source: sasview/test/sasdataloader/test/utest_abs_reader.py @ ce8c7bd

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Line 
1"""
2    Unit tests for data manipulations
3"""
4from __future__ import print_function
5
6import unittest
7import numpy as np
8from sas.sascalc.dataloader.loader import Loader
9from sas.sascalc.dataloader.readers.abs_reader import Reader as AbsReader
10from sas.sascalc.dataloader.readers.danse_reader import Reader as DANSEReader
11from sas.sascalc.dataloader.readers.cansas_reader import Reader as CANSASReader
12
13from sas.sascalc.dataloader.data_info import Data1D
14
15import os.path
16
17
18class abs_reader(unittest.TestCase):
19
20    def setUp(self):
21        reader = AbsReader()
22        self.data = reader.read("jan08002.ABS")
23
24    def test_abs_checkdata(self):
25        """
26            Check the data content to see whether
27            it matches the specific file we loaded.
28            Check the units too to see whether the
29            Data1D defaults changed. Otherwise the
30            tests won't pass
31        """
32        self.assertEqual(self.data.filename, "jan08002.ABS")
33        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "IGOR 1D")
34
35        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
36        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6.0)
37
38        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
39        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 1000.0)
40
41        self.assertEqual(self.data.sample.transmission, 0.5667)
42
43        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
44        center_x = 114.58*5.08
45        center_y = 64.22*5.08
46        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
47        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
48
49        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
50        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.002618)
51        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.007854)
52        self.assertEqual(self.data.x[2], 0.01309)
53        self.assertEqual(self.data.x[126], 0.5828)
54
55        self.assertEqual(self.data.y[0], 0.02198)
56        self.assertEqual(self.data.y[1], 0.02201)
57        self.assertEqual(self.data.y[2], 0.02695)
58        self.assertEqual(self.data.y[126], 0.2958)
59
60        self.assertEqual(self.data.dy[0], 0.002704)
61        self.assertEqual(self.data.dy[1], 0.001643)
62        self.assertEqual(self.data.dy[2], 0.002452)
63        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
64
65    def test_checkdata2(self):
66        self.assertEqual(self.data.dy[126], 1)
67
68    def test_generic_loader(self):
69        # the generic loader should work as well
70        data = Loader().load("jan08002.ABS")
71        self.assertEqual(data.meta_data['loader'], "IGOR 1D")
72
73class DanseReaderTests(unittest.TestCase):
74
75    def setUp(self):
76        reader = DANSEReader()
77        self.data = reader.read("MP_New.sans")
78
79    def test_checkdata(self):
80        """
81            Check the data content to see whether
82            it matches the specific file we loaded.
83            Check the units too to see whether the
84            Data1D defaults changed. Otherwise the
85            tests won't pass
86        """
87        self.assertEqual(self.data.filename, "MP_New.sans")
88        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "DANSE")
89
90        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, 'A')
91        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 7.5)
92
93        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, 'mm')
94        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].distance, 5414.99, 3)
95
96        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, 'mm')
97        center_x = 68.74*5.0
98        center_y = 64.77*5.0
99        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, center_x)
100        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, center_y)
101
102        self.assertEqual(self.data.I_unit, '1/cm')
103        self.assertEqual(self.data.data[0], 1.57831)
104        self.assertEqual(self.data.data[1], 2.70983)
105        self.assertEqual(self.data.data[2], 3.83422)
106
107        self.assertEqual(self.data.err_data[0], 1.37607)
108        self.assertEqual(self.data.err_data[1], 1.77569)
109        self.assertEqual(self.data.err_data[2], 2.06313)
110
111    def test_generic_loader(self):
112        # the generic loader should work as well
113        data = Loader().load("MP_New.sans")
114        self.assertEqual(data.meta_data['loader'], "DANSE")
115
116
117class cansas_reader(unittest.TestCase):
118
119    def setUp(self):
120        reader = CANSASReader()
121        data = reader.read("cansas1d.xml")
122        self.data = data[0]
123
124    def test_generic_loader(self):
125        # the generic loader should work as well
126        data = Loader().load("cansas1d.xml")
127        self.assertEqual(data[0].meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
128
129    def test_cansas_checkdata(self):
130        self.assertEqual(self.data.filename, "cansas1d.xml")
131        self._checkdata()
132
133    def _checkdata(self):
134        """
135            Check the data content to see whether
136            it matches the specific file we loaded.
