Changes in / [ec52ea1:35ac8df] in sasview


Ignore:
Files:
10 added
12 deleted
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/sas/sascalc/data_util/nxsunit.py

    r574adc7 rb011ecb  
    136136    sld = { '10^-6 Angstrom^-2': 1e-6, 'Angstrom^-2': 1 } 
    137137    Q = { 'invA': 1, 'invAng': 1, 'invAngstroms': 1, '1/A': 1, 
     138          '1/Angstrom': 1, '1/angstrom': 1, 'A^{-1}': 1, 'cm^{-1}': 1e-8, 
    138139          '10^-3 Angstrom^-1': 1e-3, '1/cm': 1e-8, '1/m': 1e-10, 
    139           'nm^-1': 0.1, '1/nm': 0.1, 'n_m^-1': 0.1 } 
     140          'nm^{-1}': 1, 'nm^-1': 0.1, '1/nm': 0.1, 'n_m^-1': 0.1 } 
    140141 
    141142    _caret_optional(sld) 
    … …  
    157158    # units for that particular dimension. 
    158159    # Note: don't have support for dimensionless units. 
    159     unknown = {None:1, '???':1, '': 1, 'a.u.': 1} 
     160    unknown = {None:1, '???':1, '': 1, 'a.u.': 1, 'Counts': 1, 'counts': 1} 
    160161 
    161162    def __init__(self, name): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/file_reader_base_class.py

    r4a8d55c r8f882fe  
    1616from .data_info import Data1D, Data2D, DataInfo, plottable_1D, plottable_2D,\ 
    1717    combine_data_info_with_plottable 
     18from sas.sascalc.data_util.nxsunit import Converter 
    1819 
    1920logger = logging.getLogger(__name__) 
    … …  
    9899                    if len(self.output) > 0: 
    99100                        # Sort the data that's been loaded 
    100                         self.sort_one_d_data() 
    101                         self.sort_two_d_data() 
     101                        self.convert_data_units() 
     102                        self.sort_data() 
    102103        else: 
    103104            msg = "Unable to find file at: {}\n".format(filepath) 
    … …  
    166167        self.output.append(data_obj) 
    167168 
    168     def sort_one_d_data(self): 
     169    def sort_data(self): 
    169170        """ 
    170171        Sort 1D data along the X axis for consistency 
    … …  
    174175                # Normalize the units for 
    175176                data.x_unit = self.format_unit(data.x_unit) 
     177                data._xunit = data.x_unit 
    176178                data.y_unit = self.format_unit(data.y_unit) 
     179                data._yunit = data.y_unit 
    177180                # Sort data by increasing x and remove 1st point 
    178181                ind = np.lexsort((data.y, data.x)) 
    … …  
    203206                    data.ymin = np.min(data.y) 
    204207                    data.ymax = np.max(data.y) 
     208            elif isinstance(data, Data2D): 
     209                # Normalize the units for 
     210                data.Q_unit = self.format_unit(data.Q_unit) 
     211                data.I_unit = self.format_unit(data.I_unit) 
     212                data._xunit = data.Q_unit 
     213                data._yunit = data.Q_unit 
     214                data._zunit = data.I_unit 
     215                data.data = data.data.astype(np.float64) 
     216                data.qx_data = data.qx_data.astype(np.float64) 
     217                data.xmin = np.min(data.qx_data) 
     218                data.xmax = np.max(data.qx_data) 
     219                data.qy_data = data.qy_data.astype(np.float64) 
     220                data.ymin = np.min(data.qy_data) 
     221                data.ymax = np.max(data.qy_data) 
     222                data.q_data = np.sqrt(data.qx_data * data.qx_data 
     223                                         + data.qy_data * data.qy_data) 
     224                if data.err_data is not None: 
     225                    data.err_data = data.err_data.astype(np.float64) 
     226                if data.dqx_data is not None: 
     227                    data.dqx_data = data.dqx_data.astype(np.float64) 
     228                if data.dqy_data is not None: 
     229                    data.dqy_data = data.dqy_data.astype(np.float64) 
     230                if data.mask is not None: 
     231                    data.mask = data.mask.astype(dtype=bool) 
     232 
     233                if len(data.data.shape) == 2: 
     234                    n_rows, n_cols = data.data.shape 
     235                    data.y_bins = data.qy_data[0::int(n_cols)] 
     236                    data.x_bins = data.qx_data[:int(n_cols)] 
     237                    data.data = data.data.flatten() 
     238                    data = self._remove_nans_in_data(data) 
     239                if len(data.data) > 0: 
     240                    data.xmin = np.min(data.qx_data) 
     241                    data.xmax = np.max(data.qx_data) 
     242                    data.ymin = np.min(data.qy_data) 
     243                    data.ymax = np.max(data.qx_data) 
    205244 
    206245    @staticmethod 
    … …  
    242281        return data 
    243282 
    244     def sort_two_d_data(self): 
    245         for dataset in self.output: 
    246             if isinstance(dataset, Data2D): 
    247                 # Normalize the units for 
    248                 dataset.x_unit = self.format_unit(dataset.Q_unit) 
    249                 dataset.y_unit = self.format_unit(dataset.I_unit) 
    250                 dataset.data = dataset.data.astype(np.float64) 
    251                 dataset.qx_data = dataset.qx_data.astype(np.float64) 
    252                 dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
    253                 dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    254                 dataset.qy_data = dataset.qy_data.astype(np.float64) 
    255                 dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    256                 dataset.ymax = np.max(dataset.qy_data) 
    257                 dataset.q_data = np.sqrt(dataset.qx_data * dataset.qx_data 
    258                                          + dataset.qy_data * dataset.qy_data) 
    259                 if dataset.err_data is not None: 
    260                     dataset.err_data = dataset.err_data.astype(np.float64) 
    261                 if dataset.dqx_data is not None: 
    262                     dataset.dqx_data = dataset.dqx_data.astype(np.float64) 
    263                 if dataset.dqy_data is not None: 
    264                     dataset.dqy_data = dataset.dqy_data.astype(np.float64) 
    265                 if dataset.mask is not None: 
    266                     dataset.mask = dataset.mask.astype(dtype=bool) 
    267  
    268                 if len(dataset.data.shape) == 2: 
    269                     n_rows, n_cols = dataset.data.shape 
    270                     dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::int(n_cols)] 
    271                     dataset.x_bins = dataset.qx_data[:int(n_cols)] 
    272                 dataset.data = dataset.data.flatten() 
    273                 dataset = self._remove_nans_in_data(dataset) 
    274                 if len(dataset.data) > 0: 
    275                     dataset.xmin = np.min(dataset.qx_data) 
    276                     dataset.xmax = np.max(dataset.qx_data) 
    277                     dataset.ymin = np.min(dataset.qy_data) 
    278                     dataset.ymax = np.max(dataset.qx_data) 
     283    @staticmethod 
     284    def set_default_1d_units(data): 
     285        """ 
     286        Set the x and y axes to the default 1D units 
     287        :param data: 1D data set 
     288        :return: 
     289        """ 
     290        data.xaxis("\\rm{Q}", '1/A') 
     291        data.yaxis("\\rm{Intensity}", "1/cm") 
     292        return data 
     293 
     294    @staticmethod 
     295    def set_default_2d_units(data): 
     296        """ 
     297        Set the x and y axes to the default 2D units 
     298        :param data: 2D data set 
     299        :return: 
     300        """ 
     301        data.xaxis("\\rm{Q_{x}}", '1/A') 
     302        data.yaxis("\\rm{Q_{y}}", '1/A') 
     303        data.zaxis("\\rm{Intensity}", "1/cm") 
     304        return data 
     305 
     306    def convert_data_units(self, default_q_unit="1/A", default_i_unit="1/cm"): 
     307        """ 
     308        Converts al; data to the sasview default of units of A^{-1} for Q and 
     309        cm^{-1} for I. 
     310        :param default_x_unit: The default x unit used by Sasview 
     311        :param default_y_unit: The default y unit used by Sasview 
     312        """ 
     313        new_output = [] 
     314        for data in self.output: 
     315            if data.isSesans: 
     316                new_output.append(data) 
     317                continue 
     318            file_x_unit = data._xunit 
     319            data_conv_x = Converter(file_x_unit) 
     320            file_y_unit = data._yunit 
     321            data_conv_y = Converter(file_y_unit) 
     322            if isinstance(data, Data1D): 
     323                try: 
     324                    data.x = data_conv_x(data.x, units=default_q_unit) 
     325                    data._xunit = default_q_unit 
     326                    data.x_unit = default_q_unit 
     327                    if data.dx is not None: 
     328                        data.dx = data_conv_x(data.dx, units=default_q_unit) 
     329                    if data.dxl is not None: 
     330                        data.dxl = data_conv_x(data.dxl, units=default_q_unit) 
     331                    if data.dxw is not None: 
     332                        data.dxw = data_conv_x(data.dxw, units=default_q_unit) 
     333                except KeyError: 
     334                    message = "Unable to convert Q units from {0} to 1/A." 
     335                    message.format(default_q_unit) 
     336                    data.errors.append(message) 
     337                try: 
     338                    data.y = data_conv_y(data.y, units=default_i_unit) 
     339                    data._yunit = default_i_unit 
     340                    data.y_unit = default_i_unit 
     341                    if data.dy is not None: 
     342                        data.dy = data_conv_y(data.dy, units=default_i_unit) 
     343                except KeyError: 
     344                    message = "Unable to convert I units from {0} to 1/cm." 
     345                    message.format(default_q_unit) 
     346                    data.errors.append(message) 
     347            elif isinstance(data, Data2D): 
     348                try: 
     349                    data.qx_data = data_conv_x(data.qx_data, units=default_q_unit) 
     350                    if data.dqx_data is not None: 
     351                        data.dqx_data = data_conv_x(data.dqx_data, units=default_q_unit) 
     352                    data.qy_data = data_conv_y(data.qy_data, units=default_q_unit) 
     353                    if data.dqy_data is not None: 
     354                        data.dqy_data = data_conv_y(data.dqy_data, units=default_q_unit) 
     355                except KeyError: 
     356                    message = "Unable to convert Q units from {0} to 1/A." 
     357                    message.format(default_q_unit) 
     358                    data.errors.append(message) 
     359                try: 
     360                    file_z_unit = data._zunit 
     361                    data_conv_z = Converter(file_z_unit) 
     362                    data.data = data_conv_z(data.data, units=default_i_unit) 
     363                    if data.err_data is not None: 
     364                        data.err_data = data_conv_z(data.err_data, units=default_i_unit) 
     365                except KeyError: 
     366                    message = "Unable to convert I units from {0} to 1/cm." 
     367                    message.format(default_q_unit) 
     368                    data.errors.append(message) 
     369            else: 
     370                # TODO: Throw error of some sort... 
     371                pass 
     372            new_output.append(data) 
     373        self.output = new_output 
    279374 
    280375    def format_unit(self, unit=None): 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/abs_reader.py

