Changeset 85bb870 in sasview for sansmodels/src


Ignore:
Timestamp:
Oct 20, 2010 5:49:53 PM (14 years ago)
Author:
Jae Cho <jhjcho@…>
Branches:
master, ESS_GUI, ESS_GUI_Docs, ESS_GUI_batch_fitting, ESS_GUI_bumps_abstraction, ESS_GUI_iss1116, ESS_GUI_iss879, ESS_GUI_iss959, ESS_GUI_opencl, ESS_GUI_ordering, ESS_GUI_sync_sascalc, costrafo411, magnetic_scatt, release-4.1.1, release-4.1.2, release-4.2.2, release_4.0.1, ticket-1009, ticket-1094-headless, ticket-1242-2d-resolution, ticket-1243, ticket-1249, ticket885, unittest-saveload
Children:
f118fe2f
Parents:
4ddb7a4
Message:

minor correcions of orientational order,etc

Location:
sansmodels/src/sans/models
Files:
18 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sansmodels/src/sans/models/SphereExpShellModel.py

    r339ce67 r85bb870  
    164164             
    165165            A = self.params['A_shell%s'% str(n)] 
    166             if A <1.0e-16: 
     166            from math import fabs 
     167            if fabs(A) <1.0e-16: 
    167168                # Right side of each shells 
    168169                r0 += self.params['thick_shell%s'% str(n)] 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/bcc.c

    r18f2ca1 r85bb870  
    6161        double b3_x, b3_y, b3_z, b2_x, b2_y, b1_x, b1_y; 
    6262        double q_z; 
    63         double alpha, vol, cos_val_a3, cos_val_a2, cos_val_a1; 
     63        double alpha, vol, cos_val_b3, cos_val_b2, cos_val_b1; 
    6464        double a1_dot_q, a2_dot_q,a3_dot_q; 
    6565        double answer; 
    … …  
    8080        //the occupied volume of the lattice 
    8181        latticeScale = 2.0*(4.0/3.0)*Pi*(dp[1]*dp[1]*dp[1])/pow(aa/sqrt(3.0/4.0),3.0); 
    82  
     82        // q vector 
     83        q_z = 0.0; // for SANS; assuming qz is negligible 
    8384        /// Angles here are respect to detector coordinate 
    8485        ///  instead of against q coordinate(PRB 36(46), 3(6), 1754(3854)) 
    … …  
    8788    b3_y = sin(pars->theta) * sin(pars->phi); 
    8889    b3_z = cos(pars->theta); 
     90    cos_val_b3 =  b3_x*q_x + b3_y*q_y + b3_z*q_z; 
     91 
     92    alpha = acos(cos_val_b3); 
    8993    // b1 axis orientation 
    9094    b1_x = sin(pars->psi); 
    9195    b1_y = cos(pars->psi); 
     96        cos_val_b1 = (b1_x*q_x + b1_y*q_y); 
    9297    // b2 axis orientation 
    93     b2_x = sqrt(1.0-sin(pars->theta)*cos(pars->phi))*cos(pars->psi); 
    94     b2_y = sqrt(1.0-sin(pars->theta)*cos(pars->phi))*sin(pars->psi); 
    95  
    96     // a3 axis orientation 
    97     a3_x = 0.5*(b2_x + b1_x - b3_x); 
    98     a3_y = 0.5*(b2_y + b1_y - b3_y); 
    99     a3_z = 0.0; 
    100     // a1 axis orientation 
    101     a1_x = 0.5*(b3_x + b2_x - b1_x); 
    102     a1_y = 0.5*(b3_y + b2_y - b1_y); 
    103     // a2 axis orientation 
    104     a2_x = 0.5*(b3_x + b1_x - b2_x); 
    105     a2_y = 0.5*(b3_y + b1_y - b2_y); 
    106  
    107     // q vector 
    108     q_z = 0.0; // for SANS; assuming qz is negligible 
     98        cos_val_b2 = sin(acos(cos_val_b1)); 
     99        // alpha corrections 
     100        cos_val_b2 *= sin(alpha); 
     101        cos_val_b1 *= sin(alpha); 
    109102 
    110103    // Compute the angle btw vector q and the a3 axis 
    111     cos_val_a3 = a3_x*q_x + a3_y*q_y + a3_z*q_z; 
    112     alpha = acos(cos_val_a3); 
    113     a3_dot_q = aa*q*cos_val_a3; 
     104    a3_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b2+cos_val_b1-cos_val_b3); 
    114105 
    115106    // a1 axis 
    116     cos_val_a1 = a1_x*q_x + a1_y*q_y; 
    117     a1_dot_q = aa*q*cos_val_a1*sin(alpha); 
     107    a1_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b3+cos_val_b2-cos_val_b1); 
    118108 
    119109    // a2 axis 
    120     cos_val_a2 = sin(acos(cos_val_a1));//a2_x*q_x + a2_y*q_y; 
    121     a2_dot_q = aa*q*cos_val_a2*sin(alpha); //aa*q*cos_val_a2 
     110    a2_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b3+cos_val_b1-cos_val_b2); 
    122111 
    123112    // The following test should always pass 
    124     if (fabs(cos_val_a3)>1.0) { 
    125         printf("parallel_ana_2D: Unexpected error: cos(alpha)>1\n"); 
     113    if (fabs(cos_val_b3)>1.0) { 
     114        printf("bcc_ana_2D: Unexpected error: cos(alpha)>1\n"); 
    126115        return 0; 
    127116    } 
    … …  
    131120    // Call Zq=Z1*Z2*Z3 
    132121    Zq = (1.0-Fkq_2)/(1.0-2.0*Fkq*cos(a1_dot_q)+Fkq_2); 
    133     Zq = Zq * (1.0-Fkq_2)/(1.0-2.0*Fkq*cos(a2_dot_q)+Fkq_2); 
    134     Zq = Zq * (1.0-Fkq_2)/(1.0-2.0*Fkq*cos(a3_dot_q)+Fkq_2); 
     122    Zq *= (1.0-Fkq_2)/(1.0-2.0*Fkq*cos(a2_dot_q)+Fkq_2); 
     123    Zq *= (1.0-Fkq_2)/(1.0-2.0*Fkq*cos(a3_dot_q)+Fkq_2); 
    135124 
    136125        // Use SphereForm directly from libigor 

