source: sasview/sansrealspace/test/early_test.py @ f3242cf

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since f3242cf was a98171d, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 13 years ago

move test out of realpace folder
  • Property mode set to 100644
File size: 8.6 KB
Line 
1
2import VolumeCanvas
3from sans.models.SphereModel import SphereModel
4from sans.models.CoreShellModel import CoreShellModel
5
6import math, time
7   
8def form_factor(q, r):
9    qr = q*r
10    f = 3*( math.sin(qr) - qr*math.cos(qr) ) / (qr*qr*qr)
11    return f*f
12   
13def test_1():
14   
15    radius = 15
16   
17    density = .1
18    vol = 4/3*math.pi*radius*radius*radius
19    npts = vol*density
20     
21    canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
22    canvas.setParam('lores_density', density)
23    handle = canvas.add('sphere')
24    canvas.setParam('%s.radius' % handle, radius)
25    canvas.setParam('%s.contrast' % handle, 1.0)
26   
27   
28    if False:
29        # Time test
30        t_0 = time.time()
31        value_1 = 1.0e8*canvas.getIq(0.1)
32        print "density = 0.1:  output=%g  time=%g" % (value_1, time.time()-t_0)
33       
34        t_0 = time.time()
35        canvas.setParam('lores_density', 1)
36        value_1 = 1.0e8*canvas.getIq(0.1)
37        print "density = 1000:  output=%g  time=%g" % (value_1, time.time()-t_0)
38       
39        t_0 = time.time()
40        canvas.setParam('lores_density', 0.01)
41        value_1 = 1.0e8*canvas.getIq(0.1)
42        print "density = 0.00001:  output=%g  time=%g" % (value_1, time.time()-t_0)
43        print
44   
45   
46    sphere = SphereModel()
47    sphere.setParam('radius', radius)
48    sphere.setParam('scale', 1.0)
49    sphere.setParam('contrast', 1.0)
50       
51       
52    # Simple sphere sum(Pr) = (rho*V)^2   
53    # each p(r) point has a volume of 1/density   
54       
55    for i in range(35):
56        q = 0.001 + 0.01*i
57       
58       
59       
60        #sim_1 = 1.0e8*canvas.getIq(q)*4/3*math.pi/(density*density*density)
61        sim_1 = canvas.getIq(q)
62        ana_1 = sphere.run(q)
63        #ana_1 = form_factor(q, radius)
64       
65        print "q=%g  sim=%g  ana=%g   ratio=%g" % (q, sim_1, ana_1, sim_1/ana_1)
66   
67def test_2():
68    radius = 15.0
69    thickness = 5.0
70   
71    core_vol = 4.0/3.0*math.pi*radius*radius*radius
72    outer_radius = radius+thickness
73    shell_vol = 4.0/3.0*math.pi*outer_radius*outer_radius*outer_radius - core_vol
74    shell_sld = -1.0*core_vol/shell_vol
75    print "Shell SLD", shell_sld
76
77   
78    density = .1
79    vol = 4/3*math.pi*radius*radius*radius
80    npts = vol*density
81     
82    canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
83    canvas.setParam('lores_density', density)
84    handle = canvas.add('sphere')
85    canvas.setParam('%s.radius' % handle, outer_radius)
86    canvas.setParam('%s.contrast' % handle, shell_sld)
87   
88    handle2 = canvas.add('sphere')
89    canvas.setParam('%s.radius' % handle2, radius)
90    canvas.setParam('%s.contrast' % handle2, 1.0)
91   
92   
93   
94    # Core-shell
95    sphere = CoreShellModel()
96    # Core radius
97    sphere.setParam('radius', radius)
98    # Shell thickness
99    sphere.setParam('thickness', thickness)
100    sphere.setParam('core_sld', 1.0)
101   
102   
103    sphere.setParam('shell_sld', shell_sld)
104    sphere.setParam('solvent_sld',0.0)
105    sphere.setParam('background',0.0)
106    sphere.setParam('scale',1.0)
107   
108    out = open("lores_test.txt",'w')
109    out.write("<q> <sim> <ana>\n")
110   
111    for i in range(65):
112        q = 0.001 + 0.01*i
113       
114        # For each volume integral that we change to a sum,
115        # we must multiply by 1/density = V/N
116        # Since we want P(r)/V, we will need to multiply
117        # the sum by 1/(N*density), where N is the number of
118        # points without overlap. Since we already divide
119        # by N when calculating I(q), we only need to divide
120        # by the density here. We divide by N in the
121        # calculation because it is difficult to estimate it here.
122       
123       
124        # Put the factor 2 in the simulation two...
