source: sasview/src/sas/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc_panel.py @ 82d88d5

magnetic_scattrelease-4.2.2ticket-1009ticket-1249
Last change on this file since 82d88d5 was 82d88d5, checked in by Paul Kienzle <pkienzle@…>, 8 months ago

Merge branch 'master' into py37-sasgui

  • Property mode set to 100644
File size: 31.6 KB
Line 
1import wx
2import sys
3import os
4import numpy as np
5from wx.lib.scrolledpanel import ScrolledPanel
6from sas.sasgui.guiframe.events import PlotQrangeEvent
7from sas.sasgui.guiframe.events import StatusEvent
8from sas.sasgui.guiframe.events import PanelOnFocusEvent
9from sas.sasgui.guiframe.panel_base import PanelBase
10from sas.sasgui.guiframe.utils import check_float
11from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D
12from sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_widgets import OutputTextCtrl
13from sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_widgets import InvTextCtrl
14from sas.sasgui.perspectives.fitting.basepage import ModelTextCtrl
15from sas.sasgui.perspectives.corfunc.corfunc_state import CorfuncState
16import sas.sasgui.perspectives.corfunc.corfunc
17from sas.sascalc.corfunc.corfunc_calculator import CorfuncCalculator
18from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow
19from .plot_labels import *
20
21OUTPUT_STRINGS = {
22    'max': "Long Period (A): ",
23    'Lc': "Average Hard Block Thickness (A): ",
24    'dtr': "Average Interface Thickness (A): ",
25    'd0': "Average Core Thickness: ",
26    'A': "Polydispersity: ",
27    'fill': "Local Crystallinity: "
28}
29
30if sys.platform.count("win32") > 0:
31    _STATICBOX_WIDTH = 350
32    PANEL_WIDTH = 400
33    PANEL_HEIGHT = 700
34    FONT_VARIANT = 0
35else:
36    _STATICBOX_WIDTH = 390
37    PANEL_WIDTH = 430
38    PANEL_HEIGHT = 700
39    FONT_VARIANT = 1
40
41class CorfuncPanel(ScrolledPanel,PanelBase):
42    window_name = "Correlation Function"
43    window_caption = "Correlation Function"
44    CENTER_PANE = True
45
46    def __init__(self, parent, data=None, manager=None, *args, **kwds):
47        kwds["size"] = (PANEL_WIDTH, PANEL_HEIGHT)
48        kwds["style"] = wx.FULL_REPAINT_ON_RESIZE
49        ScrolledPanel.__init__(self, parent=parent, *args, **kwds)
50        PanelBase.__init__(self, parent)
51        self.SetupScrolling()
52        self.SetWindowVariant(variant=FONT_VARIANT)
53        self._manager = manager
54        # The data with no correction for background values
55        self._data = data # The data to be analysed (corrected fr background)
56        self._extrapolated_data = None # The extrapolated data set
57        # Callable object of class CorfuncCalculator._Interpolator representing
58        # the extrapolated and interpolated data
59        self._extrapolated_fn = None
60        self._transformed_data = None # Fourier trans. of the extrapolated data
61        self._calculator = CorfuncCalculator()
62        self._data_name_box = None # Text box to show name of file
63        self._background_input = None
64        self._qmin_input = None
65        self._qmax1_input = None
66        self._qmax2_input = None
67        self._extrapolate_btn = None
68        self._transform_btn = None
69        self._extract_btn = None
70        self.qmin = 0
71        self.qmax = (0, 0)
72        self.background = 0
73        self.extracted_params = None
74        self.transform_type = 'fourier'
75        self._extrapolation_outputs = {}
76        # Dictionary for saving refs to text boxes used to display output data
77        self._output_boxes = None
78        self.state = None
79        self._do_layout()
80        self._disable_inputs()
81        self.set_state()
82        self._qmin_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
83        self._qmax1_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
84        self._qmax2_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
85        self._qmin_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
86        self._qmax1_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
87        self._qmax2_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
88        self._background_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
89
90    def set_state(self, state=None, data=None):
91        """
92        Set the state of the panel. If no state is provided, the panel will
93        be set to the default state.
