doc}, 
    10331033                   {"get_nx", (PyCFunction)get_nx, METH_VARARGS, get_nx_doc}, 
    10341034                   {"get_ny", (PyCFunction)get_ny, METH_VARARGS, get_ny_doc}, 

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/invertor.c

    r959eb01 rcb62bd5  
    2020        pars->q_min = -1.0; 
    2121        pars->q_max = -1.0; 
    22         pars->has_bck = 0; 
     22        pars->est_bck = 0; 
    2323} 
    2424 
    … …  
    313313    return sqrt(sum_r2/(2.0*sum)); 
    314314} 
    315  

  • src/sas/sascalc/pr/c_extensions/invertor.h

    r959eb01 rcb62bd5  
    2727    double q_max; 
    2828    /// Flag for whether or not to evalute a constant background while inverting 
    29     int has_bck; 
     29    int est_bck; 
    3030    /// Slit height in units of q [A-1] 
    3131    double slit_height; 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r45dffa69 rcb62bd5  
    121121         self.q_min, self.q_max, 
    122122         self.x, self.y, 
    123          self.err, self.has_bck, 
     123         self.err, self.est_bck, 
    124124         self.slit_height, self.slit_width) = state 
    125125 
    … …  
    133133                 self.q_min, self.q_max, 
    134134                 self.x, self.y, 
    135                  self.err, self.has_bck, 
     135                 self.err, self.est_bck, 
    136136                 self.slit_height, self.slit_width, 
    137137                ) 
    … …  
    175175        elif name == 'slit_width': 
    176176            return self.set_slit_width(value) 
    177         elif name == 'has_bck': 
     177        elif name == 'est_bck': 
    178178            if value == True: 
    179                 return self.set_has_bck(1) 
     179                return self.set_est_bck(1) 
    180180            elif value == False: 
    181                 return self.set_has_bck(0) 
     181                return self.set_est_bck(0) 
    182182            else: 
    183                 raise ValueError, "Invertor: has_bck can only be True or False" 
     183                raise ValueError, "Invertor: est_bck can only be True or False" 
    184184 
    185185        return Cinvertor.__setattr__(self, name, value) 
    … …  
    220220        elif name == 'slit_width': 
    221221            return self.get_slit_width() 
    222         elif name == 'has_bck': 
    223             value = self.get_has_bck() 
     222        elif name == 'est_bck': 
     223            value = self.get_est_bck() 
    224224            if value == 1: 
    225225                return True 
    … …  
    248248        invertor.y = self.y 
    249249        invertor.err = self.err 
    250         invertor.has_bck = self.has_bck 
     250        invertor.est_bck = self.est_bck 
     251        invertor.background = self.background 
    251252        invertor.slit_height = self.slit_height 
    252253        invertor.slit_width = self.slit_width 
    … …  
    290291        """ 
    291292        # Reset the background value before proceeding 
    292         self.background = 0.0 
    293         return self.lstsq(nfunc, nr=nr) 
     293        # self.background = 0.0 
     294        if not self.est_bck: 
     295            self.y -= self.background 
     296        out, cov = self.lstsq(nfunc, nr=nr) 
     297        if not self.est_bck: 
     298            self.y += self.background 
     299        return out, cov 
    294300 
    295301    def iq(self, out, q): 
    … …  
    454460 
    455461        # If we need to fit the background, add a term 
    456         if self.has_bck == True: 
     462        if self.est_bck == True: 
    457463            nfunc_0 = nfunc 
    458464            nfunc += 1 
    … …  
    500506 
    501507        # Keep a copy of the last output 
    502         if self.has_bck == False: 
    503             self.background = 0 
     508        if self.est_bck == False: 
    504509            self.out = c 
    505510            self.cov = err 
    … …  
    653658        file.write("#slit_width=%g\n" % self.slit_width) 
    654659        file.write("#background=%g\n" % self.background) 
    655         if self.has_bck == True: 
     660        if self.est_bck == True: 
    656661            file.write("#has_bck=1\n") 
    657662        else: 
    … …  
    734739                        toks = line.split('=') 
    735740                        if int(toks[1]) == 1: 
    736                             self.has_bck = True 
     741                            self.est_bck = True 
    737742                        else: 
    738                             self.has_bck = False 
     743                            self.est_bck = False 
    739744 
    740745                    # Now read in the parameters 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/model_editor.py

