Changes in / [0639476:5e906207] in sasview


Ignore:
Files:
27 added
15 deleted
43 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • .travis.yml

    r58918de ra4974fa  
    1212  system_site_packages: true 
    1313before_install: 
    14   - 'if [ $TRAVIS_PYTHON_VERSION == "2.7" ]; then sudo apt-get update;sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib libhdf5-serial-dev python-h5py fglrx opencl-headers python-pyopencl; fi' 
     14  - 'if [ $TRAVIS_PYTHON_VERSION == "2.7" ]; then sudo apt-get update;sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib; fi' 
    1515 
    1616install: 
    1717  - pip install -r build_tools/requirements.txt 
    18  
    19 before_script: 
    20   - "export DISPLAY=:99.0" 
    21   - "sh -e /etc/init.d/xvfb start" 
    22   - sleep 3 # give xvfb some time to start 
    23    
    2418script: 
    25   - export WORKSPACE=/home/travis/build/SasView/ 
    26   - cd $WORKSPACE 
    27   - git clone --depth=50 --branch=master https://github.com/SasView/sasmodels.git sasmodels 
     19  - export WORKSPACE=/home/travis/build/SasView/sasview/ 
    2820  - export PYTHONPATH=$WORKSPACE/sasview-install:$WORKSPACE/utils:$PYTHONPATH 
    29   - cd $WORKSPACE 
    30   - ls -ltr 
    3121  - if [ ! -d "utils" ]; then mkdir utils; fi 
    32   - /bin/sh -xe sasview/build_tools/travis_build.sh 
    33 #  - /bin/sh -xe sasview/build_tools/jenkins_linux_test.sh 
     22  - /bin/sh -xe build_tools/jenkins_linux_build.sh 
     23  - /bin/sh -xe build_tools/jenkins_linux_test.sh 
    3424  - export LC_ALL=en_US.UTF-8 
    3525  - export LANG=en_US.UTF-8 
    36 #  - python setup.py docs; echo 0 
    37 #  - python setup.py bdist_egg --skip-build 
     26  - python setup.py docs; echo 0 
     27  - python setup.py bdist_egg --skip-build 
    3828 

  • Vagrantfile

    r601b93d r072b52c  
    2121  # Every Vagrant development environment requires a box. You can search for 
    2222  # boxes at https://atlas.hashicorp.com/search. 
    23   config.vm.box = "ubuntu/trusty64" 
     23  config.vm.box = "ubuntu1404" 
     24  config.vm.box_url = "https://github.com/hnakamur/packer-templates/releases/download/v1.0.2/ubuntu-14-04-x64-virtualbox.box" 
    2425  #config.vm.box = "fedora19" 
    2526  #config.vm.box_url = "https://dl.dropboxusercontent.com/u/86066173/fedora-19.box" 

  • build_tools/sasview_deploy_test.au3

    re9f8208 r55bbe0b2  
    9292   ; Start app - DEBUG ONLY 
    9393   ;;Run("C:\Program Files (x86)\SasView\SasView.exe") 
    94    local $sActiveWindow = "SasView  - Fitting -" 
    9594   Local $iFailFlag = 2 
    9695   ; Wait for the window 
    9796   Sleep(1000) 
    98    Local $hWnd = WinWaitActive($sActiveWindow, "", $lTimeout) 
     97   Local $hWnd = WinWaitActive("SasView  - Fitting -", "", $lTimeout) 
    9998   Assert($hWnd, $iFailFlag) 
    10099 
    … …  
    114113   ControlClick($hWnd, "Send To", 231) 
    115114 
    116    ;; Choose a python model 
     115   ;; Choose a model 
    117116   ControlCommand($hWnd, "", "ComboBox3", "SetCurrentSelection", 1) 
     117 
    118118   ;; Calculate the model 
    119119   ControlClick($hWnd, "Compute", 211) 
    120    ;; Assure we got the charts 
    121    Local $hPlot = WinWait($sActiveWindow, "Graph2", $lTimeout) 
    122    Assert($hPlot, $iFailFlag) 
    123    $hPlot = WinWait($sActiveWindow, "Graph3", $lTimeout) 
    124    Assert($hPlot, $iFailFlag) 
    125  
    126    sleep(1000) 
    127    ;; Calculate a compiled model 
    128    ControlClick($hWnd, "Send To", 231) 
    129  
    130    ;; Choose Shapes/Cylinder 
    131    ControlCommand($hWnd, "", "ComboBox2", "SetCurrentSelection", 1) 
    132    ControlCommand($hWnd, "", "ComboBox3", "SetCurrentSelection", 11) 
    133    ;; Calculate the model 
    134    ControlClick($hWnd, "Compute", 211) 
    135  
    136    ;; Assure we got another chart 
    137    $hPlot = WinWait($sActiveWindow, "Graph4", $lTimeout) 
    138    Assert($hPlot, $iFailFlag) 
    139120 
    140121   ;; Close SasView 

  • docs/sphinx-docs/source/conf.py

    r9a182b2 refc27a7  
    6060# 
    6161# The short X.Y version. 
    62 version = '4.0' 
     62version = '4.0.0' 
    6363# The full version, including alpha/beta/rc tags. 
    64 release = '4.0.0' 
     64release = '4.0.0-alpha' 
    6565 
    6666# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation 

  • docs/sphinx-docs/source/user/analysis.rst

    rec860a8f r8f46df7  
    1 .. _analysis: 
    2  
    31Types of Analysis 
    42================= 

  • docs/sphinx-docs/source/user/sasgui/guiframe/data_formats_help.rst

    r756f288 r49148bb  
    33.. This is a port of the original SasView html help file to ReSTructured text 
    44.. by S King, ISIS, during SasView CodeCamp-III in Feb 2015. 
    5 .. WG Bouwman, DUT, added during CodeCamp-V in Oct 2016 the SESANS data format 
    65 
    76.. _Formats: 
    … …  
    109============ 
    1110 
    12 SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q), 2D SANS(I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
    13 and SESANS (P(z) vs z) 
     11SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q) and 2D (I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
    1412data files. But please note that SasView does not at present load data where 
    1513the Q and I(Q) data are in separate files. 
    1614 
    17 1D Formats SANS 
    18 --------------- 
     151D Formats 
     16---------- 
    1917 
    2018SasView will read files with 2 to 4 columns of numbers in the following order:  
    … …  
    4846.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    4947 
    50 2D Formats SANS 
    51 --------------- 
     482D Formats 
     49---------- 
    5250 
    5351SasView will only read files in the NIST 2D format with the extensions  
    … …  
    6260.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    6361 
    64 Format SESANS 
    65 --------------- 
    66  
    67 The current file extension is .ses or .sesans (not case sensitive). 
    68  
    69 The file format is to have a list of name-value pairs as a header at the top of the file, detailing general experimental parameters necessary for fitting and analyzing data. This list should contain all information necessary for the file to be 'portable' between users. 
    70  
    71 Following that is a 6 column list of instrument experimental variables: 
    72  
    73 - Spin echo length (z, in Angstroms) 
    74 - Spin echo length error (:math:`\Delta` z, in Angstroms) (experimental resolution) 
    75 - neutron wavelength (:math:`\lambda`, in Angstroms) (essential for ToF instruments) 
    76 - neutron wavelength error (:math:`\Delta \lambda`, in Angstroms) 
    77 - Normalized polarization (:math:`P/P_0`, unitless) 
    78 - Normalized polarization error (:math:`\Delta(P/P_0)`, unitless) (measurement error) 
    79  
    80  
    81 .. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    82  
    83 .. note::  This help document was last changed by Wim Bouwman, 05Oct2016 
     62.. note::  This help document was last changed by Steve King, 01May2015 

  • docs/sphinx-docs/source/user/sasgui/perspectives/invariant/invariant_help.rst

    r9bbc074 r5f5c596  
    44.. by S King, ISIS, during SasView CodeCamp-III in Feb 2015. 
    55 
    6 Invariant Calculation 
    7 ===================== 
     6Invariant Calculation Perspective 
     7================================= 
    88 
    99Description 
    … …  
    1919.. image:: image001.gif 
    2020 
    21 where *g = q* for pinhole geometry (SAS) and *g = q*\ :sub:`v` (the slit height) for   
     21where *g = Q* for pinhole geometry (SAS) and *g = Qv* (the slit height) for   
    2222slit geometry (USAS). 
    2323 
    … …  
    4545.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    4646 
    47 Using invariant analysis 
    48 ------------------------ 
     47Using the perspective 
     48--------------------- 
    4949 
    50501) Select *Invariant* from the *Analysis* menu on the SasView toolbar. 
    … …  
    5353 
    54543) Select a dataset and use the *Send To* button on the *Data Explorer* to load  
    55    the dataset into the *Invariant* panel. 
     55   the dataset into the *Invariant* perspective. 
    5656 
    57 4) Use the *Customised Input* boxes on the *Invariant* panel to subtract  
     574) Use the *Customised Input* boxes on the *Invariant* perspective to subtract  
    5858   any background, specify the contrast (i.e. difference in SLDs - this must be  
    5959   specified for the eventual value of Q*\  to be on an absolute scale), or to  
    … …  
    7373 
    74748) If the value of Q*\  calculated with the extrapolated regions is invalid, a  
    75    red warning will appear at the top of the *Invariant* panel. 
     75   red warning will appear at the top of the *Invariant* perspective panel. 
    7676 
    7777   The details of the calculation are available by clicking the *Details*  

  • docs/sphinx-docs/source/user/tools.rst

    rec860a8f reb8da5f  
    1 .. _tools: 
    2  
    31Tools 
    42===== 

  • docs/sphinx-docs/source/user/tutorial.rst

    rec860a8f r13161ac  
    11.. tutorial.rst 
    2  
    3 .. _tutorial: 
    42 
    53Tutorial 

  • docs/sphinx-docs/source/user/user.rst

    rbdae317 r5a71761  
    77   :maxdepth: 1 
    88 
    9    Model Documentation <index> 
    10     
    11    Menu Bar <menu_bar> 
     9   SasView Model Documentation <index> 
    1210 
    1311   Analysis <analysis> 

  • docs/sphinx-docs/source/user/working.rst

    rc43953ef r3a6b10d  
    1616       
    1717   Tutorial <tutorial.rst> 
    18     
    19    Computations with a GPU <gpu_computations> 
    20     