137            Check the units too to see whether the
138            Data1D defaults changed. Otherwise the
139            tests won't pass
140        """
141        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
142        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
143
144        # Data
145        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
146        self.assertEqual(self.data.x_unit, '1/A')
147        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
148        self.assertAlmostEqual(self.data.x[0], 0.02, 6)
149        self.assertAlmostEqual(self.data.y[0], 1000, 6)
150        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[0], 0.01, 6)
151        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[0], 3, 6)
152        self.assertAlmostEqual(self.data.x[1], 0.03, 6)
153        self.assertAlmostEqual(self.data.y[1], 1001.0)
154        self.assertAlmostEqual(self.data.dx[1], 0.02, 6)
155        self.assertAlmostEqual(self.data.dy[1], 4, 6)
156        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
157        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
158
159        # Sample info
160        self.assertEqual(self.data.sample.ID, "SI600-new-long")
161        self.assertEqual(self.data.sample.name, "my sample")
162        self.assertEqual(self.data.sample.thickness_unit, 'mm')
163        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 1.03)
164
165        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
166
167        self.assertEqual(self.data.sample.temperature_unit, 'C')
168        self.assertEqual(self.data.sample.temperature, 0)
169
170        self.assertEqual(self.data.sample.position_unit, 'mm')
171        self.assertEqual(self.data.sample.position.x, 10)
172        self.assertEqual(self.data.sample.position.y, 0)
173
174        self.assertEqual(self.data.sample.orientation_unit, 'degree')
175        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.x, 22.5, 6)
176        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.orientation.y, 0.02, 6)
177
178        self.assertEqual(self.data.sample.details[0], "http://chemtools.chem.soton.ac.uk/projects/blog/blogs.php/bit_id/2720")
179        self.assertEqual(self.data.sample.details[1], "Some text here")
180
181        # Instrument info
182        self.assertEqual(self.data.instrument, "canSAS instrument")
183
184        # Source
185        self.assertEqual(self.data.source.radiation, "neutron")
186
187        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_unit, "mm")
188        self.assertEqual(self.data.source.beam_size_name, "bm")
189        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.x, 12)
190        self.assertEqual(self.data.source.beam_size.y, 13)
191
192        self.assertEqual(self.data.source.beam_shape, "disc")
193
194        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_unit, "A")
195        self.assertEqual(self.data.source.wavelength, 6)
196
197        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_max_unit, "nm")
198        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_max, 1.0)
199        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_min_unit, "nm")
200        self.assertAlmostEqual(self.data.source.wavelength_min, 0.22)
201        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread_unit, "percent")
202        self.assertEqual(self.data.source.wavelength_spread, 14.3)
203
204        # Collimation
205        _found1 = False
206        _found2 = False
207        self.assertEqual(self.data.collimation[0].length, 123.)
