source: sasview/src/sas/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc_panel.py @ 6ffa0dd

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 6ffa0dd was 6ffa0dd, checked in by lewis, 8 years ago

Plot entire extrapolation

  • Property mode set to 100644
File size: 29.0 KB
Line 
1import wx
2import sys
3import numpy as np
4from wx.lib.scrolledpanel import ScrolledPanel
5from sas.sasgui.guiframe.events import PlotQrangeEvent
6from sas.sasgui.guiframe.events import StatusEvent
7from sas.sasgui.guiframe.panel_base import PanelBase
8from sas.sasgui.guiframe.utils import check_float
9from sas.sasgui.guiframe.dataFitting import Data1D
10from sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_widgets import OutputTextCtrl
11from sas.sasgui.perspectives.invariant.invariant_widgets import InvTextCtrl
12from sas.sasgui.perspectives.fitting.basepage import ModelTextCtrl
13from sas.sasgui.perspectives.corfunc.corfunc_state import CorfuncState
14import sas.sasgui.perspectives.corfunc.corfunc
15from sas.sascalc.corfunc.corfunc_calculator import CorfuncCalculator
16from sas.sasgui.guiframe.documentation_window import DocumentationWindow
17from plot_labels import *
18
19OUTPUT_STRINGS = {
20    'max': "Long Period (A): ",
21    'Lc': "Average Hard Block Thickness (A): ",
22    'dtr': "Average Interface Thickness (A): ",
23    'd0': "Average Core Thickness: ",
24    'A': "Polydispersity: ",
25    'fill': "Local Crystallinity: "
26}
27
28if sys.platform.count("win32") > 0:
29    _STATICBOX_WIDTH = 350
30    PANEL_WIDTH = 400
31    PANEL_HEIGHT = 700
32    FONT_VARIANT = 0
33else:
34    _STATICBOX_WIDTH = 390
35    PANEL_WIDTH = 430
36    PANEL_HEIGHT = 700
37    FONT_VARIANT = 1
38
39class CorfuncPanel(ScrolledPanel,PanelBase):
40    window_name = "Correlation Function"
41    window_caption = "Correlation Function"
42    CENTER_PANE = True
43
44    def __init__(self, parent, data=None, manager=None, *args, **kwds):
45        kwds["size"] = (PANEL_WIDTH, PANEL_HEIGHT)
46        kwds["style"] = wx.FULL_REPAINT_ON_RESIZE
47        ScrolledPanel.__init__(self, parent=parent, *args, **kwds)
48        PanelBase.__init__(self, parent)
49        self.SetupScrolling()
50        self.SetWindowVariant(variant=FONT_VARIANT)
51        self._manager = manager
52        # The data with no correction for background values
53        self._data = data # The data to be analysed (corrected fr background)
54        self._extrapolated_data = None # The extrapolated data set
55        self._transformed_data = None # Fourier trans. of the extrapolated data
56        self._calculator = CorfuncCalculator()
57        self._data_name_box = None # Text box to show name of file
58        self._background_input = None
59        self._qmin_input = None
60        self._qmax1_input = None
61        self._qmax2_input = None
62        self._extrapolate_btn = None
63        self._transform_btn = None
64        self._extract_btn = None
65        self.qmin = 0
66        self.qmax = (0, 0)
67        self.background = 0
68        self.extracted_params = None
69        self.transform_type = 'fourier'
70        self._extrapolation_outputs = {}
71        # Dictionary for saving refs to text boxes used to display output data
72        self._output_boxes = None
73        self.state = None
74        self._do_layout()
75        self._disable_inputs()
76        self.set_state()
77        self._qmin_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
78        self._qmax1_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
79        self._qmax2_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
80        self._qmin_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
81        self._qmax1_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
82        self._qmax2_input.Bind(wx.EVT_MOUSE_EVENTS, self._on_click_qrange)
83        self._background_input.Bind(wx.EVT_TEXT, self._on_enter_input)
84
85    def set_state(self, state=None, data=None):
86        """
87        Set the state of the panel. If no state is provided, the panel will
88        be set to the default state.