    rbd5c3b1 rbd5c3b1  
    225225            raise ValueError("ascii_reader: could not load file") 
    226226 
     227        self.current_dataset = self.set_default_1d_units(self.current_dataset) 
    227228        if data_conv_q is not None: 
    228229            self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", base_q_unit) 
    229         else: 
    230             self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    231230        if data_conv_i is not None: 
    232231            self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", base_i_unit) 
    233         else: 
    234             self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    235232 
    236233        # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/ascii_reader.py

    r7b07fbe r3bab401  
    157157 
    158158        self.remove_empty_q_values() 
    159         self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q}", 'A^{-1}') 
    160         self.current_dataset.yaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     159        self.current_dataset = self.set_default_1d_units(self.current_dataset) 
    161160 
    162161        # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader.py

    r2469df7 r058f6c3  
    812812            node.append(point) 
    813813            self.write_node(point, "Q", datainfo.x[i], 
    814                             {'unit': datainfo.x_unit}) 
     814                            {'unit': datainfo._xunit}) 
    815815            if len(datainfo.y) >= i: 
    816816                self.write_node(point, "I", datainfo.y[i], 
    817                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
     817                                {'unit': datainfo._yunit}) 
    818818            if datainfo.dy is not None and len(datainfo.dy) > i: 
    819819                self.write_node(point, "Idev", datainfo.dy[i], 
    820                                 {'unit': datainfo.y_unit}) 
     820                                {'unit': datainfo._yunit}) 
    821821            if datainfo.dx is not None and len(datainfo.dx) > i: 
    822822                self.write_node(point, "Qdev", datainfo.dx[i], 
    823                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     823                                {'unit': datainfo._xunit}) 
    824824            if datainfo.dxw is not None and len(datainfo.dxw) > i: 
    825825                self.write_node(point, "dQw", datainfo.dxw[i], 
    826                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     826                                {'unit': datainfo._xunit}) 
    827827            if datainfo.dxl is not None and len(datainfo.dxl) > i: 
    828828                self.write_node(point, "dQl", datainfo.dxl[i], 
    829                                 {'unit': datainfo.x_unit}) 
     829                                {'unit': datainfo._xunit}) 
    830830        if datainfo.isSesans: 
    831831            sesans_attrib = {'x_axis': datainfo._xaxis, 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/cansas_reader_HDF5.py