    ra1b8fee r07ec714  
    643643        self.name_hsizer = None 
    644644        self.name_tcl = None 
     645        self.overwrite_cb = None 
    645646        self.desc_sizer = None 
    646647        self.desc_tcl = None 
    … …  
    657658        self.warning = "" 
    658659        #This does not seem to be used anywhere so commenting out for now 
    659         #    -- PDB 2/26/17  
     660        #    -- PDB 2/26/17 
    660661        #self._description = "New Plugin Model" 
    661662        self.function_tcl = None 
    … …  
    689690        #title name [string] 
    690691        name_txt = wx.StaticText(self, -1, 'Function Name : ') 
    691         overwrite_cb = wx.CheckBox(self, -1, "Overwrite existing plugin model of this name?", (10, 10)) 
    692         overwrite_cb.SetValue(False) 
    693         overwrite_cb.SetToolTipString("Overwrite it if already exists?") 
    694         wx.EVT_CHECKBOX(self, overwrite_cb.GetId(), self.on_over_cb) 
     692        self.overwrite_cb = wx.CheckBox(self, -1, "Overwrite existing plugin model of this name?", (10, 10)) 
     693        self.overwrite_cb.SetValue(False) 
     694        self.overwrite_cb.SetToolTipString("Overwrite it if already exists?") 
     695        wx.EVT_CHECKBOX(self, self.overwrite_cb.GetId(), self.on_over_cb) 
    695696        self.name_tcl = wx.TextCtrl(self, -1, size=(PANEL_WIDTH * 3 / 5, -1)) 
    696697        self.name_tcl.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.on_change_name) 
    … …  
    700701        self.name_tcl.SetToolTipString(hint_name) 
    701702        self.name_hsizer.AddMany([(self.name_tcl, 0, wx.LEFT | wx.TOP, 0), 
    702                                   (overwrite_cb, 0, wx.LEFT, 20)]) 
     703                                  (self.overwrite_cb, 0, wx.LEFT, 20)]) 
    703704        self.name_sizer.AddMany([(name_txt, 0, wx.LEFT | wx.TOP, 10), 
    704705                                 (self.name_hsizer, 0, 
    … …  
    740741        self.param_sizer.AddMany([(param_txt, 0, wx.LEFT, 10), 
    741742                                  (self.param_tcl, 1, wx.EXPAND | wx.ALL, 10)]) 
    742          
     743 
    743744        # Parameters with polydispersity 
    744745        pd_param_txt = wx.StaticText(self, -1, 'Fit Parameters requiring ' + \ 
    … …  
    755756        self.pd_param_tcl.setDisplayLineNumbers(True) 
    756757        self.pd_param_tcl.SetToolTipString(pd_param_tip) 
    757          
     758 
    758759        self.param_sizer.AddMany([(pd_param_txt, 0, wx.LEFT, 10), 
    759760                                  (self.pd_param_tcl, 1, wx.EXPAND | wx.ALL, 10)]) 
    … …  
    995996            info = 'Error' 
    996997            color = 'red' 
     998            self.overwrite_cb.SetValue(True) 
     999            self.overwrite_name = True 
    9971000        else: 
    9981001            self._notes = result 
    … …  
    10301033        if has_scipy: 
    10311034            lines.insert(0, 'import scipy') 
    1032          
    1033         # Think about 2D later         
     1035 
     1036        # Think about 2D later 
    10341037        #self.is_2d = func_str.count("#self.ndim = 2") 
    10351038        #line_2d = '' 
    10361039        #if self.is_2d: 
    10371040        #    line_2d = CUSTOM_2D_TEMP.split('\n') 
    1038          
    1039         # Also think about test later         
     1041 
     1042        # Also think about test later 
    10401043        #line_test = TEST_TEMPLATE.split('\n') 
    10411044        #local_params = '' 
    … …  
    10431046        spaces4  = ' '*4 
    10441047        spaces13 = ' '*13 
    1045         spaces16 = ' '*16      
     1048        spaces16 = ' '*16 
    10461049        param_names = []    # to store parameter names 
    10471050        has_scipy = func_str.count("scipy.") 
    … …  
    10551058            out_f.write(line + '\n') 
    10561059            if line.count('#name'): 
    1057                 out_f.write('name = "%s" \n' % name)                