89
90        :param state: A CorfuncState object
91        :param data: A Data1D object
92        """
93        if state is None:
94            self.state = CorfuncState()
95        else:
96            self.state = state
97        if data is not None:
98            self.state.data = data
99        self.set_data(data, set_qrange=False)
100        if self.state.qmin is not None:
101            self.set_qmin(self.state.qmin)
102        if self.state.qmax is not None and self.state.qmax != (None, None):
103            self.set_qmax(tuple(self.state.qmax))
104        if self.state.background is not None:
105            self.set_background(self.state.background)
106        if self.state.is_extrapolated:
107            self.compute_extrapolation()
108        else:
109            return
110        if self.state.is_transformed:
111            self.compute_transform()
112        else:
113            return
114        if self.state.outputs is not None and self.state.outputs != {}:
115            self.set_extracted_params(self.state.outputs, reset=True)
116
117    def get_state(self):
118        """
119        Return the state of the panel
120        """
121        state = CorfuncState()
122        state.set_saved_state('qmin_tcl', self.qmin)
123        state.set_saved_state('qmax1_tcl', self.qmax[0])
124        state.set_saved_state('qmax2_tcl', self.qmax[1])
125        state.set_saved_state('background_tcl', self.background)
126        state.outputs = self.extracted_params
127        if self._data is not None:
128            state.file = self._data.title
129            state.data = self._data
130        if self._extrapolated_data is not None:
131            state.is_extrapolated = True
132        if self._transformed_data is not None:
133            state.is_transformed = True
134        self.state = state
135
136        return self.state
137
138    def onSetFocus(self, evt):
139        if evt is not None:
140            evt.Skip()
141        self._validate_inputs()
142
143    def set_data(self, data=None, set_qrange=True):
144        """
145        Update the GUI to reflect new data that has been loaded in
146
147        :param data: The data that has been loaded
148        """
149        if data is None:
150            self._disable_inputs()
151            # Reset outputs
152            self.set_extracted_params(reset=True)
153            self.set_extrapolation_params()
154            self._data = None
155            return
156        self._enable_inputs()
157        self._transform_btn.Disable()
158        self._extract_btn.Disable()
159        self._data_name_box.SetValue(str(data.title))
160        self._data = data
161        self._calculator.set_data(data)
162        # Reset the outputs
163        self.set_extracted_params(None, reset=True)
164        if self._manager is not None:
165            self._manager.clear_data()
166            self._manager.show_data(self._data, IQ_DATA_LABEL, reset=True)
167
168        if set_qrange:
169            lower = data.x[-1]*0.05
170            upper1 = data.x[-1] - lower*5
171            upper2 = data.x[-1]
172            self.set_qmin(lower)
173            self.set_qmax((upper1, upper2))
174            self._compute_background()
175
176    def get_data(self):
177        return self._data
178
179    def radio_changed(self, event=None):
180        if event is not None:
181            self.transform_type = event.GetEventObject().GetName()
182
183    def compute_extrapolation(self, event=None):
184        """
185        Compute and plot the extrapolated data.
186        Called when Extrapolate button is pressed.
187        """
188        if not self._validate_inputs:
189            msg = "Invalid Q range entered."
190            wx.PostEvent(self.parent.parent, StatusEvent(status=msg))
191            return
192
193        warning_msg = ""
194        if self.background < 0:
195            warning_msg += "Negative background value entered."
196        if any((self._data.y - self.background) < 0):
197            if warning_msg != "":
198                warning_msg += "\n"
199            warning_msg += "Background value entered results in negative Intensity values."
200        if warning_msg != "":
201            dlg = wx.MessageDialog(self.parent.parent, warning_msg, caption="Warning", style=wx.ICON_EXCLAMATION)
202            dlg.ShowModal()
203            dlg.Destroy()
204
205        self._calculator.set_data(self._data)
206        self._calculator.lowerq = self.qmin
207        self._calculator.upperq = self.qmax
208        self._calculator.background = self.background
209
210        try:
211            params, self._extrapolated_data = self._calculator.compute_extrapolation()
212        except Exception as e:
213            msg = "Error extrapolating data:\n"
214            msg += str(e)
215            wx.PostEvent(self._manager.parent,
216                StatusEvent(status=msg, info="error"))
217            self._transform_btn.Disable()
218            return
219        self._manager.show_data(self._extrapolated_data, IQ_EXTRAPOLATED_DATA_LABEL)
220        # Update state of the GUI
221        self._transform_btn.Enable()
222        self._extract_btn.Disable()
223        self.set_extracted_params(reset=True)
224        self.set_extrapolation_params(params)
225
226    def compute_transform(self, event=None):
227        """