94
95        :param state: A CorfuncState object
96        :param data: A Data1D object
97        """
98        if state is None:
99            self.state = CorfuncState()
100        else:
101            self.state = state
102        if data is not None:
103            self.state.data = data
104        self.set_data(data, set_qrange=False)
105        if self.state.qmin is not None:
106            self.set_qmin(self.state.qmin)
107        if self.state.qmax is not None and self.state.qmax != (None, None):
108            self.set_qmax(tuple(self.state.qmax))
109        if self.state.background is not None:
110            self.set_background(self.state.background)
111        if self.state.is_extrapolated:
112            self.compute_extrapolation()
113        else:
114            return
115        if self.state.is_transformed:
116            self.transform_type = self.state.transform_type
117            self.compute_transform()
118        else:
119            return
120        if self.state.outputs is not None and self.state.outputs != {}:
121            self.set_extracted_params(self.state.outputs, reset=True)
122
123    def get_state(self):
124        """
125        Return the state of the panel
126        """
127        state = CorfuncState()
128        state.set_saved_state('qmin_tcl', self.qmin)
129        state.set_saved_state('qmax1_tcl', self.qmax[0])
130        state.set_saved_state('qmax2_tcl', self.qmax[1])
131        state.set_saved_state('background_tcl', self.background)
132        state.outputs = self.extracted_params
133        if self._data is not None:
134            state.file = self._data.title
135            state.data = self._data
136        if self._extrapolated_data is not None:
137            state.is_extrapolated = True
138        if self._transformed_data is not None:
139            state.is_transformed = True
140            state.transform_type = self.transform_type
141        self.state = state
142
143        return self.state
144
145    def onSetFocus(self, evt):
146        if evt is not None:
147            evt.Skip()
148        self._validate_inputs()
149
150    def set_data(self, data=None, set_qrange=True):
151        """
152        Update the GUI to reflect new data that has been loaded in
153
154        :param data: The data that has been loaded
155        """
156        if data is None:
157            self._disable_inputs()
158            # Reset outputs
159            self.set_extracted_params(reset=True)
160            self.set_extrapolation_params()
161            self._data = None
162            return
163        self._enable_inputs()
164        self._transform_btn.Disable()
165        self._extract_btn.Disable()
166        self._data_name_box.SetValue(str(data.title))
167        self._data = data
168        self._calculator.set_data(data)
169        # Reset the outputs
170        self.set_extracted_params(None, reset=True)
171        if self._manager is not None:
172            self._manager.clear_data()
173            self._manager.show_data(self._data, IQ_DATA_LABEL, reset=True)
174
175        if set_qrange:
176            lower = data.x[-1]*0.05
177            upper1 = data.x[-1] - lower*5
178            upper2 = data.x[-1]
179            self.set_qmin(lower)
180            self.set_qmax((upper1, upper2))
181            self._compute_background()
182
183    def get_data(self):
184        return self._data
185
186    def radio_changed(self, event=None):
187        """
188        Called when the "Transform type" radio button are changed
189        """
190        if event is not None:
191            self.transform_type = event.GetEventObject().GetName()
192
193    def compute_extrapolation(self, event=None):
194        """
195        Compute and plot the extrapolated data.
196        Called when Extrapolate button is pressed.
197        """
198        if not self._validate_inputs:
199            msg = "Invalid Q range entered."
200            wx.PostEvent(self.parent.parent, StatusEvent(status=msg))
201            return
202
203        warning_msg = ""
204        if self.background < 0:
205            warning_msg += "Negative background value entered."
206        if any((self._data.y - self.background) < 0):
207            if warning_msg != "":
208                warning_msg += "\n"
209            warning_msg += "Background value results in negative Intensity values."
210        if warning_msg != "":
211            self._background_input.SetBackgroundColour('yellow')
212            wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=warning_msg, info='warning'))
213        else:
214            self._background_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
215        self._background_input.Refresh()
216
217        self._calculator.set_data(self._data)
218        self._calculator.lowerq = self.qmin
219        self._calculator.upperq = self.qmax
220        self._calculator.background = self.background
221
222        try:
223            params, self._extrapolated_data, self._extrapolated_fn = \
224                self._calculator.compute_extrapolation()
225        except Exception as e:
226            msg = "Error extrapolating data:\n"
227            msg += str(e)
228            wx.PostEvent(self._manager.parent,
229                StatusEvent(status=msg, info="error"))
230            self._transform_btn.Disable()
231            return
232        self._manager.show_data(self._extrapolated_data, IQ_EXTRAPOLATED_DATA_LABEL)
233        # Update state of the GUI
234        self._transform_btn.Enable()
235        self._extract_btn.Disable()
236        self.set_extracted_params(reset=True)
237        self.set_extrapolation_params(params)
238
239    def compute_transform(self, event=None):
240        """
