source: sasview/test/sasrealspace/test/utest_oriented.py @ a1b8fee

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since a1b8fee was 959eb01, checked in by ajj, 7 years ago

normalising line endings
  • Property mode set to 100644
File size: 16.6 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for specific oriented models
3    @copyright: University of Tennessee, for the DANSE project
4"""
5
6import unittest, math, sys
7
8# Disable "missing docstring" complaint
9# pylint: disable-msg=C0111
10# Disable "too many methods" complaint
11# pylint: disable-msg=R0904
12# Disable "could be a function" complaint
13# pylint: disable-msg=R0201
14# pylint: disable-msg=W0702
15
16try:
17    import VolumeCanvas
18    print "Testing local version"
19except:
20    print sys.exc_value
21    #testing the version that is working on
22    print "Testing installed version"
23    import sas.sascalc.realspace.VolumeCanvas as VolumeCanvas
24 
25
26class TestSphere(unittest.TestCase):
27    """ Tests for oriented (2D) systems """
28       
29    def setUp(self):
30        """
31            Set up canvas
32        """
33        from sas.models.SphereModel import SphereModel
34        self.model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
35   
36        handle = self.model.add('sphere')
37       
38        radius = 10
39        density = .1
40       
41        ana = SphereModel()
42        ana.setParam('scale', 1.0)
43        ana.setParam('contrast', 1.0)
44        ana.setParam('background', 0.0)
45        ana.setParam('radius', radius)
46        self.ana = ana
47       
48        self.model.setParam('lores_density', density)
49        self.model.setParam('%s.radius' % handle, radius)
50        self.model.setParam('scale' , 1.0)
51        self.model.setParam('%s.contrast' % handle, 1.0)
52        self.model.setParam('background' , 0.0)
53       
54       
55    def testdefault(self):
56        """ Testing sphere """
57        # Default orientation
58        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.1])
59        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.1)
60        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.1 )
61       
62class TestCylinderAddObject(unittest.TestCase):
63    """ Tests for oriented (2D) systems """
64       
65    def setUp(self):
66        """ Set up cylinder model """
67        from sas.models.CylinderModel import CylinderModel
68        radius = 5
69        length = 40
70        density = 20
71   
72        # Analytical model
73        self.ana = CylinderModel()
74        self.ana.setParam('scale', 1.0)
75        self.ana.setParam('contrast', 1.0)
76        self.ana.setParam('background', 0.0)
77        self.ana.setParam('radius', radius)
78        self.ana.setParam('length', length)
79   
80        # Simulation model
81        self.model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
82        cyl = VolumeCanvas.CylinderDescriptor()
83        self.handle = self.model.addObject(cyl)
84        self.model.setParam('lores_density', density)
85        self.model.setParam('%s.radius' % self.handle, radius)
86        self.model.setParam('%s.length' % self.handle, length)
87        self.model.setParam('scale' , 1.0)
88        self.model.setParam('%s.contrast' % self.handle, 1.0)
89        self.model.setParam('background' , 0.0)
90   
91    def testalongY(self):
92        """ Testing cylinder along Y axis """
93        self.ana.setParam('cyl_theta', math.pi/2.0)
94        self.ana.setParam('cyl_phi', math.pi/2.0)
95       
96        self.model.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,0])
97       
98        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
99        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
100        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
101       
102        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
103       
104       
105class TestCylinder(unittest.TestCase):
106    """ Tests for oriented (2D) systems """
107       
108    def setUp(self):
109        """ Set up cylinder model """
110        from sas.models.CylinderModel import CylinderModel
111        radius = 5
112        length = 40
113        density = 20
114   
115        # Analytical model
116        self.ana = CylinderModel()
117        self.ana.setParam('scale', 1.0)
118        self.ana.setParam('contrast', 1.0)
119        self.ana.setParam('background', 0.0)
120        self.ana.setParam('radius', radius)
121        self.ana.setParam('length', length)
122   
123        # Simulation model
124        self.model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
125        self.handle = self.model.add('cylinder')
126        self.model.setParam('lores_density', density)
127        self.model.setParam('%s.radius' % self.handle, radius)
128        self.model.setParam('%s.length' % self.handle, length)
