source: sasview/src/sans/models/c_extension/python_wrapper/generated/CMassSurfaceFractal.cpp @ 400155b

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since 400155b was 400155b, checked in by gonzalezm, 9 years ago

Implementing request from ticket 261 - default number of bins in Annulus [Phi View] is now 36 and the first bin is now centered at 0 degrees
  • Property mode set to 100644
File size: 19.0 KB
Line 
1/**
2        This software was developed by the University of Tennessee as part of the
3        Distributed Data Analysis of Neutron Scattering Experiments (DANSE)
4        project funded by the US National Science Foundation.
5
6        If you use DANSE applications to do scientific research that leads to
7        publication, we ask that you acknowledge the use of the software with the
8        following sentence:
9
10        "This work benefited from DANSE software developed under NSF award DMR-0520547."
11
12        copyright 2008, University of Tennessee
13 */
14
15/** CMassSurfaceFractal
16 *
17 * C extension
18 *
19 * WARNING: THIS FILE WAS GENERATED BY WRAPPERGENERATOR.PY
20 *          DO NOT MODIFY THIS FILE, MODIFY src\sans\models\include\masssurfacefractal.h
21 *          AND RE-RUN THE GENERATOR SCRIPT
22 *
23 */
24#define NO_IMPORT_ARRAY
25#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL PyArray_API_sans
26 
27extern "C" {
28#include <Python.h>
29#include <arrayobject.h>
30#include "structmember.h"
31#include <stdio.h>
32#include <stdlib.h>
33#include <math.h>
34#include <time.h>
35
36}
37
38#include "masssurfacefractal.h"
39#include "dispersion_visitor.hh"
40
41/// Error object for raised exceptions
42static PyObject * CMassSurfaceFractalError = NULL;
43
44
45// Class definition
46typedef struct {
47    PyObject_HEAD
48    /// Parameters
49    PyObject * params;
50    /// Dispersion parameters
51    PyObject * dispersion;
52    /// Underlying model object
53    MassSurfaceFractal * model;
54    /// Log for unit testing
55    PyObject * log;
56} CMassSurfaceFractal;
57
58
59static void
60CMassSurfaceFractal_dealloc(CMassSurfaceFractal* self)
61{
62    Py_DECREF(self->params);
63    Py_DECREF(self->dispersion);
64    Py_DECREF(self->log);
65    delete self->model;
66    self->ob_type->tp_free((PyObject*)self);
67   
68
69}
70
71static PyObject *
72CMassSurfaceFractal_new(PyTypeObject *type, PyObject *args, PyObject *kwds)
73{
74    CMassSurfaceFractal *self;
75   
76    self = (CMassSurfaceFractal *)type->tp_alloc(type, 0);
77   
78    return (PyObject *)self;
79}
80
81static int
82CMassSurfaceFractal_init(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args, PyObject *kwds)
83{
84    if (self != NULL) {
85       
86        // Create parameters
87        self->params = PyDict_New();
88        self->dispersion = PyDict_New();
89
90        self->model = new MassSurfaceFractal();
91
92        // Initialize parameter dictionary
93        PyDict_SetItemString(self->params,"cluster_rg",Py_BuildValue("d",86.700000000000));
94        PyDict_SetItemString(self->params,"scale",Py_BuildValue("d",1.000000000000));
95        PyDict_SetItemString(self->params,"mass_dim",Py_BuildValue("d",1.800000000000));
96        PyDict_SetItemString(self->params,"surface_dim",Py_BuildValue("d",2.300000000000));
97        PyDict_SetItemString(self->params,"background",Py_BuildValue("d",0.000000000000));
98        PyDict_SetItemString(self->params,"primary_rg",Py_BuildValue("d",4000.000000000000));
99
100
101         
102        // Create empty log
103        self->log = PyDict_New();
104       
105       
106
107    }
108    return 0;
109}
110
111static char name_params[] = "params";
112static char def_params[] = "Parameters";
113static char name_dispersion[] = "dispersion";
114static char def_dispersion[] = "Dispersion parameters";
115static char name_log[] = "log";
116static char def_log[] = "Log";
117
118static PyMemberDef CMassSurfaceFractal_members[] = {
119    {name_params, T_OBJECT, offsetof(CMassSurfaceFractal, params), 0, def_params},
120        {name_dispersion, T_OBJECT, offsetof(CMassSurfaceFractal, dispersion), 0, def_dispersion},     
121    {name_log, T_OBJECT, offsetof(CMassSurfaceFractal, log), 0, def_log},
122    {NULL}  /* Sentinel */
123};
124
125/** Read double from PyObject
126    @param p PyObject
127    @return double
128*/
129double CMassSurfaceFractal_readDouble(PyObject *p) {
130    if (PyFloat_Check(p)==1) {
131        return (double)(((PyFloatObject *)(p))->ob_fval);
132    } else if (PyInt_Check(p)==1) {
133        return (double)(((PyIntObject *)(p))->ob_ival);
134    } else if (PyLong_Check(p)==1) {