  • sasview/README.txt

    r9a182b2 r243fbc0  
    441- Features 
    55=========== 
    6     - New in Version 4.0 
    7       ------------------ 
    8       This release fixes the various bugs found during the alpha and beta testing 
    9       - Improvements 
    10         - Support for reading data files from Anton Paar Saxess instruments 
    11         - Adds documentation on how to write custom models in the new framework 
    12       - Bug Fixes 
    13         - Fixes bug #604 Pringle model questions 
    14         - Fixes bug #472 Reparameterize Teubner-Strey 
    15         - Fixes bug #530 Numerical instabilities in Teubner Strey model 
    16         - Fixes bug #658 ASCII reader very broken 
    17  
    18  
    19     - New in Version 4.0 beta 1 
    20       -------------------- 
    21       This beta adds support for the magnetic and multilevel models of 3.1.2 
    22       and along with a host of bug fixes found in the alpha. 
    23  
    24       - Model package changes and improvements 
    25          - All 3.1.2 models now available in new interface 
    26          - Old custom models should now still work 
    27             - '''NOTE:''' These will be deprecated in a future version. Old 
    28             custom models should be converted to the new model format which 
    29             is now the same as the built in models and offers much better 
    30             support. 
    31          - Custom model editor now creates new style models 
    32          - Custom model editor supports better error checking 
    33       - Documentation improvements 
    34         - Continued general cleanup 
    35       - Other improvements/additions 
    36          - Support for new canSAS 2D data files added 
    37          - Plot axes range can now be set manually as well as by zooming 
    38          - Plot annotations can now be moved around after being placed on plot. 
    39          - The active optimizer is now listed on the top of the fit panel. 
    40          - Linear fits now update qmin and max when the x scale limits are 
    41          changed.  Also the plot range no longer resets after a fit. 
    42       - Bug fixes 
    43          - Fixes bug #511 Errors in linearized fits and clean up of interface 
    44          including Kratky representation 
    45          - Fixes bug #186 Data operation Tool now executes when something is 
    46          entered in the text box and does not wait for the user to hit enter 
    47          - Fixes bug #459 plot context menu bug 
    48          - Fixes bug #559 copy to clipboard in graph menu broken 
    49          - Fixes bug #466 cannot remove a linear fit from graph 
    50          - Numerous bugs introduced in the alpha 
    51  
    52  
    536 
    547    - New in Version 4.0.0-alpha 
    … …  
    9144   - New in Version 3.1.2 
    9245     -------------------- 
    93      This release is a major stability improvement, having fixed a serious bug 
     46     This release is a major stability improvement, having fixed a serious bug  
    9447     that came to light since release 3.1.1. All users should upgrade. 
    9548 
    96      - Fixes bug #468 broken remove constraint buttons in 
     49     - Fixes bug #468 broken remove constraint buttons in  
    9750       simultaneous/constrained fitting panel 
    98      - Fixes bug #474 resulting from changes in 3.1.1 that had 
     51     - Fixes bug #474 resulting from changes in 3.1.1 that had  
    9952       introduced an error in the high-Q of slit-smeared models. 
    100      - Fixes bug #478 which would cause wx to run out of IDs and result 
     53     - Fixes bug #478 which would cause wx to run out of IDs and result  
    10154       in SasView crashing even if left alone. 
    10255     - Fixes bug #479 missing help button on simultaneous/constrained fit page 
    … …  
    12275         documentation. 
    12376       - The model help has been split so that the Details button now brings up 
    124          a very short pop-up giving the equation being used while HELP goes to 
     77         a very short pop-up giving the equation being used while HELP goes to  
    12578         the section in the full documentation describing the model. 
    126        - Extensive help has also been added for the new optimizer engine (see 
     79       - Extensive help has also been added for the new optimizer engine (see  
    12780         below) including rules of thumb on how and when to choose a given 
    12881         optimizer and what the parameters do. 
    … …  
    13992         - A Nelder-Mead Simplex optimizer 
    14093         - A Differential Evolution optimizer 
    141          - A Monte Carlo optimizer (DREAM) 
     94         - A Monte Carlo optimizer (DREAM)  
    14295     - New models were added: 
    14396         - MicelleSphCoreModel (currently residing in the Uncategorized category) 
    … …  
    148101         - RectangularHollowPrismInfThinWallsModel 
    149102     - Infrastructure to allow SESANS data to be fit with models was added. This 
    150        will become available in a future release but can currently be used from 
     103       will become available in a future release but can currently be used from  
    151104       the command line with some caveats. 
    152105     - A number of bugs were fixed including a thread crashing issue and an 
    … …  
    173126       floating. 
    174127     - Five new models have been added: PringlesModel, CoreShellEllipsoidXTModel, 
    175        RectangularPrismModel, RectangularHollowPrismModel and 
     128       RectangularPrismModel, RectangularHollowPrismModel and  
    176129       RectangularHollowPrismInfThinWallsModel. 
    177      - The data loader now supports ILL DAT data files and reads the full meta 
     130     - The data loader now supports ILL DAT data files and reads the full meta  
    178131       information from canSAS file formats. 
    179132     - Redefined convention for specifying angular parameters for anisotropic 
    180133       models. 
    181      - A number of minor features have been added such as permitting a log 
    182        distribution of points when using a model to simulate data, and the 
     134     - A number of minor features have been added such as permitting a log  
     135       distribution of points when using a model to simulate data, and the  
    183136       addition of a Kratky plot option to the linear plots. 
    184137     - A number of bugs have also been fixed. 
    185138     - Save Project and Save Analysis now work more reliably. 
    186      - BETA: Magnetic contrast supporting full polarization analysis has been 
     139     - BETA: Magnetic contrast supporting full polarization analysis has been  
    187140       implemented for some spherical and cylindrical models. 
    188141     - BETA: Two new tools have been added: 
    189        - A generic scattering calculator which takes an atomic, magnetic or 
    190          SLD distribution in space and generates the appropriate 2D 
    191          scattering pattern. In some cases the orientationally averaged 
    192          (powder) 1D scattering can also be computed. Supported formats 
    193          include: SLD or text, PDB, and OMF magnetic moment distribution 
     142       - A generic scattering calculator which takes an atomic, magnetic or  
     143         SLD distribution in space and generates the appropriate 2D  
     144         scattering pattern. In some cases the orientationally averaged  
     145         (powder) 1D scattering can also be computed. Supported formats  
     146         include: SLD or text, PDB, and OMF magnetic moment distribution  
    194147         file. 
    195        - An image viewer/converter for data in image format; this reads in 
    196          an image file and will attempt to convert the image pixels to 
     148       - An image viewer/converter for data in image format; this reads in  
     149         an image file and will attempt to convert the image pixels to  
    197150         data. Supported formats include: TIFF, TIF, PNG, BMP, JPG. 
    198151 
    … …  
    222175     - Added more plot symbols options for 1d plots 
    223176     - Added improved trapping of compiling errors to the 'New model editor' 
    224      - Added some intelligent outputs (e.g., Rg, background, or rod diameter 
     177     - Added some intelligent outputs (e.g., Rg, background, or rod diameter  
    225178       depending on the choice of axis scale of the plot) to the linear fits 
    226179     - Added more models 
    227  
    228    - Feature set from previous versions 
     180      
     181   - Feature set from previous versions          
    229182     ----------------------------------- 
    230183     - Perspectives Available 
    … …  
    232185         specific surface area. 
    233186       - P(r) inversion calculator: Indirect Fourier transformation method. 
    234        - Fitting: the tool used for modeling and fitting 1D and 2D data to 
     187       - Fitting: the tool used for modeling and fitting 1D and 2D data to  
    235188         analytical model functions 
    236189       - Tools: provides a number of useful supplementary tools such as SLD 
    237          calculation 
    238  
    239      - Fitting 
     190         calculation   
     191     
     192     - Fitting  
    240193       - Includes a large number of model functions, both form factors and structure factors. 
    241194       - Support P(Q)*S(Q) for form factors that flag they can be so multiplied. 
    … …  
    245198       - Anisotropic shapes and magnetic moment modeling in 2D allow for a non-uniform 
    246199         distribution of orientations of a given axis leading to modeling and fitting 
    247          capabilities of non azimuthaly symmetric data. 
     200         capabilities of non azimuthaly symmetric data.   
    248201       - User can choose to weight fits or not. If using weights, the user can choose 
    249202         the error bar on each point if provided in the file, the square root 
    250          of the intensity or the intensity itself. 
     203         of the intensity or the intensity itself.  
    251204       - Instrumental resolution smearing of model or fits is provided with several 
    252205         options: read the resolution/point fromt he file. Input a pinhole resolution 
    … …  
    261214         data set or several different sets simultaneously with the application 
    262215         of advanced constraints relating fit parameters to functions of other 
    263          parameters (including from a different set). For example thickness of 
    264          shell = sin(30) times the length. 
     216         parameters (including from a different set). For example thickness of  
     217         shell = sin(30) times the length.   
    265218       - Models that are the sum of two other models can be easily generated through the 
    266219         SUM Model menubar item. 
    … …  
    271224         and the mathematical function of the model (box 2) and generating the 
    272225         necessary *.py file.  A separate advanced model editor provides a full Python 
    273          file editor.  Either way once saved the model becomes immediately available 
    274          to the application. 
     226         file editor.  Either way once saved the model becomes immediately available  
     227         to the application.  
    275228       - A batch fitting capability allows for the analysis of a series of data sets to 
    276229         a single model and provides the results in a tabular form suitable for saving 
    277230         or plotting the evolution of the fit parameters with error bars (from within 
    278231         the application). 
    279  
     232  
    280233     - Tools 
    281234       - A scattering length density calculator,including some X-ray information 
    … …  
    287240       - A slit size calculator optimized for Anton Paar Saxess is provided. 
    288241       - A kiessig fringe thickness calculator is provided 
    289  
     242          
    290243     - Plots and plot management 
    291244       - A 3D graphing option (for 2d data/results) is provided with the view 
    … …  
    301254       - Extensive context sensitive plot/fitting/manipulation options are available 
    302255         through a right mouse click pop-up menu on plots. 
    303  
     256            
    304257     - Data management 
    305258       - Supports 2 + column 1D ASCII data, NIST 1D and 2D data, and canSAS data 
    306          via plug-in mechanism which can easily allow other readers as appropriate. 
     259         via plug-in mechanism which can easily allow other readers as appropriate.  
    307260       - 2D data is expected in Q space but for historical reasons accepts the 
    308261         NIST 2D raw pixel format and will do conversion internally. 
    … …  
    310263         right clicking on a data set and choosing Data Info in the DataExplorer 
    311264         or on the plots 
    312        - Supports loading a single file, multiple files, or a whole folder 
     265       - Supports loading a single file, multiple files, or a whole folder    
    313266       - An optional Data Explorer is provided (default) which simplifies managing, 
    314267         plotting, deleting, or setup for computation. Most functions however do 
    … …  
    316269         right click menus and the toolbar.  The data explorer can be re-started 
    317270         from the menu bar. 
    318  
     271            
    319272     - Data manipulation 
    320273       - Support various 2D averaging methods : Circular, sectors, annular, 
    … …  
    322275       - A 2D data maks editor is provided 
    323276       - 2D mask can be applied to the circular averaging. 
    324  
     277          
    325278     - Miscellaneous features 
    326279       - limited reports can be generated in pdf format 
    … …  
    3432962- Downloading and Installing 
    344297============================= 
    345  
     298         
    346299   *** Note 1:  Much more information is available at www.sasview.org under links. 
    347300                    Look in the 'For Developers' section and particularly the wiki at 
    … …  
    382335        - The following modules are required (version numbers are what are used 
    383336          in the windows release build): 
    384  
     337           
    385338          - Common Packages 
    386339            - reportlab 3.1.44 
    … …  
    399352            - html5lib Version Installed: 0.99999 
    400353            - wx Version Installed: 3.0.2.0 
    401  
     354           
    402355          - Windows Specific Packages 
    403356            - pywin 219 
    … …  
    405358            - comtypes 1.1.1 
    406359            - MinGW w/ gcc version 4.6.1 (WIN) 
    407             - vcredist_x86.exe (version 9.0.21022.8  -microsoft visual C 2008 
     360            - vcredist_x86.exe (version 9.0.21022.8  -microsoft visual C 2008  
    408361              re-distributable) 
    409362            - Innosetup (WIN - isetup 5.4.2-unicode) - used to create distributable 
    … …  
    411364            *** Note: Windows build dependencies can be set up using anaconda. Instructions 
    412365                can be found at http://trac.sasview.org/wiki/AnacondaSetup 
    413  
     366             
    414367          - MAC Specifc Packages 
    415368            - py2app 0.7.1 
    416  
     369           
    417370 
    4183713- Known Issues 
    … …  
    424377          equations will render properly. Until then they will show in their 
    425378          original TeX format. 
    426         - If the documentation window remains stubbornly blank, try installing a 
     379        - If the documentation window remains stubbornly blank, try installing a  
    427380          different browser and set that as your default browser. Issues have 
    428381          been noted with Internet Explorer 11. 
    429         - Check for Updates may fail (with the status bar message ' Cannot 
    430           connect to the application server') if your internet connection uses 
    431           a proxy server. Tested resolutions for this are described on the 
     382        - Check for Updates may fail (with the status bar message ' Cannot  
     383          connect to the application server') if your internet connection uses  
     384          a proxy server. Tested resolutions for this are described on the  
    432385          website FAQ. 
    433386        - The copy and paste functions (^C, ^V) in the batch mode results grid 
    434387          require two clicks: one to select the cell and a second to select the 
    435           contents of the cell. 
     388          contents of the cell.  
    436389        - The tutorial has not yet been updated and is somewhat out of date 
    437390        - Very old computers may struggle to run the 3.x and later releases 
    … …  
    448401        - The angular distribution angles are not clearly defined and may in 
    449402          some cases lead to incorrect calculations(ticket #332) 
    450  
     403           
    451404   3.2- Windows: 
    452405        - If installed to same directory as old version without first removing 
    … …  
    455408          have the old name even though pointing to the new version.  Usually 
    456409          safest to uninstall old version prior to installing new version anyway. 
    457  
     410                 
    458411   3.3- MAC: 
    459412        - Application normally starts up hidden. Click icon in Dock to view/use 
    460           application. 
     413          application.  
    461414        - Multiprocessing does not currently work on MAC OS 
    462  
     415                 
    463416   3.4- Linux: 
    464417        - Not well tested 
    … …  
    468421================== 
    469422 
    470    - www.sasview.org.  This main project site is the gateway to all 
     423   - www.sasview.org.  This main project site is the gateway to all  
    471424     information about the sasview project.  It includes information 
    472425     about the project, a FAQ page and links to all developer and user 
    … …  
    487440   - Latest developer builds 
    488441     - https://jenkins.esss.dk/sasview/view/Master-Builds/ 
     442 
     443     

  • sasview/__init__.py

    r9a182b2 r801a296  
    1 __version__ = "4.0" 
     1__version__ = "4.0.0-alpha" 
    22__build__ = "GIT_COMMIT" 
    33try: 
    4     import logging 
    54    import subprocess 
    65    import os 
    7     import platform 
    86    FNULL = open(os.devnull, 'w') 
    9     if platform.system() == "Windows": 
    10         args = ['git', 'describe', '--tags'] 
    11     else: 
    12         args = ['git describe --tags'] 
    13     git_revision = subprocess.check_output(args, 
     7    git_revision = subprocess.check_output(['git', 'rev-parse', 'HEAD'], 
    148                    stderr=FNULL, 
    159                    shell=True) 
    1610    __build__ = str(git_revision).strip() 
    17 except subprocess.CalledProcessError as cpe: 
    18     logging.warning("Error while determining build number\n  Using command:\n %s \n Output:\n %s"% (cpe.cmd,cpe.output)) 
     11except: 
     12    import logging 
     13    import sys 
     14    logging.warning("Error while determining build number\n  %s" % sys.exc_value) 

  • sasview/default_categories.json

    ra756755 r53b9fc8  
    186186    "Shape-Independent": [ 
    187187        [ 
    188             "unified_power_Rg", 
    189             true 
    190         ], 
    191         [ 
    192188            "guinier_porod", 
    193189            true 

  • sasview/installer_generator.py

    r525aaa2 r09afe90  
    199199    msg += """Source: "dist\plugin_models\*";\tDestDir: "{userdesktop}\..\.sasview\plugin_models";\t""" 
    200200    msg += """Flags: recursesubdirs createallsubdirs\n"""  
    201     msg += """Source: "dist\compiled_models\*";\tDestDir: "{userdesktop}\..\.sasmodels\compiled_models";\t""" 
    202     msg += """Flags: recursesubdirs createallsubdirs\n""" 
    203201    msg += """Source: "dist\config\custom_config.py";\tDestDir: "{userdesktop}\..\.sasview\config";\t"""  
    204202    msg += """Flags: recursesubdirs createallsubdirs\n""" 

  • sasview/local_config.py

    rc1fdf84 rd85c194  
    3131_acknowledgement_preamble =\ 
    3232'''To ensure the long term support and development of this software please''' +\ 
    33 ''' remember to:''' 
     33''' remember to do the following.''' 
    3434_acknowledgement_preamble_bullet1 =\ 
    35 '''Acknowledge its use in your publications as suggested below;''' 
     35'''Acknowledge its use in your publications as suggested below''' 
    3636_acknowledgement_preamble_bullet2 =\ 
    37 '''Reference SasView as : M. Doucet, et al. SasView Version 4.0, Zenodo''' +\ 
    38 ''', http://doi.org/10.5281/zenodo.159083;''' 
     37'''Reference the following website: http://www.sasview.org''' 
    3938_acknowledgement_preamble_bullet3 =\ 
    40 '''Reference the model you used if appropriate (see documentation for refs);''' 
     39'''Reference the model you used if appropriate (see documentation for refs)''' 
    4140_acknowledgement_preamble_bullet4 =\ 
    4241'''Send us your reference for our records: developers@sasview.org''' 
    4342_acknowledgement_publications = \ 
    44 '''This work benefited from the use of the SasView application, originally developed under NSF Award  
    45 DMR-0520547. SasView also contains code developed with funding from the EU Horizon 2020 research  
    46 and innovation programme under the SINE2020 project Grant No 654000.''' 
     43'''This work benefited from the use of the SasView application, originally 
     44developed under NSF award DMR-0520547. 
     45''' 
     46_acknowledgement =  \ 
     47'''This work originally developed as part of the DANSE project funded by the NSF 
     48under grant DMR-0520547, and currently maintained by NIST, UMD, ORNL, ISIS, ESS 
     49and ILL. 
    4750 
    48 _acknowledgement =  \ 
    49 '''This work was originally developed as part of the DANSE project funded by the US NSF under Award DMR-0520547, but is currently maintained by a  
    50 collaboration between UTK, UMD, NIST, ORNL, ISIS, ESS, ILL and ANSTO. SasView also contains code developed with funding from the EU Horizon 2020  
    51 research and innovation programme under the SINE2020 project (Grant No 654000).''' 
    52  
     51''' 
    5352_homepage = "http://www.sasview.org" 
    5453_download = __download_page__ 
    … …  
    6665_umd_logo = os.path.join(icon_path, "umd_logo.png") 
    6766_sns_logo = os.path.join(icon_path, "sns_logo.png") 
    68 _ornl_logo = os.path.join(icon_path, "ornl_logo.png") 
    6967_isis_logo = os.path.join(icon_path, "isis_logo.png") 
    7068_ess_logo = os.path.join(icon_path, "ess_logo.png") 
    7169_ill_logo = os.path.join(icon_path, "ill_logo.png") 
    72 _ansto_logo = os.path.join(icon_path, "ansto_logo.png") 
    7370_nsf_logo = os.path.join(icon_path, "nsf_logo.png") 
    7471_danse_logo = os.path.join(icon_path, "danse_logo.png") 
    … …  
    7774_umd_url = "http://www.umd.edu/" 
    7875_sns_url = "http://neutrons.ornl.gov/" 
    79 _ornl_url = "http://neutrons.ornl.gov/" 
    8076_nsf_url = "http://www.nsf.gov" 
    8177_isis_url = "http://www.isis.stfc.ac.uk/" 
    8278_ess_url = "http://ess-scandinavia.eu/" 
    8379_ill_url = "http://www.ill.eu/" 
    84 _ansto_url = "http://www.ansto.gov.au/" 
    8580_danse_url = "http://www.cacr.caltech.edu/projects/danse/release/index.html" 
    8681_inst_url = "http://www.utk.edu" 
    8782_corner_image = os.path.join(icon_path, "angles_flat.png") 
    8883_welcome_image = os.path.join(icon_path, "SVwelcome.png") 
    89 _copyright = "(c) 2009 - 2016, UTK, UMD, NIST, ORNL, ISIS, ESS, ILL and ANSTO" 
     84_copyright = "(c) 2009 - 2013, UTK, UMD, NIST, ORNL, ISIS, ESS and ILL" 
    9085 
    9186 