129        self.model.setParam('scale' , 1.0)
130        self.model.setParam('%s.contrast' % self.handle, 1.0)
131        self.model.setParam('background' , 0.0)
132   
133    def testalongY(self):
134        """ Testing cylinder along Y axis """
135        self.ana.setParam('cyl_theta', math.pi/2.0)
136        self.ana.setParam('cyl_phi', math.pi/2.0)
137       
138        self.model.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,0])
139       
140        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
141        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
142        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
143       
144        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
145       
146    def testalongZ(self):
147        """ Testing cylinder along Z axis """
148        self.ana.setParam('cyl_theta', 0)
149        self.ana.setParam('cyl_phi', 0)
150       
151        self.model.setParam('%s.orientation' % self.handle, [90,0,0])
152       
153        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
154        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
155        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
156       
157        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
158       
159    def testalongX(self):
160        """ Testing cylinder along X axis """
161        self.ana.setParam('cyl_theta', 1.57)
162        self.ana.setParam('cyl_phi', 0)
163       
164        self.model.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,90])
165       
166        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
167        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
168        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
169       
170        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
171       
172class TestEllipsoid(unittest.TestCase):
173    """ Tests for oriented (2D) systems """
174       
175    def setUp(self):
176        """ Set up ellipsoid """
177        from sas.models.EllipsoidModel import EllipsoidModel
178       
179        radius_a = 60
180        radius_b = 10
181        density = 30
182       
183        self.ana = EllipsoidModel()
184        self.ana.setParam('scale', 1.0)
185        self.ana.setParam('contrast', 1.0)
186        self.ana.setParam('background', 0.0)
187        self.ana.setParam('radius_a', radius_a)
188        self.ana.setParam('radius_b', radius_b)
189        # Default orientation is there=1.57, phi=0
190        # Radius_a is along the x direction
191       
192        canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
193        canvas.setParam('lores_density', density)
194        self.handle = canvas.add('ellipsoid')
195        canvas.setParam('%s.radius_x' % self.handle, radius_a)
196        canvas.setParam('%s.radius_y' % self.handle, radius_b)
197        canvas.setParam('%s.radius_z' % self.handle, radius_b)
198        canvas.setParam('scale' , 1.0)
199        canvas.setParam('%s.contrast' % self.handle, 1.0)
200        canvas.setParam('background' , 0.0)
201        self.canvas = canvas       
202
203    def testalongX(self):
204        """ Testing ellipsoid along X """
205        self.ana.setParam('axis_theta', 1.57)
206        self.ana.setParam('axis_phi', 0)
207       
208        self.canvas.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,0])
209       
210        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
211        sim_val = self.canvas.getIq2D(0.1, 0.2)
212        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
213       
214        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
215
216    def testalongZ(self):
217        """ Testing ellipsoid along Z """
218        self.ana.setParam('axis_theta', 0)
219        self.ana.setParam('axis_phi', 0)
220       
221        self.canvas.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,90,0])
222       
223        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
224        sim_val = self.canvas.getIq2D(0.1, 0.2)
225        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
226       
227        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
228
229    def testalongY(self):
230        """ Testing ellipsoid along Y """
231        self.ana.setParam('axis_theta', math.pi/2.0)
232        self.ana.setParam('axis_phi', math.pi/2.0)
233       
234        self.canvas.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,90])
235       
236        ana_val = self.ana.runXY([0.05, 0.15])
237        sim_val = self.canvas.getIq2D(0.05, 0.15)
238        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
239       
240        try:
241            self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
242        except:
243            print "Error", ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