     1060                out_f.write('name = "%s" \n' % name) 
    10581061            elif line.count('#title'): 
    1059                 out_f.write('title = "User model for %s"\n' % name)                
     1062                out_f.write('title = "User model for %s"\n' % name) 
    10601063            elif line.count('#description'): 
    1061                 out_f.write('description = "%s"\n' % desc_str)                
     1064                out_f.write('description = "%s"\n' % desc_str) 
    10621065            elif line.count('#parameters'): 
    10631066                out_f.write('parameters = [ \n') 
    … …  
    10651068                    p_line = param_line.lstrip().rstrip() 
    10661069                    if p_line: 
    1067                         pname, pvalue = self.get_param_helper(p_line) 
     1070                        pname, pvalue, desc = self.get_param_helper(p_line) 
    10681071                        param_names.append(pname) 
    1069                         out_f.write("%s['%s', '', %s, [-numpy.inf, numpy.inf], '', ''],\n" % (spaces16, pname, pvalue)) 
     1072                        out_f.write("%s['%s', '', %s, [-numpy.inf, numpy.inf], '', '%s'],\n" % (spaces16, pname, pvalue, desc)) 
    10701073                for param_line in pd_param_str.split('\n'): 
    10711074                    p_line = param_line.lstrip().rstrip() 
    10721075                    if p_line: 
    1073                         pname, pvalue = self.get_param_helper(p_line) 
     1076                        pname, pvalue, desc = self.get_param_helper(p_line) 
    10741077                        param_names.append(pname) 
    1075                         out_f.write("%s['%s', '', %s, [-numpy.inf, numpy.inf], 'volume', ''],\n" % (spaces16, pname, pvalue)) 
     1078                        out_f.write("%s['%s', '', %s, [-numpy.inf, numpy.inf], 'volume', '%s'],\n" % (spaces16, pname, pvalue, desc)) 
    10761079                out_f.write('%s]\n' % spaces13) 
    1077              
     1080 
    10781081        # No form_volume or ER available in simple model editor 
    10791082        out_f.write('def form_volume(*arg): \n') 
    … …  
    10821085        out_f.write('def ER(*arg): \n') 
    10831086        out_f.write('    return 1.0 \n') 
    1084          
     1087 
    10851088        # function to compute 
    10861089        out_f.write('\n') 
    … …  
    10911094        for func_line in func_str.split('\n'): 
    10921095            out_f.write('%s%s\n' % (spaces4, func_line)) 
    1093          
     1096 
    10941097        Iqxy_string = 'return Iq(numpy.sqrt(x**2+y**2) ' 
    1095              
     1098 
    10961099        out_f.write('\n') 
    10971100        out_f.write('def Iqxy(x, y ') 
    … …  
    11131116        items = line.split(";") 
    11141117        for item in items: 
    1115             name = item.split("=")[0].lstrip().rstrip() 
     1118            name = item.split("=")[0].strip() 
     1119            description = "" 
    11161120            try: 
    1117                 value = item.split("=")[1].lstrip().rstrip() 
     1121                value = item.split("=")[1].strip() 
     1122                if value.count("#"): 
     1123                    # If line ends in a comment, remove it before parsing float 
     1124                    index = value.index("#") 
     1125                    description = value[(index + 1):].strip() 
     1126                    value = value[:value.index("#")].strip() 
    11181127                float(value) 
    1119             except: 
     1128            except ValueError: 
    11201129                value = 1.0 # default 
    11211130 
    1122         return name, value 
     1131        return name, value, description 
    11231132 
    11241133    def set_function_helper(self, line): 
    … …  
    12041213import numpy 
    12051214 
    1206 #name  
     1215#name 
    12071216 
    12081217#title 
    … …  
    12101219#description 
    12111220 
    1212 #parameters  
     1221#parameters 
    12131222 
    12141223""" 