  • sasview/setup_exe.py

    r9bbc074 r09afe90  
    165165        self.version = local_config.__version__ 
    166166        self.company_name = "SasView.org" 
    167         self.copyright = "copyright 2009 - 2016" 
     167        self.copyright = "copyright 2009 - 2013" 
    168168        self.name = "SasView" 
    169169         
    … …  
    208208import sas.sasgui.guiframe as guiframe 
    209209data_files += guiframe.data_files() 
    210  
    211 # precompile sas models into the sasview build path; doesn't matter too much 
    212 # where it is so long as it is a place that will get cleaned up afterwards. 
    213 import sasmodels.core 
    214 dll_path = os.path.join(build_path, 'compiled_models') 
    215 compiled_dlls = sasmodels.core.precompile_dlls(dll_path, dtype='double') 
    216  
    217 # include the compiled models as data; coordinate the target path for the 
    218 # data with installer_generator.py 
    219 data_files.append(('compiled_models', compiled_dlls)) 
    220210 
    221211import sasmodels 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/anton_paar_saxs_reader.py

    ra235f715 r80c5d46  
    4545    output = None 
    4646 
    47     def reset_state(self): 
     47    def __init__(self): 
    4848        self.current_dataset = Data1D(np.empty(0), np.empty(0), 
    4949                                            np.empty(0), np.empty(0)) 
    … …  
    7272 
    7373        ## Reinitialize the class when loading a new data file to reset all class variables 
    74         self.reset_state() 
     74        self.__init__() 
    7575        ## Check that the file exists 
    7676        if os.path.isfile(filename): 
    … …  
    8484                self.raw_data = buff.splitlines() 
    8585                self.read_data() 
     86                xml_intermediate = self.raw_data[self.upper:] 
     87                xml = ''.join(xml_intermediate) 
     88                self.set_xml_file(xml) 
    8689        return self.output 
    8790 
    … …  
    97100        self.lower = 5 
    98101        self.upper = self.lower + self.data_points 
    99         self.source.radiation = 'x-ray' 
    100         normal = float(line4[3]) 
     102        self.detector.distance = float(line4[1]) 
    101103        self.current_dataset.source.radiation = "x-ray" 
    102104        self.current_dataset.source.name = "Anton Paar SAXSess Instrument" 
    103105        self.current_dataset.source.wavelength = float(line4[4]) 
    104         xvals = [] 
    105         yvals = [] 
    106         dyvals = [] 
     106        normal = line4[3] 
    107107        for i in range(self.lower, self.upper): 
    108             index = i - self.lower 
    109108            data = self.raw_data[i].split() 
    110             xvals.insert(index, normal * float(data[0])) 
    111             yvals.insert(index, normal * float(data[1])) 
    112             dyvals.insert(index, normal * float(data[2])) 
    113         self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, xvals) 
    114         self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, yvals) 
    115         self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, dyvals) 
    116         if self.data_points != self.current_dataset.x.size: 
    117             self.errors.add("Not all data was loaded properly.") 
    118         if self.current_dataset.dx.size != self.current_dataset.x.size: 
    119             dxvals = np.zeros(self.current_dataset.x.size) 
    120             self.current_dataset.dx = dxvals 
    121         if self.current_dataset.x.size != self.current_dataset.y.size: 
    122             self.errors.add("The x and y data sets are not the same size.") 
    123         if self.current_dataset.y.size != self.current_dataset.dy.size: 
    124             self.errors.add("The y and dy datasets are not the same size.") 
    125         self.current_dataset.errors = self.errors 
    126         self.current_dataset.xaxis("Q", q_unit) 
    127         self.current_dataset.yaxis("Intensity", i_unit) 
    128         xml_intermediate = self.raw_data[self.upper:] 
    129         xml = ''.join(xml_intermediate) 
    130         self.set_xml_string(xml) 
    131         dom = self.xmlroot.xpath('/fileinfo') 
    132         self._parse_child(dom) 
     109            x_val = [float(data[0])] 
     110            y_val = [float(data[1])] 
     111            dy_val = [float(data[2])] 
     112            self.current_dataset.x = np.append(self.current_dataset.x, x_val) 
     113            self.current_dataset.y = np.append(self.current_dataset.y, y_val) 
     114            self.current_dataset.dy = np.append(self.current_dataset.dy, dy_val) 
     115        self.current_dataset.xaxis("Q (%s)" % (q_unit), q_unit) 
     116        self.current_dataset.yaxis("Intensity (%s)" % (i_unit), i_unit) 
     117        self.current_dataset.detector.append(self.detector) 
    133118        self.output.append(self.current_dataset) 
    134  
    135     def _parse_child(self, dom, parent=''): 
    136         """ 
    137         Recursive method for stepping through the embedded XML 
    138         :param dom: XML node with or without children 
    139         """ 
    140         for node in dom: 
    141             tagname = node.tag 
    142             value = node.text 
    143             attr = node.attrib 
    144             key = attr.get("key", '') 
    145             if len(node.getchildren()) > 1: 
    146                 self._parse_child(node, key) 
    147                 if key == "SampleDetector": 
    148                     self.current_dataset.detector.append(self.detector) 
    149                     self.detector = Detector() 
    150             else: 
    151                 if key == "value": 
    152                     if parent == "Wavelength": 
    153                         self.current_dataset.source.wavelength = value 
    154                     elif parent == "SampleDetector": 
    155                         self.detector.distance = value 
    156                     elif parent == "Temperature": 
    157                         self.current_dataset.sample.temperature = value 
    158                     elif parent == "CounterSlitLength": 
    159                         self.detector.slit_length = value 
    160                 elif key == "unit": 
    161                     value = value.replace("_", "") 
    162                     if parent == "Wavelength": 
    163                         self.current_dataset.source.wavelength_unit = value 
    164                     elif parent == "SampleDetector": 
    165                         self.detector.distance_unit = value 
    166                     elif parent == "X": 
    167                         self.current_dataset.xaxis(self.current_dataset._xaxis, value) 
    168                     elif parent == "Y": 
    169                         self.current_dataset.yaxis(self.current_dataset._yaxis, value) 
    170                     elif parent == "Temperature": 
    171                         self.current_dataset.sample.temperature_unit = value 
    172                     elif parent == "CounterSlitLength": 
    173                         self.detector.slit_length_unit = value 
    174                 elif key == "quantity": 
    175                     if parent == "X": 
    176                         self.current_dataset.xaxis(value, self.current_dataset._xunit) 
    177                     elif parent == "Y": 
    178                         self.current_dataset.yaxis(value, self.current_dataset._yunit) 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    r7d94915 rb699768  
    3333    ## File type 
    3434    type_name = "ASCII" 
    35  
     35     
    3636    ## Wildcards 
    3737    type = ["ASCII files (*.txt)|*.txt", 
    … …  
    4141    ## List of allowed extensions 
    4242    ext = ['.txt', '.TXT', '.dat', '.DAT', '.abs', '.ABS', 'csv', 'CSV'] 
    43  
     43     
    4444    ## Flag to bypass extension check 
    4545    allow_all = True 
    46  
     46     
    4747    def read(self, path): 
    4848        """ 
    4949        Load data file 
    50  
     50         
    5151        :param path: file path 
     52         
    5253        :return: Data1D object, or None 
    53  
     54         
    5455        :raise RuntimeError: when the file can't be opened 
    5556        :raise ValueError: when the length of the data vectors are inconsistent 
    … …  
    6162                try: 
    6263                    # Read in binary mode since GRASP frequently has no-ascii 
    63                     # characters that breaks the open operation 
     64                    # characters that brakes the open operation 
    6465                    input_f = open(path,'rb') 
    6566                except: 
    … …  
    6768                buff = input_f.read() 
    6869                lines = buff.splitlines() 
    69  
    70                 # Arrays for data storage 
    71                 tx = numpy.zeros(0) 
    72                 ty = numpy.zeros(0) 
     70                  
     71                x  = numpy.zeros(0) 
     72                y  = numpy.zeros(0) 
     73                dy = numpy.zeros(0) 
     74                dx = numpy.zeros(0) 
     75                 
     76                #temp. space to sort data 
     77                tx  = numpy.zeros(0) 
     78                ty  = numpy.zeros(0) 
    7379                tdy = numpy.zeros(0) 
    7480                tdx = numpy.zeros(0) 
    75  
     81                 
     82                output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
     83                self.filename = output.filename = basename 
     84            
     85                data_conv_q = None 
     86                data_conv_i = None 
     87                 
     88                if has_converter == True and output.x_unit != '1/A': 
     89                    data_conv_q = Converter('1/A') 
     90                    # Test it 
     91                    data_conv_q(1.0, output.x_unit) 
     92                     
     93                if has_converter == True and output.y_unit != '1/cm': 
     94                    data_conv_i = Converter('1/cm') 
     95                    # Test it 
     96                    data_conv_i(1.0, output.y_unit) 
     97            
    7698                # The first good line of data will define whether 
    7799                # we have 2-column or 3-column ascii 
    78100                has_error_dx = None 
    79101                has_error_dy = None 
    80  
     102                 
    81103                #Initialize counters for data lines and header lines. 
    82                 is_data = False 
     104                is_data = False  # Has more than 5 lines 
    83105                # More than "5" lines of data is considered as actual 
    84106                # data unless that is the only data 
    85                 min_data_pts = 5 
     107                mum_data_lines = 5 
    86108                # To count # of current data candidate lines 
    87                 candidate_lines = 0 
     109                i = -1 
    88110                # To count total # of previous data candidate lines 
    89                 candidate_lines_previous = 0 
    90                 #minimum required number of columns of data 
     111                i1 = -1 
     112                # To count # of header lines 
     113                j = -1 
     114                # Helps to count # of header lines 
     115                j1 = -1 
     116                #minimum required number of columns of data; ( <= 4). 
    91117                lentoks = 2 
    92118                for line in lines: 
    93                     toks = self.splitline(line) 
    94                     # To remember the # of columns in the current line of data 
    95                     new_lentoks = len(toks) 
     119                    # Initial try for CSV (split on ,) 
     120                    toks = line.split(',') 
     121                    # Now try SCSV (split on ;) 
     122                    if len(toks) < 2: 
     123                        toks = line.split(';') 
     124                    # Now go for whitespace                     
     125                    if len(toks) < 2: 
     126                        toks = line.split() 
    96127                    try: 
    97                         if new_lentoks == 1 and not is_data: 
    98                             ## If only one item in list, no longer data 
    99                             raise ValueError 
    100                         elif new_lentoks == 0: 
    101                             ## If the line is blank, skip and continue on 
    102                             ## In case of breaks within data sets. 
    103                             continue 
    104                         elif new_lentoks != lentoks and is_data: 
    105                             ## If a footer is found, break the loop and save the data 
    106                             break 
    107                         elif new_lentoks != lentoks and not is_data: 
    108                             ## If header lines are numerical 
    109                             candidate_lines = 0 
    110                             candidate_lines_previous = 0 
    111  
    112128                        #Make sure that all columns are numbers. 
    113129                        for colnum in range(len(toks)): 
    114                             # Any non-floating point values throw ValueError 
    115130                            float(toks[colnum]) 
    116  
    117                         candidate_lines += 1 
     131                             
    118132                        _x = float(toks[0]) 
    119133                        _y = float(toks[1]) 
     134                         
     135                        #Reset the header line counters 
     136                        if j == j1: 
     137                            j = 0 
     138                            j1 = 0 
     139                             
     140                        if i > 1: 
     141                            is_data = True 
     142                         
     143                        if data_conv_q is not None: 
     144                            _x = data_conv_q(_x, units=output.x_unit) 
     145                             
     146                        if data_conv_i is not None: 
     147                            _y = data_conv_i(_y, units=output.y_unit) 
     148                         
     149                        # If we have an extra token, check 
     150                        # whether it can be interpreted as a 
     151                        # third column. 
     152                        _dy = None 
     153                        if len(toks) > 2: 
     154                            try: 
     155                                _dy = float(toks[2]) 
     156                                 
     157                                if data_conv_i is not None: 
     158                                    _dy = data_conv_i(_dy, units=output.y_unit) 
     159                                 
     160                            except: 
     161                                # The third column is not a float, skip it. 
     162                                pass 
     163                             
     164                        # If we haven't set the 3rd column 
     165                        # flag, set it now. 
     166                        if has_error_dy == None: 
     167                            has_error_dy = False if _dy == None else True 
     168                             
     169                        #Check for dx 
    120170                        _dx = None 
    121                         _dy = None 
    122  
    123                         #If 5 or more lines, this is considering the set data 
    124                         if candidate_lines >= min_data_pts: 
    125                             is_data = True 
    126  
    127                         # If a 3rd row is present, consider it dy 
    128                         if new_lentoks > 2: 
    129                             _dy = float(toks[2]) 
    130                         has_error_dy = False if _dy == None else True 
    131  
    132                         # If a 4th row is present, consider it dx 