125        sim_1 = canvas.getIq(q)
126        ana_1 = sphere.run(q)
127       
128        print "q=%g  sim=%g  ana=%g   ratio=%g" % (q, sim_1, ana_1, sim_1/ana_1)
129        out.write( "%g  %g  %g\n" % (q, sim_1, ana_1))
130
131    out.close()
132
133def test_4():
134    radius = 15
135   
136    density = .1
137    vol = 4/3*math.pi*radius*radius*radius
138    npts = vol*density
139
140   
141    canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
142    canvas.setParam('lores_density', density)
143    #handle = canvas.add('sphere')
144    #canvas.setParam('%s.radius' % handle, radius)
145    #canvas.setParam('%s.contrast' % handle, 1.0)
146   
147    pdb = canvas.add('test.pdb')
148   
149   
150   
151    sphere = SphereModel()
152    sphere.setParam('radius', radius)
153    sphere.setParam('scale', 1.0)
154    sphere.setParam('contrast', 1.0)
155       
156       
157    # Simple sphere sum(Pr) = (rho*V)^2   
158    # each p(r) point has a volume of 1/density   
159       
160    for i in range(35):
161        q = 0.001 + 0.01*i
162       
163       
164       
165        #sim_1 = 1.0e8*canvas.getIq(q)*4/3*math.pi/(density*density*density)
166        sim_1 = canvas.getIq(q)
167        ana_1 = sphere.run(q)
168        #ana_1 = form_factor(q, radius)
169       
170        print "q=%g  sim=%g  ana=%g   ratio=%g" % (q, sim_1, ana_1, sim_1/ana_1)
171
172def test_5():
173    from sans.models.SphereModel import SphereModel
174    model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()
175   
176    handle = model.add('sphere')
177   
178    radius = 10
179    density = .1
180   
181    ana = SphereModel()
182    ana.setParam('scale', 1.0)
183    ana.setParam('contrast', 1.0)
184    ana.setParam('background', 0.0)
185    ana.setParam('radius', radius)
186   
187    model.setParam('lores_density', density)
188    model.setParam('%s.radius' % handle, radius)
189    model.setParam('scale' , 1.0)
190    model.setParam('%s.contrast' % handle, 1.0)
191    model.setParam('background' , 0.0)
192   
193    ana = ana.runXY([0.1, 0.1])
194    sim = model.getIq2D(0.1, 0.1)
195    print ana, sim, sim/ana, ana/sim
196
197def test_6():
198    from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
199    radius = 5
200    length = 40
201    density = 20
202   
203    ana = CylinderModel()
204    ana.setParam('scale', 1.0)
205    ana.setParam('contrast', 1.0)
206    ana.setParam('background', 0.0)
207    ana.setParam('radius', radius)
208    ana.setParam('length', length)
209   
210    # Along Y
211    ana.setParam('cyl_theta', 1.57)
212    ana.setParam('cyl_phi', 1.57)
213   
214    # Along Z
215    #ana.setParam('cyl_theta', 0)
216    #ana.setParam('cyl_phi', 0)
217   
218    model = VolumeCanvas.VolumeCanvas()   
219    handle = model.add('cylinder')
220    model.setParam('lores_density', density)
221    model.setParam('%s.radius' % handle, radius)
222    model.setParam('%s.length' % handle, length)
223    model.setParam('scale' , 1.0)
224    model.setParam('%s.contrast' % handle, 1.0)
225    model.setParam('background' , 0.0)
226   
227    # Along Y
228    model.setParam('%s.orientation' % handle, [0,0,0])
229   
230    # Along Z
231    #model.setParam('%s.orientation' % handle, [1.57,0,0])
232   
233   
234    print model.npts
235    for i in range(40):
236        qmax = 0.5
237        anaX = ana.runXY([qmax*i/40.0, 0.0])
238        simX = model.getIq2D(qmax*i/40.0, 0.0)
239       
240        anaY = ana.runXY([0, qmax*i/40.0])
241        simY = model.getIq2D(0, qmax*i/40.0)
242        print anaX, simX, simX/anaX, '|', anaY, simY, simY/anaY
243   
244def test_7():
245    from sans.models.CoreShellModel import CoreShellModel
246    print "Testing core-shell"
247    radius = 15
248    thickness = 5
249    density = 5
250   
251    core_vol = 4.0/3.0*math.pi*radius*radius*radius
252    outer_radius = radius+thickness
253    shell_vol = 4.0/3.0*math.pi*outer_radius*outer_radius*outer_radius - core_vol
254    shell_sld = -1.0*core_vol/shell_vol
255
256    # Core-shell
257    sphere = CoreShellModel()
258    # Core radius
259    sphere.setParam('radius', radius)
260    # Shell thickness
261    sphere.setParam('thickness', thickness)
262    sphere.setParam('core_sld', 1.0)
263    sphere.setParam('shell_sld', shell_sld)
264    sphere.setParam('solvent_sld', 0.0)
265    sphere.setParam('background', 0.0)
266    sphere.setParam('scale', 1.0)
267    ana = sphere
268   
269    canvas = VolumeCanvas.VolumeCanvas()       
270    canvas.setParam('lores_density', density)
271   
272    handle = canvas.add('sphere')
273    canvas.setParam('%s.radius' % handle, outer_radius)
274    canvas.setParam('%s.contrast' % handle, shell_sld)
275   
276    handle2 = canvas.add('sphere')
277    canvas.setParam('%s.radius' % handle2, radius)
278    canvas.setParam('%s.contrast' % handle2, 1.0)
279           
280    canvas.setParam('scale' , 1.0)
281    canvas.setParam('background' , 0.0)
282   
283               
284    """ Testing default core-shell orientation """
285    qlist = [.0001, 0.002, .01, .1, 1.0, 5.]
286    for q in qlist:
287        ana_val = ana.runXY([q, 0.2])
288        sim_val, err = canvas.getIq2DError(q, 0.2)
289        print ana_val, sim_val, sim_val/ana_val, err, (sim_val-ana_val)/err
290   
291   
292   
293if __name__ == "__main__":
294    test_6()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.