228        Compute and plot the transformed data.
229        Called when Transform button is pressed.
230        """
231        if not self._calculator.transform_isrunning():
232            self._calculator.compute_transform(self._extrapolated_data,
233                self.transform_type, background=self.background,
234                completefn=self.transform_complete,
235                updatefn=self.transform_update)
236
237            self._transform_btn.SetLabel("Stop Transform")
238        else:
239            self._calculator.stop_transform()
240            self.transform_update("Transform cancelled.")
241            self._transform_btn.SetLabel("Transform")
242
243    def transform_update(self, msg=""):
244        """
245        Called from FourierThread to update on status of calculation
246        """
247        wx.PostEvent(self._manager.parent,
248            StatusEvent(status=msg))
249
250    def transform_complete(self, transform=None):
251        """
252        Called from FourierThread when calculation has completed
253        """
254        self._transform_btn.SetLabel("Transform")
255        if transform is None:
256            msg = "Error calculating Transform."
257            if self.transform_type == 'hilbert':
258                msg = "Not yet implemented"
259            wx.PostEvent(self._manager.parent,
260                StatusEvent(status=msg, info="Error"))
261            self._extract_btn.Disable()
262            return
263        self._transformed_data = transform
264        import numpy as np
265        plot_x = transform.x[np.where(transform.x <= 200)]
266        plot_y = transform.y[np.where(transform.x <= 200)]
267        self._manager.show_data(Data1D(plot_x, plot_y), TRANSFORM_LABEL)
268        # Only enable extract params button if a fourier trans. has been done
269        if self.transform_type == 'fourier':
270            self._extract_btn.Enable()
271        else:
272            self._extract_btn.Disable()
273
274    def extract_parameters(self, event=None):
275        try:
276            params = self._calculator.extract_parameters(self._transformed_data)
277        except:
278            params = None
279        if params is None:
280            msg = "Error extracting parameters."
281            wx.PostEvent(self._manager.parent,
282                StatusEvent(status=msg, info="Error"))
283            return
284        self.set_extracted_params(params)
285
286    def on_help(self, event=None):
287        """
288        Show the corfunc documentation
289        """
290        tree_location = "user/sasgui/perspectives/corfunc/corfunc_help.html"
291        doc_viewer = DocumentationWindow(self, -1, tree_location, "",
292                                          "Correlation Function Help")
293
294    def save_project(self, doc=None):
295        """
296        Return an XML node containing the state of the panel
297
298        :param doc: Am xml node to attach the project state to (optional)
299        """
300        data = self._data
301        state = self.get_state()
302        if data is not None:
303            new_doc, sasentry = self._manager.state_reader._to_xml_doc(data)
304            new_doc = state.toXML(doc=new_doc, entry_node=sasentry)
305            if new_doc is not None:
306                if doc is not None and hasattr(doc, "firstChild"):
307                    child = new_doc.getElementsByTagName("SASentry")
308                    for item in child:
309                        doc.firstChild.appendChild(item)
310                else:
311                    doc = new_doc
312        return doc
313
314    def set_qmin(self, qmin):
315        self.qmin = qmin
316        self._qmin_input.SetValue(str(qmin))
317
318    def set_qmax(self, qmax):
319        self.qmax = qmax
320        self._qmax1_input.SetValue(str(qmax[0]))
321        self._qmax2_input.SetValue(str(qmax[1]))
322
323    def set_background(self, bg):
324        self.background = bg
325        self._background_input.SetValue(str(bg))
326        self._calculator.background = bg
327
328    def set_extrapolation_params(self, params=None):
329        if params is None:
330            # Reset outputs
331            for output in self._extrapolation_outputs.values():
332                output.SetValue('-')
333            return
334        for key, value in params.iteritems():
335            output = self._extrapolation_outputs[key]
336            rounded = self._round_sig_figs(value, 6)
337            output.SetValue(rounded)
338
339
340    def set_extracted_params(self, params=None, reset=False):
341        self.extracted_params = params
342        error = False
343        if params is None:
344            if not reset: error = True
345            for output in self._output_boxes.values():