    133                         if new_lentoks > 3: 
    134                             _dx = float(toks[3]) 
    135                         has_error_dx = False if _dx == None else True 
    136  
    137                         # Delete the previously stored lines of data candidates if 
    138                         # the list is not data 
    139                         if candidate_lines == 1 and -1 < candidate_lines_previous < min_data_pts and \ 
     171                        if len(toks) > 3: 
     172                            try: 
     173                                _dx = float(toks[3]) 
     174                                 
     175                                if data_conv_i is not None: 
     176                                    _dx = data_conv_i(_dx, units=output.x_unit) 
     177                                 
     178                            except: 
     179                                # The 4th column is not a float, skip it. 
     180                                pass 
     181                             
     182                        # If we haven't set the 3rd column 
     183                        # flag, set it now. 
     184                        if has_error_dx == None: 
     185                            has_error_dx = False if _dx == None else True 
     186                         
     187                        #After talked with PB, we decided to take care of only 
     188                        # 4 columns of data for now. 
     189                        #number of columns in the current line 
     190                        #To remember the # of columns in the current 
     191                        #line of data 
     192                        new_lentoks = len(toks) 
     193                         
     194                        #If the previous columns not equal to the current, 
     195                        #mark the previous as non-data and reset the dependents. 
     196                        if lentoks != new_lentoks: 
     197                            if is_data == True: 
     198                                break 
     199                            else: 
     200                                i = -1 
     201                                i1 = 0 
     202                                j = -1 
     203                                j1 = -1 
     204                             
     205                        #Delete the previously stored lines of data candidates 
     206                        # if is not data. 
     207                        if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and \ 
     208                            is_data == False: 
     209                            try: 
     210                                x = numpy.zeros(0) 
     211                                y = numpy.zeros(0) 
     212                            except: 
     213                                pass 
     214                             
     215                        x = numpy.append(x, _x) 
     216                        y = numpy.append(y, _y) 
     217                         
     218                        if has_error_dy == True: 
     219                            #Delete the previously stored lines of 
     220                            # data candidates if is not data. 
     221                            if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and \ 
     222                                is_data == False: 
     223                                try: 
     224                                    dy = numpy.zeros(0) 
     225                                except: 
     226                                    pass 
     227                            dy = numpy.append(dy, _dy) 
     228                             
     229                        if has_error_dx == True: 
     230                            #Delete the previously stored lines of 
     231                            # data candidates if is not data. 
     232                            if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and \ 
     233                                is_data == False: 
     234                                try: 
     235                                    dx = numpy.zeros(0) 
     236                                except: 
     237                                    pass 
     238                            dx = numpy.append(dx, _dx) 
     239                             
     240                        #Same for temp. 
     241                        #Delete the previously stored lines of data candidates 
     242                        # if is not data. 
     243                        if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and\ 
    140244                            is_data == False: 
    141245                            try: 
    142246                                tx = numpy.zeros(0) 
    143247                                ty = numpy.zeros(0) 
    144                                 tdy = numpy.zeros(0) 
    145                                 tdx = numpy.zeros(0) 
    146248                            except: 
    147249                                pass 
    148250 
     251                        tx = numpy.append(tx, _x) 
     252                        ty = numpy.append(ty, _y) 
     253                         
    149254                        if has_error_dy == True: 
     255                            #Delete the previously stored lines of 
     256                            # data candidates if is not data. 
     257                            if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and \ 
     258                                is_data == False: 
     259                                try: 
     260                                    tdy = numpy.zeros(0) 
     261                                except: 
     262                                    pass 
    150263                            tdy = numpy.append(tdy, _dy) 
    151264                        if has_error_dx == True: 
     265                            #Delete the previously stored lines of 
     266                            # data candidates if is not data. 
     267                            if i < 0 and -1 < i1 < mum_data_lines and \ 
     268                                is_data == False: 
     269                                try: 
     270                                    tdx = numpy.zeros(0) 
     271                                except: 
     272                                    pass 
    152273                            tdx = numpy.append(tdx, _dx) 
    153                         tx = numpy.append(tx, _x) 
    154                         ty = numpy.append(ty, _y) 
    155  
     274 
     275                        #reset i1 and flag lentoks for the next 
     276                        if lentoks < new_lentoks: 
     277                            if is_data == False: 
     278                                i1 = -1 
    156279                        #To remember the # of columns on the current line 
    157280                        # for the next line of data 
    158                         lentoks = new_lentoks 
    159                         candidate_lines_previous = candidate_lines 
    160                     except ValueError: 
     281                        lentoks = len(toks) 
     282                         
     283                        #Reset # of header lines and counts # 
     284                        # of data candidate lines 
     285                        if j == 0 and j1 == 0: 
     286                            i1 = i + 1 
     287                        i += 1 
     288                    except: 
    161289                        # It is data and meet non - number, then stop reading 
    162290                        if is_data == True: 
    163291                            break 
    164292                        lentoks = 2 
    165                         has_error_dx = None 
    166                         has_error_dy = None 
     293                        #Counting # of header lines 
     294                        j += 1 
     295                        if j == j1 + 1: 
     296                            j1 = j 
     297                        else: 
     298                            j = -1 
    167299                        #Reset # of lines of data candidates 
    168                         candidate_lines = 0 
    169                     except: 
     300                        i = -1 
     301                         
     302                        # Couldn't parse this line, skip it 
    170303                        pass 
    171  
     304                     
    172305                input_f.close() 
    173                 if not is_data: 
    174                     return None 
    175306                # Sanity check 
    176                 if has_error_dy == True and not len(ty) == len(tdy): 
     307                if has_error_dy == True and not len(y) == len(dy): 
    177308                    msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    178309                    raise RuntimeError, msg 
    179                 if has_error_dx == True and not len(tx) == len(tdx): 
     310                if has_error_dx == True and not len(x) == len(dx): 
    180311                    msg = "ascii_reader: y and dy have different length" 
    181312                    raise RuntimeError, msg 
    182313                # If the data length is zero, consider this as 
    183314                # though we were not able to read the file. 
    184                 if len(tx) == 0: 
     315                if len(x) == 0: 
    185316                    raise RuntimeError, "ascii_reader: could not load file" 
    186  
     317                 
    187318                #Let's re-order the data to make cal. 
    188319                # curve look better some cases 
    189320                ind = numpy.lexsort((ty, tx)) 
    190                 x = numpy.zeros(len(tx)) 
    191                 y = numpy.zeros(len(ty)) 
    192                 dy = numpy.zeros(len(tdy)) 
    193                 dx = numpy.zeros(len(tdx)) 
    194                 output = Data1D(x, y, dy=dy, dx=dx) 
    195                 self.filename = output.filename = basename 
    196  
    197321                for i in ind: 
    198322                    x[i] = tx[ind[i]] 
    … …  
    214338                output.dx = dx[x != 0] if has_error_dx == True\ 
    215339                    else numpy.zeros(len(output.x)) 
    216  
    217                 output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    218                 output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    219  
     340                                 
     341                if data_conv_q is not None: 
     342                    output.xaxis("\\rm{Q}", output.x_unit) 
     343                else: 
     344                    output.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
     345                if data_conv_i is not None: 
     346                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", output.y_unit) 
     347                else: 
     348                    output.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     349                     
    220350                # Store loading process information 
    221351                output.meta_data['loader'] = self.type_name 
    … …  
    223353                    raise RuntimeError, "%s is empty" % path 
    224354                return output 
    225  
     355             
    226356        else: 
    227357            raise RuntimeError, "%s is not a file" % path 
    228358        return None 
    229  
    230     def splitline(self, line): 
    231         """ 
    232         Splits a line into pieces based on common delimeters 
    233         :param line: A single line of text 
    234         :return: list of values 
    235         """ 
    236         # Initial try for CSV (split on ,) 
    237         toks = line.split(',') 
    238         # Now try SCSV (split on ;) 
    239         if len(toks) < 2: 
    240             toks = line.split(';') 
    241         # Now go for whitespace 
    242         if len(toks) < 2: 
    243             toks = line.split() 
    244         return toks 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r654e8e0 r5f26aa4  
    6262    type_name = "canSAS" 
    6363    invalid = True 
    64     frm = "" 
    6564    ## Log messages and errors 
    6665    logging = None 
    … …  
    139138                    for entry in entry_list: 
    140139                        # Create a new DataInfo object for every <SASentry> 
     140 
    141141 
    142142                        # Set the file name and then parse the entry. 
    … …  
    183183        return self.output 
    184184 
    185     def _parse_entry(self, dom, recurse=False): 
     185    def _parse_entry(self, dom): 
    186186        """ 
    187187        Parse a SASEntry - new recursive method for parsing the dom of 
    … …  
    192192        """ 
    193193 
    194         if not self._is_call_local() and not recurse: 
     194        frm = inspect.stack()[1] 
     195        if not self._is_call_local(frm): 
    195196            self.reset_state() 
    196197            self.add_data_set() 
    … …  
    200201        self.base_ns = "{0}{1}{2}".format("{", \ 
    201202                            CANSAS_NS.get(self.cansas_version).get("ns"), "}") 
     203        tagname = '' 
     204        tagname_original = '' 
    202205 
    203206        # Go through each child in the parent element 
    … …  
    222225                    self._initialize_new_data_set() 
    223226                ## Recursion step to access data within the group 
    224                 self._parse_entry(node, True) 
     227                self._parse_entry(node) 
    225228                if tagname == "SASsample": 
    226229                    self.current_datainfo.sample.name = name 
    … …  
    434437                length = len(self.names) - 1 
    435438            self.parent_class = self.names[length] 
    436         if not self._is_call_local() and not recurse: 
    437             self.frm = "" 
     439        if not self._is_call_local(frm): 
    438440            self.add_data_set() 
    439441            empty = None 
    … …  
    446448 
    447449 
    448     def _is_call_local(self): 
    449         """ 
    450  
    451         """ 
    452         if self.frm == "": 
    453             inter = inspect.stack() 
    454             self.frm = inter[2] 
    455         mod_name = self.frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
     450    def _is_call_local(self, frm=""): 
     451        """ 
     452 
     453        :return: 
     454        """ 
     455        if frm == "": 
     456            frm = inspect.stack()[1] 
     457        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
    456458        mod_name = mod_name.replace(".py", "") 
    457459        mod = mod_name.split("sas/") 
    … …  
    834836        # If the calling function was not the cansas reader, return a minidom 
    835837        #      object rather than an lxml object. 
    836         self.frm = inspect.stack()[1] 
    837         doc, entry_node = self._check_origin(entry_node, doc) 
     838        frm = inspect.stack()[1] 
     839        doc, entry_node = self._check_origin(entry_node, doc, frm) 
    838840        return doc, entry_node 
    839841 
    … …  
    12301232                self.append(node, entry_node) 
    12311233 
    1232     def _check_origin(self, entry_node, doc): 
     1234    def _check_origin(self, entry_node, doc, frm): 
    12331235        """ 
    12341236        Return the document, and the SASentry node associated with 
    … …  
    12401242        :param doc: entire xml tree 
    12411243        """ 
    1242         if not self.frm: 
    1243             self.frm = inspect.stack()[1] 
    1244         mod_name = self.frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
     1244        if not frm: 
     1245            frm = inspect.stack()[1] 
     1246        mod_name = frm[1].replace("\\", "/").replace(".pyc", "") 
    12451247        mod_name = mod_name.replace(".py", "") 
    12461248        mod = mod_name.split("sas/") 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/xml_reader.py