    r61f329f0 r96d06a4  
    3838    # CanSAS version 
    3939    cansas_version = 2.0 
    40     # Logged warnings or messages 
    41     logging = None 
    42     # List of errors for the current data set 
    43     errors = None 
    44     # Raw file contents to be processed 
    45     raw_data = None 
    46     # List of plottable1D objects that should be linked to the current_datainfo 
    47     data1d = None 
    48     # List of plottable2D objects that should be linked to the current_datainfo 
    49     data2d = None 
    5040    # Data type name 
    51     type_name = "CanSAS 2.0" 
     41    type_name = "NXcanSAS" 
    5242    # Wildcards 
    53     type = ["CanSAS 2.0 HDF5 Files (*.h5)|*.h5"] 
     43    type = ["NXcanSAS HDF5 Files (*.h5)|*.h5|"] 
    5444    # List of allowed extensions 
    5545    ext = ['.h5', '.H5'] 
    … …  
    8171                except Exception as e: 
    8272                    if extension not in self.ext: 
    83                         msg = "CanSAS2.0 HDF5 Reader could not load file {}".format(basename + extension) 
     73                        msg = "NXcanSAS HDF5 Reader could not load file {}".format(basename + extension) 
    8474                        raise DefaultReaderException(msg) 
    8575                    raise FileContentsException(e.message) 
    … …  
    111101        self.errors = set() 
    112102        self.logging = [] 
     103        self.q_name = [] 
     104        self.mask_name = u'' 
     105        self.i_name = u'' 
     106        self.i_node = u'' 
     107        self.q_uncertainties = [] 
     108        self.q_resolutions = [] 
     109        self.i_uncertainties = u'' 
    113110        self.parent_class = u'' 
    114111        self.detector = Detector() 
    … …  
    140137            if isinstance(value, h5py.Group): 
    141138                # Set parent class before recursion 
     139                last_parent_class = self.parent_class 
    142140                self.parent_class = class_name 
    143141                parent_list.append(key) 
    … …  
    147145                    self.add_data_set(key) 
    148146                elif class_prog.match(u'SASdata'): 
    149                     self._initialize_new_data_set(parent_list) 
     147                    self._initialize_new_data_set(value) 
     148                    self._find_data_attributes(value) 
    150149                # Recursion step to access data within the group 
    151150                self.read_children(value, parent_list) 
     151                self.add_intermediate() 
    152152                # Reset parent class when returning from recursive method 
    153                 self.parent_class = class_name 
    154                 self.add_intermediate() 
     153                self.parent_class = last_parent_class 
    155154                parent_list.remove(key) 
    156155 
    … …  
    159158                data_set = data[key][:] 
    160159                unit = self._get_unit(value) 
    161  
    162                 # I and Q Data 
    163                 if key == u'I': 
    164                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    165                         self.current_dataset.data = data_set 
    166                         self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
    167                     else: 
    168                         self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
    169                         self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
    170                     continue 
    171                 elif key == u'Idev': 
    172                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    173                         self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
    174                     else: 
    175                         self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
    176                     continue 
    177                 elif key == u'Q': 
    178                     self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
    179                     if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
    180                         self.current_dataset.q = data_set.flatten() 
    181                     else: 
    182                         self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
    183                     continue 
    184                 elif key == u'Qdev': 
    185                     self.current_dataset.dx = data_set.flatten() 
    186                     continue 
    187                 elif key == u'dQw': 
    188                     self.current_dataset.dxw = data_set.flatten() 
    189                     continue 
    190                 elif key == u'dQl': 
    191                     self.current_dataset.dxl = data_set.flatten() 
    192                     continue 
    193                 elif key == u'Qy': 
    194                     self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
    195                     self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
    196                     continue 
    197                 elif key == u'Qydev': 
    198                     self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
    199                     continue 
    200                 elif key == u'Qx': 
    201                     self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
    202                     self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
    203                     continue 
    204                 elif key == u'Qxdev': 
    205                     self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
    206                     continue 
    207                 elif key == u'Mask': 
    208                     self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
    209                     continue 
    210                 # Transmission Spectrum 
    211                 elif (key == u'T' 
    212                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    213                     self.trans_spectrum.transmission = data_set.flatten() 
    214                     continue 
    215                 elif (key == u'Tdev' 
    216                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    217                     self.trans_spectrum.transmission_deviation = \ 
    218                         data_set.flatten() 
    219                     continue 
    220                 elif (key == u'lambda' 
    221                       and self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum'): 
    222                     self.trans_spectrum.wavelength = data_set.flatten() 
    223                     continue 
    224160 
    225161                for data_point in data_set: 
    … …  
    232168                    if key == u'definition': 
    233169                        self.current_datainfo.meta_data['reader'] = data_point 
     170                    # Run 
    234171                    elif key == u'run': 
    235172                        self.current_datainfo.run.append(data_point) 
    … …  
    240177                        except Exception: 
    241178                            pass 
     179                    # Title 
    242180                    elif key == u'title': 
    243181                        self.current_datainfo.title = data_point 
     182                    # Note 
    244183                    elif key == u'SASnote': 
    245184                        self.current_datainfo.notes.append(data_point) 
    246  
    247185                    # Sample Information 
    248                     # CanSAS 2.0 format 
    249                     elif key == u'Title' and self.parent_class == u'SASsample': 
    250                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    251                     # NXcanSAS format 
    252                     elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASsample': 
    253                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    254                     # NXcanSAS format 
    255                     elif key == u'ID' and self.parent_class == u'SASsample': 
    256                         self.current_datainfo.sample.name = data_point 
    257                     elif (key == u'thickness' 
    258                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    259                         self.current_datainfo.sample.thickness = data_point 
    260                     elif (key == u'temperature' 
    261                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    262                         self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
    263                     elif (key == u'transmission' 
    264                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    265                         self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
    266                     elif (key == u'x_position' 
    267                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    268                         self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
    269                     elif (key == u'y_position' 
    270                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    271                         self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
    272                     elif key == u'pitch' and self.parent_class == u'SASsample': 
    273                         self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
    274                     elif key == u'yaw' and self.parent_class == u'SASsample': 
    275                         self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point 
    276                     elif key == u'roll' and self.parent_class == u'SASsample': 
    277                         self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
    278                     elif (key == u'details' 
    279                           and self.parent_class == u'SASsample'): 
    280                         self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
    281  
     186                    elif self.parent_class == u'SASsample': 
     187                        self.process_sample(data_point, key) 
    282188                    # Instrumental Information 
    283189                    elif (key == u'name' 
    284190                          and self.parent_class == u'SASinstrument'): 
    285191                        self.current_datainfo.instrument = data_point 
    286                     elif key == u'name' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    287                         self.detector.name = data_point 
    288                     elif key == u'SDD' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    289                         self.detector.distance = float(data_point) 
    290                         self.detector.distance_unit = unit 
    291                     elif (key == u'slit_length' 
    292                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    293                         self.detector.slit_length = float(data_point) 
    294                         self.detector.slit_length_unit = unit 
    295                     elif (key == u'x_position' 
    296                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    297                         self.detector.offset.x = float(data_point) 
    298                         self.detector.offset_unit = unit 
    299                     elif (key == u'y_position' 
    300                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    301                         self.detector.offset.y = float(data_point) 
    302                         self.detector.offset_unit = unit 
    303                     elif (key == u'pitch' 
    304                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    305                         self.detector.orientation.x = float(data_point) 
    306                         self.detector.orientation_unit = unit 
    307                     elif key == u'roll' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    308                         self.detector.orientation.z = float(data_point) 
    309                         self.detector.orientation_unit = unit 
    310                     elif key == u'yaw' and self.parent_class == u'SASdetector': 
    311                         self.detector.orientation.y = float(data_point) 
    312                         self.detector.orientation_unit = unit 
    313                     elif (key == u'beam_center_x' 
    314                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    315                         self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
    316                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    317                     elif (key == u'beam_center_y' 
    318                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    319                         self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