346                output.SetValue('-')
347        else:
348            if len(params) < len(OUTPUT_STRINGS):
349                # Not all parameters were calculated
350                error = True
351            for key, value in params.iteritems():
352                rounded = self._round_sig_figs(value, 6)
353                self._output_boxes[key].SetValue(rounded)
354        if error:
355            msg = 'Not all parameters were able to be calculated'
356            wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(
357                status=msg, info='error'))
358
359    def plot_qrange(self, active=None, leftdown=False):
360        if active is None:
361            active = self._qmin_input
362        wx.PostEvent(self._manager.parent, PlotQrangeEvent(
363            ctrl=[self._qmin_input, self._qmax1_input, self._qmax2_input],
364            active=active, id=IQ_DATA_LABEL, is_corfunc=True,
365            group_id=GROUP_ID_IQ_DATA, leftdown=leftdown))
366
367
368    def _compute_background(self, event=None):
369        if event is not None:
370            event.Skip()
371        self._on_enter_input()
372        try:
373            bg = self._calculator.compute_background(self.qmax)
374            self.set_background(bg)
375        except Exception as e:
376            msg = "Error computing background level:\n"
377            msg += str(e)
378            wx.PostEvent(self._manager.parent,
379                StatusEvent(status=msg, info="error"))
380
381    def _on_enter_input(self, event=None):
382        """
383        Read values from input boxes and save to memory.
384        """
385        if event is not None: event.Skip()
386        if not self._validate_inputs():
387            return
388        self.qmin = float(self._qmin_input.GetValue())
389        new_qmax1 = float(self._qmax1_input.GetValue())
390        new_qmax2 = float(self._qmax2_input.GetValue())
391        self.qmax = (new_qmax1, new_qmax2)
392        self.background = float(self._background_input.GetValue())
393        self._calculator.background = self.background
394        if event is not None:
395            active_ctrl = event.GetEventObject()
396            if active_ctrl == self._background_input:
397                self._manager.show_data(self._data, IQ_DATA_LABEL,
398                    reset=False, active_ctrl=active_ctrl)
399
400    def _on_click_qrange(self, event=None):
401        if event is None:
402            return
403        event.Skip()
404        if not self._validate_inputs(): return
405        self.plot_qrange(active=event.GetEventObject(),
406            leftdown=event.LeftDown())
407
408    def _validate_inputs(self):
409        """
410        Check that the values for qmin and qmax in the input boxes are valid
411        """
412        if self._data is None:
413            return False
414        qmin_valid = check_float(self._qmin_input)
415        qmax1_valid = check_float(self._qmax1_input)
416        qmax2_valid = check_float(self._qmax2_input)
417        qmax_valid = qmax1_valid and qmax2_valid
418        background_valid = check_float(self._background_input)
419        msg = ""
420        if (qmin_valid and qmax_valid and background_valid):
421            qmin = float(self._qmin_input.GetValue())
422            qmax1 = float(self._qmax1_input.GetValue())
423            qmax2 = float(self._qmax2_input.GetValue())
424            background = float(self._background_input.GetValue())
425            if not qmin > self._data.x.min():
426                msg = "qmin must be greater than the lowest q value"
427                qmin_valid = False
428            elif qmax2 < qmax1:
429                msg = "qmax1 must be less than qmax2"
430                qmax_valid = False
431            elif qmin > qmax1:
432                msg = "qmin must be less than qmax"
433                qmin_valid = False
434            elif background > self._data.y.max():
435                msg = "background must be less than highest I"
436                background_valid = False
437        if not qmin_valid:
438            self._qmin_input.SetBackgroundColour('pink')
439        if not qmax_valid:
440            self._qmax1_input.SetBackgroundColour('pink')
441            self._qmax2_input.SetBackgroundColour('pink')
442        if not background_valid:
443            self._background_input.SetBackgroundColour('pink')
444            if msg != "":
445                wx.PostEvent(self._manager.parent, StatusEvent(status=msg))
446        if (qmin_valid and qmax_valid and background_valid):
447            self._qmin_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
448            self._qmax1_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
449            self._qmax2_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