    ra235f715 rb699768  
    7070            self.xmldoc = etree.parse(self.xml, parser=PARSER) 
    7171            self.xmlroot = self.xmldoc.getroot() 
    72         except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    73             logging.info(xml_error) 
    74         except Exception: 
    75             self.xml = None 
    76             self.xmldoc = None 
    77             self.xmlroot = None 
    78  
    79     def set_xml_string(self, tag_soup): 
    80         """ 
    81         Set an XML string as the working XML. 
    82  
    83         :param tag_soup: XML formatted string 
    84         """ 
    85         try: 
    86             self.xml = tag_soup 
    87             self.xmldoc = tag_soup 
    88             self.xmlroot = etree.fromstring(tag_soup) 
    8972        except etree.XMLSyntaxError as xml_error: 
    9073            logging.info(xml_error) 

  • src/sas/sascalc/pr/invertor.py

    r2c60f304 rb699768  
    154154            return self.set_err(value2) 
    155155        elif name == 'd_max': 
    156             if value <= 0.0: 
    157                 msg = "Invertor: d_max must be greater than zero." 
    158                 msg += "Correct that entry before proceeding" 
    159                 raise ValueError, msg 
    160156            return self.set_dmax(value) 
    161157        elif name == 'q_min': 

  • src/sas/sasgui/guiframe/aboutbox.py

    re0f28e6 rd85c194  
    106106        self.bitmap_button_nist = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    107107        self.bitmap_button_umd = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    108         self.bitmap_button_ornl = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    109         #self.bitmap_button_sns = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
     108        self.bitmap_button_sns = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    110109        #self.bitmap_button_nsf = wx.BitmapButton(self, -1, 
    111110        #                                         wx.NullBitmap) 
    … …  
    116115        self.bitmap_button_ess = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    117116        self.bitmap_button_ill = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    118         self.bitmap_button_ansto = wx.BitmapButton(self, -1, wx.NullBitmap) 
    119117         
    120118        self.static_line_3 = wx.StaticLine(self, -1) 
    … …  
    126124        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onNistLogo, self.bitmap_button_nist) 
    127125        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onUmdLogo, self.bitmap_button_umd) 
    128         #self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onSnsLogo, self.bitmap_button_sns) 
    129         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onOrnlLogo, self.bitmap_button_ornl) 
     126        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onSnsLogo, self.bitmap_button_sns) 
    130127        #self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onNsfLogo, self.bitmap_button_nsf) 
    131128        #self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onDanseLogo, self.bitmap_button_danse) 
    … …  
    134131        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onEssLogo, self.bitmap_button_ess) 
    135132        self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onIllLogo, self.bitmap_button_ill) 
    136         self.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.onAnstoLogo, self.bitmap_button_ansto) 
    137133        # end wxGlade 
    138134        # fill in acknowledgements 
    … …  
    167163        self.bitmap_button_umd.SetBitmapLabel(logo) 
    168164 
    169         image = file_dir + "/images/ornl_logo.png" 
    170         if os.path.isfile(config._ornl_logo): 
    171             image = config._ornl_logo 
    172         logo = wx.Bitmap(image)         
    173         self.bitmap_button_ornl.SetBitmapLabel(logo) 
    174  
    175         """ 
     165         
    176166        image = file_dir + "/images/sns_logo.png" 
    177167        if os.path.isfile(config._sns_logo): 
    … …  
    180170        self.bitmap_button_sns.SetBitmapLabel(logo) 
    181171         
     172        """ 
    182173        image = file_dir + "/images/nsf_logo.png" 
    183174        if os.path.isfile(config._nsf_logo): 
    … …  
    215206        logo = wx.Bitmap(image) 
    216207        self.bitmap_button_ill.SetBitmapLabel(logo) 
    217          
    218         image = file_dir + "/images/ansto_logo.png" 
    219         if os.path.isfile(config._ansto_logo): 
    220             image = config._ansto_logo 
    221         logo = wx.Bitmap(image) 
    222         self.bitmap_button_ansto.SetBitmapLabel(logo) 
    223208                 
    224209        # resize dialog window to fit version number nicely 
    … …  
    242227        self.bitmap_button_nist.SetSize(self.bitmap_button_nist.GetBestSize()) 
    243228        self.bitmap_button_umd.SetSize(self.bitmap_button_umd.GetBestSize()) 
    244         self.bitmap_button_ornl.SetSize(self.bitmap_button_ornl.GetBestSize()) 
    245         #self.bitmap_button_sns.SetSize(self.bitmap_button_sns.GetBestSize()) 
     229        self.bitmap_button_sns.SetSize(self.bitmap_button_sns.GetBestSize()) 
    246230        #self.bitmap_button_nsf.SetSize(self.bitmap_button_nsf.GetBestSize()) 
    247231        #self.bitmap_button_danse.SetSize(self.bitmap_button_danse.GetBestSize()) 
    … …  
    250234        self.bitmap_button_ess.SetSize(self.bitmap_button_ess.GetBestSize()) 
    251235        self.bitmap_button_ill.SetSize(self.bitmap_button_ill.GetBestSize()) 
    252         self.bitmap_button_ansto.SetSize(self.bitmap_button_ansto.GetBestSize()) 
    253236        # end wxGlade 
    254237 
    … …  
    302285        sizer_logos.Add(self.bitmap_button_nist, 0,  
    303286                        wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    304         #sizer_logos.Add(self.bitmap_button_sns, 0,  
    305         #                wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    306         sizer_logos.Add(self.bitmap_button_ornl, 0,  
     287        sizer_logos.Add(self.bitmap_button_sns, 0,  
    307288                        wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    308289        sizer_logos.Add(self.bitmap_button_isis, 0,  
    … …  
    311292                        wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    312293        sizer_logos.Add(self.bitmap_button_ill, 0,  
    313                         wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    314         sizer_logos.Add(self.bitmap_button_ansto, 0,  
    315294                        wx.LEFT|wx.ADJUST_MINSIZE, 2) 
    316295                 
    … …  
    342321        event.Skip() 
    343322         
    344     def onOrnlLogo(self, event):  
    345         """ 
    346         """ 
    347         # wxGlade: DialogAbout.<event_handler> 
    348         launchBrowser(config._ornl_url) 
    349         event.Skip() 
    350          
    351323    def onSnsLogo(self, event):  
    352324        """ 
    … …  
    396368        # wxGlade: DialogAbout.<event_handler> 
    397369        launchBrowser(config._ill_url) 
    398         event.Skip() 
    399  
    400     def onAnstoLogo(self, event): 
    401         """ 
    402         """  
    403         # wxGlade: DialogAbout.<event_handler> 
    404         launchBrowser(config._ansto_url) 
    405370        event.Skip() 
    406371 

  • src/sas/sasgui/guiframe/acknowledgebox.py

    rc1fdf84 rd85c194  
    6868        self.preamble.SetFont(wx.Font(10, wx.DEFAULT, wx.NORMAL, wx.NORMAL, 0, "")) 
    6969        self.SetTitle("Acknowledging SasView") 
    70         #Increased size of box from (525, 225), SMK, 04/10/16 
    71         self.SetSize((600, 300)) 
     70        self.SetSize((525, 225)) 
    7271        # end wxGlade 
    7372 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_manager.py

    r3fac0df rc8a641e8  
    13451345        self._help_menu.Append(wx_id, '&Documentation', '') 
    13461346        wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onSphinxDocs) 
    1347         self._help_menu.AppendSeparator() 
    13481347 
    13491348        if config._do_tutorial and (IS_WIN or sys.platform == 'darwin'): 
     1349            self._help_menu.AppendSeparator() 
    13501350            wx_id = wx.NewId() 
    13511351            self._help_menu.Append(wx_id, '&Tutorial', 'Software tutorial') 
    13521352            wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onTutorial) 
     1353 
     1354        if config._do_acknowledge: 
    13531355            self._help_menu.AppendSeparator() 
    1354  
    1355  
    1356         if config._do_acknowledge: 
    13571356            wx_id = wx.NewId() 
    13581357            self._help_menu.Append(wx_id, '&Acknowledge', 'Acknowledging SasView') 
    13591358            wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onAcknowledge) 
     1359 
     1360        if config._do_aboutbox: 
    13601361            self._help_menu.AppendSeparator() 
    1361  
    1362  
    1363         if config._do_aboutbox: 
    1364             logging.info("Doing help menu") 
    1365             wx_id = wx.NewId() 
    1366             self._help_menu.Append(wx_id, '&About', 'Software information') 
    1367             wx.EVT_MENU(self, wx_id, self._onAbout) 
    1368             self._help_menu.AppendSeparator() 
    1369  
     1362            self._help_menu.Append(wx.ID_ABOUT, '&About', 'Software information') 
     1363            wx.EVT_MENU(self, wx.ID_ABOUT, self._onAbout) 
    13701364 
    13711365        # Checking for updates 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_statusbar.py

    r3a22ce7 rd85c194  
    66import sys 
    77import logging 
    8 import datetime 
    98from wx import StatusBar as wxStatusB 
    109from wx.lib import newevent 
    … …  
    4746 
    4847        self.msg_txt.SetEditable(False) 
    49         timestamp = datetime.datetime.now() 
    50         status = '{:%Y-%m-%d %H:%M:%S} : No message available'.format(timestamp) 
    51         self.msg_txt.SetValue(status) 
     48        self.msg_txt.SetValue('No message available') 
    5249        self.sizer.Add(self.msg_txt, 1, wx.EXPAND|wx.ALL, 10) 
    5350        self.SetSizer(self.sizer) 
    … …  
    6360        if status.strip() == "": 
    6461            return 
    65         # Add timestamp 
    66         timestamp = datetime.datetime.now() 
    67         status = '{:%Y-%m-%d %H:%M:%S} : '.format(timestamp) + status 
    6862        color = (0, 0, 0) #black 
    6963        icon_bmp = wx.ArtProvider.GetBitmap(wx.ART_INFORMATION, wx.ART_TOOLBAR) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/media/data_formats_help.rst

    r280f929 rd85c194  
    33.. This is a port of the original SasView html help file to ReSTructured text 
    44.. by S King, ISIS, during SasView CodeCamp-III in Feb 2015. 
    5 .. WG Bouwman, DUT, added during CodeCamp-V in Oct 2016 the SESANS data format 
    65 
    76.. _Formats: 
    … …  
    109============ 
    1110 
    12 SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q), 2D SANS(I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
    13 and SESANS (P(z) vs z) 
     11SasView reads several different 1D (I(Q) vs Q) and 2D (I(Qx,Qy) vs (Qx,Qy)) 
    1412data files. But please note that SasView does not at present load data where 
    1513the Q and I(Q) data are in separate files. 
    1614 
    17 1D Formats SANS 
    18 --------------- 
     151D Formats 
     16---------- 
    1917 
    2018SasView will read files with 2 to 4 columns of numbers in the following order:  
    … …  
    4846.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    4947 
    50 2D Formats SANS 
    51 --------------- 
     482D Formats 
     49---------- 
    5250 
    5351SasView will only read files in the NIST 2D format with the extensions  
    … …  
    6260.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    6361 
    64 SESANS Format 
    65 ------------- 
    66  
    67 The current file extension is .ses or .sesans (not case sensitive). 
    68  
    69 The file format is to have a list of name-value pairs as a header at the top of the file, detailing general experimental parameters necessary for fitting and analyzing data. This list should contain all information necessary for the file to be 'portable' between users. 
    70  
    71 Following that is a 6 column list of instrument experimental variables: 
    72  
    73 - Spin echo length (z, in Angstroms) 
    74 - Spin echo length error (:math:`\Delta` z, in Angstroms) (experimental resolution) 
    75 - neutron wavelength (:math:`\lambda`, in Angstroms) (essential for ToF instruments) 
    76 - neutron wavelength error (:math:`\Delta \lambda`, in Angstroms) 
    77 - Normalized polarization (:math:`P/P_0`, unitless) 
    78 - Normalized polarization error (:math:`\Delta(P/P_0)`, unitless) (measurement error) 
    79  
    80  
    81 .. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    82  
    83 .. note::  This help document was last changed by Wim Bouwman, 05Oct2016 
     62.. note::  This help document was last changed by Steve King, 01May2015 

  • src/sas/sasgui/guiframe/media/graph_help.rst

    rf9b0c81 re68c9bf  
    4242plot window. 
    4343 
    44 .. note::  
    45     *If a residuals graph (when fitting data) is hidden, it will not show up 
    46     after computation.* 
     44*NOTE! If a residuals graph (when fitting data) is hidden, it will not show up 
     45after computation.* 
    4746 
    4847Dragging a plot 
    … …  
    6867After zooming in on a a region, the *left arrow* or *right arrow* buttons on 
    6968the toolbar will switch between recent views. 
    70  
    71 The axis range can also be specified manually.  To do so go to the *Graph Menu* 
    72 (see Invoking_the_graph_menu_ for further details), choose the *Set Graph Range* 
    73 option and enter the limits in the pop box. 
    7469 
    7570*NOTE! If a wheel mouse is available scrolling the wheel will zoom in/out 
    … …  
    121116^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    122117 
    123 It is possible to make custom modifications to plots including: 
     118From the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) it is also possible to 
     119make some custom modifications to plots, including: 
    124120 
    125121*  changing the plot window title 
    126 *  changing the default legend location and toggling it on/off 
    127 *  changing the axis label text 
    128 *  changing the axis label units 
    129 *  changing the axis label font & font colour 
     122*  changing the axis legend locations 
     123*  changing the axis legend label text 
     124*  changing the axis legend label units 
     125*  changing the axis legend label font & font colour 
    130126*  adding/removing a text string 
    131127*  adding a grid overlay 
    132  
    133 The legend and text strings can be drag and dropped around the plot 
    134  
    135 These options are accessed through the *Graph Menu* (see Invoking_the_graph_menu_) 
    136 and selecting *Modify Graph Appearance* (for axis labels, grid overlay and 
    137 legend position) or *Add Text* to add textual annotations, selecting font, color, 
    138 style and size. *Remove Text* will remove the last annotation added. To change 
    139 the legend. *Window Title* allows a custom title to be entered instead of Graph 
    140 x.  
    141128 
    142129Changing scales 
    … …  
    247234selected data will be removed from the plot. 
    248235 
    249 .. note:: 
    250     The Remove data set action cannot be undone. 
     236*NOTE! This action cannot be undone.* 
    251237 
    252238Show-Hide error bars 
    … …  
    262248In the *Dataset Menu* (see Invoking_the_dataset_menu_), select *Modify Plot 
    263249Property* to change the size, color, or shape of the displayed marker for the 
    264 chosen dataset, or to change the dataset label that appears in the plot legend 
    265 box. 
     250chosen dataset, or to change the dataset label that appears on the plot. 
    266251 
    267252.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    … …  
    307292average. 
    308293 
    309 .. note:: 
    310     The displayed average only updates when input focus is moved back to 
    311     that window; ie, when the mouse pointer is moved onto that plot. 
     294*NOTE! The displayed average only updates when input focus is moved back to 
     295that window; ie, when the mouse pointer is moved onto that plot.* 
    312296 
    313297Selecting *Box Sum* automatically brings up the 'Slicer Parameters' dialog in 
    … …  
    375359.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    376360 
    377 .. note::  This help document was last modified by Paul Butler, 05 September, 2016 
     361.. note::  This help document was last changed by Steve King, 01May2015 

  • src/sas/sasgui/guiframe/utils.py

    ra0373d5 rd85c194  
    4646    return flag 
    4747 
    48  
    49 def check_int(item): 
    50     """ 
    51     :param item: txtcrtl containing a value 
    52     """ 
    53     flag = True 
    54     try: 
    55         mini = int(item.GetValue()) 
    56         item.SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
    57         item.Refresh() 
    58     except: 
    59         flag = False 
    60         item.SetBackgroundColour("pink") 
    61         item.Refresh() 
    62     return flag 
    63  
    64  
     48     
    6549class PanelMenu(wx.Menu): 
    6650    """ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/basepage.py