    320                         self.detector.beam_center_unit = unit 
    321                     elif (key == u'x_pixel_size' 
    322                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    323                         self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
    324                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    325                     elif (key == u'y_pixel_size' 
    326                           and self.parent_class == u'SASdetector'): 
    327                         self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
    328                         self.detector.pixel_size_unit = unit 
    329                     elif (key == u'distance' 
    330                           and self.parent_class == u'SAScollimation'): 
    331                         self.collimation.length = data_point 
    332                         self.collimation.length_unit = unit 
    333                     elif (key == u'name' 
    334                           and self.parent_class == u'SAScollimation'): 
    335                         self.collimation.name = data_point 
    336                     elif (key == u'shape' 
    337                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    338                         self.aperture.shape = data_point 
    339                     elif (key == u'x_gap' 
    340                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    341                         self.aperture.size.x = data_point 
    342                     elif (key == u'y_gap' 
    343                           and self.parent_class == u'SASaperture'): 
    344                         self.aperture.size.y = data_point 
    345  
     192                    # Detector 
     193                    elif self.parent_class == u'SASdetector': 
     194                        self.process_detector(data_point, key, unit) 
     195                    # Collimation 
     196                    elif self.parent_class == u'SAScollimation': 
     197                        self.process_collimation(data_point, key, unit) 
     198                    # Aperture 
     199                    elif self.parent_class == u'SASaperture': 
     200                        self.process_aperture(data_point, key) 
    346201                    # Process Information 
    347                     elif (key == u'Title' 
    348                           and self.parent_class == u'SASprocess'): # CanSAS 2.0 
    349                         self.process.name = data_point 
    350                     elif (key == u'name' 
    351                           and self.parent_class == u'SASprocess'): # NXcanSAS 
    352                         self.process.name = data_point 
    353                     elif (key == u'description' 
    354                           and self.parent_class == u'SASprocess'): 
    355                         self.process.description = data_point 
    356                     elif key == u'date' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    357                         self.process.date = data_point 
    358                     elif key == u'term' and self.parent_class == u'SASprocess': 
    359                         self.process.term = data_point 
    360                     elif self.parent_class == u'SASprocess': 
    361                         self.process.notes.append(data_point) 
    362  
     202                    elif self.parent_class == u'SASprocess': # CanSAS 2.0 
     203                        self.process_process(data_point, key) 
    363204                    # Source 
    364                     elif (key == u'wavelength' 
    365                           and self.parent_class == u'SASdata'): 
    366                         self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    367                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    368                     elif (key == u'incident_wavelength' 
    369                           and self.parent_class == 'SASsource'): 
    370                         self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
    371                         self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
    372                     elif (key == u'wavelength_max' 
    373                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    374                         self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
    375                         self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
    376                     elif (key == u'wavelength_min' 
    377                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    378                         self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
    379                         self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
    380                     elif (key == u'incident_wavelength_spread' 
    381                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    382                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread = \ 
    383                             data_point 
    384                         self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = \ 
    385                             unit 
    386                     elif (key == u'beam_size_x' 
    387                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    388                         self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
    389                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    390                     elif (key == u'beam_size_y' 
    391                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    392                         self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
    393                         self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
    394                     elif (key == u'beam_shape' 
    395                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    396                         self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
    397                     elif (key == u'radiation' 
    398                           and self.parent_class == u'SASsource'): 
    399                         self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
    400                     elif (key == u'transmission' 
    401                           and self.parent_class == u'SASdata'): 
    402                         self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
    403  
     205                    elif self.parent_class == u'SASsource': 
     206                        self.process_source(data_point, key, unit) 
    404207                    # Everything else goes in meta_data 
     208                    elif self.parent_class == u'SASdata': 
     209                        if isinstance(self.current_dataset, plottable_2D): 
     210                            self.process_2d_data_object(data_set, key, unit) 
     211                        else: 
     212                            self.process_1d_data_object(data_set, key, unit) 
     213 
     214                        break 
     215                    elif self.parent_class == u'SAStransmission_spectrum': 
     216                        self.process_trans_spectrum(data_set, key) 
     217                        break 
    405218                    else: 
    406219                        new_key = self._create_unique_key( 
    … …  
    411224                # I don't know if this reachable code 
    412225                self.errors.add("ShouldNeverHappenException") 
     226 
     227    def process_1d_data_object(self, data_set, key, unit): 
     228        """ 
     229        SASdata processor method for 1d data items 
     230        :param data_set: data from HDF5 file 
     231        :param key: canSAS_class attribute 
     232        :param unit: unit attribute 
     233        """ 
     234        if key == self.i_name: 
     235            self.current_dataset.y = data_set.flatten() 
     236            self.current_dataset.yaxis("Intensity", unit) 
     237        elif key == self.i_uncertainties: 
     238            self.current_dataset.dy = data_set.flatten() 
     239        elif key in self.q_name: 
     240            self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     241            self.current_dataset.x = data_set.flatten() 
     242        elif key in self.q_uncertainties or key in self.q_resolutions: 
     243            if (len(self.q_resolutions) > 1 
     244                    and np.where(self.q_resolutions == key)[0] == 0): 
     245                self.current_dataset.dxw = data_set.flatten() 
     246            elif (len(self.q_resolutions) > 1 
     247                  and np.where(self.q_resolutions == key)[0] == 1): 
     248                self.current_dataset.dxl = data_set.flatten() 
     249            else: 
     250                self.current_dataset.dx = data_set.flatten() 
     251        elif key == self.mask_name: 
     252            self.current_dataset.mask = data_set.flatten() 
     253        elif key == u'wavelength': 
     254            self.current_datainfo.source.wavelength = data_set[0] 
     255            self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     256 
     257    def process_2d_data_object(self, data_set, key, unit): 
     258        if key == self.i_name: 
     259            self.current_dataset.data = data_set 
     260            self.current_dataset.zaxis("Intensity", unit) 
     261        elif key == self.i_uncertainties: 
     262            self.current_dataset.err_data = data_set.flatten() 
     263        elif key in self.q_name: 
     264            self.current_dataset.xaxis("Q", unit) 
     265            self.current_dataset.yaxis("Q", unit) 
     266            #FIXME: This is broken - need to properly handle 2D data 
     267            # TODO: Check shape of array (2d - cash money, homey!) 
     268            # TODO: 3D - check dims, etc. 
     269            # TODO: Put data where it belongs 
     270            pass 
     271        elif key in self.q_uncertainties or key in self.q_resolutions: 
     272            # FIXME: This isn't right either. 
     273            # TODO: find resolution/uncertainty specific to q_name 
     274            pass 
     275        elif key == u'Qy': 
     276            self.current_dataset.yaxis("Q_y", unit) 
     277            self.current_dataset.qy_data = data_set.flatten() 
     278        elif key == u'Qydev': 
     279            self.current_dataset.dqy_data = data_set.flatten() 
     280        elif key == u'Qx': 
     281            self.current_dataset.xaxis("Q_x", unit) 
     282            self.current_dataset.qx_data = data_set.flatten() 
     283        elif key == u'Qxdev': 
     284            self.current_dataset.dqx_data = data_set.flatten() 
     285 
     286    def process_trans_spectrum(self, data_set, key): 
     287        """ 
     288        SAStransmission_spectrum processor 
     289        :param data_set: data from HDF5 file 
     290        :param key: canSAS_class attribute 
     291        """ 
     292        if key == u'T': 
     293            self.trans_spectrum.transmission = data_set.flatten() 
     294        elif key == u'Tdev': 
     295            self.trans_spectrum.transmission_deviation = data_set.flatten() 
     296        elif key == u'lambda': 
     297            self.trans_spectrum.wavelength = data_set.flatten() 
     298 
     299    def process_sample(self, data_point, key): 
     300        """ 
     301        SASsample processor 
     302        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     303        :param key: class name data_point was taken from 
     304        """ 
     305        if key == u'Title': 
     306            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     307        elif key == u'name': 
     308            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     309        elif key == u'ID': 
     310            self.current_datainfo.sample.name = data_point 
     311        elif key == u'thickness': 
     312            self.current_datainfo.sample.thickness = data_point 
     313        elif key == u'temperature': 
     314            self.current_datainfo.sample.temperature = data_point 
     315        elif key == u'transmission': 
     316            self.current_datainfo.sample.transmission = data_point 
     317        elif key == u'x_position': 
     318            self.current_datainfo.sample.position.x = data_point 
     319        elif key == u'y_position': 
     320            self.current_datainfo.sample.position.y = data_point 
     321        elif key == u'pitch': 
     322            self.current_datainfo.sample.orientation.x = data_point 
     323        elif key == u'yaw': 
     324            self.current_datainfo.sample.orientation.y = data_point 
     325        elif key == u'roll': 