450            self._background_input.SetBackgroundColour(wx.WHITE)
451        self._qmin_input.Refresh()
452        self._qmax1_input.Refresh()
453        self._qmax2_input.Refresh()
454        self._background_input.Refresh()
455        return (qmin_valid and qmax_valid and background_valid)
456
457    def _do_layout(self):
458        """
459        Draw the window content
460        """
461        vbox = wx.GridBagSizer(0,0)
462
463        # I(q) data box
464        databox = wx.StaticBox(self, -1, "I(Q) Data Source")
465        databox_sizer = wx.StaticBoxSizer(databox, wx.VERTICAL)
466
467        file_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
468
469        y = 0
470
471        file_name_label = wx.StaticText(self, -1, "Name:")
472        file_sizer.Add(file_name_label, (0, 0), (1, 1),
473            wx.LEFT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
474
475        self._data_name_box = OutputTextCtrl(self, -1,
476            size=(300,20))
477        file_sizer.Add(self._data_name_box, (0, 1), (1, 1),
478            wx.CENTER | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
479
480        file_sizer.AddSpacer((1, 25), pos=(0,2))
481        databox_sizer.Add(file_sizer, wx.TOP, 15)
482
483        vbox.Add(databox_sizer, (y, 0), (1, 1),
484            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE | wx.TOP, 15)
485        y += 1
486
487        # Parameters
488        qbox = wx.StaticBox(self, -1, "Input Parameters")
489        qbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(qbox, wx.VERTICAL)
490        qbox_sizer.SetMinSize((_STATICBOX_WIDTH, 75))
491
492        q_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
493
494        # Explanation
495        explanation_txt = ("Corfunc will use all values in the lower range for"
496            " Guinier back extrapolation, and all values in the upper range "
497            "for Porod forward extrapolation.")
498        explanation_label = wx.StaticText(self, -1, explanation_txt,
499            size=(_STATICBOX_WIDTH, 60))
500
501        q_sizer.Add(explanation_label, (0,0), (1,4), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
502
503        qrange_label = wx.StaticText(self, -1, "Q Range:", size=(50,20))
504        q_sizer.Add(qrange_label, (1,0), (1,1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
505
506        # Lower Q Range
507        qmin_label = wx.StaticText(self, -1, "Lower:", size=(50,20))
508        qmin_dash_label = wx.StaticText(self, -1, "-", size=(10,20),
509            style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
510
511        qmin_lower = OutputTextCtrl(self, -1, size=(75, 20), value="0.0")
512        self._qmin_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
513                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name='qmin_input',
514                        text_enter_callback=self._on_enter_input)
515        self._qmin_input.SetToolTipString(("Values with q < qmin will be used "
516            "for Guinier back extrapolation"))
517
518        q_sizer.Add(qmin_label, (2, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
519        q_sizer.Add(qmin_lower, (2, 1), (1, 1), wx.LEFT, 5)
520        q_sizer.Add(qmin_dash_label, (2, 2), (1, 1), wx.CENTER | wx.EXPAND, 5)
521        q_sizer.Add(self._qmin_input, (2, 3), (1, 1), wx.LEFT, 5)
522
523        # Upper Q range
524        qmax_tooltip = ("Values with qmax1 < q < qmax2 will be used for Porod"
525            " forward extrapolation")
526
527        qmax_label = wx.StaticText(self, -1, "Upper:", size=(50,20))
528        qmax_dash_label = wx.StaticText(self, -1, "-", size=(10,20),
529            style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
530
531        self._qmax1_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
532            style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name="qmax1_input",
533            text_enter_callback=self._on_enter_input)
534        self._qmax1_input.SetToolTipString(qmax_tooltip)
535        self._qmax2_input = ModelTextCtrl(self, -1, size=(75, 20),
536            style=wx.TE_PROCESS_ENTER, name="qmax2_input",
537            text_enter_callback=self._on_enter_input)
538        self._qmax2_input.SetToolTipString(qmax_tooltip)
539
540        q_sizer.Add(qmax_label, (3, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 5)
541        q_sizer.Add(self._qmax1_input, (3, 1), (1, 1), wx.LEFT, 5)
542        q_sizer.Add(qmax_dash_label, (3, 2), (1, 1), wx.CENTER | wx.EXPAND, 5)
543        q_sizer.Add(self._qmax2_input, (3,3), (1, 1), wx.LEFT, 5)
544
545        qbox_sizer.Add(q_sizer, wx.TOP, 0)
546
547        vbox.Add(qbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