    rc65a265 re4c897b  
    1717from wx.lib.scrolledpanel import ScrolledPanel 
    1818 
    19 from sasmodels.weights import MODELS as POLYDISPERSITY_MODELS 
    20  
     19import sasmodels.sasview_model 
    2120from sas.sasgui.guiframe.panel_base import PanelBase 
    22 from sas.sasgui.guiframe.utils import format_number, check_float, IdList, check_int 
     21from sas.sasgui.guiframe.utils import format_number, check_float, IdList 
    2322from sas.sasgui.guiframe.events import PanelOnFocusEvent 
    2423from sas.sasgui.guiframe.events import StatusEvent 
    … …  
    627626        self.disp_help_bt.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.on_pd_help_clicked, 
    628627                               id=self.disp_help_bt.GetId()) 
    629         self.disp_help_bt.SetToolTipString("Help for polydispersion.") 
     628        self.disp_help_bt.SetToolTipString("Helps for Polydispersion.") 
    630629 
    631630        self.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self._set_dipers_Param, 
    … …  
    933932        if len(self._disp_obj_dict) > 0: 
    934933            for k, v in self._disp_obj_dict.iteritems(): 
    935                 self.state._disp_obj_dict[k] = v.type 
     934                self.state._disp_obj_dict[k] = v 
    936935 
    937936            self.state.values = copy.deepcopy(self.values) 
    … …  
    10101009            if len(self._disp_obj_dict) > 0: 
    10111010                for k, v in self._disp_obj_dict.iteritems(): 
    1012                     self.state._disp_obj_dict[k] = v.type 
     1011                    self.state._disp_obj_dict[k] = v 
    10131012 
    10141013            self.state.values = copy.deepcopy(self.values) 
    … …  
    11241123                                                    state.disp_cb_dict[item]) 
    11251124                        # Create the dispersion objects 
    1126                         disp_model = POLYDISPERSITY_MODELS['array']() 
     1125                        from sas.models.dispersion_models import ArrayDispersion 
     1126                        disp_model = ArrayDispersion() 
    11271127                        if hasattr(state, "values") and \ 
    11281128                                 self.disp_cb_dict[item].GetValue() == True: 
    … …  
    13791379        self.weights = copy.deepcopy(state.weights) 
    13801380 
    1381         for key, disp_type in state._disp_obj_dict.iteritems(): 
    1382             #disp_model = disp 
    1383             disp_model = POLYDISPERSITY_MODELS[disp_type]() 
     1381        for key, disp in state._disp_obj_dict.iteritems(): 
     1382            # From saved file, disp_model can not be sent in model obj. 
     1383            # it will be sent as a string here, then converted to model object. 
     1384            if disp.__class__.__name__ == 'str': 
     1385                disp_model = None 
     1386                com_str = "from sasmodels.weights " 
     1387                com_str += "import %s as disp_func \ndisp_model = disp_func()" 
     1388                exec com_str % disp 
     1389            else: 
     1390                disp_model = disp 
    13841391            self._disp_obj_dict[key] = disp_model 
    13851392            param_name = key.split('.')[0] 
    … …  
    14971504            is_2Ddata = True 
    14981505        if self.model != None: 
    1499             is_modified = (self._check_value_enter(self.fittable_param) 
    1500                            or self._check_value_enter(self.fixed_param) 
    1501                            or self._check_value_enter(self.parameters)) 
     1506            try: 
     1507                is_modified = self._check_value_enter(self.fittable_param, 
     1508                                                      is_modified) 
     1509                is_modified = self._check_value_enter(self.fixed_param, 
     1510                                                      is_modified) 
     1511                is_modified = self._check_value_enter(self.parameters, 
     1512                                                      is_modified) 
     1513            except Exception: 
     1514                logging.error(traceback.format_exc()) 
    15021515 
    15031516            # Here we should check whether the boundaries have been modified. 
    … …  
    15201533            else: 
    15211534                self.fitrange = False 
     1535 
     1536            if not self.data.is_data: 
     1537                is_modified = True 
    15221538 
    15231539            ## if any value is modify draw model with new value 
    … …  
    15361552                self._draw_model() 
    15371553                self.Refresh() 
    1538  
    1539         logging.info("is_modified flag set to %g",is_modified) 
    15401554        return is_modified 
    15411555 
    … …  
    15471561        flag = True 
    15481562        self.fitrange = True 
     1563        is_modified = False 
    15491564 
    15501565        #wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=" \ 
    … …  
    15591574                                                                [self.data]) 
    15601575            ##Check the values 
    1561             self._check_value_enter(self.fittable_param) 
    1562             self._check_value_enter(self.fixed_param) 
    1563             self._check_value_enter(self.parameters) 
     1576            self._check_value_enter(self.fittable_param, is_modified) 
     1577            self._check_value_enter(self.fixed_param, is_modified) 
     1578            self._check_value_enter(self.parameters, is_modified) 
    15641579 
    15651580            # If qmin and qmax have been modified, update qmin and qmax and 
    … …  
    16451660        return flag 
    16461661 
     1662    def _is_modified(self, is_modified): 
     1663        """ 
     1664        return to self._is_modified 
     1665        """ 
     1666        return is_modified 
     1667 
    16471668    def _reset_parameters_state(self, listtorestore, statelist): 
    16481669        """ 
    … …  
    19431964        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg)) 
    19441965        # Flag to register when a parameter has changed. 
     1966        #is_modified = False 
    19451967        if tcrtl.GetValue().lstrip().rstrip() != "": 
    19461968            try: 
    … …  
    19721994                    if temp_npts != self.num_points: 
    19731995                        self.num_points = temp_npts 
     1996                        #is_modified = True 
    19741997                else: 
    19751998                    msg = "Cannot plot: No points in Q range!!!  " 
    … …  
    21472170        self.Layout() 
    21482171 
    2149  
    21502172    def _validate_qrange(self, qmin_ctrl, qmax_ctrl): 
    21512173        """ 
    … …  
    22542276        return flag 
    22552277 
    2256     def _check_value_enter(self, list): 
     2278    def _check_value_enter(self, list, modified): 
    22572279        """ 
    22582280        :param list: model parameter and panel info 
    … …  
    22642286                parameter's maximum value , 
    22652287                parameter's units] 
    2266  
    2267         Returns True if the model parameters have changed. 
    2268         """ 
    2269         is_modified = False 
     2288        """ 
     2289        is_modified = modified 
     2290        if len(list) == 0: 
     2291            return is_modified 
    22702292        for item in list: 
    22712293            #skip angle parameters for 1D 
    2272             if not self.enable2D and item in self.orientation_params: 
    2273                 continue 
    2274  
    2275             value_ctrl = item[2] 
    2276             if not value_ctrl.IsEnabled(): 
    2277                 # ArrayDispersion disables PD, Min, Max, Npts, Nsigs 
    2278                 continue 
    2279  
    2280             name = item[1] 
    2281             value_str = value_ctrl.GetValue().strip() 
    2282             if name.endswith(".npts"): 
    2283                 validity = check_int(value_ctrl) 
    2284                 if not validity: 
     2294            if not self.enable2D: 
     2295                if item in self.orientation_params: 
    22852296                    continue 
    2286                 value = int(value_str) 
    2287  
    2288             elif name.endswith(".nsigmas"): 
    2289                 validity = check_float(value_ctrl) 
    2290                 if not validity: 
    2291                     continue 
    2292                 value = float(value_str) 
    2293  
    2294             else:  # value or polydispersity 
    2295  
    2296                 # Check that min, max and value are floats 
    2297                 min_ctrl, max_ctrl = item[5], item[6] 
    2298                 min_str = min_ctrl.GetValue().strip() 
    2299                 max_str = max_ctrl.GetValue().strip() 
    2300                 validity = check_float(value_ctrl) 
    2301                 if min_str != "": 
    2302                     validity = validity and check_float(min_ctrl) 
    2303                 if max_str != "": 
    2304                     validity = validity and check_float(max_ctrl) 
    2305                 if not validity: 
    2306                     continue 
    2307  
    2308                 # Check that min is less than max 
    2309                 low = -numpy.inf if min_str == "" else float(min_str) 
    2310                 high = numpy.inf if max_str == "" else float(max_str) 
    2311                 if high < low: 
    2312                     min_ctrl.SetBackgroundColour("pink") 
    2313                     min_ctrl.Refresh() 
    2314                     max_ctrl.SetBackgroundColour("pink") 
    2315                     max_ctrl.Refresh() 
    2316                     #msg = "Invalid fit range for %s: min must be smaller than max"%name 
    2317                     #wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=msg)) 
    2318                     continue 
    2319  
    2320                 # Force value between min and max 
    2321                 value = float(value_str) 
    2322                 if value < low: 
    2323                     value = low 
    2324                     value_ctrl.SetValue(format_number(value)) 
    2325                 elif value > high: 
    2326                     value = high 
    2327                     value_ctrl.SetValue(format_number(value)) 
    2328  
    2329                 if name not in self.model.details.keys(): 
    2330                     self.model.details[name] = ["", None, None] 
    2331                 old_low, old_high = self.model.details[name][1:3] 
    2332                 if old_low != low or old_high != high: 
    2333                     # The configuration has changed but it won't change the 
    2334                     # computed curve so no need to set is_modified to True 
    2335                     #is_modified = True 
    2336                     self.model.details[name][1:3] = low, high 
    2337  
    2338             # Update value in model if it has changed 
    2339             if value != self.model.getParam(name): 
    2340                 self.model.setParam(name, value) 
    2341                 is_modified = True 
     2297            #try: 
     2298            name = str(item[1]) 
     2299 
     2300            if string.find(name, ".npts") == -1 and \ 
     2301                                        string.find(name, ".nsigmas") == -1: 
     2302                ## check model parameters range 
     2303                param_min = None 
     2304                param_max = None 
     2305 
     2306                ## check minimun value 
     2307                if item[5] != None and item[5] != "": 
     2308                    if item[5].GetValue().lstrip().rstrip() != "": 
     2309                        try: 
     2310                            param_min = float(item[5].GetValue()) 
     2311                            if not self._validate_qrange(item[5], item[2]): 
     2312                                if numpy.isfinite(param_min): 
     2313                                    item[2].SetValue(format_number(param_min)) 
     2314 
     2315                            item[5].SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
     2316                            item[2].SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
     2317 
     2318                        except: 
     2319                            msg = "Wrong fit parameter range entered" 
     2320                            wx.PostEvent(self._manager.parent, 
     2321                                         StatusEvent(status=msg)) 
     2322                            raise ValueError, msg 
     2323                        is_modified = True 
     2324                ## check maximum value 
     2325                if item[6] != None and item[6] != "": 
     2326                    if item[6].GetValue().lstrip().rstrip() != "": 
     2327                        try: 
     2328                            param_max = float(item[6].GetValue()) 
     2329                            if not self._validate_qrange(item[2], item[6]): 
     2330                                if numpy.isfinite(param_max): 
     2331                                    item[2].SetValue(format_number(param_max)) 
     2332 
     2333                            item[6].SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
     2334                            item[2].SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
     2335                        except: 
     2336                            msg = "Wrong Fit parameter range entered " 
     2337                            wx.PostEvent(self._manager.parent, 
     2338                                         StatusEvent(status=msg)) 
     2339                            raise ValueError, msg 
     2340                        is_modified = True 
     2341 
     2342                if param_min != None and param_max != None: 
     2343                    if not self._validate_qrange(item[5], item[6]): 
     2344                        msg = "Wrong Fit range entered for parameter " 
     2345                        msg += "name %s of model %s " % (name, self.model.name) 
     2346                        wx.PostEvent(self._manager.parent, 
     2347                                     StatusEvent(status=msg)) 
     2348 
     2349                if name in self.model.details.keys(): 
     2350                    self.model.details[name][1:3] = param_min, param_max 
     2351                    is_modified = True 
     2352                else: 
     2353                    self.model.details[name] = ["", param_min, param_max] 
     2354                    is_modified = True 
     2355            try: 
     2356                # Check if the textctr is enabled 
     2357                if item[2].IsEnabled(): 
     2358                    value = float(item[2].GetValue()) 
     2359                    item[2].SetBackgroundColour("white") 
     2360                    # If the value of the parameter has changed, 
     2361                    # +update the model and set the is_modified flag 
     2362                    if value != self.model.getParam(name) and \ 
     2363                                                numpy.isfinite(value): 
     2364                        self.model.setParam(name, value) 
     2365            except: 
     2366                item[2].SetBackgroundColour("pink") 
     2367                msg = "Wrong Fit parameter value entered " 
     2368                wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=msg)) 
    23422369 
    23432370        return is_modified 
    … …  
    25122539                self._disp_obj_dict[name1] = disp_model 
    25132540                self.model.set_dispersion(param_name, disp_model) 
    2514                 self.state._disp_obj_dict[name1] = disp_model.type 
     2541                self.state._disp_obj_dict[name1] = disp_model 
    25152542 
    25162543                value1 = str(format_number(self.model.getParam(name1), True)) 
    … …  
    25352562                        item[0].Enable() 
    25362563                        item[2].Enable() 
    2537                         item[3].Show(True) 
    2538                         item[4].Show(True) 
    25392564                        item[5].Enable() 
    25402565                        item[6].Enable() 
    … …  
    26292654        self._disp_obj_dict[name] = disp 
    26302655        self.model.set_dispersion(name.split('.')[0], disp) 
    2631         self.state._disp_obj_dict[name] = disp.type 
     2656        self.state._disp_obj_dict[name] = disp 
    26322657        self.values[name] = values 
    26332658        self.weights[name] = weights 
    … …  
    26972722        :param disp_function: dispersion distr. function 
    26982723        """ 
     2724        # List of the poly_model name in the combobox 
     2725        list = ["RectangleDispersion", "ArrayDispersion", 
     2726                "LogNormalDispersion", "GaussianDispersion", 
     2727                "SchulzDispersion"] 
     2728 
    26992729        # Find the selection 
    2700         if disp_func is not None: 
    2701             try: 
    2702                 return POLYDISPERSITY_MODELS.values().index(disp_func.__class__) 
    2703             except ValueError: 
    2704                 pass  # Fall through to default class 
    2705         return POLYDISPERSITY_MODELS.keys().index('gaussian') 
     2730        try: 
     2731            selection = list.index(disp_func.__class__.__name__) 
     2732            return selection 
     2733        except: 
     2734            return 3 
    27062735 
    27072736    def on_reset_clicked(self, event): 
    … …  
    32903319                    pd = content[name][1] 
    32913320                    if name.count('.') > 0: 
    3292                         # If this is parameter.width, then pd may be a floating 
    3293                         # point value or it may be an array distribution. 
    3294                         # Nothing to do for parameter.npts or parameter.nsigmas. 
    32953321                        try: 
    32963322                            float(pd) 
    3297                             if name.endswith('.npts'): 
    3298                                 pd = int(pd) 
    3299                         except Exception: 
     3323                        except: 
    33003324                            #continue 
    33013325                            if not pd and pd != '': 
    … …  
    33053329                        # Only array func has pd == '' case. 
    33063330                        item[2].Enable(False) 
    3307                     else: 
    3308                         item[2].Enable(True) 
    33093331                    if item[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
    33103332                        if content[name][1] in self.model.fun_list: 
    … …  
    33333355                        pd = value[0] 
    33343356                        if name.count('.') > 0: 
    3335                             # If this is parameter.width, then pd may be a floating 
    3336                             # point value or it may be an array distribution. 
    3337                             # Nothing to do for parameter.npts or parameter.nsigmas. 
    33383357                            try: 
    33393358                                pd = float(pd) 
    3340                                 if name.endswith('.npts'): 
    3341                                     pd = int(pd) 
    33423359                            except: 
    33433360                                #continue 
    … …  
    33483365                            # Only array func has pd == '' case. 
    33493366                            item[2].Enable(False) 
    3350                         else: 
    3351                             item[2].Enable(True) 
    33523367                        if item[2].__class__.__name__ == "ComboBox": 
    33533368                            if value[0] in self.model.fun_list: 
    … …  
    33693384        Helps get paste for poly function 
    33703385 
    3371         *item* is the parameter name 
    3372  
    3373         *value* depends on which parameter is being processed, and whether it 
    3374         has array polydispersity. 
    3375  
    3376         For parameters without array polydispersity: 
    3377  
    3378             parameter => ['FLOAT', ''] 
    3379             parameter.width => ['FLOAT', 'DISTRIBUTION', ''] 
    3380             parameter.npts => ['FLOAT', ''] 
    3381             parameter.nsigmas => ['FLOAT', ''] 
    3382  
    3383         For parameters with array polydispersity: 
    3384  
    3385             parameter => ['FLOAT', ''] 
    3386             parameter.width => ['FILENAME', 'array', [x1, ...], [w1, ...]] 
    3387             parameter.npts => ['FLOAT', ''] 
    3388             parameter.nsigmas => ['FLOAT', ''] 
    3389         """ 
    3390         # Do nothing if not setting polydispersity 
    3391         if len(value[1]) == 0: 
    3392             return 
    3393  
    3394         try: 
    3395             name = item[7].Name 
    3396             param_name = name.split('.')[0] 
    3397             item[7].SetValue(value[1]) 
    3398             selection = item[7].GetCurrentSelection() 
    3399             dispersity = item[7].GetClientData(selection) 
    3400             disp_model = dispersity() 
    3401  
    3402             if value[1] == 'array': 
    3403                 pd_vals = numpy.array(value[2]) 
    3404                 pd_weights = numpy.array(value[3]) 
    3405                 if len(pd_vals) == 0 or len(pd_vals) != len(pd_weights): 
    3406                     msg = ("bad array distribution parameters for %s" 
    3407                            % param_name) 
    3408                     raise ValueError(msg) 
    3409                 self._set_disp_cb(True, item=item) 
    3410                 self._set_array_disp_model(name=name, 
    3411                                            disp=disp_model, 
    3412                                            values=pd_vals, 
    3413                                            weights=pd_weights) 
    3414             else: 
    3415                 self._set_disp_cb(False, item=item) 
    3416                 self._disp_obj_dict[name] = disp_model 
    3417                 self.model.set_dispersion(param_name, disp_model) 
    3418                 self.state._disp_obj_dict[name] = disp_model.type 
    3419                 # TODO: It's not an array, why update values and weights? 
    3420                 self.model._persistency_dict[param_name] = \ 
    3421                     [self.values, self.weights] 
    3422                 self.state.values = self.values 
    3423                 self.state.weights = self.weights 
    3424  
    3425         except Exception: 
    3426             logging.error(traceback.format_exc()) 
    3427             print "Error in BasePage._paste_poly_help: %s" % \ 
    3428                                     sys.exc_info()[1] 
    3429  
    3430     def _set_disp_cb(self, isarray, item): 
     3386        :param item: Gui param items 
     3387        :param value: the values for parameter ctrols 
     3388        """ 
     3389        is_array = False 
     3390        if len(value[1]) > 0: 
     3391            # Only for dispersion func.s 
     3392            try: 
     3393                item[7].SetValue(value[1]) 
     3394                selection = item[7].GetCurrentSelection() 
     3395                name = item[7].Name 
     3396                param_name = name.split('.')[0] 
     3397                dispersity = item[7].GetClientData(selection) 
     3398                disp_model = dispersity() 
     3399                # Only for array disp 
     3400                try: 
     3401                    pd_vals = numpy.array(value[2]) 
     3402                    pd_weights = numpy.array(value[3]) 
     3403                    if len(pd_vals) > 0 and len(pd_vals) > 0: 
     3404                        if len(pd_vals) == len(pd_weights): 
     3405                            self._set_disp_array_cb(item=item) 
     3406                            self._set_array_disp_model(name=name, 
     3407                                                       disp=disp_model, 
     3408                                                       values=pd_vals, 
     3409                                                       weights=pd_weights) 
     3410                            is_array = True 
     3411                except Exception: 
     3412                    logging.error(traceback.format_exc()) 
     3413                if not is_array: 
     3414                    self._disp_obj_dict[name] = disp_model 
     3415                    self.model.set_dispersion(name, 
     3416                                              disp_model) 
     3417                    self.state._disp_obj_dict[name] = \ 
     3418                                              disp_model 
     3419                    self.model.set_dispersion(param_name, disp_model) 
     3420                    self.state.values = self.values 
     3421                    self.state.weights = self.weights 
     3422                    self.model._persistency_dict[param_name] = \ 
     3423                                            [self.state.values, 
     3424                                             self.state.weights] 
     3425 
     3426            except Exception: 
     3427                logging.error(traceback.format_exc()) 
     3428                print "Error in BasePage._paste_poly_help: %s" % \ 
     3429                                        sys.exc_info()[1] 
     3430 
     3431    def _set_disp_array_cb(self, item): 
    34313432        """ 
    34323433        Set cb for array disp 
    34333434        """ 
    3434         if isarray: 
    3435             item[0].SetValue(False) 
    3436             item[0].Enable(False) 
    3437             item[2].Enable(False) 
    3438             item[3].Show(False) 
    3439             item[4].Show(False) 
    3440             item[5].SetValue('') 
    3441             item[5].Enable(False) 
    3442             item[6].SetValue('') 
    3443             item[6].Enable(False) 
    3444         else: 
    3445             item[0].Enable() 
    3446             item[2].Enable() 
    3447             item[3].Show(True) 
    3448             item[4].Show(True) 
    3449             item[5].Enable() 
    3450             item[6].Enable() 
     3435        item[0].SetValue(False) 
     3436        item[0].Enable(False) 
     3437        item[2].Enable(False) 
     3438        item[3].Show(False) 
     3439        item[4].Show(False) 
     3440        item[5].SetValue('') 
     3441        item[5].Enable(False) 
     3442        item[6].SetValue('') 
     3443        item[6].Enable(False) 
    34513444 
    34523445    def update_pinhole_smear(self): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/batchfitpage.py

