source: sasview/park_integration/test/test_fit_cylinder.py @ fd6b789

ESS_GUIESS_GUI_DocsESS_GUI_batch_fittingESS_GUI_bumps_abstractionESS_GUI_iss1116ESS_GUI_iss879ESS_GUI_iss959ESS_GUI_openclESS_GUI_orderingESS_GUI_sync_sascalccostrafo411magnetic_scattrelease-4.1.1release-4.1.2release-4.2.2release_4.0.1ticket-1009ticket-1094-headlessticket-1242-2d-resolutionticket-1243ticket-1249ticket885unittest-saveload
Last change on this file since fd6b789 was fd6b789, checked in by Gervaise Alina <gervyh@…>, 14 years ago

refactor fit engine set_model can receive sans.model or park.model has a parameter;set_del has a new parameters constraints
  • Property mode set to 100644
File size: 5.0 KB
Line 
1"""
2    Unit tests for fitting module
3    @author G.alina
4"""
5import unittest
6
7from sans.fit.AbstractFitEngine import Model
8import math
9from sans.fit.Fitting import Fit
10from DataLoader.loader import Loader
11
12class TestSingleFit(unittest.TestCase):
13    """ test single fitting """
14    def setUp(self):
15        """ initialize data"""
16        self.data = Loader().load("cyl_400_20.txt")
17        # Create model that fitting engine understands
18        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
19        self.model  = CylinderModel()
20        self.model.setParam("scale", 1.0)
21        self.model.setParam("radius",18)
22        self.model.setParam("length", 397)
23        self.model.setParam("contrast",3e-006 )
24        self.model.setParam("background", 0.0)
25        #select parameters to fit
26        self.pars1 =['length','radius','scale']
27       
28    def _fit(self, name="scipy"):
29        """ return fit result """
30        fitter = Fit(name)
31        fitter.set_data(self.data,1)
32        fitter.set_model(self.model,1,self.pars1)
33        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
34        return  fitter.fit()
35       
36
37    def test_scipy(self):
38        """ Simple cylinder model fit (scipy)  """
39       
40        result1 = self._fit("scipy")
41       
42        self.assert_(result1)
43        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
44        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
45       
46        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
47        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
48        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-1.0)/3.0   < result1.stderr[2] )
49        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
50       
51       
52    def test_park(self):
53        """ Simple cylinder model fit (park)  """
54        result1 = self._fit("park")
55       
56        self.assert_(result1)
57        self.assertTrue(len(result1.pvec)>0 or len(result1.pvec)==0 )
58        self.assertTrue(len(result1.stderr)> 0 or len(result1.stderr)==0)
59       
60        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[0]-400.0)/3.0 < result1.stderr[0] )
61        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[1]-20.0)/3.0  < result1.stderr[1] )
62        self.assertTrue( math.fabs(result1.pvec[2]-1.0)/3.0   < result1.stderr[2] )
63        self.assertTrue( result1.fitness < 1.0 )
64       
65       
66       
67class TestSimultaneousFit(unittest.TestCase):
68    """ test simultaneous fitting """
69    def setUp(self):
70        """ initialize data"""
71       
72        self.data1=Loader().load("cyl_400_20.txt")
73        self.data2=Loader().load("cyl_400_40.txt")
74   
75        # Receives the type of model for the fitting
76        from sans.models.CylinderModel import CylinderModel
77        cyl1  = CylinderModel()
78        cyl1.name = "C1"
79        self.model1 = Model(cyl1)
80        self.model1.set(scale= 1.0)
81        self.model1.set(radius=18)
82        self.model1.set(length=396)
83        self.model1.set(contrast=3e-006 )
84        self.model1.set(background=0.0)
85       
86        cyl2  = CylinderModel()
87        cyl2.name = "C2"
88        self.model2 = Model(cyl2)
89        self.model2.set(scale= 1.0)
90        self.model2.set(radius=37)
91        self.model2.set(length='C1.length')
92        self.model2.set(contrast=3e-006 )
93        self.model2.set(background=0.0)
94       
95    def _fit(self, name="park"):
96        """ return fit result """
97        fitter = Fit(name)
98        fitter.set_data(self.data1,1)
99        fitter.set_model(self.model1, 1, ['length','radius','scale'])
100       
101        fitter.set_data(self.data2,2)
102        fitter.set_model(self.model2, 2, ['radius','scale'])
103        fitter.select_problem_for_fit(Uid=1,value=1)
104        fitter.select_problem_for_fit(Uid=2,value=1)
105        return fitter.fit()
106   
107   
108    def test_park2(self):
109        """ Simultaneous cylinder model fit (park)  """
110       
111        result1= self._fit('park')
112        self.assert_(result1)
113        self.assertTrue(len(result1.pvec)>=0  )
114        self.assertTrue(len(result1.stderr)>= 0)
115     
116        for par in result1.parameters:
117            if par.name=='C1.length':
118                print par.name, par.value
119                self.assertTrue( math.fabs(par.value-400.0)/3.0 < par.stderr )
120            elif par.name=='C1.radius':
121                print par.name, par.value
122                self.assertTrue( math.fabs(par.value-20.0)/3.0 < par.stderr )
123            elif par.name=='C2.radius':
124                print par.name, par.value
125                self.assertTrue( math.fabs(par.value-40.0)/3.0 < par.stderr )
126            elif par.name=='C1.scale':
127                print par.name, par.value
128                self.assertTrue( math.fabs(par.value-1.0)/3.0 < par.stderr )
129            elif par.name=='C2.scale':
130                print par.name, par.value
131                self.assertTrue( math.fabs(par.value-1.0)/3.0 < par.stderr )
132           
133
134if __name__ == '__main__':
135    unittest.main()       
136       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.