548            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
549        y += 1
550
551        extrapolation_box = wx.StaticBox(self, -1, "Extrapolation Parameters")
552        extrapolation_sizer = wx.StaticBoxSizer(extrapolation_box, wx.VERTICAL)
553        params_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
554
555        guinier_label = wx.StaticText(self, -1, "Guinier:")
556        params_sizer.Add(guinier_label, (0, 0), (1,1),
557            wx.ALL | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5)
558
559        a_label = wx.StaticText(self, -1, "A: ")
560        params_sizer.Add(a_label, (1, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
561
562        a_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
563            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
564        params_sizer.Add(a_output, (1, 1), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
565        self._extrapolation_outputs['A'] = a_output
566
567        b_label = wx.StaticText(self, -1, "B: ")
568        params_sizer.Add(b_label, (2, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
569
570        b_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
571            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
572        params_sizer.Add(b_output, (2, 1), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
573        self._extrapolation_outputs['B'] = b_output
574
575        porod_label = wx.StaticText(self, -1, "Porod: ")
576        params_sizer.Add(porod_label, (0, 2), (1, 1),
577            wx.ALL | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 5)
578
579        k_label = wx.StaticText(self, -1, "K: ")
580        params_sizer.Add(k_label, (1, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
581
582        k_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
583            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
584        params_sizer.Add(k_output, (1, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
585        self._extrapolation_outputs['K'] = k_output
586
587        sigma_label = wx.StaticText(self, -1, u'\u03C3: ')
588        params_sizer.Add(sigma_label, (2, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
589
590        sigma_output = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
591            value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
592        params_sizer.Add(sigma_output, (2, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
593        self._extrapolation_outputs['sigma'] = sigma_output
594
595        bg_label = wx.StaticText(self, -1, "Bg: ")
596        params_sizer.Add(bg_label, (3, 2), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
597
598        self._background_input = ModelTextCtrl(self, -1, value="0.0",
599            style=wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_CENTRE, name='background_input',
600            text_enter_callback=self._on_enter_input)
601        self._background_input.SetToolTipString(("A background value to "
602            "subtract from all intensity values"))
603        params_sizer.Add(self._background_input, (3, 3), (1, 1), wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
604
605        background_button = wx.Button(self, wx.NewId(), "Calculate Bg",
606            size=(75, -1))
607        background_button.Bind(wx.EVT_BUTTON, self._compute_background)
608        params_sizer.Add(background_button, (4,3), (1, 1), wx.EXPAND | wx.RIGHT, 15)
609
610        extrapolation_sizer.Add(params_sizer)
611        vbox.Add(extrapolation_sizer, (y, 0), (1, 1),
612            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
613        y += 1
614
615        # Transform type
616        transform_box = wx.StaticBox(self, -1, "Transform Type")
617        transform_sizer = wx.StaticBoxSizer(transform_box, wx.VERTICAL)
618
619        radio_sizer = wx.GridBagSizer(5,5)
620
621        fourier_btn = wx.RadioButton(self, -1, "Fourier", name='fourier',
622            style=wx.RB_GROUP)
623        hilbert_btn = wx.RadioButton(self, -1, "Hilbert", name='hilbert')
624
625        fourier_btn.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.radio_changed)
626        hilbert_btn.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON, self.radio_changed)
627
628        radio_sizer.Add(fourier_btn, (0,0), (1,1), wx.LEFT | wx.EXPAND)
629        radio_sizer.Add(hilbert_btn, (0,1), (1,1), wx.RIGHT | wx.EXPAND)
630
631        transform_sizer.Add(radio_sizer, wx.TOP, 0)
632        vbox.Add(transform_sizer, (y, 0), (1, 1),
633            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
634        y += 1
635
636        # Output data
637        outputbox = wx.StaticBox(self, -1, "Output Parameters")
638        outputbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(outputbox, wx.VERTICAL)