     326            self.current_datainfo.sample.orientation.z = data_point 
     327        elif key == u'details': 
     328            self.current_datainfo.sample.details.append(data_point) 
     329 
     330    def process_detector(self, data_point, key, unit): 
     331        """ 
     332        SASdetector processor 
     333        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     334        :param key: class name data_point was taken from 
     335        :param unit: unit attribute from data set 
     336        """ 
     337        if key == u'name': 
     338            self.detector.name = data_point 
     339        elif key == u'SDD': 
     340            self.detector.distance = float(data_point) 
     341            self.detector.distance_unit = unit 
     342        elif key == u'slit_length': 
     343            self.detector.slit_length = float(data_point) 
     344            self.detector.slit_length_unit = unit 
     345        elif key == u'x_position': 
     346            self.detector.offset.x = float(data_point) 
     347            self.detector.offset_unit = unit 
     348        elif key == u'y_position': 
     349            self.detector.offset.y = float(data_point) 
     350            self.detector.offset_unit = unit 
     351        elif key == u'pitch': 
     352            self.detector.orientation.x = float(data_point) 
     353            self.detector.orientation_unit = unit 
     354        elif key == u'roll': 
     355            self.detector.orientation.z = float(data_point) 
     356            self.detector.orientation_unit = unit 
     357        elif key == u'yaw': 
     358            self.detector.orientation.y = float(data_point) 
     359            self.detector.orientation_unit = unit 
     360        elif key == u'beam_center_x': 
     361            self.detector.beam_center.x = float(data_point) 
     362            self.detector.beam_center_unit = unit 
     363        elif key == u'beam_center_y': 
     364            self.detector.beam_center.y = float(data_point) 
     365            self.detector.beam_center_unit = unit 
     366        elif key == u'x_pixel_size': 
     367            self.detector.pixel_size.x = float(data_point) 
     368            self.detector.pixel_size_unit = unit 
     369        elif key == u'y_pixel_size': 
     370            self.detector.pixel_size.y = float(data_point) 
     371            self.detector.pixel_size_unit = unit 
     372 
     373    def process_collimation(self, data_point, key, unit): 
     374        """ 
     375        SAScollimation processor 
     376        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     377        :param key: class name data_point was taken from 
     378        :param unit: unit attribute from data set 
     379        """ 
     380        if key == u'distance': 
     381            self.collimation.length = data_point 
     382            self.collimation.length_unit = unit 
     383        elif key == u'name': 
     384            self.collimation.name = data_point 
     385 
     386    def process_aperture(self, data_point, key): 
     387        """ 
     388        SASaperture processor 
     389        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     390        :param key: class name data_point was taken from 
     391        """ 
     392        if key == u'shape': 
     393            self.aperture.shape = data_point 
     394        elif key == u'x_gap': 
     395            self.aperture.size.x = data_point 
     396        elif key == u'y_gap': 
     397            self.aperture.size.y = data_point 
     398 
     399    def process_source(self, data_point, key, unit): 
     400        """ 
     401        SASsource processor 
     402        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     403        :param key: class name data_point was taken from 
     404        :param unit: unit attribute from data set 
     405        """ 
     406        if key == u'incident_wavelength': 
     407            self.current_datainfo.source.wavelength = data_point 
     408            self.current_datainfo.source.wavelength_unit = unit 
     409        elif key == u'wavelength_max': 
     410            self.current_datainfo.source.wavelength_max = data_point 
     411            self.current_datainfo.source.wavelength_max_unit = unit 
     412        elif key == u'wavelength_min': 
     413            self.current_datainfo.source.wavelength_min = data_point 
     414            self.current_datainfo.source.wavelength_min_unit = unit 
     415        elif key == u'incident_wavelength_spread': 
     416            self.current_datainfo.source.wavelength_spread = data_point 
     417            self.current_datainfo.source.wavelength_spread_unit = unit 
     418        elif key == u'beam_size_x': 
     419            self.current_datainfo.source.beam_size.x = data_point 
     420            self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     421        elif key == u'beam_size_y': 
     422            self.current_datainfo.source.beam_size.y = data_point 
     423            self.current_datainfo.source.beam_size_unit = unit 
     424        elif key == u'beam_shape': 
     425            self.current_datainfo.source.beam_shape = data_point 
     426        elif key == u'radiation': 
     427            self.current_datainfo.source.radiation = data_point 
     428 
     429    def process_process(self, data_point, key): 
     430        """ 
     431        SASprocess processor 
     432        :param data_point: Single point from an HDF5 data file 
     433        :param key: class name data_point was taken from 
     434        """ 
     435        term_match = re.compile(u'^term[0-9]+$') 
     436        if key == u'Title':  # CanSAS 2.0 
     437            self.process.name = data_point 
     438        elif key == u'name':  # NXcanSAS 
     439            self.process.name = data_point 
     440        elif key == u'description': 
     441            self.process.description = data_point 
     442        elif key == u'date': 
     443            self.process.date = data_point 
     444        elif term_match.match(key): 
     445            self.process.term.append(data_point) 
     446        else: 
     447            self.process.notes.append(data_point) 
    413448 
    414449    def add_intermediate(self): 
    … …  
    452487            spectrum_list = [] 
    453488            for spectrum in self.current_datainfo.trans_spectrum: 
    454                 spectrum.transmission = np.delete(spectrum.transmission, [0]) 
    455489                spectrum.transmission = spectrum.transmission.astype(np.float64) 
    456                 spectrum.transmission_deviation = np.delete( 
    457                     spectrum.transmission_deviation, [0]) 
    458490                spectrum.transmission_deviation = \ 
    459491                    spectrum.transmission_deviation.astype(np.float64) 
    460                 spectrum.wavelength = np.delete(spectrum.wavelength, [0]) 
    461492                spectrum.wavelength = spectrum.wavelength.astype(np.float64) 
    462493                if len(spectrum.transmission) > 0: 
    … …  
    491522                (n_rows, n_cols) = dataset.data.shape 
    492523                dataset.y_bins = dataset.qy_data[0::n_cols] 
    493                 dataset.x_bins = dataset.qx_data[:n_cols] 
     524                dataset.x_bins = dataset.qx_data[0::n_rows] 
    494525                dataset.data = dataset.data.flatten() 
    495526            self.current_dataset = dataset 
    … …  
    515546        self.current_datainfo = DataInfo() 
    516547 
    517  
    518     def _initialize_new_data_set(self, parent_list=None): 
     548    def _initialize_new_data_set(self, value=None): 
    519549        """ 
    520550        A private class method to generate a new 1D or 2D data object based on 
    … …  
    524554        :param parent_list: List of names of parent elements 
    525555        """ 
    526  
    527         if parent_list is None: 
    528             parent_list = [] 
    529         if self._find_intermediate(parent_list, "Qx"): 
     556        if self._is2d(value): 
    530557            self.current_dataset = plottable_2D() 
    531558        else: 
    … …  
    534561            self.current_dataset = plottable_1D(x, y) 
    535562        self.current_datainfo.filename = self.raw_data.filename 
    536  
    537     def _find_intermediate(self, parent_list, basename=""): 
    538         """ 
    539         A private class used to find an entry by either using a direct key or 
    540         knowing the approximate basename. 
     563        self.mask_name = "" 
     564        self.i_name = "" 
     565        self.i_node = "" 
     566        self.q_name = [] 
     567        self.q_uncertainties = [] 
     568        self.q_resolutions = [] 
     569        self.i_uncertainties = "" 
     570 
     571    @staticmethod 
     572    def check_is_list_or_array(iterable): 
     573        try: 
     574            iter(iterable) 
     575            if (not isinstance(iterable, np.ndarray)) or (isinstance(iterable, str) 
     576                    or isinstance(iterable, unicode)): 
     577                raise TypeError 
     578        except TypeError: 
     579            iterable = iterable.split(",") 
     580        return iterable 
     581 
     582    def _find_data_attributes(self, value): 
     583        """ 
     584        A class to find the indices for Q, the name of the Qdev and Idev, and 
     585        the name of the mask. 
     586        :param value: SASdata/NXdata HDF5 Group 
     587        """ 
     588        attrs = value.attrs 
     589        signal = attrs.get("signal", "I") 
     590        i_axes = attrs.get("I_axes", ["Q"]) 
     591        q_indices = attrs.get("Q_indices", [0]) 
     592        q_indices = map(int, self.check_is_list_or_array(q_indices)) 
     593        i_axes = self.check_is_list_or_array(i_axes) 
     594        keys = value.keys() 
     595        self.mask_name = attrs.get("mask") 
     596        for val in q_indices: 
     597            self.q_name.append(i_axes[val]) 
     598        self.i_name = signal 
     599        self.i_node = value.get(self.i_name) 
     600        for item in self.q_name: 
     601            if item in keys: 
     602                q_vals = value.get(item) 
     603                if q_vals.attrs.get("uncertainties") is not None: 
     604                    self.q_uncertainties = q_vals.attrs.get("uncertainties") 
     605                elif q_vals.attrs.get("uncertainty") is not None: 
     606                    self.q_uncertainties = q_vals.attrs.get("uncertainty") 
     607                if isinstance(self.q_uncertainties, str) is not None: 
     608                    self.q_uncertainties = [self.q_uncertainties] 
     609                if q_vals.attrs.get("resolutions") is not None: 
     610                    self.q_resolutions = q_vals.attrs.get("resolutions") 
     611                if isinstance(self.q_resolutions, str): 
     612                    self.q_resolutions = self.q_resolutions.split(",") 
     613        if self.i_name in keys: 
     614            i_vals = value.get(self.i_name) 
     615            self.i_uncertainties = i_vals.attrs.get("uncertainties") 
     616            if self.i_uncertainties is None: 
     617                self.i_uncertainties = i_vals.attrs.get("uncertainty") 
     618 
     619    def _is2d(self, value, basename="I"): 
     620        """ 
     621        A private class to determine if the data set is 1d or 2d. 
    541622 
    542623        :param parent_list: List of parents nodes in the HDF5 file 
    543624        :param basename: Approximate name of an entry to search for 
    544         :return: 
    545         """ 
    546  
    547         entry = False 
    548         key_prog = re.compile(basename) 
    549         top = self.raw_data 
    550         for parent in parent_list: 
    551             top = top.get(parent) 
    552         for key in top.keys(): 
    553             if key_prog.match(key): 
    554                 entry = True 
    555                 break 
    556         return entry 
     625        :return: True if 2D, otherwise false 
     626        """ 
     627 
     628        vals = value.get(basename) 
     629        return (vals is not None and vals.shape is not None 
     630                and len(vals.shape) != 1) 
    557631 
    558632    def _create_unique_key(self, dictionary, name, numb=0): 
    … …  
    583657        if unit is None: 
    584658            unit = h5attr(value, u'unit') 
    585         # Convert the unit formats 
    586         if unit == "1/A": 
    587             unit = "A^{-1}" 
    588         elif unit == "1/cm": 
    589             unit = "cm^{-1}" 
    590659        return unit 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/danse_reader.py