135        return (double)PyLong_AsLong(p);
136    } else {
137        return 0.0;
138    }
139}
140/**
141 * Function to call to evaluate model
142 * @param args: input numpy array q[]
143 * @return: numpy array object
144 */
145 
146static PyObject *evaluateOneDim(MassSurfaceFractal* model, PyArrayObject *q){
147    PyArrayObject *result;
148   
149    // Check validity of array q , q must be of dimension 1, an array of double
150    if (q->nd != 1 || q->descr->type_num != PyArray_DOUBLE)
151    {
152        //const char * message= "Invalid array: q->nd=%d,type_num=%d\n",q->nd,q->descr->type_num;
153        //PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message);
154        return NULL;
155    }
156    result = (PyArrayObject *)PyArray_FromDims(q->nd, (int *)(q->dimensions), PyArray_DOUBLE);
157        if (result == NULL) {
158        const char * message= "Could not create result ";
159        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
160                return NULL;
161        }
162#pragma omp parallel for
163         for (int i = 0; i < q->dimensions[0]; i++){
164      double q_value  = *(double *)(q->data + i*q->strides[0]);
165      double *result_value = (double *)(result->data + i*result->strides[0]);
166      *result_value =(*model)(q_value);
167        }
168    return PyArray_Return(result); 
169 }
170
171 /**
172 * Function to call to evaluate model
173 * @param args: input numpy array  [x[],y[]]
174 * @return: numpy array object
175 */
176 static PyObject * evaluateTwoDimXY( MassSurfaceFractal* model, 
177                              PyArrayObject *x, PyArrayObject *y)
178 {
179    PyArrayObject *result;
180    int x_len, y_len, dims[1];
181    //check validity of input vectors
182    if (x->nd != 1 || x->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
183        || y->nd != 1 || y->descr->type_num != PyArray_DOUBLE
184        || y->dimensions[0] != x->dimensions[0]){
185        const char * message= "evaluateTwoDimXY  expect 2 numpy arrays";
186        PyErr_SetString(PyExc_ValueError , message); 
187        return NULL;
188    }
189   
190        if (PyArray_Check(x) && PyArray_Check(y)) {
191               
192            x_len = dims[0]= x->dimensions[0];
193        y_len = dims[0]= y->dimensions[0];
194           
195            // Make a new double matrix of same dims
196        result=(PyArrayObject *) PyArray_FromDims(1,dims,NPY_DOUBLE);
197        if (result == NULL){
198            const char * message= "Could not create result ";
199        PyErr_SetString(PyExc_RuntimeError , message);
200            return NULL;
201            }
202       
203        /* Do the calculation. */
204#pragma omp parallel for
205        for (int i=0; i< x_len; i++) {
206            double x_value = *(double *)(x->data + i*x->strides[0]);
207                    double y_value = *(double *)(y->data + i*y->strides[0]);
208                        double *result_value = (double *)(result->data +
209                              i*result->strides[0]);
210                        *result_value = (*model)(x_value, y_value);
211        }           
212        return PyArray_Return(result); 
213       
214        }else{
215                    PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
216                   "CMassSurfaceFractal.evaluateTwoDimXY couldn't run.");
217                return NULL;
218                }       
219}
220/**
221 *  evalDistribution function evaluate a model function with input vector
222 *  @param args: input q as vector or [qx, qy] where qx, qy are vectors
223 *
224 */ 
225static PyObject * evalDistribution(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args){
226        PyObject *qx, *qy;
227        PyArrayObject * pars;
228        int npars ,mpars;
229       
230        // Get parameters
231       
232            // Reader parameter dictionary
233    self->model->cluster_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "cluster_rg") );
234    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
235    self->model->mass_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "mass_dim") );
236    self->model->surface_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "surface_dim") );
237    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
238    self->model->primary_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "primary_rg") );
239
240       
241        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
242        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
243            PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