  • src/sas/sasgui/perspectives/calculator/pyconsole.py

    r7432acb r4627657  
    3737    Iqxy = model.evalDistribution([qx, qy]) 
    3838 
    39     result = """ 
    40     Iq(%s) = %s 
    41     Iqxy(%s, %s) = %s 
    42     """%(q, Iq, qx, qy, Iqxy) 
     39    # check the model's unit tests run 
     40    from sasmodels.model_test import run_one 
     41    result = run_one(path) 
    4342 
    4443    return result 
    … …  
    8988        ok = wx.Button(self, wx.ID_OK, "OK") 
    9089 
    91         # Mysterious constraint layouts from  
     90        # Mysterious constraint layouts from 
    9291        # https://www.wxpython.org/docs/api/wx.lib.layoutf.Layoutf-class.html 
    9392        lc = layoutf.Layoutf('t=t5#1;b=t5#2;l=l5#1;r=r5#1', (self,ok)) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    ra534432 r489f53a  
    257257        toks = os.path.splitext(label) 
    258258        path = os.path.join(models.find_plugins_dir(), toks[0]) 
     259        message = "Are you sure you want to delete the file {}?".format(path) 
     260        dlg = wx.MessageDialog(self.frame, message, '', wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION) 
     261        if not dlg.ShowModal() == wx.ID_YES: 
     262            return 
    259263        try: 
    260264            for ext in ['.py', '.pyc']: 
    261265                p_path = path + ext 
     266                if ext == '.pyc' and not os.path.isfile(path + ext): 
     267                    # If model is invalid, .pyc file may not exist as model has 
     268                    # never been compiled. Don't try and delete it 
     269                    continue 
    262270                os.remove(p_path) 
    263271            self.update_custom_combo() 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/models.py

    r56a282c rb1c2011  
    186186            try: 
    187187                model = load_custom_model(path) 
    188                 model.name = PLUGIN_NAME_BASE + model.name 
     188                if not model.name.count(PLUGIN_NAME_BASE): 
     189                    model.name = PLUGIN_NAME_BASE + model.name 
    189190                plugins[model.name] = model 
    190191            except Exception: 
    … …  
    297298        for name, plug in self.stored_plugins.iteritems(): 
    298299            self.model_dictionary[name] = plug 
    299          
     300 
    300301        self._get_multifunc_models() 
    301302 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_panel.py