    ree4b3cb rfc18690  
    256256#         if self.model != None:            
    257257#             ##Check the values 
    258 #             self._check_value_enter( self.fittable_param) 
    259 #             self._check_value_enter( self.fixed_param) 
    260 #             self._check_value_enter( self.parameters) 
     258#             self._check_value_enter( self.fittable_param, is_modified) 
     259#             self._check_value_enter( self.fixed_param, is_modified) 
     260#             self._check_value_enter( self.parameters, is_modified) 
    261261#  
    262262#             # If qmin and qmax have been modified, update qmin and qmax and  

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitpage.py

    r6c382da r934ce649  
    1010import math 
    1111import time 
    12 import traceback 
    1312 
    1413from sasmodels.weights import MODELS as POLYDISPERSITY_MODELS 
    … …  
    13661365            try: 
    13671366                tcrtl.SetBackgroundColour(wx.WHITE) 
    1368                 self._check_value_enter(self.fittable_param) 
    1369                 self._check_value_enter(self.parameters) 
     1367                self._check_value_enter(self.fittable_param, is_modified) 
     1368                self._check_value_enter(self.parameters, is_modified) 
    13701369            except: 
    13711370                tcrtl.SetBackgroundColour("pink") 
    … …  
    20592058            msg = "Error: This model state has missing or outdated " 
    20602059            msg += "information.\n" 
    2061             msg += traceback.format_exc() 
     2060            msg += "%s" % (sys.exc_value) 
    20622061            wx.PostEvent(self._manager.parent, 
    20632062                         StatusEvent(status=msg, info="error")) 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/fitting.py

    rca4d985 r7673ecd  
    313313        """ 
    314314        event_id = event.GetId() 
    315         self.update_custom_combo() 
     315        self.update_custom_combo()         
    316316 
    317317    def update_custom_combo(self): 
    … …  
    342342                                page.formfactorbox.SetLabel(current_val) 
    343343        except: 
    344             logging.error("update_custom_combo: %s", sys.exc_value) 
     344            pass 
     345 
    345346 
    346347    def set_edit_menu(self, owner): 
    … …  
    16651666        wx.PostEvent(self.parent, StatusEvent(status=msg, type="update")) 
    16661667 
    1667     def create_theory_1D(self, x, y, page_id, model, data, state, 
    1668                          data_description, data_id, dy=None): 
    1669         """ 
    1670             Create a theory object associate with an existing Data1D 
    1671             and add it to the data manager. 
    1672             @param x: x-values of the data 
    1673             @param y: y_values of the data 
    1674             @param page_id: fit page ID 
    1675             @param model: model used for fitting 
    1676             @param data: Data1D object to create the theory for 
    1677             @param state: model state 
    1678             @param data_description: title to use in the data manager 
    1679             @param data_id: unique data ID 
    1680         """ 
    1681         new_plot = Data1D(x=x, y=y) 
    1682         if dy is None: 
    1683             new_plot.is_data = False 
    1684             new_plot.dy = numpy.zeros(len(y)) 
    1685             # If this is a theory curve, pick the proper symbol to make it a curve 
    1686             new_plot.symbol = GUIFRAME_ID.CURVE_SYMBOL_NUM 
    1687         else: 
    1688             new_plot.is_data = True 
    1689             new_plot.dy = dy 
    1690         new_plot.interactive = True 
    1691         new_plot.dx = None 
    1692         new_plot.dxl = None 
    1693         new_plot.dxw = None 
    1694         _yaxis, _yunit = data.get_yaxis() 
    1695         _xaxis, _xunit = data.get_xaxis() 
    1696         new_plot.title = data.name 
    1697         new_plot.group_id = data.group_id 
    1698         if new_plot.group_id == None: 
    1699             new_plot.group_id = data.group_id 
    1700         new_plot.id = data_id 
    1701         # Find if this theory was already plotted and replace that plot given 
    1702         # the same id 
    1703         self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data.id) 
    1704  
    1705         if data.is_data: 
    1706             data_name = str(data.name) 
    1707         else: 
    1708             data_name = str(model.__class__.__name__) 
    1709  
    1710         new_plot.name = data_description + " [" + data_name + "]" 
    1711         new_plot.xaxis(_xaxis, _xunit) 
    1712         new_plot.yaxis(_yaxis, _yunit) 
    1713         self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot, 
    1714                                                   fid=data.id) 
    1715         self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot, 
    1716                                    state=state) 
    1717         return new_plot 
    1718  
    17191668    def _complete1D(self, x, y, page_id, elapsed, index, model, 
    17201669                    weight=None, fid=None, 
    17211670                    toggle_mode_on=False, state=None, 
    17221671                    data=None, update_chisqr=True, 
    1723                     source='model', plot_result=True, 
    1724                     unsmeared_model=None, unsmeared_data=None, 
    1725                     unsmeared_error=None, sq_model=None, pq_model=None): 
    1726         """ 
    1727             Complete plotting 1D data 
    1728             @param unsmeared_model: fit model, without smearing 
    1729             @param unsmeared_data: data, rescaled to unsmeared model 
    1730             @param unsmeared_error: data error, rescaled to unsmeared model 
     1672                    source='model', plot_result=True): 
     1673        """ 
     1674        Complete plotting 1D data 
    17311675        """ 
    17321676        try: 
    17331677            numpy.nan_to_num(y) 
    1734             new_plot = self.create_theory_1D(x, y, page_id, model, data, state, 
    1735                                              data_description=model.name, 
    1736                                              data_id=str(page_id) + " " + data.name) 
    1737             if unsmeared_model is not None: 
    1738                 self.create_theory_1D(x, unsmeared_model, page_id, model, data, state, 
    1739                                       data_description=model.name + " unsmeared", 
    1740                                       data_id=str(page_id) + " " + data.name + " unsmeared") 
    1741  
    1742                 self.create_theory_1D(x, unsmeared_data, page_id, model, data, state, 
    1743                                       data_description="Data unsmeared", 
    1744                                       data_id="Data  " + data.name + " unsmeared", 
    1745                                       dy=unsmeared_error) 
    1746                  
    1747             if sq_model is not None and pq_model is not None: 
    1748                 self.create_theory_1D(x, sq_model, page_id, model, data, state, 
    1749                                       data_description=model.name + " S(q)", 
    1750                                       data_id=str(page_id) + " " + data.name + " S(q)") 
    1751                 self.create_theory_1D(x, pq_model, page_id, model, data, state, 
    1752                                       data_description=model.name + " P(q)", 
    1753                                       data_id=str(page_id) + " " + data.name + " P(q)") 
    1754  
    1755  
     1678 
     1679            new_plot = Data1D(x=x, y=y) 
     1680            new_plot.is_data = False 
     1681            new_plot.dy = numpy.zeros(len(y)) 
     1682            new_plot.symbol = GUIFRAME_ID.CURVE_SYMBOL_NUM 
     1683            _yaxis, _yunit = data.get_yaxis() 
     1684            _xaxis, _xunit = data.get_xaxis() 
     1685            new_plot.title = data.name 
     1686 
     1687            new_plot.group_id = data.group_id 
     1688            if new_plot.group_id == None: 
     1689                new_plot.group_id = data.group_id 
     1690            new_plot.id = str(page_id) + " " + data.name 
     1691            #if new_plot.id in self.color_dict: 
     1692            #    new_plot.custom_color = self.color_dict[new_plot.id] 
     1693            #find if this theory was already plotted and replace that plot given 
     1694            #the same id 
     1695            self.page_finder[page_id].get_theory_data(fid=data.id) 
     1696 
     1697            if data.is_data: 
     1698                data_name = str(data.name) 
     1699            else: 
     1700                data_name = str(model.__class__.__name__) 
     1701 
     1702            new_plot.name = model.name + " [" + data_name + "]" 
     1703            new_plot.xaxis(_xaxis, _xunit) 
     1704            new_plot.yaxis(_yaxis, _yunit) 
     1705            self.page_finder[page_id].set_theory_data(data=new_plot, 
     1706                                                      fid=data.id) 
     1707            self.parent.update_theory(data_id=data.id, theory=new_plot, 
     1708                                       state=state) 
    17561709            current_pg = self.fit_panel.get_page_by_id(page_id) 
    17571710            title = new_plot.title 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/fitting.rst

    r05829fb rd85c194  
    1818 
    1919   Information on the SasView Optimisers <optimizer.rst> 
    20  
    21    Writing a Plugin <plugin.rst> 
     20    