244                "CMassSurfaceFractal.evalDistribution expects a q value.");
245                return NULL;
246        }
247    // Check params
248       
249    if(PyArray_Check(pars)==1) {
250               
251            // Length of list should 1 or 2
252            npars = pars->nd; 
253            if(npars==1) {
254                // input is a numpy array
255                if (PyArray_Check(pars)) {
256                        return evaluateOneDim(self->model, (PyArrayObject*)pars); 
257                    }
258                }else{
259                    PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
260                   "CMassSurfaceFractal.evalDistribution expect numpy array of one dimension.");
261                return NULL;
262                }
263    }else if( PyList_Check(pars)==1) {
264        // Length of list should be 2 for I(qx,qy)
265            mpars = PyList_GET_SIZE(pars); 
266            if(mpars!=2) {
267                PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
268                        "CMassSurfaceFractal.evalDistribution expects a list of dimension 2.");
269                return NULL;
270            }
271             qx = PyList_GET_ITEM(pars,0);
272             qy = PyList_GET_ITEM(pars,1);
273             if (PyArray_Check(qx) && PyArray_Check(qy)) {
274                 return evaluateTwoDimXY(self->model, (PyArrayObject*)qx,
275                           (PyArrayObject*)qy);
276                 }else{
277                    PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
278                   "CMassSurfaceFractal.evalDistribution expect 2 numpy arrays in list.");
279                return NULL;
280             }
281        }
282        PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
283                   "CMassSurfaceFractal.evalDistribution couln't be run.");
284        return NULL;
285       
286}
287
288/**
289 * Function to call to evaluate model
290 * @param args: input q or [q,phi]
291 * @return: function value
292 */
293static PyObject * run(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args) {
294        double q_value, phi_value;
295        PyObject* pars;
296        int npars;
297       
298        // Get parameters
299       
300            // Reader parameter dictionary
301    self->model->cluster_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "cluster_rg") );
302    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
303    self->model->mass_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "mass_dim") );
304    self->model->surface_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "surface_dim") );
305    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
306    self->model->primary_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "primary_rg") );
307
308       
309        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
310        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
311            PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
312                "CMassSurfaceFractal.run expects a q value.");
313                return NULL;
314        }
315         
316        // Check params
317        if( PyList_Check(pars)==1) {
318               
319                // Length of list should be 2 for I(q,phi)
320            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
321            if(npars!=2) {
322                PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
323                        "CMassSurfaceFractal.run expects a double or a list of dimension 2.");
324                return NULL;
325            }
326            // We have a vector q, get the q and phi values at which
327            // to evaluate I(q,phi)
328            q_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
329            phi_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
330            // Skip zero
331            if (q_value==0) {
332                return Py_BuildValue("d",0.0);
333            }
334                return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).evaluate_rphi(q_value,phi_value));
335
336        } else {
337
338                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
339                q_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(pars);         
340               
341                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(q_value));
342        }       
343}
344/**
345 * Function to call to calculate_ER
346 * @return: effective radius value
347 */
348static PyObject * calculate_ER(CMassSurfaceFractal *self) {
349
350        // Get parameters
351       