    r7432acb rcb62bd5  
    7070        self.rg_ctl = None 
    7171        self.iq0_ctl = None 
    72         self.bck_chk = None 
     72        self.bck_value = None 
     73        self.bck_est_ctl = None 
     74        self.bck_man_ctl = None 
     75        self.est_bck = True 
     76        self.bck_input = None 
    7377        self.bck_ctl = None 
    7478 
    … …  
    312316        # Read the panel's parameters 
    313317        flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, \ 
    314         qmax, height, width = self._read_pars() 
     318        qmax, height, width, bck = self._read_pars() 
    315319 
    316320        state.nfunc = nfunc 
    … …  
    326330 
    327331        # Background evaluation checkbox 
    328         state.estimate_bck = self.bck_chk.IsChecked() 
     332        state.estimate_bck = self.est_bck 
     333        state.bck_value = bck 
    329334 
    330335        # Estimates 
    … …  
    371376        self.plot_data.SetValue(str(state.file)) 
    372377 
    373         # Background evaluation checkbox 
    374         self.bck_chk.SetValue(state.estimate_bck) 
     378        # Background value 
     379        self.bck_est_ctl.SetValue(state.estimate_bck) 
     380        self.bck_man_ctl.SetValue(not state.estimate_bck) 
     381        if not state.estimate_bck: 
     382            self.bck_input.Enable() 
     383            self.bck_input.SetValue(str(state.bck_value)) 
     384        self.est_bck = state.estimate_bck 
     385        self.bck_value = state.bck_value 
    375386 
    376387        # Estimates 
    … …  
    431442                       wx.EXPAND | wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.ADJUST_MINSIZE, 15) 
    432443 
    433         self.bck_chk = wx.CheckBox(self, -1, "Estimate background level") 
    434         hint_msg = "Check box to let the fit estimate " 
    435         hint_msg += "the constant background level." 
    436         self.bck_chk.SetToolTipString(hint_msg) 
    437         self.bck_chk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, self._on_pars_changed) 
     444        radio_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5) 
     445 
     446        self.bck_est_ctl = wx.RadioButton(self, -1, "Estimate background level", 
     447            name="estimate_bck", style=wx.RB_GROUP) 
     448        self.bck_man_ctl = wx.RadioButton(self, -1, "Input manual background level", 
     449            name="manual_bck") 
     450 
     451        self.bck_est_ctl.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self._on_bck_changed) 
     452        self.bck_man_ctl.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self._on_bck_changed) 
     453 
     454        radio_sizer.Add(self.bck_est_ctl, (0,0), (1,1), wx.LEFT | wx.EXPAND) 
     455        radio_sizer.Add(self.bck_man_ctl, (0,1), (1,1), wx.RIGHT | wx.EXPAND) 
     456 
    438457        iy += 1 
    439         pars_sizer.Add(self.bck_chk, (iy, 0), (1, 2), 
     458        pars_sizer.Add(radio_sizer, (iy, 0), (1, 2), 
    440459                       wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15) 
     460 
     461        background_label = wx.StaticText(self, -1, "Background: ") 
     462        self.bck_input = PrTextCtrl(self, -1, style=wx.TE_PROCESS_ENTER, 
     463            size=(60, 20), value="0.0") 
     464        self.bck_input.Disable() 
     465        self.bck_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._read_pars) 
     466        background_units = wx.StaticText(self, -1, "[A^(-1)]", size=(55, 20)) 
     467        iy += 1 
     468 
     469        background_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5) 
     470 
     471        background_sizer.Add(background_label, (0, 0), (1,1), 
     472            wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 23) 
     473        background_sizer.Add(self.bck_input, (0, 1), (1,1), 
     474            wx.LEFT | wx.ADJUST_MINSIZE, 5) 
     475        background_sizer.Add(background_units, (0, 2), (1,1), 
     476            wx.LEFT | wx.ADJUST_MINSIZE, 5) 
     477        pars_sizer.Add(background_sizer, (iy, 0), (1, 2), 
     478            wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15) 
     479 
    441480        boxsizer1.Add(pars_sizer, 0, wx.EXPAND) 
    442481        vbox.Add(boxsizer1, (iy_vb, 0), (1, 1), 
    … …  
    764803        self._on_pars_changed() 
    765804 
     805    def _on_bck_changed(self, evt=None): 
     806        self.est_bck = self.bck_est_ctl.GetValue() 
     807        if self.est_bck: 
     808            self.bck_input.Disable() 
     809        else: 
     810            self.bck_input.Enable() 
     811 
    766812    def _on_pars_changed(self, evt=None): 
    767813        """ 
    … …  
    770816        scenes. 
    771817        """ 
    772         flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width = self._read_pars() 
    773         has_bck = self.bck_chk.IsChecked() 
     818        flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width, bck = self._read_pars() 
    774819 
    775820        # If the pars are valid, estimate alpha 
    … …  
    783828                                                      d_max=dmax, 
    784829                                                      q_min=qmin, q_max=qmax, 
    785                                                       bck=has_bck, 
     830                                                      est_bck=self.est_bck, 
     831                                                      bck_val=bck, 
    786832                                                      height=height, 
    787833                                                      width=width) 
    … …  
    797843        height = 0 
    798844        width = 0 
     845        background = 0 
    799846        flag = True 
    800847        # Read slit height 
    … …  
    890937            self.qmax_ctl.Refresh() 
    891938 
    892         return flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width 
     939        # Read background 
     940        if not self.est_bck: 
     941            try: 
     942                bck_str = self.bck_input.GetValue() 
     943                if len(bck_str.strip()) == 0: 
     944                    background = 0.0 
     945                else: 
     946                    background = float(bck_str) 
     947                    self.bck_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
     948            except ValueError: 
     949                background = 0.0 
     950                self.bck_input.SetBackgroundColour("pink") 
     951            self.bck_input.Refresh() 
     952 
     953        return flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width, background 
    893954 
    894955    def _on_explore(self, evt): 
    … …  
    915976        # Push it to the manager 
    916977 
    917         flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width = self._read_pars() 
    918         has_bck = self.bck_chk.IsChecked() 
     978        flag, alpha, dmax, nfunc, qmin, qmax, height, width, bck = self._read_pars() 
    919979 
    920980        if flag: 
    … …  
    928988                                                   d_max=dmax, 
    929989                                                   q_min=qmin, q_max=qmax, 
    930                                                    bck=has_bck, 
     990                                                   est_bck=self.est_bck, 
     991                                                   bck_val = bck, 
    931992                                                   height=height, 
    932993                                                   width=width) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/inversion_state.py