    r2469df7 rfc51d06  
    180180        detector.beam_center.y = center_y * pixel 
    181181 
    182  
    183         self.current_dataset.xaxis("\\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
    184         self.current_dataset.yaxis("\\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
    185         self.current_dataset.zaxis("\\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
    186  
     182        self.current_dataset = self.set_default_2d_units(self.current_dataset) 
    187183        self.current_dataset.x_bins = x_vals 
    188184        self.current_dataset.y_bins = y_vals 

  • src/sas/sascalc/dataloader/readers/red2d_reader.py

    rc8321cfc r058f6c3  
    317317 
    318318        # Units of axes 
    319         self.current_dataset.xaxis(r"\rm{Q_{x}}", 'A^{-1}') 
    320         self.current_dataset.yaxis(r"\rm{Q_{y}}", 'A^{-1}') 
    321         self.current_dataset.zaxis(r"\rm{Intensity}", "cm^{-1}") 
     319        self.current_dataset = self.set_default_2d_units(self.current_dataset) 
    322320 
    323321        # Store loading process information 

  • src/sas/sascalc/file_converter/nxcansas_writer.py

    r574adc7 rcf29187  
    175175            names=['beam_size_x', 'beam_size_y'], 
    176176            units=data_info.source.beam_size_unit, write_fn=_write_h5_float) 
    177  
    178177 
    179178        # Collimation metadata 
    … …  
    232231            detector_entry.attrs['name'] = '' 
    233232 
     233        # Process meta data 
     234        if len(data_info.process) > 0 and not data_info.process[0].is_empty(): 
     235            i = 1 
     236            for process in data_info.process: 
     237                process_entry = sasentry.create_group( 
     238                    'sasprocess{0:0=2d}'.format(i)) 
     239                process_entry.attrs['canSAS_class'] = 'SASprocess' 
     240                if process.name: 
     241                    name = _h5_string(process.name) 
     242                    process_entry.create_dataset('name', data=name) 
     243                if process.date: 
     244                    date = _h5_string(process.date) 
     245                    process_entry.create_dataset('date', data=date) 
     246                if process.description: 
     247                    desc = _h5_string(process.description) 
     248                    process_entry.create_dataset('description', data=desc) 
     249                j = 1 
     250                for term in process.term: 
     251                    if term: 
     252                        h5_term = _h5_string(term) 
     253                        process_entry.create_dataset('term{0:0=2d}'.format(j), 
     254                                                     data=h5_term) 
     255                    j += 1 
     256                j = 1 
     257                for note in process.notes: 
     258                    if note: 
     259                        h5_note = _h5_string(note) 
     260                        process_entry.create_dataset('note{0:0=2d}'.format(j), 
     261                                                     data=h5_note) 
     262                    j += 1 
     263                i += 1 
     264 
     265        # Transmission Spectrum 
     266        if len(data_info.trans_spectrum) > 0: 
     267            i = 1 
     268            for trans in data_info.trans_spectrum: 
     269                trans_entry = sasentry.create_group( 
     270                    'sastransmission_spectrum{0:0=2d}'.format(i)) 
     271                trans_entry.attrs['canSAS_class'] = 'SAStransmission_spectrum' 
     272                trans_entry.attrs['signal'] = 'T' 
     273                trans_entry.attrs['T_axes'] = 'T' 
     274                trans_entry.attrs['name'] = trans.name 
     275                if trans.timestamp is not '': 
     276                    trans_entry.attrs['timestamp'] = trans.timestamp 
     277                transmission = trans_entry.create_dataset( 
     278                    'T', data=trans.transmission) 
     279                transmission.attrs['unertainties'] = 'Tdev' 
     280                trans_entry.create_dataset('Tdev', 
     281                                           data = trans.transmission_deviation) 
     282                trans_entry.create_dataset('lambda', data=trans.wavelength) 
     283 
    234284        note_entry = sasentry.create_group('sasnote'.format(i)) 
    235285        note_entry.attrs['canSAS_class'] = 'SASnote' 
    … …  
    254304        data_entry.attrs['signal'] = 'I' 
    255305        data_entry.attrs['I_axes'] = 'Q' 
    256         data_entry.attrs['I_uncertainties'] = 'Idev' 
    257         data_entry.attrs['Q_indicies'] = 0 
    258  
    259         dI = data_obj.dy 
    260         if dI is None: 
    261             dI = np.zeros((data_obj.y.shape)) 
    262  
    263         data_entry.create_dataset('Q', data=data_obj.x) 
    264         data_entry.create_dataset('I', data=data_obj.y) 
    265         data_entry.create_dataset('Idev', data=dI) 
     306        data_entry.attrs['Q_indices'] = [0] 
     307        q_entry = data_entry.create_dataset('Q', data=data_obj.x) 
     308        q_entry.attrs['units'] = data_obj.x_unit 
     309        i_entry = data_entry.create_dataset('I', data=data_obj.y) 
     310        i_entry.attrs['units'] = data_obj.y_unit 
     311        if data_obj.dy is not None: 
     312            i_entry.attrs['uncertainties'] = 'Idev' 
     313            i_dev_entry = data_entry.create_dataset('Idev', data=data_obj.dy) 
     314            i_dev_entry.attrs['units'] = data_obj.y_unit 
     315        if data_obj.dx is not None: 
     316            q_entry.attrs['resolutions'] = 'dQ' 
     317            dq_entry = data_entry.create_dataset('dQ', data=data_obj.dx) 
     318            dq_entry.attrs['units'] = data_obj.x_unit 
     319        elif data_obj.dxl is not None: 
     320            q_entry.attrs['resolutions'] = ['dQl','dQw'] 
     321            dql_entry = data_entry.create_dataset('dQl', data=data_obj.dxl) 
     322            dql_entry.attrs['units'] = data_obj.x_unit 
     323            dqw_entry = data_entry.create_dataset('dQw', data=data_obj.dxw) 
     324            dqw_entry.attrs['units'] = data_obj.x_unit 
    266325 
    267326    def _write_2d_data(self, data, data_entry): 
    … …  
    273332        """ 
    274333        data_entry.attrs['signal'] = 'I' 
    275         data_entry.attrs['I_axes'] = 'Q,Q' 
    276         data_entry.attrs['I_uncertainties'] = 'Idev' 
    277         data_entry.attrs['Q_indicies'] = [0,1] 
     334        data_entry.attrs['I_axes'] = 'Qx,Qy' 
     335        data_entry.attrs['Q_indices'] = [0,1] 
    278336 
    279337        (n_rows, n_cols) = (len(data.y_bins), len(data.x_bins)) 
    … …  
    288346                raise ValueError("Unable to calculate dimensions of 2D data") 
    289347 
    290         I = np.reshape(data.data, (n_rows, n_cols)) 
    291         dI = np.zeros((n_rows, n_cols)) 
    292         if not all(data.err_data == [None]): 
    293             dI = np.reshape(data.err_data, (n_rows, n_cols)) 
    294         qx =  np.reshape(data.qx_data, (n_rows, n_cols)) 
     348        intensity = np.reshape(data.data, (n_rows, n_cols)) 
     349        qx = np.reshape(data.qx_data, (n_rows, n_cols)) 
    295350        qy = np.reshape(data.qy_data, (n_rows, n_cols)) 
    296351 
    297         I_entry = data_entry.create_dataset('I', data=I) 
    298         I_entry.attrs['units'] = data.I_unit 
    299         Qx_entry = data_entry.create_dataset('Qx', data=qx) 
    300         Qx_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 
    301         Qy_entry = data_entry.create_dataset('Qy', data=qy) 
    302         Qy_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 
    303         Idev_entry = data_entry.create_dataset('Idev', data=dI) 
    304         Idev_entry.attrs['units'] = data.I_unit 
     352        i_entry = data_entry.create_dataset('I', data=intensity) 
     353        i_entry.attrs['units'] = data.I_unit 
     354        qx_entry = data_entry.create_dataset('Qx', data=qx) 
     355        qx_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 
     356        qy_entry = data_entry.create_dataset('Qy', data=qy) 
     357        qy_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 
     358        if data.err_data is not None and not all(data.err_data == [None]): 
     359            d_i = np.reshape(data.err_data, (n_rows, n_cols)) 
     360            i_entry.attrs['uncertainties'] = 'Idev' 
     361            i_dev_entry = data_entry.create_dataset('Idev', data=d_i) 
     362            i_dev_entry.attrs['units'] = data.I_unit 
     363        if data.dqx_data is not None and not all(data.dqx_data == [None]): 
     364            qx_entry.attrs['resolutions'] = 'dQx' 
     365            dqx_entry = data_entry.create_dataset('dQx', data=data.dqx_data) 
     366            dqx_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 
     367        if data.dqy_data is not None and not all(data.dqy_data == [None]): 
     368            qy_entry.attrs['resolutions'] = 'dQy' 
     369            dqy_entry = data_entry.create_dataset('dQy', data=data.dqy_data) 
     370            dqy_entry.attrs['units'] = data.Q_unit 