241        Compute and plot the transformed data.
242        Called when Transform button is pressed.
243        """
244        if not self._calculator.transform_isrunning():
245            self._calculator.compute_transform(self._extrapolated_data,
246                self.transform_type, background=self.background,
247                completefn=self.transform_complete,
248                updatefn=self.transform_update)
249
250            self._transform_btn.SetLabel("Stop Transform")
251        else:
252            self._calculator.stop_transform()
253            self.transform_update("Transform cancelled.")
254            self._transform_btn.SetLabel("Transform")
255
256    def transform_update(self, msg=""):
257        """
258        Called from FourierThread to update on status of calculation
259        """
260        wx.PostEvent(self._manager.parent,
261            StatusEvent(status=msg))
262
263    def transform_complete(self, transforms=None):
264        """
265        Called from FourierThread when calculation has completed
266        """
267        self._transform_btn.SetLabel("Transform")
268        if transforms is None:
269            msg = "Error calculating Transform."
270            if self.transform_type == 'hilbert':
271                msg = "Not yet implemented"
272            wx.PostEvent(self._manager.parent,
273                StatusEvent(status=msg, info="Error"))
274            self._extract_btn.Disable()
275            return
276
277        self._transformed_data = transforms
278        (transform1, transform3, idf) = transforms
279        plot_x = transform1.x[transform1.x <= 1000]
280        plot_y = transform1.y[transform1.x <= 1000]
281        self._manager.show_data(Data1D(plot_x, plot_y), TRANSFORM_LABEL1)
282        # No need to shorten gamma3 as it's only calculated up to x=1000
283        self._manager.show_data(transform3, TRANSFORM_LABEL3)
284
285        plot_x = idf.x[idf.x <= 1000]
286        plot_y = idf.y[idf.x <= 1000]
287        self._manager.show_data(Data1D(plot_x, plot_y), IDF_LABEL)
288
289        # Only enable extract params button if a fourier trans. has been done
290        if self.transform_type == 'fourier':
291            self._extract_btn.Enable()
292        else:
293            self._extract_btn.Disable()
294
295    def extract_parameters(self, event=None):
296        """
297        Called when "Extract Parameters" is clicked
298        """
299        try:
300            params = self._calculator.extract_parameters(self._transformed_data[0])
301        except:
302            params = None
303        if params is None:
304            msg = "Error extracting parameters."
305            wx.PostEvent(self._manager.parent,
306                StatusEvent(status=msg, info="Error"))
307            return
308        self.set_extracted_params(params)
309
310    def on_help(self, event=None):
311        """
312        Show the corfunc documentation
313        """
314        tree_location = "user/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc_help.html"
315        doc_viewer = DocumentationWindow(self, -1, tree_location, "",
316                                          "Correlation Function Help")
317
318    def get_save_flag(self):
319        if self._data is not None:
320            return True
321        return False
322
323    def on_set_focus(self, event=None):
324        if self._manager.parent is not None:
325            wx.PostEvent(self._manager.parent, PanelOnFocusEvent(panel=self))
326
327    def on_save(self, event=None):
328        """
329        Save corfunc state into a file
330        """
331        # Ask the user the location of the file to write to.