  • sansmodels/src/sans/models/c_extensions/fcc.c

    r18f2ca1 r85bb870  
    6161        double b3_x, b3_y, b3_z, b2_x, b2_y, b1_x, b1_y; 
    6262        double q_z; 
    63         double alpha, vol, cos_val_a3, cos_val_a2, cos_val_a1; 
     63        double alpha, vol, cos_val_b3, cos_val_b2, cos_val_b1, cos_val_a3, cos_val_a2, cos_val_a1; 
    6464        double a1_dot_q, a2_dot_q,a3_dot_q; 
    6565        double answer; 
    … …  
    8080 
    8181        latticeScale = 4.0*(4.0/3.0)*Pi*(dp[1]*dp[1]*dp[1])/pow(aa*sqrt(2.0),3.0); 
    82  
     82        // q vector 
     83        q_z = 0.0; // for SANS; assuming qz is negligible 
    8384        /// Angles here are respect to detector coordinate 
    84         ///  instead of against q coordinate(PRB 36(46), 3(6), 1754(3854)) 
     85        ///  instead of against q coordinate in PRB 36(46), 3(6), 1754(3854) 
    8586    // b3 axis orientation 
    8687    b3_x = sin(pars->theta) * cos(pars->phi);//negative sign here??? 
    8788    b3_y = sin(pars->theta) * sin(pars->phi); 
    8889    b3_z = cos(pars->theta); 
     90    cos_val_b3 =  b3_x*q_x + b3_y*q_y + b3_z*q_z; 
     91    alpha = acos(cos_val_b3); 
    8992    // b1 axis orientation 
    9093    b1_x = sin(pars->psi); 
    9194    b1_y = cos(pars->psi); 
     95        cos_val_b1 = (b1_x*q_x + b1_y*q_y); 
    9296    // b2 axis orientation 
    93     b2_x = sqrt(1.0-sin(pars->theta)*cos(pars->phi))*cos(pars->psi); 
    94     b2_y = sqrt(1.0-sin(pars->theta)*cos(pars->phi))*sin(pars->psi); 
    95  
    96     // a3 axis orientation 
    97     a3_x = 0.5*(b2_x + b1_x); 
    98     a3_y = 0.5*(b2_y + b1_y); 
    99     a3_z = 0.0; 
    100     // a1 axis orientation 
    101     a1_x = 0.5*(b3_x + b2_x); 
    102     a1_y = 0.5*(b3_y + b2_y); 
    103     // a2 axis orientation 
    104     a2_x = 0.5*(b3_x + b1_x); 
    105     a2_y = 0.5*(b3_y + b1_y); 
    106  
    107     // q vector 
    108     q_z = 0.0; // for SANS; assuming qz is negligible 
     97        cos_val_b2 = sin(acos(cos_val_b1)); 
     98        // alpha correction 
     99        cos_val_b2 *= sin(alpha); 
     100        cos_val_b1 *= sin(alpha); 
    109101 
    110102    // Compute the angle btw vector q and the a3 axis 
    111     cos_val_a3 = a3_x*q_x + a3_y*q_y + a3_z*q_z; 
    112     alpha = acos(cos_val_a3); 
    113     a3_dot_q = aa*q*cos_val_a3; 
     103    a3_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b2+cos_val_b1); 
    114104 
    115105    // a1 axis 
    116     cos_val_a1 = a1_x*q_x + a1_y*q_y; 
    117     a1_dot_q = aa*q*cos_val_a1*sin(alpha); 
     106    a1_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b2+cos_val_b3); 
    118107 
    119108    // a2 axis 
    120     cos_val_a2 = sin(acos(cos_val_a1));//a2_x*q_x + a2_y*q_y; 
    121     a2_dot_q = aa*q*cos_val_a2*sin(alpha); 
     109    a2_dot_q = 0.5*aa*q*(cos_val_b3+cos_val_b1); 
    122110 
    123111    // The following test should always pass 
    124     if (fabs(cos_val_a3)>1.0) { 
    125         printf("parallel_ana_2D: Unexpected error: cos(alpha)>1\n"); 
     112    if (fabs(cos_val_b3)>1.0) { 
     113        printf("fcc_ana_2D: Unexpected error: cos(alpha)>1\n"); 
    126114        return 0; 
    127115    } 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/barbell.cpp