  • src/sas/sasgui/guiframe/gui_manager.py

    rb963b20 rb799f09  
    4646from sas.sasgui.guiframe.CategoryManager import CategoryManager 
    4747from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader 
     48from sas.sascalc.file_converter.nxcansas_writer import NXcanSASWriter 
    4849from sas.sasgui.guiframe.proxy import Connection 
    4950 
    … …  
    24222423        default_name = fname 
    24232424        wildcard = "Text files (*.txt)|*.txt|"\ 
    2424                     "CanSAS 1D files(*.xml)|*.xml" 
    2425         path = None 
     2425                    "CanSAS 1D files (*.xml)|*.xml|"\ 
     2426                     "NXcanSAS files (*.h5)|*.h5|" 
     2427        options = {0: ".txt", 
     2428                   1: ".xml", 
     2429                   2: ".h5"} 
    24262430        dlg = wx.FileDialog(self, "Choose a file", 
    24272431                            self._default_save_location, 
    … …  
    24332437            # This is MAC Fix 
    24342438            ext_num = dlg.GetFilterIndex() 
    2435             if ext_num == 0: 
    2436                 ext_format = '.txt' 
    2437             else: 
    2438                 ext_format = '.xml' 
     2439 
     2440            ext_format = options[ext_num] 
    24392441            path = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
    24402442            mypath = os.path.basename(path) 
    2441  
    2442             # Instantiate a loader 
    2443             loader = Loader() 
    2444             ext_format = ".txt" 
    2445             if os.path.splitext(mypath)[1].lower() == ext_format: 
     2443            fName = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
     2444 
     2445            if os.path.splitext(mypath)[1].lower() == options[0]: 
    24462446                # Make sure the ext included in the file name 
    24472447                # especially on MAC 
    2448                 fName = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
    24492448                self._onsaveTXT(data, fName) 
    2450             ext_format = ".xml" 
    2451             if os.path.splitext(mypath)[1].lower() == ext_format: 
     2449            elif os.path.splitext(mypath)[1].lower() == options[1]: 
    24522450                # Make sure the ext included in the file name 
    24532451                # especially on MAC 
    2454                 fName = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
     2452                # Instantiate a loader 
     2453                loader = Loader() 
    24552454                loader.save(fName, data, ext_format) 
     2455            elif os.path.splitext(mypath)[1].lower() == options[2]: 
     2456                nxcansaswriter = NXcanSASWriter() 
     2457                nxcansaswriter.write([data], fName) 
    24562458            try: 
    24572459                self._default_save_location = os.path.dirname(path) 
    … …  
    25652567        """ 
    25662568        default_name = fname 
    2567         wildcard = "IGOR/DAT 2D file in Q_map (*.dat)|*.DAT" 
     2569        wildcard = "IGOR/DAT 2D file in Q_map (*.dat)|*.DAT|"\ 
     2570                   "NXcanSAS files (*.h5)|*.h5|" 
    25682571        dlg = wx.FileDialog(self, "Choose a file", 
    25692572                            self._default_save_location, 
    … …  
    25772580            if ext_num == 0: 
    25782581                ext_format = '.dat' 
     2582            elif ext_num == 1: 
     2583                ext_format = '.h5' 
    25792584            else: 
    25802585                ext_format = '' 
    … …  
    25842589            # Instantiate a loader 
    25852590            loader = Loader() 
    2586  
    2587             ext_format = ".dat" 
    2588             if os.path.splitext(mypath)[1].lower() == ext_format: 
     2591            if os.path.splitext(mypath)[1].lower() == '.dat': 
    25892592                # Make sure the ext included in the file name 
    25902593                # especially on MAC 
    25912594                fileName = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
    25922595                loader.save(fileName, data, ext_format) 
     2596            elif os.path.splitext(mypath)[1].lower() == '.h5': 
     2597                # Make sure the ext included in the file name 
     2598                # especially on MAC 
     2599                fileName = os.path.splitext(path)[0] + ext_format 
     2600                nxcansaswriter = NXcanSASWriter() 
     2601                nxcansaswriter.write([data], fileName) 
    25932602            try: 
    25942603                self._default_save_location = os.path.dirname(path) 

  • src/sas/sasgui/guiframe/local_perspectives/data_loader/data_loader.py

    r2924532 r02c1608e  
    239239            self.load_complete(output=output, message="Loading data complete!", 
    240240                               info="info") 
    241         else: 
    242             self.load_complete(output=None, message=error_message, info="error") 
    243241 
    244242    def load_update(self, message="", info="warning"): 

  • test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py

    rbd5c3b1 rbd5c3b1  
    118118        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y) 
    119119 
    120         self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm') 
     120        self.assertEqual(self.data.I_unit, 'cm^{-1}') 
    121121        self.assertEqual(self.data.data[0], 1.57831) 
    122122        self.assertEqual(self.data.data[1], 2.70983) 