332        path = None
333        default_save_location = os.getcwd()
334        if self._manager.parent is not None:
335            default_save_location = self._manager.parent.get_save_location()
336
337        dlg = wx.FileDialog(self, "Choose a file",
338                            default_save_location, \
339                            self.window_caption, "*.crf", wx.SAVE)
340        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
341            path = dlg.GetPath()
342            default_save_location = os.path.dirname(path)
343            if self._manager.parent is not None:
344                self._manager.parent._default_save_location = default_save_location
345        else:
346            return None
347
348        dlg.Destroy()
349        # MAC always needs the extension for saving
350        extens = ".crf"
351        # Make sure the ext included in the file name
352        f_name = os.path.splitext(path)[0] + extens
353        self._manager.state_reader.write(f_name, self._data, self.get_state())
354
355    def save_project(self, doc=None):
356        """
357        Return an XML node containing the state of the panel
358
359        :param doc: Am xml node to attach the project state to (optional)
360        """
361        data = self._data
362        state = self.get_state()
363        if data is not None:
364            new_doc, sasentry = self._manager.state_reader._to_xml_doc(data)
365            new_doc = state.toXML(doc=new_doc, entry_node=sasentry)
366            if new_doc is not None:
367                if doc is not None and hasattr(doc, "firstChild"):
368                    child = new_doc.getElementsByTagName("SASentry")
369                    for item in child:
370                        doc.firstChild.appendChild(item)
371                else:
372                    doc = new_doc
373        return doc
374
375    def set_qmin(self, qmin):
376        self.qmin = qmin
377        self._qmin_input.SetValue(str(qmin))
378
379    def set_qmax(self, qmax):
380        self.qmax = qmax
381        self._qmax1_input.SetValue(str(qmax[0]))
382        self._qmax2_input.SetValue(str(qmax[1]))
383
384    def set_background(self, bg):
385        self.background = bg
386        self._background_input.SetValue(str(bg))
387        self._calculator.background = bg
388
389    def set_extrapolation_params(self, params=None):
390        """
391        Displays the value of the parameters calculated in the extrapolation
392        """
393        if params is None:
394            # Reset outputs
395            for output in self._extrapolation_outputs.values():
396                output.SetValue('-')
397            return
398        for key, value in params.items():
399            output = self._extrapolation_outputs[key]
400            rounded = self._round_sig_figs(value, 6)
401            output.SetValue(rounded)
402
403
404    def set_extracted_params(self, params=None, reset=False):
405        """
406        Displays the values of the parameters extracted from the Fourier
407        transform
408        """
409        self.extracted_params = params
410        error = False
411        if params is None:
412            if not reset: error = True
413            for output in self._output_boxes.values():
414                output.SetValue('-')
415        else:
416            if len(params) < len(OUTPUT_STRINGS):
417                # Not all parameters were calculated
418                error = True
419            for key, value in params.items():
420                rounded = self._round_sig_figs(value, 6)
421                self._output_boxes[key].SetValue(rounded)
422        if error:
423            msg = 'Not all parameters were able to be calculated'
424            wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(
425                status=msg, info='error'))
426
427    def plot_qrange(self, active=None, leftdown=False):
428        if active is None:
429            active = self._qmin_input
430        wx.PostEvent(self._manager.parent, PlotQrangeEvent(
431            ctrl=[self._qmin_input, self._qmax1_input, self._qmax2_input],
432            active=active, id=IQ_DATA_LABEL, is_corfunc=True,
433            group_id=GROUP_ID_IQ_DATA, leftdown=leftdown))
434
435
436    def _compute_background(self, event=None):
437        """
438        Compute the background level based on the position of the upper q bars
439        """
440        if event is not None:
441            event.Skip()
442        self._on_enter_input()
443        try:
444            bg = self._calculator.compute_background(self.qmax)
445            self.set_background(bg)
446        except Exception as e:
447            msg = "Error computing background level:\n"
448            msg += str(e)
449            wx.PostEvent(self._manager.parent,
450                StatusEvent(status=msg, info="error"))
451
452    def _on_enter_input(self, event=None):
453        """