    r339ce67 r85bb870  
    198198                                                } 
    199199                                                if (weights_theta.size()>1) { 
    200                                                         _ptvalue *= sin(weights_theta[l].value); 
     200                                                        _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[l].value)); 
    201201                                                } 
    202202                                                sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/bcc.cpp

    rd5b6a9d r85bb870  
    166166                                        } 
    167167                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    168                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[j].value); 
     168                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[j].value)); 
    169169                                        } 
    170170                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/capcyl.cpp

    r339ce67 r85bb870  
    198198                                                } 
    199199                                                if (weights_theta.size()>1) { 
    200                                                         _ptvalue *= sin(weights_theta[l].value); 
     200                                                        _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[l].value)); 
    201201                                                } 
    202202                                                sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/coreshellcylinder.cpp

    rc451be9 r85bb870  
    199199 
    200200                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    201                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     201                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    202202                                        } 
    203203                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/csparallelepiped.cpp

    r18f2ca1 r85bb870  
    224224 
    225225                                                        if (weights_parallel_theta.size()>1) { 
    226                                                                 _ptvalue *= sin(weights_parallel_theta[l].value); 
     226                                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_parallel_theta[l].value)); 
    227227                                                        } 
    228228                                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/cylinder.cpp

    rf10063e r85bb870  
    167167                                                *pow(weights_rad[i].value,2)*weights_len[j].value; 
    168168                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    169                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     169                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    170170                                        } 
    171171                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/ellipsoid.cpp

    rf10063e r85bb870  
    170170                                                * pow(weights_rad_b[j].value,2) * weights_rad_a[i].value; 
    171171                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    172                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     172                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    173173                                        } 
    174174                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/ellipticalcylinder.cpp

    rf10063e r85bb870  
    207207                                                * weights_rat[m].value; 
    208208                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    209                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     209                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    210210                                        } 
    211211                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/fcc.cpp

    rd5b6a9d r85bb870  
    165165                                        } 
    166166                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    167                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[j].value); 
     167                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[j].value)); 
    168168                                        } 
    169169                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/hollowcylinder.cpp

    r2339249f r85bb870  
    195195                                                * weights_length[j].value; 
    196196                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    197                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     197                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    198198                                        } 
    199199                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/parallelepiped.cpp

    rf10063e r85bb870  
    208208 
    209209                                                        if (weights_parallel_theta.size()>1) { 
    210                                                                 _ptvalue *= sin(weights_parallel_theta[l].value); 
     210                                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_parallel_theta[l].value)); 
    211211                                                        } 
    212212                                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/sc.cpp

    r94a3f8f r85bb870  
    165165                                        } 
    166166                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    167                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[j].value); 
     167                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[j].value)); 
    168168                                        } 
    169169                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/spheroid.cpp

    rf10063e r85bb870  
    241241                                                                * pow(weights_equat_shell[k].value,2)*weights_polar_shell[l].value; 
    242242                                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    243                                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[m].value); 
     243                                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[m].value)); 
    244244                                                        } 
    245245                                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/stackeddisks.cpp

    rc451be9 r85bb870  
    198198                                                                *pow(weights_radius[j].value,2)*(weights_core_thick[i].value+2*weights_layer_thick[k].value); 
    199199                                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    200                                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[l].value); 
     200                                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[l].value)); 
    201201                                                        } 
    202202                                                        sum += _ptvalue; 

  • sansmodels/src/sans/models/c_models/triaxialellipsoid.cpp

    r13eb1c4 r85bb870  
    199199                                                                * weights_semi_axisA[i].value*weights_semi_axisB[j].value*weights_semi_axisC[k].value; 
    200200                                                        if (weights_theta.size()>1) { 
    201                                                                 _ptvalue *= sin(weights_theta[k].value); 
     201                                                                _ptvalue *= fabs(sin(weights_theta[k].value)); 
    202202                                                        } 
    203203                                                        sum += _ptvalue; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.