352            // Reader parameter dictionary
353    self->model->cluster_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "cluster_rg") );
354    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
355    self->model->mass_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "mass_dim") );
356    self->model->surface_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "surface_dim") );
357    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
358    self->model->primary_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "primary_rg") );
359
360               
361        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_ER());
362
363}
364/**
365 * Function to call to cal the ratio shell volume/ total volume
366 * @return: the ratio shell volume/ total volume
367 */
368static PyObject * calculate_VR(CMassSurfaceFractal *self) {
369
370        // Get parameters
371       
372            // Reader parameter dictionary
373    self->model->cluster_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "cluster_rg") );
374    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
375    self->model->mass_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "mass_dim") );
376    self->model->surface_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "surface_dim") );
377    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
378    self->model->primary_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "primary_rg") );
379
380               
381        return Py_BuildValue("d",(*(self->model)).calculate_VR());
382
383}
384/**
385 * Function to call to evaluate model in cartesian coordinates
386 * @param args: input q or [qx, qy]]
387 * @return: function value
388 */
389static PyObject * runXY(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args) {
390        double qx_value, qy_value;
391        PyObject* pars;
392        int npars;
393       
394        // Get parameters
395       
396            // Reader parameter dictionary
397    self->model->cluster_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "cluster_rg") );
398    self->model->scale = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "scale") );
399    self->model->mass_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "mass_dim") );
400    self->model->surface_dim = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "surface_dim") );
401    self->model->background = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "background") );
402    self->model->primary_rg = PyFloat_AsDouble( PyDict_GetItemString(self->params, "primary_rg") );
403
404       
405        // Get input and determine whether we have to supply a 1D or 2D return value.
406        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"O",&pars) ) {
407            PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
408                "CMassSurfaceFractal.run expects a q value.");
409                return NULL;
410        }
411         
412        // Check params
413        if( PyList_Check(pars)==1) {
414               
415                // Length of list should be 2 for I(qx, qy))
416            npars = PyList_GET_SIZE(pars); 
417            if(npars!=2) {
418                PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError, 
419                        "CMassSurfaceFractal.run expects a double or a list of dimension 2.");
420                return NULL;
421            }
422            // We have a vector q, get the qx and qy values at which
423            // to evaluate I(qx,qy)
424            qx_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,0));
425            qy_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(PyList_GET_ITEM(pars,1));
426            return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value,qy_value));
427
428        } else {
429
430                // We have a scalar q, we will evaluate I(q)
431                qx_value = CMassSurfaceFractal_readDouble(pars);               
432               
433                return Py_BuildValue("d",(*(self->model))(qx_value));
434        }       
435}
436
437static PyObject * reset(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args) {
438   
439
440    return Py_BuildValue("d",0.0);
441}
442
443static PyObject * set_dispersion(CMassSurfaceFractal *self, PyObject *args) {
444        PyObject * disp;
445        const char * par_name;
446
447        if ( !PyArg_ParseTuple(args,"sO", &par_name, &disp) ) {
448            PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError,
449                "CMassSurfaceFractal.set_dispersion expects a DispersionModel object.");
450                return NULL;