  • test/sasdataloader/test/utest_averaging.py

    rf53d684 r7fd5e2a  
    106106 
    107107    def setUp(self): 
    108         filepath = find('MAR07232_rest.h5') 
     108        filepath = find('test_data//MAR07232_rest.h5') 
    109109        self.data_list = Loader().load(filepath) 
    110110        self.data = self.data_list[0] 
    … …  
    121121 
    122122        o = r(self.data) 
    123         filepath = find('ring_testdata.txt') 
     123        filepath = find('test_data//ring_testdata.txt') 
    124124        answer_list = Loader().load(filepath) 
    125125        answer = answer_list[0] 
    … …  
    142142        o = r(self.data) 
    143143 
    144         filepath = find('avg_testdata.txt') 
     144        filepath = find('test_data//avg_testdata.txt') 
    145145        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    146146        for i in range(r.nbins_phi): 
    … …  
    158158        s, ds, npoints = r(self.data) 
    159159        self.assertAlmostEqual(s, 34.278990899999997, 4) 
    160         self.assertAlmostEqual(ds, 7.8007981835194293, 4) 
     160        self.assertAlmostEqual(ds, 8.237259999538685, 4) 
    161161        self.assertAlmostEqual(npoints, 324.0000, 4) 
    162162 
    … …  
    164164        s, ds = r(self.data) 
    165165        self.assertAlmostEqual(s, 0.10579935462962962, 4) 
    166         self.assertAlmostEqual(ds, 0.024076537603455028, 4) 
     166        self.assertAlmostEqual(ds, 0.02542364197388483, 4) 
    167167 
    168168    def test_slabX(self): 
    … …  
    177177        o = r(self.data) 
    178178 
    179         filepath = find('slabx_testdata.txt') 
     179        filepath = find('test_data//slabx_testdata.txt') 
    180180        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    181181        for i in range(len(o.x)): 
    … …  
    195195        o = r(self.data) 
    196196 
    197         filepath = find('slaby_testdata.txt') 
     197        filepath = find('test_data//slaby_testdata.txt') 
    198198        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    199199        for i in range(len(o.x)): 
    … …  
    221221        o = r(self.data) 
    222222 
    223         filepath = find('ring_testdata.txt') 
     223        filepath = find('test_data//ring_testdata.txt') 
    224224        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    225225        for i in range(len(o.x)): 
    … …  
    238238        o = r(self.data) 
    239239 
    240         filepath = find('sectorphi_testdata.txt') 
     240        filepath = find('test_data//sectorphi_testdata.txt') 
    241241        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    242242        for i in range(len(o.x)): 
    … …  
    255255        o = r(self.data) 
    256256 
    257         filepath = find('sectorq_testdata.txt') 
     257        filepath = find('test_data//sectorq_testdata.txt') 
    258258        answer = Loader().load(filepath)[0] 
    259259        for i in range(len(o.x)): 

  • test/sasdataloader/test/utest_cansas.py

    rf53d684 r7fd5e2a  
    9191        reader = XMLreader(self.xml_valid, self.schema_1_0) 
    9292        valid = reader.validate_xml() 
    93         if valid: 
    94             self.assertTrue(valid) 
    95         else: 
    96             self.assertFalse(valid) 
     93        self.assertTrue(valid) 
    9794 
    9895    def _check_data(self, data): 
    … …  
    193190    def test_save_cansas_v1_0(self): 
    194191        xmlreader = XMLreader(self.isis_1_0, self.schema_1_0) 
    195         valid = xmlreader.validate_xml() 
    196         self.assertTrue(valid) 
     192        self.assertTrue(xmlreader.validate_xml()) 
    197193        reader_generic = Loader() 
    198194        dataloader = reader_generic.load(self.isis_1_0) 
    … …  
    207203            return_data = reader2.read(self.write_1_0_filename) 
    208204            written_data = return_data[0] 
    209             XMLreader(self.write_1_0_filename, self.schema_1_0) 
    210             valid = xmlreader.validate_xml() 
    211             self.assertTrue(valid) 
     205            xmlreader = XMLreader(self.write_1_0_filename, self.schema_1_0) 
     206            self.assertTrue(xmlreader.validate_xml()) 
    212207            self._check_data(written_data) 
    213208        if os.path.isfile(self.write_1_0_filename): 
    … …  
    260255        self.loader = Loader() 
    261256        self.datafile_basic = find("simpleexamplefile.h5") 
    262         self.datafile_multiplesasentry = find("cansas_1Dand2D_samedatafile.h5") 
    263         self.datafile_multiplesasdata = find("cansas_1Dand2D_samesasentry.h5") 
    264         self.datafile_multiplesasdata_multiplesasentry = find("cansas_1Dand2D_multiplesasentry_multiplesasdata.h5") 
     257        self.datafile_multiplesasentry = find( 
     258            "test_data//nxcansas_1Dand2D_multisasdata.h5") 
     259        self.datafile_multiplesasdata = find( 
     260            "test_data//nxcansas_1Dand2D_multisasentry.h5") 
     261        self.datafile_multiplesasdata_multiplesasentry = find( 
     262            "test_data//nxcansas_1Dand2D_multisasentry_multisasdata.h5") 
    265263 
    266264    def test_real_data(self): 
    … …  
    273271        self._check_multiple_data(self.data[0]) 
    274272        self._check_multiple_data(self.data[1]) 
    275         self._check_1d_data(self.data[0]) 
     273        if isinstance(self.data[0], Data1D): 
     274            self._check_1d_data(self.data[0]) 
     275            self._check_2d_data(self.data[1]) 
     276        else: 
     277            self._check_1d_data(self.data[1]) 
     278            self._check_2d_data(self.data[0]) 
    276279 
    277280    def _check_multiple_data(self, data): 
    … …  
    281284        self.assertTrue(data.instrument == "SANS2D") 
    282285        self.assertTrue(data.source.radiation == "Spallation Neutron Source") 
    283         self.assertTrue(len(data.detector) == 1) 
    284         self.assertTrue(data.detector[0].name == "rear-detector") 
    285         self.assertTrue(data.detector[0].distance == 4.385281) 
    286         self.assertTrue(data.detector[0].distance_unit == 'm') 
     286        self.assertTrue(len(data.detector) == 2) 
     287        self.assertTrue(data.detector[0].name == "rear-detector" 
     288                        or data.detector[1].name == "rear-detector") 
     289        self.assertTrue(data.detector[0].name == "front-detector" 
     290                        or data.detector[1].name == "front-detector") 
     291        self.assertAlmostEqual(data.detector[0].distance + 
     292                               data.detector[1].distance, 7230.54, 2) 
     293        self.assertTrue(data.detector[0].distance_unit == 'mm') 
    287294        self.assertTrue(len(data.trans_spectrum) == 1) 
    288295 
    289296    def _check_1d_data(self, data): 
    290         self.assertTrue(isinstance(data, Data1D)) 
    291297        self.assertTrue(len(data.x) == 66) 
    292298        self.assertTrue(len(data.x) == len(data.y)) 
    293         self.assertTrue(data.dy[10] == 0.20721350111248701) 
    294         self.assertTrue(data.y[10] == 24.193889608153476) 
    295         self.assertTrue(data.x[10] == 0.008981127988654792) 
     299        self.assertTrue(data.dy[10] == 0.207214) 
     300        self.assertTrue(data.y[10] == 24.1939) 
     301        self.assertTrue(data.x[10] == 0.00898113) 
    296302 
    297303    def _check_2d_data(self, data): 
    298304        self.assertTrue(isinstance(data, Data2D)) 
    299         self.assertTrue(len(data.x) == 66) 
    300         self.assertTrue(len(data.x) == len(data.y)) 
    301         self.assertTrue(data.dy[10] == 0.20721350111248701) 
    302         self.assertTrue(data.y[10] == 24.193889608153476) 
    303         self.assertTrue(data.x[10] == 0.008981127988654792) 
     305        self.assertTrue(len(data.q_data) == 150*150) 
     306        self.assertTrue(len(data.q_data) == len(data.data)) 
     307        print(data.err_data[10]) 
     308        self.assertAlmostEqual(data.err_data[10], 0.186723989418) 
     309        self.assertAlmostEqual(data.data[10], 0.465181425808) 
     310        self.assertAlmostEqual(data.qx_data[10], -0.129) 
     311        self.assertAlmostEqual(data.qy_data[10], -0.149) 
    304312 
    305313    def _check_example_data(self, data): 

  • test/sasdataloader/test/utest_red2d_reader.py

    rf53d684 rfc51d06  
    3131        self.assertEqual(f.qx_data[0],-0.03573497) 
    3232        self.assertEqual(f.qx_data[36863],0.2908819) 
    33         self.assertEqual(f.Q_unit, '1/A') 
    34         self.assertEqual(f.I_unit, '1/cm') 
     33        self.assertEqual(f.Q_unit, 'A^{-1}') 
     34        self.assertEqual(f.I_unit, 'cm^{-1}') 
    3535 
    3636        self.assertEqual(f.meta_data['loader'],"IGOR/DAT 2D Q_map") 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.