    r7432acb ra0e6b1b  
    3636           ["qmin", "qmin"], 
    3737           ["qmax", "qmax"], 
    38            ["estimate_bck", "estimate_bck"]] 
     38           ["estimate_bck", "estimate_bck"], 
     39           ["bck_value", "bck_value"]] 
    3940 
    4041## List of P(r) inversion outputs 
    … …  
    6263        self.estimate_bck = False 
    6364        self.timestamp = time.time() 
     65        self.bck_value = 0.0 
    6466 
    6567        # Inversion parameters 
    … …  
    109111        state += "Timestamp:    %s\n" % self.timestamp 
    110112        state += "Estimate bck: %s\n" % str(self.estimate_bck) 
     113        state += "Bck Value:    %s\n" % str(self.bck_value) 
    111114        state += "No. terms:    %s\n" % str(self.nfunc) 
    112115        state += "D_max:        %s\n" % str(self.d_max) 
    … …  
    296299                            self.coefficients.append(float(c)) 
    297300                        except: 
    298                             # Bad data, skip. We will count the number of  
    299                             # coefficients at the very end and deal with  
     301                            # Bad data, skip. We will count the number of 
     302                            # coefficients at the very end and deal with 
    300303                            # inconsistencies then. 
    301304                            pass 
    … …  
    329332                                cov_row.append(float(c)) 
    330333                            except: 
    331                                 # Bad data, skip. We will count the number of  
    332                                 # coefficients at the very end and deal with  
     334                                # Bad data, skip. We will count the number of 
     335                                # coefficients at the very end and deal with 
    333336                                # inconsistencies then. 
    334337                                pass 
    … …  
    461464                tree = etree.parse(path, parser=etree.ETCompatXMLParser()) 
    462465                # Check the format version number 
    463                 # Specifying the namespace will take care of the file  
    464                 #format version  
     466                # Specifying the namespace will take care of the file 
     467                #format version 
    465468                root = tree.getroot() 
    466469 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/media/pr_help.rst

    r1221196 r1abd19c  
    4949P(r) inversion requires that the background be perfectly subtracted.  This is 
    5050often difficult to do well and thus many data sets will include a background. 
    51 For those cases, the user should check the "estimate background" box and the 
    52 module will do its best to estimate it. 
     51For those cases, the user should check the "Estimate background level" option 
     52and the module will do its best to estimate it. If you know the background value 
     53for your data, select the "Input manual background level" option. Note that 
     54this value will be treated as having 0 error. 
    5355 
    5456The P(r) module is constantly computing in the background what the optimum 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/pr.py