454        Read values from input boxes and save to memory.
455        """
456        if event is not None: event.Skip()
457        if not self._validate_inputs():
458            return
459        self.qmin = float(self._qmin_input.GetValue())
460        new_qmax1 = float(self._qmax1_input.GetValue())
461        new_qmax2 = float(self._qmax2_input.GetValue())
462        self.qmax = (new_qmax1, new_qmax2)
463        self.background = float(self._background_input.GetValue())
464        self._calculator.background = self.background
465        if event is not None:
466            active_ctrl = event.GetEventObject()
467            if active_ctrl == self._background_input:
468                self._manager.show_data(self._data, IQ_DATA_LABEL,
469                    reset=False, active_ctrl=active_ctrl)
470
471    def _on_click_qrange(self, event=None):
472        if event is None:
473            return
474        event.Skip()
475        if not self._validate_inputs(): return
476        self.plot_qrange(active=event.GetEventObject(),
477            leftdown=event.LeftDown())
478
479    def _validate_inputs(self):
480        """
481        Check that the values for qmin and qmax in the input boxes are valid
482        """
483        if self._data is None:
484            return False
485        qmin_valid = check_float(self._qmin_input)
486        qmax1_valid = check_float(self._qmax1_input)
487        qmax2_valid = check_float(self._qmax2_input)
488        qmax_valid = qmax1_valid and qmax2_valid
489        background_valid = check_float(self._background_input)
490        msg = ""
491        if (qmin_valid and qmax_valid and background_valid):
492            qmin = float(self._qmin_input.GetValue())
493            qmax1 = float(self._qmax1_input.GetValue())
494            qmax2 = float(self._qmax2_input.GetValue())
495            background = float(self._background_input.GetValue())
496            if not qmin > self._data.x.min():
497                msg = "qmin must be greater than the lowest q value"
498                qmin_valid = False
499            elif qmax2 < qmax1:
500                msg = "qmax1 must be less than qmax2"
501                qmax_valid = False
502            elif qmin > qmax1:
503                msg = "qmin must be less than qmax"
504                qmin_valid = False
505            elif background > self._data.y.max():
506                msg = "background must be less than highest I"
507                background_valid = False
508        if not qmin_valid:
509            self._qmin_input.SetBackgroundColour('pink')
510        if not qmax_valid:
511            self._qmax1_input.SetBackgroundColour('pink')
512            self._qmax2_input.SetBackgroundColour('pink')
513        if not background_valid:
514            self._background_input.SetBackgroundColour('pink')
515            if msg != "":
516                wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=msg))
517        if (qmin_valid and qmax_valid and background_valid):
518            self._qmin_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
519            self._qmax1_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
520            self._qmax2_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
521            self._background_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
522        self._qmin_input.Refresh()
523        self._qmax1_input.Refresh()
524        self._qmax2_input.Refresh()
525        self._background_input.Refresh()
526        return (qmin_valid and qmax_valid and background_valid)
527
528    def _do_layout(self):
529        """
530        Draw the window content
531        """
532        vbox = wx.GridBagSizer(0,0)
533
534        # I(q) data box
535        databox = wx.StaticBox(self, -1, "I(Q) Data Source")
536        databox_sizer = wx.StaticBoxSizer(databox, wx.VERTICAL)
537
538        file_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
539
540        y = 0
541
542        file_name_label = wx.StaticText(self, -1, "Name:")
543        file_sizer.Add(file_name_label, (0, 0), (1, 1),
544            wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
545
546        self._data_name_box = OutputTextCtrl(self, -1,
547            size=(300,20))
548        file_sizer.Add(self._data_name_box, (0, 1), (1, 1),
549            wx.CENTER | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
550
551        #file_sizer.AddSpacer((1, 25), pos=(0,2))
552        databox_sizer.Add(file_sizer, wx.TOP, 15)
553
554        vbox.Add(databox_sizer, (y, 0), (1, 1),
555            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE | wx.TOP, 15)
556        y += 1
557
558        # Parameters
559        qbox = wx.StaticBox(self, -1, "Input Parameters")
560        qbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(qbox, wx.VERTICAL)
561        qbox_sizer.SetMinSize((_STATICBOX_WIDTH, 75))
562
563        q_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
564
565        # Explanation
566        explanation_txt = ("Corfunc will use all values in the lower range for"
567            " Guinier back extrapolation, and all values in the upper range "
568            "for Porod forward extrapolation.")