208        self.assertEqual(self.data.collimation[0].name, 'test coll name')
209
210        for item in self.data.collimation[0].aperture:
211            self.assertEqual(item.size_unit,'mm')
212            self.assertEqual(item.distance_unit,'mm')
213
214            if item.size.x == 50 \
215                and item.distance == 11000.0 \
216                and item.name == 'source' \
217                and item.type == 'radius':
218                _found1 = True
219            elif item.size.x == 1.0 \
220                and item.name == 'sample' \
221                and item.type == 'radius':
222                _found2 = True
223
224        if _found1 == False or _found2 == False:
225            raise RuntimeError, "Could not find all data %s %s" % (_found1, _found2)
226
227        # Detector
228        self.assertEqual(self.data.detector[0].name, "fictional hybrid")
229        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance_unit, "mm")
230        self.assertEqual(self.data.detector[0].distance, 4150)
231
232        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation_unit, "degree")
233        self.assertAlmostEqual(self.data.detector[0].orientation.x, 1.0, 6)
234        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.y, 0.0)
235        self.assertEqual(self.data.detector[0].orientation.z, 0.0)
236
237        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset_unit, "m")
238        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.x, .001)
239        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.y, .002)
240        self.assertEqual(self.data.detector[0].offset.z, None)
241
242        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center_unit, "mm")
243        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.x, 322.64)
244        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.y, 327.68)
245        self.assertEqual(self.data.detector[0].beam_center.z, None)
246
247        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size_unit, "mm")
248        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.x, 5)
249        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.y, 5)
250        self.assertEqual(self.data.detector[0].pixel_size.z, None)
251
252        # Process
253        _found_term1 = False
254        _found_term2 = False
255        for item in self.data.process:
256            self.assertTrue(item.name in ['NCNR-IGOR', 'spol'])
257            self.assertTrue(item.date in ['04-Sep-2007 18:35:02',
258                                          '03-SEP-2006 11:42:47'])
259            print(item.term)
260            for t in item.term:
261                if (t['name'] == "ABS:DSTAND"
262                    and t['unit'] == 'mm'
263                    and float(t['value']) == 1.0):
264                    _found_term2 = True
265                elif (t['name'] == "radialstep"
266                      and t['unit'] == 'mm'
267                      and float(t['value']) == 10.0):
268                    _found_term1 = True
269
270        if _found_term1 == False or _found_term2 == False:
271            raise RuntimeError, "Could not find all process terms %s %s" % (_found_term1, _found_term2)
272
273    def test_writer(self):
274        r = CANSASReader()
275
276        filename = "write_test.xml"
277        r.write(filename, self.data)
278        data = Loader().load(filename)
279        self.data = data[0]
280        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
281        self._checkdata()
282        if os.path.isfile(filename):
283            os.remove(filename)
284
285    def test_units(self):
286        """
287            Check units.
288            Note that not all units are available.
289        """
290        filename = "cansas1d_units.xml"
291        data = CANSASReader().read(filename)
292        self.data = data[0]
293        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
294        self._checkdata()
295
296    def test_badunits(self):
297        """
298            Check units.
299            Note that not all units are available.
300        """
301        filename = "cansas1d_badunits.xml"
302        data = CANSASReader().read(filename)
303        self.data = data[0]
304        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
305        # The followed should not have been loaded
306        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.thickness, 0.00103)
307        # This one should
308        self.assertAlmostEqual(self.data.sample.transmission, 0.327)
309
310        self.assertEqual(self.data.meta_data['loader'], "CanSAS XML 1D")
311        print(self.data.errors)
312        self.assertEqual(len(self.data.errors), 1)
313
314    def test_slits(self):
315        """
316            Check slit data
317        """
318        filename = "cansas1d_slit.xml"
319        data = CANSASReader().read(filename)
320        self.data = data[0]
321        self.assertEqual(self.data.filename, filename)
322        self.assertEqual(self.data.run[0], "1234")
323
324        # Data
325        self.assertEqual(len(self.data.x), 2)
326        self.assertEqual(self.data.x_unit, '1/A')
327        self.assertEqual(self.data.y_unit, '1/cm')
328        self.assertEqual(self.data.x[0], 0.02)
329        self.assertEqual(self.data.y[0], 1000)
330        self.assertEqual(self.data.dxl[0], 0.005)
331        self.assertEqual(self.data.dxw[0], 0.001)
332        self.assertEqual(self.data.dy[0], 3)
333        self.assertEqual(self.data.x[1], 0.03)
334        self.assertAlmostEquals(self.data.y[1], 1001.0)
335        self.assertEqual(self.data.dx, None)
336        self.assertEqual(self.data.dxl[1], 0.005)
337        self.assertEqual(self.data.dxw[1], 0.001)
338        self.assertEqual(self.data.dy[1], 4)
339        self.assertEqual(self.data.run_name['1234'], 'run name')
340        self.assertEqual(self.data.title, "Test title")
341
342
343if __name__ == '__main__':
344    unittest.main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.