    ra1b8fee rcb62bd5  
    6868        self.q_min = None 
    6969        self.q_max = None 
    70         self.has_bck = False 
     70        self.est_bck = False 
     71        self.bck_val = 0 
    7172        self.slit_height = 0 
    7273        self.slit_width = 0 
    … …  
    828829        self.control_panel.iq0 = pr.iq0(out) 
    829830        self.control_panel.bck = pr.background 
     831        self.control_panel.bck_input.SetValue("{:.2g}".format(pr.background)) 
    830832 
    831833        # Show I(q) fit 
    … …  
    907909 
    908910    def setup_plot_inversion(self, alpha, nfunc, d_max, q_min=None, q_max=None, 
    909                              bck=False, height=0, width=0): 
     911                             est_bck=False, bck_val=0, height=0, width=0): 
    910912        """ 
    911913            Set up inversion from plotted data 
    … …  
    916918        self.q_min = q_min 
    917919        self.q_max = q_max 
    918         self.has_bck = bck 
     920        self.est_bck = est_bck 
     921        self.bck_val = bck_val 
    919922        self.slit_height = height 
    920923        self.slit_width = width 
    … …  
    930933    def estimate_plot_inversion(self, alpha, nfunc, d_max, 
    931934                                q_min=None, q_max=None, 
    932                                 bck=False, height=0, width=0): 
     935                                est_bck=False, bck_val=0, height=0, width=0): 
    933936        """ 
    934937            Estimate parameters from plotted data 
    … …  
    939942        self.q_min = q_min 
    940943        self.q_max = q_max 
    941         self.has_bck = bck 
     944        self.est_bck = est_bck 
     945        self.bck_val = bck_val 
    942946        self.slit_height = height 
    943947        self.slit_width = width 
    … …  
    973977        pr.x = self.current_plottable.x 
    974978        pr.y = self.current_plottable.y 
    975         pr.has_bck = self.has_bck 
     979        pr.est_bck = self.est_bck 
    976980        pr.slit_height = self.slit_height 
    977981        pr.slit_width = self.slit_width 
     982        pr.background = self.bck_val 
    978983 
    979984        # Keep track of the plot window title to ensure that 
    … …  
    10191024        self.q_min = q_min 
    10201025        self.q_max = q_max 
    1021         self.has_bck = bck 
     1026        self.est_bck = bck 
    10221027        self.slit_height = height 
    10231028        self.slit_width = width 
    … …  
    10421047        self.q_min = q_min 
    10431048        self.q_max = q_max 
    1044         self.has_bck = bck 
     1049        self.est_bck = bck 
    10451050        self.slit_height = height 
    10461051        self.slit_width = width 
    … …  
    11151120            pr.y = y 
    11161121            pr.err = err 
    1117             pr.has_bck = self.has_bck 
     1122            pr.est_bck = self.est_bck 
    11181123            pr.slit_height = self.slit_height 
    11191124            pr.slit_width = self.slit_width 

  • test/pr_inversion/test/utest_invertor.py

    raaf5e49 rcb62bd5  
    6868            self.x_in[i] = 1.0*(i+1) 
    6969 
    70     def test_has_bck_flag(self): 
    71         """ 
    72             Tests the has_bck flag operations 
    73         """ 
    74         self.assertEqual(self.invertor.has_bck, False) 
    75         self.invertor.has_bck=True 
    76         self.assertEqual(self.invertor.has_bck, True) 
     70    def test_est_bck_flag(self): 
     71        """ 
     72            Tests the est_bck flag operations 
     73        """ 
     74        self.assertEqual(self.invertor.est_bck, False) 
     75        self.invertor.est_bck=True 
     76        self.assertEqual(self.invertor.est_bck, True) 
    7777        def doit_float(): 
    78             self.invertor.has_bck  = 2.0 
     78            self.invertor.est_bck  = 2.0 
    7979        def doit_str(): 
    80             self.invertor.has_bck  = 'a' 
     80            self.invertor.est_bck  = 'a' 
    8181 
    8282        self.assertRaises(ValueError, doit_float) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.