569        explanation_label = wx.StaticText(self, -1, explanation_txt,
570            size=(_STATICBOX_WIDTH, 60))
571
572        q_sizer.Add(explanation_label, (0,0), (1,4), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
573
574        qrange_label = wx.StaticText(self, -1, "Q Range:", size=(50,20))
575        q_sizer.Add(qrange_label, (1,0), (1,1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
576
577        # Lower Q Range
578        qmin_label = wx.StaticText(self, -1, "Lower:", size=(50,20))
579        qmin_dash_label = wx.StaticText(self, -1, "-", size=(10,20),
580            style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
581
582        qmin_lower = OutputTextCtrl(self, -1, size=(75, 20), value="0.0")
583        self._qmin_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
584                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name='qmin_input',
585                        text_enter_callback=self._on_enter_input)
586        self._qmin_input.SetToolTipString(("Values with q < qmin will be used "
587            "for Guinier back extrapolation"))
588
589        q_sizer.Add(qmin_label, (2, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
590        q_sizer.Add(qmin_lower, (2, 1), (1, 1), wx.LEFT, 5)
591        q_sizer.Add(qmin_dash_label, (2, 2), (1, 1), wx.CENTER | wx.EXPAND, 5)
592        q_sizer.Add(self._qmin_input, (2, 3), (1, 1), wx.LEFT, 5)
593
594        # Upper Q range
595        qmax_tooltip = ("Values with qmax1 < q < qmax2 will be used for Porod"
596            " forward extrapolation")
597
598        qmax_label = wx.StaticText(self, -1, "Upper:", size=(50,20))
599        qmax_dash_label = wx.StaticText(self, -1, "-", size=(10,20),
600            style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
601
602        self._qmax1_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
603            style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name="qmax1_input",
604            text_enter_callback=self._on_enter_input)
605        self._qmax1_input.SetToolTipString(qmax_tooltip)
606        self._qmax2_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
607            style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name="qmax2_input",
608            text_enter_callback=self._on_enter_input)
609        self._qmax2_input.SetToolTipString(qmax_tooltip)
610
611        q_sizer.Add(qmax_label, (3, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
612        q_sizer.Add(self._qmax1_input, (3, 1), (1, 1), wx.LEFT, 5)
613        q_sizer.Add(qmax_dash_label, (3, 2), (1, 1), wx.CENTER | wx.EXPAND, 5)
614        q_sizer.Add(self._qmax2_input, (3,3), (1, 1), wx.LEFT, 5)
615
616        qbox_sizer.Add(q_sizer, wx.TOP, 0)
617
618        vbox.Add(qbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
619            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
620        y += 1
621
622        extrapolation_box = wx.StaticBox(self, -1, "Extrapolation Parameters")
623        extrapolation_sizer = wx.StaticBoxSizer(extrapolation_box, wx.VERTICAL)
624        params_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
625
626        guinier_label = wx.StaticText(self, -1, "Guinier:")
627        params_sizer.Add(guinier_label, (0, 0), (1,1),
628            wx.ALL | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5)
629
630        a_label = wx.StaticText(self, -1, "A: ")
631        params_sizer.Add(a_label, (1, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
632
633        a_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
634            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
635        params_sizer.Add(a_output, (1, 1), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
636        self._extrapolation_outputs['A'] = a_output
637
638        b_label = wx.StaticText(self, -1, "B: ")
639        params_sizer.Add(b_label, (2, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
640
641        b_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
642            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
643        params_sizer.Add(b_output, (2, 1), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
644        self._extrapolation_outputs['B'] = b_output
645
646        porod_label = wx.StaticText(self, -1, "Porod: ")
647        params_sizer.Add(porod_label, (0, 2), (1, 1),
648            wx.ALL | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5)
649
650        k_label = wx.StaticText(self, -1, "K: ")
651        params_sizer.Add(k_label, (1, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
652
653        k_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
654            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
655        params_sizer.Add(k_output, (1, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
656        self._extrapolation_outputs['K'] = k_output
657
658        sigma_label = wx.StaticText(self, -1, u'\u03C3: ')
659        params_sizer.Add(sigma_label, (2, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
660
661        sigma_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
662            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
663        params_sizer.Add(sigma_output, (2, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
664        self._extrapolation_outputs['sigma'] = sigma_output
665
666        bg_label = wx.StaticText(self, -1, "Bg: ")
667        params_sizer.Add(bg_label, (3, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
668
669        self._background_input = ModelTextCtrl(self, -1, value="0.0",
670            style=wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_CENTRE, name='background_input',
671            text_enter_callback=self._on_enter_input)
672        self._background_input.SetToolTipString(("A background value to "
673            "subtract from all intensity values"))
674        params_sizer.Add(self._background_input, (3, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
675
676        background_button = wx.Button(self, wx.NewId(), "Calculate Bg",
677            size=(75, -1))
678        background_button.Bind(wx.EVT_BUTTON, self._compute_background)
679        params_sizer.Add(background_button, (4,3), (1, 1), wx.EXPAND | wx.RIGHT, 15)