244            raise sys.exc_type, sys.exc_value
245
246class TestCoreShell(unittest.TestCase):
247    """ Tests for oriented (2D) systems """
248       
249    def setUp(self):
250        """ Set up zero-SLD-average core-shell model """
251        from sas.models.CoreShellModel import CoreShellModel
252       
253        radius = 15
254        thickness = 5
255        density = 20
256       
257        core_vol = 4.0/3.0*math.pi*radius*radius*radius
258        self.outer_radius = radius+thickness
259        shell_vol = 4.0/3.0*math.pi*self.outer_radius*self.outer_radius*self.outer_radius - core_vol
260        self.shell_sld = -1.0*core_vol/shell_vol
261
262        self.density = density
263           
264        # Core-shell
265        sphere = CoreShellModel()
266        # Core radius
267        sphere.setParam('radius', radius)
268        # Shell thickness
269        sphere.setParam('thickness', thickness)
270        sphere.setParam('core_sld', 1.0)
271        sphere.setParam('shell_sld', self.shell_sld)
272        sphere.setParam('solvent_sld', 0.0)
273        sphere.setParam('background', 0.0)
274        sphere.setParam('scale', 1.0)
275        self.ana = sphere
276       
277        canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()       
278        canvas.setParam('lores_density', self.density)
279       
280        handle = canvas.add('sphere')
281        canvas.setParam('%s.radius' % handle, self.outer_radius)
282        canvas.setParam('%s.contrast' % handle, self.shell_sld)
283       
284        handle2 = canvas.add('sphere')
285        canvas.setParam('%s.radius' % handle2, radius)
286        canvas.setParam('%s.contrast' % handle2, 1.0)
287               
288        canvas.setParam('scale' , 1.0)
289        canvas.setParam('background' , 0.0)
290        self.canvas = canvas
291           
292    def testdefault(self):
293        """ Testing default core-shell orientation """
294        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
295        sim_val, err = self.canvas.getIq2DError(0.1, 0.2)
296       
297        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
298                   
299class TestCoreShellError(unittest.TestCase):
300    """ Tests for oriented (2D) systems """
301       
302    def setUp(self):
303        """ Set up zero-SLD-average core-shell model """
304        from sas.models.CoreShellModel import CoreShellModel
305       
306        radius = 15
307        thickness = 5
308        density = 5
309       
310        core_vol = 4.0/3.0*math.pi*radius*radius*radius
311        self.outer_radius = radius+thickness
312        shell_vol = 4.0/3.0*math.pi*self.outer_radius*self.outer_radius*self.outer_radius - core_vol
313        self.shell_sld = -1.0*core_vol/shell_vol
314
315        self.density = density
316           
317        # Core-shell
318        sphere = CoreShellModel()
319        # Core radius
320        sphere.setParam('radius', radius)
321        # Shell thickness
322        sphere.setParam('thickness', thickness)
323        sphere.setParam('core_sld', 1.0)
324        sphere.setParam('shell_sld', self.shell_sld)
325        sphere.setParam('solvent_sld', 0.0)
326        sphere.setParam('background', 0.0)
327        sphere.setParam('scale', 1.0)
328        self.ana = sphere
329       
330        canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()       
331        canvas.setParam('lores_density', self.density)
332       
333        handle = canvas.add('sphere')
334        canvas.setParam('%s.radius' % handle, self.outer_radius)
335        canvas.setParam('%s.contrast' % handle, self.shell_sld)
336       
337        handle2 = canvas.add('sphere')
338        canvas.setParam('%s.radius' % handle2, radius)
339        canvas.setParam('%s.contrast' % handle2, 1.0)
340               
341        canvas.setParam('scale' , 1.0)
342        canvas.setParam('background' , 0.0)
343        self.canvas = canvas
344                   
345    def testdefault(self):
346        """ Testing default core-shell orientation """
347        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
348        sim_val, err = self.canvas.getIq2DError(0.1, 0.2)
349       
350        self.assert_( math.fabs(sim_val-ana_val) < 3.0 * err )
351
352class TestRunMethods(unittest.TestCase):
353    """ Tests run methods for oriented (2D) systems """
354
355    def setUp(self):
356        """ Set up ellipsoid """
357        from sas.models.EllipsoidModel import EllipsoidModel
358       
359        radius_a = 10
360        radius_b = 15
361        density = 5
362       
363        self.ana = EllipsoidModel()
364        self.ana.setParam('scale', 1.0)
365        self.ana.setParam('contrast', 1.0)
366        self.ana.setParam('background', 0.0)
367        self.ana.setParam('radius_a', radius_a)
368        self.ana.setParam('radius_b', radius_b)
369