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/media/fitting_help.rst

    r05829fb rb64b87c  
    132132* By :ref:`Writing_a_Plugin` 
    133133 
     134*NB: Because of the way these options are implemented, it is not possible for them* 
     135*to use the polydispersity algorithms in SasView. Only models in the model library* 
     136*can do this. At the time of writing (Release 3.1.0) work is in hand to make it* 
     137*easier to add new models to the model library.* 
     138 
    134139.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    135140 
    … …  
    158163the :ref:`Advanced` option. 
    159164 
    160 *NB: "Fit Parameters" has been split into two sections, those which can be 
    161 polydisperse (shape and orientation parameters) and those which are not 
    162 (scattering length densities, for example).* 
    163  
    164165Sum|Multi(p1,p2) 
    165166^^^^^^^^^^^^^^^^ 
    … …  
    191192*Advanced Custom Model Editor*. 
    192193 
    193 See :ref:`Writing_a_Plugin` for details on the plugin format. 
    194  
    195 *NB: Sum/Product models are still using the SasView 3.x model format.  Unless 
    196 you are confident about what you are doing, it is recommended that you 
    197 only modify lines denoted with the ## <----- comments!* 
     194*NB: Unless you are confident about what you are doing, it is recommended that you* 
     195*only modify lines denoted with the ## <----- comments!* 
    198196 
    199197When editing is complete, select *Run -> Compile* from the *Model Editor* menu bar. An 
    … …  
    213211 
    214212*NB: Custom models shipped with SasView cannot be removed in this way.* 
     213 
     214.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
     215 
     216.. _Writing_a_Plugin: 
     217 
     218Writing a Plugin 
     219---------------- 
     220 
     221Advanced users can write their own model in Python and save it to the the SasView 
     222*plugin_models* folder 
     223 
     224  *C:\\Users\\[username]\\.sasview\\plugin_models* - (on Windows) 
     225 
     226in .py format. The next time SasView is started it will compile the plugin and add 
     227it to the list of *Customized Models*. 
     228 
     229It is recommended that existing plugin models be used as templates. 
    215230 
    216231.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/model_thread.py

    rca4d985 r934ce649  
    77import math 
    88from sas.sascalc.data_util.calcthread import CalcThread 
    9 from sas.sascalc.fit.MultiplicationModel import MultiplicationModel 
    109 
    1110class Calc2D(CalcThread): 
    … …  
    167166        index = (self.qmin <= self.data.x) & (self.data.x <= self.qmax) 
    168167 
    169         # If we use a smearer, also return the unsmeared model 
    170         unsmeared_output = None 
    171         unsmeared_data = None 
    172         unsmeared_error = None 
    173168        ##smearer the ouput of the plot 
    174169        if self.smearer is not None: 
    … …  
    176171                                                             self.qmax) 
    177172            mask = self.data.x[first_bin:last_bin+1] 
    178             unsmeared_output = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    179             unsmeared_output[first_bin:last_bin+1] = self.model.evalDistribution(mask) 
    180             output = self.smearer(unsmeared_output, first_bin, last_bin) 
    181              
    182             # Rescale data to unsmeared model 
    183             unsmeared_data = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    184             unsmeared_error = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    185             unsmeared_data[first_bin:last_bin+1] = self.data.y[first_bin:last_bin+1]\ 
    186                                                     * unsmeared_output[first_bin:last_bin+1]\ 
    187                                                     / output[first_bin:last_bin+1] 
    188             unsmeared_error[first_bin:last_bin+1] = self.data.dy[first_bin:last_bin+1]\ 
    189                                                     * unsmeared_output[first_bin:last_bin+1]\ 
    190                                                     / output[first_bin:last_bin+1] 
    191             unsmeared_output=unsmeared_output[index] 
    192             unsmeared_data=unsmeared_data[index] 
    193             unsmeared_error=unsmeared_error 
     173            output[first_bin:last_bin+1] = self.model.evalDistribution(mask) 
     174            output = self.smearer(output, first_bin, last_bin) 
    194175        else: 
    195176            output[index] = self.model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    196  
    197         sq_model = None 
    198         pq_model = None 
    199         if isinstance(self.model, MultiplicationModel): 
    200             sq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    201             pq_model = numpy.zeros((len(self.data.x))) 
    202             sq_model[index] = self.model.s_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    203             pq_model[index] = self.model.p_model.evalDistribution(self.data.x[index]) 
    204177 
    205178        elapsed = time.time() - self.starttime 
    … …  
    214187                      data=self.data, 
    215188                      update_chisqr=self.update_chisqr, 
    216                       source=self.source, 
    217                       unsmeared_model=unsmeared_output, 
    218                       unsmeared_data=unsmeared_data, 
    219                       unsmeared_error=unsmeared_error, 
    220                       pq_model=pq_model, 
    221                       sq_model=sq_model) 
     189                      source=self.source) 
    222190 
    223191    def results(self): 

  • src/sas/sasgui/perspectives/fitting/pagestate.py

    r6c382da r7673ecd  
    2424from xml.dom.minidom import parseString 
    2525from lxml import etree 
    26  
    27 import sasmodels.weights 
    2826 
    2927import sas.sascalc.dataloader 
    … …  
    476474                value = content[1] 
    477475            except Exception: 
    478                 msg = "Report string expected 'name: value' but got %r"%line 
    479                 logging.error(msg) 
     476                logging.error(traceback.format_exc()) 
    480477            if name.count("State created"): 
    481478                repo_time = "" + value 
    … …  
    519516                        title_name = HEADER % title 
    520517                except Exception: 
    521                     msg = "While parsing 'data: ...'\n" 
    522                     logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     518                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    523519            if name == "model name ": 
    524520                try: 
    … …  
    535531                    q_range = CENTRE % q_name 
    536532                except Exception: 
    537                     msg = "While parsing 'Plotting Range: ...'\n" 
    538                     logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     533                    logging.error(traceback.format_exc()) 
    539534        paramval = "" 
    540535        for lines in param_string.split(":"): 
    … …  
    716711        # For self.values ={ disp_param_name: [vals,...],...} 
    717712        # and for self.weights ={ disp_param_name: [weights,...],...} 
     713        value_list = {} 
    718714        for item in LIST_OF_MODEL_ATTRIBUTES: 
    719715            element = newdoc.createElement(item[0]) 
    … …  
    729725 
    730726        # Create doc for the dictionary of self._disp_obj_dic 
    731         for tagname, varname, tagtype in DISPERSION_LIST: 
    732             element = newdoc.createElement(tagname) 
    733             value_list = getattr(self, varname) 
    734             for key, value in value_list.iteritems(): 
     727        for item in DISPERSION_LIST: 
     728            element = newdoc.createElement(item[0]) 
     729            value_list = getattr(self, item[1]) 
     730            for key, val in value_list.iteritems(): 
     731                value = repr(val) 
    735732                sub_element = newdoc.createElement(key) 
    736733                sub_element.setAttribute('name', str(key)) 
    … …  
    850847                # Recover _disp_obj_dict from xml file 
    851848                self._disp_obj_dict = {} 
    852                 for tagname, varname, tagtype in DISPERSION_LIST: 
    853                     node = get_content("ns:%s" % tagname, entry) 
     849                for item in DISPERSION_LIST: 
     850                    # Get node 
     851                    node = get_content("ns:%s" % item[0], entry) 
    854852                    for attr in node: 
    855                         parameter = str(attr.get('name')) 
    856                         value = attr.get('value') 
    857                         if value.startswith("<"): 
    858                             try: 
    859                                 # <path.to.NamedDistribution object/instance...> 
    860                                 cls_name = value[1:].split()[0].split('.')[-1] 
    861                                 cls = getattr(sasmodels.weights, cls_name) 
    862                                 value = cls.type 
    863                             except Exception: 
    864                                 logging.error("unable to load distribution %r for %s" 
    865                                               % (value, parameter)) 
    866                                 continue 
    867                         _disp_obj_dict = getattr(self, varname) 
    868                         _disp_obj_dict[parameter] = value 
     853                        name = str(attr.get('name')) 
     854                        val = attr.get('value') 
     855                        value = val.split(" instance")[0] 
     856                        disp_name = value.split("<")[1] 
     857                        try: 
     858                            # Try to recover disp_model object from strings 
     859                            com = "from sas.models.dispersion_models " 
     860                            com += "import %s as disp" 
     861                            com_name = disp_name.split(".")[3] 
     862                            exec com % com_name 
     863                            disp_model = disp() 
     864                            attribute = getattr(self, item[1]) 
     865                            attribute[name] = com_name 
     866                        except Exception: 
     867                            logging.error(traceback.format_exc()) 
    869868 
    870869                # get self.values and self.weights dic. if exists 
    871                 for tagname, varname in LIST_OF_MODEL_ATTRIBUTES: 
    872                     node = get_content("ns:%s" % tagname, entry) 
     870                for item in LIST_OF_MODEL_ATTRIBUTES: 
     871                    node = get_content("ns:%s" % item[0], entry) 
    873872                    dic = {} 
    874873                    value_list = [] 
    875874                    for par in node: 
    876875                        name = par.get('name') 
    877                         values = par.text.split() 
     876                        values = par.text.split('\n') 
    878877                        # Get lines only with numbers 
    879878                        for line in values: 
    … …  
    883882                            except Exception: 
    884883                                # pass if line is empty (it happens) 
    885                                 msg = ("Error reading %r from %s %s\n" 
    886                                        % (line, tagname, name)) 
    887                                 logging.error(msg + traceback.format_exc()) 
     884                                logging.error(traceback.format_exc()) 
    888885                        dic[name] = numpy.array(value_list) 
    889                     setattr(self, varname, dic) 
     886                    setattr(self, item[1], dic) 
    890887 
    891888    def set_plot_state(self, figs, canvases): 
    … …  
    12341231 
    12351232        except: 
    1236             logging.info("XML document does not contain fitting information.\n" 
    1237                          + traceback.format_exc()) 
     1233            logging.info("XML document does not contain fitting information.\n %s" % sys.exc_value) 
    12381234 
    12391235        return state 
    … …  
    15731569                    if output[ind].run_name is not None\ 
    15741570                        and len(output[ind].run_name) != 0: 
    1575                         if isinstance(output[ind].run_name, dict): 
    1576                             name = output[ind].run_name.keys()[0] 
    1577                         else: 
    1578                             name = output[ind].run_name 
     1571                        name = output[ind].run_name 
    15791572                    else: 
    15801573                        name = original_fname 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_panel.py

    r654e8e0 rc12f9b4  
    250250 
    251251            num = self.state.saved_state['state_num'] 
    252             if int(num) > 0: 
     252            if num > 0: 
    253253                self._set_undo_flag(True) 
    254             if int(num) < len(state.state_list) - 1: 
     254            if num < len(state.state_list) - 1: 
    255255                self._set_redo_flag(True) 
    256256 
    … …  
    830830        """ 
    831831        try: 
    832             if key in ['compute_num', 'file', 'is_time_machine', 'state_num']: 
    833                 return 
    834             else: 
    835                 attr = getattr(self, key) 
     832            attr = getattr(self, key) 
    836833            if attr.__class__.__name__ == "StaticText": 
    837834                return 
    838             if value in ["True", "False", True, False]: 
    839                 value = bool(value) 
    840             else: 
     835            if type(value) is not bool: 
    841836                value = str(value) 
    842837            attr.SetValue(value) 
    … …  
    18651860                                   (self.button_calculate, 0, 
    18661861                                    wx.RIGHT | wx.TOP | wx.BOTTOM, 10), 
    1867                                    (self.button_help, 0, 
     1862                                   (self.button_help, 0,  
    18681863                                    wx.RIGHT | wx.TOP | wx.BOTTOM, 10),]) 
    18691864    def _do_layout(self): 
    … …  
    18871882        self.SetSizer(self.main_sizer) 
    18881883        self.SetAutoLayout(True) 
    1889  
     1884         
    18901885    def on_help(self, event): 
    18911886        """ 
    1892         Bring up the Invariant Documentation whenever the HELP button is 
     1887        Bring up the Invariant Documentation whenever the HELP button is  
    18931888        clicked. 
    18941889 

  • src/sas/sasgui/perspectives/invariant/invariant_state.py

    rcb93b40 rc10d9d6c  
    426426                        if input_field is not None: 
    427427                            temp_state[item] = val 
    428                             self.state_list[str(ind)] = temp_state 
     428                            self.state_list[ind] = temp_state 
    429429 
    430430            # Parse current state (ie, saved_state) 
    … …  
    790790            doc = state.toXML(datainfo.name, doc=doc, entry_node=sasentry) 
    791791        return doc 
     792 

  • src/sas/sasgui/perspectives/pr/media/pr_help.rst

    r0391dae rb64b87c  
    1515*P(r)* is set to be equal to an expansion of base functions of the type 
    1616 
    17 .. math:: 
    18   \Phi_{n(r)} = 2 r sin(\frac{\pi n r}{D_{max}}) 
     17  |bigphi|\_n(r) = 2.r.sin(|pi|\ .n.r/D_max) 
    1918 
    20 The coefficient of each base function in the expansion is found by performing 
     19The coefficient of each base function in the expansion is found by performing  
    2120a least square fit with the following fit function 
    2221 
    23 .. math:: 
     22  |chi|\ :sup:`2` = |bigsigma|\ :sub:`i` [ I\ :sub:`meas`\ (Q\ :sub:`i`\ ) - I\ :sub:`th`\ (Q\ :sub:`i`\ ) ] :sup:`2` / (Error) :sup:`2` + Reg_term 
    2423 
    25   \chi^2=\frac{\sum_i (I_{meas}(Q_i)-I_{th}(Q_i))^2}{error^2}+Reg\_term 
    26    
     24where I\ :sub:`meas`\ (Q) is the measured scattering intensity and  
     25I\ :sub:`th`\ (Q) is the prediction from the Fourier transform of the *P(r)*  
     26expansion.  
    2727 
    28 where $I_{meas}(Q_i)$ is the measured scattering intensity and $I_{th}(Q_i)$ is 
    29 the prediction from the Fourier transform of the *P(r)* expansion.  
    30  
    31 The $Reg\_term$ term is a regularization term set to the second derivative  
    32 $d^2P(r)/d^2r$ integrated over $r$. It is used to produce a smooth *P(r)* output. 
     28The *Reg_term* term is a regularization term set to the second derivative  
     29d\ :sup:`2`\ *P(r)* / dr\ :sup:`2` integrated over *r*. It is used to produce a  
     30smooth *P(r)* output. 
    3331 
    3432.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    … …  
    4745   system. 
    4846 
    49 P(r) inversion requires that the background be perfectly subtracted.  This is 
    50 often difficult to do well and thus many data sets will include a background. 
    51 For those cases, the user should check the "estimate background" box and the 
    52 module will do its best to estimate it. 
    53  
    54 The P(r) module is constantly computing in the background what the optimum 
    55 *number of terms* should be as well as the optimum *regularization constant*. 
    56 These are constantly updated in the buttons next to the entry boxes on the GUI. 
    57 These are almost always close and unless the user has a good reason to choose 
    58 differently they should just click on the buttons to accept both.  {D_max} must 
    59 still be set by the user.  However, besides looking at the output, the user can 
    60 click the explore button which will bring up a graph of chi^2 vs Dmax over a 
    61 range around the current Dmax.  The user can change the range and the number of 
    62 points to explore in that range.  They can also choose to plot several other 
    63 parameters as a function of Dmax including: I0, Rg, Oscillation parameter, 
    64 background, positive fraction, and 1-sigma positive fraction. 
    65  
    6647.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    6748 
    … …  
    7455.. ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ 
    7556 
    76 .. note::  This help document was last modified by Paul Butler, 05 September, 2016 
     57.. note::  This help document was last changed by Steve King, 01May2015 

  • test/sasdataloader/test/utest_ascii.py

    r7d94915 rb699768  
    9494        f = self.loader.load("ascii_test_6.txt") 
    9595        # The length of the data is 5 
    96         self.assertEqual(f, None) 
     96        self.assertEqual(len(f.x), 4) 
     97        self.assertEqual(f.x[0],0.013534) 
     98        self.assertEqual(f.x[3],0.022254) 
    9799         
    98100if __name__ == '__main__': 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.