451        }
452        void *temp = PyCObject_AsVoidPtr(disp);
453        DispersionModel * dispersion = static_cast<DispersionModel *>(temp);
454
455
456        // Ugliness necessary to go from python to C
457            // TODO: refactor this
458 {
459            PyErr_SetString(CMassSurfaceFractalError,
460                "CMassSurfaceFractal.set_dispersion expects a valid parameter name.");
461                return NULL;
462        }
463
464        DispersionVisitor* visitor = new DispersionVisitor();
465        PyObject * disp_dict = PyDict_New();
466        dispersion->accept_as_source(visitor, dispersion, disp_dict);
467        PyDict_SetItemString(self->dispersion, par_name, disp_dict);
468    return Py_BuildValue("i",1);
469}
470
471
472static PyMethodDef CMassSurfaceFractal_methods[] = {
473    {"run",      (PyCFunction)run     , METH_VARARGS,
474      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
475    {"runXY",      (PyCFunction)runXY     , METH_VARARGS,
476      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy"},
477    {"calculate_ER",      (PyCFunction)calculate_ER     , METH_VARARGS,
478      "Evaluate the model at a given Q or Q, phi"},
479    {"calculate_VR",      (PyCFunction)calculate_VR     , METH_VARARGS,
480      "Evaluate VR"},   
481    {"evalDistribution",  (PyCFunction)evalDistribution , METH_VARARGS,
482      "Evaluate the model at a given Q or Qx, Qy vector "},
483    {"reset",    (PyCFunction)reset   , METH_VARARGS,
484      "Reset pair correlation"},
485    {"set_dispersion",      (PyCFunction)set_dispersion     , METH_VARARGS,
486      "Set the dispersion model for a given parameter"},
487   {NULL}
488};
489
490static PyTypeObject CMassSurfaceFractalType = {
491    PyObject_HEAD_INIT(NULL)
492    0,                         /*ob_size*/
493    "CMassSurfaceFractal",             /*tp_name*/
494    sizeof(CMassSurfaceFractal),             /*tp_basicsize*/
495    0,                         /*tp_itemsize*/
496    (destructor)CMassSurfaceFractal_dealloc, /*tp_dealloc*/
497    0,                         /*tp_print*/
498    0,                         /*tp_getattr*/
499    0,                         /*tp_setattr*/
500    0,                         /*tp_compare*/
501    0,                         /*tp_repr*/
502    0,                         /*tp_as_number*/
503    0,                         /*tp_as_sequence*/
504    0,                         /*tp_as_mapping*/
505    0,                         /*tp_hash */
506    0,                         /*tp_call*/
507    0,                         /*tp_str*/
508    0,                         /*tp_getattro*/
509    0,                         /*tp_setattro*/
510    0,                         /*tp_as_buffer*/
511    Py_TPFLAGS_DEFAULT | Py_TPFLAGS_BASETYPE, /*tp_flags*/
512    "CMassSurfaceFractal objects",           /* tp_doc */
513    0,                         /* tp_traverse */
514    0,                         /* tp_clear */
515    0,                         /* tp_richcompare */
516    0,                         /* tp_weaklistoffset */
517    0,                         /* tp_iter */
518    0,                         /* tp_iternext */
519    CMassSurfaceFractal_methods,             /* tp_methods */
520    CMassSurfaceFractal_members,             /* tp_members */
521    0,                         /* tp_getset */
522    0,                         /* tp_base */
523    0,                         /* tp_dict */
524    0,                         /* tp_descr_get */
525    0,                         /* tp_descr_set */
526    0,                         /* tp_dictoffset */
527    (initproc)CMassSurfaceFractal_init,      /* tp_init */
528    0,                         /* tp_alloc */
529    CMassSurfaceFractal_new,                 /* tp_new */
530};
531
532
533//static PyMethodDef module_methods[] = {
534//    {NULL}
535//};
536
537/**
538 * Function used to add the model class to a module
539 * @param module: module to add the class to
540 */ 
541void addCMassSurfaceFractal(PyObject *module) {
542        PyObject *d;
543       
544    if (PyType_Ready(&CMassSurfaceFractalType) < 0)
545        return;
546
547    Py_INCREF(&CMassSurfaceFractalType);
548    PyModule_AddObject(module, "CMassSurfaceFractal", (PyObject *)&CMassSurfaceFractalType);
549   
550    d = PyModule_GetDict(module);
551    static char error_name[] = "CMassSurfaceFractal.error";
552    CMassSurfaceFractalError = PyErr_NewException(error_name, NULL, NULL);
553    PyDict_SetItemString(d, "CMassSurfaceFractalError", CMassSurfaceFractalError);
554}
555
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.