370       
371        canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
372        canvas.setParam('lores_density', density)
373        self.handle = canvas.add('ellipsoid')
374        canvas.setParam('%s.radius_x' % self.handle, radius_a)
375        canvas.setParam('%s.radius_y' % self.handle, radius_b)
376        canvas.setParam('%s.radius_z' % self.handle, radius_b)
377        canvas.setParam('scale' , 1.0)
378        canvas.setParam('%s.contrast' % self.handle, 1.0)
379        canvas.setParam('background' , 0.0)
380        self.canvas = canvas     
381           
382        self.ana.setParam('axis_theta', 1.57)
383        self.ana.setParam('axis_phi', 0)
384       
385        self.canvas.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,0])
386       
387
388    def testRunXY_List(self):
389        """ Testing ellipsoid along X """
390        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
391        sim_val = self.canvas.runXY([0.1, 0.2])
392        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
393       
394        try:
395            self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
396        except:
397            print "Error", ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
398            raise sys.exc_type, sys.exc_value
399
400    def testRunXY_float(self):
401        """ Testing ellipsoid along X """
402        ana_val = self.ana.runXY(0.1)
403        sim_val = self.canvas.runXY(0.1)
404        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
405       
406        try:
407            self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
408        except:
409            print "Error", ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
410            raise sys.exc_type, sys.exc_value
411
412    def testRun_float(self):
413        """ Testing ellipsoid along X """
414        ana_val = self.ana.run(0.1)
415        sim_val = self.canvas.run(0.1)
416        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
417       
418        try:
419            self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
420        except:
421            print "Error", ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
422            raise sys.exc_type, sys.exc_value
423
424    def testRun_list(self):
425        """ Testing ellipsoid along X """
426        ana_val = self.ana.run([0.1, 33.0])
427        sim_val = self.canvas.run([0.1, 33.0])
428        #print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
429       
430        try:
431            self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
432        except:
433            print "Error", ana_val, sim_val, sim_val/ana_val
434            raise sys.exc_type, sys.exc_value
435
436class TestParamChange(unittest.TestCase):
437    """ Tests for oriented (2D) systems """
438       
439    def setUp(self):
440        """ Set up cylinder model """
441        from sas.models.CylinderModel import CylinderModel
442        radius = 5
443        length = 40
444        density = 20
445   
446        # Analytical model
447        self.ana = CylinderModel()
448        self.ana.setParam('scale', 1.0)
449        self.ana.setParam('contrast', 1.0)
450        self.ana.setParam('background', 0.0)
451        self.ana.setParam('radius', radius)
452        self.ana.setParam('length', length)
453        self.ana.setParam('cyl_theta', math.pi/2.0)
454        self.ana.setParam('cyl_phi', math.pi/2.0)
455   
456        # Simulation model
457        self.model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
458        self.handle = self.model.add('cylinder')
459        self.model.setParam('lores_density', density)
460        self.model.setParam('%s.radius' % self.handle, radius)
461        self.model.setParam('%s.length' % self.handle, length)
462        self.model.setParam('scale' , 1.0)
463        self.model.setParam('%s.contrast' % self.handle, 1.0)
464        self.model.setParam('background' , 0.0)
465        self.model.setParam('%s.orientation' % self.handle, [0,0,0])
466   
467    def testalongY(self):
468        """ Test that a parameter change forces the generation
469            of new space points
470        """
471        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
472        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
473       
474        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
475       
476        # Change the radius a re-evaluate
477        self.ana.setParam('radius', 10)
478        self.model.setParam('%s.radius' % self.handle, 10)
479       
480        ana_val = self.ana.runXY([0.1, 0.2])
481        sim_val = self.model.getIq2D(0.1, 0.2)
482        self.assert_( math.fabs(sim_val/ana_val-1.0)<0.05 )
483
484
485if __name__ == '__main__':
486    unittest.main()       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.