639
640        output_sizer = wx.GridBagSizer(5, 5)
641
642        self._output_boxes = dict()
643        i = 0
644        for key, value in OUTPUT_STRINGS.iteritems():
645            # Create a label and a text box for each poperty
646            label = wx.StaticText(self, -1, value)
647            output_box = OutputTextCtrl(self, wx.NewId(),
648                value="-", style=wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL)
649            # Save the ID of each of the text boxes for accessing after the
650            # output data has been calculated
651            self._output_boxes[key] = output_box
652            output_sizer.Add(label, (i, 0), (1, 1), wx.LEFT | wx.EXPAND, 15)
653            output_sizer.Add(output_box, (i, 2), (1, 1),
654                wx.RIGHT | wx.EXPAND, 15)
655            i += 1
656
657        outputbox_sizer.Add(output_sizer, wx.TOP, 0)
658
659        vbox.Add(outputbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
660            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
661        y += 1
662
663        # Controls
664        controlbox = wx.StaticBox(self, -1, "Controls")
665        controlbox_sizer = wx.StaticBoxSizer(controlbox, wx.VERTICAL)
666
667        controls_sizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
668
669        self._extrapolate_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Extrapolate")
670        self._transform_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Transform")
671        self._extract_btn = wx.Button(self, wx.NewId(), "Compute Parameters")
672        help_btn = wx.Button(self, -1, "HELP")
673
674        self._transform_btn.Disable()
675        self._extract_btn.Disable()
676
677        self._extrapolate_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.compute_extrapolation)
678        self._transform_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.compute_transform)
679        self._extract_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.extract_parameters)
680        help_btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.on_help)
681
682        controls_sizer.Add(self._extrapolate_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
683        controls_sizer.Add(self._transform_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
684        controls_sizer.Add(self._extract_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
685        controls_sizer.Add(help_btn, wx.CENTER | wx.EXPAND)
686
687        controlbox_sizer.Add(controls_sizer, wx.TOP | wx.EXPAND, 0)
688        vbox.Add(controlbox_sizer, (y, 0), (1, 1),
689            wx.LEFT | wx.RIGHT | wx.EXPAND | wx.ADJUST_MINSIZE, 15)
690
691
692        self.SetSizer(vbox)
693
694    def _disable_inputs(self):
695        """
696        Disable all input fields
697        """
698        self._qmin_input.Disable()
699        self._qmax1_input.Disable()
700        self._qmax2_input.Disable()
701        self._background_input.Disable()
702        self._extrapolate_btn.Disable()
703
704    def _enable_inputs(self):
705        """
706        Enable all input fields
707        """
708        self._qmin_input.Enable()
709        self._qmax1_input.Enable()
710        self._qmax2_input.Enable()
711        self._background_input.Enable()
712        self._extrapolate_btn.Enable()
713
714    def _round_sig_figs(self, x, sigfigs):
715        """
716        Round a number to a given number of significant figures.
717
718        :param x: The value to round
719        :param sigfigs: How many significant figures to round to
720        :return rounded_str: x rounded to the given number of significant
721            figures, as a string
722        """
723        rounded_str = ""
724        try:
725            # Index of first significant digit
726            significant_digit = -int(np.floor(np.log10(np.abs(x))))
727
728            if np.abs(significant_digit > 4):
729                # Use scientific notation if x > 1e5 or x < 1e4
730                rounded_str = "{1:.{0}E}".format(sigfigs-1, x)
731            else:
732                # Format as a standard decimal
733                # Number of digits required for correct number of sig figs
734                digits = significant_digit + (sigfigs - 1)
735                rounded = np.round(x, decimals=digits)
736                rounded_str = "{1:.{0}f}".format(sigfigs -1  + significant_digit,
737                    rounded)
738        except:
739            # Method for finding significant_digit fails if x is 0 (since log10(0)=inf)
740            if x == 0.0:
741                rounded_str = "0.0"
742            else:
743                rounded_str = "-"
744
745        return rounded_str
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.