680
681        extrapolation_sizer.Add(params_sizer)
682        vbox.Add(extrapolation_sizer, (y, 0), (1, 1),
683            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
684        y += 1
685
686        # Transform type
687        transform_box = wx.StaticBox(self, -1, "Transform Type")
688        transform_sizer = wx.StaticBoxSizer(transform_box, wx.VERTICAL)
689
690        radio_sizer = wx.GridBagSizer(5,5)
691
692        fourier_btn = wx.RadioButton(self, -1, "Fourier", name='fourier',
693            style=wx.RB_GROUP)
694        hilbert_btn = wx.RadioButton(self, -1, "Hilbert", name='hilbert')
695
696        fourier_btn.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.radio_changed)
697        hilbert_btn.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.radio_changed)
698
699        radio_sizer.Add(fourier_btn, (0,0), (1,1), wx.LEFT | wx.EXPAND)
700        radio_sizer.Add(hilbert_btn, (0,1), (1,1), wx.RIGHT | wx.EXPAND)
701
702        transform_sizer.Add(radio_sizer, wx.TOP, 0)
703        vbox.Add(transform_sizer, (y, 0), (1, 1),
704            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
705        y += 1
706
707        # Output data
708        outputbox = wx.StaticBox(self, -1, "Output Parameters")
709        outputbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(outputbox, wx.VERTICAL)
710
711        output_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
712
713        self._output_boxes = dict()
714        i = 0
715        for key, value in OUTPUT_STRINGS.items():
716            # Create a label and a text box for each poperty
717            label = wx.StaticText(self, -1, value)
718            output_box = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
719                value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
720            # Save the ID of each of the text boxes for accessing after the
721            # output data has been calculated
722            self._output_boxes[key] = output_box
723            output_sizer.Add(label, (i, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
724            output_sizer.Add(output_box, (i, 2), (1, 1),
725                wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
726            i += 1
727
728        outputbox_sizer.Add(output_sizer, wx.TOP, 0)
729
730        vbox.Add(outputbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
731            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
732        y += 1
733
734        # Controls
735        controlbox = wx.StaticBox(self, -1, "Controls")
736        controlbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(controlbox, wx.VERTICAL)
737
738        controls_sizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
739
740        self._extrapolate_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Extrapolate")
741        self._transform_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Transform")
742        self._extract_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Compute Parameters")
743        help_btn = wx.Button(self, -1, "HELP")
744
745        self._transform_btn.Disable()
746        self._extract_btn.Disable()
747
748        self._extrapolate_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.compute_extrapolation)
749        self._transform_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.compute_transform)
750        self._extract_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.extract_parameters)
751        help_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.on_help)
752
753        controls_sizer.Add(self._extrapolate_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
754        controls_sizer.Add(self._transform_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
755        controls_sizer.Add(self._extract_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
756        controls_sizer.Add(help_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
757
758        controlbox_sizer.Add(controls_sizer, wx.TOP | wx.EXPAND, 0)
759        vbox.Add(controlbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
760            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
761
762
763        self.SetSizer(vbox)
764
765    def _disable_inputs(self):
766        """
767        Disable all input fields
768        """
769        self._qmin_input.Disable()
770        self._qmax1_input.Disable()
771        self._qmax2_input.Disable()
772        self._background_input.Disable()
773        self._extrapolate_btn.Disable()
774
775    def _enable_inputs(self):
776        """
777        Enable all input fields
778        """
779        self._qmin_input.Enable()
780        self._qmax1_input.Enable()
781        self._qmax2_input.Enable()
782        self._background_input.Enable()
783        self._extrapolate_btn.Enable()
784
785    def _round_sig_figs(self, x, sigfigs):
786        """
787        Round a number to a given number of significant figures.
788
789        :param x: The value to round
790        :param sigfigs: How many significant figures to round to
791        :return rounded_str: x rounded to the given number of significant
792            figures, as a string
793        """
794        rounded_str = ""
795        try:
796            # Index of first significant digit
797            significant_digit = -int(np.floor(np.log10(np.abs(x))))
798
799            if np.abs(significant_digit > 4):
800                # Use scientific notation if x > 1e5 or x < 1e4
801                rounded_str = "{1:.{0}E}".format(sigfigs-1, x)
802            else:
803                # Format as a standard decimal
804                # Number of digits required for correct number of sig figs
805                digits = significant_digit + (sigfigs - 1)
806                rounded = np.round(x, decimals=digits)
807                rounded_str = "{1:.{0}f}".format(sigfigs -1  + significant_digit,
808                    rounded)
809        except:
810            # Method for finding significant_digit fails if x is 0 (since log10(0)=inf)
811            if x == 0.0:
812                rounded_str = "0.0"
813            else:
814                rounded_str = "-"
815
816        return rounded_str
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.